一种与鸡皮肤黄度性状相关的分子标记及其应用

1.本发明涉及基因检测技术领域，特别是涉及一种与鸡皮肤黄度性状相关的分子标记及其应用。


背景技术：

2.随着生活水平的提高、政策的调整和行业的发展，消费者对冰鲜鸡的需求提高。华南地区消费者更倾向于选择表皮颜色较黄、皮肤色泽较亮、色度均匀的鸡肉。冰鲜鸡呈现给消费者的第一直观印象就是肤色，肤色的深浅和均匀程度已成为决定消费者接受程度和肉鸡质量的重要特征。家禽皮肤颜色大多呈现黄色，其呈色物质为类胡萝卜素和叶黄素。目前关于鸡肤色研究的实际应用大多停留在营养调控水平，对于基因调控和分子标记相关的研究仍处在不断地探索和验证阶段，如何培育出高黄、颜色均匀和稳定的鸡，使鸡的皮肤颜色满足于消费者选择的需求，一直是一个育种技术难点。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)作为一种dna分子标记，具有可稳定遗传的特性，对提高育种效率具有明显效果，可广泛用于肉鸡的大群体规模化育种筛选。因此，寻找鸡皮肤黄度相关分子标记，开发出一种鸡皮肤黄度选育方法，对推动优质肉鸡产业发展有重大意义。
3.颜色空间是常用的鸡皮肤黄度差异的衡量标准之一。常见的颜色空间有lab、lch、rgb、xyz和yxy等，目前最通用的颜色空间还是lab，它是由国际照明委员会制定的一种色彩模式，自然界中任何一色都能在lab空间中表达出来。其中“a”代表物体的红绿色：正值表示红色，负值表示绿色。“b”代表物体的黄蓝色：正值表示黄色，负值表示蓝色。另外衡量鸡皮肤黄度差异的标准还有hsv值。hsv是根据颜色的直观特性创建的颜色模型，这个模型中的参数分别是色调(h)、饱和度(s)、明度(v)，其中以色调(h)对鸡肤色色差的表征最直观。鸡皮肤黄度性状一般是屠宰之后才能直观的测量，也有在活体上直接测定其胫部黄度、宰前泄殖腔黄度的方法，通过测量色调(h)、hsv值、宰前泄殖腔b值、胫部b值来综合评定鸡皮肤黄度，使结果更加准确。
4.myod家族抑制剂结构域基因(myod family inhibitor domain containing，mdfic)位于鸡的1号染色体(参考基因组grcg6a，chrome1)。mdfic基因的产物被认为是一种包含myod抑制剂结构域的蛋白，其特征是具有特定的富含半胱氨酸的c端结构域，参与病毒基因组表达的转录调控，同时能够通过抑制myod的功能进而影响机体发育过程。据报道mdfic基因可以调控淋巴瘤细胞的增殖与迁移进而影响鸡马立克氏病的发展。我们之前的研究显示，mdfic基因也可以控制鸡细胞的增殖、分化与凋亡。该基因在鸟类中的具体作用少有报道，尤其是在鸡上的研究更少。


技术实现要素：

5.本发明的目的是提供一种与鸡皮肤黄度性状相关的分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该分子标记可以实现鸡皮肤黄度性状的早期选择，可广泛用于肉鸡的大群体规模化育种筛选，对推动优质肉鸡产业发展有重大意义。
6.为实现上述目的，本发明提供了如下方案：
7.本发明提供一种与鸡皮肤黄度性状相关的分子标记，所述分子标记位于鸡mdfic基因中的nc_006088.5：25921707位点的碱基处，碱基突变为t或c。
8.进一步地，碱基突变位点的基因型包括tt、tc和cc。
9.本发明还提供一种所述的与鸡皮肤黄度性状相关的分子标记的检测试剂在检测鸡皮肤黄度性状中的应用。
10.本发明还提供一种检测所述的与鸡皮肤黄度性状相关的分子标记的引物组，所述引物组的核苷酸序列如seq id no：2-3所示。
11.本发明还提供一种检测鸡皮肤黄度性状的试剂盒，所述试剂盒包含所述的引物组。
12.本发明还提供一种检测鸡皮肤黄度性状的方法，包括以下步骤：
13.(1)提取待测鸡血液dna；
14.(2)利用所述引物组进行pcr扩增，获得扩增产物；
15.(3)将所述扩增产物进行测序后，获取分子标记的基因型；
16.(4)根据基因分型结果，判断待测鸡的皮肤黄度性状。
17.进一步地，步骤(2)中扩增体系为2xtaq mastermix 20μl、ddh2o 16.5μl、mdfic-f3 1μl、mdfic-r3 1μl和dna模板1.5μl。
18.进一步地，步骤(2)中扩增程序为95℃预变性3min，95℃变性30s,58℃退火30s，72℃延伸10s，36个循环，72℃后延伸，5min。
19.本发明还提供一种所述的与鸡皮肤黄度性状相关的分子标记、所述的引物组、所述的试剂盒在鸡遗传育种中的应用。
20.本发明公开了以下技术效果：
21.本发明通过分析鸡mdfic基因，发现一个与鸡皮肤黄度性状相关联的snp位点，即mdfic基因中的nc_006088.5：25921707位点出现点突变，snp突变位点25921707:t》c，分析该位点多态性与鸡皮肤黄度性状的相关性，通过实验发现，该突变位点的cc基因型个体表现出最高的胫部黄度水平；tc基因型个体表现出最高的色调、hsv值；tt基因型个体表现出最高的宰前泄殖腔黄度水平；针对于肉鸡皮肤黄度的选育工作，tc基因型为优势基因型。可见根据市场需求，可通过该分子标记开发出一种鸡皮肤黄度选育方法，可广泛用于肉鸡的大群体规模化育种筛选，对推动优质肉鸡产业发展有重大意义。
附图说明
22.为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
23.图1为snp突变位点分型的示意图。
具体实施方式
24.现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限
制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。
25.应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。
26.除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。
27.在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见得的。本发明说明书和实施例仅是示例性的。
28.关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。
29.实施例1
30.1.动物材料
31.选取731只100日龄的麻黄鸡(广东江丰公司福和种鸡场)，使用真空抗凝管采集翅下静脉血液1.2ml，保存于-80℃低温冰箱，用于后续的dna提取。100日龄被屠宰采样，使用微型光度仪测定鸡胫部b值、宰前泄殖腔b值，使用photoshop软件测量肤色色调(h)、hsv值等性状。
32.2.主要试剂
33.nrbc blood dna kit(品牌：omega；货号：d0715；广州飞扬生物工程有限公司)、2xtaq mastermix(dye)(康为世纪，cw0682)、dna marker(品牌：诺唯赞；货号：md101；江苏诺唯赞生物科技股份有限公司)、高纯度低电渗琼脂糖(品牌：擎科；货号：tsj001；北京擎科生物科技有限公司)。
34.3.血液dna提取
35.所有个体的dna提取操作均按照nrbc blood dna kit说明书进行，提取血液样品的基因组dna后，检测dna样本浓度和od值，将dna浓度大于25ng/μl、od
260
/od
280
之比值在1.7-1.8之间的样品储存于-20℃冰箱中备用，用于后续的pcr扩增。
36.4.引物设计
37.根据ncbi(national center for biotechnology information)官网所提供的鸡(gallus gallus)mdfic基因参考基因组序列，使用ncbi的primer-blast工具进行引物设计。pcr产物长度为900bp，引物信息如表1，该引物交由北京擎科生物科技有限公司广州分公司合成。
38.表1.mdfic基因pcr扩增引物信息
glmr函数模型，模型公式为：
51.y＝u+f+m+s+g+e
52.其中，y为表型值，u为群体均值，f为父系效应，m为母系效应，s为性别效应，g为基因型效应，e为随机残差。
53.关联分析结果显示：snp位点25921707:t》c与胫部b值的关联性达极显著水平(p＝0.0036)，与宰前泄殖腔b值极显著相关(p＝0.0001)，与色调性状极显著相关(p＝0.0038)，与hsv值性状极显著相关(p＝0.0015)。可知cc基因型个体表现出最高的胫部黄度水平，tc基因型个体表现出最高的色调、hsv值，tt基因型个体表现出最高的宰前泄殖腔黄度水平。针对于肉鸡皮肤黄度的选育工作，tc基因型为优势基因型。具体信息如表3。
54.表3.snp位点25921707:t》c与皮肤黄度性状的关联分析结果
[0055][0056]
注：不同字母表示组间差异显著。
[0057]
以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。