RNA治疗剂及其使用方法与流程

文档序号:35286815发布日期:2023-09-01 08:03阅读:107来源:国知局
RNA治疗剂及其使用方法与流程
arna的具体实施方案,adar arna是由seq id no114-133中的一个或多个给出的adar2 arna。根据本文提供的adararna的具体实施方案,adar arna是adar3 arna。根据一些这样的实施方案,靶序列在seq id no:12和/或13内。
7.在本公开内容的一些实施方案中,adar arna包含在有义链和反义链之一或两者上的3’尾部。在一些实施方案中,adar arna包含至少一个修饰的核苷酸。在一些这样的实施方案中,至少一个修饰的核苷酸包含来自以下至少一种的核苷酸修饰:硫代修饰的、氨基修饰的、磷酸酯修饰的、胆固醇-三甘醇(teg)修饰的、甲基修饰的和氟修饰的核苷酸。
8.根据本公开内容的一些实施方案,adar arna包含单链。根据本公开内容的其它实施方案,adar arna包含具有反义链和有义链的双链体。在一些这样的实施方案中,反义链和有义链各自独立地为大约15至大约50个核苷酸,并且在甚至进一步的实施方案中,反义链和有义链各自独立地为大约19至大约30个核苷酸。在甚至进一步的实施方案中,反义链和有义链各自独立地为大约21个核苷酸。在一些实施方案中,反义链和有义链中的至少一个独立地包含3

突出端。
9.在本公开内容的一些实施方案中,本文提供的adar arna在核酸载体上编码。
10.另外,根据本文提供的adar arna的一些实施方案,arna与配体靶向部分连接。在一些这样的实施方案中,配体靶向部分是galnac。
11.根据一些进一步的实施方案,本文提供的adar arna与第二rna连接。根据一些这样的实施方案,第二rna是治疗性rna。在一些实施方案中,治疗性rna包含以下之一:反义寡核苷酸(aso),包括干扰rna(irna)和微小rna(mirna);信使rna(mrna);引导rna(grna),包括单引导rna(sgrna);或激活rna(arna)。
12.根据本文提供的adar arna的实施方案,adar arna结合argonaute-2蛋白(ago2)蛋白。
13.根据一些实施方案,adar arna与递送媒介物连接。在一些实施方案中,递送媒介物包含抗体或其片段、scfv、肽、galnac、适体(apatamer)或纳米颗粒中的至少一种。
14.根据一些进一步的实施方案,本文提供的adar arna被完全或部分封装在递送媒介物内。根据一些这样的实施方案,递送媒介物包含脂质、脂质体、lipoplex、聚合物或纳米颗粒中的至少一种。
15.另外,本文提供了调节adar的表达的方法,由此向患者施用本公开内容的adar arna。根据一些这样的方法,adar表达增加。在一些这样的方法中,adar表达增加至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少100%、至少150%、至少200%、至少250%、至少300%或至少350%。
16.根据本公开内容的一些实施方案,提供了治疗人中的疾病的方法,其包括施用治疗有效量的本公开内容的adar arna。在一个特定的实施方案中,adar3 arna是adar3 arna,其中adar3靶序列在seq id no:12和/或13内。在一些这样的实施方案中,adar3 arna被递送到显示出adar1和/或adar2的过表达的组织。根据一些实施方案,疾病的特征在于adar1催化的或adar2催化的过度活跃的转录物编辑。根据一些实施方案,疾病是癌症、肿瘤发生、转移、脑癌、慢性神经障碍、免疫疾病或自身免疫性疾病中的一种。根据一些实施方案,adar3 arna被递送到cns。在一些实施方案中,还向人施用治疗有效量的针对人的治疗性rna。
17.本公开内容还提供了包含治疗性rna和如本文提供的adar arna的rna编辑治疗剂。根据一些这样的实施方案,治疗性rna包含mrna、mirna、sgrna、arna、irna或aso中的一种。
18.进一步地,通过本公开内容提供了治疗人中的疾病的方法。根据实施方案,此类方法包括向人施用治疗有效量的rna编辑治疗剂,其中所述rna治疗剂包含治疗性rna和本公开内容的adar arna。根据一些实施方案,治疗性rna和adar arna是共施用的。在一些实施方案中,治疗性rna和adar arna是共配制的。在甚至进一步的实施方案中,治疗性rna和adar arna是连接的。在此类方法的实施方案中,治疗性rna和adar arna中的至少一种被完全或部分封装在递送媒介物内。根据一些这样的实施方案,递送媒介物包含lipidoid、脂质体、lipoplex、聚合物或纳米颗粒中的一种。在一些实施方案中,治疗性rna和adar arna中的至少一种与递送媒介物连接。根据一些这样的实施方案,递送媒介物包含抗体或其片段、scfv、肽、galnac、适体或纳米颗粒中的一种。
19.另外,根据一些实施方案,通过本公开内容提供了包含治疗性rna、如本文提供的adar arna和至少一种药学上可接受的赋形剂的药物组合物。根据一些实施方案,治疗性rna包括mrna、mirna、sgrna、arna、irna或aso中的一种。
20.另外,本公开内容还提供了治疗人中的疾病的方法,其包括向人施用治疗有效量的本公开内容的药物组合物。根据这样的实施方案,药物组合物包含治疗性rna、如通过本公开内容提供的adar arna和药学上可接受的赋形剂。根据一些这样的实施方案,治疗性rna和adar arna是共施用的。在一些实施方案中,治疗性rna和adar arna是共配制的。在一些实施方案中,治疗性rna和adar arna是连接的。进一步地,在一些实施方案中,治疗性rna和adar arna中的至少一种被完全或部分封装在递送媒介物内。根据一些这样的实施方案,递送媒介物包含脂质、脂质体、lipoplex、聚合物或纳米颗粒中的一种。在一些实施方案中,治疗性rna和adar arna中的至少一种与递送媒介物连接。根据一些这样的实施方案,递送媒介物包含抗体或其片段、scfv、肽、galnac、适体或纳米颗粒中的一种。
21.如本文使用的,rna编辑治疗指采用治疗性rna用于调节(即,上调或下调)来自rna的蛋白质翻译的系统或方法。rna编辑治疗的实例包括但不限于rna干扰、rna激活和使用系统例如crispr-cas系统的引导rna指导的靶rna编辑。此类rna编辑治疗采用治疗性rna,例如反义寡核苷酸包括干扰rna(irna,又名sirna)和微小rna(mirna),mrna,rna适体,激活rna(arna,又名sarna)和引导rna(grna)包括单引导rna(sgrna)。术语治疗性rna指用于rna编辑治疗剂中的rna寡核苷酸(例如,aso、irna、mirna、mrna、rna适体、arna、grna、sgrna等等)。
22.如本文使用的,adar激活rna(adar arna)指调节内源性adar的表达的rna。adar arna包含反义序列,其与adar arna靶序列互补,至少80%互补。根据实施方案,adar arna靶序列定位于adar靶序列转录起始位点的-3000(例如,上游3000个核苷酸)至+150个(下游150个核苷酸)核苷酸之间。根据更具体的实施方案,adar arna靶序列定位于seq id no.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12和/或13内。在特定实施方案中,例如,adar1 p110arna靶序列可以定位于seq id no.1、2和/或3内,而adar1 p150arna靶序列可以定位于seq id no.4、5、6和/或7内,而adar2 arna靶序列可以定位于seq id no.8、9、10和/或11内,而adar3 arna靶序列可以定位于seq id no.12和/或13内。
23.另外,根据本公开内容,治疗性rna和adar arna的实施方案可以使用本领域已知的方法化学合成或重组产生。此外,治疗性rna和/或adar arna的实施方案可以包含如本领域已知的一种或多种修饰的核苷酸,包括硫代修饰的、氨基修饰的、磷酸酯修饰的、胆固醇-teg修饰的、甲基修饰的、氟修饰的核苷酸等等。
24.如本文使用的,“rna”指可互换地核糖核酸和核糖核苷酸。rna指天然存在和非天然存在的(人工的、合成的)、修饰或未修饰的核苷酸或多核苷酸。
25.如本文使用的,“连接”指两个或更多个部分直接或经由充当连接剂的一个或多个另外部分、经由共价或非共价键合而彼此物理缔合或连接,以形成结构。
26.本文提及的argonaute-2蛋白(ago2)是人中因结合rna而闻名的一种天然存在的蛋白质。已知ago2涉及rna干扰并具有核酸内切酶活性。
27.如本文提及的,递送媒介物意味着与adar arna或治疗性rna联合利用的分子,以用于将rna递送到患者。实例包括与rna连接的抗体或其片段、scfv、肽、galnac、适体或纳米颗粒。其它实例包括rna完全或部分封装在其中的lipidoid、脂质体、lipoplex、聚合物或纳米颗粒。
28.如本文使用的,药物组合物指包含本公开内容的adar arna的组合物,其配制成剂型例如局部、鼻内、气管内或可注射(例如,静脉内、眼内、玻璃体内、肌内、心内、腹膜内、皮下),包括液体剂型、可注射制剂、肺部形式和固体剂型。药物组合物还可以包含至少一种药学上可接受的赋形剂,并且还可以包含与治疗性rna联合配制成剂型的adar arna。
29.如本文可互换地使用的,“治疗(treatment)”和/或“治疗(treating)”和/或“治疗(tteat)”预期指这样的所有过程,其中可以存在疾病和/或其症状的完全消除、减缓或延迟,严重性或频率(例如发作)的减少,进展的中断或停止,但并不要求所有疾病症状的完全消除。治疗包括向人施用根据本公开内容的rna编辑治疗剂,其包括施用adar arna,所述人将受益于上文列出的过程中的至少一种,包括:(a)抑制或减缓疾病症状和效应的进一步进展,即阻止其发展或进展;(b)缓解疾病,即引起疾病、疾病症状或其并发症的消除或消退;以及(c)预防或减少疾病发作的频率。
30.如可以在本文中使用的,当提及特定叙述的数值或值范围使用时,术语“约”或“大约”意指该值可以与叙述的值相差不多于10%(例如,+/-10%)。例如,如本文使用的,表述“约100”包括90和110以及其间的所有值(例如,91、92、93、94等)。
实施例
31.实施例1:示例性adar arna
32.示例性adar arna可以基本上如下所述进行制备。对于每种人adar同种型,可以生成且筛选adar arna文库。可以选择从adar转录起始序列(例如位置0)的约-3000(上游3000个核苷酸)到约+150(下游150个核苷酸)的核苷酸序列。更具体地,对于adar1p110,可以选择在seq id no.1、2和/或3内的靶序列区域(例如,adar1 p110靶向区域a、b和c)。对于adar1p150,可以选择在seq id no.4、5、6和/或7内的靶序列区域(例如,adar1 p150靶向区域a、b、c和d)。类似地,对于adar2,可以选择在seq id no.8、9、10和/或11内的靶序列区域(例如,adar2靶向区域a、b、c和d),并且对于adar3,可以选择在seq id no.12和/或13内的靶序列区域(例如,adar3靶向区域a和b)。然后可以筛选出包含重复元件和cpg岛序列的区
域。
33.此后,可以选择15-50个核苷酸的核苷酸序列的初始文库。在示例性实施方案中,可以选择21和22个核苷酸的序列。本文提供了adar1_p110 arna反义序列(表4)、adar1_p150 arna反义序列(表1、2、6和9)和adar2 arna反义序列(表8)的示例文库。
34.可以完成进一步筛选。文库候选物可以针对adar转录物区域和mirna文库进行交叉比较,由此可以筛选出与其重叠的adar arna候选物。另外,代表互补匹配的任何候选adar arna都可以具有筛选出的互补体(例如,将仅选择互补对中的一个候选物)。另外,还可以筛选出被鉴定为与其它基因(例如,其与另一个基因转录组等同或在1个碱基错配内)交叉反应的adar arna候选物。可以采取进一步筛选,由此可以筛选出靶向低表达外显子区域的adar arna候选物。从adar arna候选物文库,ago2结合预测评分也可以用于对候选物进行排序,用于进展到体外和体内评价。
35.adar arna(有义链和反义链两者)也可能包括化学修饰。根据本公开内容的实施方案的示例性化学修饰包括在2
′‑
核糖定位处的2
′‑
o-甲基(mg、ma、mc或mu)和/或2
′‑
氟(fg、fa、fc或fu)。另外,磷酸二酯主链可以在一个或多个核苷酸中由硫代膦酸酯取代,并且例如在反义链的5

端处可以引入5
′‑
磷酸化修饰。此外,如本文指出的,本公开内容的adar arna可以连接到递送媒介物或配体靶向部分例如胆固醇或galnac,例如经由三甘醇连接到adar arna。示例性实施方案在表1中提供。
36.表1:包含化学修饰的示例性adar arna有义和反义(adar p150arna):
[0037][0038]
(*=硫代膦酸酯);(mg、ma、mc或mu=2
′‑
o-甲基);(fg、fa、fc或fu=2
′‑
氟);(phos
=磷酸化)
[0039]
另外,本公开内容的adar arna的有义链和反义链可以包括一个、两个或甚至高达五个核苷酸的核苷酸突出端。根据一些实施方案,有义链和反义链之一或两者可以包括在5

端处的一个、两个或甚至高达五个核苷酸。在一些实施方案中,有义链和反义链之一或两者包括在3

端处的一个、两个或甚至高达五个核苷酸。一些实施方案中,有义链和反义链两者均包括两个尿嘧啶的3

突出端。
[0040]
另外,如本文指出的,本文提供的adar arna的有义链和反义链之一或两者可以包括在关于有义链和反义链两者的靶序列的核苷酸序列之间的一个或多个核苷酸错配。表2中提供了包括有义链和反义链两者的错配核苷酸序列的示例实施方案(表2中的参考a和参考b的有义序列和反义序列并不包括与其分别的adar靶序列的错配)。根据本文实施例2b中提供的方法执行通过具有错配的示例性adar arna对adar1 p150表达的调节。分别与参考a或参考b相比的adar1表达水平的百分比在表2中列出。
[0041]
表2:具有错配的示例性adar arna有义和反义:
[0042]
[0043][0044]
实施例2:体外adar表达调节
[0045]
通过根据本文提供的方法制备的adar arna候选物对adar表达的调节可以基本上如本文所述的进行评价。adar arna可以以连续浓度转染到靶细胞系内24小时。然后可以个别地测定以mrna和/或蛋白质水平的各个adar同种型表达。adar mrna水平使用定量逆转录聚合酶链反应(qrt-pcr)进行测定,而adar蛋白表达水平能够通过蛋白质印迹或酶联免疫吸附测定(e lisa)进行测定。adar mrna和蛋白质的表达水平然后可以与未处理的对照进行比较,以鉴定提供最大百分比上调的adar arna候选物。
[0046]
实施例2a.adar1 p110
[0047]
基本上如本文所述的,评价用adar1 p110arna转染的hek293t细胞中adar1 mrna的表达水平,并且与未用adar1 p110arna转染的hek293t细胞的对照adar1 mrna水平进行比较。简言之,hek293t细胞以10,000个细胞/孔接种到96孔板上的无血清培养基(opti-mem,目录#11058021)中。此后,细胞用100nm的adar p110arna(如表4中所示的反义序列)与媒介物(lipofectamine rnaimax,目录#13778100)、或用作为对照的单独的媒介物(未用adar p110arna转染)处理不超过12小时。关于处理和未处理细胞的培养基在转染后8-12小时改变为完全培养基(dmem+10%fbs),以维持细胞培养直至终点。根据制造商的说明书(sybr green fast advanced cells-to-ct kit,目录#a35379),使用定量rt-pcr(powertrack sybr green master mix,目录#a46012),来测量adar1 mrna水平。如表4a中所证实的,鉴定了三个特异性adar1 p110靶向区域(在表3中表示为区域a、b和c),并且靶向这三个区域之一的adar1 p110arna反义序列证实了高达150%的adar1转录增加。
[0048]
表3:adar1 p110靶向区域:
[0049][0050]
表4a:示例的adar1 p110 arna反义序列和adar1转录表达的%增加:
[0051]
[0052][0053]
基本上如本文所述的,评价用adar1 p110 arna转染的hela细胞中adar1 p110 mrna的表达水平,并且与未用adar1 p110 arna转染的hela细胞的对照adar1 p110水平进行比较。简言之,hela细胞以10,000个细胞/孔接种到96孔板设置的无血清培养基(opti-mem,目录#11058021)中。此后,细胞用100nm的adar p110 arna(如表4b中所示的反义序列)与媒介物(lipofectamine rnaimax,目录#13778100)、或用作为对照的单独的媒介物(未用adar p110 arna转染)处理不超过12小时。关于处理和未处理细胞的培养基在转染后8-12小时改变为完全培养基(dmem+10%fbs),以维持细胞培养直至终点。由根据制造商的说明书(sybr green fast advanced cells-to-ct kit,目录#a35379)合成的cdna,使用定量rt-pcr(taqman
tm fast advanced master mix,目录#4444965),来测量adar1 p110mrna水平。如表4b中所证实的,鉴定了三个特异性adar1 p110靶向区域(在表3中表示为区域a、b和c),并且靶向这三个区域之一的adar1p110arna反义序列证实了高达350%的adar1 p110转录增加。
[0054]
表4b:示例的adar1_p110arna反义序列和adar1转录表达的%增加:
[0055][0056][0057]
实施例2b.adar1 p150
[0058]
基本上如本文所述的,评价用adar1 p150 arna转染的hek293t细胞中adar1 p150mrna的表达水平,并且与未用adar1 p150arna转染的hek293t细胞的对照adar1 mrna水平进行比较。简言之,hek293t细胞以10,000个细胞/孔接种到96孔板的无血清培养基(opti-mem,目录#11058021)中。此后,细胞用100nm的adar p150arna(如表6a中所示的反义序列)与媒介物(lipofectamine rnaimax,目录#13778100)、或通过作为对照的单独的媒介物(未用adar p150arna转染)处理不超过12小时。关于处理和未处理细胞的培养基在转染后8-12小时改变为完全培养基(dmem+10%fbs),以维持细胞培养直至终点。根据制造商的说明书(sybr green fast advanced cells-to-ct kit,目录#a35379),使用定量rt-pcr(powertrack sybr green master mix,目录#a46012),来测量adar1 p150 mrna转录。如表
6a中所证实的,鉴定了四个特异性adar1 p150靶向区域(在表5中表示为区域a、b、c和d),并且靶向这四个区域之一的adar1 p150arna反义序列证实了高达370%的adar1转录增加。
[0059]
表5:adar1p150靶向区域:
[0060][0061][0062]
表6a:示例的adar1 p 150arna反义序列和adar1转录表达的%增加:
[0063][0064][0065]
基本上如本文所述的,评价用adar1 p150 arna转染的hela细胞中adar1 p150 mrna和蛋白质的表达水平,并且与未用adar1p150 arna转染的hela细胞的对照adar1 p150水平进行比较。简言之,hela细胞以10,000个细胞/孔接种到96孔板设置的无血清培养基(opti-mem,目录#11058021)中。此后,细胞用100nm的adarp150arna(如表6b中所示的反义序列)与媒介物(lipofectamine rnaimax,目录#13778100)、或用作为对照的单独的媒介物
(未用adar p150arna转染)处理不超过12小时。关于处理和未处理细胞的培养基在转染后8-12小时改变为完全培养基(dmem+10%fbs),以维持细胞培养直至终点。由根据制造商的说明书(sybr green fast advanced cells-to-ct kit,目录#a35379)合成的cdna,使用定量rt-pcr(taqman
tm fast advanced master mix,目录#4444965),来测量adar1 p150mrna水平。如表6b中所证实的,鉴定了三个特异性adar1 p150靶向区域(在表5中表示为区域a、b和c),并且靶向这三个区域之一的adar1 p150arna反义序列证实了高达350%的adar1 p150转录增加。
[0066]
表6b:示例的adar1_p150 arna反义序列和adar1转录表达的%增加:
[0067][0068]
adar1 p110蛋白水平使用半定量的蛋白质印迹进行测量。表6c中提供了用100nm和10nm示例的adar arna转染的hela细胞中的adar1蛋白的百分比,所述adar arna包含seq id no.65的有义和seq id no.66的反义。还提供了用100nm和10nm非靶向arna转染的hela细胞中的adar1蛋白;所述非靶向arna包含有义链(uccuaugacuguagauuuuau seq id no:135)和反义链(auaaaaucuacagucauaggaau seq id no:136)。还提供了用重组ifn-β处理24小时的hela细胞中的adar1蛋白水平作为阳性对照。结果显示为与未处理的hela细胞相比adar1蛋白的百分比。
[0069]
表6c:相对于未处理的hela细胞,adar1蛋白的%增加:
[0070][0071]
实施例2c.adar2
[0072]
基本上如本文所述的,评价用adar2 arna转染的hela细胞中adar2 mrna和蛋白质的表达水平,并且与未用adar2 arna转染的hela细胞的对照adar2水平进行比较。简言之,hela细胞以10,000个细胞/孔接种到96孔板设置的无血清培养基(opti-mem,目录#11058021)中。此后,细胞用100nm的adar2 arna(如表8中所示的反义序列)与媒介物(lipofectamine rnaimax,目录#13778100)、或用作为对照的单独的媒介物(未用adar2 arna转染)处理不超过12小时。关于处理和未处理细胞的培养基在转染后8-12小时改变为完全培养基(dmem+10%fbs),以维持细胞培养直至终点。由根据制造商的说明书(sybr green fast advanced cells-to-ct kit,目录#a35379)合成的cdna,使用定量rt-pcr(taqman
tm fast advanced master mix,目录#4444965),来测量adar2 mrna水平。如表8中所证实的,鉴定了三个特异性adar2靶向区域(在表7中表示为区域a、b、c和d),并且靶向这三个区域之一的adar2 arna反义序列证实了高达200%的adar2转录增加。
[0073]
表7:adar2靶向区域:
[0074][0075][0076]
表8:示例的adar2 arna反义序列和adar1转录表达的%增加:
advanced cells-to-ct kit,目录#a35379)合成的cdna,使用定量rt-pcr(taqman
tm fast advanced master mix,目录#4444965),来测量adar1 mrna水平。编辑效率通过sanger测序进行评价(即,以定量a至g编辑功效)。如表9a中所证实的,关于β肌动蛋白基因的治疗性rna与adar1p150arna的共转染证实了高达600%的adar1转录增加和高达350%的编辑功效增强。如表9b中所证实的,关于gapdh基因的治疗性rna与adar1 p150 arna的共转染证实了高达1000%的adar1转录增加和高达150%的编辑功效增强。
[0082]
表9:β肌动蛋白与adar arna共转染的编辑效率:
[0083]
*%改善=(处理组的%编辑)/(阴性对照的%编辑)
[0084]
表9b:gapdh与adar arna共转染的编辑效率:
[0085][0086]
*%改善=(处理组的%编辑)/(阴性对照的%编辑)
[0087]
实施例4:adar3表达调节
[0088]
本公开内容的实施方案提供了用于上调内源性adar3的adar3arna。在具体实施方案中,adar3 arna被递送到组织,用于治疗与adar1催化的或adar2催化的过度活跃的转录物编辑相关的疾病。相应地,adar3的内源性表达的上调可以例如通过竞争性抑制、结合效率降低、活性降低和/或表达降低来调控adar1和/或adar2活性,从而调控adar1催化的或adar2催化的过度活跃的转录物编辑。在一些具体实施方案中,adar3 arna与设计用于编辑靶rna的治疗性rna共递送,用于在与adar1催化的或adar2催化的过度活跃的转录物编辑相
关的疾病中提供治疗益处。
[0089]
简言之,根据本文提供的方法,制备关于由seq id no:12和/或13提供的adar3 arna靶序列的adar3 arna,并且可以基本上如实施例1中所述的进行制备。基线和adar3 arna转染后两者的体外adar3表达,可以使用基本上如本文和实施例2处所述的方法进行评价。另外,adar3 arna和设计用于编辑靶rna的治疗性rna的共递送,用于在与adar1催化的或adar2催化的过度活跃的转录物编辑相关的疾病中提供治疗益处,可以基本上如本文和实施例3处所述的进行评价。
[0090]
根据具体实施方案,上调内源性adar3的adar3 arna被递送到中枢神经系统组织(伴随或不伴随设计用于编辑靶rna的治疗性rna),用于调控adar1催化的或adar2催化的过度活跃的转录物编辑。在更具体的实施方案中,上调内源性adar3的adar3 arna被递送到中枢神经系统组织,用于调控与脑癌(包括胶质母细胞瘤)、肿瘤发生和/或慢性神经障碍相关的adar1催化的或adar2催化的过度活跃的转录物编辑。根据一些实施方案,上调内源性adar3的adar3 arna被递送(伴随或不伴随设计用于编辑靶rna的治疗性rna)至非cns组织(例如,外周组织),用于调控adar1催化的或adar2催化的过度活跃的转录物编辑疾病,包括瘤形成、转移、免疫疾病和自身免疫性疾病(例如,系统性红斑狼疮)。
[0091]
示例性实施方案
[0092]
1.一种作用于rna的腺苷脱氨酶(adar)激活rna(arna),其上调adar的表达,
[0093]
其中所述adar arna包含反义寡核苷酸序列。
[0094]
2.实施方案1的adar arna,其中adar是adar1p110。
[0095]
3.实施方案1的adar arna,其中adar是adar1p150。
[0096]
4.实施方案1的adar arna,其中adar是adar2。
[0097]
5.实施方案1的adar arna,其中adar是adar3。
[0098]
6.实施方案1-5中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列是大约15至大约50个核苷酸。
[0099]
7.实施方案1-5中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列是大约19至大约30个核苷酸。
[0100]
8.实施方案1-7中任一个的adar arna,其中所述adar arna进一步包含有义寡核苷酸序列。
[0101]
9.实施方案8的adar arna,其中所述反义序列与靶序列至少80%互补。
[0102]
10.实施方案9的adar arna,其中所述靶序列在adar靶序列转录起始位点的-3000至+150个核苷酸内。
[0103]
11.实施方案9的adar arna,其中所述靶序列在seq id no:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12和/或13内。
[0104]
12.实施方案1-11中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列和有义寡核苷酸序列中的至少一个包含3

尾部。
[0105]
13.实施方案1-12中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列和有义寡核苷酸序列中的至少一个包含至少一个修饰的核苷酸。
[0106]
14.实施方案13的adar arna,其中所述至少一个修饰的核苷酸包含来自以下至少一种的核苷酸修饰:硫代修饰的、氨基修饰的、磷酸酯修饰的、胆固醇-三甘醇(teg)修饰的、
甲基修饰的和氟修饰的核苷酸。
[0107]
15.实施方案1-14中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列和有义寡核苷酸序列各自独立地为大约15至大约50个核苷酸。
[0108]
16.实施方案1-14中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列和有义寡核苷酸序列各自独立地为大约19至大约30个核苷酸。
[0109]
17.实施方案1-14中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列和有义寡核苷酸序列各自为22个核苷酸。
[0110]
18.实施方案1-14中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列和有义寡核苷酸序列各自为21个核苷酸。
[0111]
19.实施方案1-18中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列和有义寡核苷酸序列中的至少一个包含3

突出端。
[0112]
20.实施方案1-19中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列和有义寡核苷酸序列中的至少一个包含在核酸载体上。
[0113]
21.实施方案1-20中任一个的adar arna,其中所述arna与配体靶向部分连接。
[0114]
22.实施方案21的adar arna,其中所述配体靶向部分是galnac。
[0115]
23.实施方案1-22中任一个的adar arna,其中所述arna与第二rna连接。
[0116]
24.实施方案23的adar arna,其中所述第二rna是治疗性rna。
[0117]
25.实施方案24的adar arna,其中所述治疗性rna包含以下中的一种:mrna;mirna;sgrna;arna;irna;或aso。
[0118]
26.实施方案1-25中任一个的adar arna,其中所述arna结合ago2蛋白。
[0119]
27.实施方案1-26中任一个的adar arna,其中所述arna与递送媒介物连接。
[0120]
28.实施方案27的adar arna,其中所述递送媒介物包含以下中的一种:抗体或其片段;scfv;肽;galnac;适体;或纳米颗粒。
[0121]
29.实施方案1-27中任一个的adar arna,其中所述arna被完全或部分封装在递送媒介物内。
[0122]
30.实施方案29的adar arna,其中所述递送媒介物包含以下中的一种:lipidoid;脂质体;lipoplex;聚合物;或纳米颗粒。
[0123]
31.实施方案1-4和6-30中任一个的adar arna,其中所述反义寡核苷酸序列包含seq id no.14-134中的至少一个。
[0124]
32.一种adar1p110 arna,其包含由seq id no.14-36和100-107之一给出的反义寡核苷酸序列。
[0125]
33.一种adar1p150 arna,其包含由seq id no.37-99、108-113和134之一给出的反义寡核苷酸序列。
[0126]
34.一种adar2 arna,其包含由seq id no.114-133之一给出的反义寡核苷酸序列。
[0127]
35.一种调节adar表达的方法,其包括向患者施用实施方案1-34、60和74-76中任一个的adar arna。
[0128]
36.实施方案35的方法,其中adar表达增加。
[0129]
37.实施方案36的方法,其中adar表达增加至少20%。
[0130]
38.实施方案36的方法,其中adar表达增加至少30%。
[0131]
39.实施方案36的方法,其中adar表达增加至少40%。
[0132]
40.实施方案36的方法,其中adar表达增加至少50%。
[0133]
41.一种rna编辑治疗剂,其包含:
[0134]
治疗性rna;和
[0135]
实施方案1-34、60和74-76中任一个的adar arna。
[0136]
42.实施方案41的rna编辑治疗剂,其中所述治疗性rna包含以下中的一种:mrna;mirna;sgrna;arna;irna;或aso。
[0137]
43.一种治疗人中的疾病的方法,其包括向人施用治疗有效量的rna编辑治疗剂,其中所述rna治疗剂包含:治疗性rna;以及实施方案1-34、60和74-76中任一个的adar arna。
[0138]
44.实施方案43的方法,其中所述治疗性rna和adar arna是共施用的。
[0139]
45.实施方案43的方法,其中所述治疗性rna和adar arna是共配制的。
[0140]
46.实施方案43的方法,其中所述治疗性rna和adar arna是连接的。
[0141]
47.实施方案43-46中任一个的方法,其中所述治疗性rna和adar arna中的至少一种被完全或部分封装在递送媒介物内。
[0142]
48.实施方案47的方法,其中所述递送媒介物包含以下中的一种:脂质;脂质体;lipoplex;聚合物;或纳米颗粒。
[0143]
49.实施方案43-46中任一个的方法,其中所述治疗性rna和adar arna中的至少一种与递送媒介物连接。
[0144]
50.实施方案49的方法,其中所述递送媒介物包含以下中的一种:抗体或其片段;scfv;肽;galnac;适体;或纳米颗粒。
[0145]
51.一种药物组合物,其包含:
[0146]
治疗性rna;
[0147]
实施方案1-34、60和74-76中任一个的adar arna;和
[0148]
至少一种药学上可接受的赋形剂。
[0149]
52.实施方案51的药物组合物,其中所述治疗性rna包含以下中的一种:mrna;mirna;sgrna;arna;irna;或aso。
[0150]
53.一种治疗人中的疾病的方法,其包括向人施用治疗有效量的药物组合物,其中所述药物组合物包含:治疗性rna,实施方案1-34、60和74-76中任一个的adar arna,以及药学上可接受的赋形剂。
[0151]
54.实施方案53的方法,其中所述治疗性rna和adar arna是共施用的。
[0152]
55.实施方案53的方法,其中所述治疗性rna和adar arna是共配制的。
[0153]
56.实施方案53的方法,其中所述治疗性rna和adar arna是连接的。
[0154]
57.实施方案53-56中任一个的方法,其中所述治疗性rna和adar arna中的至少一种被完全或部分封装在递送媒介物内。
[0155]
58.实施方案57的方法,其中所述递送媒介物包含以下中的一种:lipidoid;脂质体;lipoplex;聚合物;或纳米颗粒。
[0156]
59.实施方案53-58中任一个的方法,其中所述治疗性rna和adar arna中的至少一
种与递送媒介物连接。
[0157]
60.实施方案59的方法,其中所述递送媒介物包含以下中的一种:抗体或其片段;scfv;肽;galnac;适体;或纳米颗粒。
[0158]
61.实施方案5-25和27-30中任一个的adar arna,其中所述adar是adar3,并且所述靶序列在seq id no:12和/或13内。
[0159]
62.一种治疗人中的疾病的方法,其包括向人施用治疗有效量的实施方案61的adar3 arna。
[0160]
63.实施方案62的方法,其中所述adar3 arna被递送到显示出adar1和/或adar2的过表达的组织。
[0161]
64.实施方案62或63的方法,其中所述adar3 arna被递送到cns。
[0162]
65.实施方案62-64中任一个的方法,其中所述adar3 arna被完全或部分封装在递送媒介物内。
[0163]
66.实施方案65的方法,其中所述递送媒介物包含以下中的一种:脂质;脂质体;lipoplex;聚合物;或纳米颗粒。
[0164]
67.实施方案62-66中任一个的方法,其中所述adar3 arna与递送媒介物连接。
[0165]
68.实施方案65-67中任一个的方法,其中所述递送媒介物包含以下中的一种:抗体或其片段;scfv;肽;galnac;适体;或纳米颗粒。
[0166]
69.实施方案62-68中任一个的方法,其进一步包括向人施用治疗有效量的治疗性rna的步骤。
[0167]
70.实施方案69的方法,其中所述治疗性rna和adar3 arna是共施用的。
[0168]
71.实施方案70的方法,其中所述治疗性rna和adar3 arna是共配制的。
[0169]
72.实施方案70或71的方法,其中所述治疗性rna和adar3arna是连接的。
[0170]
73.实施方案62-72中任一个的方法,其中所述疾病的特征在于adar1催化的或adar2催化的过度活跃的转录物编辑。
[0171]
74.实施方案62-72中任一个的方法,其中所述疾病是癌症、肿瘤发生、转移、脑癌包括胶质母细胞瘤、慢性神经障碍、免疫疾病或自身免疫性疾病包括系统性红斑狼疮中的一种。
[0172]
75.实施方案2、6-30和32中任一个的adar arna,其中所述adar是adar1 p 110,并且所述靶序列在seq id no:1、2和/或3内。
[0173]
76.实施方案3、6-30和33中任一个的adar arna,其中所述adar是adar1 p150,并且所述靶序列在seq id no:4、5、6和/或7内。
[0174]
77.实施方案4和6-30中任一个的adar arna,其中所述adar是adar2,并且所述靶序列在seq id no:8、9、10和/或11内。
[0175]
序列表
[0176]
seq id no:1:adar 1 p110靶序列,区域a,-715至-322(反转为5
’‑3’
)
[0177][0178]
seq id no:2:adar 1 p110靶序列,区域b,-1469至-1137(反转为5
’‑3’
)
[0179][0180]
seq id no:3:adar 1 p110靶序列,区域c,-1619至-1500(反转为5
’‑3’
)
[0181][0182]
seq id no:4:adar1 p150靶序列,区域a,-828至-456(反转为5,-3,)
[0183][0184]
seq id no:5:adar1 p150靶序列,区域b,-1136至-934(反转的5
’‑3’
)
[0185][0186]
seq id no:6:adar1 p150靶序列,区域c,-1274至-1211(反转的5
’‑3’
)
[0187][0188]
seq id no:7:adar1 p150靶序列,区域d,-1539至-1370(反转的5,-3,)
[0189][0190]
seq id no:8:adar2靶序列,区域a,-801至-500
[0191][0192]
seq id no:9:adar2靶序列,区域b,-1324至-835
[0193][0194]
seq id no:10:adar2靶序列,区域c,-1773至-1566
[0195][0196]
seq id no:11:adar2靶序列,区域d,-3000至-1924
[0197][0198][0199]
seq id no:12:adar3靶序列,区域a,-1165至-300(反转为5
’‑3’
)
[0200][0201]
seq id no:13:adar3靶序列,区域b,-2937至-1288(反转为5
’‑3’
)
[0202][0203][0204]
seq id no:14:示例的adar1p11 0arna反义序列
[0205][0206]
seq id no:15:示例的adar1p11 0arna反义序列
[0207][0208]
seq id no:16:示例的adar1p11 0 arna反义序列
[0209][0210]
seq id no:17:示例的adar1p11 0arna反义序列
[0211][0212]
seq id no:18:示例的adar1p110 arna反义序列
[0213][0214]
seq id no:19:示例的adar1p11 0 arna反义序列
[0215][0216]
seq id no:20:示例的adar1p11 0 arna反义序列
[0217][0218]
seq id no:21:示例的adar1p11 0 arna反义序列
[0219][0220]
seq id no:22:示例的adar1p11 0 arna反义序列
[0221][0222]
seq id no:23:示例的adar1p11 0arna反义序列
[0223][0224]
seq id no:24:示例的adar1 p110 arna反义序列
[0225][0226]
seq id no:25:示例的adar1p110 arna反义序列
[0227][0228]
seq id no:26:示例的adar1p110arna反义序列
[0229][0230]
seq id no:27:示例的adar1p110 arna反义序列
[0231][0232]
seq id no:28:示例的adar1p110 arna反义序列
[0233][0234]
seq id no:29:示例的adar1p110 arna反义序列
[0235][0236]
seq id no:30:示例的adar1p110 arna反义序列
[0237][0238]
seq id no:31:示例的adar1p110 arna反义序列
[0239][0240]
seq id no:32:示例的adar1p110 arna反义序列
[0241][0242]
seq id no:33:示例的adar1p110 arna反义序列
[0243][0244]
seq id no:34:示例的adar1p1 1 0 arna反义序列
[0245][0246]
seq id no:35:示例的adar1p11 0 arna反义序列
[0247][0248]
seq id no:36:示例的adar1p11 0arna反义序列
[0249][0250]
seq id no:37:示例的adar1 p150 arna反义序列
[0251][0252]
seq id no:38:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0253][0254]
seq id no:39:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0255][0256]
seq id no:40:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0257]
[0258]
seq id no:41:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0259][0260]
seq id no:42:示例的adar1p150arna反义序列
[0261][0262]
seq id no:43:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0263][0264]
seq id no:44:示例的adar1 p150arna反义序列
[0265][0266]
seq id no:45:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0267][0268]
seq id no:46:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0269][0270]
seq id no:47:示例的adar1 p150arna反义序列
[0271][0272]
seq id no:48:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0273][0274]
seq id no:49:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0275][0276]
seq id no:50:示例的adar1p150arna反义序列
[0277][0278]
seq id no:51:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0279][0280]
seq id no:52:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0281][0282]
seq id no:53:示例的adar1p150arna反义序列
[0283][0284]
seq id no:54:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0285][0286]
seq id no:55:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0287][0288]
seq id no:56:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0289][0290]
seq id no:57:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0291][0292]
seq id no:58:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0293][0294]
seq id no:59:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0295][0296]
seq id no:60:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0297][0298]
seq id no:61:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0299][0300]
seq id no:62:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0301][0302]
seq id no:63:示例的adar1p1 50arna反义序列
[0303][0304]
seq id no:64:示例的adar1p150arna反义序列
[0305][0306]
seq id no:65:示例的adar1p150 arna有义序列
[0307][0308]
seq id no:66:示例的adar1p150arna反义序列
[0309][0310]
seq id no:67:示例的adar1p150arna有义序列
[0311][0312]
seq id no:68:示例的adar1 p150arna反义序列
[0313][0314]
seq ld no:69:示例的adar1p150arna有义序列
[0315][0316]
seq id no:70:示例的adar1p150arna反义序列
[0317][0318]
seq id no:71:示例的adar1p150arna有义序列
[0319][0320]
seq id no:72:示例的adar1p150arna反义序列
[0321][0322]
seq id no:73:示例的adar1p150arna有义序列
[0323][0324]
seq id no:74:示例的adar1p150arna反义序列
[0325][0326]
seq id no:75:示例的adar1p150arna有义序列
[0327][0328]
seq id no:76:示例的adar1p150arna反义序列
[0329][0330]
seq id no:77:示例的adar1p150arna有义序列
[0331]
[0332]
seq id no:78:示例的adar1p150arna反义序列
[0333][0334]
seq id no:79:示例的adar1p150arna有义序列
[0335][0336]
seq id no:80:示例的adar1p150arna有义序列
[0337]
seq id no:81:示例的adar1p150arna反义序列
[0338][0339]
seq id no:82:示例的adar1p150arna有义序列
[0340][0341]
seq id no:83:示例的adar1p150arna反义序列
[0342][0343]
seq id no:84:示例的adar1p150arna有义序列
[0344][0345]
seq id no:85:示例的adar1p150arna反义序列
[0346][0347]
seq id no:86:示例的adar1p150 arna有义序列
[0348][0349]
seq id no:87:示例的adar1p150arna反义序列
[0350][0351]
seq id no:88:示例的adar1p150arna有义序列
[0352][0353]
seq id no:89:示例的adar1p150arna反义序列
[0354][0355]
seq id no:90:示例的adar1p150arna有义序列
[0356][0357]
seq id no:91:示例的adar1p150arna反义序列
[0358][0359]
seq id no:92:示例的adar1p150arna有义序列
[0360][0361]
seq id no:93:示例的adar1p150 arna反义序列
[0362][0363]
seq id no:94:示例的adar1p150 arna有义序列
[0364][0365]
seq id no:95:示例的adar1p150 arna反义序列
[0366][0367]
seq id no:96:示例的adar1 p150arna有义序列
[0368][0369]
seq id no:97:示例的adar1p150arna反义序列
[0370][0371]
seq id no:98:示例的adar1p150arna有义序列
[0372][0373]
seq id no:99:示例的adar1p150 arna反义序列
[0374][0375]
seq id no:100:示例的adar1p110arna反义序列
[0376][0377]
seq id no:101:示例的adar1pl10 arna反义序列
[0378][0379]
seq id no:102:示例的adar1p110arna反义序列
[0380][0381]
seq id no:103:示例的adar1p110 arna反义序列
[0382][0383]
seq id no:104:示例的adarlp110arna反义序列
[0384][0385]
seq id no:105:示例的adar1p110arna反义序列
[0386][0387]
seq id no:106:示列的adar1p110arna反义序列
[0388][0389]
seq id no:107:示例的adar1p110arna反义序列
[0390][0391]
seq id no:108:示例的adar1p150arna反义序列
[0392][0393]
seq id no:109:示例的adar1p150 arna反义序列
[0394][0395]
seq id no:110:示例的adar1p150arna反义序列
[0396][0397]
seq id no:111:示例的adar1p150arna反义序列
[0398][0399]
seq id no:112:示例的adar1p150arna反义序列
[0400][0401]
seq id no:113:示例的adar1p150 arna反义序列
[0402][0403]
seq id no:114:示例的adar2 arna反义序列
[0404]
[0405]
seq id no:115:示例的adar2 arna反义序列
[0406][0407]
seq id no:116:示例的adar2 arna反义序列
[0408][0409]
seq id no:117:示例的adar2 arna反义序列
[0410][0411]
seq id no:118:示例的adar2 arna反义序列
[0412][0413]
seq id no:119:示例的adar2 arna反义序列
[0414][0415]
seq id no:120:示例的adar2 arna反义序列
[0416][0417]
seq id no:121:示例的adar2 arna反义序列
[0418][0419]
seq id no:122:示例的adar2 arna反义序列
[0420][0421]
seq id no:1 23:示例的adar2 arna反义序列
[0422][0423]
seq id no:124:示例的adar2 arna反义序列
[0424][0425]
seq id no:125:示例的adar2 arna反义序列
[0426][0427]
seq id no:126:示例的adar2 arna反义序列
[0428][0429]
seq id no:1 27:示例的adar2 arna反义序列
[0430][0431]
seq id no:128:示例的adar2 arna反义序列
[0432][0433]
seq id no:129:示例的adar2arna反义序列
[0434][0435]
seq id no:130:示例的adar2 arna反义序列
[0436][0437]
seq id no:1 31:示例的adar2 arna反义序列
[0438][0439]
seq id no:132:示例的adar2 arna反义序列
[0440][0441]
seq id no:133:示例的adar2 arna反义序列
[0442][0443]
seq id no:1 34:示例的adar1 p150 arna有义序列
[0444][0445]
seq id no:135:非靶向(例如,乱序的)有义序列
[0446][0447]
seq id no:136:非靶向(例如,乱序的)反义序列
[0448]
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