绵羊肉品质snp标记及其构成的液相芯片涉及到分子生物snp技术和芯片领域,尤其涉及到snp筛选标记及其构成的液相芯片。
背景技术:
在当今社会,随着人们生活水平的提高和保健意识的增强,对膳食结构和营养的要求越来越高。尤其是对蛋白质的摄取,而肉制品是蛋白质的主要来源。羊肉具有低脂、低胆固醇、高蛋白质、肉嫩多汁、风味独特和易消化等特点,是食药两用、营养丰富的肉类,越来越受到广大消费者的青睐,成为世界公认的高档肉食品之一,成为人类饮食中主要的蛋白质来源之一,已被证实具有良好的营养价值。其肉质特性与现在消费者对营养肉的需求相一致,具有令人满意的食用品质。羊肉在我国肉制品中占有重要的部分,而绵羊肉是我们平时食用的最多的羊肉,主要因绵羊肉比山羊肉脂肪含量稍微高些,使得绵羊肉吃起来更加细腻可口而深受人们的喜爱。
借助现代生物技术手段对肉品质进行区分鉴定。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,snp)作为生物基因组中的一种遗传分子标记,在动植物遗传进化分析、重要经济性状筛选、分子育种等方面起着越来越重要的作用。虽然新一代测序技术蓬勃发展,越来越多的物种完成了基因组测序。但依托测序进行大规模的snp研究的高费用门槛,还是使得大多数的科研工作者望而却步。芯片以其高性价比、数据稳定等优势,依旧占据着snp应用研究的主流市场。
从目前的报道来看,snp的技术在动物方面运用是非常广泛,陈晓、石魏等利用snp标记进行蜜蜂物种的鉴别;邱丽娟郭勇等利用多个snp位点进行大豆的品种的鉴定;董圆圆等发现snp分型技术众多,包括限制性内切酶酶切法、snpshot、质朴、pcr引物错配、焦磷酸测序、invader、snplex和基因芯片等一些方法,表明了snp技术是在当前疾病基因组学、药物基因组学和群体进化研究等发挥重大作用。snp的运用在上述的一些研究中取得一定的成绩,但是在绵羊的肉品质中还是有缺陷的,尤其在snp和液相芯片技术上更是一项空白。
利用传统方法对肉品质的各项指标进行检测,其检测成本较高、时间消耗长;而本发明就是利用snp的标记进而分析肉品质,通过snp所对应的信息,能够一次性把肉品质的指标进行检测,就像检测单个氨基酸、脂肪酸一样,快速且准确,其检测成本大大降低,检测时间也相应的缩减,进而达到既快又准确的目的;另外还能利用这些位点进行肉类的鉴定,能够快速的鉴定出肉的种类。
液相芯片是一种芯片技术与流式细胞术相结合的新技术。即将dna、抗体等附着于微球表面作为探针,在液相中与待测物结合,再加入荧光标记的报道分子,借助流式细胞仪检测微球表面荧光标记物。液相芯片是用于生物功能的研究和检测的一种方法,能够利用一些附着在微球表面的引物序列,与待测物进行结合,能够快速的检测出待测物中是否含有与已知的引物进行结合的序列,从而快速判断检测出该肉的肉品质。肉品质包含以下含量:1.脂肪含量:研究表明,肌肉的风味是来自脂肪,而不是来自瘦肉,wasserman和talley(1968)研究指出,各类家畜所生产的瘦肉都有其基本的风味特征,而其特有风味的形成主要是由脂肪决定。肌肉内脂肪含量可以改善羊肉的品质,瘦肉中脂肪含量增加可以提高肉品的嫩度,肌肉间脂肪可以改善肉的保水能力;2.初水分含量:研究表明,羊肉的初水分含量同肉的多汁性有着密切的关系。初水分含量的高低关系羊肉的美味和多汁性;3.矿物质与微量元素含量:研究表明,矿物元素和微量元素是畜禽不可缺少的营养元素,对畜禽肉质有着重要的影响;4.氨基酸:氨基酸是构成蛋白质的基本单位,研究表明,肌肉中氨基酸种类和数量对肉品营养价值和肉品风味的影响很大;5.脂肪酸:研究表明,肌肉中脂肪酸的种类和组成是决定脂肪组织理化性质。影响肉质风味的重要化学成分,是评定肉品质营养价值高低的重要指标之一。
基于上述因素,本次发明利用绵羊肌肉做本体进行研究,分别选取了背最长肌、肋间肌、股二头肌和下肢肌4种肌肉样本,经过程序质控后在绵羊肌肉上找到了127个snp标记位点,并利用这些snp位点找到其位于的基因及其引物序列信息,进而制成液相芯片。利用这些snp位点的液相芯片为以后的肉品质的鉴定提供科学依据,这样有助于对肌肉的脂肪含量、初水分含量、矿物质与微量元素含量、氨基酸、脂肪酸等进行整体研究。另外通过在线david软件对snp对应的127个基因进行分析,此次分析包括go(geneontology)功能显著性富集分析和keggpathway(kyotoencyclopediaofgenesandgenomes)显著性富集分析。go(geneontology)是一个标准化的基因功能分类体系,可以全面描述生物体内基因及其产物的属性。go将基因按基因参与的生物过程(bp)、所处的细胞组分(cc)和具有的分子功能(mf)三个部分进行分类,并对基因进行注释;kegg是系统分析基因功能、联系基因组信息和功能信息的数据库,有助于研究者将基因及表达信息作为一个整体网络进行分析。pathway显著性富集分析通过超几何检验,找到显著性富集的差异表达基因的pathway。对三项分类,每项均选取p_value值小于0.05且基因富集数最多的前10个基因群集进行分析:发现该127个基因在生物过程(bp)中均是在肌肉系统发育;在细胞组分(cc)是肌纤维发育;在分子功能(mf)是脱氢酶和肌肉的组成成分有关,在kegg中以碳代谢和糖酵解为主要方式。通过对127个snp位点的基因型进行聚类分析,呈现四个聚类群(图3),而这四个聚类群对应的恰好是此次所进行数据分析的四种肌肉样本,能够明显的区分开四种肌肉的类型。这样也能够从液体基因芯片方面,快速鉴定出肌肉样品的类型。
技术实现要素:
本发明提供了127个鉴定绵羊肉品质的snp位点,其特征在于含有127个snp标记位点的信息,其位点在染色体上的分部情况如图1所示。它们所对应的snp位点引物序列和基因名称由专利说明书中的实施案例的第5项给出,127个snp位点编号为sms001~sms127。
所述的绵羊肉品质snp位点,其特征sms001~sms127均包含有snp序列信息组合,并包含有snp位点的序列的互补序列或者同源序列。
所述的绵羊肉品质snp位点,其特征sms001~sms127位点所对应的dna序列引物构成的液相芯片,其对应的载体为液相载体。
附图说明
图1为127个snp位于绵羊27条染色体的物理位置示意图。
图2为pcr电泳检测示意图。
图3为pca聚类分析图。
实施案例
本发明的实施主要包含snp位点筛选和及包含位点引物序列、液相芯片的制备和应用。
1.snp位点确定
利用绵羊的身体不同部位的肌肉(背最长肌、肋间肌、股二头肌、下肢肌)的重测序数据和绵羊的注释的文件,结合基因的50k长度的特点和规律,进行质控和选择,得到127个snp标记位点,这些位点的确定也为下面的引物序列和液相芯片的制作提供的基础。
2.引物的合成
127对引物,是按照附表中的sms001~sms127的序列信息。
3.液相芯片的制备
把上述127个sms001~sms127所对应的引物序列进行混合成液相微型液滴并进行点制。液相芯片是一个共96孔板,在其中均设立阳性对照和阴性对照,以保证实验的准确性。
4.实施例子
利用trizol法进行提取肌肉的总rna并进行重测序,再通过samtools、varscan等软件进行程序分析,质控出符合标准的snp位点及相关的信息,详情由附表列出。并利用软件primer5进行设计引物,建立液相芯片。以此构建pcr(polymerasechainreaction)体系,进行杂交。所建立的pcr总体系为20微升体系,包括:cdna为1μl、sms001-f为1μl、sms001-r为1μl、taq酶为10μl、ddh2o为7μl。pcr的反应条件:95℃预变性5min,95℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸40s循环32次,最后72℃延伸5min;根据tm值的情况,在此基础上又分为13个标准,分别为49°至50°、50°至51°、51°至52°、52°至53°、53°至54°、54°至55°、55°至56°、56°至57°、57°至58°、58°至59°、59°至60°、60°至61°、61°至62°;其中符合49°至50°的snp位点有sms026、sms104、sms003、sms062、sms093共5个,50°至51°的snp位点有sms013、sms029、sms035、sms027、sms094、sms018、sms073共7个,51°至52°的snp位点有sms092、sms065、sms054、sms123、sms053、sms120、sms102、sms088、sms096、sms099、sms087、sms045、sms082共13个,52°至53°的snp位点有sms015、sms098、sms007、sms002、sms031、sms057、sms030、sms038、sms050、sms086、sms127、sms122、sms052、sms023、sms001、sms024、sms046、sms064、sms113共19个,53°至54°的snp位点有sms119、sms008、sms014、sms020、sms044、sms048、sms005共7个,54°至55°的snp位点有sms060、sms040、sms010、sms034、sms090、sms078、sms091、sms085、sms114、sms069、sms079、sms058、sms076、sms022、sms067、sms043、sms077共17个,55°至56°的snp位点有sms004、sms017、sms080、sms112、sms125、sms025、sms016、sms028、sms111、sms019、sms089、sms124、sms042、sms072共14个,56°至57°的snp位点有sms021、sms012、sms032、sms118、sms070、sms061、sms106、sms041共8个,57°至58°的snp位点有sms056、sms011、sms126、sms068、sms105、sms033、sms009、sms055、sms039共9个,58°至59°的snp位点有sms109、sms036、sms121、sms047、sms051、sms101、sms117、sms107、sms103、sms059、sms066共11个,59°至60°的snp位点有sms063、sms075、sms074、sms006、sms097、sms081、sms108共7个,60°至61°的snp位点有sms115、sms084、sms071、sms095、sms100、sms037、sms110共7个,61°至62°的snp位点有sms083、sms049、sms116共3个。pcr产物使用1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测,如图2的示意图。
5.引物的序列及相应的snp位点的信息
snp编号:sms001;基因名称:sheep_rps8;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:1:5'-gccatctgtatttcctttattc-3'、下游引物seqidno:2:5'-cactgttatcaaacccttctg-3';
sms001参考信息:位于1号染色体的19229472位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第5外显子内。
snp编号:sms002;基因名称:sheep_pgm1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:3:5'-tttatgacttttggttggat-3'、下游引物seqidno:4:5'-agaatttgtaggcatgagat-3';
sms002参考信息:位于1号染色体的38677500位;等位基因1为t,等位基因2为a;位于对应基因的第9外显子内。
snp编号:sms003;基因名称:sheep_agl;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:5:5'-atttattaggcccctgagct-3'、下游引物seqidno:6:5'-tcttaacacccatatttcga-3';
sms003参考信息:位于1号染色体的76462563位;等位基因1为c,等位基因2为a;位于对应基因的第31外显子内。
snp编号:sms004;基因名称:sheep_pde4dip;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:7:5'-accaggagaccaggtcaaat-3'、下游引物seqidno:8:5'-tggtgaaggtccataagtcc-3';
sms004参考信息:位于1号染色体的96867241位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第4外显子内。
snp编号:sms005;基因名称:sheep_pde4dip;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:9:5'-acttcagggtttccttctcc-3'、下游引物seqidno:10:5'-gtaatcatttccaagggtct-3';
sms005参考信息:位于1号染色体的96920345位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第18外显子内。
snp编号:sms006;基因名称:sheep_casq1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:11:5'-ttggctctgtcggcagtttc-3'、下游引物seqidno:12:5'-tctgggtcggcacgtctcgt-3';
sms006参考信息:位于1号染色体的109544995位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms007;基因名称:sheep_ppp1r2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:13:5'-agctgctatacagtgaagaa-3'、下游引物seqidno:14:5'-gtaactttgcctgtgattga-3';
sms007参考信息:位于1号染色体的190380609位;等位基因1为g,等位基因2为c;位于对应基因的第6外显子内。
snp编号:sms008;基因名称:sheep_nrd1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:15:5'-acaacagcctcattccc-3'、下游引物seqidno:16:5'-ctcattattgactacttagcg-3';
sms008参考信息:位于1号染色体的25983145位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第11外显子内。
snp编号:sms009;基因名称:sheep_ampd1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:17:5'-aagcctcaccgtcaatgttc-3'、下游引物seqidno:18:5'-ccaagtcaagtgggaagcag-3';
sms009参考信息:位于1号染色体的91207938位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第13外显子内。
snp编号:sms010;基因名称:sheep_vdup1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:19:5'-tccaggatgccatttctaccc-3'、下游引物seqidno:20:5'-gccagcgagatgatgtgata-3';
sms010参考信息:位于1号染色体的98337781位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms011;基因名称:sheep_tfrc;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:21:5'-tgggacaagggatagaggaa-3'、下游引物seqidno:22:5'-ttgccaatgaggtctgaaatag-3';
sms011参考信息:位于1号染色体的188913266位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms012;基因名称:sheep_fxr1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:23:5'-tgggttgccatcccttctcc-3'、下游引物seqidno:24:5'-ttcagtgggtggtgtcagta-3';
sms012参考信息:位于1号染色体的204327898位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第12外显子内。
snp编号:sms013;基因名称:sheep_mlf1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:25:5'-tcacaaagaggctgagcaga-3'、下游引物seqidno:26:5'-acactcatcagactttccat-3';
sms013参考信息:位于1号染色体的226996845位;等位基因1为g,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms014;基因名称:sheep_kiaa0368;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:27:5'-gtgtatctcaggcatcaagg-3'、下游引物seqidno:28:5'-tctaaagagggtttcccaaa-3';
sms014参考信息:位于2号染色体的12044069位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第33外显子内。
snp编号:sms015;基因名称:sheep_zfand5;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:29:5'-ttttaggatgtttgggtgtt-3'、下游引物seqidno:30:5'-tgtttggcacgaaggaacta-3';
sms015参考信息:位于2号染色体的63738526位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第5外显子内。
snp编号:sms016;基因名称:sheep_bin1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:31:5'-gaacaatgacctgctctggatgg-3'、下游引物seqidno:32:5'-gctcaccttgatgtcagggaact-3';
sms016参考信息:位于2号染色体的117301256位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第5外显子内。
snp编号:sms017;基因名称:sheep_ttn;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:33:5'-tagaggctcaccgattcatg-3'、下游引物seqidno:34:5'-caaatagtccgacaaacacc-3';
sms017参考信息:位于2号染色体的130196359位;等位基因1为a,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms018;基因名称:sheep_ttn;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:35:5'-gcatcttcgtggcatgggaca-3'、下游引物seqidno:36:5'-cagttggtttgctgggtggg-3';
sms018参考信息:位于2号染色体的130415194位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第74外显子内。
snp编号:sms019;基因名称:sheep_neb;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:37:5'-gcagccaaagccaacaccaa-3'、下游引物seqidno:38:5'-cagccacatctaaagacagg-3';
sms019参考信息:位于2号染色体的156679580位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第22外显子内。
snp编号:sms020;基因名称:sheep_neb;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:39:5'-tccagtacgttggtccataa-3'、下游引物seqidno:40:5'-tcatctcatcccagccttca-3';
sms020参考信息:位于2号染色体的156776689位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第78外显子内。
snp编号:sms021;基因名称:sheep_klhl41;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:41:5'-agattgcctcccaacctaca-3'、下游引物seqidno:42:5'-caagatattacaagaaccct-3';
sms021参考信息:位于2号染色体的138842153位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms022;基因名称:sheep_xirp2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:43:5'-tgtctcagaagagggcattg-3'、下游引物seqidno:44:5'-ctcccggagttacttggtat-3';
sms022参考信息:位于2号染色体的141116728位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms023;基因名称:sheep_sf3b1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:45:5'-catagtagccagtccagcag-3'、下游引物seqidno:46:5'-catgagcattgcatcagtaa-3';
sms023参考信息:位于2号染色体的198636469位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第13外显子内。
snp编号:sms024;基因名称:sheep_myl1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:47:5'-agccaacatgaaactaggaa-3'、下游引物seqidno:48:5'-gcataaggggaggataagat-3';
sms024参考信息:位于2号染色体的210945936位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第7外显子内。
snp编号:sms025;基因名称:sheep_tuba4a;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:49:5'-gatcagcctccgttctttagc-3'、下游引物seqidno:50:5'-acgactccttcaccaccttt-3';
sms025参考信息:位于2号染色体的220177234位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第3外显子内。
snp编号:sms026;基因名称:sheep_hadhb;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:51:5'-tttccctctattgctattacttcc-3'、下游引物seqidno:52:5'-ctgtgacctacctgccctcc-3';
sms026参考信息:位于3号染色体的33364292位;等位基因1为c,等位基因2为g;位于对应基因的第14外显子内。
snp编号:sms027;基因名称:sheep_rmnd5a;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:53:5'-catcatctttgggaacacta-3'、下游引物seqidno:54:5'-aacctgccctaaaactaact-3';
sms027参考信息:位于3号染色体的58463973位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第9外显子内。
snp编号:sms028;基因名称:sheep_rtn4;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:55:5'-aatgtcagtgccagtttcca-3'、下游引物seqidno:56:5'-tacttagccacggcatcttt-3';
sms028参考信息:位于3号染色体的68943495位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第6外显子内。
snp编号:sms029;基因名称:sheep_slc38a2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:57:5'-tgcttcatacctactcttcc-3'、下游引物seqidno:58:5'-atcttcatgcctaacaactc-3';
sms029参考信息:位于3号染色体的139944734位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第6外显子内。
snp编号:sms030;基因名称:sheep_mybpc1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:59:5'-ttgagttccagcatccttgt-3'、下游引物seqidno:60:5'-aatcttaccctctttcttagtg-3';
sms030参考信息:位于3号染色体的170450578位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms031;基因名称:sheep_mybpc1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:61:5'-cagaactgatcgaaaagacc-3'、下游引物seqidno:62:5'-tcaaaggagtgacaacaagag-3';
sms031参考信息:位于3号染色体的170523344位;等位基因1为g,等位基因2为t;位于对应基因的第18外显子内。
snp编号:sms032;基因名称:sheep_ybx3;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:63:5'-agaccacgaccttacgaaca-3'、下游引物seqidno:64:5'-ataaacctagtggctgctga-3';
sms032参考信息:位于3号染色体的203781385位;等位基因1为a,等位基因2为t;位于对应基因的第9外显子内。
snp编号:sms033;基因名称:sheep_atf4;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:65:5'-aaaccttacgaccctcctgg-3'、下游引物seqidno:66:5'-cccttgctttgcgaacctct-3';
sms033参考信息:位于3号染色体的214931488位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第3外显子内。
snp编号:sms034;基因名称:sheep_rhoq;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:67:5'-tcttgtggtttggtcagcat-3'、下游引物seqidno:68:5'-cgttcaactgtaacaaggct-3';
sms034参考信息:位于3号染色体的77673397位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms035;基因名称:sheep_tmem182;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:69:5'-ttcacaagccaggggtcggg-3'、下游引物seqidno:70:5'-agtggaatgtctatttcttctcag-3';
sms035参考信息:位于3号染色体的98974533位;等位基因1为g,等位基因2为t;位于对应基因的第5外显子内。
snp编号:sms036;基因名称:sheep_rpl31;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:71:5'-gcccagacggctttgttgag-3'、下游引物seqidno:72:5'-tgacgtggtggtgaaggatt-3';
sms036参考信息:位于3号染色体的100401365位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第3外显子内。
snp编号:sms037;基因名称:sheep_smarcd1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:73:5'-tgctcaccaagcctccctcc-3'、下游引物seqidno:74:5'-caccatgaccggcaagaaaa-3';
sms037参考信息:位于3号染色体的136038983位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第9外显子内。
snp编号:sms038;基因名称:sheep_tmbim6;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:75:5'-atcattcttggcactgtttc-3'、下游引物seqidno:76:5'-gatttccttcctatcaaccc-3';
sms038参考信息:位于3号染色体的136357629位;等位基因1为g,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms039;基因名称:sheep_pfkm;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:77:5'-atcagctctgtccttgccttaa-3'、下游引物seqidno:78:5'-gtctcatccctgaccctttct-3';
sms039参考信息:位于3号染色体的138241428位;等位基因1为c,等位基因2为a;位于对应基因的第7外显子内。
snp编号:sms040;基因名称:sheep_mb;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:79:5'-tccacctcagatcatcagtta-3'、下游引物seqidno:80:5'-gcacctttaccctcaccttg-3';
sms040参考信息:位于3号染色体的178866631位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms041;基因名称:sheep_tpi1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:81:5'-tctcagccaagaagaagccacc-3'、下游引物seqidno:82:5'-cgacatcatcaatgccaaacaata-3';
sms041参考信息:位于3号染色体的207527837位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms042;基因名称:sheep_dld;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:83:5'-tcttccctttcagaccttat-3'、下游引物seqidno:84:5'-ttcaattccgtccaaaccta-3';
sms042参考信息:位于4号染色体的48976918位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第14外显子内。
snp编号:sms043;基因名称:sheep_ppp1r3a;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:85:5'-cctttgtcttcaagttcatc-3'、下游引物seqidno:86:5'-tctgccattagttggtctgc-3';
sms043参考信息:位于4号染色体的54571140位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第4外显子内。
snp编号:sms044;基因名称:sheep_pdk4;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:87:5'-ccacggaaagaagccatact-3'、下游引物seqidno:88:5'-taatgcctgaaagctgtaat-3';
sms044参考信息:位于4号染色体的12768698位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms045;基因名称:sheep_ndufa4;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:89:5'-agtctggaccttctttcttc-3'、下游引物seqidno:90:5'-ttttccaagttctactctgt-3';
sms045参考信息:位于4号染色体的19024317位;等位基因1为t,等位基因2为a;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms046;基因名称:sheep_capza2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:91:5'-tccacctcagatcatcagtta-3'、下游引物seqidno:92:5'-gcacctttaccctcaccttg-3';
sms046参考信息:位于4号染色体的51428699位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第7外显子内。
snp编号:sms047;基因名称:sheep_pkd2l2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:93:5'-cctctgctttccctgcttct-3'、下游引物seqidno:94:5'-taacccatccctcttctccc-3';
sms047参考信息:位于5号染色体的46724707位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms048;基因名称:sheep_ccng1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:95:5'-tccacctcagatcatcagtta-3'、下游引物seqidno:96:5'-gcacctttaccctcaccttg-3';
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snp编号:sms049;基因名称:sheep_ckmt2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:97:5'-nnncagtccttggctgttcg-3'、下游引物seqidno:98:5'-tctcaagagttaccacgaat-3';
sms049参考信息:位于5号染色体的78568608位;等位基因1为a,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
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sms050参考信息:位于5号染色体的1119808位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms051;基因名称:sheep_gnb2l1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:101:5'-agtcccgccaaaggcaatca-3'、下游引物seqidno:102:5'-gtaccagcagtaaggcagag-3';
sms051参考信息:位于5号染色体的37888078位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第2外显子内。
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sms053参考信息:位于6号染色体的6436138位;等位基因1为g,等位基因2为t;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms054;基因名称:sheep_rpl9;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:107:5'-caggaatgcctattggacac-3'、下游引物seqidno:108:5'-ttcgcacaatctgtagtcacgt-3';
sms054参考信息:位于6号染色体的58540327位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第4外显子内。
snp编号:sms055;基因名称:sheep_papd4;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:109:5'-atcacagctcagccctcctc-3'、下游引物seqidno:110:5'-cttccgtcttcacttcatcc-3';
sms055参考信息:位于7号染色体的10475144位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第1外显子内。
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snp编号:sms058;基因名称:sheep_capn3;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:115:5'-tccatgaaagcaggagtgta-3'、下游引物seqidno:116:5'-gacagcagaagccaagaaaa-3';
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snp编号:sms059;基因名称:sheep_pkm;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:117:5'-agtcttaacaggagcacttgcc-3'、下游引物seqidno:118:5'-cctcagcctccctcaccttg-3';
sms059参考信息:位于7号染色体的18782043位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第1外显子内。
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snp编号:sms063;基因名称:sheep_eef1a1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:125:5'-aagctggaagatggccctaa-3'、下游引物seqidno:126:5'-tgatgacacccacagcgact-3';
sms063参考信息:位于8号染色体的83012位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms064;基因名称:sheep_pln;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:127:5'-gtagattagtattgctggtt-3'、下游引物seqidno:128:5'-tttatcccactactgttcat-3';
sms064参考信息:位于8号染色体的19474890位;等位基因1为g,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms065;基因名称:sheep_txlnb;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:129:5'-tacatgggttctcaaatagc-3'、下游引物seqidno:130:5'-agaaagggaggaagaggaaa-3';
sms065参考信息:位于8号染色体的63935302位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms066;基因名称:sheep_abra;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:131:5'-aagtgggcaatctgaaaggg-3'、下游引物seqidno:132:5'-atcgagcggatgatgaaaca-3';
sms066参考信息:位于9号染色体的70496280位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第3外显子内。
snp编号:sms067;基因名称:sheep_jph1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:133:5'-gggttaggaaggagcagtca-3'、下游引物seqidno:134:5'-ccttatttgctaccatttcg-3';
sms067参考信息:位于9号染色体的50346640位;等位基因1为t,等位基因2为a;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms068;基因名称:sheep_ca3;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:135:5'-agaatgagtcccttcagtta-3'、下游引物seqidno:136:5'-cgtgagggtgggattaacaa-3';
sms068参考信息:位于9号染色体的89664858位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms069;基因名称:sheep_sucla2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:137:5'-tttgatgccttctacgatat-3'、下游引物seqidno:138:5'-ttctgtttcccttcctgcta-3';
sms069参考信息:位于10号染色体的18147113位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第7外显子内。
snp编号:sms070;基因名称:sheep_rpl21;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:139:5'-taaactgctcccagaaccaa-3'、下游引物seqidno:140:5'-ttagagggaaacccgtgaaa-3';
sms070参考信息:位于10号染色体的32843929位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms071;基因名称:sheep_ppp1r27;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:141:5'-ttggtggagctattcaaaggg-3'、下游引物seqidno:142:5'-cgaaggactggacaggacgat-3';
sms071参考信息:位于11号染色体的50212646位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms072;基因名称:sheep_omyhc2x;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:143:5'-gatgcacatggcaaacaccc-3'、下游引物seqidno:144:5'-ttctgcgtcaccgtcaaccc-3';
sms072参考信息:位于11号染色体的29023084位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第37外显子内。
snp编号:sms073;基因名称:sheep_ubb;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:145:5'-ttcttcgctcctcccgacgctcac-3'、下游引物seqidno:146:5'-tttcggcggcgcagggacacta-3';
sms073参考信息:位于11号染色体的32807859位;等位基因1为g,等位基因2为c;位于对应基因的第3外显子内。
snp编号:sms074;基因名称:sheep_adck3;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:147:5'-catcagggctgctgctaacc-3'、下游引物seqidno:148:5'-ccttcccacaaacaccaaaa-3';
sms074参考信息:位于12号染色体的28124588位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第15外显子内。
snp编号:sms075;基因名称:sheep_mybph;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:149:5'-ttcccgcccagcatacgact-3'、下游引物seqidno:150:5'-gccaggcccagaatcaagca-3';
sms075参考信息:位于12号染色体的344555位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms076;基因名称:sheep_kif1b;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:151:5'-gattctccaatgaggcaaac-3'、下游引物seqidno:152:5'-cagcagcagtaatgctcacaga-3';
sms076参考信息:位于12号染色体的41402275位;等位基因1为g,等位基因2为t;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms077;基因名称:sheep_vim;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:153:5'-cacatacttcgtgcagcaaa-3'、下游引物seqidno:154:5'-cagaaaggcacttgaaagct-3';
sms077参考信息:位于13号染色体的30755105位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第9外显子内。
snp编号:sms078;基因名称:sheep_gnas;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:155:5'-cccaactgaagggcacaaag-3'、下游引物seqidno:156:5'-accaccaccaccaccaccac-3';
sms078参考信息:位于13号染色体的56777673位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms079;基因名称:sheep_cox4i1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:157:5'-gaatgttggcgaccagagta-3'、下游引物seqidno:158:5'-ctgtatgtatctcccttcaaat-3';
sms079参考信息:位于14号染色体的11250117位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms080;基因名称:sheep_phkb;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:159:5'-acagattgtcgtggaggttt-3'、下游引物seqidno:160:5'-gactcaagggtcaaggatgg-3';
sms080参考信息:位于14号染色体的15620047位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第29外显子内。
snp编号:sms081;基因名称:sheep_mybpc2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:161:5'-aggacattgcggacctgacg-3'、下游引物seqidno:162:5'-ggaactgaatccaagccacc-3';
sms081参考信息:位于14号染色体的55636182位;等位基因1为t,等位基因2为g;位于对应基因的第13外显子内。
snp编号:sms082;基因名称:sheep_tnnt1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:163:5'-cccgtcaatcccgccaactc-3'、下游引物seqidno:164:5'-cgccaccagctcctcttcct-3';
sms082参考信息:位于14号染色体的59550799位;等位基因1为g,等位基因2为c;位于对应基因的第4外显子内。
snp编号:sms083;基因名称:sheep_got2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:165:5'-tttattttctcccactacag-3'、下游引物seqidno:166:5'-ttttccaccagagtttacat-3';
sms083参考信息:位于14号染色体的25868954位;等位基因1为c,等位基因2为g;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms084;基因名称:sheep_ckm;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:167:5'-aggagcggagggcaagatga-3'、下游引物seqidno:168:5'-ctgctgctggcttcgggaat-3';
sms084参考信息:位于14号染色体的52026336位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第4外显子内。
snp编号:sms085;基因名称:sheep_eif4g2;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:169:5'-tgggtaattttgtatgttgc-3'、下游引物seqidno:170:5'-ttttcctcctcctttcagtt-3';
sms085参考信息:位于15号染色体的41435339位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第5外显子内。
snp编号:sms086;基因名称:sheep_rps3;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:171:5'-ttgcttttggttagtttgtc-3'、下游引物seqidno:172:5'-ctgttgttctgctacgttta-3';
sms086参考信息:位于15号染色体的52781908位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms087;基因名称:sheep_sln;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:173:5'-gtcagggcatacagaagatag-3'、下游引物seqidno:174:5'-taggaggtaaggacaagcag-3';
sms087参考信息:位于15号染色体的16723859位;等位基因1为g,等位基因2为c;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms088;基因名称:sheep_cryab;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:175:5'-gtcacaaggttttcattcact-3'、下游引物seqidno:176:5'-ttacttcatccctgtcgtct-3';
sms088参考信息:位于15号染色体的21674987位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms089;基因名称:sheep_ccdc63;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:177:5'-tgggaactagcaaagggtct-3'、下游引物seqidno:178:5'-atgtggctgcctcatttatc-3';
sms089参考信息:位于17号染色体的54295463位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第11外显子内。
snp编号:sms090;基因名称:sheep_rplp0;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:179:5'-attctcccttaccttattggc-3'、下游引物seqidno:180:5'-ttggtgtctttatcctccct-3';
sms090参考信息:位于17号染色体的62189330位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第5外显子内。
snp编号:sms091;基因名称:sheep_synm;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:181:5'-gggaacaggaggttagcaag-3'、下游引物seqidno:182:5'-acaatagtagtcagctttagg-3';
sms091参考信息:位于18号染色体的6723895位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms092;基因名称:sheep_hspca;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:183:5'-agccaacatgaaactaggaa-3'、下游引物seqidno:184:5'-gcataaggggaggataagat-3';
sms092参考信息:位于18号染色体的65639925位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms093;基因名称:sheep_rpl32;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:185:5'-atcagaatcaccaatcccaatg-3'、下游引物seqidno:186:5'-agcagaacaggcagaagacc-3';
sms093参考信息:位于19号染色体的56205952位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第4外显子内。
snp编号:sms094;基因名称:sheep_klhl31;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:187:5'-tggctgtgatggatggattt-3'、下游引物seqidno:188:5'-atgcttggcttgatttcttg-3';
sms094参考信息:位于20号染色体的6966976位;等位基因1为t,等位基因2为c;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms095;基因名称:sheep_rpl10a;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:189:5'-tacgaggcggtgcgggaagt-3'、下游引物seqidno:190:5'-tggagccacaagggaggaga-3';
sms095参考信息:位于20号染色体的9537284位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第2外显子内。
snp编号:sms096;基因名称:sheep_malat1;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:191:5'-ggacgcaaacatacaagata-3'、下游引物seqidno:192:5'-ttccgcaccaccacaaataa-3';
sms096参考信息:位于21号染色体的42986088位;等位基因1为a,等位基因2为g;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms097;基因名称:sheep_actn3;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:193:5'-cccgacctcattgactacgc-3'、下游引物seqidno:194:5'-accttctgcatccagcatctt-3';
sms097参考信息:位于21号染色体的43894323位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第7外显子内。
snp编号:sms098;基因名称:sheep_trpm5;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:195:5'-atcggtgcctttgagcttggac-3'、下游引物seqidno:196:5'-agcgggctggacactcaccttc-3';
sms098参考信息:位于21号染色体的48608255位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第3外显子内。
snp编号:sms099;基因名称:sheep_ldha;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:197:5'-aacccagtggctcccattta-3'、下游引物seqidno:198:5'-cagttgcccttcaaaccaga-3';
sms099参考信息:位于21号染色体的25633875位;等位基因1为c,等位基因2为t;位于对应基因的第1外显子内。
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sms100参考信息:位于21号染色体的40266946位;等位基因1为g,等位基因2为a;位于对应基因的第1外显子内。
snp编号:sms101;基因名称:sheep_dtna;序列引物左右两端信息为:上游引物seqidno:201:5'-aggggaaatagttcaaagtc-3'、下游引物seqidno:202:5'-tcattcttactggatggagg-3';
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