1.一种外科手术系统，其包括：
2.如权利要求1所述的外科手术系统，其中所述至少一个控制器通过被进一步配置为将所述进给速率按因子减小来改变所述进给速率以考虑所述不期望定向运动，所述因子与所述运动链的除了所述能量施加器之外的所述一个或多个部件所经历的或将经历的所述不期望定向运动的幅度相关，并且其中所改变的进给速率是非零速度，所述非零速度小于改变所述进给速率之前存在的所述进给速率的速度。
3.如任一前述权利要求所述的外科手术系统，其中所述至少一个控制器通过被进一步配置为执行以下操作来识别所述运动链的除了所述能量施加器之外的一个或多个部件正在经历或将经历所述不期望定向运动：
4.如任一前述权利要求所述的外科手术系统，其中所述至少一个控制器被配置为：
5.如任一前述权利要求所述的外科手术系统，其还包括非暂时性计算机可读介质，所述非暂时性计算机可读介质具有存储在其上的模拟数据，所述模拟数据指示所述运动链的所述一个或多个部件的所述不期望定向运动，其中所述模拟数据是从手术前模拟获得的，所述手术前模拟被配置为模拟在所述半自主模式下控制所述操纵器以根据所述进给速率沿着所述工具路径将所述能量施加器推进到所述多个命令位置，并且其中所述至少一个控制器被配置为：
6.如任一前述权利要求所述的外科手术系统，其还包括一个或多个传感器，所述一个或多个传感器被配置为生成与所述运动链的任何一个或多个部件相关的测量结果；并且
7.如任一前述权利要求所述的外科手术系统，其中所述至少一个控制器被配置为：
8.如任一前述权利要求所述的外科手术系统，其中在所述能量施加器在所述半自主模式下沿着所述工具路径推进期间，所述至少一个控制器被进一步配置为：
9.如任一前述权利要求所述的外科手术系统，其中所述至少一个控制器被配置为：
10.如权利要求9所述的外科手术系统，其中所述外科手术工具包括轴和位于所述轴的远侧端部处的能量施加器，并且所述至少一个控制器被配置为：
11.如权利要求9至10中任一项所述的外科手术系统，其中所述至少一个控制器被配置为：
12.如任一前述权利要求所述的外科手术系统，其中响应于改变所述进给速率以考虑所述不期望定向运动，所述至少一个控制器被配置为：
13.如任一前述权利要求所述的外科手术系统，其中所述不期望定向运动被进一步限定为所述运动链的除了所述能量施加器之外的任何一个或多个部件所经历的或将经历的不期望角速度、角加速度或角加加速度中的一者或多者。
14.一种操作外科手术系统的方法，所述外科手术系统包括：外科手术工具，所述外科手术工具包括能量施加器；操纵器，所述操纵器包括基部和多个连杆和关节，并且所述操纵器支撑所述外科手术工具，并且其中由包括所述操纵器的所述基部和多个连杆和关节的部件以及包括所述能量施加器的所述外科手术工具限定运动链；以及至少一个控制器，所述至少一个控制器用于：
15.如权利要求14所述的方法，其中改变所述进给速率以考虑所述不期望定向运动包括所述至少一个控制器将所述进给速率按因子减小，所述因子与所述运动链的除了所述能量施加器之外的所述一个或多个部件所经历的或将经历的所述不期望定向运动的幅度相关，并且其中所改变的进给速率是非零速度，所述非零速度小于改变所述进给速率之前存在的所述进给速率的速度。
16.如权利要求14至15中任一项所述的方法，其中识别所述运动链的除了所述能量施加器之外的一个或多个部件正在经历或将经历所述不期望定向运动包括所述至少一个控制器：
17.如权利要求14至16中任一项所述的方法，其包括所述至少一个控制器：
18.如权利要求14至17中任一项所述的方法，其包括非暂时性计算机可读介质，所述非暂时性计算机可读介质具有存储在其上的模拟数据，所述模拟数据指示所述运动链的所述一个或多个部件的所述不期望定向运动，其中所述模拟数据是从手术前模拟获得的，所述手术前模拟用于模拟在所述半自主模式下控制所述操纵器以根据所述进给速率沿着所述工具路径将所述能量施加器推进到所述多个命令位置，并且所述方法包括所述至少一个控制器：
19.如权利要求14至18中任一项所述的方法，其还包括一个或多个传感器，所述一个或多个传感器生成与所述运动链的任何一个或多个部件相关的测量结果，并且所述方法包括所述至少一个控制器：
20.如权利要求14至19中任一项所述的方法，其包括所述至少一个控制器：
21.如权利要求14至20中任一项所述的方法，其包括所述至少一个控制器在所述能量施加器在所述半自主模式下沿着所述工具路径推进期间：
22.如权利要求14至21中任一项所述的方法，其包括所述至少一个控制器：
23.如权利要求22所述的方法，其中所述外科手术工具包括轴和位于所述轴的远侧端部处的所述能量施加器，并且所述方法包括所述至少一个控制器：
24.如权利要求22至23中任一项所述的方法，其包括所述至少一个控制器：
25.如权利要求14至24中任一项所述的方法，其包括所述至少一个控制器在改变所述进给速率以考虑所述不期望定向运动之后：
26.一种外科手术系统，其包括：
27.如权利要求26所述的外科手术系统，其中所述至少一个控制器被配置为：
28.一种操作外科手术系统的方法，所述外科手术系统包括：外科手术工具，所述外科手术工具包括能量施加器；操纵器，所述操纵器包括基部和多个连杆和关节，并且所述操纵器支撑所述外科手术工具；至少一个控制器，并且其中由包括所述操纵器的所述基部和多个连杆和关节的部件以及包括所述能量施加器的所述外科手术工具限定运动链，并且所述方法包括所述至少一个控制器：
29.如权利要求28所述的方法，其包括所述至少一个控制器：
30.一种外科手术系统，其包括：
31.如权利要求30所述的外科手术系统，其中所述至少一个控制器通过被配置为改变所述运动链的任何一个或多个部件的行为来修改所述操纵器的操作以考虑所述不期望定向运动。
32.如权利要求30所述的外科手术系统，其中所述至少一个控制器通过被进一步配置为预测地或动态地执行以下各项中的任一项或多项来修改所述操纵器的操作以考虑所述不期望定向运动：操纵关节运动、操纵关节限制、操纵关节位姿、在零空间内操纵关节运动、改变所述外科手术工具的轨迹、修改所述外科手术工具推进所沿的工具路径；调整虚拟边界或其他约束，禁止所述运动链的任何一个或多个部件的行为，限制所述操纵器或所述外科手术工具的重新定向，限制所述操纵器的反向驱动，限制由用户进行的进给速率调整，以及停止所述操纵器的操作。
33.一种操作外科手术系统的方法，所述外科手术系统包括：外科手术工具，所述外科手术工具包括能量施加器；操纵器，所述操纵器包括基部和多个连杆和关节，并且所述操纵器支撑所述外科手术工具；以及至少一个控制器，其中由包括所述操纵器的所述基部和多个连杆和关节的部件以及包括所述能量施加器的所述外科手术工具限定运动链，并且所述方法包括所述至少一个控制器：
34.如权利要求33所述的方法，其包括所述至少一个控制器通过改变所述运动链的任何一个或多个部件的行为来修改所述操纵器的操作以考虑所述不期望定向运动。
35.如权利要求33所述的方法，其包括所述至少一个控制器通过进一步预测性地或动态地执行以下各项中的任一项或多项来修改操纵器的操作：操纵关节运动、操纵关节限制、操纵关节位姿、在零空间内操纵关节运动、改变所述外科手术工具的轨迹、修改所述外科手术工具推进所沿的工具路径；调整虚拟边界或其他约束，限制所述运动链的任何一个或多个部件的行为，限制所述操纵器或所述外科手术工具的重新定向，限制所述操纵器的反向驱动，限制由用户进行的进给速率调整，以及停止所述操纵器的操作。
36.一种外科手术系统，其包括：
37.一种操作外科手术系统的方法，所述外科手术系统包括：外科手术工具，所述外科手术工具包括能量施加器；操纵器，所述操纵器包括基部和多个连杆和关节，并且所述操纵器被配置为支撑所述外科手术工具，并且其中由所述操纵器的部件和包括所述能量施加器的所述外科手术工具限定运动链；以及至少一个控制器，所述至少一个控制器包括非暂时性计算机可读介质，所述非暂时性计算机可读介质具有存储在其上的模拟数据，所述模拟数据指示所述运动链的一个或多个部件的不期望定向运动，其中所述模拟数据从被配置为模拟控制所述操纵器以将所述能量施加器推进到所述多个命令位置的模拟中获得，并且其中所述方法包括所述至少一个控制器：
38.一种外科手术系统，其包括：
39.一种操作外科手术系统的方法，所述外科手术系统包括：外科手术工具，所述外科手术工具包括轴和位于所述轴的远侧端部处的能量施加器；操纵器，所述操纵器包括基部和多个连杆和关节，并且所述操纵器被配置为支撑所述外科手术工具；以及至少一个控制器，所述方法包括所述至少一个控制器：