一种ZMIZ1基因突变序列的制作方法

一种zmiz1基因突变序列
技术领域
1.本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种zmiz1基因突变序列。


背景技术：

2.神经发育障碍-面部畸形-远端骨骼异常(neddfsa)是一种表型高度可变的全身性神经发育障碍。患者通常表现为喂养困难、全面发育不良和婴儿期起病的肌张力低下，其次表现为轻度运动发育迟缓、语言学习困难和行为异常。智力发育从严重的失语到轻度的能上特殊学校不等。常见的特征包括眼部明显异常的容貌畸形，关节过度活动，以及轻微的手部和脚部骨骼异常。
3.carapito等(2019)通过跨大西洋的合作努力首次报道了17例有类似的神经发育障碍的患者，其中14例无亲缘关系，3例为有亲缘关系的同胞。共享了经基因分析发现有zmiz1基因变异的患者信息。几乎所有的患者都有明显的颅面异常，包括面部肌张力低下、面中部发育不全、眼睛突出或深陷、眼距过宽等特征。约一半的患者出现关节过度活动，甚至有某种类型的手或足畸形。许多患者有其他轻微的先天性心脏或泌尿生殖统畸形。我国目前还未有报道zmiz1基因变异导致的neddfsa。


技术实现要素：

4.为了解决现有技术存在的上述问题，本发明目的在于提供一种zmiz1基因突变序列。
5.本发明所采用的技术方案为：一种zmiz1基因突变序列，所述zmiz1基因突变序列与野生型的zmiz1基因序列相比，其突变为c.910g》c突变，其核苷酸序列如seq no.1所示。
6.上述zmiz1基因突变序列的检测方法包括如下步骤：
7.1)提取离体样本基因组dna，构建基因组文库，全外显子组探针捕获与富集，对富集的文库进行质量控制，并测序；
8.2)对测序数据经严格质量控制，确定合格之后进行序列比对；
9.3)之后进行变异位点检测；
10.4)检测后采用标准的sanger测序方法进行验证。
11.该zmiz1基因突变序列还可以在检测或辅助检测神经发育障碍-面部畸形-远端骨骼异常中非诊断目的的应用。
12.该zmiz1基因突变序列还可以在制备检测或辅助检测神经发育障碍-面部畸形-远端骨骼异常试剂盒中的应用。
13.本发明的有益效果为：
14.本发明提供了一种zmiz1基因突变序列，该序列zmiz1基因突变序列与野生型的zmiz1基因序列相比，其突变为c.910g》c突变，该突变位点属于全球首次发现，这也是我国第一例zmiz1基因突变。
15.本发明提供的该zmiz1致病的新突变，具有可用于基因突变检测、早期产前基因突
变筛查的优点。
16.本发明通过对一个neddfsa病患者一家三口(先证者及其父母)进行了全外显子测序发现了新的zmiz1基因杂合突变c.910g》c位于11号外显子区域，该突变导致氨基酸发生错义变异(p.a304p)。该突变属于新发突变，只在先证者身上发现，在先证者的亲生父母身上并没有发现，该突变与neddfsa病有关，该病的遗传模式为常染色体显性遗传。
附图说明
17.图1为实施例家系图；
18.图2为实施例先证者家系中先证者zmiz1基因c.910g》c位点sanger测序峰图；
19.图3为实施例先证者家系中先证者母亲zmiz1基因c.910g》c位点sanger测序峰图；
20.图4为实施例先证者家系中先证者父亲zmiz1基因c.910g》c位点sanger测序峰图。
具体实施方式
21.下面结合具体实施例对本发明做进一步阐释。本领域技术人员将会理解，下列所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例，仅用于说明本发明，而不应视为限制本发明的范围。所用试剂均为可以通过市售购买获得的常规产品。
22.本研究中，发明人对来自neddfsa患者的家庭三个人进行了全外显子测序，在国际上首次发现一种zmiz1基因致病性变异。
23.本发明的目的在于公开了一种zmiz1基因突变序列，其核苷酸序列如seq no.1所示；zmiz1基因野生型核苷酸序列如seq no.2所示。
24.25.26.27.[0028][0029]
zmiz1(zinc finger miz-type containing 1)，又称为zimp10，是一种包括miz域(一个核定位信号序列和两个富含脯氨酸的区域)的stat蛋白抑制剂(pias)相关蛋白。zmiz1被证明是一种转录激活因子，编码pias家族蛋白。zmiz1中特有的锌指蛋白结构域、核定位信号序列(nls)和富脯氨酸区域(pro rich)能调节多种转录因子的转录活性，同时能使蛋白间相互作用加强，促进蛋白sumo(small ubiquitin related modifier)化，参与黑色素细胞的发育。除此重要作用外，zmiz1还能调节tgf-β/smad的信号传导，对免疫系统具有一定的抑制作用。2019年，carapito研究首次发现zmiz1基因突变与神经发育障碍-面部畸形-远端骨骼异常(neddfsa)有关。
[0030]
本发明通过对一个neddfsa病患者一家三口(先证者及其父母)进行了全外显子测序发现了新的zmiz1基因杂合突变c.910g》c位于11号外显子区域，该突变导致氨基酸发生错义变异(p.a304p)。该突变属于新发突变，只在先证者身上发现，在先证者的亲生父母身上并没有发现，该突变与neddfsa病有关，该病的遗传模式为常染色体显性遗传。
[0031]
根据acmg指南，患者属于新发变异，且无家族史(满足ps2)；该变异在gnomad数据库东亚对照人群中未发现(满足pm2_supporting)；多种统计方法预测出该变异会对基因或基因产物造成有害的影响(满足pp3)，最终确定该变异为可能致病性变异。
[0032]
实施例
[0033]
为使本发明的技术方案便于理解，以下结合具体试验例对本发明一种zmiz1基因突变序列作进一步的说明。
[0034]
(1)样本来源：
[0035]
在中国四川省一个neddfsa病患者一家三口(先证者及其父母)，先证者因为关节挛缩就诊于北京市积水潭医院。父母完全健康，且无家族史(图1，表1)。该研究通过了伦理委员会的审查，并且所有步骤都遵循赫尔辛基宣言原则的指导。在受检者充分知情同意后对所有参与者进行静脉血样本采集，使用标准方法提取他们的外周血基因组dna，进行全外显子测序，测序结果进一步通过sanger测序进行确认。
[0036]
图1中，白色代表健康个体，黑色代表患者；圆形代表女性，正方形代表男性。
[0037]
表1.临床表型信息
[0038][0039][0040]
(2)检测方法：
[0041]
从先证者提供的家系检测样本中提取基因组dna，构建基因组文库，然后使用idt全外显子组探针进行捕获与富集，对富集的文库进行质量控制，利用高通量测序仪(illumina)对其进行测序。测序数据经过严格质量控制，确定合格之后进行序列比对(基于bwa软件，参考基因组为ucsc人源hg19)。之后使用gatk软件进行变异位点检测。基于自主开发的软件调用clinvar，gnom ad，1000genomes等公共数据库，及hgmd商业数据库和自建中国人群本地数据库进行功能注释。
[0042]
注释过程中遵循acmg指南对变异进行分级，变异共分五个级别，1：致病变异；2：可能致病变异；3：意义未明变异；4：可能良性变异；5：良性变异。之后对于与临床表型相关的候选变异位点采用行业内金标准的sanger测序方法进行验证。
[0043]
表2结果显示：检测发现先证者zmiz1基因存在1个杂合变异。
[0044]
表2.检测结果及注释
[0045][0046]
该变异为zmiz1基因编码区第910位核苷酸由g变为c(c.910g》c)，导致氨基酸发生错义变异(p.a304p)。根据acmg指南，c.910g》c变异为可能致病变异：ps2+pm2_supporting+pp3，依据如下：
[0047]
ps2：患者的新发变异，且无家族史；
[0048]
pm2_supporting：该变异在gnomad数据库东亚对照人群中未发现；
[0049]
pp3：多种统计方法预测出该变异会对基因或基因产物造成有害的影响。
[0050]
表3.本发明涉及家系成员基因突变检测结果
[0051][0052][0053]
如图2为实施例先证者家系中先证者zmiz1基因c.910g》c位点sanger测序峰图，结果经sanger测序验证无误。
[0054]
如图3为实施例先证者家系中先证母亲zmiz1基因c.910g》c位点sanger测序峰图，结果经sanger测序验证无误。
[0055]
如图4为实施例先证者家系中先证者父亲zmiz1基因c.910g》c位点sanger测序峰图，结果经sanger测序验证无误。
[0056]
本发明不局限于上述可选的实施方式，任何人在本发明的启示下都可得出其他各
种形式的产品，均属于本发明的保护范围。上述具体实施方式不应理解成对本发明的保护范围的限制，本领域的普通技术人员应当理解，在不背离本发明的范围下，可对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或对其中部分或者全部技术特征进行等同替换，与此同时这些修改或者替换，并不会使相应的技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的范围。