相关申请的交叉引用
本申请要求2015年6月3日提交的美国临时专利申请序列号62/170,579的优先权，将其内容通过引用明确并入本文。
背景
糖皮质激素诱导型tnf受体(gitr)是由活化的效应t(teff)细胞表达、且在b细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞、和巨噬细胞上以低水平表达的t细胞共刺激i型细胞表面跨膜糖蛋白(nocentinietal.,advexpmedbiol2009；647:156-73)。gitr在调节性t细胞(treg)上组成型表达。通过gitr的信号传导可增强t细胞的t细胞受体活化，并使得teff细胞对treg介导的抑制具有抗性(stephensetal.,jimmunol2004；173:5008-20)。确定肿瘤组织中的gitr阳性可以提供靶向最可能从抗gitr免疫治疗受益(即，有响应)的患者，以及监测gitr阳性肿瘤的状态和抗gitr免疫疗法的功效的机会。
概要
本文提供了诊断性抗gitr抗体和用于检测生物样品如肿瘤组织样品中的gitr蛋白表达的方法。这样的方法可用于例如鉴定可能对抗gitr免疫疗法有响应并监测gitr阳性肿瘤的状态和抗gitr免疫疗法的功效的癌症患者。
因此，在一个方面，本文提供了用于检测生物样品，例如人组织样品(例如，肿瘤组织样品)中的人gitr的方法，包括使样品与抗体或其抗原结合片段接触，所述抗体或其抗原结合片段包含：包含分别在seqidno:5-7所示氨基酸序列的重链可变区cdr1、cdr2和cdr3，和包含分别在seqidno:8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1、cdr2和cdr3，其中抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr，并检测抗体与样品中gitr的结合。
本文还提供了确定癌症患者的肿瘤是否为gitr阳性的方法，包括：
(a)使来自患者的肿瘤样品与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1、cdr2和cdr3，和包含分别在seqidno:8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1、cdr2和cdr3，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr，
(b)检测所述抗体与所述样品中gitr的结合，
(c)确定样品中gitr蛋白质表达水平，其中高于阈值水平的gitr蛋白质水平指示该肿瘤是gitr阳性的。
本文还提供鉴定可能对抗gitr免疫疗法有响应的癌症患者的方法，包括：
(a)使来自患者的肿瘤样品与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：分别包含seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1、cdr2和cdr3，和包含分别在seqidno:8-10所示的氨基酸序列的轻链可变区cdr1、cdr2和cdr3，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr，
(b)检测所述抗体与所述肿瘤样品中gitr的结合，
(c)确定所述样品中gitr蛋白质表达的水平，其中高于阈值水平的gitr蛋白质水平指示该肿瘤是gitr阳性肿瘤，并且该患者可能或预计对抗gitr免疫疗法有响应。
本文还提供了治疗癌症患者的方法，包括：
(a)如下所述确定癌症患者的肿瘤是否为gitr阳性：(i)使来自患者的肿瘤样品与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1、cdr2和cdr3，和包含分别在seqidno:8-10所示的氨基酸序列的轻链可变区cdr1、cdr2和cdr3，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；(ii)检测所述抗体与所述肿瘤样品中gitr的结合，和(iii)确定所述样品中gitr蛋白质表达的水平，其中gitr蛋白质的水平高于阈值水平指示肿瘤是gitr阳性的，而且
(b)如果肿瘤被确定为gitr阳性，则向患者施用调变gitr信号传导的作用剂。在某些实施方案中，调变gitr信号传导的作用剂是激动性(即激动剂)抗gitr抗体。
本文还提供监测癌症患者中的gitr阳性肿瘤的方法，包括：
(a)在第一时间点使用抗体检测gitr阳性肿瘤中的gitr蛋白质表达，所述抗体包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1、cdr2和cdr3，和包含分别在seqidno:8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1、cdr2和cdr3，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr，
(b)确定第一时间点的gitr蛋白表达水平，
(c)使用与步骤(a)中使用的相同的抗体在第二时间点检测肿瘤中的gitr蛋白质表达，
(d)确定来自第二时间点的肿瘤中gitr蛋白质表达的水平；
(e)比较在第一和第二时间点确定的gitr蛋白质表达水平，其中第一时间点相对于第二时间点的水平较高指示肿瘤消退，第一时间点相对于第二时间点的得分较低指示肿瘤进展，在第一时间点相对于第二时间点的水平相对不变指示肿瘤稳定。
本文还提供监测具有gitr阳性肿瘤的患者中的抗gitr免疫疗法的功效的方法，包括：
(a)在启动抗gitr免疫疗法之前或之后的第一时间点使用抗体检测gitr阳性肿瘤中的gitr蛋白质表达，所述抗体包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1、cdr2和cdr3，和包含分别在seqidno:8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1、cdr2和cdr3，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr，
(b)确定来自第一时间点的肿瘤中的gitr蛋白质表达水平，
(c)在启动抗gitr免疫疗法后的第二时间点使用与步骤(a)相同的抗体检测所述gitr阳性肿瘤中的gitr蛋白质表达，
(d)确定来自第二时间点的肿瘤中gitr蛋白质表达的水平；
(e)比较在第一和第二时间点确定的gitr蛋白质表达水平，其中第一时间点相对于第二时间点的水平较高指示抗gitr免疫疗法有效，第一时间点相对于第二时间点的得分较低指示抗gitr免疫疗法无效，第一时间点相对于第二时间点的得分未改变指示抗gitr免疫疗法在起稳定化作用。在某些实施方案中，抗gitr免疫疗法包括向患者施用治疗有效量的抗gitr抗体或其抗原结合部分。
在某些实施方案中，本文所述方法中使用的肿瘤样品是福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤样品。在某些实施方案中，肿瘤样品是冷冻的肿瘤组织样品。在某些实施方案中，本文所述的方法通过免疫组化进行。在某些实施方案中，使用评分系统(例如h评分系统、allred评分系统、aqua系统或自动化评分系统)确定gitr表达水平。
在某些实施方案中，本文所述方法中使用的抗体包含这样的重链可变区和轻链可变区，它们包含分别在seqidno:11和12中示出的氨基酸序列。在某些实施方案中，本文所述方法中使用的抗体包含这样的重链和轻链，它们分别包含seqidno:13和14中示出的氨基酸序列。在某些实施方案中，重链缺少c端赖氨酸。在某些实施方案中，抗体是igg1、igg2、igg3或igg4抗体。在某些实施方案中，如biacore所评估的，抗体以10nm或更小的kd结合可溶性人gitr。
在某些实施方案中，抗体是人源化抗体、人抗体或嵌合抗体。在某些实施方案中，抗体是嵌合抗体，其包含人可变区序列和非人恒定区序列，例如小鼠重链和轻链恒定区。在某些实施方案中，小鼠fc区是小鼠igg2afc区。在某些实施方案中，嵌合抗体包含分别在seqidno:15和16中示出的重链和轻链序列。在某些实施方案中，重链缺少c端赖氨酸。
在某些实施方案中，本文所述方法中使用的抗体包含可检测模块，例如放射性标记、荧光标记、酶标记、生物素、发色团或ecl标记。
本文还提供了包含抗体或其抗原结合部分、以及使用说明的诊断试剂盒，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1、cdr2和cdr3，和包含分别在seqidno:8-10所示的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2和cdr3，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr。在某些实施方案中，抗体或其抗原结合部分包含分别如seqidno:11和12所示的重链和轻链可变区序列。在某些实施方案中，抗体包含分别如seqidno:13和14所示的重链和轻链序列。在某些实施方案中，抗体包含分别如seqidno:15和16所示的重链和轻链序列。在某些实施方案中，重链缺少c端赖氨酸。
附图简述
图1显示了6g10人单克隆抗体的重链可变区的核苷酸序列(seqidno:17)和氨基酸序列(seqidno:11)。示出了cdr1(seqidno:5)、cdr2(seqidno:6)和cdr3(seqidno:7)区域，并指出了v，d和j种系衍生物。
图2显示了6g10人单克隆抗体的κ轻链可变区的核苷酸序列(seqidno:18)和氨基酸序列(seqidno:12)。示出了cdr1(seqidno:8)，cdr2(seqidno:9)和cdr3(seqidno:10)区域，并指出了v和j种系衍生物。
图3显示了6g10的重链可变区的氨基酸序列(seqidno:11)与人种系vh3-33、3-10和jh6氨基酸序列的比对。
图4显示了6g10的轻链可变区(vk1)的氨基酸序列(seqidno:12)与人种系vkl18和jk2氨基酸序列的比对。
图5显示了嵌合6g10抗体重链的核苷酸序列(seqidno:21)和氨基酸序列(seqidno:15)。
图6显示了嵌合6g10抗体的轻链的核苷酸序列(seqidno:22)和氨基酸序列(seqidno:16)。
图7显示了使用嵌合6g10抗体通过免疫组织化学对来自子宫颈鳞状细胞癌样品的相邻福尔马林固定的石蜡包埋(ffpe)切片上的cd3、foxp3和gitr的染色。
定义
为了更容易了解本说明，首先定义某些术语。其他定义在整个详细说明中进行阐释。
如本文所用术语“糖皮质激素可诱导的tnf受体”或“gitr”是指一种结合gitr配体(gitr-l)的受体，其为tnf-受体超家族成员。gitr亦称作肿瘤坏死因子受体超家族成员18(tnfrsf18)、aitr及cd357。术语“gitr”包括由细胞天然表达的gitr的任何变体或同种型。因此，本文所述抗体可与来自除人外的物种的gitr(例如，食蟹猴gitr)交叉反应。或者，抗体可对人gitr具有特异性、且可不与其他物种展现任何交叉反应性。gitr或其任何变体及同种型可自天然表达它们的细胞或组织分离，或使用本领域熟知的技术及/或本文所述的技术以重组方式产生。
已鉴别人gitr的三种同种型，三者都共有相同的细胞外结构域，但c-末端部分除外。变体1(登录号np_004186；seqidno:1)由241个氨基酸组成，代表最长的转录物。与变体2相比，其含有一个导致移框的额外编码区段。与同种型2相比，所得的蛋白质(同种型1)含有一个不同的较短的c-末端。变体2(登录号np_683699；seqidno:2)编码蛋白质的最长(同种型2)，由255个氨基酸组成，且是可溶的。与变体2相比，变体3(登录号np_683700；seqidno:3)含有一个导致移框的额外编码区段。与同种型2相比，所得的蛋白质(同种型3)含有一个不同的较短的c-末端，且由234个氨基酸组成。人gitr同种型1、2、3的氨基酸序列分别如seqidno:1、2、3所示，成熟gitr的胞外域的氨基酸序列如seqidno:4所示。
如本文所用术语“抗体”包括全抗体及其任第一抗体原结合片段(即“抗原结合部分”)或单链。在一个实施方案中，“抗体”指包含由二硫键互连的至少两条重(h)链及两条轻(l)链的糖蛋白或其抗原结合部分。每一重链包括重链可变区(在本文中缩写为vh)及重链恒定区。在某些天然抗体中，重链恒定区包括三个结构域：ch1、ch2及ch3。在某些天然抗体中，每一轻链包括轻链可变区(在本文中缩写为vl)及轻链恒定区。轻链恒定区包括一个结构域(cl)。可将vh及vl区进一步细分成超变区(称为互补决定区(cdr))及更保守的区(称为框架区(fr))，二者间杂排列。每一vh及vl由三个cdr及四个fr构成，其自氨基末端至羧基末端按下列顺序布置：fr1、cdr1、fr2、cdr2、fr3、cdr3、fr4。重链及轻链的可变区含有与抗原相互作用的结合结构域。抗体的恒定区可介导免疫球蛋白与宿主组织或因子(包括免疫系统的各种细胞(例如效应物细胞)及经典补体系统的第一组分(c1q))的结合。
抗体通常以高亲和力(由10-5m至10-11m或更小的解离常数(kd)反映)特异性结合其关联抗原。通常将大于约10-4m的任何kd视为指示非特异性结合。如本文所用的，“特异性结合”至抗原的抗体指以高亲和力(此意味着kd为10-7m或更小、优选10-8m或更小、更优选5×10-9m或更小、最优选介于10-8m与10-10m之间或更小)结合抗原及实质上相同抗原、但不以高亲和力结合无关抗原的抗体。
免疫球蛋白可来自普遍已知的同型中的任一者，包括但不限于iga、分泌型iga、igg及igm。igg同型在某些物种中分成亚类：在人类中为igg1、igg2、igg3及igg4，在小鼠中为igg1、igg2a、igg2b及igg3。在某些实施方案中，本文所述抗gitr抗体属igg1或igg2亚型。免疫球蛋白(例如igg1)存在若干异型，这些异型在至多少数个氨基酸中彼此不同。“抗体”举例而言包括天然及非天然抗体；单克隆及多克隆抗体；嵌合及人源化抗体；人及非人抗体；全合成抗体；及单链抗体。
如本文所用术语抗体的“抗原结合部分”指抗体的保持特异性结合抗原(例如，人gitr)的能力的一个或多个片段。这些“片段”的长度为，例如，介于约8个与约1500个氨基酸之间，适宜地介于约8个与约745个氨基酸之间，适宜地约8个至约300个、例如约8个至约200个氨基酸、或约10个至约50个或100个氨基酸。已显示，抗体的抗原结合功能可由全长抗体的片段来执行。抗体(例如本文所述抗gitr抗体)的“抗原结合部分”这一术语内涵盖的结合片段的实例包括(i)fab片段，即由vl、vh、cl及ch1结构域组成的单价片段；(ii)f(ab')2片段，一种二价片段，包含两个在铰链区由二硫桥键连接的fab片段；(iii)由vh及ch1结构域组成的fd片段；(iv)由抗体单臂的vl及vh结构域组成的fv片段；(v)dab片段(ward等人，(1989)nature341:544-546)，其由vh结构域组成；及(vi)分离的互补决定区(cdr)或(vii)两个或更多个可视情况由合成接头接合的分离的cdr的组合。此外，尽管fv片段的两个结构域(vl及vh)是由各别的基因编码的，但其可使用重组方法通过合成接头接合在一起，该合成接头使其能够成为单一蛋白链(称作单链fv(scfv))，其中vl及vh区配对形成单价分子；例如，参见bird等人，(1988)science242:423-426；及huston等人(1988)proc.natl.acad.sci.usa85:5879-5883)。此类单链抗体亦意欲涵盖于术语抗体的“抗原结合部分”内。这些抗体片段系使用本领域技术人员已知的常规技术获得，且以与完整抗体相同的方式筛选片段是否有效用。抗原结合部分可通过重组dna技术、或通过酶或化学裂解完整免疫球蛋白来产生。
如本文所用的，术语“单克隆抗体”指对抗体的特定表位或组合物展示单一结合特异性及亲和力的抗体，其中所有抗体皆对特定表位展示单一结合特异性及亲和力。因此，术语“人单克隆抗体”指展示单一结合特异性且具有源自人种系免疫球蛋白序列的可变区(及任选地恒定区)的抗体或抗体组合物。在一个实施方案中，人单克隆抗体由杂交瘤产生，该杂交瘤包括自转基因非人动物(例如转基因小鼠)获得的b细胞，其基因组包含与永生化细胞融合的人重链转基因及人轻链转基因。
如本文所用术语“重组人抗体”包括所有通过重组方式制备、表达、产生或分离的人抗体，例如(a)自对人免疫球蛋白基因转基因或转染色体的动物(例如小鼠)或自其制备的杂交瘤分离的抗体；(b)自经转化以表达抗体的宿主细胞、例如自转染瘤分离的抗体；(c)自重组的组合人抗体文库分离的抗体；及(d)通过任何其他涉及将人免疫球蛋白基因序列剪接至其他dna序列的方式制备、表达、产生或分离的抗体。这些重组人抗体包含可变区及恒定区，其利用由种系基因编码的特定人种系免疫球蛋白序列，但包括在(例如)抗体成熟期间发生的后续重排及突变。如本领域已知的(例如参见lonbergnaturebiotech2005；23:1117-25)，可变区含有抗原结合结构域，抗原结合结构域由多种基因编码，这些基因为形成对外来抗原具有特异性的抗体而重排。除重排外，可变区可通过多个单一氨基酸变化(称作体细胞突变或超突变)进一步修饰，以增加抗体对外来抗原的亲和力。恒定区将进一步因应于抗原发生变化(即，同型切换)。因此，响应于抗原而经过重排且体细胞突变的编码轻链及重链免疫球蛋白多肽的核酸分子可不与初始核酸分子具有序列同一性，而是将实质上相同或类似(即，具有至少80％同一性)。
“人”抗体(humab)指具有可变区的抗体，其中框架及cdr区二者皆源自人种系免疫球蛋白序列。此外，若抗体含有恒定区，则恒定区亦源自人种系免疫球蛋白序列。本文所述抗体可包括不由人种系免疫球蛋白序列编码的氨基酸残基(例如，通过体外随机诱变或位点特异性诱变或通过活体内体细胞突变引入的突变)。然而，如本文所用术语“人抗体”并不意欲包括源自另一哺乳动物物种(例如小鼠)种系的cdr序列已移植至人框架序列上的抗体。术语“人”抗体及“完全人”抗体同义使用。
“人源化”抗体指非人抗体的cdr结构域外的一些、大部分或所有氨基酸经源自人免疫球蛋白的相应氨基酸置换的抗体。在抗体的人源化形式的一个实施方案中，cdr结构域外的一些、大部分或所有氨基酸经人免疫球蛋白的氨基酸置换，而一个或多个cdr区内的一些、大部分或所有氨基酸未改变。可允许存在氨基酸的小的添加、缺失、插入、取代或修饰，只要其不消除抗体结合给定抗原的能力即可。“人源化”抗体保留类似于初始抗体的抗原特异性的抗原特异性。
“嵌合抗体”指可变区源自一个物种(例如人可变区)且恒定区源自另一物种(例如小鼠恒定区)的抗体，例如可变区源自小鼠抗体且恒定区源自人抗体的抗体。多个物种的恒定区序列是本领域已知的，并且本领域技术人员可以容易地获得它们来产生嵌合抗体。示例性的嵌合抗gitr抗体包含人可变区序列和小鼠恒定链序列。例如，在一个实施方案中，嵌合抗gitr抗体包含分别在seqidno:15和16中示出的重链和轻链序列。在某些实施方案中，嵌合抗体的重链缺少c端赖氨酸。
如本文所用的“分离的抗体”欲指实质上不含具有不同抗原特异性的其他抗体的抗体(例如，特异性结合gitr的分离的抗体实质上不含特异性结合除gitr以外的抗原的抗体)。然而，特异性结合gitr的表位的分离的抗体可与来自不同物种的其他gitr蛋白具有交叉反应性。
如本文所用术语“特异性结合”(“specificbinding”)、“选择性结合”(“selectivebinding”)、“选择性地结合”(“selectivelybinds”)及“特异性地结合”(“specificallybinds”)指抗体结合预定抗原上的表位。通常，抗体(i)在通过(例如)在biacore2000仪器中使用预定抗原(例如重组人gitr)作为分析物及抗体作为配体的表面等离子体共振(spr)技术时，以约小于10-7m、例如约小于10-8m、10-9m或10-10m或甚至更低的平衡解离常数(kd)结合。
如本文所用术语“k缔合”或“ka”欲指特定抗体-抗原相互作用的缔合速率，而如本文所用术语“k解离”或“kd”欲指特定抗体-抗原相互作用的解离速率。本文所用术语“kd”欲指解离常数，其自kd对ka的比率(亦即kd/ka)求得且以摩尔浓度(m)表示。可使用本领域充分确立的方法测定抗体的kd值。测定抗体的kd的一种优选方法是通过使用表面等离子体共振、优选使用生物感测器系统(例如
“多肽”指包含至少两个连续连接的氨基酸残基的链，其中链的长度无上限。蛋白质中的一个或多个氨基酸残基可含有例如但不限于糖基化、磷酸化或二硫键形成等修饰。“蛋白质”可包含一种或多种多肽。
“免疫疗法”指通过包含诱导、增强、阻抑或以其他方式修饰免疫响应的方法治疗罹患疾病、或有感染疾病的风险、或疾病复发的受试者。在此语境中，“抗gitr免疫疗法”是指包括下述手段的方法来治疗患有或有风险患上疾病(例如癌症)的受试者：通过施用可调变gitr信号传导、并导致例如t细胞活化的诱导和/或增强(例如t细胞生成il-2和/或ifn-γ的增加，和/或t细胞的增殖的增加)、调节性t细胞的消耗等的作用剂(例如激动性抗gitr抗体)，诱导，增强，抑制或以其他方式调节免疫响应。
如本文所用的，术语“连接(的)”指两个或更多个分子的缔合。连接可为共价或非共价连接。连接亦可为遗传性的(即，重组融合)。这些连接可使用多种本领域公认的技术(例如化学偶联及重组蛋白产生)来达成。
如本文所用，“施用”指使用本领域技术人员已知的各种方法及递送系统向受试者导入包含治疗剂的组合物。本文所述抗体的优选施用途径包括静脉内、腹膜内、肌内、皮下、脊柱或其他非经肠施用途径(例如通过注射或输注)。如本文所用片语“非经肠施用”意指除经肠及局部施用以外的施用方式，通常通过注射，且包括(但不限于)静脉内、腹膜内、肌内、动脉内、鞘内、淋巴管内、病灶内、囊内、眶内、心内、皮内、经气管、皮下、表皮下、关节内、经囊下、蛛网膜下、脊柱内、硬膜外及胸骨内注射及输注、以及体内电穿孔。或者，本文所述抗体可经由非经肠途径施用，例如局部、表皮或粘膜施用途径，例如经鼻内、经口、经引道、经直肠、经舌下或经局部。施用亦可(例如)实施一次、多次及/或在一个或多个延长时段内实施。
如本文所用的，“癌症”指特征在于体内异常细胞不受控生长的一大类疾病。失调的细胞分裂可导致形成恶性肿瘤或细胞，侵袭相邻组织且可经由淋巴系统或血流转移至身体的远端部分。
如本文所用的，“肿瘤”指由于不受控的、进行性的过度细胞分裂导致的异常组织块。肿瘤可以是良性的或者恶性的。
术语“患者”包括接受预防性或治疗性治疗的人及其他哺乳动物受试者。
如本文所用术语“受试者”包括任何人或非人动物。举例而言，本文所述方法及组合物可用于治疗患有癌症的受试者。术语“非人动物”包括所有脊椎动物，例如哺乳动物及非哺乳动物，例如非人灵长类动物、绵羊、犬、牛、鸡、两栖动物、爬行类等。
在以下子部分中进一步详细阐述本文所述各个方面。
如本文所使用的，除非上下文另外清楚地指出，否则单数形式“一”和“该”包括复数指示物。除非另有说明，否则使用“或”或“和”意指“和/或”。此外，使用术语“包括”，及其其他形式，如“可包括”，“包括了”，不是限制性的。
本文中使用的术语“约”，当指可测量值，例如量、持续时间等时，涵盖了距离指定值最多至±10％的变化。除非另外指明，本文中使用的所有表示成分的量、性质如分子量、反应条件等，以及在本领域公认的评分系统中的分数等等的数字，均应理解为被“约”所修饰。
术语“受试者(的)样品”是指从受试者分离的细胞(例如，肿瘤细胞，t细胞，b细胞或其他)，组织(例如肿瘤)，流体和/或其组合。
本文中使用的术语“对照样品”或“参考样品”指任何临床上相关的对照或参考样品，包括，例如，来自健康受试者的样品或者从评估的受试者早先获得的样品。例如，对照样品或参考样品可以是在癌症发病之前、疾病的较早阶段、或施用治疗前采取的样品。
如本文所用的，“阈值水平”或“截止水平”在表达水平的上下文中是指gitr蛋白质的一定表达水平，高于该水平，患者样品(患者肿瘤样品)被认为是“gitr阳性”；低于该水平，患者样品被认为是“gitr阴性”。阈值水平可以基于例如来自“正常”患者样品(例如，不具有gitr阳性肿瘤的患者群体)或来自被评估患者的匹配的正常组织的数据的一次或多次汇编。阈值可以置于本领域认可的评分系统(例如h评分系统)的框架中。例如，在一个实施方案中，如果患者的肿瘤的h分大于1，而患者的匹配的正常组织中的h分为1，则患者的肿瘤将被视为gitr阳性。阈值检测水平可以是使用给定的检测方法时最低的检测水平。例如，阈值水平可以是这样的水平，在该水平下，使用免疫组化，例如使用本文中描述的免疫组化方法，无法检测到gitr。
诊断性抗gitr抗体
本申请提供诊断性抗gitr抗体，其可用于检测人组织(例如肿瘤组织)中的gitr蛋白表达。这种抗体可以用于，例如，鉴定/选择有可能受益于抗gitr免疫治疗(即对治疗有响应)的受试者，监测gitr阳性肿瘤的进展，和/或监测抗gitr免疫治疗的功效。
相应地，在一些实施方案中，可用于诊断组织样品(例如人肿瘤组织样品)中gitr蛋白的表达的诊断性抗gitr抗体包括抗体6g10(一种全人抗gitr抗体)的重链及轻链可变区cdr序列、重链及可变区序列、或全长重链及轻链序列。表2中提供了6g10相关序列的总结。
在一些实施方案中，抗gitr抗体具有如seqidno:5-7所示的重链可变区cdr1、cdr2和cdr3序列，和如seqidno:8-10所示的轻链可变区cdr1、cdr2和cdr3序列，并特异性结合人gitr。
在一些实施方案中，抗gitr抗体具有如seqidno:11所示的重链可变区序列和如seqidno:12所示的轻链可变区序列。
在一些实施方案中，抗gitr抗体具有分别如seqidno:13和14所示的重链和轻链序列。在某些实施方案中，重链缺少c端赖氨酸。
在一些实施方案中，抗gitr抗体是igg1，igg2，igg3或igg4抗体或其变体。在其他实施方案中，抗体是iga，igd，ige或igm抗体。
在一些实施方案中，抗gitr抗体是人抗体、人源化抗体或嵌合抗体。
在一些实施方案中，如由biacore测定的，抗gitr抗体以10nm或更低的kd结合至可溶性gitr。
在某些实施方案中，抗gitr抗体是嵌合抗体。在一个实施方案中，所述抗gitr抗体具有6g10抗体的重链和轻链可变区序列(分为为seqidno：11和12)，以及非人类物种的恒定区，例如，小鼠igg2a恒定区(seqidno:25)。这样的嵌合抗体可用于，例如，在检测人组织中的gitr蛋白质表达时减少免疫组织化学中的背景染色。因此，在一个实施方案中，诊断性抗gitr抗体是嵌合抗体，其包含如seqidno:15所示的重链序列和如seqidno:16所示的轻链序列。在某些实施方案中，嵌合抗体的重链缺少c端赖氨酸。
在一些实施方案中，本文描述的诊断性抗gitr抗体包含可检测模块，以便于gitr表达(例如肿瘤样品中的gitr表达)的检测(例如通过如下所述的免疫组化的检测)。示例性的检测部分包括发光标记，荧光标记，放射性标记(例如，99tc,45ti,112in,111in,3h,121i,125i,131i,14c,18f,36cl,55co,58co,51cr,67cu,64cu,66ga,68ga,76br,89zr,35s,32p,90y,13n,15o,211at,186re,188re,75se)，和酶标记(例如，辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，葡萄糖氧化酶，脲酶，乙酰胆碱转移酶，萤光素酶和β-半乳糖苷酶)，附加表位，发色团标记，磷光标记，光亲和分子，ecl标记，染料，生物素，半抗原等。这样的标记是公知的技术，并且可以使用本领域公知的方法来附接到抗gitr抗体。理想地，可检测标记的附接不显著干扰gitr抗体的结合。检测手段由选定的标记决定。在标记为颗粒，并可以积累到合适的水平的情况下，可以用肉眼来观察(achieve)标记或其反应产物的外观，或者可以使用分光光度计，光度计，荧光计等设备，这些均根据标准操作进行。
优选地，偶联标记的方法产生实质上(或几乎)非免疫原性的联接，例如肽-(即酰胺-)、硫化-(立体阻碍)、二硫化物-、腙-及醚联接。这些联接几乎是非免疫原性的，且在血清内显示合理的稳定性(例如，参见senteretal.,curropinchembiol2009；13235-44；wo2009/059278；wo95/17886)。
可利用不同偶联策略，视部分及抗体的生物化学性质而定。在所述部分是50至500个天然或重组氨基酸的情况下，在描述蛋白偶联物之合成的化学法的教科书中有标准程序，本领域技术人员容易地遵循这些标准程序(参见例如，hackenbergeretal.,angewchemintedengl2008；47:10030-74)。在一个实施方案中，使用抗体或部分内的马来酰亚胺基部分与半胱氨酸残基的反应。在使用抗体的fab或fab'-片段的情况下，这是非常适宜的一种偶联化学。或者，在一个实施方案中，偶联至抗体或部分的c-末端。蛋白质(例如fab-片段)的c-末端修饰可如(例如)所述实施(sunbuletal.,orgbiomolchem2009；7:3361-71)。
一般而言，位点特异性反应及共价偶联是基于将天然氨基酸转变成具有与存在的其他官能基的反应性正交的反应性的氨基酸。举例而言，处于稀有序列背景中的特定半胱氨酸可经酶转化成醛(参见freseetal.chembiochem2009；10:425-7))。亦可通过利用某些酶与给定序列背景中的天然氨基酸特异性酶反应性来获得期望氨基酸修饰(例如，参见takietal.,protengdessel2004；17:119-26；gautieretal.chembiol2008；15:128-36；bordusaetal.,bioorganicchemistry(2004)389-403)。
亦可通过末端氨基酸与适当修饰试剂的选择性反应实现位点特异性反应及共价偶联。
n-末端半胱氨酸与苄腈的反应性(参见renetal.,angewchemintedengl2009；48:9658-62)可用于实现位点特异性共价偶联。
天然化学接合亦可依赖于c-末端半胱氨酸残基(tayloretal.,nucleicacidsandmolecularbiology2009；22:65-96)。ep1074563描述偶联方法，其是基于一段带负电荷氨基酸内的半胱氨酸与位于一段带正电氨基酸中的半胱氨酸的较快反应。
所述部分亦可为合成肽或肽模拟物。在多肽为化学合成的情况下，合成期间可纳入具有正交化学反应性的氨基酸(参见例如，degraafetal.,bioconjugchem2009；20:1281-95)。由于有许多正交官能基可用且可引入合成肽中，故该肽与接头的偶联是一种标准化学。
在某些实施方案中，可检测标记间接缀合至抗体。例如，可以将抗体缀合至生物素，并且可以使用本领域公知的方法将标记缀合至亲和素。在另一个实施方案中，使用结合未标记抗体的标记抗体来检测未标记抗体。在某些实施方案中，用于检测的标记抗体是用上文所述的任一种标志物标记的。在一些实施方案中，标记和检测是像实施例中描述的那样，例如使用leicabondpolymerrefinedetectionsystem(leica，buffalogrove，il，catalogds9800)来进行的。
产生方法
诊断性抗gitr抗体可以使用本领域公认的技术来产生。在某些实施方案中，抗体可以从产生抗体(例如6g10抗体)的杂交瘤纯化。例如，可以在2升转瓶中培养产生抗体的杂交瘤以便于进行单克隆抗体纯化。可以将上清液过滤并浓缩，再过蛋白a-sepharose亲和色谱(pharmacia，piscataway，n.j.)。洗脱的igg可通过凝胶电泳和高效液相色谱检验以确保纯度。可以将缓冲溶液交换为pbs，并可以使用1.43的消光系数通过od280确定浓度。
在某些实施方案中，本文中描述的抗体可以重组产生。例如，可以将编码本文所述的部分或全长轻链和重链的dna插入到表达载体中，使得这些基因与转录和翻译控制序列操作连接。在此上下文中，术语“操作连接”旨在表示抗体基因被连接到载体中，使得在载体中的转录和翻译控制序列发挥其预期的调节抗体基因转录和翻译的功能。选择表达载体和表达控制序列以与所用的表达宿主细胞相容。可以将抗体轻链基因和重链抗体基因插入分别的载体中，或者将两种基因插入同一表达载体中。通过标准方法将抗体基因插入表达载体中(例如连接抗体基因片段和载体上的互补限制位点，或者如果不存在限制位点，则平端连接)。通过下述方式，可以利用本文描述的抗体的轻链和重链可变区来创建任何抗体同型的全长抗体基因：将它们插入已经编码有期望同型的重链恒定区和轻链恒定区的表达载体，使得vh区段与该载体内的ch区段操作连接，vl区段与该载体内的cl区段操作连接。
除了抗体链基因之外，重组表达载体可携带控制抗体链基因在宿主细胞中的表达的调控序列。术语“调控序列”意欲包括控制抗体链基因转录或翻译的启动子、增强子和其它表达控制元件(例如聚腺苷化信号)。此类调控序列在例如goeddel(geneexpressiontechnology.methodsinenzymology185,academicpress,sandiego,ca(1990))中有描述。本领域技术人员将理解，对表达载体的设计，包括对调控序列的选择，可能取决于要转化的宿主细胞的选择，想要的蛋白的表达水平等因素。优选的用于哺乳动物宿主细胞表达的调控序列包括指导哺乳动物细胞中高水平蛋白表达的病毒元件，例如，源于巨细胞病毒(cmv)、猿猴病毒40(sv40)、腺病毒(例如腺病毒主要晚期启动子(admlp))和多瘤病毒的启动子和/或增强子。备选地，可使用非病毒调控序列，例如，泛素启动子或β-珠蛋白启动子。另外，由来自不同来源的序列构成的调控元件，例如srα启动子系统，其含有来自sv40早期启动子和人t细胞白血病病毒1型的长末端重复的序列(takebeetal.,mcb1988；8:466-72)。
除了抗体链基因和调控序列之外，本发明的重组表达载体可携带额外的序列，例如调控载体在宿主细胞中复制的序列(例如，复制起点)和选择标记基因。选择标记基因帮助人们选择引入了载体的宿主细胞(见，例如美国专利号4,399,216,4,634,665和5,179,017)。例如，典型地，选择标记基因赋予引入了载体的宿主细胞对药物，例如g418、潮霉素或甲氨喋呤的抗性。选择标记基因包括二氢叶酸还原酶(dhfr)基因(使用甲氨喋呤选择/扩增，用于dhfr-宿主细胞)和neo基因(用于g418选择)。
为表达轻链和重链，通过标准技术将编码重链和轻链的表达载体转染进入宿主细胞。术语“转染”的多种形式意欲包括通常用于将外源dna引入原核或真核宿主细胞的诸多技术，例如电穿孔、磷酸钙沉淀、deae-葡聚糖转染等等。虽然理论上说在原核或真核宿主细胞中都可以表达本发明的抗体，但在真核细胞中，最理想的是在哺乳动物宿主细胞中表达抗体是最优选的，因为此类真核细胞，特别是哺乳动物细胞，比原核细胞更有可能装配和分泌经正确折叠的并且具有免疫活性的抗体。已有报道称，抗体基因的原核生物表达对于生产高产率的活性抗体是无效的(bossetal.,immunologytoday1985；6:12-13)。
优选的用于表达本文所述的重组抗体的哺乳动物宿主细胞包括：中华仓鼠卵巢(cho)细胞(包括dhfr-cho细胞，在urlaubandchasin,pnas19809；77:4216-220中描述，使用dhfr选择标记，例如，按照kaufmanetal.,molbiol1982；159:601-21所述)，nso骨髓瘤细胞、cos细胞和sp2细胞。特别地，对于使用nso骨髓瘤细胞而言，另一优选的表达系统是wo87/04462、w089/01036和ep338,841中公开的gs基因表达系统。当编码抗体基因的重组表达载体被引入哺乳动物宿主细胞时，通过将宿主细胞培养一段时间来产生抗体，所述时间足以容许抗体在宿主细胞中表达，或者更优选地，容许抗体分泌到培养宿主细胞的培养基中。可使用标准的蛋白质纯化方法，从培养基中回收抗体。
本文所述的嵌合抗gitr抗体可以基于如上所述制备的人单克隆抗体的序列来制备。例如，在一个实施方案中，使用常规重组技术，可以将编码6g10抗体的人重链和轻链可变区的dna操作连接至非人恒定区(例如，鼠恒定区)。
检测细胞上的人gitr的方法
本文提供了检测生物样品(例如人肿瘤组织样品)中的gitr蛋白表达的方法，所述检测是通过使样品与抗gitr抗体接触，并检测(例如通过免疫组化)抗体与样品中gitr的结合来进行的，所述抗gitr抗体例如本文所述的抗gitr抗体，比如这样的抗gitr抗体：其包含分别如seqidno:5-7和8-10中示出的重链和轻链可变区cdr序列，分别如seqidno:11和12中示出的重链和轻链可变区序列，或分别如seqidno:13和14中示出的抗体6g10(一种全人抗gitr抗体)的全长重链和轻链序列，其中该抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr。在某些实施方案中，所述重链缺少c端赖氨酸。在一些实施方案中，所述抗gitr抗体是包含抗体6g10的可变区，但包含非人恒定区(例如小鼠恒定区)的嵌合抗体，例如这样的嵌合6g10抗体：其包含分别如seqidno:15和16中示出的重链和轻链序列。在某些实施方案中，嵌合抗体的重链缺少c端赖氨酸。
在某些实施方案中，示例性生物样品包括从癌症患者获得的血液样品、血清样品、细胞、手术切除的组织、和活检组织(例如癌组织)。用于本文所述方法的生物样品可以是新鲜的，冷冻的或固定的。生物样品，例如肿瘤样品，可以使用常规方法从患者获得，所述常规方法例如但不限于活组织检查，手术切除或抽吸。
用于检测人组织(例如肿瘤组织)中的gitr表达的方法可以是定性的，半定量的或定量的。用于检测生物样品中gitr蛋白水平的本领域公认的基于抗体的方法包括但不限于酶联免疫吸附测定(elisa)，放射免疫测定，电化学发光(ecl)测定，表面等离子共振，western印迹，免疫沉淀，荧光活化细胞分选(facs)，免疫荧光，免疫组化等。检测生物样品中gitr表达的方法可以包括对照样品(阴性和阳性对照)。例如，阴性对照样品可以是不含gitr蛋白的样品，阳性对照样品是含有gitr蛋白的样品。将结果与阴性和阳性对照比较可以确认生物样品中gitr的有无。
在一个实施方案中，通过免疫组化评估肿瘤组织样品中的gitr表达。该技术允许检测特定细胞类型(例如treg细胞，例如肿瘤内的treg细胞)和肿瘤细胞上的gitr。
一般的免疫组化方法在本领域中是公知的。进行免疫组化的具体条件、考虑和指导描述于例如immunohistochemicalstainingmethods6thedition2013,taylorcr,rudbeckl,eds.,dakonorthamerica,可以在www.dako.com作为教育指导获得；"immunohistochemicalstainingmethodguide")。免疫组化染色可以在固定的组织切片或冷冻组织切片上进行。当使用固定的组织切片，例如福尔马林固定石蜡包埋(ffpe)组织切片时，该过程通常包括以下步骤：获得肿瘤组织样品(例如通过活组织检查)，固定肿瘤样品；包埋(例如在石蜡中)；切片和封固；抗原修复；与第一抗体(例如，本文所述的嵌合6g10抗体)温育，检测(例如在扩增抗原/抗体复合物信号之后)和由病理学家解读(例如使用本领域认可的评分系统)。
合适的非限制性固定剂包括例如多聚甲醛、戊二醛、甲醛、乙酸、丙酮、四氧化锇、铬酸、氯化汞、苦味酸、醇(例如甲醇、乙醇)、gendre氏液、rossman氏液、b5固定剂、bouin氏液、carnoy氏固定剂、和甲氧基乙酰苯胺(methacarn)。在一个优选的实施方案中，将肿瘤样品固定在甲醛中(例如10％缓冲的福尔马林，其对应于缓冲溶液中4％的甲醛)。一旦固定，使用酒精或二甲苯将肿瘤样品连续脱水，包埋在石蜡中，并用切片机切割以产生肿瘤组织切片(例如，厚度约4-5μm)，然后将其封固到显微镜载玻片上(例如，涂有粘合剂的玻璃载玻片)。
示例性的包埋材料包括石蜡、火棉胶、octtm包埋剂、琼脂、塑料或丙烯酸树脂。在一个优选的实施方案中、包埋剂是石蜡。
抗原修复可以使用本领域已知的任何方法进行。抗原修复处理可能涉及加热(例如，热诱导的表位修复(hier))，如实施例3中所述的那样，或酶促降解(蛋白水解诱导的表位修复(pier))。示例性的抗原修复方法包括微波加热、蛋白水解处理(例如用蛋白酶k)、压力锅加热和水浴加热。《免疫组化染色方法》(immunohistochemicalstaining)指南的第3章描述了抗原修复的详细的通用方法。在某些实施方案中，通过hier结合市售抗原修复缓冲液(如实施例3中所述)进行抗原修复。
本文所述的方法使用抗gitr抗体来检测人gitr蛋白的表达水平。在某些实施方案中，诊断性抗gitr抗体包含分别在seqidno:5-7和8-10中示出的重链和轻链可变区cdr序列，分别在seqidno:11和12中示出的重链和轻链可变区序列，或者分别在seqidno:13和14中示出的抗体6g10(一种全人抗gitr抗体)的全长重链和轻链序列，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性地结合人gitr，如上所述。在某些实施方案中，所述重链缺少c端赖氨酸。在一些实施方案中，抗gitr抗体是包含抗体6g10的可变区、但包含非人恒定区(例如小鼠恒定区)的嵌合抗体，例如包含分别在seqidno:15和16中示出的重链和轻链序列的嵌合6g10抗体。在某些实施方案中，嵌合抗体的重链缺少c端赖氨酸。此类抗体对于检测肿瘤组织切片中的gitr表达特别有用(参见例如实施例3)。
可以使用直接或间接方法检测组织、例如肿瘤样品中的gitr蛋白质表达。例如，第一抗体可以包含可检测模块，例如如本文所述的辣根过氧化物酶(hrp)或荧光标记(例如fitc，tritc)。在某些实施方案中，第一抗体本身不包含可检测模块，但通过第二抗体与其结合而被检测，用于间接免疫组化。因此，在某些实施方案中，第二抗体包含可检测标记，例如酶标记，显色标记或荧光标记。在某些实施方案中，第一抗体是包含人可变区序列和非人fc区的嵌合抗体。第二抗体可用于识别第一抗体的非人fc区，以减少背景染色。
在一些实施方案中，可使用亲和素-生物素复合物方法(abc方法)检测gitr蛋白质表达。在这些实施方案中，第二抗体是生物素化的，并且可以充当第一抗体和生物素-亲和素-过氧化物酶复合物之间的桥梁。用于免疫组化的其他合适的非限制性方法包括在免疫组化染色方法(immunohistochemicalstainingmethod)指南的第6章中描述的那些方法，例如chilosietal.,biotechhistochem1994；69:235；sabattinietal.,jclinpathol1998；51:506-11和grossetal.,jbc1959；234:1622中描述的方法。
用于制备和染色冷冻组织切片的一般方法是本领域公知的，并且描述于,例如：免疫组化染色方法指南；immunohistochemistryandmethods(buchwalowandbocker，springer-verlagberlinheidelberg2010)的第3章；theoryandpracticeofhistologicaltechniques(bancroftandgamble,6thedition,elsevierltd.,2008)的第21章。冷冻组织切片染色可以如实施例3所述进行。
gitr蛋白质可以如实施例中所述的那样检测。
在一些实施方案中，可以进一步使用公知的技术中的方法对如本文描述的那样用抗gitr抗体染色的玻片进行复染，例如用苏木精和/或曙红进行复染。
在解读步骤中，可以使用本领域公认的评分方法对通过免疫组化检测到的gitr蛋白质表达评分。评分方法的非限制性例子如下所述。
例如，在一些实施方案中，gitr表达的评分使用h评分(组织化学评分)系统，由于其动态范围，且使用加权百分位数，该系统在本领域中有广泛的应用。h评分是一种基于下式的半定量评分系统：3×强烈染色(3+染色)细胞的百分比+2×中度染色(2+染色)细胞的百分比+1×弱染色(1+染色)细胞的百分比+0×无染色(0染色)细胞的百分比，给出的分数范围为0至300。参见例如，mccartyetal.,cancerres1986；46:4244-8；bosmanetal.,jclinpathol1992；45:120-4；diesetetal.,analytquantcytolhistol1996；18:351-4。对照组织可以包括，例如，来自相同受试者的匹配的非肿瘤组织。因此，在一些实施方案中，使用本文的抗gitr抗体gitr染色阳性的细胞的数目，以及染色的强度，可以用于确定h评分。
在其它实施方案中，使用allred评分系统评估gitr表达(allredetal.,modpathol1998；11:155-68；harveyetal.,jclinoncol1999；17:1474-91)。这个评分系统涉及将比例和强度分数相加来得到总分。因此，在一些实施方案中，基于gitr阳性肿瘤细胞的估计比例来获得比例分数(0:无；1:<1/100；2:1/100至1/10；3:1/10至1/3；4:1/3至2/3；5:>2/3)，并且基于阳性肿瘤细胞中gitr表达的平均强度来获得强度得分(0:无；1:弱，2:中等，3:强)。因此，allred分数范围是从0到8，3到8范围内的分数视为阳性(即，阳性检测)。因此，在一些实施方案中，gitr染色的allred评分为3至8的肿瘤，例如，allred得分为3，4，5，6，7，或8的肿瘤，被认为是gitr阳性肿瘤。
在其他实施方案中，评分系统是自动化的，例如计算机化的，并通过图像分析进行定量。自动化方法在本领域中是众所周知的。例如，可以如例如choudhuryetal.,jhistochemcytochem2010；58:95-107,rizzardietal.,diagnosticpathology2012；7:42-52中所述计算平均阈值测量(atm)得分，该得分获得255个染色强度水平的平均值。另一种自动化评分系统是
因此，本文提供了用于确定癌症患者的肿瘤是否为gitr阳性和/或包含gitr阳性细胞的方法，包括使来自患者的肿瘤样品与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr。
本文还提供了用于确定癌症患者的肿瘤是否为gitr阳性和/或包含gitr阳性细胞的方法，包括：
(a)使来自患者的肿瘤样品与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr，和
(b)检测所述样品中所述抗体与gitr的结合。
本文还提供了用于确定癌症患者的肿瘤是否为gitr阳性和/或包含gitr阳性细胞的方法，其包括：
(a)使来自患者的肿瘤样品与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno:8-10所示的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr，
(b)检测所述样品中所述抗体与gitr的结合，
(c)确定所述样品中gitr蛋白质表达水平，其中高于阈值水平(例如使用给定检测方法的检测水平)的gitr蛋白质水平指示该肿瘤是gitr阳性肿瘤。
本文还提供了用于鉴定组织(例如肿瘤)样品中的gitr阳性细胞的方法，包括：
(a)使来自患者的组织(例如肿瘤)样品与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；和
(b)检测抗体与组织(例如肿瘤)样品的特定或单个细胞上gitr的结合；并且任选地
(c)染色组织(例如肿瘤)样品，例如用给定细胞类型的标志物(例如cd3，cd4，cd8，cd25或foxp3标志物)和/或用苏木精和伊红染色，以鉴定在步骤(b)中鉴定为gitr阳性的细胞。
步骤(c)允许将gitr阳性细胞鉴定为，例如，t细胞，如treg细胞或肿瘤细胞。因此，本文提供了以下方法：
用于在组织(例如肿瘤)样品中检测表达gitr的t细胞的存在和/或鉴定表达gitr的t细胞的数目，和/或组织(例如肿瘤)样品的t细胞上的gitr的水平的方法，包括：
(a)使组织(例如肿瘤)样品，例如来自受试者的组织(例如肿瘤)样品，与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；和
(b)检测所述抗体与所述组织(例如肿瘤)样品的t细胞上的gitr的结合；并且任选地
(c)染色组织(例如肿瘤)样品，例如用给定细胞类型的标志物(例如cd3、cd4、cd8、cd25或foxp3标志物)和/或用苏木精和伊红染色，以鉴定在步骤(b)中鉴定为gitr阳性的细胞。
一种用于在组织(例如，肿瘤)样品中检测表达gitr的treg细胞的存在和/或鉴定表达gitr的treg细胞的数目，和/或组织(例如，肿瘤)样品的treg细胞上gitr水平的方法，包括：
(a)使组织(例如肿瘤)样品，例如来自受试者的组织(例如肿瘤)样品，与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；和
(b)检测所述抗体与所述组织(例如肿瘤)样品的treg细胞上的gitr的结合；并且任选地
(c)染色组织(例如肿瘤)样品，例如用treg细胞的标志物(例如foxp3标志物)和/或用苏木精和伊红染色，以鉴定在步骤(b)中鉴定为gitr阳性的treg细胞。
一种用于在组织(例如，肿瘤)样品中检测表达gitr的teff细胞的存在和/或鉴定表达gitr的teff细胞的数目，和/或组织(例如，肿瘤)样品的teff细胞上gitr水平的方法，包括：
(a)使组织(例如肿瘤)样品，例如来自受试者的组织(例如肿瘤)样品，与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7所示的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；和
(b)检测所述抗体与所述组织(例如肿瘤)样品的teff细胞上的gitr的结合；并且任选地
(c)染色组织(例如肿瘤)样品，例如用teff细胞的标志物(例如foxp3标志物)和/或用苏木精和伊红染色，以鉴定在步骤(b)中鉴定为gitr阳性的teff细胞。
一种用于在组织(例如，肿瘤)样品中检测表达gitr的treg细胞和teff细胞的存在和/或鉴定表达gitr的treg细胞和teff细胞的数目，和/或组织(例如，肿瘤)样品的treg细胞和teff细胞上gitr水平的方法，包括：
(a)使组织(例如肿瘤)样品，例如来自受试者的组织(例如肿瘤)样品，与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；和
(b)检测所述抗体与所述组织(例如肿瘤)样品的treg细胞和teff细胞上的gitr的结合；并且任选地
(c)染色组织(例如肿瘤)样品，例如用treg细胞和teff细胞的标志物(例如cd3、cd4、cd8、cd25和/或foxp3标志物)和/或用苏木精和伊红染色，以鉴定在步骤(b)中鉴定为gitr阳性的treg细胞和teff细胞。
一种用于在肿瘤样品中检测表达gitr的肿瘤细胞的存在和/或鉴定表达gitr的肿瘤细胞的数目，和/或肿瘤样品的肿瘤细胞上gitr水平的方法，包括：
(a)使肿瘤样品，例如来自受试者的肿瘤样品，与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7所示的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；和
(b)检测所述抗体与所述肿瘤样品的肿瘤细胞上的gitr的结合；并且任选地
(c)染色肿瘤样品，例如用肿瘤细胞或其他细胞类型的标志物和/或用苏木精和伊红染色，以鉴定在步骤(b)中鉴定为gitr阳性的肿瘤细胞。
一种用于在组织(例如，肿瘤)样品中检测表达gitr的肿瘤细胞与treg细胞的存在和/或鉴定表达gitr的肿瘤细胞与treg细胞的数目，和/或组织(例如，肿瘤)样品的肿瘤细胞与treg细胞上的gitr的水平的方法，包括：
(a)使组织(例如肿瘤)样品，例如来自受试者的组织(例如肿瘤)样品，与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；和
(b)检测所述抗体与所述组织(例如肿瘤)样品的肿瘤细胞与treg细胞上的gitr的结合；并且任选地
(c)染色组织(例如肿瘤)样品，例如用肿瘤细胞和treg细胞的标志物(例如foxp3标志物)和/或用苏木精和伊红染色，以鉴定在步骤(b)中鉴定为gitr阳性的肿瘤细胞和treg细胞。
一种用于在组织(例如，肿瘤)样品中检测表达gitr的肿瘤细胞、treg细胞和teff细胞的存在和/或鉴定表达gitr的肿瘤细胞、treg细胞和teff细胞的数目，和/或组织(例如，肿瘤)样品的肿瘤细胞、treg细胞和teff细胞上gitr水平的方法，包括：
(a)使组织(例如肿瘤)样品，例如来自受试者的组织(例如肿瘤)样品，与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：包含分别在在seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1，cdr2、cdr3，以及包含分别在seqidno：8-10中示出的氨基酸序列的轻链可变区cdr1，cdr2、cdr3；其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；和
(b)检测所述抗体与所述组织(例如肿瘤)样品的肿瘤细胞、treg细胞和teff细胞上的gitr的结合；并且任选地
(c)染色组织(例如肿瘤)样品，例如用肿瘤细胞、treg细胞和/或teff细胞的标志物(例如cd3、cd4、cd8、cd25和/或foxp3标志物)和/或用苏木精和伊红染色，以鉴定在步骤(b)中鉴定为gitr阳性的肿瘤细胞、treg细胞和teff细胞。
示例性的肿瘤标志物包括、例如、erbb受体、melana[mart1]、gp100、酪氨酸酶、trp-1/gp75、trp-2、mage-1、mage-3、hpve6和e7蛋白、粘蛋白[muc-1]、前列腺特异性抗原[psa]、癌胚抗原[cea]、pia肿瘤抗原、mage-2、mage-4、mage-6、mage-10、mage-12、bage-1、cage-1,2,8、cage-3至7、lage-1、ny-eso-1/lage-2、na-88、gntv和trp2-int2。
treg细胞表面标志物包括cd4、cd25和foxp3。
在某些实施方案中，使用检测方法的组合来增加将肿瘤指定为gitr阳性或gitr阴性的准确性。例如，在一个实施方案中，使用免疫组化和荧光原位杂交(fish)的组合来将肿瘤分型为gitr阳性或阴性。这种方法已经被用来例如优化her-2/neu测试。参见例如ridolfietal.,modpathol2000；13:866-73。
本文所述的任何基于抗体的检测方法可以组合使用，或者与基于rna的检测方法，例如rnascope和定量pcr结合使用。
上述检测方法通常结合参照或对照样品进行。在一些实施方案中，对照样品是匹配的正常组织的切片(section)。在一些实施方案中，对照或参照样品源自未患有表达gitr的肿瘤或癌症的受试者(例如，健康受试者)。这样的样品可以提供生物样品中表达gitr的细胞的量的标准化参考。
示例性的预后方法
本文提供用于鉴定可能对抗gitr免疫疗法有响应的癌症患者、或预测癌症患者是否将对抗gitr免疫疗法有响应的方法，其包括：
(a)使来自患者的肿瘤样品与抗gitr抗体或其抗原结合部分接触，
(b)检测该抗体与该肿瘤样品中gitr的结合，
(c)确定该样品中gitr蛋白质表达的水平，其中高于阈值水平的gitr蛋白质水平表明该肿瘤是gitr阳性肿瘤，并且该患者可能或预测对抗gitr免疫疗法有响应。在某些实施方案中，检测或监测特定免疫细胞(例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，例如t细胞，如treg细胞)上，例如肿瘤中的特定免疫细胞上的gitr表达水平，并且例如确定受试者对抗gitr疗法有响应的可能性。在某些实施方案中，检测或监测肿瘤细胞上gitr的表达水平，并且例如确定受试者对抗gitr疗法响应的可能性。
在某些实施方案中，抗gitr抗体是这样的抗体，其包含：分别在seqidno:5-7和8-10中示出的重链和轻链可变区cdr序列；分别在seqidno:11和12中示出的重链和轻链可变区序列；或分别在seqidno:13和14中示出的抗体6g10(一种全人抗gitr抗体)的全长重链和轻链序列，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性地结合人gitr。在某些实施方案中，所述重链缺少c端赖氨酸。在一些实施方案中，所述抗gitr抗体是嵌合抗体，其包含抗体6g10的可变区，但包含非人恒定区(例如小鼠恒定区)，例如包含分别在seqidno:15和16中示出的重链和轻链序列的嵌合6g10抗体。在某些实施方案中，嵌合抗体的重链缺少c端赖氨酸。在某些实施方案中，通过免疫组化检测gitr表达，如上所述。在一个实施方案中，将免疫组化与其他检测方法例如fish组合。
在某些实施方案中，将肿瘤样品制备成ffpe切片。在其他实施方案中，将肿瘤样品制备成冷冻组织切片。
在一些实施方案中，如果肿瘤或其中的免疫细胞(例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，例如treg细胞)的样品与来自同一癌症患者的匹配的正常组织或免疫细胞(例如treg细胞)相比具有更多的gitr阳性细胞，则认为该肿瘤是gitr阳性的，并且可能受益于抗gitr免疫疗法。
在某些实施方案中，如果肿瘤样品中gitr阳性细胞(例如免疫细胞，例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，如treg细胞)和/或肿瘤细胞的数目超过阈值水平，则该患者可能受益于或者预计可受益于抗gitr免疫疗法。阈值水平可以是用给定检测系统(例如免疫组化，如本文进一步描述的，例如见实施例)测得的最低的gitr的水平。在某些实施方案中，如果在使用前文所述的本领域公知的评分系统的条件下，肿瘤样品中gitr阳性细胞(例如免疫细胞，例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，如treg细胞)和/或肿瘤细胞的数目超过阈值数目或比例，则该患者可能受益于或者预测可受益于抗gitr免疫疗法。因此，在一些实施方案中，在使用前文所述的本领域公知的评分系统的条件下，gitr阳性细胞的数目或比例超过某个阈值数目或比例，并被定义为“gitr阳性”。
在某些实施方案中，如果肿瘤样品的肿瘤的细胞(例如肿瘤细胞和/或免疫细胞(例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，如treg细胞)有至少1％，例如至少5％，至少10％，至少15％，至少20％，至少25％，至少30％，至少35％，至少40％，至少45％，至少50％，至少55％，至少60％，至少65％，至少70％，至少75％，至少80％，至少90％，或至少95％表达gitr蛋白，则该样品指定为“gitr阳性”，并表明癌症患者对抗gitr免疫疗法可能有响应或预测有响应。
在一些实施方案中，计算肿瘤样品的h分数。因此，在某些实施方案中，h评分为至少5，如至少10，至少15，至少20，至少25，至少30，至少40，至少50，至少60，至少70，至少80，至少90，至少100，至少125，至少150，至少175，至少200，至少225，至少250，至少275或至少290的肿瘤样品被指定为“gitr阳性”，并且表明癌症患者可能或预测对抗gitr免疫疗法有响应。分数可基于肿瘤中的全部细胞或特定类型的细胞(例如免疫细胞，例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，如treg细胞和/或肿瘤细胞)来计算。
在一些实施方案中，计算肿瘤样品的allred分数。因此，在某些实施方案中，allred评分为至少3，例如至少4，至少5，至少6，至少7或8的肿瘤样品被指定为“gitr阳性”并且指示癌症患者可能或预测对抗gitr免疫疗法有响应。分数可基于肿瘤中的全部细胞或特定类型的细胞(例如免疫细胞，例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，如treg细胞和/或肿瘤细胞)来计算。
在一些实施方案中，计算aqua分数。因此，在某些实施方案中，aqua评分为至少5，例如至少10，至少15，至少20，至少25，至少30，至少40，至少50，至少70，至少80，至少90，至少100，至少125，至少150，至少175，至少200，至少225或至少250的肿瘤样品被指定为“gitr-阳性“并且表明癌症患者可能或预测对抗gitr免疫疗法有响应。评分可基于肿瘤中的全部细胞或特定类型的细胞(例如免疫细胞，例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，如treg细胞和/或肿瘤细胞)来计算。
在某些实施方案中，使用上述评分系统之一与另一检测模态(例如fish)的组合来增加确定肿瘤是gitr阳性还是gitr阴性的准确性。
在某些实施方案中，患者具有选自下组的癌症：鳞状细胞癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、鳞状非小细胞肺癌(nsclc)、非鳞状nsclc、神经胶质瘤、胃肠癌、肾癌(例如透明细胞癌)、卵巢癌、肝癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、肾癌(例如，肾细胞癌(rcc))、前列腺癌(例如激素难治性前列腺腺癌)、甲状腺癌、神经胚细胞瘤、胰腺癌、神经胶母细胞瘤(多形性神经胶母细胞瘤)、子宫颈癌、胃癌、膀胱癌、肝细胞瘤、乳癌、结肠癌及头颈癌(或癌瘤)、胃癌、生殖细胞肿瘤、儿科肉瘤、鼻窦天然杀伤、黑色素瘤(例如，转移性恶性黑色素瘤，例如皮肤或眼内恶性黑色素瘤)、骨癌、皮肤癌、子宫癌、肛区癌、睾丸癌、输卵管癌、子宫内膜癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、食道癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、儿童期实体肿瘤、输尿管癌、肾盂癌、中枢神经系统的新生物(cns)、原发性cns淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊轴肿瘤、脑癌、脑干胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西氏肉瘤(kaposi'ssarcoma)、表皮样癌、鳞状细胞癌、t细胞淋巴瘤、环境诱导的癌症(包括那些由石棉诱导者)、病毒相关癌症或病毒起源的癌症(例如，人乳头瘤病毒(hpv相关或起源的肿瘤))、及源自两种主要血细胞谱系(即骨髓细胞系(其产生粒细胞、红细胞、血栓细胞、巨噬细胞及肥大细胞)或淋巴细胞系(其产生b、t、nk及浆细胞))中的任一者的血液学恶性病，例如所有类型的白血病、淋巴瘤及骨髓瘤，例如急性、慢性、淋巴细胞性及/或骨髓性白血病，例如急性白血病(all)、急性骨髓性白血病(aml)、慢性淋巴细胞性白血病(cll)及慢性骨髓性白血病(cml)、未分化的aml(m0)、骨髓母细胞性白血病(m1)、骨髓母细胞性白血病(m2；细胞成熟)、前髓球性白血病(m3或m3变体[m3v])、骨髓单核细胞性白血病(具有嗜酸性粒细胞增多症的m4或m4变体[m4e])、单核细胞性白血病(m5)、红白血病(m6)、巨核母细胞性白血病(m7)、分离的粒细胞性肉瘤及绿色瘤；淋巴瘤，例如霍奇金氏氏淋巴瘤(hodgkin’slymphoma)(hl)、非霍奇金氏淋巴瘤(nhl)、b细胞血液学恶性病(例如b细胞淋巴瘤)、t细胞淋巴瘤、淋巴浆细胞样淋巴瘤、单核细胞样b细胞淋巴瘤、粘膜相关的淋巴组织(malt)淋巴瘤、退行性(例如，ki1+)大细胞淋巴瘤、成人t细胞淋巴瘤/白血病、套细胞淋巴瘤、血管免疫母细胞t细胞淋巴瘤、血管中心淋巴瘤、肠t细胞淋巴瘤、原发性纵膈b细胞淋巴瘤、前体t-淋巴母细胞性淋巴瘤、t-淋巴母细胞性；及淋巴瘤/白血病(t-lbly/t-all)、外周t细胞淋巴瘤、淋巴母细胞性淋巴瘤、移植后淋巴增殖病症、真实组织细胞性淋巴瘤、原发性中枢神经系统淋巴瘤、原发性积液淋巴瘤、b细胞淋巴瘤、淋巴母细胞性淋巴瘤(lbl)、淋巴谱系的造血性肿瘤、急性淋巴母细胞性白血病、弥漫性大b细胞淋巴瘤、伯基特氏淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、弥漫性组织细胞性淋巴瘤(dhl)、免疫母细胞大细胞淋巴瘤、前体b-淋巴母细胞性淋巴瘤、皮肤t细胞淋巴瘤(ctlc)(亦称作蕈样真菌病或塞扎里综合征(sezarysyndrome))及具有瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症(waldenstrom'smacroglobulinemia)的淋巴浆细胞样淋巴瘤(lpl)；骨髓瘤，例如igg骨髓瘤、轻链骨髓瘤、非分泌骨髓瘤、焖燃型骨髓瘤(亦称作无痛骨髓瘤)、孤立性浆细胞瘤及多发性骨髓瘤、慢性淋巴细胞性白血病(cll)、毛细胞淋巴瘤；类骨髓谱系的造血性肿瘤、间质起源的肿瘤(包括纤维肉瘤及横纹肌肉瘤)；精细胞瘤、畸形癌、中枢及周围神经肿瘤，包括星细胞瘤、神经鞘瘤；间质起源的肿瘤，包括纤维肉瘤、横纹肌肉瘤及骨肉瘤；及其他肿瘤，包括黑色素瘤、着色性干皮病、角质棘皮瘤、精细胞瘤、甲状腺滤泡性癌及畸形癌、淋巴谱系的造血性肿瘤，例如t细胞及b细胞肿瘤，包括但不限于t细胞病症，例如t前淋巴细胞性白血病(t-pll)，包括小细胞及脑回状细胞类型；优选t细胞类型的大的颗粒性淋巴细胞白血病(lgl)；a/dt-nhl肝脾淋巴瘤；外周/胸腺后t细胞淋巴瘤(多型及免疫母细胞亚型)；血管中心(鼻)t细胞淋巴瘤；头或颈癌、肾癌、直肠癌、甲状腺癌；急性类骨髓性淋巴瘤以及这些癌症的任何组合。在某些实施方案中，癌症是转移性癌症、难治性癌症、或复发性癌症。
一旦癌症患者已被鉴定为可能从抗gitr免疫治疗获益(即，具有gitr阳性肿瘤)，就可以用治疗性抗gitr抗体治疗患者(即，抗gitr免疫疗法)。
因此，本文提供使用本文中提供的抗gitr抗体和方法治疗具有gitr阳性肿瘤(如通过gitr蛋白表达水平确定的)的癌症患者的方法，包括向患者施用治疗有效量的抗gitr抗体或其抗原结合部分。
在一些实施方案中，用来确定gitr蛋白表达水平的抗gitr抗体是这样的抗体，其包含：分别在seqidno:5-7和8-10中示出的重链和轻链可变区cdr序列；分别在seqidno:11和12中示出的重链和轻链可变区序列；或者分别在seqidno:13和14中示出的抗体6g10(一种全人抗gitr抗体)的全长重链和轻链序列，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr。在某些实施方案中，重链缺少c端赖氨酸。在一些实施方案中，抗体是嵌合抗体，包含抗体6g10的可变区，但包含非人恒定区(例如，小鼠恒定区)，例如，分别包含如seqidno:15和16中示出的重链和轻链序列的嵌合6g10抗体。在某些实施方案中，嵌合抗体的重链缺少c端赖氨酸。在某些实施方案中，gitr表达是通过免疫组化检测的，如上所述。
在某些实施方案中，对于使用本文所述的方法确定为具有gitr阳性肿瘤(即，gitr阳性肿瘤细胞和/或免疫细胞，例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，如treg细胞)的癌症患者用任何调变gitr信号传导的作用剂(例如激动性抗gitr抗体)治疗，并导致例如t细胞活化的诱导和/或增强(例如t细胞il-2和/或ifn-γ产生的增加，和/或t细胞增殖的增加)，调节性t细胞的消耗等。因此，本文提供了治疗癌症患者的方法，其包括：
(a)使用本文所述的方法确定癌症患者的肿瘤(肿瘤细胞和/或免疫细胞，例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，例如treg细胞)是否为gitr阳性，例如使来自患者的肿瘤样品与抗体或其抗原结合部分接触，所述抗体或其抗原结合部分包含：分别包含seqidno:5-7中示出的氨基酸序列的重链可变区cdr1、cdr2、cdr3，以及分别包含seqidno:8-10所示的氨基酸序列的轻链可变区cdr1、cdr2、cdr3，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr，检测所述抗体与样品中gitr的结合，以及测定样品中gitr蛋白质表达的水平，其中，高于肿瘤细胞和/或其中的免疫细胞(例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，如treg细胞)中的阈值水平的gitr蛋白质水平指示肿瘤为gitr阳性，和
(b)如果肿瘤被确定为gitr阳性，则施用治疗有效量的调变gitr信号传导的作用剂，例如增加il-2、增加t细胞的ifn-γ产生、和/或增加t细胞的增殖和/或调节性t细胞的消耗的作用剂。
例如，在一个实施方案中，用治疗有效量的wo15187835(其内容通过引用并入本文)中公开的激动性抗gitr抗体治疗患者，例如具有下列抗体的重链及轻链可变区cdr、重链及轻链可变区、或重链及轻链的抗体：28f3、19d3、18e10、3c3-1、3c3-2、2g6、9g7-1、9g7-2、14e3、19h8-1、19h8-2和/或6g10，及其变体。表2中提供了pct专利申请wo15187835中公开的抗体的序列(参见seqidno:5-14和27-228)。患者也可以用任何其他抗gitr抗体治疗、例如trx518(leaptherapeutics)、mk-4166(merck)、lkz-145(novartis)、gwn-323(novartispharmaceuticalscorp.)、medi1873(medimmune)、inbrx-110(inhibrx)、gitr-fc蛋白(oncomed)，以及wo2006105021、wo2009009116、wo2011028683、us2014/0072565、us20140072566、us20140065152、wo2015031667、wo15184099、wo2015184099或wo2016054638中描述的抗体。
监测gitr阳性肿瘤/癌症的示例性方法
本文提供了用于监测癌症患者中表达gitr的肿瘤的方法。用于监测的方法可以以与用于确定癌症患者是否可能对上述抗gitr免疫疗法有响应的方法类似的方式进行。
可以监测完整组织，例如肿瘤或其特定细胞中gitr的存在。例如，可以监测肿瘤细胞和/或肿瘤浸润淋巴细胞(til)(例如treg细胞和teff细胞)上gitr的存在。
监测gitr存在(或表达)可以包括在两个或更多个时间点测定gitr存在。例如，可以从受试者获得第一和第二组织样品(并且确定gitr的存在和/或水平)，其中，例如，第一和第二组织样品在彼此3-7天，1周至3周，或1个月至3个月以内获得。还可以每周或每月获得组织样本以确定gitr的存在和/或水平。
因此，在某些实施方案中，用于监测癌症患者中表达gitr的肿瘤的方法包括：
(a)在第一时间点使用抗gitr抗体或其抗原结合部分检测组织(例如肿瘤)样品中的gitr蛋白质表达，
(b)确定第一时间点的gitr蛋白表达水平，
(c)在第二时间点使用与步骤(a)中使用的相同的抗体检测组织(例如肿瘤，其可以是与在第一时间点活检的肿瘤相同的肿瘤)样品中的gitr蛋白质表达，和
(d)确定来自第二时间点的肿瘤中gitr蛋白质表达的水平。
还提供了用于监测癌症患者中表达gitr的肿瘤的方法，包括：
(a)在第一时间点使用抗gitr抗体或其抗原结合部分检测组织(例如肿瘤)样品中的treg细胞中的gitr蛋白质表达，
(b)确定第一时间点的gitr蛋白表达水平，
(c)在第二时间点使用与步骤(a)中使用的相同的抗体检测组织(例如肿瘤，其可以是与在第一时间点活检的肿瘤相同的肿瘤)样品中的treg细胞中的gitr蛋白质表达，
(d)确定来自第二时间点的肿瘤中的treg细胞中的gitr蛋白质表达的水平。
还提供了用于监测癌症患者中表达gitr的肿瘤的方法，包括：
(a)在第一时间点使用抗gitr抗体或其抗原结合部分检测组织(例如肿瘤)样品中的teff细胞中的gitr蛋白质表达，
(b)确定第一时间点的gitr蛋白表达水平，
(c)在第二时间点使用与步骤(a)中使用的相同的抗体检测组织(例如肿瘤，其可以是与在第一时间点活检的肿瘤相同的肿瘤)样品中的teff细胞中的gitr蛋白质表达，
(d)确定来自第二时间点的肿瘤中的teff细胞中的gitr蛋白质表达的水平。
还提供了用于监测癌症患者中表达gitr的肿瘤的方法，包括：
(a)在第一时间点使用抗gitr抗体或其抗原结合部分检测肿瘤样品中的肿瘤细胞中的gitr蛋白质表达，
(b)确定第一时间点的gitr蛋白表达水平，
(c)在第二时间点使用与步骤(a)中使用的相同的抗体检测肿瘤样品(可以是与在第一时间点活检的肿瘤相同的肿瘤)中的肿瘤细胞中的gitr蛋白质表达，
(d)确定来自第二时间点的肿瘤中的肿瘤细胞中的gitr蛋白质表达的水平。
在某些方法中，确定treg细胞和/或teff细胞和/或肿瘤细胞中gitr的存在和/或水平。
因此，在某些实施方案中，用于监测癌症患者中表达gitr的肿瘤的方法包括：
(a)在第一时间点使用抗gitr抗体或其抗原结合部分检测gitr阳性肿瘤中的gitr蛋白质表达，
(b)确定第一时间点的gitr蛋白表达水平，
(c)在第二时间点使用步骤(a)中使用的相同抗体检测肿瘤中的gitr蛋白质表达，
(d)确定来自第二时间点的肿瘤中gitr蛋白质表达的水平；和
(e)比较在第一和第二时间点测定的gitr蛋白质表达水平。
gitr表达可以在肿瘤细胞和/或免疫细胞，例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，例如肿瘤内的treg细胞和/或teff细胞中测定。第一时间点相对于第二时间点的水平更高可以指示肿瘤消退，第一时间点相对于第二时间点的得分较低可以指示肿瘤进展，并且在第一时间点的相对不变的水平相对于第二时间点的时间点可以指示肿瘤稳定。
在某些实施方案中，用于确定gitr蛋白表达水平的抗gitr抗体是这样的抗体，其包含：分别在seqidno:5-7和8-10中示出的重链和轻链可变区cdr序列；分别在seqidno:11和12中示出的重链和轻链可变区序列；或者分别在seqidno:13和14中示出的抗体6g10(一种全人抗gitr抗体)的全长重链和轻链序列，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr。在某些实施方案中，重链缺少c端赖氨酸。在一些实施方案中，抗体是嵌合抗体，其包含抗体6g10的可变区，但包含非人恒定区(例如小鼠恒定区)，例如包含分别在seqidno:15和16中示出的重链和轻链序列的嵌合6g10抗体。在某些实施方案中，嵌合抗体的重链缺少c端赖氨酸。在一个优选的实施方案中，如本文所述通过免疫组化进行gitr表达的检测。在一些实施方案中，如本文所述使用选自下组的评分系统来确定gitr蛋白质表达水平：h评分系统，allred评分系统，
此类监测方法也可用于确定抗gitr免疫疗法是否可能有效。
因此，本文提供了用于监测具有gitr阳性肿瘤的患者中的抗gitr免疫疗法的功效的方法，包括：
(a)在启动抗gitr免疫疗法之后的第一时间点使用抗gitr抗体检测gitr阳性肿瘤中的gitr蛋白质表达，
(b)确定来自第一时间点的肿瘤中的gitr蛋白表达水平，
(c)在启动抗gitr免疫疗法之后的第二时间点使用步骤(a)中使用的相同抗体检测gitr阳性肿瘤中的gitr蛋白质表达，
(d)确定来自第二时间点的肿瘤中gitr蛋白质表达的水平；和
(e)比较在第一和第二时间点测定的gitr蛋白质表达水平，其中第一时间点相对于第二时间点的水平较高可指示抗gitr免疫疗法有效，第一时间点相对于第二时间点的分数较低指示抗gitr免疫疗法无效，并且第一时间点相对于第二时间点的分数未改变可指示抗gitr免疫疗法在起稳定化作用。gitr表达可以在肿瘤内的肿瘤细胞和/或免疫细胞(例如肿瘤浸润淋巴细胞(til)，如treg细胞)中测定。
在某些实施方案中，用于确定gitr蛋白表达水平的抗gitr抗体是这样的抗体，其包含：分别在seqidno:5-7和8-10中示出的重链和轻链可变区cdr序列；分别在seqidno:11和12中示出的的重链和轻链可变区序列；或者分别在seqidno:13和14中示出的抗体6g10(一种全人抗gitr抗体)的全长重链和轻链序列，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr。在某些实施方案中，重链缺少c端赖氨酸。在一些实施方案中，抗体是嵌合抗体，其包含抗体6g10的可变区，但包含非人恒定区(例如小鼠恒定区)，例如包含分别在seqidno:15和16中示出的重链和轻链序列的嵌合6g10抗体。在某些实施方案中，嵌合抗体的重链缺少c端赖氨酸。在一个优选的实施方案中，如本文所述，通过免疫组织化学进行gitr表达的检测。在一些实施方案中，如本文所述，使用选自下组的评分系统来确定gitr蛋白质表达水平：h评分系统，allred评分系统，
在某些实施方案中，抗gitr免疫疗法包括向癌症患者施用治疗有效量的wo15187835(其内容通过引用并入本文)中公开的抗gitr抗体，例如具有下述抗体的重链和轻链可变区cdr、重链和轻链可变区、或重链和轻链的抗体：28f3、19d3、18e10、3c3-1、3c3-2、2g6、9g7-1、9g7-2、14e3、19h8-1、19h8-2、和/或6g10，及其变体。表2中提供了pct专利申请wo15187835中公开的抗体序列(参见seqidno:5-14和27-228)。也可以用任何其它抗gitr抗体治疗患者，例如trx518(leaptherapeutics)，mk-4166(merck)，lkz-145(novartis)，gwn-323(novartispharmaceuticalscorp.)，medi1873(medimmune)，inbrx-110(inhibrx)，gitr-fc蛋白(oncomed)和wo2006105021，wo2009009116，wo2011028683，us2014/0072565，us20140072566，us20140065152，wo2015031667，wo15184099，wo2015184099或wo2016054638中描述的抗体。
在某些实施方案中，可以在初次诊断后(即，在确定肿瘤是gitr阳性后)，例如初次诊断后1个月，初次诊断后2个月，初次诊断后3个月，初次诊断后4个月，初次诊断后5个月，初次诊断后6个月，初次诊断后1年等，重复地监测表达gitr的肿瘤的状态。在其他实施方案中，可以在启动抗gitr免疫治疗后，如启动治疗一个月后，启动治疗后两个月后，启动治疗后三个月后，启动治疗四个月后，启动治疗五个月后，启动治疗六个月后，启动治疗一年后等，重复地监测针对表达gitr的肿瘤的抗gitr免疫疗法的功效。
诊断试剂盒
本文提供了试剂盒，其包括本文所述的诊断性抗gitr抗体以及使用说明。相应地，在一些实施方案中，试剂盒包括这样的抗体，其包含：分别在seqidno:5-7和8-10中示出的重链和轻链可变区cdr序列，分别在seqidno:11和12中示出的的重链和轻链可变区序列，其中所述抗体或其抗原结合片段特异性结合人gitr；或者分别在seqidno:13和14中示出的抗体6g10的全长重链和轻链序列。在某些实施方案中，重链缺少c端赖氨酸。在一些实施方案中，抗体是嵌合抗体，其包含抗体6g10的可变区，但包含非人恒定区(例如小鼠恒定区)，例如包含分别在seqidno:15和16中示出的重链和轻链序列的嵌合6g10抗体。在某些实施方案中，嵌合抗体的重链缺少c端赖氨酸。在某些实施方案中，抗体包含可检测标记，例如抗体-标志物缀合物。这样的试剂盒可以包含至少一种另外的试剂。例如、在某些实施方案中、试剂盒包含缓冲液、稳定剂、底物、免疫检测试剂(例如用于免疫组织化学的第二抗体)和/或测定所需的辅因子。在某些实施方案中，抗体，任选地还有试剂，被适当地分成等份。在某些实施方案中，试剂盒包含用于从癌症患者获得生物样品的手段。这样的手段可以包括，例如，可以用于从癌症患者获得流体或组织样品的试剂。
通过以下实施例进一步说明本公开内容，这些实施例不应被解释为进一步的限制。将本申请通篇引用的所有附图和所有参考文献，genbank序列，专利和公开的专利申请的内容明确地通过引用并入本文。具体而言，将wo15187835的公开内容明确地通过引用并入本文。
实施例
实施例1：6g10抗体的生成
人抗gitr抗体6g10是在免疫humab转基因小鼠(“humab”是medarex，inc.，princeton，newjersey的商标)及km小鼠(
实施例2：6g10抗体的结合特性
通过biacore测定6g10抗体与可溶性gitr的结合。将6g10抗体捕获在人κ包被的芯片(～5kru；southernbiotech)上，让重组人gitr(rhgitr/fc：r&dsystems)以500nm、250nm、125nm、62nm和31nm的浓度流过芯片。抗体/体积的捕获浓度为2-40μg/ml(5μl，10μl/min)。抗原缔合时间在15μl/min下为5分钟，抗原解离时间为6分钟，用50mmhcl/50mmnaoh(各12μl，100μl/分钟)进行再生。6g10显示与可溶性人gitr结合的kd为1.87×10-9m，其中ka为3.83×105m-1s-1，kd为7.15×10-4s-1。
实施例3：用嵌合6g10抗体对癌组织进行免疫组化
用两种免疫组化(ihc)技术检测组织切片中的gitr：一种ihc方法在福尔马林固定石蜡包埋(ffpe)组织切片上进行，另一种在冷冻组织切片上进行。
在这些ihc方法中已经测试过几种抗gitr抗体，6g10一直是较好的。
为了检测人组织中的gitr表达，制备了6g10抗体的一种荧光标记形式，命名为6g10-fitc。为了进一步开发用户和临床友好的方法，将6g10抗体改造成小鼠嵌合igg2a形式，并优化以便使用leicabondrx平台进行自动化免疫组化。嵌合6g10抗体的重链和轻链序列分别在图5和6中以及表2中示出。重链可以含有或不含有c端赖氨酸。
简而言之，将载玻片按照常规组织学程序脱蜡和复水，然后手工实施hier(热诱导的抗原修复)：使用decloakingchamber(biocaremedical)，110℃，ph6靶修复缓冲液(dako)，历时10分钟。然后将载玻片加载到leicabondrx自动免疫组化染色器上。将组织切片与0.5μg/ml的嵌合6g10抗体温育60分钟，然后用leicabondpolymerrefinedetectionsystem(ds9800)按照制造商的说明进行检测。简言之，将组织切片与兔抗小鼠接头(leica)温育30分钟，并与novolinkmaxpolymer(leica)温育30分钟。最后，将载玻片与dab底物-发色团溶液反应6分钟。然后按照常规组织学程序将载玻片用mayer苏木精复染，脱水，透明，并用permount盖玻片封片。使用补充有0.5％hu-γ-球蛋白(sigma)的dako蛋白质封闭剂来封闭非特异性结合，并且使用补充有0.5％人γ球蛋白和0.5％bsa的pbs作为第一和第二抗体的稀释剂。
为了剖析肿瘤浸润淋巴细胞(tils)，使用针对cd3(t细胞标志物)和foxp3(调节性t细胞标志物)的市售单克隆抗体来染色相邻的切片。使用自制的改造小鼠嵌合人抗klhigg2a和市售的小鼠igg1作为阴性对照抗体。使用稳定表达人gitr的hek-293t细胞和增生的人扁桃体组织切片作为阳性对照。5种肿瘤类型的ffpe组织样品购自组织供应商，每种肿瘤类型有13～26个病例。
免疫染色后，在光学显微镜下检查载玻片。对于gitr和til的评分，使用
表1总结了宫颈癌(cc)、黑色素瘤(mel)、肝细胞癌(hcc)、结直肠癌(crc)和头颈部鳞状细胞癌(hnscc)中gitr阳性til的分布。通过在显微镜的20倍物镜下估计阳性细胞数来手动评分13至26例。最小：每个20x的物镜视野<1个细胞；轻微：每个20x的物镜视野1～10个细胞；中等：每个20x的物镜视野10～50个细胞；明显：每个20x的物镜视野50～200个细胞；强烈：每个20x的物镜视野>200个细胞。整个肿瘤切片的1/3以上符合上述标准。
表1
在增生的扁桃体中，强的分散的阳性细胞，以及分散的上皮浸润淋巴细胞，分布于滤泡间区和生发中心。更多的阳性细胞倾向于分布在表皮下mnc的局灶性聚簇中。cd3+til存在于所检查的所有癌症样品中，尽管其数量在各种癌症之间不同，而且在同一组织内的分布是不均匀的。cd8+til存在于绝大多数组织中。在检查的多种癌症中，gitr阳性染色存在于一小部分til中。一般而言，gitr+细胞的丰度与til的丰度成正比。gitr阳性til在宫颈癌(cc)，黑色素瘤(mel)和肝细胞癌(hcc)中丰富，在结直肠癌(crc)和头颈部鳞状细胞癌(hnscc)中也可见一些染色，其中宫颈鳞状细胞癌显示染色最为丰富。
在nsclc(非小细胞肺癌)、cc、hnscc和hcc中的肿瘤细胞中也观察到gitr阳性染色(图7)。在nsclc和cc中，通过与gitr融合蛋白温育后染色被完全置换而证实了染色的特异性。
还对冷冻组织样品进行了免疫组化。将5μm的冷冻切片机切片用丙酮固定10分钟，并在室温下使用间接免疫过氧化物酶方法进行免疫染色。为了用cd3(t细胞标记)、cd8(细胞毒性t细胞标记)和foxp3(调节性t细胞标记)单克隆抗体进行染色，将载玻片用10％nbf进一步固定2分钟。为了用6g10-fitc和huigg2-fitc染色，将载玻片浸入10％nbf中1分钟。分别用envision+系统提供的过氧化物酶封闭剂和补充有0.5％人类γ球蛋白的dako蛋白质封闭剂来封闭内源性过氧化物酶活性和非特异性结合。将第一抗体(5μg/ml的6g10-fitc、1:100的cd3、1:100的cd8或5、或10μg/ml的foxp3)或同种型对照抗体(5μg/ml的huigg2-fitc)施加于切片，并温育1小时。使用小鼠或兔igg的envison+系统作为检测系统。对于6g10-fitc及其同型对照huigg2-fitc，使用兔抗fitc抗体(5μg/ml)作为桥连抗体。最后，将载玻片与dab底物-发色团溶液反应6分钟，然后用mayer苏木精复染，脱水，透明，并用permount使用常规组织学程序封片。对于cd3、cd8和foxp3单克隆抗体、使用dako蛋白质阻断剂作为稀释剂，而对于6g10-fitc和huigg2-fitc，第一抗体和第二抗体均使用补充有0.5％人γ球蛋白和0.5％bsa的pbs作为稀释剂。来自3种肿瘤类型的冷冻组织样品购自组织供应商。
在3种肿瘤类型中观察到不同量的gitr+til。foxp3存在于一小部分til中。用抗gitr抗体也观察到一部分肿瘤细胞的染色，且染色的特异性通过与gitr融合蛋白温育后染色完全被置换而得到了证实。在冰冻切片上也观察到gitr肿瘤细胞中gitrmrna的存在，这进一步证实了ihc结果。
这些结果表明抗gitr抗体6g10可以有效地检测固定的和冷冻的组织样品中的人gitr蛋白。
表2：序列汇总表
表2提供了成熟可变区以及轻链和重链的序列，以及，在有标示时，带有信号肽的序列。
等同方式
本领域技术人员会认识到，或者能够通过不超过常规实验的实验确定，本申请所公开的具体实施方案的诸多等同方式。下面的权利要求意图涵盖这些等同方式。