用于从基质组分中分离寡核苷酸的组合物、试剂盒和方法与流程

本公开涉及可用于从寡核苷酸中去除基质组分(包括蛋白质和脂质)的组合物、试剂盒和方法。

背景技术：

1、寡核苷酸是核苷酸(rna、dna、它们的类似物以及它们的衍生物)的聚合序列，这些聚合序列广泛用作生命科学研究和基于寡核苷酸的诊断测试试剂盒(作为引物和探针试剂)中的pcr(聚合酶链反应)试剂和基于微阵列的试剂。寡核苷酸也被开发为用于多种疾病病症的治疗药物。作为治疗剂开发的寡核苷酸可呈多种形式，包括反义寡核苷酸(aso)、小干扰rna(sirna)、小发夹rna(shrna)、以及可实现“基因沉默”(“基因沉默”是下调或关闭特定基因/蛋白质的表达)的微小rna(mirna)、表现得像小分子药物并结合特定疾病靶标的适体、以及可以很长并且被设计成上调特定蛋白质的表达的信使rna(mrna)，以及质粒(双链体dna)。

2、从复杂的生物基质诸如血浆、血液、尿液和组织中萃取寡核苷酸面临着困难的分析挑战。寡核苷酸的聚阴离子性质确保这些化合物除了与其他基质组分结合外，还与血浆蛋白强效结合。成功的生物分析样品制备取决于从基质中分离寡核苷酸的困难过程。最常用的萃取方法涉及多步液-液萃取，随后进行附加的固相萃取(spe)以进一步净化样品。这种方法是普遍的，因为它总是成功地萃取寡核苷酸。然而，该过程中涉及多个步骤，这在再现性方面引入了误差来源，并且增加了所需的时间，使得该方法效率低下。

3、随着在工业中进行的寡核苷酸研究项目的激增，需要开发用于寡核苷酸的生物分析的快速、通用的spe解决方案。

技术实现思路

1、根据一些方面，本公开涉及吸附剂，该吸附剂包含本体材料以及pka在约8至约12，更典型地约9至约12，甚至更典型地约10至约12范围内的可电离表面基团。

2、根据一些方面，本公开涉及进行固相萃取的方法，该方法包括：(a)将包含一种或多种靶寡核苷酸和一种或多种包含蛋白质、脂质或两者的基质组分的样品装载到多孔阴离子交换吸附剂上，该多孔阴离子交换吸附剂包含本体材料以及pka在约8至约12，更典型地约9至约12，甚至更典型地约10至约12范围内的可电离表面基团，其中靶寡核苷酸被吸附剂保留并且基质组分被吸附剂保留或不保留(在各种实施方案中，基质组分的至少一部分被吸附剂保留)；(b)使一种或多种洗涤溶液流过吸附剂，其中洗涤溶液从吸附剂去除保留的基质组分，而留下保留在吸附剂上的靶寡核苷酸；以及(c)使一种或多种洗脱溶液流过吸附剂，其中保留在吸附剂上的靶寡核苷酸被释放。

3、在各种实施方案中，可电离表面基团可包括含胺基团。例如，含胺基团可选自—nhr1基团、—nr1r2基团和含有至少一个氮原子的杂环体系，其中r1和r2独立地选自c1-c18烷基、c2-c18烯基、c2-c18炔基、c3-c18环烷基、c3-c18杂环烷基、c6-c18芳基或c5-c18杂芳基。在特定实施方案中，含胺基团包括二乙基氨基丙基(deap)、乙基氨基丙基、二甲基氨基丙基、甲基氨基丙基、氨基丙基或二乙基氨基甲基基团。

4、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，含胺基团通过连接部分连接到本体材料。例如，连接部分可以包含烷基基团、酰胺基团、酯基团、磺基基团、醚基团、氨基甲酸酯基团和脲基团中的一者或多者。在某些实施方案中，连接部分可以包含位于两个c1-c6-烷基基团之间的酰胺基团、酯基团、磺基基团、醚基团、氨基甲酸酯基团或脲基团。

5、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，本体材料包括无机材料、无机-有机杂化材料、有机聚合物材料或它们的组合。

6、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，本体材料可包括二氧化硅基材料。

7、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，本体材料可包括无机-有机杂化材料，该无机-有机杂化材料包括二氧化硅区域和有机二氧化硅区域，在该二氧化硅区域中，材料包含具有四个硅-氧键的硅原子，在该有机二氧化硅区域中，材料包含具有一个或多个硅-氧键和一个或多个硅-碳键的硅原子。有机二氧化硅区域可包含例如桥接两个或更多个硅原子的取代或未取代的亚烷基、亚烯基、亚炔基或亚芳基部分。

8、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，本体材料可在二氧化硅基材料的表面处包含硅烷醇基团，该硅烷醇基团通过与c1-c18烷基硅烷化合物反应而浓度降低。

9、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，所采用的多孔阴离子交换吸附剂可以是整体形式或颗粒形式。

10、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，一种或多种靶寡核苷酸具有3聚体至7000聚体范围内的大小。

11、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，(a)多孔阴离子交换吸附剂具有75埃至200埃范围内的孔径并且样品含有一种或多种具有3聚体至50聚体范围内的大小的靶寡核苷酸，(b)多孔阴离子交换吸附剂具有200埃至500埃范围内的孔径并且样品含有一种或多种具有25聚体至200聚体范围内的大小的靶寡核苷酸，并且/或者(c)多孔阴离子交换吸附剂具有500埃至2000埃范围内的孔径，并且样品含有一种或多种具有100聚体至7000聚体范围内的大小的靶寡核苷酸。

12、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，一种或多种洗涤溶液可包含有机溶剂和挥发性缓冲液。

13、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，一种或多种洗脱溶液可具有10至13范围内的ph。

14、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，一种或多种洗脱溶液可包含多膦酸。

15、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，一种或多种洗脱溶液可包含一种或多种选自有机胺、碳酸氢铵、氢氧化铵或乙酸铵的碱以及一种或多种选自甲醇、乙醇、六氟异丙醇或四氢呋喃的有机溶剂。在某些实施方案中，一种或多种洗脱溶液可以包含三乙胺(tea)、甲醇和水，或者一种或多种洗脱溶液可以包含tea、甲醇、六氟异丙醇和水。

16、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，样品包括选自以下的生物流体：全血样品、血浆样品、血清样品、口腔液、脑脊液、粪便样品、鼻样品和尿液、生物组织诸如肝、肾和脑组织、组织匀浆、细胞或细胞培养上清液。

17、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，该方法还包括在将样品装载到多孔阴离子交换吸附剂上之前用变性剂处理样品。例如，变性剂可选自蛋白酶诸如蛋白酶k、ms相容的表面活性剂、有机溶剂、脲、胍或取代的胍。

18、在可与以上方面和实施方案中的任一者一起使用的各种实施方案中，本公开涉及试剂盒，该试剂盒包含多孔阴离子交换吸附剂，该多孔阴离子交换吸附剂包含pka在约8至约12范围内的可电离表面基团(例如，根据前述方面和实施方案中的任一者的多孔阴离子交换吸附剂)；用于吸附剂的壳体；以及一种或多种选自以下的试剂盒组分：变性剂溶液、洗脱溶液或洗涤溶液等等。

19、在一些实施方案中，壳体可以选自多孔条带、多孔板、单次使用的筒或被配置用于在线spe的多次使用的筒。

20、在阅读以下具体实施方式后，本公开的这些和其他方面和实施方案将变得显而易见。