本文提供了用成纤维细胞生长因子受体抑制剂治疗带有一个或多个fgfr突变体的患者的胆管癌的方法。
背景技术：
遗传异常的鉴定对于为癌症患者选择一种或多种适当的疗法可能是有用的。这对于主要治疗选择(一线治疗)失败的癌症患者而言也是有用的，特别地是在没有针对二线或后续线治疗的可接受的护理标准的情况下。成纤维细胞生长因子受体(fgfr)属于受体酪氨酸激酶家族，参与调节细胞存活、增殖、迁移和分化。在一些癌症中已经观察到包括fgfr突变和fgfr融合或者易位在内的fgfr改变。迄今为止，尚无经批准的对具有fgfr改变的患者有效的疗法。
技术实现要素：
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在：至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体；特别地，是否存在至少包括fgfr2c383r的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在如上所述的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者；特别地，如果该样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。
本文披露了治疗如下患者的胆管癌的方法，该患者带有fgfr2snpc383r、或带有融合fgfr2-bicc1；或带有融合fgfr2-ccar1；或带有融合fgfr2-kiaa1598；或带有融合dtwd2-fgfr2；或带有融合esr2-fgfr2；或带有融合fgfr2-mgea5；或带有融合fgfr2-sbno2；或带有突变fgfr2c390＞ys；或带有突变fgfr2n549k；特别地，带有fgfr2c383r，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。
本文披露了用于在治疗如下患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，该患者带有fgfr2snpc383r、或带有融合fgfr2-bicc1；或带有融合fgfr2-ccar1；或带有融合fgfr2-kiaa1598；或带有融合dtwd2-fgfr2；或带有融合esr2-fgfr2；或带有融合fgfr2-mgea5；或带有融合fgfr2-sbno2；或带有突变fgfr2c390＞ys；或带有突变fgfr2n549k；特别地，带有fgfr2c383r。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗如下患者的胆管癌的药物中的用途，该患者带有fgfr2snpc383r、或带有融合fgfr2-bicc1；或带有融合fgfr2-ccar1；或带有融合fgfr2-kiaa1598；或带有融合dtwd2-fgfr2；或带有融合esr2-fgfr2；或带有融合fgfr2-mgea5；或带有融合fgfr2-sbno2；或带有突变fgfr2c390＞ys；或带有突变fgfr2n549k；特别地，带有fgfr2c383r。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在：至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体；特别地，是否存在至少包括fgfr2c383r的一个或多个fgfr突变体，其中检测到：至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体的存在；或至少包括融合fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体；特别地，其中检测到至少包括fgfr2c383r的一个或多个fgfr突变体的存在。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在：至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体；特别地，是否存在至少包括fgfr2c383r的一个或多个fgfr突变体，其中检测到：至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体的存在；或至少包括融合fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体；或至少包括融合fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体；或至少包括突变fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体；特别地，其中检测到至少包括fgfr2c383r的一个或多个fgfr突变体的存在。
具体实施方式
除非上下文另有明确规定，否则对具体数值的引用至少包括所述具体值。当表达值的范围时，另外的实施例包括从一个具体值和/或至另一个具体值。此外，对范围中所叙述的值的引用包括所述范围内的每个值。所有范围都是包含性的和可组合的。
在整个说明书中使用以下缩写：fgfr(成纤维细胞生长因子受体)；ffpet(福尔马林固定石蜡包埋的组织)；snp(单核苷酸多态性)。
如本文所使用的，“治疗”和类似术语是指减轻癌症症状的严重程度和/或频率、消除癌症症状和/或所述症状的根本病因、减轻癌症症状和/或其根本病因的频率或可能性、以及改善或修复癌症直接或间接造成的损害。
“生物样品”是指来自患者的任何样品，其中癌细胞可获取且能够检测fgfr突变体。合适的生物样品包括但不限于血液、淋巴液、骨髓、实体瘤样品或其任何组合。在一些实施例中，生物样品可以是ffpet。
fgfr突变体
如本文所使用的，短语“fgfr突变体”是指fgfr融合基因、fgfr单核苷酸多态性、fgfr突变或所有这些。在实施例中，短语“fgfr突变体”是指fgfr融合基因、fgfr单核苷酸多态性、或两者。在实施例中，短语“fgfr突变体”是指fgfr融合基因。在实施例中，短语“fgfr突变体”是指fgfr突变。
“fgfr融合”或“fgfr融合基因”是指编码fgfr(例如，fgrf2或fgfr3)的基因(或其部分)以及由两个基因之间的易位产生的融合配偶体(或其部分)。可使用所披露的方法或使用文献中所描述的适当的方法来确定来自患者的生物样品中一个或多个fgfr融合基因的存在。
“fgfr单核苷酸多态性”(snp)是指其中单核苷酸在个体间有差异的fgfr2或fgfr3基因。本文披露的治疗方法或用途中的特异性fgfrsnp是fgfr2c383r。可使用所披露的方法或使用文献中所描述的适当的方法来确定来自患者的生物样品中一个或多个fgfrsnp的存在。
无论何时在本文中使用，fgfr2snpc383r或fgfr2c383r表示其中383位的半胱氨酸被精氨酸替换的fgfr2突变。这些术语可互换使用。
用于在所披露的方法或用途中使用的fgfr抑制剂
本文提供了用于在所披露的方法中使用的合适的fgfr抑制剂。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可使用美国公开号2013/0072457a1(通过引用并入本文)中披露的fgfr抑制剂(包括其任何互变异构或立体化学异构形式、以及其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物(合适的r基团也在美国公开号2013/0072457a1中披露))来治疗胆管癌患者。在一些方面，例如，可以使用以下来治疗患者：n-(3，5-二甲氧基苯基)-n’-(1-甲基乙基)-n-[3-(1-甲基-1h-吡唑-4-基)喹喔啉-6-基]乙烷-1，2-二胺(在本文中称为“jnj-42756493”或“jnj493”或厄达替尼(erdafitinib))：
包括其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。在一些方面，药学上可接受的盐是hcl盐。在一些方面，可以用jnj493碱基来治疗患者。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是如gavine，p.r.等人，azd4547：anorallybioavailable，potent，andselectiveinhibitorofthefibroblastgrowthfactorreceptortyrosinekinasefamily[azd4547：成纤维细胞生长因子受体酪氨酸激酶家族的口服生物可利用的、强效和选择性抑制剂]，cancerres.[癌症研究]2012年4月15日72；2045中所描述的n-[5-[2-(3，5-二甲氧基苯基)乙基]-2h-吡唑-3-基]-4-(3，5-二甲基哌嗪-1-基)苯甲酰胺(azd4547)：
当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、以及其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是如国际公开号wo2006/000420中所描述的3-(2，6-二氯-3，5-二甲氧基-苯基)-1-{6-[4-(4-乙基-哌嗪-1-基)-苯基氨基]-嘧啶-4-基}-1-甲基-脲(nvp-bgj398)：
当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、以及其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是如国际公开号wo2006/127926中所描述的4-氨基-5-氟-3-[6-(4-甲基哌嗪-1-基)-1h-苯并咪唑-2-基]-1h-喹啉-2-酮(多维替尼(dovitinib))：
当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、以及其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是如bello，e.等人，e-3810isapotentdualinhibitorofvegfrandfgfrthatexertsantitumoractivityinmultiplepreclinicalmodels[e-3810是vegfr和fgfr的有效双重抑制剂，可在多种临床前模型中发挥抗肿瘤活性]，cancerres[癌症研究]2011年2月15日71(a)1396-1405和国际公开号wo2008/112408中所描述的6-(7-((1-氨基环丙基)-甲氧基)-6-甲氧基喹啉-4-基氧基)-n-甲基-1-萘甲酰胺(al3810)(鲁西他尼(lucitanib)；e-3810)：
当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、以及其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是抗fgfr2抗体，例如，如wo2013/076186中所描述的那种。
另外合适的fgfr抑制剂包括bay1163877(拜耳公司(bayer))、bay1179470(拜耳公司)、tas-120(大宝漆公司(taiho))、arq087(阿库利公司(arqule))、asp5878(安斯泰来公司(astellas))、ff284(日本中外制药株式会社(chugai))、fp-1039(葛兰素史克公司(gsk)/范夫普瑞姆治疗公司(fiveprime))、blueprint、ly-2874455(礼来公司(lilly))、rg-7444(罗氏集团(roche))、或其任何组合，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是bay1163877(拜耳公司)，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是bay1179470(拜耳公司)，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是tas-120(大宝漆公司)，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是arq087(阿库利公司)，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是asp5878(安斯泰来公司)，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是ff284(日本中外制药株式会社)，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是fp-1039(葛兰素史克公司/范夫普瑞姆治疗公司)，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是blueprint，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是ly-2874455(礼来公司)，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是rg-7444(罗氏集团)，当化学上可能时包括其任何互变异构或立体化学异构形式、其n-氧化物、其药学上可接受的盐、或其溶剂化物。
可以通过常规化学方法(例如，pharmaceuticalsalts：properties，selection，anduse[药用盐：特性、选择和用途]，p.heinrichstahl(编辑)，camilleg.wermuth(编辑)，isbn：3-90639-026-8，精装本，388页，2002年8月(通过引用并入本文)中描述的方法)从含有碱性或酸性部分的母体化合物合成盐。总体上，此类盐可以通过在水中或在有机溶剂中、或在两者的混合物中，将这些化合物的游离酸或碱形式与适当的碱或酸进行反应来制备；总体上，使用非水性介质例如乙醚、乙酸乙酯、乙醇、异丙醇、或乙腈。用于在所披露的方法中使用的fgfr抑制剂可以作为单盐或二盐存在，这取决于形成该盐的酸的pka。
酸加成盐可用多种多样的酸(无机和有机两者)形成。酸加成盐的实例包括从以下酸形成的盐，该酸包括但不限于：乙酸、2，2-二氯乙酸、己二酸、海藻酸、抗坏血酸(例如l--抗坏血酸)、l-天冬氨酸、苯磺酸、苯甲酸、4-乙酰氨基苯甲酸、丁酸、(+)樟脑酸、樟脑-磺酸、(+)-(1s)-樟脑-10-磺酸、癸酸、己酸、辛酸、肉桂酸、柠檬酸、环拉酸、十二烷基硫酸、乙烷-1，2-二磺酸、乙磺酸、2-羟基乙磺酸、甲酸、富马酸、半乳糖二酸、龙胆酸、葡庚糖酸、d-葡糖酸、葡糖醛酸(例如d-葡糖醛酸)、谷氨酸(例如l-谷氨酸)、α-氧代戊二酸、乙醇酸、马尿酸、氢溴酸、盐酸、氢碘酸、羟乙磺酸、乳酸(例如(+)-l-乳酸、(±)-dl-乳酸)、乳糖酸、马来酸、苹果酸、(-)-l-苹果酸、丙二酸、(±)-dl-扁桃酸、甲磺酸、萘磺酸(例如萘-2-磺酸)、萘-1，5-二磺酸、1-羟基-2-萘甲酸、烟酸、硝酸、油酸、乳清酸、草酸、棕榈酸、双羟萘酸、磷酸、丙酸、l-焦谷氨酸、丙酮酸、水杨酸、4-氨基-水杨酸、癸二酸、硬脂酸、琥珀酸、硫酸、单宁酸、(+)-l-酒石酸、硫氰酸、甲苯磺酸(例如对甲苯磺酸)、十一碳烯酸和缬草酸，以及酰化氨基酸和阳离子交换树脂。
盐的一个特定的组由从以下酸形成的盐组成：乙酸、盐酸、氢碘酸、磷酸、硝酸、硫酸、柠檬酸、乳酸、琥珀酸、马来酸、苹果酸、羟乙磺酸、富马酸、苯磺酸、甲苯磺酸、甲磺酸(methanesulphonic、mesylate)、乙磺酸、萘磺酸、戊酸、丙酸、丁酸、丙二酸、葡糖醛酸和乳糖酸。酸加成盐的另一个组包括从以下酸形成的盐：乙酸、己二酸、抗坏血酸、天冬氨酸、柠檬酸、dl-乳酸、富马酸、葡糖酸、葡糖醛酸、马尿酸、盐酸、谷氨酸、dl-苹果酸、甲磺酸、癸二酸、硬脂酸、琥珀酸和酒石酸。
如果化合物是阴离子或具有可以是阴离子的官能团(例如，-cooh可以是-coo-)，则盐可用合适的阳离子形成。合适的无机阳离子的实例包括但不限于：碱金属离子如na+和k+、碱土金属阳离子如ca2+和mg2+、以及其他阳离子如al3+。合适的有机阳离子的实例包括但不限于：铵离子(即，nh4+)和经取代的铵离子(例如，nh3r+、nh2r2+、nhr3+、nr4+)。
一些合适的经取代铵离子的实例是衍生自以下的那些：乙胺、二乙胺、二环己胺、三乙胺、丁胺、乙二胺、乙醇胺、二乙醇胺、哌嗪、苄胺、苯基苄胺、胆碱、葡甲胺和氨丁三醇、以及氨基酸，如赖氨酸和精氨酸。常见的季铵离子的实例是n(ch3)4+。
在化合物含有胺官能团的情况下，这些可形成季铵盐，例如根据技术人员熟知的方法通过与烷化剂进行反应。此类季铵化合物在所披露的化合物的范围内。含有胺官能团的化合物还可以形成n-氧化物。本文提及的含有胺官能团的化合物还包括n-氧化物。当化合物含有若干个胺官能团时，可以将一个或多于一个氮原子氧化形成n-氧化物。n-氧化物的特别的实例是叔胺或含氮杂环的氮原子的n-氧化物。n-氧化物可以通过用氧化剂如过氧化氢或过酸(例如，过氧羧酸)处理相应的胺来形成，参见例如advancedorganicchemistry[高等有机化学]，errymarch编辑，第4版，wileyinterscience[威利国际科学公司]，页。更特别地，n-氧化物可以通过l.w.deady的程序(syn.comm.[合成通讯](1977)，7，509-514)来制备，其中例如在惰性溶剂如二氯甲烷中，使胺化合物与间氯过氧苯甲酸(mcpba)反应。
如本文所使用的，术语“溶剂化物”意指化合物与一种或多种溶剂分子的物理缔合。这种物理缔合涉及不同程度的离子和共价键合，包括氢键键合。在某些情况下，溶剂化物将能够分离，例如，当一个或多个溶剂分子并入结晶固体的晶格时。术语“溶剂化物”旨在涵盖溶液相和可分离的溶剂化物两者。合适的溶剂化物的非限制性实例包括与水、异丙醇、乙醇、甲醇、dmso、乙酸乙酯、乙酸、乙醇胺等的组合的所披露的化合物。化合物可在溶液中发挥其生物学作用。
溶剂化物在药物化学中是熟知的。它们对于物质的制备过程(例如，关于它们的纯化)、物质的储存(例如其稳定性)和物质的处理的容易性是重要的并且通常形成化学合成的分离或纯化阶段的一部分。本领域技术人员可以借助于标准的和长期使用的技术确定水合物或其他溶剂化物是否已经通过用于制备给定化合物的分离条件或纯化条件而形成。此类技术的实例包括热重量分析(tga)、差示扫描量热法(dsc)、x射线结晶学(例如单晶x-射线结晶学或x射线粉末衍射)和固态nmr(ss-nmr，也称为魔角旋转nmr或mas-nmr)。此类技术与nmr、ir、hplc和ms一样，是熟练的化学家的标准分析工具包的一部分。可替代地，技术人员可以使用结晶条件有意地形成溶剂化物，这些结晶条件包括特定溶剂化物所需的一定量的溶剂。此后，上述标准方法可以用于确定溶剂化物是否形成。还涵盖fgfr抑制剂的任何络合物(例如与如环糊精的化合物或与金属的络合物的包合络合物或包合物)。
此外，化合物可具有一种或多种多晶型(结晶)或无定形形式。
这些化合物包括具有一个或多个同位素取代的化合物，并且对具体元素的提及包括在其范围内这些元素的所有同位素。例如，对氢的提及包括在其范围内的1h、2h(d)、和3h(t)。类似地，对碳和氧的提及分别包括在其范围内的12c、13c和14c以及16o和18o。这些同位素可以是放射性的或非放射性的。在实施例中，这些化合物不含放射性同位素。此类化合物对于治疗用途是优选的。然而，在另外的实施例中，化合物可以含有一种或多种放射性同位素。含有此类放射性同位素的化合物在诊断的上下文中可以是有用的。
在一些实施例中，如果样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，可以用fgfr抑制剂来治疗胆管癌患者，其中该fgfr抑制剂是n-(3，5-二甲氧基苯基)-n’-(1--甲基乙基)-n-[3-(1-甲基-1h-吡唑-4-基)喹喔啉-6-基]乙烷-1，2-二胺(在本文中称为“jnj-42756493”)，或其药学上可接受的盐或其溶剂化物。在实施例中，fgfr抑制剂是jnj-42756493碱。
治疗患者癌症的方法
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有fgfr2snpc383r的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有fgfr2snpc383r的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有fgfr2snpc383r的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2snpc383r的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在实施例中，以10mg的剂量施用厄达替尼。
在实施例中，以10mg的剂量间歇施用厄达替尼。
在实施例中，以10mg的剂量、以7天施用/7天不施用来间歇施用厄达替尼。
在实施例中，以8mg的剂量、特别地每天一次8mg的剂量施用厄达替尼。在实施例中，以8mg的剂量施用、特别地每天一次8mg的剂量施用厄达替尼，根据血清磷酸盐水平(例如，血清磷酸盐水平＜5.5mg/dl或＜7mg/dl，或在从7mg/dl(并包括7mg/dl)至≤9mg/dl的范围，或≤9mg/dl)以及根据观察到的与治疗相关的不良事件，可选择增加至9mg。在实施例中，在厄达替尼治疗的第一周期期间的治疗日(特别是厄达替尼给予的第14天±2天，更特别是第14天)，测量用于确定是否上调的血清磷酸盐的水平。
在本发明的实施例中，在如本文所描述的治疗方法和用途中，fgfr2snpc383r可被fgfr融合fgfr2-bicc1替换。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有fgfr2-bicc1的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有fgfr2-bicc1的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有fgfr2-bicc1的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-bicc1的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在本发明的实施例中，在如本文所描述的治疗方法和用途中，fgfr2snpc383r可被fgfr融合fgfr2-ccar1替换。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有fgfr2-ccar1的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有fgfr2-ccar1的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有fgfr2-ccar1的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-ccar1的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在本发明的实施例中，在如本文所描述的治疗方法和用途中，fgfr2snpc383r可被fgfr融合fgfr2-kiaa1598替换。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有fgfr2-kiaa1598的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有fgfr2-kiaa1598的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有fgfr2-kiaa1598的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-kiaa1598的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在本发明的实施例中，在如本文所描述的治疗方法和用途中，fgfr2snpc383r可被fgfr融合dtwd2-fgfr2替换。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有dtwd2-fgfr2的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有dtwd2-fgfr2的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有fgfr2-dtwd2-fgfr2的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括dtwd2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在本发明的实施例中，在如本文所描述的治疗方法和用途中，fgfr2snpc383r可被fgfr融合esr2-fgfr2替换。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有esr2-fgfr2的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有esr2-fgfr2的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有esr2-fgfr2的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括esr2-fgfr2的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在本发明的实施例中，在如本文所描述的治疗方法和用途中，fgfr2snpc383r可被fgfr融合fgfr2-mgea5替换。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有fgfr2-mgea5的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有fgfr2-mgea5的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有fgfr2-mgea5的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-mgea5的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在本发明的实施例中，在如本文所描述的治疗方法和用途中，fgfr2snpc383r可被fgfr融合fgfr2-sbno2替换。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有fgfr2-sbno2的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有fgfr2-sbno2的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有fgfr2-sbno2的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2-sbno2的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在本发明的实施例中，在如本文所描述的治疗方法和用途中，fgfr2snpc383r可被fgfr突变fgfr2c390＞ys替换。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有fgfr2c390＞ys的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有fgfr2c390＞ys的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有fgfr2c390＞ys的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2c390＞ys的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在本发明的实施例中，在如本文所描述的治疗方法和用途中，fgfr2snpc383r可被fgfr突变fgfr2n549k替换。
本文披露了治疗患者的胆管癌的方法，该方法包括：评估了来自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体；以及如果该样品中存在至少包括fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体，用fgfr抑制剂治疗该患者。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了治疗带有fgfr2n549k的患者的胆管癌的方法，该方法包括向所述患者施用fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗带有fgfr2n549k的患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗带有fgfr2n549k的患者的胆管癌的药物中的用途。该患者可带有一个或多个另外的fgfr突变体。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了用于在治疗患者的胆管癌中使用的fgfr抑制剂，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
本文披露了fgfr抑制剂在制造用于治疗患者的胆管癌的药物中的用途，其中通过以下来鉴定该患者对用fgfr抑制剂的治疗有反应或者可能有反应：评估获得自该患者的生物样品中是否存在至少包括fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体，其中检测到至少包括fgfr2n549k的一个或多个fgfr突变体的存在。在实施例中，fgfr抑制剂是厄达替尼。
在实施例中，具有至少一种如本文所描述的fgfr突变体的胆管癌患者(特别是晚期胆管癌患者)显示客观缓解率的比率是至少15％、或20％、或25％、或30％、或35％、或40％、或45％、或45％以上。
可以使用本领域技术人员已知的并且如本文所描述的进行fgfr突变体(例如像fgfr2snpc383r)的鉴定和分析方法，例如逆转录酶聚合酶链式反应(rt-pcr)或原位杂交，如荧光原位杂交(fish)。通常对选自肿瘤活检样品、血液样品(脱落的肿瘤细胞的分离和富集)或如上所述的生物样品进行诊断测试和筛选。筛选过程将通常涉及直接测序、寡核苷酸微阵列分析或突变特异性抗体。
在通过rt-pcr的筛选中，在由pcr进行cdna扩增后，通过创建mrna的cdna拷贝来评估肿瘤中mrna的水平。pcr扩增的方法、引物的筛选和扩增条件是本领域技术人员已知的。通过标准方法进行核酸操作和pcr，如例如在ausubel，f.m.等人编辑，(2004)currentprotocolsinmolecularbiology[现行分子生物学方案]，johnwiley&sonsinc.[约翰·威利父子公司]；或innis，m.a.等人编辑，(1990)pcrprotocols：aguidetomethodsandapplications[pcr方案：方法和应用指南]，academicpress[学术出版社]，sandiego[圣地亚哥]中所描述的。涉及核酸技术的反应和操作还描述于sambrook等人，(2001)，第3版，molecularcloning：alaboratorymanual[分子克隆：实验室手册]，coldspringharborlaboratorypress[冷泉港实验室出版社]。可替代地，可以使用可商购的rt-pcr的试剂盒(例如罗氏分子生物化学公司(rochemolecularbiochemicals))或如美国专利4,666,828、4,683,202、4,801,531、5,192,659、5,272,057、5,882,864和6,218,529中列出的并通过引用并入本文的方法学。用于评估mrna表达的原位杂交技术的实例是荧光原位杂交(fish)(参见angerer(1987)meth.enzymol.[酶学方法]，152：649)。
总体上，原位杂交包括以下主要步骤：(1)待分析组织的固定；(2)样品的杂交前处理，以增加靶核酸的接触能力，并减少非特异性结合；(3)核酸混合物与生物结构或组织中核酸的杂交；(4)杂交后清洗以去除在杂交中未结合的核酸片段，和(5)杂交核酸片段的检测。在此类应用中使用的探针通常例如用放射性同位素或荧光报道分子进行标记。优选的探针是足够长的，例如，约50、100或200个核苷酸至约1000个或更多个核苷酸，以能够在严格条件下与一种或多种靶核苷酸特异性杂交。用于进行fish的标准方法描述于：ausubel，f.m.等人编辑(2004)currentprotocolsinmolecularbiology[现行分子生物学方案]，johnwiley&sonsinc[约翰·威利父子公司]；和由johnm.s.bartlett编辑的fluorescenceinsituhybridization：technicaloverview[荧光原位杂交技术概述]，在moleculardiagnosisofcancer，methodsandprotocols[癌症的分子诊断、方法和方案]，第2版中；isbn：1-59259-760-2，2004年3月，第077-088页，丛书：methodsinmolecularmedicine[分子医学方法]中。
本文参考了参考序列ncbi参考序列：nm_000141.4及其对应的氨基酸序列来描述突变和融合。
fgfr2c383r表示其中383位的半胱氨酸被精氨酸替换的fgfr2突变。
fgfr2c390＞ys描述其中390位的半胱氨酸被酪氨酸和丝氨酸替换的fgfr2突变。
fgfr2n549k描述其中549位的天冬酰胺被赖氨酸替换的fgfr2突变。
fgfr2-kiaa1598是5’-fgfr2(ex1-17)-kiaa1598(ex7-15)-3’与rearr-pos1chr10：123242270-123242562和rearr-pos2chr10：118709031-118709262，或与rearr-pos1chr10：123242809-123243080和rearr-pos2chr10：118710247-118710599融合。
dtwd2-fgfr2是5’-dtwd2(ex1)-fgfr2(ex18)-3’与rearr-pos1chr10：123242450-123242723和rearr-pos2chr5：118322151-118322550融合。
esr2-fgfr2是5’-esr2(ex1-3)-fgfr2(ex18)-3’与rearr-pos1chr10：123239893-123240042和rearr-pos2chr14：64740210-64740315融合
fgfr2-mgea5是5’-fgfr2(ex1-17)-mgea5(ex11-16)-3’与rearr-pos1chr10：123241032-123241358和rearr-pos2chr10：103557129-103557439融合。
fgfr2-bicc1是5’-fgfr2(ex1-17)-bicc1(ex3-21)-3’与rearr-pos1chr10：123242218-123242771和rearr-pos2chr10：60445416-60445560融合。
fgfr2-sbno2是5’-fgfr2(x18)-sbno2(x19-32)-3’与rearr-pos1chr10：123240725-123240921和rearr-pos2chr19：1113573-1113710融合。
实例
1)患有胆管癌的患者的治疗
进行了一项临床试验，其中将年龄≥18岁的患者纳入标准治疗方法不再有效的晚期实体瘤(nct01703481；4个部分研究)。
·剂量递增(第1部分，所有来者)采用3+3设计，其中患者接受0.5、2、4、6、9和12mgqd的递增剂量的厄达替尼(21天周期)。
·每日剂量递增(第1部分)后，还评估了以7天施用/7天不施用的10mg和12mg的两种间歇剂量(28天周期)。
·后续部分(第2-4部分)需要记录的fgfr-生物标志物阳性疾病。
ο第2部分(药效学队列，所有来者)和第3部分(剂量扩展队列，第2阶段建议的9mgqd剂量，胆管癌以及其他癌症)：
-肿瘤需是kras野生型，并且包含以下任一种：fgfr扩增、fgfr激活突变、fgfr易位或fgfr激活的其他异常。
ο第4部分(剂量扩展队列，10mg间歇地，胆管癌以及其他癌症)：
-肿瘤需具有fgfr激活突变或fgfr易位。
·收集系列血液样品以测量第1部分和第2部分血浆中的厄达替尼浓度。在第3部分和第4部分中收集稀疏样品。
结果
将患有fgfr异常的胆管癌的十一名患者接受了9mgqd(n＝1，第3部分)或10mg间歇(n＝10，第4部分)治疗。
11名患者中：3名(27.3％)带有fgfr突变，以及8名(72.7％)带有易位。
中位治疗持续时间为5.3个月(范围：1至16个月)。
患者接受了6个周期(中位)(范围：2至17)。
大多数患者接受了≥6个周期(8/11；72.7％)，包括4名患者(36.4％)接受了≥9个周期的治疗。
胆管癌患者的全身性厄达替尼暴露与本研究中所有其他癌症适应症的患者相似。
在3个部分缓解中，1名患者具有fgfr突变(fgfr2c383r)，2名具有fgfr易位(fgfr2-bicc1[n＝1]和fgfr2-ccar1[n＝1]的融合)。
总体疾病控制率(包括稳定疾病)为54.5％(6/11)。
中位随访5.5个月：
ο中位缓解持续时间为11.4个月(95％ci，9.9至12.9个月)。
ο中位无进展生存期为5.1个月(95％ci，1.6至11.8个月)。
-6个月和9个月无进展生存率分别为36％和24％。
ο截至截止日期，有1名患者继续接受研究治疗。
在经过大量预治疗的群体中，接受厄达替尼9mgqd或10mg间歇治疗的客观缓解率为27.3％，并且中位缓解持续时间为11.4个月，所有缓解均在后面给药方案中观察到。
疾病控制率为54.5％。
安全性和pk数据与本研究第1部分先前发表的结果一致(taberneroj等人：jclinoncol[临床肿瘤学杂志]33：3401-3408，2015)。
2)患有胆管癌的患者的治疗
一项评估jnj-42756493(厄达替尼)在患有晚期非小细胞肺癌、尿路上皮癌、食管癌或胆管癌的亚洲患者中的临床疗效的研究(nct02699606；luc2001)。
luc2001是一项开放标记的、多中心、2a期研究，其包括基于foundationone测试的、具有fgfr改变的晚期胆管癌受试者，这些受试者至少有1次先前全身性治疗失败。主要终点是客观缓解率(orr；根据实体瘤缓解评估标准(recist)1.1版)。次要终点是疾病控制率(dcr)、安全性和药代动力学。每8周评估一次疾病，直至疾病进展(pd)。参与者接受每天一次8mg厄达替尼起始剂量，可选择增加至9mg，持续28天周期。药物的剂量可以根据方案中的指南进行更改、延迟或终止。
入选标准：
·有病理上或细胞学证实的晚期或难治性肿瘤(对先前疗法的总线数没有限制，但参与者应已接受至少1线抗癌疗法[根据当地护理标准])：鳞状和非鳞状非小细胞肺癌(nsclc)、食管癌、尿路上皮癌和胆管癌
·参与者必须符合以下分子合格标准(在中心或本地实验室使用基于肿瘤组织的测定进行诊断，必须指示至少以下中的一项)：a)成纤维细胞生长因子受体(fgfr)基因易位，b)被认为激活的fgfr基因突变，c)具有fgfr途径激活或其他潜在靶点/途径被厄达替尼抑制的证据的参与者(如果有新兴的生物标志物数据的支持)也可以考虑并允许纳入。
·在基线处，根据实体瘤缓解评估标准(recist，1.1版)的标准的可测量的疾病以及由recist(1.1版)定义的记录的疾病进展的存在
·东部肿瘤协作组(ecog)体能状态评分为0或1
女性参与者(有生育能力和性活跃能力)和男性参与者(具有有生育能力的伴侣)必须使用医学上可接受的节育方法。男性参与者在性活跃时必须使用高效的节育措施，并且不得捐赠精子
在第1周期第1天前14天内至第1周期给药前有足够的骨髓、肝和肾功能
排除标准：
·在首次施用研究药物前2周内或至少5个药物半衰期内(以时间较长者为准，最长4周)，进行过化学疗法、靶向疗法、免疫疗法或用研究性抗癌剂治疗。允许进行局部姑息性放射疗法(但不应包括对靶病灶的放射)、以及正在接受促黄体激素释放激素(lhrh)激动剂、双膦酸盐和地诺单抗
·尽管对磷酸盐水平进行了医学管理，参与者在筛选期间(第1周期第1天前14天内至第1周期给药前)磷酸盐持续大于(＞)正常上限(uln)
参与者正在服用已知有导致qtc延长和尖端扭转性心动过速重大风险的药物。已停用任何这些药物的参与者在首次服用研究药物之前必须具有至少5天或至少5个半衰期的洗脱期(以时间较长者为准)
筛选时，经超声心动图(或多门控采集[muga])评估，左心室射血分数(lvef)小于(＜)50％
·根据研究者的评估，有无法控制的间发性疾病，包括但不限于：控制较差的高血压或糖尿病、需要服用抗生素的持续活动性感染、精神疾病或存在胃肠穿孔风险
·先前接受过选择性fgfr抑制剂治疗或ret抑制剂治疗(根据各自的生物标志物预筛选结果)，或已知参与者对厄达替尼或其辅料有过敏反应、超敏反应或不耐受
可能增加眼部毒性的任何角膜或视网膜异常
所有性别都符合研究条件。参与者年满18岁。
一线化疗后进展的晚期胆管癌患者治疗选择有限且预后不良。
初步结果(简要说明)：截至2018年3月20日，对150名晚期胆管癌患者进行了分子筛选，其中25名具有fgfr改变，这25名中11名给药8mgqd厄达替尼，所有都具有可评估的缓解。中位年龄为53.0岁，且ecog评分0/1，分别于6和5个受试者中。中位治疗周期数为4.0，且中位治疗持续时间为3.5个月。有3名部分缓解(pr)，2名未证实的pr(upr)，4名稳定疾病(sd)和2名pd。orr(cr+pr+ucr+upr)为45.5％。dcr(cr+pr+ucr+upr+sd)为81.8％。六名受试者仍在接受治疗。所有受试者均经历过ae，7名经历3级或更差的ae，3名经历严重ae(sae)且没有药物相关的sae，所有都具有导致药物中断的ae，3名具有导致剂量降低的ae而没有导致治疗中断或死亡的ae。最常见的ae(＞30％)是高磷血症(8/11)、口干(7/11)、口腔炎(7/11)、腹泻(4/11)、指甲病(4/11)和掌跖红斑感觉不良综合征(palmar-plantarerythrodysaesthesiasyndrome)(4/11)。
具有证实的或未证实的部分缓解的参与者包括具有fgfr2-kiaa1598和dtwd2-fgfr2融合、具有esr2-fgfr2融合、具有fgfr2c390＞ys突变和具有fgfr2-mgea5融合的参与者。
具有稳定疾病的参与者包括具有fgfr2-bicc1融合、具有fgfr2融合与sbno2配偶体、具有fgfr2n549k突变和具有fgfr2-kiaa1598融合的参与者。
结论：pk特征与来自其他厄达替尼研究的数据一致。厄达替尼在患有fgfr异常的晚期胆管癌的患者中表现出令人鼓舞的临床活性和可耐受的安全性特征。