基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方法

文档序号:37436190发布日期:2024-03-25 19:34阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方方法,其特征在于,所述构建候选易感snp质粒文库,包括:

3.根据权利要求2所述的基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方方法,其特征在于,所述由包含所有候选snp不同等位基因型的单链dna文库得到双链dna文库,组装双链dna文库与酶切后的报告载体,构建候选易感snp质粒文库;具体包括:

4.根据权利要求3所述的基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方方法,其特征在于,所述利用精准引物池合成方法之前还包括:

5.根据权利要求1所述的基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方方法,其特征在于,所述对所述候选易感snp质粒文库进行pcr扩增、纯化后构建输入型dna测序文库,包括:

6.根据权利要求5所述的基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方方法,其特征在于,所述第三引物为特异性分子标签引物,由如下3部分组成:

7.根据权利要求5所述的基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方方法,其特征在于,所述使用第三引物对候选易感snp质粒文库进行一步法pcr扩增,纯化后获得带有特异性分子标签的dna文库,具体包括:

8.根据权利要求1所述的基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方方法,其特征在于,所述转染质粒文库至靶细胞,获得rna表达文库;进行反转录、纯化、pcr扩增,构建输出型dna测序文库;包括:

9.根据权利要求1所述的基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方方法,其特征在于,所述对输入型dna测序文库和输出型dna测序文库分别添加一步法pcr扩增为不同重复组引入不同的barcode标签序列,包括:

10.根据权利要求9所述的基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方方法,其特征在于,所述分别进行末端加a尾及测序接头连接,构建混合样本测序库,包括:


技术总结
本发明公开了一种基于高通量测序的鉴定碱基特异性调控元件的建库方法,包括:构建候选易感SNP质粒文库;对所述候选易感SNP质粒文库进行PCR扩增、纯化后构建输入型DNA测序文库;转染质粒文库至靶细胞,获得RNA表达文库;进行反转录、纯化、PCR扩增,构建输出型DNA测序文库;对输入型DNA测序文库和输出型DNA测序文库分别添加一步法PCR扩增为不同重复组引入不同的Barcode标签序列,并分别进行末端加A尾及测序接头连接,构建混合样本测序库。该方法是一种高效低廉的基于高通量测序的建库方法,用以鉴定基因组上具有碱基特异性调控活性的功能元件。

技术研发人员:杨铁林,段媛媛,郭燕
受保护的技术使用者:西安交通大学
技术研发日:
技术公布日:2024/3/24
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