寡核苷酸组合物及其方法与流程

背景技术：

1、寡核苷酸可用于多种应用，例如治疗、诊断和/或研究应用。例如，靶向多种基因的寡核苷酸可用于治疗与这样的靶基因有关的病症、障碍或疾病。

技术实现思路

1、尤其是，本披露提供了经设计的寡核苷酸及其组合物，这些寡核苷酸包含如本文所述的修饰(例如，对核碱基糖和/或核苷酸间键联的修饰，及其模式)。在一些实施例中，本披露的技术(化合物(例如，寡核苷酸)、组合物、方法等)(例如，寡核苷酸、寡核苷酸组合物、方法等)特别可用于编辑核酸，例如核酸中的定点编辑(例如，靶腺苷的编辑)。在一些实施例中，如本文所展示，所提供的技术可以显著改善核酸编辑的效率，例如对一个或多个a残基的修饰，诸如将a转化成i。在一些实施例中，本披露提供了用于rna中的编辑(例如，用于修饰a残基，例如将a转化成i)的技术。在一些实施例中，本披露提供了用于转录物(例如，mrna)中的编辑(例如，用于修饰a残基，例如将a转化成i)的技术。尤其是，所提供的技术提供了利用内源性蛋白诸如adar(作用于rna的腺苷脱氨酶)蛋白(例如，adar1和/或adar2)来编辑核酸，例如修饰a(例如，作为g至a突变的结果)的益处。本领域技术人员将认识到，与需要递送外源性组分(例如，蛋白(例如，经工程化以结合寡核苷酸(和/或其与靶核酸的双链体)以提供所需活性的那些蛋白)、编码蛋白的核酸、病毒等)的那些技术相比，内源性蛋白的这种利用可以避免许多挑战和/或提供多种益处。

2、特别地，在一些实施例中，所提供的技术的寡核苷酸包含有用的糖修饰和/或其模式(例如，某些修饰的存在和/或不存在)、核碱基修饰和/或其模式(例如，某些修饰的存在和/或不存在)、核苷酸间键联修饰和/或立体化学和/或其模式[例如，手性键联磷的类型、修饰和/或构型(rp或sp)等]等，其当与本文所述的一种或多种其他结构元件(例如，另外的化学部分)组合时可以提供高活性和/或多种所需的特性，例如，高核酸编辑效率、高选择性、高稳定性、高细胞摄取、低免疫刺激、低毒性、改善的分布、改善的亲和力等。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸提供高稳定性，例如，当与具有用于腺苷编辑的高百分比的天然rna糖的寡核苷酸相比时。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸提供高活性，例如腺苷编辑活性。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸提供高选择性，例如，在一些实施例中，所提供的寡核苷酸提供靶核酸中的靶腺苷相对于相同靶核酸中的其他腺苷的选择性修饰(例如，靶腺苷处的修饰是靶核酸中的另一腺苷或所有其他腺苷处的修饰的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20倍或更多倍)。

3、尤其是，本披露提供了与参考寡核苷酸和组合物(例如，本文描述的或本领域报道的那些)相比具有改进的特性和/或活性的经设计的寡核苷酸和组合物。例如，在一些实施例中，如本文所展示，提供的寡核苷酸和组合物可以提供改进的稳定性、药代动力学特性、药效学特性和/或改进的活性(例如，用于a至i编辑)。本文描述了各种经设计的寡核苷酸和组合物。例如，在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸及其组合物，包括其手性受控的寡核苷酸组合物，其中寡核苷酸包含几个(例如，1个、2个、3个、4个或5个或更多个；在一些实施例中，3个或更多个)核苷，这些核苷在其5'末端和3'末端独立地包含糖修饰(例如，2'-or修饰，其中r是任选地经取代的c1-6烷基(例如，2'-ome、2'-moe等)、双环糖(例如，lna糖，cet糖等))。在一些实施例中，最前几个(例如，1、2、3、4、或5个或更多个；在一些实施例中，3个或更多个)核苷和/或最后几个(例如，1、2、3、4、或5个或更多个；在一些实施例中，3个或更多个)核苷独立地包含糖修饰。在一些实施例中，前3个或更多个核苷和最后3个或更多个核苷独立地包含糖修饰。在一些实施例中，与这样的核苷键合的一个或多个核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联，例如磷酰基胍核苷酸间键联，如n001。在一些实施例中，第一个和最后一个核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一个和最后一个核苷酸间键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，第一个和最后一个核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，它们都是手性受控的并且是rp。在一些实施例中，寡核苷酸包含核苷n0，其包含天然dna糖(两个2'-h)、天然rna糖或2'-f修饰的糖。在一些实施例中，当寡核苷酸用于腺苷编辑时，n0是与靶腺苷相对的核苷。在一些实施例中，n0的糖是天然dna糖。在一些实施例中，n1的糖(数字前的“+”或没有任何内容表示向5'-方向计数(5'…n1n0n-1…3'))是2'-f修饰的糖、天然dna糖或天然rna糖。在一些实施例中，n1的糖是dna糖。在一些实施例中，n-1的糖(“-”表示向3'-方向计数(5'…n1n0n-1…3'))是2'-f修饰的糖、天然dna糖、或天然rna糖。在一些实施例中，n-1的糖是dna糖。在一些实施例中，n-3的糖是2’-f修饰的糖。在一些实施例中，在n2和它们的5'末端寡核苷酸之间包含多个2'-f修饰的糖和多个2'-修饰的糖(例如，2'-or修饰的糖，其中r是任选地经取代的c1-6烷基、双环糖如lna糖、cet糖等)。在一些实施例中，寡核苷酸在从n2到它们的5'末端(例如，当第二结构域的第一子结构域以n2结束并包括n2时，第一结构域和第二结构域的第一子结构域组合)包含一个或多个(例如，1-20、1-15、1-10、2-15、2-10或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)2'-f嵌段和一个或多个(例如，1-20、1-15、1-10、2-15、2-10或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)分隔嵌段，其中2’-f嵌段中的每个核苷独立地包含2’-f修饰，分隔嵌段中的每个核苷独立地不包含2’-f修饰，并且每个嵌段独立地包含一个或多个(例如，1-20、1-15、1-10、2-15、2-10、或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)核苷。在一些实施例中，存在两个或更多个这样的2'-f嵌段和两个或更多个这样的分隔嵌段。在一些实施例中，一个或多个或所有这样的分隔嵌段独立地键合至两个2'-f嵌段。在一些实施例中，一个或多个或所有分隔嵌段中的每个核苷独立地包含2'-or修饰，其中r是任选地经取代的c1-6烷基或者是双环糖例如lna糖、cet糖等。在一些实施例中，一个或多个或所有分隔嵌段中的每个核苷独立地包含2'-or修饰，其中r是任选地经取代的c1-6烷基。在一些实施例中，一个或多个或所有分隔嵌段中的每个核苷独立地包含2'-ome或2'-moe修饰。在一些实施例中，这样的2'-f和分隔嵌段中的每个独立地包含1、2、3、4或5个核苷。在一些实施例中，靠近n0的核苷，例如，n2、n1、n0、n-1、n-2等不包含大的2'-修饰，例如2'-moe。在一些实施例中，n2、n1、n0、n-1和n-2的糖独立地是天然dna糖、2'-f修饰的糖或2'-ome修饰的糖。在一些实施例中，n1、n0、n-1的糖各自是天然dna糖。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是手性受控的。

4、在一些实施例中，本披露提供了包含第一结构域和第二结构域的寡核苷酸，其中第一结构域包含一个或多个2'-f修饰，并且第二结构域包含一个或多个不具有2'-f修饰的糖。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个手性修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，该寡核苷酸包含：

5、(a)第一结构域；以及

6、(b)第二结构域，

7、其中第一结构域包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个或更个包含2'-f修饰的糖和1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个或更多个各自独立地包含2'-or修饰的糖，其中r不是-h(例如，2'-ome、2,-moe、2'-o-lb-4'，其中lb是任选地经取代的-ch2-等)；并且

8、第二结构域包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个或更多个各自独立地包含2'-or修饰的糖，其中r不是-h(例如，2'-ome、2,-moe、2'-o-lb-4'，其中lb是任选地经取代的-ch2-等)。

9、在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，该寡核苷酸包含：

10、(a)第一结构域；以及

11、(b)第二结构域，

12、其中第一结构域的所有糖的约20％-80％(例如，约25％-80％、30％-80％、35％-80％、40％-80％、40％-70％、40％-60％、50％-80％、50％-75％、50％-60％、55％-80％、60％-80％，或约50％、55％、60％、65％、70％、75％或80％)包含2'-f修饰，并且第一结构域的所有糖的约20％-70％(例如，约20％-60％、20％-50％、30％-60％、30％-50％、40％-50％，或约20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％或60％)独立地包含2'-or修饰，其中r不是-h(例如，2'-ome、2,-moe、2'-o-lb-4'，其中lb是任选地经取代-ch2-等)；并且

13、第二结构域包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个或更多个不含2'-f修饰的经修饰的糖，或第二结构域的所有糖的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％不含2'-f修饰。

14、在一些实施例中，第二结构域包含如本文所述的第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域，或由这些结构域组成。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如，1-10、1-5、1-3、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)糖，其各自独立地包含2'-or修饰，其中r不是-h(例如，2'-ome、2,-moe、2'-o-lb-4'，其中lb是任选地经取代的-ch2-，等)。在一些实施例中，第一子结构域中的这样的糖多于2'-f修饰的糖。在一些实施例中，第二子结构域中的糖都不包含任何2'-or修饰，其中r是任选地经取代的c1-6脂肪族基或2'-o-lb-4')。在一些实施例中，第二子结构域的每个糖独立地是天然dna糖、天然rna糖或2'-f修饰的糖。在一些实施例中，第二子结构域的每个糖独立地是天然dna糖或天然rna糖。在一些实施例中，第二子结构域的每个糖独立地是天然dna糖或2'-f修饰的糖。在一些实施例中，第二子结构域的每个糖独立地是天然dna糖。在一些实施例中，在第二个子结构域中存在三个核苷。在一些实施例中，当结合靶标时，这三个中的第二核苷与靶腺苷相对。在一些实施例中，第二核苷的糖不包含如本文所述的任何2'-or修饰(例如，2'-ome、2'-moe等)。在一些实施例中，这样的糖是天然dna糖。在一些实施例中，它是天然的rna糖。在一些实施例中，它是2'-f修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，1-10、1-5、1-3、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)糖，其各自独立地包含2'-or修饰，其中r不是-h(例如，2'-ome、2,-moe、2'-o-lb-4'，其中lb是任选地经取代的-ch2-，等)。在一些实施例中，第三子结构域中的这样的糖多于2'-f修饰的糖。

15、在一些实施例中，第二结构域包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个或更多个独立地包含2'-or修饰的经修饰的糖，或第二结构域的所有糖的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％包含2'-or修饰，其中r是任选地经取代的c1-6脂肪族基。在一些实施例中，r是甲基。在一些实施例中，r是-ch2ch2och3。如本文所述，根据本披露还可以利用其他糖修饰，任选地具有本文所述的碱基修饰和/或核苷酸间键联修饰。

16、在一些实施例中，寡核苷酸包含或属于5'-第一结构域-第二结构域-3'结构。在一些实施例中，第二结构域包含或属于5'-第一子结构域-第二子结构域-第三子结构域-3'结构。在一些实施例中，寡核苷酸包含或属于5'-第一结构域-第一子结构域-第二子结构域-第三子结构域-3'结构。在一些实施例中，寡核苷酸缀合至另外的部分，例如本文所述的各种另外的化学部分。在一些实施例中，寡核苷酸包含另外的部分，例如，如本文所述的另外的部分。在一些实施例中，另外的化学部分是或包含小分子部分、碳水化合物部分(例如，galnac部分)、核酸部分(例如，寡核苷酸部分、可以提供和/或调节一种或更多种特性和/或活性的核酸部分等(例如，rna酶h依赖性寡核苷酸、rnai寡核苷酸、适体、grna等的部分)和/或肽部分。

17、在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的碱基序列与包含靶腺苷的靶核酸的碱基序列基本上互补。在一些实施例中，当与靶核酸比对时，所提供的寡核苷酸包含一个或多个错配(非沃森-克里克碱基对)。在一些实施例中，当与靶核酸比对时，所提供的寡核苷酸包含一个或多个摇摆(wobble)(例如，g-u、i-a、g-a、i-u、i-c等)。在一些实施例中，错配和/或摇摆可帮助一种或多种蛋白(例如，adar1、adar2等)识别由所提供的寡核苷酸和靶核酸形成的双链体。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸与靶核酸形成双链体。在一些实施例中，adar蛋白识别并结合这样的双链体。在一些实施例中，与靶腺苷相对的核苷位于所提供的寡核苷酸的中间，例如5'侧有5-50个核苷，而在其3'侧有1-50个核苷。在一些实施例中，5'侧具有比3'侧更多的核苷。在一些实施例中，5'侧具有比3'侧更少的核苷。在一些实施例中，5'侧具有与3'侧相同数目的核苷。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含表中所描述的寡核苷酸的15-40个(例如，15、20、25、30个等)连续碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的碱基序列是或包含表中所描述的寡核苷酸的碱基序列。

18、在一些实施例中，利用多种结构元件(例如，多种修饰、立体化学和其模式)，本披露可用短寡核苷酸(例如，长度为约20-40、25-40、25-35、26-32、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个核碱基的那些寡核苷酸)实现所需的特性和高活性。

19、在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含经修饰的核碱基。在一些实施例中，经修饰的核碱基促进对靶腺苷的修饰。在一些实施例中，与存在u时相比，与靶腺嘌呤相对的核碱基保持与酶例如adar的相互作用，而与靶腺嘌呤的相互作用不如与u强烈(例如，形成较少的氢键)。在一些实施例中，相对的核碱基和/或其相关联的糖提供一定的灵活性(例如，当与u相比时)以促进酶(例如，adar1、adar2等)对靶腺苷的修饰。在一些实施例中，紧邻相对的核碱基(相对于靶腺嘌呤)的5'或3'的核碱基(例如，i及其衍生物)增强对靶腺嘌呤的修饰。尤其是，本披露认识到，当所提供的寡核苷酸及其靶核酸的双链体与修饰酶(例如，adar1或adar2)相互作用时，这样的核碱基可导致比g更小的空间位阻。在一些实施例中，选择(例如，当几个腺苷残基是合适的靶标时)和/或设计(例如，通过利用本文所述的多种核碱基)寡核苷酸的碱基序列，使得可以减小或消除空间位阻(例如，没有g与靶a的相对的核苷相邻)。

20、在一些实施例中，本披露的寡核苷酸提供经修饰的核苷酸间键联(即，不是天然磷酸酯键联的核苷酸间键联)。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如，手性核苷酸间键联)的键联磷是手性的并且可以按不同的构型(rp和sp)存在。尤其是，本披露展示，经修饰的核苷酸间键联的并入，特别是具有对键联磷中心的立体化学的控制(使得与立体随机寡核苷酸制备物相比，在这种控制中心处富集一种构型)，可以显著改善特性(例如，稳定性)和/或活性(例如，腺苷修饰活性(例如，将腺苷转化成肌苷)。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有显著高于立体随机制备物的立体化学纯度。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸是手性受控的。

21、在一些实施例中，本披露的寡核苷酸包含一个或多个手性核苷酸间键联，其键联磷是手性的(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，寡核苷酸中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸间键联，或所有核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％(例如50％-100％、60％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、60％-95％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％，等)，或所有核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，至少一个核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，至少一个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，至少一个手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个均是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联独立地是手性受控的。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是手性受控的。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联不是手性受控的。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性受控的。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，磷酰基胍核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个磷酰基胍核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个中性核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是n002。在一些实施例中，它是n006。在一些实施例中，它是n020。在一些实施例中，它是n004。在一些实施例中，它是n008。在一些实施例中，它是n025。在一些实施例中，它是n026。本文描述了各种经修饰的核苷酸间键联。键联磷可以是rp或sp。在一些实施例中，至少一个键联磷是rp。在一些实施例中，至少一个键联磷是sp。在一些实施例中，寡核苷酸中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个手性核苷酸间键联，或所有手性核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％(例如50％-100％、60％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、60％-95％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％，等)，或所有手性核苷酸间键联是sp。在一些实施例中，寡核苷酸中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个硫代磷酸酯核苷酸间键联，或所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％(例如50％-100％、60％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、60％-95％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％，等)，或所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少50％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少60％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少70％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少75％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少80％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少85％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少90％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少95％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少96％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少97％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少98％是sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是sp。在一些实施例中，不超过3、4、5、6、7、8、9或10个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是rp。在一些实施例中，不超过3个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是rp。在一些实施例中，不超过4个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是rp。在一些实施例中，不超过5个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是rp。在一些实施例中，不超过6个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是rp。在一些实施例中，不超过7个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是rp。在一些实施例中，不超过8个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是rp。在一些实施例中，不超过9个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是rp。在一些实施例中，不超过10个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是rp。在一些实施例中，连续的rp硫代磷酸酯核苷酸间键联未用于其中大部分(例如大于50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)或所有的糖是天然dna和/或rna和/或2'-f修饰的糖的部分中。在一些实施例中，当使用连续的rp硫代磷酸酯核苷酸间键联时，这样的核苷酸间键联中的一个或多个或大多数(例如，大于50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)或所有独立地键合至糖，这可以提高稳定性。在一些实施例中，当使用连续的rp硫代磷酸酯核苷酸间键联时，这样的核苷酸间键联中的一个或多个或大多数(例如，大于50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)或所有独立地键合至双环糖或2'-or修饰的糖，其中r是任选地经取代的c1-6脂肪族基。在一些实施例中，当使用连续的rp硫代磷酸酯核苷酸间键联时，这样的核苷酸间键联中的一个或多个或大多数(例如，大于50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)或所有独立地键合至2'-or修饰的糖，其中r是任选地经取代的c1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个2'-or修饰的糖独立地是2'-ome修饰的糖或2'-moe修饰的糖。在一些实施例中，每个2'-or修饰的糖独立地是2'-ome修饰的糖。在一些实施例中，每个2'-or修饰的糖独立地是2'-moe修饰的糖。

22、在一些实施例中，在组合物中控制所提供的寡核苷酸的一个或多个手性键联磷的立体化学。在一些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的组合物，其中多个寡核苷酸共享共同碱基序列，并且独立地在一个或多个手性核苷酸间键联(“手性受控的核苷酸间键联”)(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个手性核苷酸间键联，或所有手性核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％)处共享相同的键联磷构型(例如，对于手性键联磷，均是rp或均是sp)。在一些实施例中，它们在每个手性键联磷处共享相同的立体化学。在一些实施例中，多个寡核苷酸中的寡核苷酸共享相同的构成。在一些实施例中，除了核苷酸间键联之外，多个寡核苷酸在结构上是相同的。在一些实施例中，多个寡核苷酸在结构上是相同的。在一些实施例中，组合物中的所有寡核苷酸、或共享共同碱基序列的所有寡核苷酸的至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％共享该多个寡核苷酸中的寡核苷酸的骨架手性中心模式。在一些实施例中，组合物中的所有寡核苷酸、或共享共同碱基序列的所有寡核苷酸的至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％是该多个寡核苷酸中的寡核苷酸。

23、在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸的手性受控的寡核苷酸组合物，其中组合物中所有寡核苷酸、或具有相同寡核苷酸碱基序列的所有寡核苷酸、或具有相同碱基序列以及糖和碱基修饰的所有寡核苷酸、或具有相同构成的所有寡核苷酸的至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％独立地在寡核苷酸的一个或多个手性核苷酸间键联(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个手性核苷酸间键联，或所有手性核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％)处共享相同的键联磷构型(例如，对于手性键联磷，均是rp或均是sp)。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸的手性受控的寡核苷酸组合物，其中组合物中所有寡核苷酸、或具有相同寡核苷酸碱基序列的所有寡核苷酸、或具有相同碱基序列以及糖和碱基修饰的所有寡核苷酸、或具有相同构成的所有寡核苷酸的至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％是一种或多种形式的寡核苷酸(例如，酸形式、盐形式(例如，药学上可接受的盐形式；如本领域技术人员所理解的，在寡核苷酸是盐的情况下，寡核苷酸的相应酸或碱形式的其他盐形式)等)。

24、在一些实施例中，如本文所展示，手性受控的寡核苷酸组合物与相应的立体随机寡核苷酸组合物相比提供许多优点，例如更高的稳定性、活性等。在一些实施例中，据观察，手性受控的寡核苷酸组合物在采用adar蛋白的各种同种型(例如，adar1的p150和p110形式)时均提供高水平的腺苷修饰(例如，将a转化成i)活性，而相应的立体随机组合物仅在采用adar蛋白的某些同种型(例如，adar1的p150同种型)时才提供高水平的腺苷修饰(例如，将a转化成i)活性。

25、在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含另外的部分，例如靶向部分、碳水化合物部分等。在一些实施例中，另外的部分是或包含脱唾液酸糖蛋白受体的配体。在一些实施例中，另外的部分是或包含galnac或其衍生物。尤其是，另外的部分可以有利于向某些靶位置，例如细胞、组织、器官等(例如，包含与另外的部分相互作用的受体的位置)的递送。在一些实施例中，另外的部分有利于向肝的递送。

26、在一些实施例中，本披露提供了用于制备寡核苷酸及其组合物，特别是手性受控的寡核苷酸组合物的技术。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸及其组合物是高纯度的。在一些实施例中，本披露的寡核苷酸在手性核苷酸间键联的键联磷处是至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％立体化学纯的。在一些实施例中，本披露的寡核苷酸立体选择性地制备并且基本上不含立体异构体。在一些实施例中，在所提供的包含共享相同手性键联磷立体化学(例如，包含rp和/或sp中的一者或多者，其中每个手性键联磷独立地是rp或sp)模式的相同碱基序列的多个寡核苷酸的组合物中，组合物中与该多个寡核苷酸共享相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％共享相同的手性键联磷立体化学模式或是该多个寡核苷酸中的寡核苷酸。在一些实施例中，在所提供的包含共享相同手性键联磷立体化学模式的相同碱基序列的多个寡核苷酸的组合物中，组合物中与该多个寡核苷酸共享相同构成的所有寡核苷酸的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％共享相同的手性键联磷立体化学模式或是该多个寡核苷酸中的寡核苷酸。

27、在一些实施例中，本披露描述了用于评估寡核苷酸及其组合物的有用技术。例如，本披露的多种技术可用于评估腺苷修饰。如本领域技术人员所理解的，在一些实施例中，腺苷的修饰/编辑可以通过测序、质谱法、对经修饰的核酸(例如，其中靶核酸的腺苷被转化成肌苷)的产物(例如，rna、蛋白等)的评估(例如，水平、活性等)等来评估，任选地考虑修饰系统(例如，体外系统、离体系统、细胞、组织、器官、生物体、受试者等)中存在的其他组分(例如，adar蛋白)。本领域技术人员将理解，提供靶核酸的腺苷修饰的寡核苷酸也可以提供经修饰的核酸(例如，其中靶腺苷被转化成i)及其一种或多种产物(例如，mrna、蛋白等)。在实例中描述了某些有用的技术。

28、如本文所述，可以多种形式提供/利用本披露的寡核苷酸和组合物。在一些实施例中，本披露提供了包含一种或多种形式的寡核苷酸的组合物，例如，酸形式(例如，其中天然磷酸酯键联以-o(p(o)(oh)-o-存在，硫代磷酸酯核苷酸间键联以-o(p(o)(sh)-o-存在)、碱形式、盐形式(例如，其中天然磷酸酯键联以盐形式(例如，钠盐(-o(p(o)(o-na+)-o-)存在，硫代磷酸酯核苷酸间键联以盐形式(例如，钠盐(-o(p(o)(s-na+)-o-)存在)等。如本领域技术人员所理解的，寡核苷酸可以以多种盐形式存在，包括药学上可接受的盐，并且在溶液(例如，多种水性缓冲体系)中，阳离子可以从阴离子解离。在一些实施例中，本披露提供了药物组合物，该药物组合物包含所提供的寡核苷酸和/或其一种或多种药学上可接受的盐，以及药学上可接受的载剂。在一些实施例中，药物组合物是手性受控的寡核苷酸组合物。

29、所提供的技术可用于多种目的。例如，本领域技术人员将理解，所提供的技术可用于涉及腺苷修饰的许多目的，例如，校正g至a突变，调节某些核酸和/或由其编码的产物的水平(例如，通过引入a至g/i修饰来降低蛋白的水平)，调节剪接，调节翻译(例如，通过引入a至g/i修饰来调节翻译起始和/或终止位点)等。

30、在一些实施例中，本披露提供了用于预防或治疗适合腺苷修饰(例如，将a转化成i或g)的病症、障碍或疾病的技术。如本领域技术人员所理解的，i可执行g的一种或多种功能，例如碱基配对、翻译等。在一些实施例中，g至a突变可通过a至i的转化来校正，使得可以产生g形式核酸的一种或多种产物，例如蛋白。在一些实施例中，本披露提供了用于预防或治疗与突变相关联的病症、障碍或疾病的技术，这些技术包括向易感该病症、障碍或疾病或者患有该病症、障碍或疾病的受试者施用所提供的寡核苷酸或其组合物，该寡核苷酸或组合物可编辑突变。在一些实施例中，本披露提供了用于预防或治疗与g至a突变相关联的病症、障碍或疾病的技术，这些技术包括向易患该病症、障碍或疾病或者患有该病症、障碍或疾病的受试者施用所提供的寡核苷酸或其组合物，该寡核苷酸或组合物可修饰a。在一些实施例中，所提供的技术修饰转录物(例如，rna转录物)中的a。在一些实施例中，a被转化成i。在一些实施例中，在翻译期间，蛋白合成机器将i读作g。在一些实施例中，a形式编码一种或多种与由其相应g形式编码的蛋白相比具有一种或多种更高的所需活性和/或一种或多种更好的所需特性的蛋白。在一些实施例中，a形式与其相应g形式相比提供更高水平的一种或多种具有一种或多种更高的所需活性和/或一种或多种更好的所需特性的蛋白。在一些实施例中，由a形式编码的产物在结构上与由其相应g形式编码的产物不同(例如，更长，在一些实施例中为全长蛋白)。在一些实施例中，a形式与其相应g形式相比提供在结构上相同的产物(例如，蛋白)。

31、如本领域技术人员将理解的，许多病症、障碍或疾病与可通过所提供的技术修饰的突变相关并且可使用所提供的技术来预防和/或治疗。例如，据报道，超过20,000种病症、障碍或疾病与g至a突变相关，并且可以受益于a至i编辑。