相关申请的交叉引用本申请要求于2015年5月8日提交的美国临时申请第62/158,999号的权益，其内容在此以全文引用的方式并入。政府支持本发明是在国立卫生研究院(nationalinstitutesofhealth)授予的dk097768的政府支持下完成的。政府在本发明中有特定的权利。
背景技术：
：：退行性疾病对人类健康造成了不成比例的威胁。这些疾病通常与年龄有关，导致受影响的组织和器官逐渐恶化，最终导致受影响的对象残疾和死亡。再生医学的承诺是用新的健康细胞替代病变或丢失的细胞。在过去的五年中，再生医学的新范式已经出现——使用人类多能干细胞(hpsc)来产生任何成人细胞类型以移植到患者中。原则上，基于hpsc的细胞疗法有可能治疗大部分(如果不是全部)退行性疾病，但是这些疗法的成功可能受限于对象的免疫应答。已经被考虑来克服免疫排斥的策略包括hla匹配(例如同卵双胞胎或脐带库)，向对象施用免疫抑制药物，阻断抗体，骨髓抑制/混合嵌合体，hla匹配的干细胞储库和自体干细胞疗法。需要新的手段、组合物和方法来克服与细胞替代疗法相关的免疫排斥。技术实现要素：本文公开了通过产生通用供体干细胞系来克服基于细胞的移植疗法中的免疫排斥的有效策略，所述通用供体干细胞系作为质量受控的基于细胞的产物将形成再生细胞疗法的基础。发明人已经成功地在人类多能干细胞中使用基因组编辑工具(诸如talen和/或crispr系统)来降低高度多态的经典mhc-i基因(hla-a、hla-b和hla-c)和/或mhc-ii基因的表达或敲除所述基因。在某些方面，通过直接和/或间接靶向nlrc5、b2m和ciita基因以及mhc增强子体的其他组分(例如mhc-i或mhc-ii的转录调节因子)来实现mhc-i和/或mhc-ii基因的这种降低的表达或敲除。本文公开了制备低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含调节干细胞的一种或多种mhc-i和mhc-ii人类白细胞抗原的表达，从而制备低免疫原性干细胞。还公开了调节干细胞的一种或多种mhc-i和mhc-ii人类白细胞抗原的表达的方法，其包含从细胞的至少一个等位基因中缺失编码mhc-i或mhc-ii的一种或多种转录调节因子的一个或多个基因，从而调节一种或多种mhc-i和mhc-ii人类白细胞抗原的表达。在某些方面，调节一种或多种mhc-i和mhc-ii人类白细胞抗原的表达包含降低、抑制和/或干扰一种或多种mhc-i和mhc-ii人类白细胞抗原的表达。在某些实施方式中，调节一种或多种mhc-i和mhc-ii人类白细胞抗原的表达包含从细胞的至少一个等位基因中缺失编码mhc-i或mhc-ii的一种或多种转录调节因子的一个或多个基因。例如，在某些实施方式中，这些方法包含使编码mhc-i或mhc-ii的一种或多种转录调节因子的一个或多个基因缺失，所述转录调节因子选自nlrc5、ciita、b2m和其组合。在某些方面，本文公开的方法还包含调节干细胞的一种或多种致耐受性因子(tolerogenicfactor)的表达。调节致耐受性因子的表达可以包含增加致耐受性因子的表达。可以将这些致耐受性因子插入细胞的至少一个等位基因的安全港(safeharbor)基因座(例如，aavs1基因座)中。在某些实施方式中，这些致耐受性因子抑制免疫排斥。在某些实施方式中，这些致耐受性因子选自：hla-c、hla-e、hla-g、pd-l1、ctla-4-ig、cd47、c1-抑制因子和il-35。本文还公开了制备低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含调节干细胞的一种或多种致耐受性因子的表达，从而制备低免疫原性干细胞。在某些实施方式中，调节致耐受性因子的表达包含增加致耐受性因子的表达。可以将这些致耐受性因子插入细胞的至少一个等位基因的安全港基因座(例如，aavs1基因座)中。在某些实施方式中，这些致耐受性因子选自：hla-c、hla-e、hla-g、pd-l1、ctla-4-ig、cd47、c1-抑制因子和il-35。在某些实施方式中，这些致耐受性因子抑制干细胞的免疫排斥或由所述干细胞制备的分化干细胞的免疫排斥。在某些方面，公开的方法还包含调节细胞的一种或多种mhc-i和mhc-ii人类白细胞抗原的表达，例如通过从细胞的至少一个等位基因中缺失编码mhc-i或mhc-ii的一种或多种转录调节因子的一个或多个基因。在某些实施方式中，mhc-i或mhc-ii的转录调节因子选自nlrc5、ciita、b2m和其组合。本文还公开了不表达nlrc5的人类干细胞(例如，nlrc5-/-敲除突变干细胞)。类似地，还公开了不表达ciita的人类干细胞(例如，ciita-/-敲除突变干细胞)。还公开了不表达b2m的人类干细胞(例如，b2m-/-敲除突变干细胞)。在某些实施方式中，还提供了不表达nlrc5、ciita和b2m中的一种或多种的人类干细胞。在其它实施方式中，还公开了不表达hla-a、hla-b和hla-c中的一种或多种的人类干细胞。在某些实施方式中，本文公开的干细胞表达一种或多种致耐受性因子(例如一种或多种抑制免疫排斥的致耐受性因子)。在某些方面，将这些致耐受性因子插入细胞的至少一个等位基因的安全港基因座(例如，aavs1基因座)中。在某些实施方式中，致耐受性因子选自：hla-c、hla-e、hla-g、pd-l1、ctla-4-ig、cd47、c1-抑制因子和il-35。在一些实施方式中，细胞是胚胎干细胞。在某些实施方式中，细胞是多能干细胞。在某些实施方式中，干细胞是低免疫原性的。在一些实施方式中，相对于原始基因型或相对于野生型人类干细胞，细胞具有降低的mhc-i表达。在某些实施方式中，相对于原始基因型或相对于野生型人类干细胞，细胞具有降低的mhc-ii表达。例如，相对于原始基因型或相对于野生型人类干细胞，这些细胞的hla-a、hla-b和hla-c中的一种或多种的表达可能降低。本文还公开了如下人类干细胞，所述人类干细胞已经被改变以使得它们包含插入细胞的至少一个等位基因的安全港基因座(例如，aavs1基因座)中的一种或多种致耐受性因子。在某些实施方式中，这些致耐受性因子抑制免疫排斥。在某些实施方式中，致耐受性因子选自：hla-c、hla-e、hla-g、pd-l1、ctla-4-ig、cd47、c1-抑制因子和il-35。在某些方面，这些细胞不表达nlrc5、ciita和b2m中的一种或多种。在某些方面，这些细胞不表达hla-a、hla-b和hla-c中的一种或多种。在某些实施方式中，相对于野生型人类干细胞，这些细胞的hla-a、hla-b和hla-c中的一种或多种的表达降低。本文还公开了使用本文公开的低免疫原性细胞进行细胞替代疗法的方法。例如，本文公开的通用干细胞可以在适当条件下温育并分化成低免疫原性心肌细胞、内皮细胞、肝细胞或胰腺β细胞。本文还公开了用于产生低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:36353-81239的序列的第一核糖核酸对接触，从而编辑nlrc5基因以降低或消除细胞中的nlrc5表面表达和/或活性。还公开了用于产生低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:5184-36352的序列的第一核糖核酸对接触，从而编辑ciita基因以降低或消除细胞中的ciita表面表达和/或活性。还公开了用于产生低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:81240-85644的序列的第一核糖核酸对接触，从而编辑b2m基因以降低或消除细胞中的b2m表面表达和/或活性。本文还公开了用于产生低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含：(a)使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:36353-81239的序列的第一核糖核酸对接触，从而编辑nlrc5基因以降低或消除细胞中的nlrc5表面表达和/或活性；(b)使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:5184-36352的序列的第二核糖核酸对接触，从而编辑ciita基因以降低或消除细胞中的ciita表面表达和/或活性；和/或(c)使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:81240-85644的序列的第三核糖核酸对接触，从而编辑b2m基因以降低或消除细胞中的b2m表面表达和/或活性。还公开了用于产生低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:36353-81239的序列的第一核糖核酸接触，从而编辑nlrc5基因以降低或消除细胞中的nlrc5表面表达和/或活性。还公开了用于产生低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:5184-36352的序列的第一核糖核酸接触，从而编辑ciita基因以降低或消除细胞中的ciita表面表达和/或活性。还公开了用于产生低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:81240-85644的序列的第一核糖核酸接触，从而编辑b2m基因以降低或消除细胞中的b2m表面表达和/或活性。本文还公开了用于产生低免疫原性干细胞的方法，所述方法包含：(a)使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:36353-81239的序列的第一核糖核酸接触，从而编辑nlrc5基因以降低或消除细胞中的nlrc5表面表达和/或活性；(b)使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:5184-36352的序列的第二核糖核酸接触，从而编辑ciita基因以降低或消除细胞中的ciita表面表达和/或活性；和/或(c)使干细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和具有选自seqidno:81240-85644的序列的第三核糖核酸接触，从而编辑b2m基因以降低或消除细胞中的b2m表面表达和/或活性。本文还公开了包含修饰的基因组的低免疫原性干细胞，所述修饰的基因组包含第一基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:36353-81239的序列的核糖核酸接触来编辑nlrc5基因，以降低或消除细胞中的nlrc5表面表达和/或活性。还公开了包含修饰的基因组的低免疫原性干细胞，所述修饰的基因组包含第一基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:5184-36352的序列的核糖核酸接触来编辑ciita基因，以降低或消除细胞中的ciita表面表达和/或活性。还公开了包含修饰的基因组的低免疫原性干细胞，所述修饰的基因组包含第一基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:81240-85644的序列的核糖核酸接触来编辑b2m基因，以降低或消除细胞中的b2m表面表达和/或活性。本文还公开了包含修饰的基因组的低免疫原性干细胞，所述修饰的基因组包含：(a)第一基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:36353-81239的序列的核糖核酸接触来编辑nlrc5基因，以降低或消除细胞中的nlrc5表面表达和/或活性；(b)第二基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:5184-36352的序列的核糖核酸接触来编辑ciita基因，以降低或消除细胞中的ciita表面表达和/或活性；和/或(c)第三基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:81240-85644的序列的核糖核酸接触来编辑b2m基因，以降低或消除细胞中的b2m表面表达和/或活性。还公开了包含修饰的基因组的低免疫原性干细胞，所述修饰的基因组包含第一基因组修饰，其中nlrc5基因被编辑成使基因组dna的第一连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的nlrc5表面表达和/或活性，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:36353-81239的序列的第一核糖核酸对接触来使基因组dna的第一连续延伸段缺失。还公开了包含修饰的基因组的低免疫原性干细胞，所述修饰的基因组包含第一基因组修饰，其中ciita基因被编辑成使基因组dna的第一连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的ciita表面表达和/或活性，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:5184-36352的序列的第一核糖核酸对接触来使基因组dna的第一连续延伸段缺失。还公开了包含修饰的基因组的低免疫原性干细胞，所述修饰的基因组包含第一基因组修饰，其中b2m基因被编辑成使基因组dna的第一连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的b2m表面表达和/或活性，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:81240-85644的序列的第一核糖核酸对接触来使基因组dna的第一连续延伸段缺失。本文还公开了包含修饰的基因组的低免疫原性干细胞，所述修饰的基因组包含：(a)第一基因组修饰，其中nlrc5基因被编辑成使基因组dna的第一连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的nlrc5表面表达和/或活性，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:36353-81239的序列的第一核糖核酸对接触来使基因组dna的第一连续延伸段缺失；(b)第二基因组修饰，其中ciita基因被编辑成使基因组dna的第一连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的ciita表面表达和/或活性，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:5184-36352的序列的第一核糖核酸对接触来使基因组dna的第一连续延伸段缺失；和/或(c)第三基因组修饰，其中b2m基因被编辑成使基因组dna的第一连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的b2m表面表达和/或活性，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:81240-85644的序列的第一核糖核酸对接触来使基因组dna的第一连续延伸段缺失。通过参考以下对本发明的详细描述，将更好地了解本发明的以上讨论的以及许多其它特征和伴随的优点。附图说明专利或申请文件至少含有一张彩图。在提出请求并支付必要的费用后，专利局将提供有彩图的本专利或专利申请公布的复本。图1说明了再生医学的承诺。图2a-2b以图解方式描绘了移植中的hla屏障。图2a以图解方式说明了在器官移植期间定义供体相容性的mhc-i和mhc-ii表面分子。图2b说明了hla区6p21.1-21.3。图3a-3b说明了抗原呈递的转录调节因子的靶向。图3a说明了mhc-ii增强子体的模型。图3b描绘了mhc-i启动子处nlrc5增强子体的模型。图4说明了wthues9和指示的修饰的突变细胞系中的mhc-i表达。用ifnγ刺激细胞48小时并且通过facs评估mhc-i表达。图5a-5c说明了ciita缺陷的干细胞来源的巨噬细胞缺乏mhc-ii表达。图5a描绘了巨噬细胞分化的时间线。图5b显示了在m-csf培养基上第5天时干细胞来源的巨噬细胞的亮视野影像。图5c显示用ifnγ刺激后48小时通过qpcr评估的诱导的巨噬细胞中的mhc-ii表达，并且证明相对于野生型细胞mhc-ii表达降低。如图5c所说明，可以通过靶向图10a-10b中描绘的ciita基因的第一编码外显子有效地去除mhc-ii表达。图6说明了本文公开的畸胎瘤排斥研究的时间线，其中人源化nsg小鼠-blt小鼠被给予3个月以完全重建人类免疫系统，然后注射指示的基因组编辑的干细胞系。图7显示了人源化小鼠中基因组编辑的干细胞的移植改善。说明了在图6所描绘的畸胎瘤排斥研究之后观察到的畸胎瘤类型的定量。评估畸胎瘤样品的形态后，观察到与mhc-i表达水平相关的明确表型。图8a-8c显示了浸润cd8+t细胞的增殖指示免疫排斥。图8a和8b说明了浸润畸胎瘤的cd3+淋巴细胞的免疫染色。图8c说明了作为增殖标志物的cd8和ki67的共染色，并突出显示增殖的cd8+t细胞(白色箭头)。核dapi染色显示为蓝色。图9a-9d显示了使用talen缺失nlrc5引起诱导的多能干细胞来源的肝细胞样细胞(hlc)中的mhc-1表达降低。图9a说明了nlrc5基因座。图9b显示靶向nlrc5基因座来去除nlrc5表达。图9c-9d说明了nltc5-/-hlc中的mhc-i表达降低。图10a-10b说明了ciita基因第一编码外显子的靶向。图10a描绘了ciita基因座。图10b显示靶向ciita基因座来去除mhc-ii表达。图11a-11c显示了可从安全港基因座中表达致耐受性因子(诸如pd-l1和hla-g)。图12显示cas蛋白的示例性氨基酸序列。黄色突出指示ruv-c样结构域。下划线指示hnh核酸酶结构域。图13说明了mhc-ii与mhc-i增强子体的比较。图14a-14j显示了hla-a、hla-b和hla-c的靶向。图14a描绘了hla-b和hla-c敲除策略。在hla-b基因座的上游和hla-c的下游设计两个短引导rna(sgrna)，其允许切除hla-b和hla-c基因。sgrna#1和sgrna#2靶向hla-b上游区域，并且sgrna#3和sgrna#4靶向hla-c下游区域。图14b显示pcr筛选证实克隆1d是纯合敲除克隆。图14b包括显示成功缺失hla-b和hla-c的pcr验证策略的示意图。设计了两个野生型(wt)引物对来侧接各切割位点，其中预计扩增子尺寸为545bp和472bp。通过存在用ko引物产生的约680bppcr条带和不存在使用两个不同wt引物组产生的条带，将克隆1d鉴定为纯合敲除克隆。从指示的靶向的hues8克隆中分离出基因组dna。图14c提供显示1dko克隆中hla-b、hla-c缺失的序列证实的示意图。1dpcr产物的测序结果证实hues8中的hla-b和hla-c基因成功缺失。图14d显示rt-pcr证实hues8细胞中的hla-b和hla-cmrna表达损失。用hla-b和hla-c特异性引物进行的rt-pcr证实克隆1d中的hla-b和hla-c的mrna表达被消除。使用gapdh、top1和hprt1作为内部对照。图14e提供了显示从wt和克隆1d获得的hla-brt-pcr条带的序列证实的示意图。将用hla-b引物扩增的wt和1drt-pcr产物测序并分别用blast鉴定为hla-b和hla-amrna。这些结果证实在不存在hla-b基因的情况下，hla-b特异性引物将扩增hues8克隆1d中的hla-amrna。图14f显示通过nanostringncounter对hues8克隆1d进行的核型分析。如通过nanostringncounter装置评估的，hues8克隆1d表现出正常的核型。图14g提供了显示使用双重sgrna方法的hla-a敲除策略的示意图。该示意图显示了被设计成结合hla-a的上游和下游的两个sgrna(sgrna#5和sgrna#6)的位置。图14h显示使用tide的hla-asgrna的靶向切割效率。使用tide在293t细胞中测定sgrna#5和sgrna#6的切割效率。图14i证实pcr筛选证实克隆4e是杂合hla-a敲除克隆。pcr筛选策略证实hues8中hla-a缺失。设计了ko引物，其中一个引物在切割位点的上游退火并且一个引物在切割位点下游退火。hla-a缺失后，在2％琼脂糖凝胶上观察到所得的扩增子为220bp。设计了两个wt引物对来侧接各切割位点，其中预计扩增子尺寸为589bp和571bp。由于存在从基因组dna扩增的用ko引物和wt引物产生的条带，所以将克隆4e鉴定为杂合克隆。图14j包括显示测序证实hues8细胞中hla-a成功缺失的示意图。使用ko引物对从克隆4e的基因组dna扩增的pcr产物进行测序证实hues8中hla-a成功缺失。图15a-15d显示bj-ripsc和hues9中talen诱导的ciita和nlrc5突变。图15a提供bj-ripsc中talen诱导的ciita突变的示意图。图15b提供bj-ripsc中talen诱导的nlrc5突变的示意图。图15c提供hues9中talen诱导的nlrc5突变的示意图。图15d提供hues9中talen诱导的ciita突变的示意图。图16a-16g显示了使用crispr系统靶向nlrc5和ciita来实现mhci类表达降低和mhcii类表达完全丧失。图16a显示nlrc5-/-thp1细胞中的mhc-i表达降低，包括thp1细胞中的nlrc5靶向策略。+指示ifnγ刺激48小时。图16b提供多个靶向策略的示意图。图16b提供了使用crispr靶向nlrc5的示意图、使用crispr靶向b2m的示意图、使用talen靶向ciita的示意图以及使用crispr靶向ciita的示意图。图16c显示在用nlrc5或b2mcrispr靶向后，hues9细胞中的mhci类表达降低。该图显示干细胞中的低基础mhc-i表达。mhc-i表达可以通过ifnγ刺激来增加。ifnγ处理的nlrc5-/-细胞中发生约50％的mhc-i表达降低。b2m-/-细胞中显示mhc-i表面表达完全丧失。图15d显示thp-1的慢病毒转导。使用双载体慢病毒gecko系统。双组分系统包括lenti-cas9-blasticidin，其用于建立稳定的thp-1cas9细胞系；和lenti-guide-puro，其用于引入引导子。图16e鉴定用于thp-1的慢病毒转导的各种crispr。提供靶向ciit、nlrc5和irf1的crispr。图16f显示ciita和nlrc5独立地分别作用于mhc-ii和mhc-i。用编码nlrc5和ciita的慢病毒转导thp1。使用b2mcrispr作为阳性对照。用50uifnγ刺激所有细胞来增强hla表达。hla-a21:200；dr1:100。图16g显示靶向irf1引起mhc-ii表达损失。crispr转导后10天，thp1。用50uifnγ刺激所有细胞。hla-a21:200；dr1:100。图17a-17k显示了使用crispr系统靶向irf1来实现人类多能干细胞(hues9)和thp-1细胞中的mhci类表达降低。图17a显示靶向irf1基因座的双重crispr策略。鉴定了三种不同crispr。图17b显示了不同irf1引导子组合的测试。提供了不同引导子组合的筛选结果。图17c显示了用于使irf1靶向缺失的‘双重引导策略’。提供双重引导策略的筛选结果。图17d提供显示irf-1crispr诱导的缺失的序列证实的示意图。图17e提供irf-1被靶向的hues9细胞的筛选结果。筛选是使用crispr#2和#3的双重crispr策略。pcr条带的存在表明成功靶向。图17f显示了irf-1克隆的再证实。提供了使用引物kym07和tm377的筛选结果。图17g显示了irf-1克隆的基因型。提供了筛选结果。图17h提供显示克隆12中irf-1crispr诱导的缺失的序列证实的示意图。图17i提供显示克隆17中irf-1crispr诱导的缺失的序列证实的示意图。图17j提供显示克隆21中irf-1crispr诱导的缺失的序列证实的示意图。图17k显示ifnγ处理后irf1-/-hues9克隆中的mhci类诱导受损。p42是wt；c7是b2mko；+鉴定48小时ifnγ处理。图18a-18h显示了使用crispr靶向293t细胞中的rfx5、rfx-ank和rfx-ap引起mhci类表达降低。图18a显示了293t细胞中rfx5的双重引导靶向。检查了四种不同crispr的组合。图18b显示靶向rfx5引起mhci类表达降低。图18c显示了293t细胞中rfx-ank的双重引导靶向。检查了四种不同crispr的组合。图18d显示靶向rfx-ank引起mhci类表达降低。图18e显示靶向rfx5和rfx-ank引起mhci类表达降低。图18f提供显示靶向rfx5和rfx-ank引起mhci类表达降低的柱状图。图18g显示了293t细胞中rfx-ap的双重引导靶向。检查了四种不同crispr的组合。图18h显示靶向rfx-ap引起mhci类表达降低。图19a-19e显示了使用crispr靶向nfy-a、nfy-b和nfy-c引起mhci类表达降低。图19a显示了293t细胞中nfy-a的双重引导靶向。检查了四种不同crispr的组合。图19b显示了293t细胞中nfy-c的双重引导靶向。检查了四种不同crispr的组合。图19c显示靶向nfy-c和nfy-a引起mhci类表达降低。图19d显示了293t细胞中nfy-b的双重引导靶向。检查了四种不同crispr的组合。图19e显示靶向nfy-b引起mhci类表达降低。图20a-20d显示通过破坏位于er的肽转运体tap1基因可以抑制mhci类分子的表面运输。图20a显示tap1crispr表达降低了jurkatt细胞中的mhc-i表面表达。检查了四种不同crispr的组合。图20b显示了tap1crispr表达降低了jurkatt细胞中的mhc-i表面表达。图20c显示了jurkat(cas9)t细胞中消除了hla表面表达。通过schneider等人得知，jurkat细胞系是从患有急性t细胞白血病的14岁男孩的外周血中建立的。图20d显示jurkat(cas9)t细胞中消除了hla表面表达。用ifnγ处理所述细胞48小时。图21a-21d显示了鉴定为hlarazor的crisprgrna的使用，所述crisprgrna通过靶向hla基因中的保存区域而允许同时使所有mhci类等位基因缺失。图21a提供显示通过crispr或talen使用hlarazor靶向所有hla中发现的保守序列的示意图。两个紫色框指示panhlatalen对的结合位点。蓝色箭头指示测试的pan-hlacrispr；pam以蓝色框表示。图21b显示了转染后72小时，pan-hlatalen在293t和hues9细胞中的表达。图21c显示hla-razorcrispr消减了mhci类表达。293t细胞用cas9-gfp进行共转染。转染后72小时显示结果。图21d提供显示两个不同hlarazor的活性的比较的示意图。鉴定了两个hlarazor引导子。图22a-22f显示pd-l1和hla-g敲入策略的结果。图22a提供显示pd-l1和hla-g敲入策略的示意图。设计了用于克隆筛选的wt引物和敲入(ki)引物。使用wt引物的扩增子预计为488bp，并且使用ki引物的扩增子预测为403bp和915bp。图22b描绘敲入供体质粒的设计。敲入供体质粒的设计显示pd-l1和hla-g的阅读框通过t2a连接，并且它们的表达由caggs启动子驱动。嘌呤霉素被用作sa-2a基因捕获元件之后的药物抗性标志物。图22c显示了293t细胞中的异位pd-l1和hla-g表达。通过facs分析在供体质粒转染的293t细胞中检查pd-l1和hla-g的表达。使用结合有apc的pd-l1抗体和结合有fitc的hla-g抗体。图22d显示jeg-3细胞中的异位hla-g表达。将供体质粒转染到hla-g-/-jeg-3细胞系中，并且在转染后48小时通过facs分析检查异位hla-g表达。使用结合有pe的hla-g抗体(mem/g9)来检测表面hla-g表面表达。图22e提供证实克隆1g是pd-l1/hla-g的杂合ki克隆的pcr筛选结果。通过存在使用wt引物和ki特异性引物从靶向的hues8细胞的基因组dna扩增的条带，将克隆1g鉴定为杂合ki克隆。图22f显示hues8中来自安全港基因座的稳定的pd-l1和hla-g表达。通过使用结合有apc的pd-l1抗体进行facs分析来证实hues8ki克隆1g中pd-l1的表达。图23显示了使用敲入策略进行的293t细胞和hpsc中cd47的表达。将人类cd47克隆到由cag启动子驱动的表达质粒中，所述质粒另外含有ires-gfp。293t细胞已经表达高水平的cd47(人类“不要吃我”信号)，其防止巨噬细胞将细胞吞噬。如使用cd47特异性抗体通过facs检测的，可以通过在293t细胞以及人类多能干细胞(hues9)两种中过表达cd47来增加表达。过表达cd47将通过使细胞免于巨噬细胞吞噬来辅助干细胞来源的移植物的移植。图24显示了hues9中trac和trbc的缺失破坏了tcr表达。使用双重引导rna方法来向hues9细胞中的trac和trbc基因座中引入缺失。tcrawt条带是249bp并且在缺失后是209bp。tcrbwt条带是162bp并且在缺失后是140bp。以*鉴定的条带是hues9细胞中的tcrbko；以**鉴定的条带是hues9细胞中的tcrako；并且以***鉴定的条带是hues9b2m-/-ciita-/-细胞中的tcrako。hues9b2m-/-ciita-/-细胞中的tcrako是b2m-/-、ciita-/-和tcr-/-的三重敲除干细胞系。分化成t细胞后，这种三重敲除干细胞系将缺乏mhc-i、mhc-ii和tcr表面表达。图25a-25d显示了各种细胞系中cd274/b7-h1/pd-l1的靶向。图25a鉴定了在靶向cd274/b7-h1/pd-l1时可以使用的crispr引导序列的实例。鉴定了cd274/b7-h1/pd-l1敲除细胞系。图25b显示jeg-3细胞中靶向的b7-h1集落的筛选。所述筛选鉴定了crispr切割效率为22/265或约8.3％。图25c显示了501黑素瘤敲除克隆的再证实。图25d显示了malme黑素瘤敲除克隆的再证实。图26a-26p显示了共抑制/共刺激受体或其配体的靶向。对于每个靶标，指示的四种crispr已被克隆并在293t细胞中测试靶向活性。所述凝胶图片下方指示了当两种crispr的切割发生时pcr条带的预期尺寸。图26a显示t细胞上的共刺激/共抑制分子和其受体。图26b显示了293t细胞中tigit的双重引导靶向。发现所有四种crispr都适用。图26c显示了293t细胞中tim3的双重引导靶向。发现所有四种crispr都适用。图26d显示了293t细胞中hvem的双重引导靶向。发现所有四种crispr都适用。图26e显示了293t细胞中2b4/cd244的双重引导靶向。发现所有四种crispr都适用。图26f显示了293t细胞中cd28的双重引导靶向。发现crispr#1、#2和#3适用。图26g显示了293t细胞中ox40的双重引导靶向。发现crispr#1、#2和#4适用。图26h显示了293t细胞中b71的双重引导靶向。发现crispr#1、#3和#4适用。图26i显示了293t细胞中cd226的双重引导靶向。发现crispr#1和#2适用。图26j显示了293t细胞中cd2的双重引导靶向。发现crispr#1、#2和#3适用。图26k显示了293t细胞中lag3的双重引导靶向。发现crispr#2和#3适用。图26l显示了293t细胞中btla的双重引导靶向。发现所有四种crispr都适用。图26m显示了293t细胞中icos的双重引导靶向。发现crispr#2、#3和#4适用。图26n显示了293t细胞中cd27的双重引导靶向。发现crispr#1和#2适用。图26o显示了293t细胞中st2的双重引导靶向。发现所有四种crispr都适用。图26p显示了293t细胞中gitr的双重引导靶向。发现crispr#1和#3适用。图27描绘了测试的各种细胞系以及测试所述细胞系的靶标。hues8和hues9是人类es细胞系。bj-ripsc是ipsc系。表中未显示的所有其它增强子体组分(例如，rfx和nfy)仅在hek293t细胞中进行测试。图28a-28j显示修饰的es细胞可以分化成各种不同的细胞类型，其中hla表达降低或缺乏。图28a显示修饰的es细胞可以分化成间充质祖细胞(mpc)、内皮细胞(ec)、巨噬细胞、肝细胞、β-细胞和神经祖细胞(npc)。图28b显示nlrc5-/-人类es细胞中的mhc-i表达降低。干细胞中存在低的基础mhc-i表达。所述表达可以通过ifnγ刺激来增加。ifnγ处理的nlrc5-/-细胞中发生约50％的mhc-i表达降低。图28c显示在nlrc5-/-人类间充质祖细胞(mpc)中mhc-i表达降低。提供了hues9细胞与mpc的比较。图28d显示干细胞来源的nlrc5-/-内皮细胞(ec)中mhc-i表达降低。图28e显示了ec表现出类似的分化效率。图28f显示b2m-/-ciita-/-ec中的hla表达损失。n＝3，48小时ifnγ处理。图28g显示了nlrc5-/-肝细胞样细胞中的mhci类表达降低。包括显示靶向策略和crispr设计的示意图。hlc源自于bj-ripsc，最终肝细胞分化第7天。图28h显示了ciita的突变去除了hesc来源的巨噬细胞中的mhcii类表达。包括显示靶向策略和crispr设计的示意图。hues9来源的imф，m-csf第5天。图28i显示神经祖细胞(npc)分化。b2m-/-ciita-/-hues9形成巢蛋白+神经玫瑰环(白色箭头)。图28j显示了干细胞适用于β-细胞分化的旋转培养。这是β-细胞分化流程的第一步。图29a-29b提供畸胎瘤模型的体内数据。图29a显示产生了‘低免疫原性’dko细胞系。产生的细胞系包括wthues9、nlrc5-/-ciita-/-hues9和b2m-/-ciita-/-hues9。wt细胞系表现出mhc-i和mhc-ii表达。nlrc5-/-ciita-/-细胞系表现出mhc-i表达降低并且无mhc-ii表达。b2m-/-ciita-/-细胞系不表现出mhc-i和mhc-ii表达。图29b显示人源化小鼠中基因组编辑的干细胞的移植得到改善。测试的三种细胞系是wthues9、nlrc5-/-ciita-/-hues9和b2m-/-ciita-/-hues9。图30a-30d显示了crispr对jeg-3细胞中b7-h3的靶向。图30a提供用于靶向b7-h3的crispr引导序列。图30b显示jeg-3细胞中靶向的b7-h3集落的筛选。据显示，crispr切割效率为15/80或约18.7％。图30c显示通过测序对b7-h3敲除的证实。图30d显示了靶向的jeg3克隆中的b7-h3表面表达损失。图31显示b2m-/-jurkatcas9t细胞中的mhci类表面表达损失。将b2m-/-jurkatcas9t细胞与不包括b2m敲除的jurkatcas9t细胞比较。图32a-32h显示了使用crispr/cas9靶向人类细胞中的临床相关基因座。图32a是靶向b2m的grna的示意图。图32b是hek293t细胞中b2m表面表达的直方图。图32c显示hek293t细胞中使用各种grna的b2m缺失效率；n＝3(平均值±sem)。图32d是靶向ccr5的grna的示意图。橙色和绿色箭头代表用于扩增分析区域的引物对。图32e显示k562细胞中靶向ccr5的各grna的surveyor分析结果。在各引导下指示indel％。图32f说明了与293t细胞相比，原代cd4+t细胞中所选grna的b2m缺失效率；n＝6(平均值±sem)。图32g显示了在k562细胞和hspc中靶向ccr5的crccr5_a和crccr5_b的surveyor分析结果。图32h说明通过sanger测序测定的hspc(n＝2)中crccr5_a和crccr5_b靶向ccr5的克隆缺失效率。(注：在图a示意图中未描绘crb2m_14，因为其位于编码序列的下游20kb处)。图33a-33e显示了靶向b2m的各种grna的靶向突变效率的评估。图33a显示通过流式细胞术测量的hek293t细胞中靶向b2m基因座的所有grna的b2m缺失效率。来自3次独立实验的汇总数据以平均值±sem形式显示。图33b显示hek293t细胞中所选引导子的b2m缺失效率，其通过celsurveyor分析测量为indel％。图33c是当用cas9和引导crb2m_13转染时hek293t细胞和原代cd4+t细胞中b2m表面表达的比较。图33d显示如通过流式细胞术所测量的，原代cd4+t细胞中靶向b2m基因座的所选引导子的b2m缺失效率。图33e显示原代cd4+t细胞中所选引导子的b2m缺失效率，其通过celsurveyor分析测量为indel％。图34a-34e描绘了用于在原代人类造血干细胞和效应细胞中进行crispr/cas9基因组编辑的双重grna方法。图34a是用于靶向b2m基因座的双重grna方法的示意图。grna对以红色显示。各grna组合的cas9位点之间的碱基对的偏移(右图)。图34b显示cd4+t细胞中6个双重grna组合的b2m缺失效率(n＝3；平均值±sem)。图34c是显示原代cd4+t细胞中单独或组合的crb2m_13或crb2m_8的b2m表达损失的facs图。图34d是用于靶向ccr5的双重grna方法的示意图。grna对以红色显示。橙色和绿色箭头代表用于扩增区域的引物对。各grna对的cas9位点之间的偏移(右图)。图34e是通过pcr分析的用crccr5_d+q靶向的cd34+hspc来源的克隆的凝胶电泳图像。注意两个grna切割位点之间205bp区域的缺失(上图；wt：野生型；δccr5：缺失；绿色*表示wt克隆；橙色*表示杂合克隆；并且红色*表示纯合缺失克隆)。cd34+hspc中靶向ccr5的三个双重grna组合的克隆缺失效率(n＝4；平均值±sem％；下图)。图35a-35g显示了双重grna组合的靶向效率。图35a显示通过流式细胞术测量的来自三个独立供体的6个双重grna组合的b2m缺失效率。图35b是显示b2m缺失(上图)后mhci类表面表达损失(下图)的facs图。图35c是b2m基因座的单细胞巢式pcr策略的示意图(左图)，黑色和灰色箭头：对照引物对，橙色和绿色箭头：侧接靶向区域的引物对。显示无b2m的单细胞％(右图，n＝301)。35d是sanger测序色谱图，其显示在b2m基因座的靶向区域的预计缺失。图35e显示从多个供体获得的cd34+hspc-mpb中的三个双重grna组合的克隆ccr5缺失效率。通过pcr和凝胶电泳分析从个别集落中分离的dna。图35f是用于测定原代cd4+t细胞中ccr5缺失的单细胞巢式pcr策略的示意图(左图)。显示无ccr5的单细胞％(右图，n＝363)。图35g显示sanger测序色谱图，其显示在靶向区域的预计缺失。图36显示了293t细胞中所选引导子的b2m缺失效率。surveyor分析中的箭头显示核酸酶切割键。图37显示了用ascpf1和引导crb2m转染时293t细胞中的b2m表面表达的比较。图38显示了用lbcpf1和引导crb2m转染时293t细胞中的b2m表面表达的比较。图39描绘cpf1crrna设计和克隆信息。图40a-40g显示了使用talen获得的b2mkojeg3细胞的产生和表征。图40a描述了b2mtalen和诱导的突变的设计。图40b描述了在转录本和蛋白质水平的b2m分析。图40c显示了关于表面表达水平的b2m分析。图40d显示了δb2m克隆缺乏mhc-i表面表达。图40e显示了δb2m克隆缺乏hla-g表面表达。图40f显示了δb2m克隆缺乏hla-c表面表达。图40g显示了δb2m克隆缺乏hla-e表面表达。图41显示了本发明的示例性tcr靶向策略。图41是分别描绘靶向tcrα和tcrβ链的第一编码外显子的crisprgrna的位置的示意图。图42a-42b显示了jurkatt细胞中t细胞受体的缺失。图42a描绘了使用抗cd3抗体的facs分析的结果，其揭示了稳定表达cas9核酸酶的jurkatt细胞中tcr成功缺失。图42b显示证实tcra和tcrb基因座处的切割的surveyortm分析的结果。图43a-43b显示了原代人类cd3+t细胞中的tcr缺失。图43a显示surveyortm分析的结果，其证实了从两个独立供体获得的cd3+t细胞中tcra和tcrb基因座处的crispr切割。图43b显示通过facs分析证实的tcr表面表达损失。图44a-44c显示了本发明的示例性pd-1基因座靶向策略。图44a是pd-1靶向策略的示意图。图44b显示了双重crispr策略通过靶向pd-1基因座的两种crispr在hek293t细胞中产生切割。图44c是测序的示意图，其证实在转染靶向pd-1基因(pdcd1)的两种crispr后在pd-1基因座中的预计缺失。图45a-35b显示了jurkatt细胞中pd-1表达的损失。图45a显示facs分析的结果，其证实了活化的jurkatt细胞中pd-1表达损失。图45b显示证实pd-1基因座处的切割的surveyortm分析的结果。图46a-46c显示了本发明的示例性ctla4基因座靶向策略。图46a是ctla4靶向策略的示意图。图46b显示了双重crispr策略通过靶向ctla4基因座的两种crispr在hek293t细胞中产生切割。图46c是测序的示意图，其证实在转染靶向ctla4基因(ctla4)的两种crispr后ctla4基因座中的预计缺失。图47a-47b显示了jurkatt细胞中ctla-4基因座处的切割。图47a显示了双重crispr策略通过靶向ctla4基因座的两种crispr在jurkatt细胞中产生切割。图47b显示surveyortm分析的结果，其证实了通过两种ctla4crispr在jurkatt细胞中成功切割。下面的表8-55分别作为附件1-47一起提交：表8-可用于靶向hla-a的示例性grna序列；表9-可用于靶向hla-b的示例性grna序列；表10-可用于靶向hla-c的示例性grna序列；表11-可用于靶向rfx-ank的示例性grna序列；表12-可用于靶向ciita的示例性grna序列；表13-可用于靶向nfy-a的示例性grna序列；表14-可用于靶向nlrc5的示例性grna序列；表15-可用于靶向b2m的示例性grna序列；表16-可用于靶向rfx5的示例性grna序列；表17-可用于靶向rfx-ap的示例性grna序列；表18-可用于靶向hla-g的示例性grna序列；表19-可用于靶向hla-e的示例性grna序列；表20-可用于靶向nfy-b的示例性grna序列；表21-可用于靶向pd-l1的示例性grna序列；表22-可用于靶向nfy-c的示例性grna序列；表23-可用于靶向irf1的示例性grna序列；表24-可用于靶向tap1的示例性grna序列；表25-可用于靶向gitr的示例性grna序列；表26-可用于靶向41bb的示例性grna序列；表27-可用于靶向cd28的示例性grna序列；表28-可用于靶向b7-1的示例性grna序列；表29-可用于靶向cd47的示例性grna序列；表30-可用于靶向b7-2的示例性grna序列；表31-可用于靶向ox40的示例性grna序列；表32-可用于靶向cd27的示例性grna序列；表33-可用于靶向hvem的示例性grna序列；表34-可用于靶向slam的示例性grna序列；表35-可用于靶向cd226的示例性grna序列；表36-可用于靶向icos的示例性grna序列；表37-可用于靶向lag3的示例性grna序列；表38-可用于靶向tigit的示例性grna序列；表39-可用于靶向tim3的示例性grna序列；表40-可用于靶向cd160的示例性grna序列；表41-可用于靶向btla的示例性grna序列；表42-可用于靶向cd244的示例性grna序列；表43-可用于靶向lfa-1的示例性grna序列；表44-可用于靶向st2的示例性grna序列；表45-可用于靶向hla-f的示例性grna序列；表46-可用于靶向cd30的示例性grna序列；表47-可用于靶向b7-h3的示例性grna序列；表48-可用于靶向vista的示例性grna序列；表49-可用于靶向tlt的示例性grna序列；表50-可用于靶向pd-l2的示例性grna序列；表51-可用于靶向cd58的示例性grna序列；表52-可用于靶向cd58的示例性grna序列；表53-可用于靶向cd2的示例性grna序列；和表54-可用于靶向helios的示例性grna序列。以电子(.txt)形式一起提交并包含附件1-47(分别为表8-54)的材料通过以引用的方式并入本文中，具体地：附件1(文件名：table8.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：223,026字节)；附件2(文件名：table9.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：327,895字节)；附件3(文件名：table10.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：280,849字节)；附件4(文件名：table11.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：998,046字节)；附件5(文件名：table12.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：4,717,823字节)；附件6(文件名：table13.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：2,813,407字节)；附件7(文件名：table14.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：6,568,742字节)；附件8(文件名：table15.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：728,685字节)；附件9(文件名：table16.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：766,106字节)；附件10(文件名：table17.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：874,435字节)；附件11(文件名：table18.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：232,536字节)；附件12(文件名：table19.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：539,932字节)；附件13(文件名：table20.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：2,256,084字节)；附件14(文件名：table21.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：1,303,081字节)；附件15(文件名：table22.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：6,821,299字节)；附件16(文件名：table23.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：1,095,386字节)；附件17(文件名：table24.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：941,281字节)；附件18(文件名：table25.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：378,368字节)；附件19(文件名：table26.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：2,706,509字节)；附件20(文件名：table27.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：3,578,977字节)；附件21(文件名：table28.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：3,638,039字节)；附件22(文件名：table29.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：5,083,645字节)；附件23(文件名：table30.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：4,481,092字节)；附件24(文件名：table31.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：393,567字节)；附件25(文件名：table32.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：675,503字节)；附件26(文件名：table33.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：1,002,258字节)；附件27(文件名：table34.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：454,540字节)；附件28(文件名：table35.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：10,463,522字节)；附件29(文件名：table36.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：2,755,910字节)；附件30(文件名：table37.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：733,191字节)；附件31(文件名：table38.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：1,674,331字节)；附件32(文件名：table39.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：2,622,419字节)；附件33(文件名：table40.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：2,049,613字节)；附件34(文件名：table41.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：4,016,813字节)；附件35(文件名：table42.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：4,177,884字节)；附件36(文件名：table43.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：4,326,759字节)；附件37(文件名：table44.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：1,007,674字节)；附件38(文件名：table45.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：1,690,144字节)；附件39(文件名：table46.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：5,427,706字节)；附件40(文件名：table47.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：3,510,941字节)；附件41(文件名：table48.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：3,043,135字节)；附件42(文件名：table49.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：274,899,026字节)；附件43(文件名：table50.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：7,273,026字节)；附件44(文件名：table51.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：2,336,524字节)；附件45(文件名：table52.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：274,899,026字节)；附件46(文件名：table53.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：1,820,108字节)；和附件47(文件名：table54.txt；创建日期：2016年5月9日；文件大小：17,165,777字节)。具体实施方式如例如在图1中大体上描绘的，最近在干细胞生物学方面的进展已使得可以考虑将对象自身的细胞用作移植的无限来源。令人遗憾的是，就多能性、表观遗传状态、分化能力和基因组稳定性而言，基因组编辑和产生诱导的多能干细胞(ipsc)，接着使这些ipsc分化仍然是昂贵的、耗时的和高度可变的过程。此外，已经发现，在基因组编辑和长时间培养期间发生的变化触发了适应性免疫应答，从而导致甚至自体干细胞来源的移植物的免疫排斥。为了克服对象对干细胞来源的移植物的免疫排斥的问题，发明人已经开发并在本文中公开了一种通用供体干细胞，其代表任何可移植细胞类型的可行来源。有利地，不管对象的遗传构成如何，本文公开的通用干细胞都不受接受对象的免疫系统的排斥。本文公开的发明使用基因组编辑技术(例如，crispr/cas或talen系统)来降低或消除关键免疫基因的表达(例如通过使关键免疫基因的基因组dna缺失)，或在某些情况下，在人类es细胞和ipsc中插入耐受性诱导因子，使得所述细胞和由其制备的分化细胞具有低免疫原性并且不易被移植了这些细胞的对象免疫排斥。当在本文中用于表征细胞时，术语“低免疫原性”通常是指这些细胞不易被移植了这些细胞的对象免疫排斥。例如，相对于未改变的野生型细胞，这种低免疫原性细胞可能约2.5％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、97.5％、99％或大于99％更不易被移植了这些细胞的对象免疫排斥。在一些方面，使用基因组编辑技术(例如，crispr/cas或talen系统)来调节(例如降低或消除)mhc-i和mhc-ii基因的表达。在某些实施方式中，本文公开的发明涉及一种干细胞，所述干细胞的基因组已被改变以降低或缺失hla表达的关键组分。类似地，在某些实施方式中，本文公开的发明涉及一种干细胞，所述干细胞的基因组已被改变以插入一种或多种耐受性诱导因子。本发明考虑以本领域技术人员可利用的任何方式(例如使用talen或crispr/cas系统)改变靶多核苷酸序列。这些crispr/cas系统可以使用各种cas蛋白(haft等人,ploscomputbiol.2005；1(6)e60)。在一些实施方式中，crispr/cas系统是crispri型系统。在一些实施方式中，crispr/cas系统是crisprii型系统。在一些实施方式中，crispr/cas系统是crisprv型系统。应了解，尽管本文详细描述了使用crispr/cas(例如cas9和cpf1)和talen的方法的实例，但本发明不限于使用这些方法/系统。本文可以使用本领域技术人员已知的靶向多核苷酸序列以降低或去除靶细胞中的表达的其它方法。本发明考虑改变(例如修饰或切割)细胞中的靶多核苷酸序列以用于任何目的，但特别是使得降低或消除编码产物的表达或活性。例如，crispr/cas系统可以用于靶向抗原呈递的转录调节因子以产生低免疫原性干细胞。在一些实施方式中，改变细胞(例如es细胞或ipsc)中的靶多核苷酸序列以产生突变细胞。如本文所用，“突变细胞”通常是指所得基因型不同于其原始基因型或野生型细胞的细胞。在一些情况下，“突变细胞”表现出突变表型，例如当使用crispr/cas系统改变正常功能的干细胞基因时。在一些实施方式中，改变细胞中的靶多核苷酸序列以校正或修复基因突变(例如，以恢复细胞的正常表型)。在一些实施方式中，改变细胞中的靶多核苷酸序列以诱导基因突变(例如，以破坏基因或基因组元件的功能)。在一些实施方式中，所述改变是indel。如本文所用，“indel”是指由插入、缺失或其组合引起的突变。如本领域技术人员将了解，除非indel的长度是三的倍数，否则基因组序列的编码区中的indel将引起移码突变。在一些实施方式中，所述改变是点突变。如本文所用，“点突变”是指替代一个核苷酸的取代。crispr/cas系统可以用于诱导靶多核苷酸序列中的任何长度的indel或点突变。在一些实施方案中，所述改变引起靶多核苷酸序列或其部分的敲除。例如，敲除细胞中的靶多核苷酸序列可以在体外、体内或离体进行以用于治疗和研究目的。敲除细胞中的靶多核苷酸序列可以用于治疗或预防与靶多核苷酸序列表达相关的病症(例如，通过离体敲除细胞中的突变等位基因并将这些包含敲除的突变等位基因的细胞引入对象中)。如本文所用，“敲除”包括以干扰靶多核苷酸序列或其表达产物的功能的方式使靶多核苷酸序列的全部或一部分缺失。在一些实施方式中，所述改变引起靶多核苷酸序列的表达降低。在本文中，术语“减少”和“降低”通常都用于表示减少统计学显著的量。然而，为了避免疑义，“减少”、“降低”包括与参考水平相比减少至少10％，例如与参考水平相比减少至少约20％或至少约30％，或至少约40％，或至少约50％，或至少约60％，或至少约70％，或至少约80％，或至少约90％，或高达并且包括100％减少(即与参考样品相比不存在的水平)，或在10-100％之间的任何减少。在本文中，术语“增加”或“提高”或“活化”通常都用于表示增加统计学显著的量；为了避免任何疑义，术语“增加”或“提高”或“活化”是指与参考水平相比增加至少10％，例如与参考水平相比增加至少约20％，或至少约30％，或至少约40％，或至少约50％，或至少约60％，或至少约70％，或至少约80％，或至少约90％，或高达并且包括100％增加或在10-100％之间的任何增加，或与参考水平相比至少约2倍，或者至少约3倍，或者至少约4倍，或者至少约5倍或至少约10倍增加，或在2倍至10倍或大于10倍之间的任何增加。术语“统计学显著”或“显著”是指统计学显著性，并且通常是指比标志物的正常或下限浓度低2倍标准偏差(2sd)。该术语是指存在差异的统计学证据。其被定义为在零假设实际为真时做出拒绝零假设的判定的概率。该判定通常使用p值进行。在一些实施方式中，所述改变是纯合改变。在一些实施方式中，所述改变是杂合改变。在一些实施方式中，所述改变使靶多核苷酸序列从非期望序列校正为期望序列。可以使用crispr/cas系统来校正靶多核苷酸序列中的任何类型的突变或错误。例如，可以使用crispr/cas系统来插入由于缺失而从靶多核苷酸序列中丢失的核苷酸序列。还可以使用crispr/cas系统使靶多核苷酸序列中缺失或从靶多核苷酸序列中切除由于插入突变产生的核苷酸序列。在一些情况下，可以使用crispr/cas系统用正确的核苷酸序列替代不正确的核苷酸序列(例如，恢复由于功能损失突变而受损的靶多核苷酸序列的功能)。crispr/cas系统可以以令人惊讶的高效率改变靶多核苷酸。在某些实施方式中，改变效率为至少约5％。在某些实施方式中，改变效率为至少约10％。在某些实施方式中，改变效率为约10％至约80％。在某些实施方式中，改变效率为约30％至约80％。在某些实施方式中，改变效率为约50％至约80％。在一些实施方式中，改变效率为大于或等于约80％。在一些实施方式中，改变效率为大于或等于约85％。在一些实施方式中，改变效率为大于或等于约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％或约99％。在一些实施方式中，改变效率等于约100％。在一些实施方式中，靶多核苷酸序列为基因组序列。在一些实施方式中，靶多核苷酸序列为人类基因组序列。在一些实施方式中，靶多核苷酸序列为哺乳动物基因组序列。在一些实施方式中，靶多核苷酸序列为脊椎动物基因组序列。在一些实施方式中，crispr/cas系统包括cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和至少一种至两种核糖核酸(例如grna)，所述核糖核酸能够将cas蛋白引导至靶多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交。在一些实施方式中，crispr/cas系统包括cas蛋白或编码cas蛋白的核酸序列和单个核糖核酸或至少一个核糖核酸(例如grna)对，所述核糖核酸能够将cas蛋白引导至靶多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交。如本文所用，“蛋白质”和“多肽”可互换用来指通过肽键接合的一系列氨基酸残基(即氨基酸的聚合物)，并且包括修饰的氨基酸(例如磷酸化、糖化、糖基化等)和氨基酸类似物。示例性多肽或蛋白质包括基因产物、天然存在的蛋白质、同源物、旁系同源物、片段和其它等效物、变体和上述物质的类似物。在一些实施方式中，cas蛋白包含一个或多个氨基酸取代或修饰。在一些实施方式中，一个或多个氨基酸取代包含保守氨基酸取代。在一些情况下，取代和/或修饰可以防止或降低蛋白水解降解和/或延长细胞中多肽的半衰期。在一些实施方式中，cas蛋白可以包含肽键置换(例如脲、硫脲、氨基甲酸酯、磺酰脲等)。在一些实施方式中，cas蛋白可以包含天然存在的氨基酸。在一些实施方式中，cas蛋白可以包含可选的氨基酸(例如d-氨基酸、β-氨基酸、高半胱氨酸、磷酸丝氨酸等)。在一些实施方式中，cas蛋白可以包含修饰以包括部分(例如聚乙二醇化、糖基化、脂化、乙酰化、封端等)。在一些实施方式中，cas蛋白包含核心cas蛋白。示例性cas核心蛋白包括但不限于cas1、cas2、cas3、cas4、cas5、cas6、cas7、cas8和cas9。在一些实施方式中，cas蛋白包含大肠杆菌(e.coli)亚型的cas蛋白(也称为cass2)。大肠杆菌亚型的示例性cas蛋白包括但不限于cse1、cse2、cse3、cse4和cas5e。在一些实施方式中，cas蛋白包含ypest亚型的cas蛋白(也称为cass3)。ypest亚型的示例性cas蛋白包括但不限于csy1、csy2、csy3和csy4。在一些实施方式中，cas蛋白包含nmeni亚型的cas蛋白(也称为cass4)。nmeni亚型的示例性cas蛋白包括但不限于csn1和csn2。在一些实施方式中，cas蛋白包含dvulg亚型的cas蛋白(也称为cass1)。dvulg亚型的示例性cas蛋白包括但不限于csd1、csd2和cas5d。在一些实施方式中，cas蛋白包含tneap亚型的cas蛋白(也称为cass7)。tneap亚型的示例性cas蛋白包括但不限于cst1、cst2、cas5t。在一些实施方式中，cas蛋白包含hmari亚型的cas蛋白。hmari亚型的示例性cas蛋白包括但不限于csh1、csh2和cas5h。在一些实施方式中，cas蛋白包含apern亚型的cas蛋白(也称为cass5)。apern亚型的示例性cas蛋白包括但不限于csa1、csa2、csa3、csa4、csa5和cas5a。在一些实施方式中，cas蛋白包含mtube亚型的cas蛋白(也称为cass6)。mtube亚型的示例性cas蛋白包括但不限于csm1、csm2、csm3、csm4和csm5。在一些实施方式中，cas蛋白包含ramp型cas蛋白。示例性ramp型cas蛋白包括但不限于cmr1、cmr2、cmr3、cmr4、cmr5和cmr6。在一些实施方式中，cas蛋白是化脓链球菌(streptococcuspyogenes)cas9蛋白或其功能部分。在一些实施方式中，cas蛋白是金黄色葡萄球菌(streptococcusaureus)cas9蛋白或其功能部分。在一些实施方式中，cas蛋白是嗜热链球菌(streptococcusthermophilus)cas9蛋白或其功能部分。在一些实施方式中，cas蛋白是脑膜炎奈瑟氏球菌(neisseriameningitides)cas9蛋白或其功能部分。在一些实施方案中，cas蛋白是齿垢密螺旋体(treponemadenticola)cas9蛋白或其功能部分。在一些实施方案中，cas蛋白是来自任何细菌种的cas9蛋白或其功能部分。cas9蛋白是ii型crispr系统的成员，所述ii型crispr系统通常包括反式编码的小rna(tracrrna)、内源核糖核酸酶3(rnc)和cas蛋白。cas9蛋白(也称为crispr相关核酸内切酶cas9/csn1)是包含1368个氨基酸的多肽。图12中显示cas9蛋白的示例性氨基酸序列(seqidno:1)。cas9含有2个核酸内切酶结构域，包括切割与crrna不互补的靶dna的ruvc样结构域(残基7-22、759-766和982-989)和切割与crrna互补的靶dna的hnh核酸酶结构域(残基810-872)。在图12中，ruvc样结构域以黄色突出显示，并且hnh核酸酶结构域带有下划线。在一些实施方式中，cas蛋白是cpf1蛋白或其功能部分。在一些实施方式中，cas蛋白是来自任何细菌种的cpf1或其功能部分。在一些方面，cpf1是新氏弗朗西斯菌(francisellanovicida)u112蛋白或其功能部分。在一些方面，cpf1是酸性氨基酸球菌(acidaminococcussp.)bv3l6蛋白或其功能部分。在一些方面，cpf1是滑麻科细菌(lachnospiraceaebacterium)nd2006蛋白或其功能部分。cpf1蛋白是v型crispr系统的成员。cpf1蛋白是包含约1300个氨基酸的多肽。cpf1含有ruvc样核酸内切酶结构域。cpf1使用单个核糖核酸酶结构域以交错模式切割靶dna。交错的dna双链断裂产生4或5-nt的5'突出端。如本文所用，“功能部分”是指肽中保留其与至少一种核糖核酸(例如，引导rna(grna))复合的能力并切割靶多核苷酸序列的部分。在一些实施方式中，功能部分包含可操作地连接的cas9蛋白功能结构域的组合，所述功能结构域选自：dna结合结构域、至少一个rna结合结构域、解旋酶结构域和核酸内切酶结构域。在一些实施方式中，功能部分包含可操作地连接的cpf1蛋白功能结构域的组合，所述功能结构域选自：dna结合结构域、至少一个rna结合结构域、解旋酶结构域和核酸内切酶结构域。在一些实施方式中，功能结构域形成复合物。在一些实施方式中，cas9蛋白的功能部分包含ruvc样结构域的功能部分。在一些实施方式中，cas9蛋白的功能部分包含hnh核酸酶结构域的功能部分。在一些实施方式中，cpf1蛋白的功能部分包含ruvc样结构域的功能部分。应了解，本发明考虑了使靶多核苷酸序列与cas蛋白(例如cas9)接触的各种方式。在一些实施方式中，外源cas蛋白可以以多肽形式引入细胞中。在某些实施方式中，可以使cas蛋白与细胞穿透性多肽或细胞穿透性肽结合或融合。如本文所用，“细胞穿透性多肽”和“细胞穿透性肽”分别指促进分子摄入细胞中的多肽或肽。细胞穿透性多肽可以含有可检测标签。在某些实施方式中，可以使cas蛋白与带电蛋白质(例如，携带正电荷、负电荷或整体中性电荷的蛋白质)结合或融合。这种连接可以是共价的。在一些实施方式中，可以将cas蛋白与带超正电荷的gfp融合以显著增加cas蛋白穿透细胞的能力(cronican等人,acschembiol.2010；5(8):747-52)。在某些实施方式中，可以将cas蛋白与蛋白质转导结构域(ptd)融合以促进其进入细胞中。示例性的ptd包括tat、寡聚精氨酸和穿透蛋白。在一些实施方式中，cas9蛋白包含与细胞穿透性肽融合的cas9多肽。在一些实施方式中，cas9蛋白包含与ptd融合的cas9多肽。在一些实施方式中，cas9蛋白包含与tat结构域融合的cas9多肽。在一些实施方式中，cas9蛋白包含与寡聚精氨酸结构域融合的cas9多肽。在一些实施方式中，cas9蛋白包含与穿透蛋白结构域融合的cas9多肽。在一些实施方式中，cas9蛋白包含与带超正电荷的gfp融合的cas9多肽。在一些实施方式中，cpf1蛋白包含与细胞穿透性肽融合的cpf1多肽。在一些实施方式中，cpf1蛋白包含与ptd融合的cpf1多肽。在一些实施方式中，cpf1蛋白包含与tat结构域融合的cpf1多肽。在一些实施方式中，cpf1蛋白包含与寡聚精氨酸结构域融合的cpf1多肽。在一些实施方式中，cpf1蛋白包含与穿透蛋白结构域融合的cpf1多肽。在一些实施方式中，cpf1蛋白包含与带超正电荷的gfp融合的cpf1多肽。在一些实施方式中，可以将cas蛋白以编码cas蛋白(例如cas9或cpf1)的核酸的形式引入含有靶多核苷酸序列的细胞中。将核酸引入细胞中的过程可以通过任何适合的技术来实现。适合的技术包括磷酸钙或脂质介导的转染、电穿孔以及使用病毒载体进行的转导或感染。在一些实施方式中，核酸包含dna。在一些实施方式中，核酸包含本文所述的修饰的dna。在一些实施方式中，核酸包含mrna。在一些实施方式中，核酸包含本文所述的修饰的mrna(例如，合成的修饰的mrna)。在一些实施方式中，经由病毒转导(例如慢病毒转导)将编码cas蛋白的核酸和编码至少一种至两种核糖核酸的核酸引入细胞中。在一些实施方式中，cas蛋白与一种至两种核糖核酸复合。在一些实施方式中，cas蛋白与两种核糖核酸复合。在一些实施方式中，cas蛋白与一种核糖核酸复合。在一些实施方式中，cas蛋白由本文所述的修饰的核酸(例如，合成的修饰的mrna)编码。本发明方法考虑使用能够将cas蛋白引导至靶多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交的任何核糖核酸。在一些实施方式中，至少一种核糖核酸包含tracrrna。在一些实施方式中，至少一种核糖核酸包含crisprrna(crrna)。在一些实施方式中，单个核糖核酸包含引导rna，所述引导rna将cas蛋白引导至细胞中的靶多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交。在一些实施方式中，至少一种核糖核酸包含引导rna，所述引导rna将cas蛋白引导至细胞中的靶多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸中的两者都包含引导rna，所述引导rna将cas蛋白引导至细胞中的靶多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交。如本领域技术人员所了解，视所使用的特定crispr/cas系统和靶多核苷酸的序列而定，可以选择本发明的核糖核酸以与各种不同靶基序杂交。还可以选择一种至两种核糖核酸以使与除靶多核苷酸序列以外的核酸序列的杂交最小化。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸杂交于与细胞中的所有其它基因组核苷酸序列相比时含有至少两个错配的靶基序。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸杂交于与细胞中的所有其它基因组核苷酸序列相比时含有至少一个错配的靶基序。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸被设计成与紧邻cas蛋白所识别的脱氧核糖核酸基序的靶基序杂交。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸中的每一种被设计成与紧邻cas蛋白所识别的脱氧核糖核酸基序的靶基序杂交，所述脱氧核糖核酸基序侧接位于靶基序之间的突变等位基因。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸中的至少一种包含选自seqidno:2-817976的核糖核酸序列的序列。在一些实施方式中，至少一种核糖核酸包含选自seqidno:2-817976的核糖核酸序列的序列。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸中的至少一种包含与选自seqidno:2-817976的核糖核酸序列的序列具有单个核苷酸错配的序列。在一些实施方式中，至少一种核糖核酸包含与选自seqidno:2-817976的核糖核酸序列的序列具有单个核苷酸错配的序列。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸中的每一种都包含引导rna，所述引导rna将cas蛋白引导至细胞中的靶多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交。在一些实施方式中，一种或两种核糖核酸(例如，引导rna)与靶多核苷酸序列的同一链上的序列互补和/或杂交。在一些实施方式中，一种或两种核糖核酸(例如，引导rna)与靶多核苷酸序列的相对链上的序列互补和/或杂交。在一些实施方式中，一种或两种核糖核酸(例如，引导rna)不与靶多核苷酸序列的相对链上的序列互补和/或杂交。在一些实施方式中，一种或两种核糖核酸(例如，引导rna)与靶多核苷酸序列的重叠靶基序互补和/或杂交。在一些实施方式中，一种或两种核糖核酸(例如，引导rna)与靶多核苷酸序列的偏移(offset)靶基序互补和/或杂交。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列。在一些实施方式中，靶基序的长度为至少20个核苷酸。在一些实施方式中，靶基序是20个核苷酸的dna序列。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在nrg基序之前。在一些方面，nrg基序是ngg或nag。在一些实施方式中，靶基序是20个核苷酸的dna序列并且紧接在cas蛋白所识别的nrg基序之前。在一些实施方式中，靶基序是20个核苷酸的dna序列并且紧接在cas蛋白所识别的nag基序之前。在一些实施方式中，靶基序是以g开始的20个核苷酸的dna序列并且紧接在cas蛋白所识别的ngg基序之前。在一些实施方式中，靶基序是g(n)19ngg。在一些实施方式中，靶基序是(n)20ngg。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在nngrrt基序之前。在一些实施方式中，靶基序是20个核苷酸的dna序列并且紧接在nngrrt基序之前。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在nnnrrt基序之前。在一些实施方式中，靶基序是20个核苷酸的dna序列并且紧接在nnnrrt基序之前。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在nnagaaw基序之前。在一些实施方式中，靶基序是20个核苷酸的dna序列并且紧接在nnagaaw基序之前。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在nnnngatt基序之前。在一些实施方式中，靶基序是20个核苷酸的dna序列并且紧接在nnnngatt基序之前。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在naaaac基序之前。在一些实施方式中，靶基序是20个核苷酸的dna序列并且紧接在naaaac基序之前。在一些实施方式中，靶基序是具有5't富集区的17至23个核苷酸的dna序列(例如，tttn基序)。在一些实施方式中，靶基序是具有5't富集区的20个核苷酸的dna序列(例如，tttn基序)。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在化脓链球菌cas9蛋白所识别的nrg基序(例如，ngg或nag)之前。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在金黄色葡萄球菌cas9蛋白所识别的nngrrt基序之前。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在金黄色葡萄球菌cas9蛋白所识别的nnnrrt基序之前。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在嗜热链球菌cas9蛋白所识别的nnagaaw基序之前。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在脑膜炎奈瑟氏球菌cas9蛋白所识别的nnnngatt基序之前。在一些实施方式中，靶基序是17至23个核苷酸的dna序列并且紧接在齿垢密螺旋体cas9蛋白所识别的naaaac基序之前。在一些实施方式中，靶基序是酸性氨基酸球菌或滑麻科cpf1蛋白所识别的具有5't富集区的17至23个核苷酸的dna序列(例如，tttn基序)。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸杂交于与细胞中的所有其它基因组核苷酸序列相比时含有至少两个错配的靶基序。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸杂交于与细胞中的所有其它基因组核苷酸序列相比时含有至少一个错配的靶基序。本领域技术人员应了解，可以使用各种技术选择适合的靶基序以使脱靶效应最小化(例如，生物信息学分析)。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸被设计成与紧邻cas蛋白所识别的脱氧核糖核酸基序的靶基序杂交。在一些实施方式中，一种至两种核糖核酸中的每一种被设计成与紧邻cas蛋白所识别的脱氧核糖核酸基序的靶基序杂交，所述脱氧核糖核酸基序侧接位于靶基序之间的突变等位基因。在一些方面，使用基因编辑系统(例如talen，crispr/cas等)改变细胞中的靶多核苷酸序列以降低或消除细胞中一种或多种关键免疫基因的表达和/或活性。在一些实施方式中，本公开提出改变细胞中的靶多核苷酸序列以从细胞的一个或两个等位基因中缺失基因组dna的连续延伸段(例如，缺失一种或多种关键免疫基因)(例如使用crispr/cas系统)。在一些实施方式中，改变细胞中的靶多核苷酸序列以在细胞的一个或两个等位基因中插入基因突变(例如，使用crispr/cas系统)。在其它实施方式中，可以对本文公开的通用干细胞进行互补基因组编辑方法(例如，使用crispr/cas系统)，从而修饰这些干细胞以从细胞的一个或两个等位基因中缺失基因组dna的连续延伸段(例如，关键免疫基因)以及将一种或多种耐受性诱导因子(例如hla-g或pd-l1)插入细胞的一个或两个等位基因中以局部抑制免疫系统并改善移植物移植。本文公开的通用干细胞可以分化成相关的细胞类型以评估hla表达以及评估通用干细胞系的免疫原性，例如在临床前人源化小鼠模型中。例如，本文公开的通用干细胞可以在适当条件下温育并分化成间充质祖细胞(mpc)、低免疫原性心肌细胞、内皮细胞(ec)、巨噬细胞、肝细胞、β细胞(例如胰腺β细胞)或神经祖细胞(npc)。本文公开的通用干细胞和方法将通过获得严格测试的通用供体干细胞系对再生医学产生巨大的影响，所述通用供体干细胞系可以生长并分化成很大量的细胞，使得所有医疗机构可以广泛使用，并在需要时用于治疗患有退行性疾病的患者，从而使得不必根据病例使用患者自身的细胞作为自体移植的来源。此外，由于产生的细胞产物将免受免疫攻击，所以它们将代表自身免疫疾病(诸如ms(多发性硬化)和糖尿病，其中自体细胞仍易于被免疫攻击)的新型治疗。然而，免疫豁免的通用供体干细胞来源的细胞产物将免受自身免疫排斥。本文公开的通用干细胞可以用于例如诊断、监测、治疗和/或治愈对象的疾病或病状的存在或进展。如本文所用，“对象”是指人类或动物。在某些实施方式中，对象是人类。在某些实施方式中，对象是青少年。在某些实施方式中，对象在体内、体外和/或在子宫中进行治疗。在某些方面，需要根据本文公开的方法进行治疗的对象患有病状或怀疑患有这种病状或发展出这种病状的风险增加。如图2a所描绘，hla代表在对象中成功移植干细胞或分化的干细胞的免疫屏障。本文公开了可用于克服移植的hla免疫屏障的新组合物、细胞和相关方法。如图2b所说明，主要组织相容性复合物(mhc)是人类chr.6p21上的基因座，其编码在器官移植期间定义供体相容性的表面分子的高度多态性基因家族。mhci类(mhc-i)和mhcii类(mhc-ii)通过向t淋巴细胞呈递抗原而在适应性免疫应答的活化中起关键作用。图13中提供了mhc-ii与mhc-i增强子体的比较。人类具有三种经典的mhc-ia分子(hla-a、hla-b和hla-c)，其对于检测和消除病毒、癌细胞和移植细胞是至关重要的。此外，还有三种具有免疫调节功能的非经典mhc-ib分子(hla-e、hla-f和hla-g)。尽管mhc发挥重要的细胞功能，但在某些情况下，诸如在基于细胞的移植疗法中，它们也可能造成免疫排斥。本文提供了可用于解决移植细胞的这种基于hla的免疫排斥的新细胞、组合物和方法。敲除在某些方面，本文公开的发明涉及调节mhc-i和/或mhc-ii的表达的干细胞基因组的一个或多个靶向的多核苷酸序列的基因组修饰。在一些方面，使用遗传编辑系统来修饰一个或多个靶向的多核苷酸序列。在一些方面，使用crispr/cas系统来使一个或多个靶向的多核苷酸序列缺失。mhc-i分子包含mhc编码的重链和不变的亚基β2-微球蛋白(b2m)。抗原来源的肽由细胞表面的mhc-i-b2m复合物呈递至携带抗原特异性t细胞受体的cd8t细胞。肽主要通过专门的蛋白酶体或免疫蛋白酶体对细胞质蛋白的降解而产生，所述蛋白酶体或免疫蛋白酶体被优化成产生mhci类肽并且含有数个ifn-γ可诱导的亚基。与主要在抗原呈递细胞中发现的mhc-ii不同，mhc-ia在几乎所有有核细胞中都普遍表达(pamer等人,annurevimmunol(1998)16:323-358.)。ifn-γ刺激可高度诱导mhc-i和mhc-ii基因两者。可以通过以下方法中的一种或多种完成hla屏障的有效去除：(1)直接靶向多态hla等位基因(hla-a、-b、-c)和mhc-ii基因；(2)去除b2m，这将阻止所有mhc-i分子的表面运输；和/或(3)使对于hla表达很关键的mhc增强子体的组分(诸如nlrc5、rfx-5、-ank和-ap、irf1、nf-y和ciita)缺失。在某些实施方式中，干扰hla表达。在一些方面，通过靶向个别hla(例如敲除hla-a、hla-b和/或hla-c的表达)、靶向hla表达的转录调节因子(例如敲除nlrc5、cita、rfx5、rfxap、rfxank、nfy-a、nfy-b、nfy-c和/或irf-1的表达)、阻断mhci类分子的表面运输(例如敲除b2m和/或tap1的表达)和/或靶向hla-razor来干扰hla表达。在某些方面，本文公开的干细胞不表达一种或多种对应于mhc-i和/或mhc-ii的人类白细胞抗原(例如hla-a、hla-b和/或hla-c)并且因此被表征为具有低免疫原性。例如，在某些方面，本文公开的干细胞已被修饰，使得所述干细胞或由其制备的分化干细胞不表达以下mhc-i分子中的一种或多种或表现出以下mhc-i分子中的一种或多种的表达降低：hla-a、hla-b和hla-c。在一些方面，可以从细胞中“敲除”hla-a、hla-b和hla-c中的一种或多种。敲除hla-a基因、hla-b基因和/或hla-c基因的细胞可以表现出各敲除基因的表达降低或消除。参见图13a-j。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中hla-a基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:2-1418的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶hla-a序列的方法，其包含使hla-a序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶hla-a多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶hla-a多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对选自seqidno:2-1418。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中hla-b基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:1419-3277的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶hla-b序列的方法，其包含使hla-b序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶hla-b多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶hla-b多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对选自seqidno:1419-3277。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中hla-c基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:3278-5183的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶hla-c序列的方法，其包含使hla-c序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶hla-c多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶hla-c多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对选自seqidno:3278-5183。在某些实施方式中，mhc-i或mhc-ii的表达通过靶向基因组dna的连续延伸段并使其缺失，从而降低或消除靶基因(例如nlrc5)的表达来调节。如本文所用，术语“调节”与其在本领域中的用途一致地使用，即，指的是在所关注的方法、途径或现象中引起或促使定性或定量的变化、改变或修改。这种变化可以是方法、途径或现象的不同组分或分支的相对强度或活性的增加、减少或变化，但不限于此。在某些方面，靶基因是nlrc5、ciita、rfx5、rfxap、rfxank、nfy-a、nfy-b、nfy-c或irf-1。在某些方面，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)ii类反式激活因子(ciita)表达来调节(例如降低或消除)mhc-ii基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。ciita是蛋白质的nlr家族或核苷酸结合结构域(nbd)富含亮氨酸的重复序列(lrr)家族的成员，并且通过与mhc增强子体结合来调节mhc-ii的转录。在b细胞和树突状细胞中，ciita的表达随着发育阶段的变化而被诱导，并且在大多数细胞类型中可用ifn-γ诱导。除ciita外，nlr蛋白位于细胞质中，并且通过识别微生物产物和外源危险信号来促成先天性免疫应答，从而引起发炎和/或细胞死亡。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中ii类反式激活因子(ciita)基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhcii类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:5184-36352的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割ciita基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列(例如nlrc5和/或b2m)。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割ciita基因组序列可能引起靶ciita基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中ciita基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhcii类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:5184-36352的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶ciita多核苷酸序列的方法，其包含使ciita多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶ciita多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶ciita多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:5184-36352。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:5184-36352的序列的核糖核酸接触来编辑ciita基因以降低或消除细胞中的ciita表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶ciita多核苷酸序列的方法，其包含使ciita多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶ciita多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶ciita多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:5184-36352。在某些方面，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)含有5/nod27/clr16.1的nlr家族card结构域(nlrc5)的表达来调节(例如降低或消除)mhc-i基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。nlrc5是mhc-i介导的免疫应答的关键调节因子，并且与ciita类似，nlrc5可用ifn-γ高度诱导并可以移位到细胞核中。nlrc5活化mhc-i基因的启动子并诱导mhc-i以及参与mhc-i抗原呈递的相关基因的转录。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中nlrc5基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:36353-81239的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割nlrc5基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列(例如ciita和/或b2m)。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割nlrc5基因组序列可能引起靶nlrc5基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中nlrc5基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:36353-81239的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶nlrc5多核苷酸序列的方法，其包含使nlrc5多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶nlrc5多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶nlrc5多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:36353-81239。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:36353-81239的序列的核糖核酸接触来编辑nlrc5基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶nlrc5多核苷酸序列的方法，其包含使nlrc5多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶nlrc5多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶nlrc5多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:36353-81239。在某些实施方式中，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)辅助链b2m的表达来调节(例如降低或消除)mhc-i基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。通过调节(例如降低或缺失)b2m的表达，阻断了mhc-i分子的表面运输，并使细胞具有低免疫原性。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中β2-微球蛋白(b2m)基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:81240-85644的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割b2m基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列(例如nlrc5和/或ciita)。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割b2m基因组序列可能引起靶b2m基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中b2m基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:81240-85644的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶b2m多核苷酸序列的方法，其包含使b2m多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶b2m多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶b2m多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:81240-85644。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:81240-85644的序列的核糖核酸接触来编辑b2m基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶b2m多核苷酸序列的方法，其包含使b2m多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶b2m多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶b2m多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:81240-85644。在某些方面，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)一个或多个rfx5的表达来调节(例如降低或消除)mhc-i基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中rfx5基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:85645-90115的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割rfx5基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割rfx5基因组序列可能引起靶rfx5基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中rfx5基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:85645-90115的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶rfx5多核苷酸序列的方法，其包含使rfx5多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶rfx5多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶rfx5多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:85645-90115。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:85645-90115的序列的核糖核酸接触来编辑rfx5基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶rfx5多核苷酸序列的方法，其包含使rfx5多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶rfx5多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶rfx5多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:85645-90115。在某些方面，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)一个或多个rfxap的表达来调节(例如降低或消除)mhc-i基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中rfxap基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:90116-95635的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割rfxap基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割rfxap基因组序列可能引起靶rfxap基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中rfxap基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:90116-95635的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶rfxap多核苷酸序列的方法，其包含使rfxap多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶rfxap多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶rfxap多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:90116-95635。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:90116-95635的序列的核糖核酸接触来编辑rfxap基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶rfxap多核苷酸序列的方法，其包含使rfxap多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶rfxap多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶rfxap多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:90116-95635。在某些方面，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)一个或多个rfxank的表达来调节(例如降低或消除)mhc-i基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中rfxank基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:95636-102318的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割rfxank基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割rfxank基因组序列可能引起靶rfxank基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中rfxap基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:95636-102318的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶rfxank多核苷酸序列的方法，其包含使rfxank多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶rfxank多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶rfxank多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:95636-102318。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:95636-102318的序列的核糖核酸接触来编辑rfxank基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶rfxank多核苷酸序列的方法，其包含使rfxank多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶rfxank多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶rfxank多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:95636-102318。在某些方面，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)一个或多个nfy-a的表达来调节(例如降低或消除)mhc-i基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中nfy-a基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:102319-121796的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割nfy-a基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割nfy-a基因组序列可能引起靶nfy-a基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中nfy-a基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:102319-121796的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶nfy-a多核苷酸序列的方法，其包含使nfy-a多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶nfy-a多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶nfy-a多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:102319-121796。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:102319-121796的序列的核糖核酸接触来编辑nfy-a基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶nfy-a多核苷酸序列的方法，其包含使nfy-a多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶nfy-a多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶nfy-a多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:102319-121796。在某些方面，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)一个或多个nfy-b的表达来调节(例如降低或消除)mhc-i基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中nfy-b基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:121797-135112的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割nfy-b基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割nfy-b基因组序列可能引起靶nfy-b基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中nfy-b基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:121797-135112的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶nfy-b多核苷酸序列的方法，其包含使nfy-b多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶nfy-b多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶nfy-b多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:121797-135112。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:121797-135112的序列的核糖核酸接触来编辑nfy-b基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶nfy-b多核苷酸序列的方法，其包含使nfy-b多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶nfy-b多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶nfy-b多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:121797-135112。在某些方面，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)一个或多个nfy-c的表达来调节(例如降低或消除)mhc-i基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中nfy-c基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:135113-176601的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割nfy-c基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割nfy-c基因组序列可能引起靶nfy-c基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中nfy-c基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:135113-176601的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶nfy-c多核苷酸序列的方法，其包含使nfy-c多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶nfy-c多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶nfy-c多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:135113-176601。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:135113-176601的序列的核糖核酸接触来编辑nfy-c基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶nfy-c多核苷酸序列的方法，其包含使nfy-c多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶nfy-c多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶nfy-c多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:135113-176601。在某些方面，本文公开的发明通过靶向和调节(例如降低或消除)一个或多个irf-1的表达来调节(例如降低或消除)mhc-i基因的表达。在一些方面，使用crispr/cas系统进行调节。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中irf-1基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:176602-182813的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割irf-1基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割irf-1基因组序列可能引起靶irf-1基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中irf-1基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:176602-182813的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶irf-1多核苷酸序列的方法，其包含使irf-1多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶irf-1多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶irf-1多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:176602-182813。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:176602-182813的序列的核糖核酸接触来编辑irf-1基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶irf-1多核苷酸序列的方法，其包含使irf-1多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶irf-1多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶irf-1多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:176602-182813。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，其中tap1基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞或其群体中mhci类分子的表面表达。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:182814-188371的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。本发明考虑对人类细胞进行基因组编辑以切割tap1基因序列，以及对这些细胞的基因组进行编辑以改变一个或多个其它靶多核苷酸序列。应了解，使用本文所述的一个或多个grna或grna对和cas蛋白切割tap1基因组序列可能引起靶tap1基因组序列的部分或完全缺失，这取决于选择的grna或grna对的数量以及其靶标。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中tap1基因被编辑成使基因组dna的连续延伸段缺失，从而降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些实施方式中，通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和具有选自seqidno:182814-188371的序列的核糖核酸对接触来使基因组dna的连续延伸段缺失。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶tap1多核苷酸序列的方法，其包含使tap1多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和一种至两种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶tap1多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶tap1多核苷酸序列被切割，并且其中所述一种至两种核糖核酸中的至少一种选自seqidno:182814-188371。在一些方面，本发明提供一种干细胞(例如，低免疫原性干细胞)或其群体，各细胞包含修饰的基因组，所述修饰的基因组包含如下基因组修饰，其中通过使细胞与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和至少一种具有选自seqidno:182814-188371的序列的核糖核酸接触来编辑tap1基因以降低或消除细胞中的mhci类分子表面表达和/或活性。在一些方面，本发明提供一种用于改变细胞中的靶tap1多核苷酸序列的方法，其包含使tap1多核苷酸序列与成簇的规则间隔的短回文重复序列相关(cas)蛋白和至少一种核糖核酸接触，其中所述核糖核酸将cas蛋白引导至靶tap1多核苷酸序列的靶基序并与所述靶基序杂交，其中靶tap1多核苷酸序列被切割，并且其中所述至少一种核糖核酸选自seqidno:182814-188371。在某些实施方式中，允许通过靶向hla基因中的保守区域使所有mhci类等位基因同时缺失的grna被鉴定为hlarazor。在一些方面，grna为crispr系统的一部分。在可选方面，grna为talen系统的一部分。一方面，图2中描绘了靶向hla中的鉴定的保守区域的hlarazor。在其它方面，使用靶向鉴定的保存区域的多个hlarazor。通常应了解，任何靶向hla中的保守区域的引导子都可以充当hlarazor。敲入在某些实施方案中，可以将致耐受性因子插入或再插入基因组编辑的干细胞系中来产生免疫豁免的通用供体干细胞系。在某些实施方式中，本文公开的通用干细胞被进一步修饰成表达一种或多种致耐受性因子。示例性致耐受性因子包括但不限于hla-c、hla-e、hla-f、hla-g、pd-l1、ctla-4-ig、cd47、c1-抑制因子和il-35。发明人使用基因组编辑系统(诸如crispr/cas系统)促进将致耐受性因子(诸如下表2中所示的致耐受性因子)插入安全港基因座(诸如aavs1基因座)中来主动抑制免疫排斥。如图11a-11c所证明，发明人从安全港基因座中成功表达了致耐受性因子，诸如pd-l1和hla-g。表2-可以被(再)引入基因组编辑的干细胞系中来产生免疫豁免的通用供体干细胞系的致耐受性因子。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如低免疫原性干细胞)或其群体，其中所述干细胞基因组被修饰成表达hla-g。在一些方面，本公开提供一种用于改变干细胞基因组以表达hla-g的方法。在某些方面，可以使用至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对来促进将hla-g插入干细胞系中。在某些实施方式中，至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对选自seqidno:188372-189858。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如低免疫原性干细胞)或其群体，其中所述干细胞基因组被修饰成表达hla-c。在一些方面，本公开提供一种用于改变干细胞基因组以表达hla-c的方法。在某些方面，可以使用至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对来促进将hla-c插入干细胞系中。在某些实施方式中，至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对选自seqidno:3278-5183。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如低免疫原性干细胞)或其群体，其中所述干细胞基因组被修饰成表达hla-e。在一些方面，本公开提供一种用于改变干细胞基因组以表达hla-e的方法。在某些方面，可以使用至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对来促进将hla-e插入干细胞系中。在某些实施方式中，至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对选自seqidno:189859-193183。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如低免疫原性干细胞)或其群体，其中所述干细胞基因组被修饰成表达pd-l1。在一些方面，本公开提供一种用于改变干细胞基因组以表达pd-l1的方法。在某些方面，可以使用至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对来促进将pd-l1插入干细胞系中。在某些实施方式中，至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对选自seqidno:193184-200783。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如低免疫原性干细胞)或其群体，其中所述干细胞基因组被修饰成表达cd-47。在一些方面，本公开提供一种用于改变干细胞基因组以表达cd-47的方法。在某些方面，可以使用至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对来促进将cd-47插入干细胞系中。在某些实施方式中，至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对选自seqidno:200784-231885。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞(例如低免疫原性干细胞)或其群体，其中所述干细胞基因组被修饰成表达hla-f。在一些方面，本公开提供一种用于改变干细胞基因组以表达hla-f的方法。在某些方面，可以使用至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对来促进将hla-f插入干细胞系中。在某些实施方式中，至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对选自seqidno:688808-399754。其它靶标修饰在一些实施方式中，可以在通用细胞(例如通用t细胞)中修饰和/或缺失其它靶标，以改善其功能和/或使其适用于特定的治疗方法。在一些方面，可以通过基因组编辑使编码参与细胞毒性t细胞的共刺激分子/受体的基因缺失(表3)。可进行共刺激分子/受体的缺失来防止自身免疫。在其它方面，可以通过基因组编辑使编码共抑制分子/受体的基因缺失(表4)。可以进行共抑制分子/受体的缺失来防止癌细胞对t细胞的抑制，并且可能可用于基于t细胞的癌症免疫疗法。表3-将被缺失以防止自身免疫(例如阻断移植的细胞与t细胞的相互作用)的共刺激分子。表4-将被缺失以防止癌细胞对t细胞的抑制的共抑制分子/受体。可用于基于t细胞的癌症免疫疗法在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中ox40基因被编辑成修饰(例如缺失)基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶ox40序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:231886-234210的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰(例如缺失)基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中gitr基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶gitr序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:234211-236445的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中4-1bb基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶4-1bb序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:234211-236445的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中cd28基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶cd28序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:252807-274181的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中b7-1基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶b7-1序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:274182-295529的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中b7-2基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶b7-2序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:295530-324177的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中icos基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶icos序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:324178-339974的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中cd27基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶cd27序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:339975-344266的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中hvem基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶hvem序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:344267-350722的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中slam基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶slam序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:350723-353590的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中cd226基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶cd226序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:353591-416840的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中pd1基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶pd1序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自美国申请第15/083,021号中编号196-531和4047-9101的序列的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段，该美国申请以引用的方式并入本文中。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中ctla4基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶ctla4序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自美国申请第15/083,021号中编号1-195和797-4046的序列的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段，该美国申请以引用的方式并入本文中。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中lag3基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶lag3序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:416841-421195的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中tigit基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶tigit序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:421196-432039的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中tim3基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶tim3序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:432040-447610的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中cd160基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶cd160序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:447611-459294的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中btla基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶btla序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:459295-482454的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中cd244基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶cd244序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:482455-504169的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中cd244基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶cd244序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:482455-504169的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中cd30基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶cd30序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:699755-731993的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中tlt基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶tlt序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:731994-739957的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中vista基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶vista序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:739958-757515的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中b7-h3基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶b7-h3序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:757516-777888的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中pd-l2基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶pd-l2序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:777889-817976的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些实施方式中，阻断淋巴细胞粘附来防止自身免疫。在某些方面，可以通过基因组编辑来编辑靶基因，以阻断淋巴细胞粘附(表5)。表5-阻断淋巴细胞粘附以防止自身免疫。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中lfa-1基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶lfa-1序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:504170-526670的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中cd2基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶cd2序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:526671-536704的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中cd58基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶cd58序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:536705-570967的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。在一些实施方式中，可以通过基因组编辑来使编码t细胞受体的基因缺失。可以进行t细胞受体基因的缺失来防止t细胞疗法中的自身免疫攻击。在一些方面，编码t细胞受体的基因是t细胞受体α基因座(tcra)或其同源物、直系同源物或变体(基因id：5133，也称为imd7、tcrd、tra@、trac，并且在本文中称为tcra、tcra、tcrα等)。在一些方面，编码t细胞受体的基因是t细胞受体α基因座(tcrb)或其同源物、直系同源物或变体(基因id：6957，也称为tcrb；trb@，并且在本文中称为tcrb、tcrb、tcrβ等)。在一些方面，如美国申请第15/083,021号和pct申请第pct/us2016/024554号所述，通过基因组编辑修饰t细胞受体基因，所述美国申请都以引用的方式并入本文中。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中trac基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶trac序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自美国申请第15/083,021号中所述的编号532-609和9102-9797的序列的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段，该美国申请以引用的方式并入本文中。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中trbc基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶trbc序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自美国申请第15/083,021号中所述的编号610-765和9798-10573的序列的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段，该美国申请以引用的方式并入本文。在一些实施方式中，可以通过基因组编辑使参与调节性t细胞(treg)功能的基因缺失(表6)。可以进行参与调节性t细胞(treg)功能的基因的缺失来破坏t细胞疗法中的耐受性。表6-使参与调节性t细胞(treg)功能的基因缺失来破坏t细胞疗法中的耐受性。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中foxp3基因被编辑成修饰(例如缺失)基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶foxp3序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:570968-584068的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰(例如缺失)基因组dna的连续延伸段。在一些方面，本公开提供一种包含如下基因组的干细胞或其群体，其中helios基因被编辑成修饰基因组dna的连续延伸段。在某些方面，本公开提供一种用于改变细胞中的靶helios序列的方法。可以通过使细胞或其群体与cas蛋白或编码cas蛋白的核酸和选自seqidno:683033-688807的至少一种核糖核酸或至少一个核糖核酸对接触来修饰基因组dna的连续延伸段。crispr/cas系统用于多重用途的能力还允许产生具有一个或多个基因组改变的疾病特异性通用供体细胞系，所述改变将改善其对治疗某种疾病或病状的适用性。可以解决的潜在疾病的清单可见于表7中。表7-可以使用crispr/cas系统进行修饰以产生适用于特定疾病或应用的通用供体细胞系的其它靶标。应了解，本文公开的发明在其应用方面不限于在说明书中阐述或所例举的细节。本发明涵盖其它实施方式，并且能够以各种方式实践或进行。此外，应了解，本文使用的措辞和术语是出于描述的目的，并且不应该被认为是限制性的。尽管已经根据某些实施方式以特异性描述了本发明的某些组合物、方法和分析，但以下实施例仅用于说明本发明的方法和组合物，而不意图对其进行限制。除非明确地相反指示，否则本文在说明书和权利要求书中使用的不带具体数量的指称物应理解为包括复数指示物。如果组成员中的一个、多于一个或所有成员存在于、用于给定产品或方法中或以其它方式与所述给定产品或方法有关，则在一个或多个组成员之间包括“或”的权利要求或描述被认为是满足的，除非上下文有相反指示或显然不是如此。本发明包括如下实施方式，其中该组的正好一个成员存在于、用于给定产品或方法中或以其它方式与所述给定产品或方法有关。本发明还包括如下实施方式，其中多于一个或所有组成员存在于、用于给定产品或方法中或以其它方式与所述给定产品或方法有关。此外，应了解，除非另有指示或除非本领域普通技术人员显而易见地知道会出现矛盾或不一致，否则本发明涵盖如下所有变化、组合和变换，其中来自一个或多个列出的权利要求的一个或多个限制、要素、条款、描述性术语等被引入从属于同一基本权利要求的另一个权利要求(或如果相关，任何其它权利要求)中。在要素以清单形式呈现(例如马库什组(markushgroup)或类似形式)时，应了解要素的各子组也被公开，并且可以从组中去除任何要素。应了解，通常，在本发明或本发明的方面被称为包含特定要素、特征等时，本发明的某些实施方式或本发明的方面由这些要素、特征等组成或基本上由这些要素、特征等组成。出于简明的目的，在本文中，这些实施方式并未在每种情形下都具体地以这么多的词来阐述。还应了解，本发明的任何实施方式或方面可以明确地从权利要求书中排除，而不管在说明书中是否叙述了该特定排除。本文参考的用来描述
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：和提供关于其实践的其它细节的出版物和其它参考材料在此以引用的方式并入。***实施例：细胞系发明人以各种细胞系中的各种基因为靶标。使用的各种细胞系包括hues8、hues9、bj-ripsc、thp1、jurkat、原代t细胞和hek293t细胞(图27)。hues8和hues9是人类es细胞系。bj-ripsc是ipsc系。敲除hla-a、hla-b和hla-c检查了靶向hla的敲除。最初，检查了hla-b和hla-c敲除策略。在hla-b基因座的上游和hla-c的下游设计两个短引导rna(sgrna)，其允许切除hla-b和hla-c基因(图14a)。sgrna#1和sgrna#2靶向hla-b上游区域，并且sgrna#3和sgrna#4靶向hla-c下游区域。进行pcr筛选并且证实克隆1d是纯合敲除克隆。图13b中示出了显示成功缺失hla-b和hla-c的pcr验证策略的示意图。设计了两个野生型(wt)引物对来侧接各切割位点，其中预计扩增子尺寸为545bp和472bp。通过存在用ko引物产生的约680pbpcr条带和不存在使用两个不同wt引物组产生的条带，将克隆1d鉴定为纯合敲除克隆(图14b)。此外，从指示的靶向的hues8克隆中分离出基因组dna。克隆1dpcr产物的测序结果证实hues9中hla-b和hla-c基因成功缺失(图14c)。此外，用hla-b和hla-c特异性引物进行的rt-pcr证实克隆1d中的hla-b和hla-c的mrna表达被消除(图14d)。使用gapdh、top1和hprt1作为内部对照。将用hla-b引物扩增的wt和克隆1drt-pcr产物测序并分别用blast鉴定为hla-b和hla-amrna(图14e)。这些结果证实在不存在hla-b基因的情况下，hla-b特异性引物将扩增hues8克隆1d中的hla-amrna。如通过nanostringncounter装置评估的，hues8克隆1d表现出正常的核型(图14f)。图14g中提供了展示使用双重sgrna方法的hla-a敲除策略的示意图。该示意图显示了被设计成结合hla-a的上游和下游的两个sgrna(#5和#6)的位置。使用tide在293t细胞中测定sgrna#5和#6的靶向切割效率(图14h)。pcr筛选证实克隆4e是杂合hla-a敲除克隆(图14i)。pcr筛选策略证实hues8中hla-a缺失。设计了ko引物，其中一个引物在切割位点的上游退火并且一个引物在切割位点下游退火。hla-a缺失后，在2％琼脂糖凝胶上观察到所得的扩增子为220bp。设计了两个wt引物对来侧接各切割位点，其中预计扩增子尺寸为589bp和571bp。由于存在从基因组dna扩增的用ko引物和wt引物产生的条带，所以将克隆4e鉴定为杂合克隆(图14i)。使用ko引物对从克隆4e的基因组dna扩增的pcr产物进行测序证实hues8中hla-a成功缺失(图14j)。转录调节因子的敲除如图3a-3b所说明，在某些方面，本文公开的发明靶向抗原呈递的转录调节因子(例如ciita和/或nlrc5)。发明人已经发现，靶向和/或调节抗原呈递的这些转录调节因子的表达提供了有效调节(例如，降低或消除)三种经典mhc-ia分子(hla-a、hla-b和hla-c)的表达并由此产生可用于细胞替代疗法的低免疫原性通用干细胞系的手段。如图4所证明，发明人已经证实，这些基因组编辑的细胞的特征在于如通过facs评估的，相对于wthues9细胞，mhc-i表达降低。在使用crispr/cas系统调节nlrc5、ciita和b2m的表达的那些干细胞中观察到mhc-i表面表达降低或消除。具体地，图4证明了干细胞中可以通过ifn-γ增加的低基础mhc-i表达，在ifn-γ处理的nlrc5-/-干细胞中观察到mhc-i表面表达降低约50％，并且在b2m-/-干细胞中观察到mhc-i表面表达完全丧失。在调节ciita的表达后，对mhc-ii表达观察到类似结果。发明人将基因组编辑的ciita-/-干细胞系分化为作为抗原呈递细胞的巨噬细胞。如图5c所描绘，ciita缺陷的干细胞来源的巨噬细胞缺乏mhc-ii表达，因此清楚地显示了预期的表型。具体地，通过靶向ciita基因的第一个编码外显子(图10a-10b)，上述结果证明可以有效地去除mhc-ii表达。接着，在通过用人类免疫系统重建免疫受损小鼠模型而制备的人源化小鼠模型中评估基因组编辑的细胞中hla表达降低的功能性结果(图6)。如下表1所说明，不管基因型如何，在所有情况下都形成了相当数量的畸胎瘤，并且整个集落必须被牺牲。类似地，在畸胎瘤形成的失败率上没有观察到差异。发明人更仔细地观察了畸胎瘤样品的总体形态，并鉴定了与mhc-1表达水平相关的明确切割表型。降低的nlrc5和b2m使表面上缺乏mhc-i。图7说明所得畸胎瘤类型的定量。图8a-8c进一步证实野生型细胞中的cd8+t细胞增殖，并且表明野生型畸胎瘤存在免疫排斥，并且基因组编辑的细胞在人源化小鼠模型中的移植得到了改善。表1因此，上述结果证实成功靶向hues9和bjripsc中的nlrc5、ciita和b2m，并且进一步证明基因组编辑的细胞可以分化成特征为hla表达降低的各种不同细胞类型。发明人使用talen系统和crispr/cas系统两者来促进靶向hla表达的转录调节因子(即mhc增强子体)。图15a-d中说明了bj-ripsc和hues9中talen诱导的ciita和nlrc5突变。此外，还可以使用crispr来靶向nlrc5和ciita以分别实现mhci类表达的降低和mhcii类表达的完全丧失。使用crispr在thp1细胞中靶向nlrc5，并且证实nlrc5-/-thp1细胞中的mhc-i表达降低(图16a)。图16b中提供靶向nlrc5、ciita和b2m的crispr和/或talens系统的实例。在用nlrc5或b2mcrispr靶向后，显示出hues9中的mhci类表达降低。例如，在ifnγ-处理的nlrc5-/-细胞中显示约50％降低，并且在b2m-/-细胞中显示mhc-i表面表达完全丧失(图16c)。使用双组分(例如双载体)系统进行thp-1的慢病毒转导(图16d)。双组分系统包括lenti-cas9-blasticidin和lenti-guide-puro。图16e中提供用于thp-1的慢病毒转导的不同crispr的实例。用编码nlrc5和ciita的慢病毒转导thp-1。使用b2mcrispr作为阳性对照。用50uifnγ刺激所有细胞来增强hla表达(hla-a2为1:200，并且hla-dr为1:100)。证实了ciita和nlrc5独立地分别作用于mhc-ii和mhc-i(图16f)。在crispr转导后10天，当用50uifnγ刺激所有thp1细胞(hla-a2为1:200，并且hla-dr为1:100)时，证实了靶向irf1引起mhc-ii表达损失(图16g)。发明人进一步检查了人类多能干细胞(hues9)和thp-1细胞中irf1的靶向和所引起的mhci类表达降低。图17a中提供了显示用于靶向irf1基因座的双重crispr策略的示意图。进行了不同irf1引导子组合的测试(图17b)，并鉴定了用于使irf1靶向缺失的“双重引导策略”(图17c)。在应用用于使irf1靶向缺失的双重引导策略之后，提供了irf1crispr诱导的缺失的序列证实(图17d)，接着筛选irf-1被靶向的hues9细胞(图17e)。pcr条带的存在表明使用双重crispr策略成功靶向。接着发明人再次证实(图17f)和基因分型(图17g)irf1克隆。测序证实irf1crispr在克隆12(图17h)、克隆17(图17i)和克隆21(图17j)中诱导缺失。在ifnγ处理48小时后，irf1-/-hues9克隆表现出受损的mhci类诱导(图17k)。发明人还检查了其它增强子体组分的靶向。检查了通过靶向293t细胞中的其它增强子体组分对mhc-1表达的影响，但预期靶向这些其它增强子体组分也将影响实际表达所述其它增强子体组分的细胞(例如thp1细胞或其它apc)中的mhc-ii水平。例如，发明人使用双重引导策略检查了293t细胞中的rfx5(图18a)、rfx-ank(图18c)和rfk-ap(图18g)的crispr靶向。靶向结果证实rfx5(图18b、图18e-18f)、rfk-ank(图18d、图18e-f)和rfk-ap(图18h)使mhci类表达降低。发明人还检查了293t细胞中nfy-a(图19a)、nfy-b(图19d)和nfy-c(图19b)的crispr双重引导靶向。靶向结果证实nfy-a(图19c)、nfy-b(图19e)和nfy-c(图19c)使mhci类表达降低。阻断mhci类的表面运输先前已经在pct专利申请第pct/us2015/059621号中描述了利用talen和/或crispr的b2m的成功靶向，该专利申请以引用的方式并入本文中并且显示在图32-40中。进一步证实了mhci类分子的表面表达被降低或消除，从而阻断了mhc-i分子的表面运输。例如，据显示，与图1中的jurkatcas9t细胞中的mhci类表面表达相比，b2m-/-jurkatcas9t细胞中mhci类表面表达损失。此外，发明人已证实，可以抑制mhci类分子的表面运输，但破坏了位于er的肽转运体tap1基因。例如，在用ifnγ处理48小时后，tap1crispr表达降低了jurkat细胞(图20a)以及jurkatt细胞(图20b)中的mhc-i表面表达。还证实了可以消除jurkat(cas9)t细胞中的hla表面表达(图20c和图20d)。jurkatt细胞是从患有急性t细胞白血病的14岁男孩的外周血中建立的。hlarazor发明人检查了crispr引导rna，其允许通过靶向hla基因中的保守区域使所有mhci类等位基因同时缺失。还鉴定了靶向mhci类基因中的同一保守区域的talen引导子对。任何靶向保守区域的引导子都可以被鉴定或归类为hlarazor。图21a中显示了通过crispr或talens靶向所有hla中发现的保守序列。两个紫色框指示pan-hla-talen对的结合位点。蓝色箭头指示pan-hlacrispr测试的对，其中pam以蓝色框表示。图21b中显示转染后72小时，pan-hla-talen在293t和hues9细胞中的表达。如图21c中所显示的，hla-razorcrispr消减了293t细胞中的mhci类分子的表达。293t细胞还用cas9-gfp进行共转染。图21d提供了靶向hla的两个不同保守区域的两个不同hlarazor的活性的比较。pd-l1和hla-g的敲入发明人使用crispr/cas系统来促进将致耐受性因子(诸如下表2中所示的致耐受性因子)插入aavs1基因座中以主动抑制免疫排斥。如图11a-11c所证明，已经成功地从aavs1基因座表达致耐受性因子(例如pd-l1和hla-g)。图22a中显示pd-l1和hla-g敲入策略的示意图。设计用于克隆筛选的野生型(wt)和敲入(ki)引物。使用wt引物的扩增子预计为488bp，并且使用ki引物的扩增子预测为403bp和915bp。敲入供体质粒的设计(图22b)显示pd-l1和hla-g的阅读框通过t2a连接，并且它们的表达由caggs启动子驱动。嘌呤霉素被用作sa-2a基因捕获元件之后的药物抗性标志物。通过facs分析在供体质粒转染的293t细胞中检查pd-l1和hla-g的表达。图22c显示293t细胞中的异位pd-l1和hla-g表达。使用结合有apc的pd-l1抗体和结合有fitc的hla-g抗体。此外，图22d中显示了jeg-3细胞中的异位hla-g表达。将供体质粒转染到hla-g-/-jeg-3细胞系中，并且在转染后48小时通过facs分析检查异位hla-g表达。使用结合有pe的hla-g抗体(mem/g9)来检测表面hla-g表面表达。进行pcr筛选，证实克隆1g是pd-l1/hla-g的杂合ki克隆(图22e)。通过存在使用wt引物和ki特异性引物从靶向的hues8的基因组dna扩增的的条带，将克隆1g鉴定为杂合ki克隆。通过使用结合有apc的pd-l1抗体进行facs分析来证实hues8ki克隆1g中pd-l1的表达(图22f)。cd-47的敲入此外，还检查了cd47敲入策略。将人类cd47克隆到由cag启动子驱动的表达质粒中，该质粒还含有ires-gfp。293t细胞已经表达高水平的cd47(人类“不要吃我”信号)，其防止巨噬细胞将细胞吞噬。如使用cd47特异性抗体通过facs检测的，可以通过在293t细胞以及人类多能干细胞(hues9)中过表达cd47来增加表达(图23)。预期过表达cd47将通过使细胞免于巨噬细胞吞噬来辅助干细胞来源的移植物的移植。通用供体细胞中待修饰的其它靶标可以修饰通用供体细胞中的其它靶标来使其适用于特定的应用。例如，可以修饰通用供体细胞中的其它靶标来使其用作通用cart细胞。在一种情况下，发明人使hues9中的trac和trbc缺失以破坏tcr表达(图24)。使用双重引导rna方法来向hues9细胞中的trac和trbc基因座中引入缺失。tcra野生型条带是249bp并且在缺失后是209bp。tcrb野生型条带是162bp并且在缺失后是140bp。发明人另外靶向hues9b2m-/-ciita-/-中的tcra来产生b2m-/-、ciita-/-和tcr-/-的三重敲除干细胞系，其在分化成t细胞后将缺乏mhc-i和mhc-ii，并且不表现出tcr表面表达。在另一种情况下，发明人靶向pd-l1(图25a)。经鉴定，靶向cd274/b7-h1/pd-l1的crispr非常适用于破坏癌症免疫疗法中的耐受性。在包括jeg-3(一种绒毛膜癌细胞系)的多种细胞类型中以及在两种黑色素瘤细胞系501和malme中证实了pd-l1敲除(图25b-25d)。进行靶向的b7-h1集落的筛选，并且鉴定出jeg-3细胞中有8.3％的crispr切割效率(图25b)。另外，图25c中显示501个黑素瘤敲除克隆的再证实，并且图25d中显示malme黑素瘤敲除克隆的再证实。靶向共抑制因子/共刺激受体或其配体发明人使用crispr检查了多个靶标。图26a中提供了t细胞上共刺激/抑制分子和其受体的说明。对于所检查的每个靶标，指示的四种crispr已被克隆并在293t细胞中测试靶向活性。每个独立的凝胶图片下方指示了当两种crispr切割发生时pcr条带的预期尺寸(图26b-26p)。针对tigit(图26b)、tim3(图26c)、hvem(图26d)、2b4/cd244(图26e)、cd28(图26f)、ox40(图26g)、b71(图26h)、cd226(图26i)、cd2(图26j)、lag3(图26k)、btla(图26l)、icos(图26m)、cd27(图26n)、st2(图26o)和gitr(图26p)，在293t细胞中证实了双重引导靶向。在jeg-3细胞中检查了b7-h3的crispr靶向(图30a-30d)。图30b显示jeg-3细胞中靶向的b7-h3集落的筛选，并且鉴定了15/80或约18.7％的crispr切割效率。通过测序进行b7-h3敲除的证实(图30c)，并且在图30d中提供了靶向的jeg3克隆中b7-h3表面表达的损失。修饰的胚胎干细胞的分化修饰的胚胎干细胞可以分化成各种不同的细胞类型，其hla表达降低或不存在(图28a)。这些细胞类型的实例包括间充质祖细胞(mpc)、低免疫原性心肌细胞、内皮细胞(ec)、巨噬细胞、肝细胞、β细胞(例如胰腺β细胞)或神经祖细胞(npc)。最初，发明人在图28b中显示了nlrc5-/-人类es细胞中mhc-i表达降低。干细胞中可见低基础mhc-i表达，但可以通过ifnγ刺激增加表达。ifnγ处理的nlrc5-/-细胞中降低约50％。接着发明人检查了各种分化的细胞类型中的mhc-i表达。例如，图28c显示在nlrc5-/-人类间充质祖细胞(mpc)中mhc-i表达降低。图28c中包括的图显示了hues9细胞和mpc细胞中mhc-1表达之间的差异。图28d显示干细胞来源的nlrc5-/-内皮细胞(ec)中mhc-i表达降低。图28e中显示ec的类似分化效率，并且图28f中显示b2m-/-ciita-/-ec中hla表达损失。接着，提供了nlrc5-/-肝细胞样细胞(hlc)中降低的mhci类表达(图28g)。hlc源自于bj-ripsc。在图28h中，显示了ciita的突变去除了hesc来源的巨噬细胞中的mhcii类表达。另外，从胚胎干细胞分化出神经祖细胞(npc)(图28i)。据显示，通过分化，b2m-/-ciita-/-hues9细胞形成巢蛋白+神经玫瑰环(图中的白色箭头)。最后，发明人已经使修饰的胚胎干细胞适用于旋转培养以用于β-细胞分化(图28j)。体内数据最后，发明人产生了‘低免疫原性’dko细胞系(图29a)。检查的细胞系是wthues9细胞、nlrc5-/-c2ta-/-hues9细胞和b2m-/-c2ta-/-hues9细胞。不同的细胞系显示不同的mhc-i和mhc-ii表达水平(图29a)。例如，wthues9细胞表现出mhc-i和mhc-ii表达。nlrc5-/-c2ta-/-hues9细胞表现出mhc-i表达降低并且无mhc-ii表达。b2m-/-c2ta-/-hues9细胞不表现出mhc-i和mhc-ii表达。接着在人源化小鼠中检查了这些细胞系，并且图29b中显示人源化小鼠中基因组编辑的干细胞的移植得到改善。当前第1页12当前第1页12