一套用于高脚鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用的制作方法

本发明涉及家禽品种鉴定方法，具体地，涉及一套用于高脚鸡品种鉴定的snp位点引物组合及其应用。

背景技术：

1、高脚鸡是我国著名的地方鸡种，也是是贵州省特色地方鸡种，1982 年以“高脚鸡”命名载入《贵州省畜禽品种志》，2006 年载入《中国畜禽资源名录》。高脚鸡属于肉用型鸡种，主要分布于贵州省普定县坪上苗族彝族布依族乡硝硐、岩上等村，主要特征是胫长比其他鸡种长3-4cm，公鸡胫长13.1cm左右，母鸡胫长10.7cm左右，具有体型大，肉质优良，味道鲜美，具有较好的开发利用前景。高脚鸡的饲养以散养为主，长期以来缺乏科学系统的选育扩繁，加之外来品种的杂交，使得纯种的高脚鸡数量大大降低，处于濒危边缘。随着国家对地方鸡资源调查和保护力度加强，高脚鸡原种的保种与选育工作被日渐重视。为了更好的对高脚鸡原种的保种与选育，需要收集和保护纯种高脚鸡，因此高脚鸡的品种鉴定必不可少。

2、目前高脚鸡的品种鉴定多采用外观观察方式，缺乏科学有效的技术手段，导致鉴定错误率高，因此，开发一种能有效准确鉴定高脚鸡品种的方法，应用于高脚鸡品种鉴定工作具有十分重要的意义。

技术实现思路

1、针对上述高脚鸡的品种鉴定缺乏科学有效的手段的问题，本发明提供了一套用于高脚鸡品种鉴定的snp位点引物组合及其应用，可通过检测提供的高脚鸡7个snp位点的基因型来联合准确判断待测个体是否属于高脚鸡，为高脚鸡原种的保种与选育提供科学基础。

2、为了实现上述目的，本发明一方面提供一套用于高脚鸡品种鉴定的snp位点引物组合，所述引物组合扩增选自如下gj1位点到gj7位点中的任意3到7种：

3、

4、各snp位点引物的核苷酸序列如下：

5、

6、本发明还提供了一种上述snp位点引物组合在高脚鸡品种鉴定中的应用。

7、具体地，鉴定方法包括以下步骤：

8、(1)提取待测鸡基因组总dna；

9、(2)根据所选snp组合，利用对应的引物对分别进行pcr扩增；

10、(3)将pcr扩增产物测序后、判断基因型；

11、(4)根据基因型结果，判断个体是否属于高脚鸡品种。

12、步骤（4）的具体判断方法为：如果所选snp组合对应的基因型有一个不符合高脚鸡对应的基因型，则判定该个体不属于高脚鸡；如果所选至少3个snp位点组合对应的基因型全部符合高脚鸡对应的基因型，则根据贝叶斯定理判定该个体属于高脚鸡的概率。

13、优选地，所述步骤(1)中待测鸡的基因组dna由该鸡种的个体翅静脉采血得到。

14、步骤（2）中，gj1~gj7的pcr产物长度分别为219 bp、151 bp、199 bp、205 bp、219bp、236 bp、153 bp。

15、优选地，所述高脚鸡中7个snp位点gj1～gj7的基因型依次为tt、cc、tt、gg、cc、tt、aa。

16、通过上述技术方案，本发明实现了以下有益效果：

17、采用本发明的snp位点引物进行高脚鸡的品种鉴定，任意1个snp位点基因型判定为高脚鸡的概率最低69.48％，最高89.28％；任意2个snp位点联合基因型判定为高脚鸡的概率达到89.40％以上；任意3个snp位点联合基因型判定为高脚鸡的概率达到98.73％以上；任意4个snp位点联合基因型判定为高脚鸡的概率达到99.85％以上；任意5个snp位点联合基因型判定为高脚鸡的概率达到99.96％以上；任意6个snp位点联合基因型判定为高脚鸡的概率达到99.99％以上；全部7个snp位点联合基因型判定为高脚鸡的概率达到100％。任意一个snp位点基因型排除高脚鸡的概率即达到100％。

18、因此，只要有一个snp位点基因型不符合高脚鸡相应的基因型，即可完全排除该个体属于高脚鸡；任选3个snp位点组合，符合高脚鸡基因型的判定概率即可达到98％以上。这种方法操作简便，准确性高，为高脚鸡原种的保种与选育提供科学的基础。

技术特征：

1.一套用于高脚鸡品种鉴定的snp位点引物组合，其特征在于，所述引物组合扩增选自如下gj1位点到gj7位点中的任意3到7种：

2. 根据权利要求1所述的snp位点引物组合，其特征在于，，各snp位点引物的核苷酸序列为：

3.权利要求1或2所述的snp位点引物组合在高脚鸡品种鉴定中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，鉴定方法包括如下步骤：

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述步骤（1）中待测鸡的基因组dna由该鸡种的个体翅静脉采血得到。

6.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述高脚鸡中7个snp位点gj1~gj7的基因型依次为tt、cc、tt、gg、cc、tt、aa。

7. 根据权利要求4所述的应用，其特征在于，步骤（2）中，gj1~gj9的pcr产物长度分别为219 bp、151 bp、199 bp、205 bp、219 bp、236 bp、153 bp。

8.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，步骤（4）中，判断方法为：如果所选snp组合对应的基因型有一个不符合高脚鸡对应的基因型，则判定该个体不属于高脚鸡；如果所选的至少3个snp位点组合的基因型符合高脚鸡对应的基因型，则根据贝叶斯定理判定该个体属于高脚鸡的概率。

技术总结
本发明公开了一套用于高脚鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用，所述引物组合扩增选自GJ1位点到GJ7位点中的任意3到7种，利用本发明中的引物组合进行高脚鸡品种鉴定时，只要有一个SNP位点基因型不符合高脚鸡相应的基因型，即可完全排除该个体属于高脚鸡；任选3个SNP位点组合，符合高脚鸡基因型的判定概率即可达到98％以上。这种方法操作简便，准确性高，为高脚鸡原种的保种与选育提供科学的基础。

技术研发人员：束婧婷,屠云洁,刘一帆,单艳菊,章明,巨晓军,姬改革,邹剑敏,盛中伟,肖芹,唐燕飞,李非,蒋华连,苏立燧,韦宗海
受保护的技术使用者：江苏省家禽科学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15