增加FOXG1表达的反义寡核苷酸的制作方法

背景技术：

1、foxg1综合征是一种与叉头盒g1(foxg1)基因中的杂合变体相关的罕见神经发育障碍，并且特征在于神经学发育受损和/或脑生理学改变。观察到的foxg1综合征表型主要包括由foxg1基因中的遗传性从头突变引起的脑中结构改变的特定模式。这样的结构改变包括连接脑的右半球和左半球的胼胝体薄或发育不全、脑表面上的脑沟和脑回形成减少和/或白质量减少。foxg1综合征会影响儿童发育的大部分方面，并且观察到的与foxg1变体相关的主要临床特征包括出生后生长障碍、原发性(先天性)或继发性(出生后)头小畸形、严重智能障碍伴语言发育缺失、癫痫、刻板行为和运动障碍、睡眠模式异常、不明原因的哭泣、胃食管反流和反复误吸。

技术实现思路

1、本文提供了用于治疗和/或改善foxg1综合征或与其相关的症状的组合物和方法。本文描述的组合物和方法利用靶向长非编码rna(lncrna)的反义寡核苷酸来增加foxg1表达。在某些情况下，被靶向的长非编码rna(lncrna)下调foxg1表达(例如mrna或蛋白)，其中所述反义寡核苷酸(aso)由此阻止或抑制或减少lncrna介导的foxg1表达下调。恢复或增加细胞中功能性foxg1表达的能力为治疗foxg1综合征或减轻与其相关的症状提供了基础。本文描述的组合物和方法部分地基于下述发现：通过用反义寡核苷酸靶向长非编码rna(lncrna)可以增加foxg1表达。因此，本公开内容(i)提供了通过用反义寡核苷酸靶向长非编码rna(lncrna)可以增加foxg1表达，和(ii)提供了用于鉴定通过靶向长非编码rna(lncrna)来增加foxg1表达的反义寡核苷酸的测定和方法。

2、本文提供了反义寡核苷酸(aso)，其包含与长非编码rna(lncrna)的靶核酸序列杂交的序列。在一些实施方案中，所述lncrna调节foxg1的表达。在一些实施方案中，所述lncrna减少foxg1信使rna的表达。在一些实施方案中，所述lncrna减少foxg1信使rna分子的转录。在一些实施方案中，所述lncrna减少foxg1蛋白的表达。在一些实施方案中，所述lncrna减少foxg1蛋白分子的翻译。

3、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸包含修饰。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述修饰包含经修饰的核苷间接头、经修饰的核苷或其组合。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸包含经修饰的核苷间键。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述经修饰的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸包含磷酸二酯核苷间键。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸包含经修饰的核苷。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述经修饰的核苷包含经修饰的糖。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述经修饰的糖是二环糖。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述经修饰的糖包含2'-o-甲氧基乙基基团。

4、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述序列与长非编码rna(lncrna)的靶核酸序列互补。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述长非编码rna(lncrna)位于编码foxg1的基因的1千碱基(kb)、2kb、5kb、8kb或10kb内。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述长非编码rna(lncrna)是foxg1-as1(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/103695363)、长非蛋白编码rna 1551(linc01151)；参见https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/387978)、长基因间非蛋白编码rna 2282(linc02282)；参见https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/105370424)或其组合。

5、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述序列包含在表3中的任一个中所示的核碱基序列。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸包含在表4中的任一个中所示的核碱基序列。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸与靶核酸序列杂交，所述靶核酸序列包含或邻近在表3中提供的位置中的任何一个或多个。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中邻近在表3中提供的位置中的任何一个或多个包含在5’和/或3’的20、40、50、75、100或150个碱基位置内的碱基位置。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸与靶核酸序列杂交，所述靶核酸序列包含或邻近在表4中提供的位置中的任何一个或多个，在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中邻近在表4中提供的位置中的任何一个或多个包含在5’和/或3’的20、40、50、75、100或150个碱基位置内的碱基位置。

6、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸的序列与所述靶核酸序列的杂交增加所述lncrna的降解。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸的序列与所述靶核酸序列的杂交增加foxg1的表达。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中foxg1的表达是mrna表达。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸，其中foxg1的表达是蛋白表达。一种组合物，其包含前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸中的一种或多种。一种药物组合物，其包含前述实施方案中的任一个的反义寡核苷酸和药学上可接受的载体或稀释剂。

7、进一步提供了调节细胞中的foxg1的表达的方法，其包含使所述细胞与包含反义寡核苷酸的组合物接触，所述反义寡核苷酸与长非编码rna(lncrna)的靶核酸序列杂交。还提供了治疗或改善个体中的foxg1疾病或障碍的方法，所述个体患有foxg1疾病或障碍或者处于患有foxg1疾病或障碍的风险中，所述方法包含向所述个体施用反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸包含与长非编码rna(lncrna)的靶核酸序列杂交的序列。

8、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述细胞位于个体的脑中。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述个体是人。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述个体包含减少的foxg1表达或foxg1缺乏。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述个体患有foxg1疾病或障碍。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述foxg1疾病或障碍是foxg1综合征。

9、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与长非编码rna(lncrna)的靶核酸序列互补的序列。

10、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述长非编码rna(lncrna)位于编码foxg1的基因的1千碱基(kb)、2kb、5kb、8kb或10kb内。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述长非编码rna(lncrna)是foxg1-as1、长非蛋白编码rna 1551(linc01151)、长基因间非蛋白编码rna 2282(linc02282)或其组合。

11、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸包含在表3中的任一个中所示的核碱基序列。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸包含在表4中的任一个中所示的核碱基序列。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸与靶核酸序列杂交，所述靶核酸序列包含或邻近在表3中提供的位置中的任何一个或多个。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中邻近在表3中提供的位置中的任何一个或多个包含在5’和/或3’的20、40、50、75、100或150个碱基位置内的碱基位置。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸与靶核酸序列杂交，所述靶核酸序列包含或邻近在表4中提供的位置中的任何一个或多个，在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中邻近在表4中提供的位置中的任何一个或多个包含在5’和/或3’的20、40、50、75、100或150个碱基位置内的碱基位置。

12、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸与所述靶核酸序列的杂交增加所述lncrna的降解。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸与所述靶核酸序列的杂交增加foxg1的表达。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中foxg1的表达是mrna表达。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，foxg1的表达是蛋白表达。

13、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸被构造为gapmer。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间键。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述经修饰的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸包含至少一个磷酸二酯核苷间键。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述反义寡核苷酸包含经修饰的核苷。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，所述经修饰的核苷包含经修饰的糖。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，所述经修饰的糖是二环糖。在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中所述经修饰的糖包含2'-o-甲氧基乙基基团。

14、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中调节表达包含增加所述细胞中foxg1蛋白的表达。

15、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中调节表达包含增加所述细胞中foxg1蛋白的翻译。

16、在一些实施方案中，提供了前述实施方案中的任一个的方法，其中通过鞘内注射、脑室内注射、吸入、胃肠外注射或输注或口服将所述反义寡核苷酸施用给所述个体。

17、本文还提供了gapmer反义寡核苷酸，其包含与长非编码rna(lncrna)的靶核酸序列杂交的序列，其中所述lncrna减少foxg1的表达。在一些实施方案中，通过foxg1 mrna表达来测量foxg1的表达。在一些实施方案中，通过foxg1蛋白表达来测量foxg1的表达。

18、在一些实施方案中，所述反义寡核苷酸包含修饰。在一些实施方案中，所述修饰包含经修饰的核苷间接头、经修饰的核苷或其组合。在一些实施方案中，所述反义寡核苷酸包含经修饰的核苷间键。在一些实施方案中，所述序列包含在表3中的任一个中所示的核碱基序列。在一些实施方案中，所述反义寡核苷酸包含在表4中的任一个中所示的核碱基序列。在一些实施方案中，所述靶核酸序列包含与选自表3的序列互补的一个或多个核碱基。在一些实施方案中，所述靶核酸序列包含在选自表3的参考位置中的任一个内或与其邻近的一个或多个核碱基。在一些实施方案中，所述靶核酸序列包含与选自表4的序列互补的一个或多个核碱基。在一些实施方案中，所述靶核酸序列包含在选自表4的参考位置中的任一个内或与其邻近的一个或多个核碱基。

19、在一些实施方案中，所述反义寡核苷酸的杂交增加细胞中foxg1的表达。在一些实施方案中，所述foxg1表达是foxg1 mrna表达。在一些实施方案中，通过基于探针的定量测定来测量所述foxg1 mrna表达。在一些实施方案中，所述长非编码rna(lncrna)是foxg1-as1、长基因间非蛋白编码rna 1551、长基因间非蛋白编码rna2282(linc02282)或其组合。

20、通过引用并入

21、在本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请都通过引用并入本文，其程度如同明确地且单独地指出每篇单独的出版物、专利或专利申请通过引用并入。