用于通过靶向IGSF8来治疗自身免疫性疾病和癌症的组合物和方法与流程

背景技术：

技术实现思路

1、本发明的一个方面提供了对igsf8具有特异性(例如，对igsf8的ecd的ig-v组结构域或d1结构域具有特异性)的分离的或重组的单克隆抗体或其抗原结合片段，其中所述单克隆抗体或其抗原结合片段包括含有vh cdr1、vh cdr2和vh cdr3的重链可变区(vh)，以及含有vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3的轻链可变区(vl)，其中(a1)vh cdr1、vh cdr2和vh cdr3分别包含seq id no:714、715和716的氨基酸序列、基本上由或由其组成；并且vl cdr1、vlcdr2和vl cdr3分别包含seq id no:717、718和719的氨基酸序列、基本上由或由其组成；或者(a2)vh cdr1、vh cdr2和vh cdr3分别包含seq id no:754、755和756的氨基酸序列、基本上由或由其组成；并且vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3分别包含seq id no:757、758和759的氨基酸序列、基本上由或由其组成；或者(b1)vh cdr1、vh cdr2和vh cdr3分别包含seq idno:720、721和722的氨基酸序列、基本上由或由其组成；并且vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3分别包含seq id no:723、724和725的氨基酸序列、基本上由或由其组成；或者(b2)vh cdr1、vh cdr2和vh cdr3分别包含seq id no:760、761和762的氨基酸序列、基本上由或由其组成；并且vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3分别包含seq id no:763、764和765的氨基酸序列、基本上由或由其组成；或者(c)vh cdr1、vh cdr2和vh cdr3分别包含表d和表g的vh cdr1、vhcdr2和vh cdr3序列中任一项的氨基酸序列、基本上由或由其组成；并且vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3分别包含表d和表g的vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3序列中任一项的氨基酸序列、基本上由或由其组成；或者(d)vh cdr1、vh cdr2、vh cdr3、vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3分别包含表d和表g中任一抗体的vh cdr1、vh cdr2、vh cdr3、vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3序列的氨基酸序列、基本上由或由其组成；任选地，该抗体及其抗原结合片段不具有与l1抗体和l2抗体的相同的vh cdr1、vh cdr2、vh cdr3、vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3序列(例如，该抗体不是l1，也不是l2)。

2、在某些实施方案中，该单克隆抗体或其抗原结合片段包括(1)vh cdr1、vh cdr2、vh cdr3、vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3，它们分别包含表d中任一抗体的vh cdr1、vh cdr2、vh cdr3、vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3序列的氨基酸序列；或者包括(2)vh cdr1、vh cdr2、vh cdr3、vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3，它们分别包含表g中任一抗体的vh cdr1、vh cdr2、vh cdr3、vl cdr1、vl cdr2和vl cdr3序列的氨基酸序列。

3、在一些实施方案中，该单克隆抗体或其抗原结合片段包括vh和vl，其中(a)该vh包含vh fr1、vh fr2、vh fr3和/或vh fr4，它们包含(i)表d(或表g)中任何一种或多种抗体的相应vh fr序列的氨基酸序列，(ii)与表d(或表g)中任何一种或多种抗体的相应vh fr序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％序列同一性的氨基酸序列；或者(iii)与表d(或表g)中任何一种或多种抗体的相应vh fr序列相比，具有至多1、2、3、4或5个置换、缺失和/或添加的氨基酸序列；和/或(b)该vl包含vl fr1、vl fr2、vl fr3和/或vl fr4，它们包含(i)表d(或表g)中任何一种或多种抗体的相应vl fr序列的氨基酸序列，(ii)与表d(或表g)中任何一种或多种抗体的相应vl fr序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％序列同一性的氨基酸序列；或者(iii)与表d(或表g)中任何一种或多种抗体的相应vl fr序列相比，具有至多1、2、3、4或5个置换、缺失和/或添加的氨基酸序列。

4、在一些实施方案中，该单克隆抗体或其抗原结合片段包括vh和vl，其中(a1)该vh包含分别为seq id no:734、735和736的氨基酸序列；并且该vl包含分别为seq id no:737、738和739的氨基酸序列；或者(a2)该vh包含分别为seq id no:774、775和776的氨基酸序列；并且该vl包含分别为seq id no:777、778和779的氨基酸序列；或者(b1)该vh包含分别为seq id no:740、741和742的氨基酸序列；并且该vl包含分别为seq id no:743、744和745的氨基酸序列；或者(b2)该vh包含分别为seq id no:780、781和782的氨基酸序列；并且该vl包含分别为seq id no:783、784和785的氨基酸序列；或者(c)该vh包含表d和表g中任何vh序列的氨基酸序列；并且该vl包含表d和表g中任何vl序列的氨基酸序列。

5、在一些实施方案中，vh和vl序列分别包含表d和表g中任一抗体的vh和vl序列的氨基酸序列。

6、在一些实施方案中，该单克隆抗体或其抗原结合片段是人-小鼠嵌合抗体、人源化抗体、人抗体、cdr移植抗体或表面重塑化抗体。

7、在一些实施方案中，所述其抗原结合片段是fab、fab'、f(ab')2、fd、单链fv或scfv、二硫键连接型fv、v-nar结构域、ignar、胞内抗体、iggδch2、微小抗体、f(ab’)3、四抗体、三抗体、双抗体、单域抗体、dvd-ig、fcab、mab2、(scfv)2或scfv-fc。

8、在一些实施方案中，该单克隆抗体或其抗原结合片段包括重链恒定区，其中(a)该重链恒定区是野生型人igg1、人igg2、人igg3、人igg4；或者(b)该重链恒定区具有一种fc结构域，这种fc结构域缺乏抗体依赖性细胞毒性(adcc)、补体依赖性细胞毒性(cdc)和/或抗体依赖性细胞吞噬作用(adcp)。

9、在一些实施方案中，具有缺陷型fc结构域的重链恒定区选自于由下列组成的组：igg1-l234a/l235a(igg1-lala)、igg1-l234a/l235a/p329g(igg1-lala-pg)、igg1-n297a/q/g(igg1-na)、igg1-l235a/g237a/e318a(igg1-aaa)、igg1-g236r/l328r(igg1-rr)、igg1-s298g/t299a(igg1-ga)、igg1-l234f/l235e/p331s(igg1-fes)、igg1-l234f/l235e/d265a(igg1-fea)、igg4-l234a/l235a(igg4-lala)、igg4-s228p/l235e(igg4-pe)、igg1-e233p/l234v/l235a/g236del/s267k、igg2-h268q/v309l/a30s/p331s(igg2m4)和igg2-v234a/g237a/p238s/h268a/v309l/a330s/p331s(igg2c4d)。

10、在一些实施方案中，所述单克隆抗体或其抗原结合片段与igsf8结合的kd小于约25nm、20nm、15nm、10nm、5nm、2nm或1nm。

11、在某些方面，本发明提供了一种单克隆抗体或其抗原结合片段，其与本发明的单克隆抗体或其抗原结合片段竞争结合igsf8。

12、本发明的另一方面提供了一种对igsf8具有特异性的单克隆抗体或其抗原结合片段，其中该单克隆抗体包括：(1)重链可变区(hcvr)，其包含hcvr cdr1-cdr3序列，这些序列与抗体c1-c39诸如c30-c39中任何一种的hcvr cdr1-cdr3分别存在至少95％(例如100％)同一性，或者在抗体c1-c39诸如c30-c39中任何一种的hcvr cdr1-cdr3中分别具有多达1、2、3、4、5、6、7、8或9个置换；以及，(2)轻链可变区(lcvr)，其包含lcvr cdr1-cdr3序列，这些序列与抗体c1-c39诸如c30-c39中任何一种的lcvr cdr1-cdr3分别存在至少95％(例如100％)同一性，或者在抗体c1-c39诸如c30-c39中任何一种的lcvr cdr1-cdr3中分别具有多达1、2、3、4、5、6、7、8或9个置换。

13、本发明的一个相关方面提供了一种单克隆抗体或其抗原结合片段，其与本发明的单克隆抗体或其抗原结合片段竞争对igsf8的结合。

14、在又一个相关方面中，本发明提供了一种单克隆抗体或其抗原结合部分/片段，其特异性结合igsf8的d1 ecd(或ig-v组结构域)，并抑制与kir3dl1/2的结合，诸如抑制与kir3dl1/2的d2结构域(例如，包含kir3dl1/2的s165、i171和/或m186的表位)的结合。

15、本发明的另一方面提供了一种编码本发明单克隆抗体、其重链或轻链或者其抗原结合部分/片段的多核苷酸。

16、在一个相关方面中，本发明提供了一种在严格条件下与本发明的多核苷酸或其互补物杂交的多核苷酸。

17、本发明的另一方面提供了一种包含本发明多核苷酸的载体。

18、本发明的另一方面提供了一种包含本发明多核苷酸或本发明载体的宿主细胞，用于表达所编码的本发明单克隆抗体、其重链或轻链或者其抗原结合部分/片段。

19、本发明的另一方面提供了一种产生本发明的单克隆抗体、其重链或轻链或者其抗原结合部分/片段的方法，该方法包括：(i)在适于表达本发明单克隆抗体、其重链或轻链或者其抗原结合部分/片段的条件下，培养能够表达本发明的单克隆抗体、其重链或轻链或者其抗原结合部分/片段的本发明的宿主细胞；并且(ii)回收/分离/纯化所表达的本发明单克隆抗体、其重链或轻链或者其抗原结合部分/片段。

20、本发明的另一方面提供了一种在有此需要的受试者中调节免疫应答的方法，该方法包括抑制igsf8与选自kir3dl1、kir3dl2和klrc1/d2异二聚体的igsf8受体之间的相互作用。

21、本发明的另一方面提供了一种用于在有此需要的受试者中治疗癌症的免疫治疗方法，该方法包括抑制igsf8与选自kir3dl1、kir3dl2和klrc1/d2异二聚体的igsf8受体之间的相互作用。

22、本发明的另一方面提供了一种在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的igsf8(免疫球蛋白超家族成员8)调节剂(例如，拮抗剂)。

23、本发明的另一方面提供了一种在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的抑制与igsf8相互作用的kir3dl1拮抗剂。

24、本发明的另一方面提供了一种在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的抑制与igsf8相互作用的kir3dl2拮抗剂。

25、本发明的另一方面提供了一种在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的抑制与igsf8相互作用的klrc1/d1拮抗剂。

26、本发明的另一方面提供了igsf8拮抗剂、kir3dl1拮抗剂、kir3dl2拮抗剂或klrc1/d1拮抗剂的在受试者中治疗癌症的用途，所述拮抗剂抑制igsf8与选自kir3dl1、kir3dl2和klrc1/d2异二聚体的igsf8受体的结合。

27、本发明的另一方面提供了包含igsf8拮抗剂、kir3dl1拮抗剂、kir3dl2拮抗剂或klrc1/d1拮抗剂的组合物用于前述方法权利要求中任一项，所述拮抗剂抑制igsf8与选自kir3dl1、kir3dl2和klrc1/d2异二聚体的igsf8受体的结合。

28、本发明的另一方面提供了特异性结合igsf8的抗体用于治疗癌症的方法中，优选通过刺激t细胞和/或nk细胞活化。

29、本发明的另一方面提供了特异性结合igsf8的抗体用于治疗癌症的方法中，优选通过与如本文所述的第二治疗剂，诸如检查点抑制剂介导的免疫疗法联合使用。

30、本发明的另一方面提供了一种装置或试剂盒，其包含至少一种本发明的抗体、单克隆抗体、其重链或轻链或者其抗原结合部分/片段，该装置或试剂盒任选地包含用于检测所述至少一种抗体、单克隆抗体、其重链或轻链或者其抗原结合部分/片段的标记物，或者提供了一种复合物，其包含所述至少一种抗体、单克隆抗体、其重链或轻链或者其抗原结合部分/片段。

31、本发明的另一方面提供了一种包含igsf8多肽和抗体fc区的融合蛋白。

32、本发明的另一方面提供了一种编码本发明融合蛋白的多核苷酸。

33、本发明的另一方面提供了一种包含编码本发明融合蛋白的多核苷酸的载体。

34、本发明的另一方面提供了一种宿主细胞，其包含编码本发明融合蛋白的多核苷酸或包含编码本发明融合蛋白的多核苷酸的载体，用于表达所编码的融合蛋白。

35、本发明的另一方面提供了一种产生本发明融合蛋白的方法，该方法包括：(i)在适于表达所述融合蛋白的条件下，培养能够表达所述融合蛋白的本发明的宿主细胞；并且(ii)回收/分离/纯化所表达的融合蛋白。

36、本发明的另一方面提供了一种抑制原代nk细胞或t细胞活性的方法，包括使所述原代nk细胞或所述t细胞与本发明的融合蛋白进行接触。

37、本发明的另一方面提供了一种检测样品中igsf8多肽的存在或水平的方法，该方法包括使样品中的igsf8多肽与本发明的抗体、单克隆抗体或其抗原结合部分/片段接触，其中所述抗体、单克隆抗体或其抗原结合部分/片段由可检测标记物标记，或者可附接至可检测标记物。

38、本发明的另一方面提供了一种用于监测受试者中与异常(例如，高于正常)igsf8表达相关的病症的进展的方法，该方法包括：a)使用本发明的抗体、单克隆抗体或其抗原结合部分/片段，在第一时间点检测获自受试者的样品中igsf8的第一水平；b)在后续时间点重复步骤a)以获得igsf8的第二水平；并且c)比较分别在步骤a)和b)中检测的igsf8的第一和第二水平，以监测受试者中病症的进展，其中第二水平高于第一水平表明疾病已进展。

39、本发明的另一方面提供了一种用于预测患有与异常(例如，高于正常)igsf8表达相关的病症的受试者的临床结果的方法，该方法包括：a)使用本发明的抗体、单克隆抗体或其抗原结合部分/片段，确定获自受试者的第一样品中igsf8的水平；b)使用本发明的抗体、单克隆抗体或其抗原结合部分/片段，确定获自具有良好临床结果的对照受试者的第二样品中igsf8的水平；并且c)比较第一和第二样品中igsf8的水平；其中与第二样品中的igsf8水平相比，第一样品中的igsf8水平显著升高(例如，>20％、>50％或更大增加)表明该受试者的临床结果更差，和/或，其中与第二样品中的igsf8水平相比，第一样品中的igsf8水平显著降低(例如，>20％、>50％或更大降低)表明该受试者的临床结果更好。

40、本发明的另一方面提供了一种评估疗法对受试者中与异常(例如，高于正常)igsf8表达相关的病症的功效的方法，该方法包括：a)在向受试者提供至少一部分的该疗法之前，使用本发明的抗体、单克隆抗体或其抗原结合部分/片段确定获自该受试者的第一样品中igsf8的水平，并且b)在提供所述部分的该疗法之后，在获自该受试者的第二样品中重复步骤a)，其中相对于第一样品，第二样品中igsf8的水平显著降低(>20％、>50％或更大降低)表明该疗法对于抑制受试者中的该病症有效；和/或，其中相对于第一样品，第二样品中igsf8的水平基本上相同或升高，表明该疗法对于抑制受试者中的该病症无效。

41、本发明的另一方面提供了一种评估测试化合物对抑制受试者中与异常(例如，高于正常)igsf8表达相关的病症的功效的方法，该方法包括：a)使用本发明的抗体、单克隆抗体或其抗原结合部分/片段确定获自受试者的第一样品中igsf8的水平，其中已将第一样品暴露于一定量的所述测试化合物；并且b)使用本发明的抗体、单克隆抗体或其抗原结合部分/片段确定获自受试者的第二样品中igsf8的水平，其中未将第二样品暴露于该测试化合物，其中相对于第二样品igsf8的水平，第一样品中igsf8的水平显著降低(>20％、>50％或更大降低)表明该量的测试化合物对于抑制受试者中的该病症有效，和/或，其中相对于第二样品igsf8的水平，第一样品中igsf8的水平基本上相同表明该量的测试化合物对于抑制受试者中的该病症无效。

42、本发明的另一方面提供了一种筛选功能性igsf8拮抗剂的方法，该方法包括使候选作用剂(例如，小分子、肽、适体、多核苷酸等)与nk细胞和靶细胞的共培养物进行接触，所述靶细胞表达igsf8且对nk细胞介导的细胞毒性具有抗性，并鉴定促进nk细胞介导的针对靶细胞的细胞溶解活性的候选作用剂，从而将该候选作用剂鉴定为igsf8拮抗剂。

43、本发明的另一方面提供了一种筛选功能性igsf8拮抗剂的方法，该方法包括在t细胞活化信号和igsf8存在的情况下，使候选作用剂(例如，小分子、肽、适体、多核苷酸等)与jurkat nfat报告细胞进行接触，其中当报告细胞在候选作用剂不存在的情况下未被激活且在候选作用剂存在的情况下才被激活时，将该候选作用剂鉴定为功能性igsf8拮抗剂。

44、本发明的另一方面提供了一种特异性结合kir3dl1/2的抗体用于治疗癌症的方法中，其通过抑制kir3dl1/2-igsf8相互作用，从而刺激nk细胞活化。

45、本发明的另一方面提供了一种特异性结合kir3dl1/2的抗体用于治疗癌症的方法中，其优选通过与如本文所述的本发明的第二治疗剂，诸如检查点抑制剂介导的免疫疗法联合使用。

46、本发明的另一方面提供了一种对kir3dl1/2，优选kir3dl1/2的ecd的第二/中间/d2 ig样结构域，或包含残基s165、i171和/或m186的表位具有特异性的单克隆抗体或其抗原结合片段。

47、本发明的另一方面提供了与所述单克隆抗体或其抗原结合片段竞争结合kir3dl1/2的单克隆抗体或其抗原结合片段。

48、本发明的另一方面提供了一种单克隆抗体或其抗原结合部分/片段，其特异性结合kir3dl1/2的中间/d2 ecd(例如，特异性结合包含残基s165、i171和/或m186的表位)，抑制igsf8与kir3dl1/2的结合。

49、应该理解的是，本发明的任何一个实施方案，包括仅在实施例或权利要求书中描述的那些实施方案，都可以与本发明的任何其他一个或多个另外的实施方案自由组合，除非明确并清晰地加以排除或出现不当。