一种发现胰腺导管腺癌相关游离RNA生物标志物的方法与流程

本发明属于rna检测，特别是涉及一种发现胰腺导管腺癌相关游离rna生物标志物的方法。

背景技术：

1、胰腺导管腺癌(pdac)是一种常见的恶性肿瘤，它通常具有不良预后，主要由于缺乏早期诊断方法和有效的治疗手段。pdac占据所有胰腺癌的90％以上，具有高度侵袭性、高度转移率和极高的死亡率。在全球范围内，pdac已成为一种十分严重的公共卫生问题。pdac的发展与多种遗传变异和环境因素有关，但目前对其病因和发展机制的认识还很有限。在目前的临床实践中，基于影像学和生物标志物ca19-9的检测方法是pdac的主要检测手段。

2、然而，pdac的检测和治疗面临着许多困难。pdac的症状和影像学特征非常不典型，这使得早期检测变得非常困难。在pdac的早期阶段，病人可能没有任何症状，而在肿瘤发展到晚期时，已经失去了机会进行有效的治疗。此外，pdac缺乏有效的生物标志物，且当前检测方法的准确性和特异性都不是很高，因此在pdac早期阶段，它们可能会产生误导性结果。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种发现胰腺导管腺癌相关游离rna生物标志物的方法，以解决上述现有技术存在的问题。

2、为实现上述目的，本发明提供了一种发现胰腺导管腺癌相关游离rna生物标志物的方法，包括：

3、包括以下步骤：

4、对不同阶段的胰腺导管腺癌患者进行研究样本收集；

5、对所述研究样本进行外泌体和外泌体中游离rna分离，构建标准总rna文库；

6、对所述标准总rna文库进行质量优化与评价，获取评价结果；

7、设置评价阈值并基于所述评价阈值与所述评价结果进行pdac检测。

8、可选地，对不同程度的胰腺导管腺癌患者进行研究样本收集的过程包括：

9、分别对胰腺导管腺癌患者、慢性胰腺炎患者以及接受常规医疗保健的健康对照组进行血浆样本采集；

10、将血浆样本与缓冲液混合，并加入exoeasy膜亲和性纯化柱，获取研究样本。

11、可选地，对所述研究样本进行外泌体和外泌体中游离rna分离的过程包括：

12、对所述研究样本使用xe洗脱缓冲液将细胞外囊泡洗脱，使用磷酸盐缓冲盐水进行缓冲液交换；

13、使用离心滤器对所述研究样本进行超滤；

14、使用qiazol在研究样本的纯化柱上溶解细胞外囊泡，并纯化总rna，构建标准总rna文库。

15、可选地，对所述游离rna进行质量优化与评价的过程包括：

16、采用fastp双端默认模式去除所述标准总rna文库中的接头序列和低质量序列；

17、将去除后的基因序列对齐到人类基因组，将比对率小于65％的样本过滤；

18、基于subreadfeaturecounts获取每个基因的表达量读数；

19、基于trimmedmeanofmvalues算法标准化所述表达量读数；

20、基于edger获取上调基因与下调基因，进行差异分析；

21、基于gsva对所述上调基因与所述下调基因在每个样本中打分，获取上调分数与下调分数，并基于所述上调分数与所述下调分数获取最终得分。

22、可选地，所述上调基因为|log2fc|>2的基因，所述下调基因为fdr<0.05的基因。

23、可选地，设置评价阈值并基于所述评价阈值与所述评价结果进行pdac检测的过程中，设置所述评价阈值为-0.5得分。

24、本发明的技术效果为：

25、本发明提供的方法具有灵敏度高、成本可控的优点，可以大规模推广到医院和诊所，使更多的患者受益。同时，化验周期相对较短，可以在两天左右从采血到报告完成全部流程，有助于提高效率和减轻患者的负担，可以作为常规预防和检测指标，以便更好地检测pdac。

技术特征：

1.一种发现胰腺导管腺癌相关游离rna生物标志物的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的发现胰腺导管腺癌相关游离rna生物标志物的方法，其特征在于，对不同程度的胰腺导管腺癌患者进行研究样本收集的过程包括：

3.根据权利要求1所述的发现胰腺导管腺癌相关游离rna生物标志物的方法，其特征在于，对所述研究样本进行外泌体和外泌体中游离rna分离的过程包括：

4.根据权利要求1所述的发现胰腺导管腺癌相关游离rna生物标志物的方法，其特征在于，对所述游离rna进行质量优化与评价的过程包括：

5.根据权利要求4所述的发现胰腺导管腺癌相关游离rna生物标志物的方法，其特征在于，所述上调基因为|log2fc|>2的基因，所述下调基因为fdr<0.05的基因。

6.根据权利要求1所述的发现胰腺导管腺癌相关游离rna生物标志物的方法，其特征在于，设置评价阈值并基于所述评价阈值与所述评价结果进行pdac检测的过程中，设置所述评价阈值为-0.5得分。

技术总结
本发明公开了一种发现胰腺导管腺癌相关游离RNA生物标志物的方法，步骤包括：对不同阶段的胰腺导管腺癌患者进行研究样本收集；对研究样本进行外泌体和外泌体中游离RNA分离，构建标准总RNA文库；对标准总RNA文库进行质量优化与评价，获取评价结果；设置评价阈值并基于评价阈值与评价结果判断胰腺导管腺癌发病率。本发明提供的方法具有灵敏度高、成本可控的优点，周期相对较短。

技术研发人员：邓司伟,金泳成,周天尧,沙磊
受保护的技术使用者：苏州津渡生物医学科技有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13