一种检测鸡CASPASE-1基因外显子SNP分型的方法与流程

本发明涉及生物技术的基因领域，尤其涉及一种检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法。

背景技术：

1、进入21世纪以来，禽类肉蛋产品的需求在我国肉食产品需求总量中呈刚性增长态势，与此同时，人们对禽产品质量的追求意识亦日益增强。禽沙门氏菌病的危害伴随养鸡业的全周期，对禽类生产造成无法估量的经济损失；尤其是沙门氏菌感染鸡群能通过食物链将病菌传递给人类，严重威胁人类食品安全(foley & lynne，2008；callaway et al，2008；suzuki，1994；gantois et al，2009)，已经引起养禽界、公共卫生界和禽病防治界的高度重视。从长远发展考虑，寻求一种全新的预防与控制策略，采用遗传学方法，培育出抗病新品种(品系)，从遗传素质上永久性地提高鸡群对肠炎沙门氏菌的抵抗能力，培育高效、优质、抗性鸡种是实现养禽业可持续发展的迫切需要。

2、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)，是由单个核苷酸的变异所引起的dna序列的多态性，包括转换、颠换、插入或缺失。snp是疾病易感性、显现性、抵抗力、以及药物反应性等生物性状差异的重要基础，很多疾病与基因突变或基因多态有关。单核苷酸遗传多样性广泛应用于分子遗传标记研究，其特定位点突变可使该基因表达的蛋白结构和功能发生变化，有的甚至直接改变所翻译的氨基酸。

3、经过对现有国内外文献和专利的检索，与炎性因子调控密切相关的caspase-1基因snp的相关研究还没有相关报告。本研究将对caspase-1基因进行snp多态性进行研究分析，采用case-control分析探讨不同基因与基因型频率与肠炎沙门氏菌抗性进行关联分析，获得可能基因型进行遗传标记辅助选择。

技术实现思路

1、本发明提供一种检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，以解决现有与炎性因子调控密切相关的caspase-1基因snp的相关研究还没有相关报告的技术问题。

2、为实现上述目的，本发明提供了以下技术方案：

3、本申请提供的一种检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，

4、（1）通过特异性引物组对caspase-1基因第3外显子的序列进行pcr扩增；

5、（2）确定在鸡caspase-1基因第3外显子所示序列的第25位的核苷酸；

6、（3）检测第25位的核苷酸是否存在单核苷酸遗传多样性。

7、进一步的，所述特异性引物组的序列如seq id no .1及 seq id no .2所示。

8、进一步的，所述caspase-1基因第3外显子所示序列的第25位的核苷酸为t。

9、进一步的，具体包括下述步骤：

10、步骤一，采集4个品种的鸡的血样用于提取dna；

11、步骤二，取dna溶液，利用微分分光光度计测定浓度和纯度；

12、步骤三，采用特异性引物组对提取的dna进行pcr扩增，再通过电泳检测，判定基因型；

13、步骤四，对扩增产物进行鉴定。

14、进一步的，所述步骤一中，4个品种的鸡分别为大恒s01、大恒s03、aa+以及藏鸡。

15、进一步的，所述步骤三中，进行pcr扩增时：

16、pcr反应体系：dna 1μl；特异性引物组 2μl，且特异性引物组中2条引物等浓度，按照体积比引物fi：引物ri=1:1的比例混合；dntp 1μl；taq缓冲液 5μl；mgcl2 5μl；taq酶0.5μl；水 35.5μl；

17、pcr反应程序：预变性95℃ 3.5min，变性95℃ 35s，退火56℃ 40s，延伸70℃ 40s，修复延伸72℃ 10min，循环数40次。

18、进一步的，所述步骤三中，使用1％琼脂糖电泳进行电泳检测，150v、100ma 20min电泳观察。

19、进一步的，所述步骤四中，扩增序列测序结果显示，caspase-1第3外显子第25号位点发生c→t的突变，有cc、ct和tt3种基因型。

20、本发明实现的有益效果：

21、本发明提供的检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，通过pcr对特定位点进行扩增，使用直接测序法可以检测到特定位点的核苷酸变化，通过统计分析该位点的基因和基因型频率可获得该snps位点遗传多态性，再结合表型性状进行分析，获得性状与基因和基因的关联效应。本研究在鸡中对通过caspase-1获得的与抗肠炎沙门氏菌相关的基因型，可以作为分子遗传标记，进行鸡抗肠炎沙门氏菌进行标记辅助选择研究，对开展抗肠炎沙门氏菌育种具有一定的现实意义。

技术特征：

1.一种检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，其特征在于，

2.根据权利要求1所述的检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，其特征在于，所述特异性引物组的序列如seq id no .1及seq id no .2所示。

3.根据权利要求1所述的检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，其特征在于，所述caspase-1基因第3外显子所示序列的第25位的核苷酸为t。

4.根据权利要求1所述的检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，其特征在于，具体包括下述步骤：

5.根据权利要求4所述的检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，其特征在于，所述步骤一中，4个品种的鸡分别为大恒s01、大恒s03、aa+以及藏鸡。

6.根据权利要求4所述的检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，其特征在于，所述步骤三中，进行pcr扩增时：

7. 根据权利要求4所述的检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，其特征在于，所述步骤三中，使用1％琼脂糖电泳进行电泳检测，150v、100ma 20min电泳观察。

8.根据权利要求4所述的检测鸡caspase-1基因外显子snp分型的方法，其特征在于，所述步骤四中，扩增序列测序结果显示，caspase-1第3外显子第25号位点发生c→t的突变，有cc、ct和tt3种基因型。

技术总结
本发明公开了一种检测鸡CASPASE‑1基因外显子SNP分型的方法，属于生物技术的基因技术领域，解决了与炎性因子调控密切相关的CASPASE‑1基因SNP的相关研究还没有相关报告的问题，包括下述步骤：步骤一，采集4个品种的鸡的血样用于提取DNA；步骤二，取DNA溶液，利用微分分光光度计测定浓度和纯度；步骤三，采用特异性引物组对提取的DNA进行PCR扩增，再通过电泳检测，判定基因型；步骤四，对扩增产物进行鉴定。本发明在鸡中对通过CASPASE‑1获得的与抗肠炎沙门氏菌可能相关的基因型，可以作为分子遗传标记，进行鸡抗肠炎沙门氏菌进行标记辅助选择研究，对开展抗肠炎沙门氏菌育种具有一定的现实意义。

技术研发人员：李小成,梅秀丽,陈家磊
受保护的技术使用者：四川省畜牧科学研究院
技术研发日：
技术公布日：2024/2/1