用于预测临床毒性和结局的方法

用于预测临床毒性和结局的方法
【专利摘要】本发明提供了一种用于确定患有癌症的患者对受体酪氨酸激酶抑制剂疗法的敏感性的方法。所述方法包括筛选核酸样品以确定选自由rs1933437、rs1045642、rs1128503、rs2032582和rs2231142以及其任何组合组成的组的至少一种单核苷酸多态性(SNP)基因型的身份；和基于所述SNP基因型的所述身份来确定患有肾癌的患者对受体酪氨酸激酶抑制剂疗法的敏感性。所述敏感性选自嗜中性白细胞减少症、腹泻、肿瘤应答、毒性迫使的提前治疗终止、总体存活和无进展存活中的一种或多种。
【专利说明】
用于预测临床毒性和结局的方法
技术领域
[0001] 本发明涉及干细胞。具体地说，本发明涉及用于培养和维持呈未分化状态的多能 干细胞的方法。
【背景技术】
[0002] 癌症疗法包括手术、化学疗法、靶向疗法、免疫疗法和放射疗法。靶向疗法是针对 肿瘤内的癌症特异性分子和信号传导途径。因此，用于靶向疗法中的药物包括抑制血管发 生的药物和诱导凋亡的药物。用于靶向疗法中的一类药物的一个实例是酪氨酸激酶抑制剂 (TKI)〇
[0003] 然而，肿瘤应答和个体存活因患者而变化，因此ΤΚΙ的治疗益处并不是普遍的，而 是个体化的。另外，虽然它在延长存活方面是有效的，但损害生活质量和潜在致命的毒性也 是常见的。这些包括腹泻、手足综合征、粘膜炎、高血压、白细胞减少症、嗜中性白细胞减少 症和血小板减少症。毒性导致剂量中断、剂量减少并且阻碍患者从药物中完全受益。毒性表 现和严重性，如存活，也不是普遍的，而是因患者而变化很大的。
[0004] 因此，需要提供用于确定患有癌症的患者对ΤΚΙ疗法的敏感性的方法并且需要提 供鉴别用于患者的最适当的ΤΚΙ疗法方案的方法。还需要待用于此类方法中的试剂盒。

【发明内容】

[0005] 在第一方面，提供了用于确定患有癌症的患者对受体酪氨酸激酶抑制剂疗法的敏 感性的方法，其包括
[0006] a)从由所述患者获得的生物样品中分离核酸样品；
[0007] b)筛选所述核酸样品以确定选自由 rsl933437、rsl045642、rsll28503、rs2032582 和rs2231142以及其任何组合组成的组的至少一种单核苷酸多态性(SNP)基因型的身份;和
[0008] c)基于选自由『81933437、『81045642、『81128503、『82032582和『82231142以及其 任何组合组成的组的至少一种SNP基因型的所述身份来确定患有肾癌的患者对受体酪氨酸 激酶抑制剂疗法的敏感性，
[0009] 其中所述敏感性选自嗜中性白细胞减少症、腹泻、肿瘤应答、毒性迫使的提前治疗 终止（early toxicity-necessitated treatment termination)、总体存活和无进展存活 中的一种或多种。
[0010] 在第二方面，提供了如本文所述的方法用于鉴别用于患有肾癌的患者的最适当的 受体酪氨酸激酶抑制剂疗法方案的用途。
[0011] 在第三方面，提供了用于根据如本文所述的方法使用的试剂盒，其包含用于筛选 所述核酸样品以确定选自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以 及其任何组合组成的组的至少一种SNP基因型的身份的组分。
[0012] 定义
[0013] 本文所用的以下词语和术语应当具有所指示的含义：
[0014] 术语受试者是指活的多细胞脊椎动物生物体，包括人和兽类受试者两者的种类， 例如哺乳动物、鸟类和灵长类。
[0015] 术语核酸是指单链或双链形式的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸聚合物，并且除非 另有限制，否则涵盖天然核苷酸的已知类似物，所述类似物以与天然存在的核苷酸类似的 方式与核酸杂交。
[0016] 术语多态性是指通常在群体中从一代传到另一代的基因的序列变体。多态性可以 是尽管具有不同的核苷酸序列、但产生功能上等同的基因产物的那些变异(核苷酸序列差 异），如通常在个体、不同的族群(ethnic group)、地理位置之间发现的那些变异。术语多态 性还涵盖产生具有改变的功能的基因产物的变异，即，导致功能上不等同的基因产物的基 因序列变体。该术语还涵盖不产生基因产物、产生非活性基因产物、或增加的或增加活性的 基因产物的变异。
[0017] 多态性可以例如由以下来指代:变异所存在的核苷酸位置、由核苷酸变异引起的 氨基酸序列的变化、或与所述变异相关联的核酸分子或蛋白质的某些其它特征的变化(例 如，二级结构如莖环的改变、或所述核酸对缔合分子如聚合酶、RNA酶等等的结合亲和力的 改变)。
[0018] 术语单核苷酸多态性(SNP)是指群体中个体间的DNA序列中的特定位置中的单个 碱基（核苷酸）差异。一个SNP亚组产生被编码氨基酸序列的变化；这些被称作编码SNP或 cSNP〇
[0019] 本文所说明性地描述的本发明可在不存在本文未明确公开的任何一种或多种要 素、一种或多种限制的情况下被合适地实施。因此，例如，术语"包含"、"包括"、"含有"等应 当被可扩展地解读并且没有限制。另外，本文所采用的术语和表达是以描述而非限制的术 语被使用，并且在使用这些术语和表达时并不意在排除所显示和描述的特征或其部分的任 何等同物，而应认识到可在所要求保护的本发明范围内作出各种修改。因此，应当理解，虽 然已经通过优选实施方案和任选特征具体地公开了本发明，但本领域技术人员可采用本文 所公开的优选实施方案和任选特征中所体现的本发明的修改和变更，并且认为此类修改和 变更在本发明范围内。
[0020] 本文已对本发明进行了宽泛的和一般性的描述。落入该一般公开的每个较窄类别 和次一般性分组也构成本发明的一部分。这包括以从该种类中去除任何主题为前提条件或 负面限制的对发明的一般性描述，而不管被除去的内容是否在本文中明确述及。
[0021] 其它实施方案在以下权利要求书和非限制性实施例内。另外，在用马库什组 (Markush group)描述本发明的特征或方面时，本领域技术人员将认识到，由此也是以马库 什组的任何单个成员或成员亚组来描述本发明。
【附图说明】
[0022] 当结合非限制实施例和附图考虑时，参考【具体实施方式】将更好地理解本发明，其 中：
[0023]图 1 显示(A)根据 ABCB1 3435(：/1'、1236(：/1'、26776/1'单倍型分组的患者;1'1'1'单倍型 的纯合型携带者的中值无进展存活是2.4个月并且其它病例的中值无进展存活是8.4个月 (PzO.OODJB)根据 ABCB1 3435(：/1'、1236(：/1'、26776八4单倍型分组的患者；1'1'1'单倍型的 纯合型携带者的中值总体存活是4.6个月并且其它病例的中值总体存活是19.6个月（P = 0.005)〇
【具体实施方式】
[0024] 在第一方面，提供了用于确定患有癌症的患者对受体酪氨酸激酶抑制剂疗法的敏 感性的方法。所述方法可以包括:从由所述患者获得的生物样品中分离核酸样品；筛选所述 核酸样品以确定选自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以及其 任何组合组成的组的至少一种单核苷酸多态性（SNP)基因型的身份；和基于选自由 『81933437、^1045642181128503182032582和^2231142以及其任何组合组成的组的至 少一种SNP基因型的所述身份来确定患有肾癌的患者对受体酪氨酸激酶抑制剂疗法的敏感 性，其中所述敏感性选自嗜中性白细胞减少症、腹泻、肿瘤应答、毒性迫使的提前治疗终止、 总体存活和无进展存活中的一种或多种。
[0025] 在一个实施方案中，癌症可以选自由以下组成的组:肾癌、神经内分泌癌、乳腺癌、 前列腺癌、宫颈癌、卵巢癌、胃癌、结直肠癌、胰腺癌、肝癌、脑癌、肺癌、血液恶性肿瘤、黑色 素瘤和肉瘤。
[0026] 在另一个实施方案中，肾癌是转移性肾细胞癌(mRCC)。在一些实施方案中，患者可 能摧患mRCC。或者，患者摧患mRCC并且经受受体酷氣酸激酶抑制剂治疗。
[0027] 在一些实施方案中，生物样品是从由以下组成的组中获得:冷冻组织、组织活检切 片、循环细胞、体液和脸颊拭子。
[0028] 生物样品可以是非肿瘤性的或肿瘤性的。
[0029] 在一个实施方案中，体液可以选自由血液、唾液、腹水、渗出物和尿液组成的组。
[0030] 受体酪氨酸激酶抑制剂可以是受体酪氨酸激酶的多重激酶抑制剂，包括但不限于 舒尼替尼（sunitinib)、帕唑帕尼（pazopanib)、阿西替尼（axitinib)、索拉非尼 (sorafenib)、瑞格非尼(regorafenib)、替伏赞替尼(tivozantinib)或其组合。
[0031] 在一些实施方案中，患者是哺乳动物或人。人可以是亚洲人种或高加索人种或非 洲人种。
[0032]在另一个实施方案中，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的腹泻风险，所 述方法可以进一步包括：（a)筛选选自由rsll28503和rsl045642组成的组的至少一种SNP基 因型，和(b)基于步骤(a)中获得的筛选结果来确定腹泻风险。在一些实施方案中，在步骤 (b)中，关于rsll28503,相比于CT或TT基因型，CC基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间 的腹泻风险可能更高。在一些实施方案中，在步骤(b)中，关于rsl045642,相比于CT或TT基 因型，CC基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的腹泻风险可能更高。
[0033]在一些实施方案中，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减 少症风险，所述方法可以进一步包括：（a)筛选选自由rsl933437、rs2032582、rsl045642、 rsl 128503和rs2231142组成的组的至少一种SNP基因型，和(b)基于步骤(a)中获得的筛选 结果来确定嗜中性白细胞减少症风险。在步骤(b)中，关于rsl933437,相比于CC或CT基因 型，TT基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风险可能更高。在 步骤(b)中，关于rS2032582，相比于AT或GT或TT基因型，AA或AG或GG基因型在受体酪氨酸激 酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风险可能更高。在步骤(b)中，关于rsl045642,相 比于TT基因型，CC或CT基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风 险可能更高。在步骤(b)中，关于rsll28503,相比于TT基因型，CC或CT基因型在受体酪氨酸 激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风险可能更高。在步骤(b)中，关于rs2231142， 相比于AA基因型，CC或AC基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症 风险可能更高。在步骤(b)中，关于包括rsl045642、rs2032582和rsll28503的三种SNP，相比 于TTT/TTT基因型，在所有三个SNP位点处非为T等位基因纯合性的等位基因组合在受体酪 氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风险可能更高。
[0034]在一些实施方案中，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的毒性迫使的提前 治疗终止风险，所述方法可以进一步包括：（a)筛选rsll28503的SNP基因型，和(b)基于步骤 (a)中获得的基因分型结果来确定毒性迫使的提前治疗终止风险。
[0035] 在步骤(b)中，关于rsl 128503,相比于TT基因型，CC或CT基因型在受体酪氨酸激酶 抑制剂治疗期间的毒性迫使的提如治疗终止风险可能更尚。
[0036]在一些实施方案中，为了确定原发性肿瘤对受体酪氨酸激酶抑制剂治疗的抗性的 风险，所述方法可以进一步包括：（a)筛选选自由rsl045642、rs2032582和rsll28503组成的 组的至少一种SNP基因型，和(b)基于步骤(a)中获得的基因分型结果来确定原发性肿瘤对 受体酪氨酸激酶抑制剂治疗的抗性的风险。
[0037] 在步骤(b)中，关于rs 1045642，相比于CC或CT基因型，TT基因型的原发性肿瘤对受 体酪氨酸激酶抑制剂治疗的抗性的风险可能更高。
[0038] 在步骤(b)中，关于rS2032582，相比于AA或AG或GG或AT或GT基因型，TT基因型的原 发性肿瘤对受体酪氨酸激酶抑制剂治疗的抗性的风险可能更高。
[0039] 在步骤（b)中，关于包括rsl045642、rs2032582和rsll28503的三种SNP，相比于在 所有三个SNP位点处非为T等位基因纯合性的等位基因组合，TTT/TTT基因型的原发性肿瘤 对受体酪氨酸激酶抑制剂疗法的抗性的风险可能更高。
[0040] 在一些实施方案中，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的总体存活，所述 方法可以进一步包括：（a)筛选选自由rsl045642、rs2032582和rsll28503组成的组的至少 一种SNP基因型，和(b)基于步骤(a)中获得的基因分型结果来确定总体存活。
[0041 ] 在步骤（b)中，关于包括rsl045642、rs2032582和rsll28503的三种SNP，相比于在 所有三种SNP处非为T等位基因纯合性的等位基因组合，TTT/TTT基因型在受体酪氨酸激酶 抑制剂治疗期间的总体存活可能更低。
[0042] 在一些实施方案中，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的无进展存活，所 述方法可以进一步包括：（a)筛选选自由rsl045642、rs2032582和rsll28503组成的组的至 少一种SNP基因型，和(b)基于步骤(a)中获得的基因分型结果来确定无进展存活。
[0043] 在步骤（b)中，关于这三种SNP基因型rsl045642、rs2032582和rsll28503,相比于 在所有三种SNP处非为T等位基因纯合性的等位基因组合，TTT/TTT基因型在受体酪氨酸激 酶抑制剂治疗期间的无进展存活可能更低。
[0044] 在另一方面，提供了如本文所述的方法用于鉴别用于患有肾癌的患者的最适当的 受体酪氨酸激酶抑制剂疗法方案的用途。
[0045] 在另一方面，提供了用于根据如本文所述的方法使用的试剂盒，其包含用于筛选 所述核酸样品以确定选自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以 及其任何组合组成的组的至少一种SNP基因型的身份的组分。
[0046] 实验部分
[0047] 实施例1
[0048] 对用于在患有癌症的患者中确定毒性、应答和存活的基因标记的评价
[0049] 材料和方法
[0050] 患者和治疗
[0051 ] 在本回顾性研究中包括2006年到2014年于新加坡国立癌症中心（National Cancer Centre Singapore)(NCCS)接受舒尼替尼的总共97名mRCC患者，该研究得到了机构 审查委员会（Institutional Review Board)(新加坡保健服务集团有限公司（Singapore Health Services))批准。大多数患者（79/97)接受每天37.5mg的开始剂量的舒尼替尼，持 续连续4周，之后是2周中断。在以每天50mg起始时的舒尼替尼的早期使用中经常注意到严 重毒性到危及生命的毒性之后，NCCS将从每天50mg的药物标签推荐剂量的这一减量确定为 常规。本研究中的12名患者接受每天50mg的开始剂量。6名患者由于高龄或患者对预期毒性 的反感而以每天25mg开始。
[0052] 随访和数据收集
[0053] 由独立的医师在每个治疗周期基于不良事件的通用术语标准（Common Terminology Criteria for Adverse Events) (CTCAE)3.0版和实体瘤应答评价标准 (Response Evaluation Criteria in Solid Tumors) (RECIST)标准 1.1版来评价舒尼替尼 毒性和肿瘤应答。在基线(在开始舒尼替尼之前）以及在每个周期中的以下两个时间点进行 血清肌酸酐、总胆红素、白蛋白、天冬氨酸转氨酶、丙氨酸转氨酶、血红蛋白、白细胞和血小 板的实验室评估以及粘膜炎、手足综合征、疲劳和腹泻的临床检查:在4周的每天舒尼替尼 之后以及在2周的无舒尼替尼停止之后(在开始下一个周期之前）。还收集患者特征，包括年 龄、性别、种族、体重和身高以及东部肿瘤协作组(Eastern Cooperative Oncology Group) (E⑶G)体能状态。利用可用数据计算每名患者的纪念斯隆-凯特琳癌症中心（Memorial Sloan-Kettering Cancer Center) (MSKCC)预后得分。在被用于统计学分析之前，所有收集 的数据均由第三方去识别化。随访期于2014年4月底结束。
[0054] 毒性定义
[0055] 分析的毒性包括白细胞减少症、嗜中性白细胞减少症、血小板减少症、腹泻、手足 综合征和毒性迫使的提前治疗终止。针对白细胞减少症(<3000AiL)、嗜中性白细胞减少症 (〈2000/^1^)、血小板减少症(〈150000/^1^)、手足综合征(记录的身体检查发现)和腹泻(记录 的患者陈述)评估来自电子医疗系统的血细胞计数和来自第一舒尼替尼周期的医师笔记。 毒性迫使的提前治疗终止被定义为基于在没有进展性疾病的迹象的情况下的对无法忍受 的或危及生命的毒性的认识而中断患者和医师同意的第一或第二治疗周期并且在患者随 访期间均无法重新开始治疗。对于经历2 2的任何毒性等级的患者来说，常常需要周期中 断;在此类病例中，将出于安全和生活质量考虑施加有25%剂量降低的重新开始的治疗。 [0056] 存活终点定义
[0057]无进展存活被定义为如果由于进展性疾病、毒性或死亡的放射迹象或临床迹象而 终止舒尼替尼时从舒尼替尼起始日期到舒尼替尼终止日期的时间。总体存活被定义为被审 查病例的从舒尼替尼起始日期到死亡日期或到最后随访日期的时间。
[0058] 基因分型
[0059] 对4个基因中如表1中所列出的6种SNP进行基因分型:舒尼替尼靶标FLT3和VEGFR2 以及多药外排体(multi-drug effluxer)ABCG2和ABCB1。基于在汉族中高于0.1的较小等位 基因频率、先前报道的与舒尼替尼毒性的相关性(表2)以及在舒尼替尼药物代谢动力学或 药物效应动力学中的推测功能来选择这些多态性。用于对SNP进行基因分型的引物和B頂缺 失提供于表3中。
[0060] 表1.经基因分型的多态性和等位基因频率
[0061]
[0063]表2.对被选择用于本研究的6种SNP的先前分析。
[0064]
[0066]表3.用于基因分型的引物
[0068]
[0069] 从外周血、来自肾切除术的良性肾的经福尔马林固定的组织和永生化淋巴细胞获 得种系DNA。在被用于DNA提取或细胞永生化之前，血液管和组织载片上的标签由第三方去 识别化。通过对每个SNP的侧翼区的PCR扩增，之后进行直接测序来进行基因分型。
[0070] 统计学分析
[0071 ] 首先使用单变量逻辑回归（logistic regression)来分析基因型与毒性事件或应 答性肿瘤的相关性。使用多变量逻辑回归进一步分析生成P〈〇. 20的基因型，包括作为共变 量的患者年龄、性别、基线EC0G状态和开始剂量。借助于卡普兰-梅尔(Kaplan-Meier)法来 估计无进展存活和总体存活，而使用双尾对数秩检验来分析基因型和患者特征与PFS和0S 的相关性。然后使用多变量Cox回归模型通过包括在单变量分析中P〈0.05的基因型和患者 特征来评价基因型对无进展存活和总体存活的影响。在无进展存活和总体存活分析中仅包 括舒尼替尼是用于mRCC的一线治疗的那些患者。在所有分析中，除了用中值替代的基线 EC0G状态以外，缺失数据均保持缺失。因为这被设计成对先前观测到的相关性的验证研究 而非探究性评价，所以不进行多重检验校正。
[0072] 结果
[0073] 患者特征和基因型频率
[0074]本研究中所包括的97名患者的人口统计学和基线临床特征列于表4中。6种SNP的 多态性频率列于表1中。所有6种SNP均保持哈迪-温伯格平衡（Hardy-Weinberg equi librium) (Ρ>0· 05)。在通过卡方检验确认ABCB13435C/T、ABCB1 1236C/T和ABCB1 2677G/TA的成对连锁不平衡(在每对中，Ρ〈0.05)并且利用PLINK进行定相(phasing)后，单 倍型TTT是最常见的单倍型并且在51名患者中被发现，其中8名是纯合型携带者。单倍型和 它们的频率的完全列表提供于表5中。
[0075] 表4 ·患者人口统计学和基线特征(η = 97)
[0077]
[0078] 表5.在有假定相关性和无假定相关性的情况下估计的ABCB1单倍型频率(n = 92)
[0079]
[0080] 基因型与毒性的相关性
[0081 ]针对遗传标记与临床结局之间的相关性的单变量和多变量逻辑回归分析列于表6 中。值得注意的是，FLT3 738TT基因型与白细胞减少症风险的8.0倍增加 (P = 0.03)和嗜中 性白细胞减少症风险的2.7倍增加(？ = 0.04)相关<^8081 12361'等位基因与嗜中性白细胞 减少症风险的3倍降低(P = 0.03)、腹泻风险的25倍降低(P = 0.0005)和毒性迫使的提前治 疗终止风险的10倍降低(P = 〇.〇4)相关。ABCB1 3435T等位基因与嗜中性白细胞减少症风险 的10倍降低(P = 〇.〇l)和腹泻风险的3倍降低(P = 0.02)相关。ABCB1 2677T等位基因与嗜中 性白细胞减少症风险的3倍降低(P = 0.04)相关。ABCB13435、1236、2677TTT单倍型与嗜中性 白细胞减少症风险的1 〇倍降低(P = 〇. 〇3)相关。ABCG2 421A等位基因与嗜中性白细胞减少 症风险的3倍降低（P = 0.03)相关。没有基因型与血小板减少症或手足综合征相关。 VEGFR21191C/T基因型与毒性终点不相关。
[0082]表6.与舒尼替尼的毒性相关的因素。仅列出了多变量0.05的那些。
[0086]
[0087] 基因型与肿瘤应答和患者存活的相关性
[0088] 被定义为作为观测到的最佳应答的进展性疾病的基本舒尼替尼抗性在ABCB1 3435TT 基因型（P = 0.02)、ABCB1 2677TT 基因型（Ρ = 0·01)和 ABCB1 3435、1236、2677TTT 单 倍型(Ρ = 〇. 004)的携带者中更为常见(表7)。接受舒尼替尼作为一线疗法的81名患者的中 值无进展存活是8.1个月并且中值总体存活是19.5个月。如表8中所示，在基于单变量？〈 0.05包含作为共变量的开始剂量后，ABCB1 3435、1236、2677ΤΤΤ单倍型与较低的无进展存 活(Ρ = 0.001)和总体存活(Ρ = 0.005)相关。描绘相关性的存活曲线提供于图1中。
[0089] 表7.与舒尼替尼的临床益处相关的因素（最佳应答是部分应答或稳定疾病）（η = 90)。仅列出了多变量PS 0.05的那些。
[0090]
[0091]
[0092] 表8.接受舒尼替尼作为一线治疗的mRCC患者中的存活分析(n = 81)。仅列出了多 变量PS 0.05的那些。
[0093]
【主权项】
1. 一种用于确定患有癌症的患者对受体酪氨酸激酶抑制剂疗法的敏感性的方法，其包 括 a) 从自所述患者获得的生物样品中分离核酸样品； b) 筛选所述核酸样品以确定选自由^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和 rs2231142以及其任何组合组成的组的至少一种单核苷酸多态性(SNP)基因型的身份;和 c) 基于所述选自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以及其 任何组合组成的组的至少一种SNP基因型的身份来确定患有肾癌的患者对受体酪氨酸激酶 抑制剂疗法的敏感性， 其中所述敏感性选自嗜中性白细胞减少症、腹泻、肿瘤应答、毒性迫使的提前治疗终 止、总体存活和无进展存活中的一种或多种。2. 根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症是肾癌、神经内分泌癌、乳腺癌、前列腺 癌、宫颈癌、卵巢癌、胃癌、结直肠癌、胰腺癌、肝癌、脑癌、肺癌、血液恶性肿瘤、黑色素瘤和 肉瘤。3. 根据权利要求2所述的方法，其中所述肾癌是转移性肾细胞癌(mRCC)。4. 根据权利要求2所述的方法，其中所述患者罹患mRCC或其中所述患者罹患mRCC并且 经受受体酪氨酸激酶抑制剂治疗。5. 根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品从由以下组成的组中获得:冷冻组 织、组织活检切片、循环细胞、体液和脸颊拭子。6. 根据权利要求5所述的方法，其中所述生物样品是非肿瘤性的。7. 根据权利要求5所述的方法，其中所述生物样品是肿瘤性的。8. 根据权利要求4所述的方法，其中所述体液选自由血液、唾液、腹水、渗出物和尿液组 成的组。9. 根据权利要求1所述的方法，其中所述受体酪氨酸激酶抑制剂是受体酪氨酸激酶的 多重激酶抑制剂，包括但不限于舒尼替尼、帕唑帕尼、阿西替尼、索拉非尼、瑞格非尼、替伏 赞替尼或其组合。10. 根据权利要求1所述的方法，其中所述患者是哺乳动物或人。11. 根据权利要求10所述的方法，其中所述人是亚洲人种或高加索人种或非洲人种。12. 根据权利要求1所述的方法，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的腹泻风 险，所述方法进一步包括：（a)筛选选自由rsll28503和rsl045642组成的组的至少一种SNP 基因型，和(b)基于步骤(a)中获得的筛选结果来确定腹泻风险。13. 根据权利要求12所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rsll28503,相比于CT或TT基 因型，CC基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的腹泻风险更高。14. 根据权利要求12所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rsl045642,相比于CT或TT基 因型，CC基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的腹泻风险更高。15. 根据权利要求1所述的方法，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白 细胞减少症风险，所述方法进一步包括：（a)筛选选自由rsl933437、rs2032582、rsl045642、 rsl 128503和rs2231142组成的组的至少一种SNP基因型，和(b)基于步骤(a)中获得的筛选 结果来确定嗜中性白细胞减少症风险。16. 根据权利要求15所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rsl933437,相比于CC或CT基 因型，TT基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风险更高。17. 根据权利要求15所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rs2032582,相比于AT或GT或 TT基因型，AA或AG或GG基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风 险更尚。18. 根据权利要求15所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rsl045642,相比于TT基因型， CC或CT基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风险更高。19. 根据权利要求15所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rsll28503,相比于TT基因型， CC或CT基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风险更高。20. 根据权利要求15所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rs2231142,相比于AA基因型， CC或AC基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风险更高。21. 根据权利要求15所述的方法，其中在步骤(b)中，关于包括rsl045642、rs2032582和 rsll28503的三种SNP，相比于TTT/TTT基因型，在所有三个SNP位点处非为T等位基因纯合性 的等位基因组合在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的嗜中性白细胞减少症风险更高。22. 根据权利要求1所述的方法，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的毒性迫使 的提前治疗终止风险，所述方法包括：（a)筛选rsll28503的SNP基因型，和(b)基于步骤(a) 中获得的基因分型结果来确定毒性迫使的提前治疗终止风险。23. 根据权利要求22所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rsll28503,相比于TT基因型， CC或CT基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的毒性迫使的提前治疗终止风险更高。24. 根据权利要求1所述的方法，为了确定原发性肿瘤对受体酪氨酸激酶抑制剂治疗的 抗性的风险，所述方法包括：（a)筛选选自由rsl045642、rs2032582和rsll28503组成的组的 至少一种SNP基因型，和(b)基于步骤(a)中获得的基因分型结果来确定原发性肿瘤对受体 酪氨酸激酶抑制剂治疗的抗性的风险。25. 根据权利要求24所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rsl045642,相比于CC或CT基 因型，TT基因型的原发性肿瘤对受体酪氨酸激酶抑制剂治疗的抗性的风险更高。26. 根据权利要求24所述的方法，其中在步骤(b)中，关于rs2032582,相比于AA或AG或 GG或AT或GT基因型，TT基因型的原发性肿瘤对受体酪氨酸激酶抑制剂治疗的抗性的风险更 尚。27. 根据权利要求24所述的方法，其中在步骤(b)中，关于包括rsl045642、rs2032582和 rsll28503的三种SNP，相比于在所有三个SNP位点处非为T等位基因纯合性的等位基因组 合，TTT/TTT基因型的原发性肿瘤对受体酪氨酸激酶抑制剂疗法的抗性的风险更高。28. 根据权利要求1所述的方法，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的总体存 活，所述方法包括：（a)筛选选自由rsl045642、rs2032582和rsll28503组成的组的至少一种 SNP基因型，和(b)基于步骤(a)中获得的基因分型结果来确定总体存活。29. 根据权利要求28所述的方法，其中在步骤(b)中，关于包括rsl045642、rs2032582和 rs 1128503的三种SNP，相比于在所有三种SNP处非为T等位基因纯合性的等位基因组合， TTT/TTT基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的总体存活更低。30. 根据权利要求1所述的方法，为了确定受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的无进展存 活，所述方法包括：（a)筛选选自由rsl045642、rs2032582和rsll28503组成的组的至少一种 SNP基因型，和(b)基于步骤(a)中获得的基因分型结果来确定无进展存活。31. 根据权利要求30所述的方法，其中在步骤(b)中，关于三种SNP基因型rsl045642、 rs2032582和rsl 128503,相比于在所有三种SNP处非为T等位基因纯合性的等位基因组合， TTT/TTT基因型在受体酪氨酸激酶抑制剂治疗期间的无进展存活更低。32. 根据权利要求1所述的方法用于鉴别用于患有肾癌的患者的最适当的受体酪氨酸 激酶抑制剂疗法方案的用途。33. -种用于根据权利要求1所述的方法使用的试剂盒，其包含用于筛选所述核酸样品 以确定选自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以及其任何组合 组成的组的至少一种SNP基因型的身份的组分。
【文档编号】C12Q1/68GK105917000SQ201480066303
【公开日】2016年8月31日
【申请日】2014年10月3日
【发明人】陈民汉, 朱盈霞, 赖劲豪, 陈佩云
【申请人】新加坡科技研究局, 新加坡保健集团