用于区分细菌和病毒感染的RNA决定子的制作方法

文档序号:15735073发布日期:2018-10-23 21:20阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种确定受试者中感染类型的方法,包括测量来自受试者的样品中表1或2中列出的决定子的量,其中所述量指示感染类型。

2.权利要求1的方法,其中当表1中列出的所述决定子的量高于预定水平时,所述感染是病毒感染。

3.权利要求1的方法,其中当表2中列出的所述决定子的量高于预定水平时,所述感染是细菌感染。

4.权利要求1的方法,其中所述决定子是RNA。

5.权利要求4的方法,其中所述RNA是蛋白质编码RNA。

6.权利要求4的方法,其中所述RNA是非蛋白质编码RNA。

7.权利要求1的方法,其中所述决定子是多肽。

8.权利要求4的方法,还包括测量至少一种另外的RNA的量以测量至少两种RNA,其中所述至少一种另外的RNA在表1-6A或15A-B中任一个中列出,其中所述至少两种RNA的量指示感染类型。

9.权利要求8的方法,其中所述至少一种另外的RNA在表1、表2、表3、表5或表16A-C中列出,其中所述至少两种RNA的量指示感染类型。

10.权利要求8的方法,其中所述至少两种RNA的对在表9、11、17或18中列出。

11.权利要求5的方法,其中所述决定子选自OTOF、PI3、CYBRD1、EIF2AK2、CMPK2、CR1、CYP1B1、DDX60、DGAT2、PARP12、PNPT1、PYGL、SULT1B1、TRIB2、USP41、ZCCHC2和uc003hrl.1。

12.权利要求6的方法,其中所述决定子选自TCONS_00003184-XLOC_001966、TCONS_00013664-XLOC_006324、TCONS_l2_00028242-XLOC_l2_014551、TCONS_l2_00001926-XLOC_l2_000004、TCONS_l2_00002386-XLOC_l2_00072 、TCONS_l2_00002811-XLOC_l2_001398、 TCONS_l2_00003949-XLOC_l2_001561、TCONS_00019559-XLOC_009354、TCONS_l2_00010440-XLOC_l2_005352 、TCONS_l2_00016828-XLOC_l2_008724、TCONS_l2_00021682-XLOC_l2_010810和TCONS_l2_00002367-XLOC_l2_000720。

13.权利要求4的方法,还包括分析至少两种另外的RNA以测量至少三种RNA的量,其中所述至少两种另外的RNA在表1-6A或15A-B中任一个中列出,其中所述至少三种RNA的量指示感染类型。

14.权利要求13的方法,其中所述至少两种另外的RNA在表1、表2、表3、表5或表16A-C中列出。

15.权利要求13的方法,其中所述至少三种RNA的三联体在表13、表19或表20中列出。

16.权利要求1的方法,其中所述感染是病毒感染、细菌感染或混合感染。

17.权利要求1-16中任一项的方法,还包括分析所述样品中CRP多肽或TRAIL多肽的表达水平。

18.权利要求17的方法,其中所述决定子在表21中列出。

19.一种确定受试者中感染类型的方法,包括测量来自受试者的样品中的至少两种RNA,其中所述至少两种RNA的对在表9、11、12、17或18中列出,其中所述至少两种RNA的量指示感染类型。

20.权利要求19的方法,其中测量不超过20种RNA。

21.权利要求19的方法,其中测量不超过5种RNA。

22.一种确定受试者中感染类型的方法,包括测量来自受试者的样品中的至少三种RNA,其中所述至少三种RNA的三联体在表13、14、19或20中列出,其中所述至少三种RNA的量指示感染类型。

23.权利要求22的方法,其中测量不超过20种RNA。

24.权利要求22的方法,其中测量不超过5种RNA。

25.一种确定受试者中感染类型的方法,包括测量来自受试者的样品中表3或表4中列出的至少一种RNA的量,其中测量不超过20种RNA,其中所述至少一种RNA的量指示感染类型。

26.权利要求25的方法,其中所述至少一种RNA在表3中列出。

27.权利要求26的方法,其中当表3中列出的所述RNA高于预定水平时,所述感染是病毒感染。

28.权利要求25或26的方法,还包括测量至少一种另外的RNA以测量至少两种RNA,其中所述至少一种另外的RNA在表1-6A或15A-B中任一个中列出,其中所述至少两种RNA的量指示感染类型。

29.权利要求28的方法,其中所述至少一种另外的RNA在表1、表2、表3、表5或表16A-C中列出。

30.权利要求28的方法,其中表1中列出的所述至少一种另外的RNA是OTOF、PI3、EIF2AK2、 CMPK2、PARP12、PNPT1、TRIB2、uc003hrl.1、USP41、ZCCHC2或TCONS_00003184-XLOC_001966。

31.权利要求28的方法,其中表2中列出的所述至少一种另外的RNA是CYBRD1、CR1、 DGAT2 、PYGL 、SULT1B1、TCONS_00013664-XLOC_006324、TCONS_l2_00028242-XLOC_l2_014551、TCONS_l2_00001926-XLOC_l2_000004、TCONS_l2_00002386-XLOC_l2_000726、TCONS_l2_00002811-XLOC_l2_001398、TCONS_l2_00003949-XLOC_l2_001561、TCONS_00019559-XLOC_009354、TCONS_l2_00010440-XLOC_l2_005352、TCONS_l2_00016828-XLOC_l2_008724、TCONS_l2_00021682-XLOC_l2_010810或TCONS_l2_00002367-XLOC_l2_000720。

32.一种确定受试者中感染类型的方法,包括测量来自受试者的样品中表5或表6A中列出的至少一种RNA的量,其中测量不超过5种RNA,其中所述至少一种RNA的量指示感染类型。

33.权利要求32的方法,其中所述至少一种RNA在表5中列出。

34.权利要求33的方法,其中当表5中列出的所述至少一种RNA高于预定水平时,所述感染是病毒感染。

35.权利要求32或33的方法,还包括测量至少一种另外的RNA以测量至少两种RNA,其中所述至少一种另外的RNA在表1-6A或表15A-B中任一个中列出,其中所述至少两种RNA的量指示感染类型。

36.权利要求35的方法,其中所述至少一种另外的RNA在表1、表2、表3、表5或表16A-C中列出。

37.权利要求35的方法,其中表1中列出的所述至少一种另外的RNA选自OTOF、PI3、EIF2AK2、CMPK2、PARP12、PNPT1、TRIB2、uc003hrl.1、USP41、ZCCHC2和TCONS_00003184-XLOC_001966。

38.权利要求35的方法,其中表2中列出的所述至少一种另外的RNA是CYBRD1、CR1、 DGAT2 、PYGL 、SULT1B1、TCONS_00013664-XLOC_006324、TCONS_l2_00028242-XLOC_l2_014551、TCONS_l2_00001926-XLOC_l2_000004、TCONS_l2_00002386-XLOC_l2_000726、TCONS_l2_00002811-XLOC_l2_001398、TCONS_l2_00003949-XLOC_l2_001561、TCONS_00019559-XLOC_009354、TCONS_l2_00010440-XLOC_l2_005352、TCONS_l2_00016828-XLOC_l2_008724、TCONS_l2_00021682-XLOC_l2_010810或TCONS_l2_00002367-XLOC_l2_000720。

39.权利要求1-38中任一项的方法,其中所述样品是全血或其级分。

40.权利要求1-39中任一项的方法,其中所述感染是病毒感染、细菌感染或混合感染。

41.权利要求39的方法,其中所述级分包含选自淋巴细胞、单核细胞和粒细胞的细胞。

42.权利要求39的方法,其中所述级分包含血清或血浆。

43.用于诊断感染类型的试剂盒,其包含至少两种决定子检测试剂,其中所述至少两种决定子检测试剂中的第一种特异性地检测表1或表2中列出的第一决定子,且所述至少两种决定子检测试剂中的第二种特异性地检测表1-6A或表15A-B中任一个中列出的第二决定子。

44.权利要求43的试剂盒,其中所述至少两种决定子检测试剂包含RNA检测试剂。

45.权利要求44的试剂盒,其中所述至少两种RNA检测试剂附着至可检测部分。

46.权利要求44或45的试剂盒,其中所述第一RNA检测试剂包含与所述第一RNA杂交的第一多核苷酸,且所述至少两种决定子检测试剂的第二种包含与所述第二决定子杂交的多核苷酸。

47.权利要求44的试剂盒,其中所述试剂盒包含特异性地检测不超过20种RNA的检测试剂。

48.权利要求44的试剂盒,其中所述试剂盒包含特异性地检测不超过10种RNA的检测试剂。

49.权利要求44的试剂盒,其中所述试剂盒包含特异性地检测不超过5种RNA的检测试剂。

50.权利要求49的试剂盒,其中所述5种RNA中的每一种在表1-6A或表15A-B中任一个中列出。

51.用于诊断感染类型的试剂盒,其包含至少两种RNA检测试剂,其中所述至少两种RNA检测试剂中的第一种特异性地检测表3或表4中列出的第一RNA,且所述至少两种RNA检测试剂中的第二种特异性地检测表1-6A或表15A-B中任一个中列出的第二RNA,其中所述试剂盒包含特异性地检测不超过20种RNA的检测试剂。

52.权利要求51的试剂盒,其中所述试剂盒包含特异性地检测不超过5种RNA的检测试剂。

53.权利要求51的试剂盒,其中所述试剂盒包含特异性地检测不超过3种RNA的检测试剂。

54.用于诊断感染类型的试剂盒,其包含至少两种决定子检测试剂,其中所述至少两种决定子检测试剂中的第一种特异性地检测表1-6A或表15A-B中任一个中列出的第一决定子,且所述至少两种决定子检测试剂中的第二种特异性地检测表1-6A或表15A-B中任一个中列出的第二决定子,其中所述试剂盒包含特异性地检测不超过5种决定子的检测试剂。

55.一种物质组合物,其包含源自怀疑具有感染的受试者的样品和特异性地结合至表1或表2中列出的样品的至少一种决定子的第一试剂。

56.权利要求55的物质组合物,其中所述决定子是RNA。

57.权利要求55的物质组合物,其中所述决定子是多肽。

58.权利要求55的物质组合物,还包含另外的试剂,其特异性地结合表1-6A或表15A-B中任一个中列出的另外的决定子。

59.一种区分感染性和非感染性受试者的方法,包括测量来自受试者的样品中表16E中列出的决定子的量,其中所述量指示受试者是感染性的还是非感染性的。

60.权利要求59的方法,其中所述感染性受试者具有脓毒症,并且非感染性受试者具有没有脓毒症的SIRS。

61.一种确定受试者是具有细菌感染还是具有非细菌感染的方法,包括测量来自受试者的样品中表16D中列出的决定子的量,其中所述量指示受试者是具有细菌感染还是具有非细菌感染。

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