预测类风湿关节炎的疾病进展的方法与流程

预测类风湿关节炎的疾病进展的方法
1.相关申请
2.本技术要求于2020年4月9日提交的美国临时申请号63/007812的优先权，其全部内容在此通过引用并入本文。
发明领域
3.本发明涉及炎症和自身免疫疾病领域；提供了确定ra患者放射学进展的风险的方法。还提供了确定降低患者表现出一种或多种不良作用的可能性的治疗方案的方法。
4.发明背景
5.本技术涉及生物信息学和炎症及自身免疫疾病领域，采用评估患有炎症性疾病的患者疾病进展风险的方法，所述炎症性疾病包括但不限于类风湿性关节炎(“ra”)。ra是炎症性疾病的示例，是一种慢性全身性自身免疫病症。它是全世界最常见的全身性自身免疫疾病之一。ra患者的免疫系统靶向患者的关节，也会导致广泛的炎症，从而影响其他器官，包括肺、血管和心脏。关节的炎症(关节炎)可通过侵蚀破坏骨骼，并通过破坏软骨导致关节间隙变窄。ra中的关节损伤是累积性的，很大程度上是不可逆的，并且其可以导致永久性残疾。
6.mbda评分是一种经验证的多生物标志物疾病活性工具，其定量12种血清蛋白生物标志物，以评估患有ra的成人患者的疾病活性(curtis jr,等人,arthritis care res.64:1794-803(2012)和us2019/0049443)。这些生物标志物的衍生描述在美国专利9,200,324中，通过引用将其全文并入本文。生物标志物有时也受到包括种族、性别、遗传、体重指数、激素和环境因素的变量的影响。
7.治疗ra的传统模型基于这样的期望，即控制ra受试者的疾病活性(例如炎症)应减缓或防止疾病进展，包括放射学进展、组织破坏、软骨损失和关节侵蚀。然而，有证据表明，疾病活性和疾病进展可能是不关联的，并不总是相继起作用。事实上，这两个过程涉及不同的细胞信号传导通路和介质。参见us 2019/0049443，通过引用将其全部并入本文，以及van der berg等人,arth rheum 2005,52:994-999。许多ra临床试验和动物研究中描述了疾病进展和疾病活性的不关联。参见例如lipsky等人,n.engl.j med 2003,343:1594-602,brown等人,arth.rheum.2006 54:3761-3773和pettit等人,amj.pathol.2001,159:1689-1699。对ra受试者的研究表明，临床和放射学应答之间的关联有限。见zatarain&strand,nat.clin.pract.rheum.2006,2(11):611-618(综述)。据描述，根据28项联合疾病活性评分(das28)和crp(c-反应蛋白)测定的，ra受试者证明来自英夫利昔单抗和甲氨蝶呤(mtx)组合治疗的放射学益处，但没有证明任何临床改善。参见smolen等人,arth rheum2005,52(4):1020-1030。有必要跟踪疾病活性与缓解的不关联，并分析疾病活性、治疗和一个或多个ra相关症状的进展之间的关系。
8.对于患有era的患者，mtx被推荐为一线治疗，对于无应答者，添加传统的非生物性疾病修饰抗类风湿药物疗法(三联dmard疗法)和生物(如抗tnf)疗法是业内已知的。可用于治疗ra的药物数量在增加；因此，可能的药物组合数量也在增加。此外，药物单独或组合的
时间顺序也可以不同。历史上，这些决定都是通过试错方法做出的，但关节损伤的进展是不可逆转的。参见brown等人arth rheum 2008 58(10)：2958-2967和cohen等人,ann rheum dis.2007,66:358-363。对于对单一疾病修饰的抗类风湿药物(dmard)无效的患者，已接受使用dmard组合。分析mtx单独或与其他dmard组合的治疗的研究表明，在dmard初始受试者中，功效与毒性的平衡可能有利于mtx单一疗法，而对于dmard不足的应答者，证据尚不确定。研究支持在早期ra(era)受试者、尚未接受mtx治疗的已确诊ra的受试者或mtx单一疗法失败的已确诊ra的受试者中，生物制剂与mtx组合使用。
9.目前针对自身免疫性或炎症性疾病(如ra)的临床管理和治疗目标侧重于抑制疾病活性，目的是提高受试者的功能能力，减缓关节损伤的进展。ra疾病活性的临床评估可以包括测量受试者进行日常活动的能力、晨僵、疼痛、疼痛和肿胀关节的数量，以及由医学专业人员和患者进行的总体评估。炎症可以通过血液测试来评估，血液测试测量红细胞沉降率(esr)和/或crp水平。包含多个变量的综合指数已被开发成为监测疾病活性的临床评估工具。综合指数包括但不限于美国风湿病学会(acr)应答标准、临床疾病活性指数(cdai)、das、类风湿性关节炎疾病活性指数(ra-dai)和多生物标志物疾病活性(mbda)评分。
10.目前用于监测ra受试者疾病活性的常规实验室测试，如crp和esr，相对来说是非特异性的，因为它们可以从ra以外的病况升高。相反，尽管esr和/或crp没有升高，但ra受试者可以具有升高的临床疾病活性，而非ra受试人可以显示升高的esr或crp水平。esr和crp在确定治疗应答方面并不总是准确的，它们不能预测未来的结果。如上所述，das确定的一些临床缓解的受试者继续表现出用x射线测量的新关节损伤，称为放射学进展。对于生物药物，没有证明临床益处的受试者可能证明来自治疗的放射学益处。参见，例如emery等人j rheumatol 2009，36(7)：1429-41和breedveld等人arth rheum2006,54(1)：26-37，通过引用将其全部并入本文。相反，在临床上对治疗有应答的患者中，一些患者继续出现新的关节损伤，尤其是非生物药物治疗。对治疗方案的应答的复杂性和对关节无声长期损伤的威胁是一个重大的技术挑战。
11.疾病活性的临床评估包括炎症性疾病(如ra)的主观测量，如体征和症状，以及受试者报告的结果，这些都很难统一量化。在临床试验中，das28通常用于评估ra疾病活性。das是部分基于这些主观参数的疾病活性的指数评分。除了其主观性成分外，使用das作为ra疾病活性临床评估的另一个缺点是其侵入性。获得受试者das28所需的体检可能会很痛苦，因为需要挤压受试者的关节来评估压痛的量，压痛程度由受试者在关节受压时感到的不适程度来测量。执行关节计数使得das评分耗时。此外，要准确确定受试者的das，需要熟练的评估员，以最小化操作员之间和操作员内部的差异。
12.本文的教导提供了利用多元模型评估放射学进展的风险的方法，即未来关节损伤，作为炎症疾病活性和其他参数的函数。
13.在单变量和多变量分析中，调整的mbda评分被证明是放射学进展(rp)的良好预测因子；然而，也知道阴性血清学状态、较高的bmi和生物疗法的使用与较低的rp发生率相关。尽管放射学进展代表由控制不充分的类风湿关节炎(ra)导致的永久性关节损伤，在临床实践中，仍然没有标准的风险评估，医生可以用来确定如何积极治疗患者的ra，以专门预防关节损伤。
14.发明概述
15.提供了获得患有类风湿关节炎(ra)的受试者的放射学进展(rp)风险评分的方法。一种获得患有类风湿关节炎的受试者的放射学进展风险评分的方法，包括从受试者获得或已经获得生物样品的步骤，确定针对受试者的年龄、性别和肥胖症所调整的多生物标志物疾病活性评分(mbda
adj
)，确定(a)受试者的血清学状态、(b)受试者的bmi替代评分和(c)靶向疗法的使用中的至少一项，如果确定受试者的血清学状态，则分配血清学值；如果确定靶向疗法的使用，则分配靶向疗法值；以及使用解释函数，从受试者的mbda
adj
因子、bmi替代评分因子以及从样品的血清学值和靶向疗法值组成的组中选择的一个或多个值中获得rp风险评分。在方法方面，高rp风险评分表明一年内δtss》3的风险增加。在方法方面，高rp风险评分表明一年内δtss》5的风险增加。
16.在一个实施方案中，本技术提供了用于确定患有ra的患者是否具有表现出rp相关作用的风险增加的方法。确定患有rp的患者是否具有表现出rp相关作用的风险增加的方法包括以下步骤：(i)从受试者获得或已经获得生物样品；(ii)确定针对受试者的年龄、性别和肥胖症所调整的多生物标志物疾病活性评分(mbda
adj
)，(iii)确定受试者的血清学状态、受试者的bmi替代评分和靶向疗法的使用中的至少一项；(iv)如果确定所述受试者的血清学状态，则分配血清学值；(v)如果确定靶向疗法的使用，则分配靶向疗法值；以及(vi)使用解释函数，从受试者的mbda
adj
因子、bmi替代评分因子以及从样品的血清学值和靶向疗法值组成的组中选择的一个或多个值中获得rp风险评分，其中高rp风险评分表明患者表现出rp相关作用的风险增加。在方法方面，从包括组织破坏、软骨损失、滑液积聚、炎症和关节侵蚀的组中选择rp相关作用。
17.提供了使用适当的疗法治疗患有ra的患者的方法。一种使用适当的ra疗法治疗ra患者的方法，包括确定患者是否具有高rp风险评分，通过获得或已经获得患者的生物样品，确定患者的mbda
adj
，确定患者的血清学状态并为所述受试者分配血清学值，确定bmi替代评分因子，确定是否有靶向疗法的使用并分配靶向疗法值；使用解释函数，从mbda
adj
、bmi替代评分因子和从样品的血清学值和靶向疗法值组成的组中选择的一个或多个值中获得rp风险评分，并且如果患者具有高rp风险评分，则对患者施用不同的ra疗法。在一个方面，高rp风险评分表明δtss》3的风险增加。在一个方面，高rp风险评分表明δtss》5的风险增加。在各个方面，不同的ra疗法选自包括施用另外的化合物，改变化合物，改变一种或多种化合物的给药方案，或改变化合物和改变一种或多种化合物的给药方案两者。在某些方面，当所述ra疗法减少时，对不具有rp高风险的患者产生不良作用的风险降低，并且其中所述不良作用选自包括感染和肝毒性的风险增加的组。在某些方面，患者表现出rp相关作用的风险增加。在某些方面，当对患者施用ra疗法时，表现出rp相关作用的风险低于患者未接受ra疗法的风险。在各个方面，rp相关作用选自包括组织破坏、软骨损失、滑液积聚、炎症和关节侵蚀的组。
18.提供了治疗患有ra的患者的方法。所述方法包括确定患者是否具有表现出rp相关作用的风险增加，所述rp相关作用包括从受试者获得或已经获得生物样品；确定针对受试者的年龄、性别和肥胖所调整的多生物标志物疾病活性评分(mbda
adj
)；确定(a)所述受试者的血清学状态、(b)受试者bmi替代评分和(c)靶向疗法的使用中的至少一项；如果确定受试者的血清学状态，则分配血清学值；如果确定靶向疗法的使用，则分配靶向疗法值；并且使用解释函数，从受试者的mbda
adj
因子、bmi替代评分因子以及从样品的血清学值和靶向疗法
值组成的组中选择的一个或多个值中获得rp风险评分；并且如果受试者表现出rp相关作用的风险增加，则施用不同的ra治疗。
19.提供了监测患有ra的受试者的治疗功效的方法。所述方法包括以下步骤：在第一时间点从患者获得或已经获得第一生物样品，确定针对患者的年龄、性别和肥胖症所调整的多生物标志物疾病活性评分(mbda
adj
)，确定患者的血清学状态、患者的bmi替代评分和靶向疗法的使用中的至少一项；如果确定受试者的血清学状态，则分配血清学值；如果确定有靶向疗法的使用，则分配靶向疗法值；使用解释函数，从受试者的mbda
adj
因子、bmi替代评分因子以及从样品的血清学值和靶向疗法值组成的组中选择的一个或多个值中获得第一rp风险评分；施用一种或多种治疗方案；在第二时间点从患者获得或已经获得第二生物样品；确定针对患者的年龄、性别和肥胖症所调整的多生物标志物疾病活性评分(mbda
adj
)，确定患者的血清学状态、患者的bmi替代评分以及靶向疗法的使用中的至少一项；如果确定受试者的血清学状态，则分配血清学值；如果确定有靶向疗法的使用，则分配靶向疗法值；使用解释函数，从受试者的mbda
adj
因子、bmi替代评分因子以及从样品的血清学值和靶向疗法值组成的组中选择的一个或多个值中获得第二rp风险评分，并比较第一和第二rp风险评分以确定治疗功效。在各个方面，第一rp风险评分和第二rp风险评分之间的变化表明治疗功效。所谓“治疗功效”是指治疗提供有益作用的能力。治疗可以没有提供任何有益作用，也就是说，它可以没有任何或有限的有益效果。在这种情况下，治疗将具有低治疗功效。治疗可以具有临床意义上的有益作用，或者治疗可能对变化率有积极作用。在这种情况下，治疗将具较高治疗功效。
20.在任何方法的方面，解释函数为a+(mbda
adj
因子)+(血清学值)-(bmi替代因子)-(靶向疗法值)，其中a是选自0.7到1.2范围的值。
21.提供了用于确定患有ra的受试者的rp风险评分的试剂盒。试剂盒包括样品采集组件、mbda
adj
组件和血清学状态组件。
22.通过引用并入
23.本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用将其全部并入本文，其程度与每个单独的出版物、专利或专利申请被明确和单独表示通过引用并入本文的程度相同。
24.附图简要说明
25.图1提供了总结了rp风险评分和验证集的图。显示了以所示改良的总sharp评分(δtss》3和δtss》5)在一年时的放射学进展(rp)的概率。表明具有每个rp风险评分的患者百分比。随着rp风险评分的增加，一年时的放射学进展的概率也增加。
26.图2提供了总结以δtss》3的rp评分的图。图表提供了以δtss》5的rp评分。
27.图3提供了总结以不同bmi、有和无靶向疗法的δtss》3的rp风险示例。
28.详细说明
29.商业上需要将预测因素例如调整的mbda评分、bmi和血清学状态纳入vectra风险报告，以预测放射学进展。本公开提供了获得放射学进展风险评分的方法，用于确定患有ra的患者是否具有表现出ra相关作用的风险增加，用于使用ra疗法治疗患者，其中患者患有ra，以及用于治疗患有ra的患者，所述方法包括确定患有ra的患者是否具有表现出ra相关作用的风险增加。针对年龄、性别和肥胖症调整的多生物标志物疾病活性(mbda)评分
(mbda
adj
)，已被证明优于几种传统疾病活性测量，用于预测患有ra的患者的放射学进展(rp)风险(curtis,等人rheumatology[oxford].2018；58:874)。血清学状态和其他非疾病活性测量也可预测rp风险。用于获得组合mbda
adj
、bmi替代评分、血清学值和靶向疗法值的放射学进展(rp)风险评分的多变量工具可以用于预测患者将表现出炎症性疾病相关作用的可能性，例如但不限于放射学进展。
[0030]
本方法提供了更准确地确定患者或受试者出现类风湿性关节炎相关(ra相关)作用的风险，ra相关作用例如但不限于放射学进展、组织破坏、软骨损失、关节侵蚀和关节退化。用于评估类风湿关节炎的多重生物标志物疾病活性评分(mbda)的开发提高了患者和医疗从业者跟踪和监测疾病进展以及优化治疗计划的能力。然而，其他因素也影响放射学进展的风险。基于多变量输入的放射学进展评分可以更好地确定患者或受试者的放射学进展风险。
[0031]
除非上下文另有明确规定，否则词语“一个”、“一种”和“该”包括复数指代。
[0032]“准确度”是指测量值或计算值与其实际值相符的程度。临床测试中的“准确度”涉及实际结果(真阳性或真阴性，其中受试者被正确分类为具有疾病相关症状或作用的风险)对比错误分类的结果(假阳性或假阴性，其中受试者被错误地分类为放射学进展的高风险或放射学进展的低至中等风险)的比例。“准确度”的其他和/或同等术语可包括“特异性”、“阳性预测值(ppv)”、“阴性预测值(npv)”，“可能性”和“优势比”。在本文教导的内容中“分析准确度”指测量过程的重复性和可预测性。分析准确度可归纳为变异系数(cv)，一致性测试，在不同时间或由不同评估员、用户、设备和/或试剂校准相同样品或对照品等测量。
[0033]
本文中使用的术语“施用”是指通过方法或途径将组合物引入受试物，所述方法或途径导致组合物在所需位置至少部分定位，从而产生所需作用。施用的途径包括局部和全身施用。一般来说，与受试者的整个身体相比，局部施用导致更多的组合物被递送到特定位置，而系统施用导致基本上递送到受试者整个身体。
[0034]
术语“算法”包括任何公式，模型，数学等式，算法、分析或编程过程，或统计技术或分类分析，其采用一个或多个连续或分类的输入或参数，并计算输出值、指数、指标值或评分。算法的示例包括但不限于比率、总和、回归算子例如指数或系数、生物标志物值转换和归一化(包括但不局限于基于临床参数例如年龄、性别、种族等的归一化方案)、规则和指南、统计分类模型以及针对群体训练的神经网络。在生物标志物的上下文中也可使用线性和非线性等式和统计分类分析，以确定(a)受试者样品中检测到的生物标志物的水平和(b)各个受试者表现出炎症疾病相关作用的风险水平之间的关系。
[0035]
本教导上下文中的术语“分析物”可指任何待测量的物质，并可包括生物标志物、标志物、核酸、电解质、代谢物、蛋白质、糖、碳水化合物、脂肪、脂质、细胞因子、趋化因子、生长因子、肽、寡核苷酸、突变、变体、多态性、修饰、片段、亚单位、降解产物和其他要素。
[0036]“分析”包括通过测量样品中的分析物水平来确定与样品相关的一个值或一组值。“分析”可进一步包括将水平与来自同一受试者或其他受试者的样品或样品组中的成分水平进行比较。本教导的生物标志物可通过本领域已知的各种常规方法中的任一种进行分析。此类方法包括但不限于测量血清蛋白质或糖或代谢物或其他分析物水平、测量酶活性和测量基因表达。
[0037]“自身免疫性疾病”包括本文定义的任何疾病，其起因于对体内正常存在的物质或
组织的免疫应答。疑似或已知的自身免疫性疾病的示例包括类风湿性关节炎、早期类风湿关节炎、轴性脊椎炎、青少年特发性关节炎、血清阴性脊椎关节病、强直性脊柱炎、银屑病关节炎、抗磷脂抗体综合征、自身免疫性肝炎、白塞病、大疱性类天疱疮、腹腔疾病、克罗恩病、皮肌炎、goodpasse氏综合征、grave氏病、桥本病、特发性血小板减少性紫癜、iga肾病、川崎病、系统性红斑狼疮、混合性结缔组织病、多发性硬化、重症肌无力、多肌炎、原发性胆汁性肝硬化、银屑病、硬皮病、干燥综合征、溃疡性结肠炎、血管炎、韦格纳肉芽肿病、颞动脉炎、takayasu氏动脉病、henoch-schonlein紫癜、白细胞增生性血管炎、结节性多动脉炎，churg-strauss综合征和混合性冷球蛋白血管炎。
[0038]“生物制剂”、“生物疗法”或“生物制药”是指从生物物质中制造或提取的药物疗法产品。生物制剂可以包括疫苗、血液或血液组分、过敏原、体细胞、基因疗法、组织、重组蛋白质和活细胞；并且可以由糖、蛋白质、核酸、活细胞或组织或其组合构成。生物药物的示例可包括疫苗、血液或血液组分、过敏原、体细胞、基因疗法、组织、重组蛋白质和活细胞；并且可以由糖、蛋白质、核酸、活细胞或组织或其组合构成。生物药物的示例可包括但不限于靶向肿瘤坏死因子(tnf)-α分子的生物制剂，例如tnf抑制剂英夫利昔单抗、阿达木单抗、依那西普、赛妥珠单抗(certolizumab)和戈利木单抗(goliumab)。其他种类的生物药物包括il-1抑制剂如阿那白滞素(anakinra)，t细胞调节剂如阿巴西普(abatacept)，b细胞调节剂如利妥昔单抗，以及il-6抑制剂如托珠单抗(tocilizumab)和sarilumab。
[0039]
本教导上下文中的“生物标志物”、“多个生物标志物”、“标志物”或“多个标志物”包括但不限于细胞因子、趋化因子、生长因子、蛋白质、肽、核酸、寡核苷酸和代谢物及其相关代谢物、突变、同种型、变体、多态性、修饰、片段、亚单位、降解产物、元素和其他分析物或样品衍生的度量。生物标志物还可以包括突变蛋白质、突变核酸、拷贝数变化和/或转录变体。生物标志物还包括健康状态的非血源性因子和非分析性生理标志物和/或未从样品(例如生物样品，例如体液)测量的其他因子或标志物，例如临床参数和临床评估的传统因子。生物标志物还可以包括数学计算和/或创建的任何指数。生物标志物还可以包括任何一种或多种前述测量的组合，包括时间趋势和差异。当本教导的某些实施方案的生物标志物是蛋白质时，本文使用的基因符号和名称应理解为指这些基因的蛋白质产物，并且这些基因的蛋白产物旨在包括这些基因的任何蛋白质同种型，无论这些同种型序列是否在本文中具体描述。生物标志物可以包括但不限于wo2019055609中描述的生物标志物。
[0040]
本教导上下文中的“临床评估”、“临床数据点”或“临床终点”可指疾病活性或严重性的度量。临床评估可以包括评分、值或一组值，可以通过在确定的条件下评估一个或多个受试者的样品(或样品群体)获得。临床评估也可以是受试者填写的问卷。临床评估也可以通过生物标志物和/或其他参数来预测。本领域技术人员将认识到，作为示例，ra的临床评估可包括但不限于以下一个或多个：das、das28、das28-esr、das28-crp、健康评估问卷(haq)、改良haq(mhaq)、多维haq(mdhaq)、视觉模拟量表(vas)、医生全局评估vas、患者全局评估vaa、疼痛vas、疲劳vas、全局vas、睡眠vas、简化疾病活性指数(sdai)、临床疾病活性指数(cdai)、患者指数数据的常规评估(rapid)、rapid3、rapid4、rapid5、ra-dai、美国风湿病学会(acr)应答如acr20、acr50、acr70、acrn、sf-36(一种有效的一般健康状态测量)、ra mri评分(ramris；或ra mri评分系统)、总sharp评分(tss)、van der heijde改良tss、van de heijde-modified sharp评分(或sharp van der heijde[shs])、larsen评分、tjc、关节
肿胀计数(sjc)、crp滴度(或水平)、红细胞沉降率(esr)、mbda评分和调整的mbda评分(mbda
adj
)。
[0041]
在本教导的上下文中，术语“临床变量”或“临床参数”包括受试者健康状况的所有测量。临床参数可用于导出受试者疾病活性的临床评估。临床参数可包括但不限于：治疗方案(包括但不局限于dmard，无论是常规的还是生物的，类固醇等)、tjc、sjc、晨僵、三个或更多关节区域的关节炎、手关节的关节炎、对称性关节炎、类风湿性结节、影像学改变和其他成像、性别/性别、吸烟状况、年龄、种族/民族、疾病持续时间、舒张和收缩血压、静息心率、身高、体重、肥胖、体重指数、血清瘦素、家族史、ccp状态(即受试者对抗ccp抗体是阳性或阴性)、ccp滴度、rf状态、rf滴度、esr、crp、更年期状态，以及是吸烟者/非吸烟者。
[0042]“临床评估”和“临床参数”不是相互排斥的术语。这两个类别的成员可以有重叠。例如，crp浓度可用于疾病活性的临床评估；或者，它可以用作受试者的健康状态的量度并因此用作临床参数。
[0043]“das”是指疾病活性评分，这是本领域技术人员熟知的对受试者ra活性的测量。参见van der heijde et al,ann.rheum.dis 1990,49(11):916-920。das28涉及28个特定关节的评估。das可指基于66/68或44个关节计数的计算，使用频率低于das28。das28旨在包括但不限于das28、das28-esr和das28-crp。可通过本领域已知的任何方法为ra受试者计算das28。评估每个受试者的肿胀关节数或总共28个(sjc28)中的肿胀关节数，以及软关节，或总共28个(tjc28)中的软关节计数。在一些das28计算中，受试者的总体健康(gh)也是一个因子，可以在100mm视觉模拟量表(vas)上测量。gh也可称为pg或pga。“患者全局健康评估vas”是在视觉模拟量表上测量的gh。
[0044]
das28-esr或das28esr是das28评估，其中每个受试者的esr以mm/小时为单位测量。das28-esr可通过本领域已知的任何公式计算。das28-crp或das28crp是使用crp代替esr计算的das28评估。crp在肝脏中产生。正常情况下，受试者血清中循环的crp处于低水平。在急性炎症或感染发作期间，crp水平经常升高，因此血清中高或增加量的crp可能与急性感染或炎症有关。大于1mg/dl的crp血清水平通常被认为是高的。炎症和感染可导致crp水平大于10mg/dl。可使用本领域已知的任何方法(包括但不限于elisa测定法)定量受试者血清中crp水平。升高的crp水平与ra的放射学进展的风险增加相关，可纳入多变量分析rp风险评分中。das28-crp可以通过本领域已知的任何公式计算。
[0045]
本文中使用的“差异”是指与第二样品中相同生物标志物或生物标志物组的可测量表达相比，生物标志物或生物标志物组的可测量表达的增加或减少。
[0046]
在本教导的上下文中，术语“疾病”包括任何病症、病况、病痛、小恙等，其表现为例如身体的紊乱或功能不正常的器官、部位、结构或系统，并产生于遗传或发育错误、炎症或自身免疫过程、感染、中毒、营养缺乏或失衡、毒性或不利的环境因素。
[0047]
dmard可以是常规合成或生物或靶向合成。通常认为是常规合成的dmards的示例包括但不限于mtx、硫唑嘌呤(aza)、布西拉明(buc)、氯喹(cq)、环孢素(csa、或环孢菌素(cyclosporine)、或环孢子菌素(cycloprin))、多西环素(doxy)、羟氯喹(hcq)、肌内金(im gold)、来氟米特(lef)、左氧氟沙星(lev)和磺胺嘧啶(ssz)。其他常规合成的dmard的示例包括但不限于亚叶酸、d-青霉胺、金诺芬、金硫葡糖、硫代苹果酸金、环磷酰胺和氯丁嘧啶。生物dmard(或生物药物)的示例包括但不限于靶向肿瘤坏死因子(tnf)-α分子的生物制剂，
例如英夫利昔单抗、阿达木单抗、依那西普和戈利木单抗。其他种类的生物dmard包括il-1抑制剂，如但不限于阿那白滞素，t细胞调节剂如阿巴西普，b细胞调节剂如利妥昔单抗，以及il-6通路抑制剂如托珠单抗和sarilumab。靶向合成dmard包括但不限于janus激酶(jak)抑制剂，如托法替尼(tofacitinib)、巴瑞替尼(baricitinib)等。
[0048]
本文中使用的术语“闪现”是指症状和临床表现的水平增加，包括但不限于sjc的增加、tjc的升高、炎症血清学标志物(例如crp和esr)的增加、受试者功能的降低(例如执行基本日常活动的能力)、晨僵的增加，以及通常导致治疗干预和潜在的治疗强化的疼痛增加。闪现发作可以是突然发作或逐渐发作。
[0049]
此处使用的术语“感染”是指导致发烧、疾病或需要医疗干预(包括但不限于使用抗生素)的感染。“感染”意在包括感染和“严重感染”。本文使用的术语“严重感染”是指导致死亡、住院或需要静脉抗生素的感染。严重感染包括但不限于细菌感染、结核分枝杆菌和其他分枝杆菌感染、侵袭性肺炎球菌病、肺炎、败血症和菌血症、化疗后的侵袭性细菌感染、新生儿败血症、脑膜炎、脑炎、骨和关节败血症、严重皮肤感染蜂窝织炎、尿脓毒症、肠道和其他胃肠道感染、严重病毒感染和机会性感染，尤其是真菌感染。
[0050]“炎症性疾病”包括但不限于因对刺激的生物应答可能对血管化组织产生的作用而导致的任何疾病，包括但不局限于如下刺激：病原体、受损细胞、刺激物、抗原，并且在自身免疫性疾病的情况下，是体内通常存在的物质和组织。炎性疾病的非限制性示例包括但不限于类风湿性关节炎(ra)、era、强直性脊柱炎、银屑病关节炎、动脉粥样硬化、哮喘、自身免疫性疾病、慢性炎症、慢性前列腺炎、肾小球肾炎、超敏反应、炎性肠病、盆腔炎疾病、再灌注损伤、移植排斥和血管炎。
[0051]“进行测量”或“测量”是指确定临床或受试者衍生样品中物质的存在、不存在、数量、量或有效量，包括此类物质的浓度水平，或评估受试者临床参数的值或分类。
[0052]
通过“多生物标志物疾病活性评分”、“多生物标志物疾病活性指数评分”、”mbda评分”或简称“mbda”，是指提供受试者炎症性疾病活性或炎症性疾病状态的定量测量的评分。来自特别选择的生物标志物(例如来自wo2019055609中公开的生物标志物集合)的一组数据被输入到根据本教导的解释函数中以导出mbda评分。在一些实施方案中，可基于统计算法从预测或多元建模来创建解释函数。对解释函数的输入可以包括单独测试两个或更多个生物标志物或与本文中也描述的临床参数和/或临床评估组合的结果。在一些实施方案中，mbda评分是自身免疫疾病活性的定量测量。在一些实施方案中，mbda评分是ra疾病活性的定量测量。本文中使用的mbda可以指vectra da评分，也称为vectra评分。
[0053]
在一些实施方案中，解释函数基于预测模型。本领域公知的、可用作模型或用于设计预测模型的既定统计算法和方法可包括但不限于：变量分析(anova)；贝叶斯网络；提升(boosting)和ada-提升(ada-boosting)；引导聚集(bootstrap aggregating)(或打包(bagging))算法；决策树分类技术，如分类和回归树(cart)、增强型cart、随机森林(rf)、递归分区树(rpart)等；curds and whey(cw)；curds and whey-lasso；降维方法，例如主成分分析(pca)和因子旋转或因子分析；判别分析，包括线性判别分析(lda)、eigengene基因线性判别分析(elda)和二次判别分析；判别函数分析(dfa)；因子轮换或因子分析；遗传算法；隐马尔可夫模型；基于核的机器算法，如核密度估计、核偏最小二乘算法、核匹配追踪算法、核fisher判别分析算法和核主成分分析算法；线性回归和广义线性模型，包括或利用正向
线性逐步回归、lasso(或lasso)收缩和选择方法以及弹性网正则化和选择方法；glmnet(lasso和弹性网正则化广义线性模型)；logistic回归(logreg)；元学习算法；用于分类或回归的最近邻方法，例如第k个最近邻(knn)；非线性回归或分类算法；神经网络；偏最小二乘；基于规则的分类器；收缩质心(sc)；分段逆回归；产品模型数据交换标准，应用解释结构(stepaic)；超主成分(spc)回归；以及支持向量机(svm)和递归支持向量机(rsvm)等。此外，本领域已知的聚类算法可用于确定主题子组。
[0054]
logistic回归是二分响应变量的传统预测建模方法选择；例如，治疗1对比治疗2。它可用于对数据变量的线性和非线性方面进行建模，并提供易于解释的优势比。
[0055]
判别函数分析(dfa)使用一组分析物作为变量(根)来区分两个或更多个自然发生的组。dfa用于测试组间显著不同的分析物。正向逐步dfa可用于选择一组分析物，其最大限度地区分所研究的组。具体而言，在每一步中，都可以审查所有变量，以确定哪些变量将最大程度地区分各组。然后将该信息包含在判别函数中，表示为一个根，这是一个由分析物浓度的线性组合组成的等式，用于预测组成员。最终等式的判别位势可以观察为每组获得的根值的线图。该方法确定了其浓度水平变化可用于描绘概况、诊断和评估治疗功效的分析物组。dfa模型还可以创建任意评分，根据该评分，新受试者可以被分类为“健康”或“患病”。为了便于医学界使用该评分，可以对评分进行重新缩放，以便值0表示健康个体，大于0的评分表明风险增加。
[0056]
分类和回归树(cart)执行数据的逻辑分割(如果/则(if/then))，以创建决策树。在给定节点中的所有观察都根据该节点中最常见的结果进行分类。cart结果很容易解释——一个遵循一系列如果/则树分支的序列，直到分类结果。
[0057]
支持向量机(svm)将对象分类为两个或更多类。类别的示例包括治疗方案集、诊断方案集或预后方案集。基于每个对象与训练数据集(其中已知每个对象的正确类别分配)中的对象的相似性(或距离)，将每个对象分配给一个类别。使用支持向量确定新对象与已知对象的相似性度量，其定义了潜在高维空间(》r6)中的区域。
[0058]
引导聚集或“打包”的过程在计算上很简单。在第一步中，给定数据集被随机重采样指定次数(例如，数千次)，有效地提供了该数量的新数据集，这些数据集被称为数据的“引导重采样”，每个数据集都可以用于构建模型。然后，在分类模型的示例中，通过第一步中创建的分类模型的数量来预测每个新观测的类别。最终的分类决策基于分类模型的“多数票”；即最后的分类调用是通过计数新观察被分类到给定组中的次数，并采用多数分类(对于三类系统为33％以上)来确定的。在逻辑回归模型的示例中，如果逻辑回归被打包1000次，将有1000个逻辑模型，每个模型将提供样品属于1类或2类的概率。
[0059]
使用普通最小二乘法(ols)的curd and whey(cw)是另一种预测建模方法。见l.breiman and jh friedman,j.royal.stat.soc.b 1997,59(1)：3-54。与在共同的预测变量集合x上对每个响应变量进行单独回归的常规程序相比，该方法利用响应变量之间的相关性来提高预测准确度。在cw中，y＝xb*s，其中y＝(y
kj
)，k是对于第k位患者，j是对于第j位响应(对于tjc为j＝1，对于sjc为j＝2，等等)，b使用ols获得，s是从规范坐标系计算的收缩矩阵。另一种方法是curd和whey和lasso的组合(cw-lasso)。不是像cw中那样使用ols来获得b，这里使用的是lasso，并且根据lasso方法调整参数。
[0060]
这些技术中的许多与生物标志物选择技术(例如，正向选择、反向选择或逐步选
择)相组合使用，或用于完全列举给定大小的所有潜在组，或遗传算法，或者它们本身可以将生物标志物选择方法纳入自己的技术中。这些技术可以与信息标准相结合，例如akaike的信息标准(aic)、bayes信息标准(bic)或交叉验证，以定量纳入额外生物标志物和模型改进之间的权衡，并将过度匹配最小化。所得到的预测模型可以在其他研究中进行验证，也可以在他们最初接受培训的研究中进行交叉验证，例如，使用leave one out(loo)和10倍交叉验证(10倍cv)等技术。
[0061]
mbda
adj
是根据年龄、性别和肥胖症所调整的mbda评分。在某些情况下，瘦素是肥胖症的替代。mbda
adj
在预测患有类风湿性关节炎(ra)的患者的放射学进展(rp)风险方面已被证明优于几种常规疾病活性测量(curtis,等人rheumatology[oxford].2018；58:874)。
[0062]
术语“正常”、“对照”和“健康”通常指没有、没有/未被诊断出特定疾病或病症或者是无症状的受试者或个人(或其群体)。这些术语也可以指从此类受试者或个体获得的样品。分析或比较中的疾病或病症是受试者在这种情况下是否为“对照”的决定性因素。
[0063]“预后”意在预测疾病的可能结果。预后评估在确定受试者的适当治疗方案方面非常有用。
[0064]
术语“缓解”是指已知患有通常无法治愈的慢性病的患者的疾病活性缺失状态。ra的缓解可通过如下实现：满足正式定义，例如但不限于das28《2.6或acr缓解标准，或通过满足不太正式的标准，例如但不仅限于临床医生对患者缓解的印象。本文中使用的术语“持续临床缓解”或“sc-rem”是指根据临床评估(例如，das28)持续至少6个月的临床缓解状态。本文使用的术语“功能性缓解”是指使用功能性评估测量(例如但不限于haq)评估的缓解状态。持续缓解可以与维持缓解互换使用。
[0065]
本教导中的“样品”是指从受试者分离的任何生物样品。样品可包括但不限于单细胞或多细胞、细胞碎片、体液等分试样、全血、血小板、血清、血浆、红血细胞、白血细胞或白细胞、内皮细胞、组织活检、滑液、淋巴液、腹水和间质或细胞外液。术语“样品”还包括产生样品的组织之间或外部的液体，包括滑液、龈沟液、骨髓、脑脊液(csf)、唾液、粘液、痰、精液、汗液、尿液或任何其他体液。“血样”可指全血或其任何部分，包括但不限于血细胞、红血细胞、白血细胞、血小板、血清和血浆。可通过本领域已知的任何方法从受试者获得样品，包括但不限于静脉穿刺、排泄、射精、按摩、活检、针吸、灌洗、刮擦、手术切口或介入或本领域已知的其他方法。
[0066]“评分”是指一个或一组数值，选择用于提供受试者病况的变量或特征的定量测量，和/或区别、区分或以其他方式表征受试者的病况。包括评分的值可基于(例如)定量数据，该定量数据导致从受试者、或从临床参数、或从临床分配或其任何组合获得的一种或多种样品成分的测量量。在某些实施方案中，评分可从单个成分、参数、评估或评分导出，而在其他实施方案中评分可从多个成分、参数、评估或评分导出。评分可以基于解释函数或从解释函数导出；例如，使用本领域已知的各种统计算法从特定预测模型导出的解释函数。评分可以包括因子，其中所述因子是从至少一个解释函数和基于至少一个临床参数的至少一个测量、评估或分类输入获得的值。“评分变化”旨在包含评分的绝对变化，例如但不限于，从第一时间点到第二时间点，评分的百分比变化，以及每单位时间的评分变化(例如，评分变化率)。“放射学进展风险评分”或“rp风险评分”是指使用定量数据以提供评分确定后一年放射学进展的风险指标的评分。风险评分提供了受试者在一年内将经历可测量的放射学进
展的概率估计。来自特别选择的生物标志物和临床值的一组数据被输入到解释函数中以获得rp风险评分。rp风险评分越高，受试者将有或将继续有放射学进展的可能性或概率越高。高rp风险评分可能是rp风险评分范围的前0.5％、前1％、前2％、前3％、前4％、前5％、前6％、前7％、前8％、前9％、前10％、前12％、前14％、前16％、前18％、前20％、前25％、前30％、前40％、前45％、前50％或前55％中的rp风险评分。低rp风险评分可以是rp风险评分范围的最低0.5％、最低1％、最低2％、最低3％、最低4％、最低5％、最低6％、最低7％、最低8％、最低9％、最低10％、最低12％、最低14％、最低16％、最低18％、最低20％、最低25％、最低30％、最低40％、最低45％、最低50％或最低55％的rp风险评分。
[0067]
在一个实施方案中，rp风险评分可具有-1至3的评分范围。当rp风险评分范围为-1至3时，高rp风险评分可以是大于约0.29、0.38、0.48、0.58、0.68、0.78、0.88、0.98、1.08、1.18和1.2的rp风险评分。高rp风险评分可对应于rp》5sharp单位的至少6％风险或rp》3sharp单位的至少16％风险。高rp风险评分可以对应于rp》5sharp单位的至少10％风险或rp》3sharp单位的至少22％风险。高rp风险评分可以对应于rp》5sharp单位的至少15％风险或rp》3sharp单位的至少27％风险。在rp风险评分范围为-1至3的实施方案中，高rp风险评分可以是大于约0.29的rp风险评分，其对应于rp》5sharp单位的至少6％风险或rp》3sharp单位的至少16％风险。在rp风险评分范围为-1至3的实施方案中，高rp风险评分可以是大于约0.78的rp风险评分，其对应于rp》5sharp单位的至少10％风险或rp》3sharp单位的至少22％风险。在rp风险评分范围为-1至3的实施方案中，高rp风险评分可以是大于约1.18的rp风险评分，其对应于rp》5sharp单位的至少15％风险或rp》3sharp单位的至少27％风险。rp风险评分可转换为放射学进展的百分比可能性。
[0068]“放射学进展”是指通过本领域已知的任何评估放射学进展的方法观察或测量的一个或多个关节中的改变、结构改变或结构损伤或炎症。评估放射学进展的方法是本领域已知知的，并且包括但不限于超声、mri和x射线。快速放射学进展被定义为一年的总sharp评分的变化(δtss)大于五个单位。
[0069]
在各种实施方案中，通过以下步骤获得放射学进展风险评分：从患有类风湿性关节炎的受试者获得或已经获得生物样品，确定受试者的mbda
adj
，使用解释函数确定受试者的血清学状态、受试者的bmi替代评分和受试者的靶向疗法使用的中至少一项。rp风险评分是从受试者的mbda
adj
因子、bmi替代评分因子和包括样品的血清学值和样品的靶向疗法值的组的一个或多个值中获得。在一些实施方案中，受试者mbda
adj
因子、bmi替代评分因子、血清学值和靶向疗法值均用于使用解释函数来确定rp风险评分。在一个方面，rp风险评分的解释函数为a+(mbda
adj
因子)+(血清学值)-(bmi替代评分因子)-(靶向疗法值)，其中a在下文中定义。在一个方面，rp风险评分为0.92+(0.024*mbda
adj
)+(如果血清阳性，则为0.93)-(0.06 x bmi替代评分)-(如果使用靶向疗法，则为0.61)。在一个方面，rp风险评分为0.92+(0.024*mbda
adj
)+(如果血清阳性，则为0.93)+(-0.06 x bmi替代评分)+(如果使用靶向疗法，则为-0.61)。在一个方面，rp风险评分为0.92+(0.0241 x mbda
adj
)+(如果血清阳性，则为0.928)-(0.0632 x bmi替代评分)-(如果使用靶向疗法，则为0.608)。“a”是指从0.7至1.2的范围内选择的值，优选0.82至1.0，包括但不限于0.92。
[0070]
mbda
adj
因子＝mbda
adj
乘以预定值。在一些方面，预定值可以从范围为0.01至0.03的值的组中选择。
[0071]
血清学值＝根据受试者的血清学状态分配给受试者的值。血清学阳性受试者的血清学值范围可为0.46至1.5。血清学数值的示例可包括但不限于0.928和0.93。分配给血清学阴性受试者值可为0。血清学阳性受试者对类风湿因子(rf)和抗ccp抗体中的一种或两种抗体呈阳性。(抗ccp抗体测试也可以表示为acpa测试。)当已知两种结果时，血清阴性受试者对于rf和抗ccp两者的测试结果均低于各自的阈值。认识到对于rf或抗ccp抗体的阳性评分是高于预定阈值的评分，因为健康受试者中可能出现低水平的rf或抗-ccp抗体。“抗ccp抗体”包括但不限于抗ccp-1抗体和抗ccp-2抗体。ccp和环瓜氨酸肽互换使用。
[0072]
使用bmi数据预测rp风险是有问题的，因为在风湿病学实践中没有定期收集bmi，容易出现误报，而且可能不如瘦素可靠。令人惊讶的是，我们已经创建了bmi替代评分因子，它对预测rp风险非常有用。bmi替代评分因子＝bmi替代评分乘以预定值。在一些方面，预定值在0.1至0.02的范围内。
[0073]
靶向疗法值是根据受试者对靶向疗法的使用分配给受试者的值。在一些方面，分配给使用靶向疗法的受试者的预定值可以在1.0至0.3的范围内；靶向疗法值的示例可包括但不限于0.608和0.61。分配给未使用靶向疗法的受试者的值可为0。“靶向疗法”意指生物疗法或靶向合成疗法，包括但不局限于靶向合成dmard。
[0074]“受试者”通常指哺乳动物。术语“哺乳动物”包括但不限于人类、非人灵长类、狗、猫、小鼠、大鼠、牛、马、猪、羊和骆驼。除了人类以外的哺乳动物可以有利地用作代表炎症动物模型的受试者。受试者可以是男性、女性、成年、未成熟或年轻。受试者可以是先前被诊断或确定为患有炎症性疾病。受试者可以是已经或正在接受炎症性疾病的治疗干预。受试者也可以是先前未被诊断为患有炎症性疾病；例如，受试者可以是表现出炎症性病况的一个或多个症状或风险因素的受试者，或者没有表现出炎症性病况的症状或风险因子的受试者，或者没有炎症性疾病的症状的受试者。
[0075]“治疗方案”，“疗法”或“治疗”意指对受试者的所有临床管理和干预，无论是生物、化学、物理或其组合，旨在维持、缓解、改善或以其他方式改变受试者的病况。这些术语可以同义使用。治疗包括但不限于施用预防性或治疗性化合物，包括但不局限于常规dmard，生物，dmard，非甾体抗炎药(nsaid)如cox-2选择性抑制剂和皮质类固醇)，运动方案，物理疗法，饮食改良和/或补充，减肥手术，施用药物和/或抗炎药(处方药或非处方药)，类固醇，鸦片剂，大麻素，拟作用于迷走神经和/或其他神经的装置或过程，以及本领域已知有效预防、延缓或改善疾病或疾病作用的任何其他治疗。“治疗的应答”包括受试者对任何生物、化学、物理或其组合治疗的应答。“治疗过程”与特定治疗或治疗方案的剂量、持续时间、程度等有关。本文所用的初始治疗方案是第一线治疗。
[0076]
在一些实施方案中，如本文所述导出的rp风险评分可用于预测至少一个关节中的放射学进展风险，例如高、中或低。受试者的rp风险评分可以与参考人群中的一组rp风险评分进行比较，以确定高、中或低风险。用于定义rp类别的截止值可以有所不同。风险评分也可以根据评分的范围而改变。例如，当使用-1到2的范围时，低于零的评分表明风险水平较低。可以根据评分可能性的范围确定差异。例如，如果使用-1至2的评分范围，则小评分差异可以为约0.01至约0.09。如果使用0至100的评分范围，则小评分差异可以为约0.5至约10。在一个实施方案中，rp风险评分可以具有-1至3的评分范围。
[0077]
在一些实施方案中，不需要将rp风险评分与任何预先确定的“参考”、“正常”、“对
照”、“标准”、“健康”、“疾病前”或其他类似指数进行比较，以便rp评分提供受试者风险的定量测量。在一些实施方案中，rp风险评分可以与来自不同时间点的rp风险评分进行比较。在其他实施方案中，rp风险评分与“正常”或“对照”水平或值进行比较，使用诸如参考或辨别极限或风险定义阈值之类的技术，以便定义放射学进展风险的截止点和/或异常值。正常水平是在一个或多个未患有正在评估的炎症性疾病的受试者或一个或更多个在一年内未表现出放射学进展的先前测试受试者中发现的水平。在一些实施方案中，参考值可从一个或多个已暴露于疾病治疗的受试者，或者从一个或多个低风险受试者或从因暴露于治疗而表现出改善的受试者获得。
[0078]
在一些实施方案中，使用一种或多种生物标志物来获得rp风险评分。rp风险评分可以提供炎症性疾病和自身免疫性疾病中疾病状态和/或疾病活性的预后和监测。在一些实施方案中，rp风险评分可用于提供ra或早期ra对疗法应答的疾病状态和/或疾病活性的预后或监测。在一些实施方案中，rp风险评分可用于建议停止治疗方案、建议不改变治疗方案、建议新的治疗方案或建议的组合。
[0079]
鉴定受试者的放射学进展风险允许对疾病的预后，从而用于在知情的情况下选择、启动、调整或增加或减少各种治疗方案，以延缓、减少或防止受试者进展到更晚期的疾病状态。受试者可被识别为具有rp的特定风险，因此可被选择以开始或加速治疗以预防或延缓炎症性疾病的进一步发展。受试者可以被鉴定为具有低或中度rp风险，并因此可以选择以减少或停止治疗。在其他实施方案中，受试者可通过其rp风险评分鉴定为处于rp的特定风险，并基于rp风险选择疗法。在其他实施方案中，在不同时间点获得的风险评分之间的变化方向可影响治疗决策。例如，在第一时间点具有rp高风险之后在第二时间点具有中度rp风险的受试者可以继续接受治疗方案，或者可以减少治疗方案。在另一个示例中，在第一时间点具有低风险rp之后在第二时间点具有中度风险rp的受试者可以施用不同的ra疗法。
[0080]
关于早期准确评估rp风险的必要性，ra治疗的最新进展为在症状出现的头几个月内更有效的疾病管理和治疗ra提供了一种手段，通常具有显著改善的结果。然而，当受试者经历很少或最小的ra相关症状时，可能会发生放射学进展。放射学进展导致损伤的关节，并可能随后导致更严重的残疾。
[0081]
生物标志物的测量
[0082]
本教导的一种或多种生物标志物的量可以表示为值。值可以是由样品评估产生的一个或多个数值，并且可以通过本领域已知的评估目标生物标志物的任何方法得出。目标生物标志物水平的实际测量可以使用本领域已知任何方法在蛋白质或核酸水平上确定。“蛋白质”检测包括检测全长蛋白质、成熟蛋白质、前蛋白质、多肽、同种型、突变、变体、翻译后修饰的蛋白质及其变体，并且可以以本领域已知的任何方法检测。生物标志物的水平可以直接或间接地在蛋白质水平上确定。本领域已知的方法包括但不限于免疫测定法、蛋白酶测定法、激酶测定法、磷酸酶测定法和表达测定法。生物标志物也可以在核酸水平上检测。此类方法包括但不限于rt-pcr、qpcr、基于扩增的检测和定量方法、核糖核酸酶保护测定法、northern或southern印迹分析、定量扩增生物标志物核酸序列。可替代地，可以评估生物标志物蛋白质或核酸代谢物。术语“代谢物”包括代谢过程的任何化学或生物化学产物，例如通过加工、切割或消耗生物分子而产生的任何化合物。评估代谢物的方法在本领域中是已知的，并且包括但不限于折射率光谱、uv光谱、荧光分析、近红外光谱(近ir)、核磁共
振光谱(nmr)、光散射分析(ls)、质谱、热解质谱、浊度计、色散拉曼光谱、气相色谱与质谱联用、液相色谱与质谱联用、离子喷雾与质谱联用法、毛细管电泳、ir检测和荧光染料分析。
[0083]
治疗方案
[0084]
本发明提供了用适当的ra疗法治疗具有高rp风险评分的患有ra的患者的方法，以及通过维持或减少所述ra疗法来治疗具有低或中等rp风险评分的患有ra的患者的治疗方法。在多个时间点确定患者的rp风险评分可以为临床医生提供受试者生物状态的动态图片。因此，rp风险评分可以提供受试者特定的生物信息，这些信息将为治疗决策提供信息，并将有助于治疗应答监测，并应导致更快速、更优化的治疗，更好的疾病控制以及获得缓解的受试者比例的增加。
[0085]
一些自身免疫性疾病(如ra)包含多种相关症状，这些症状可能会闪现或缓解，这一事实使自身免疫性障碍的治疗策略变得混乱。ra生理学的复杂性可能直接与没有被证明最佳治疗的单一疗法有关。随着治疗选择的数量增加，需要个性化的治疗。然而，一些受试者在放射学进展正在发生或可能发生时似乎处于缓解状态。未被检测或未被注意的放射学进展可导致显著的关节退化，而通过更有效的疗法可预防或减少关节退化。对于早期ra(era)患者，甲氨蝶呤(mtx)通常被推荐为一线治疗，对于无应答者，数据支持并推荐添加其他常规合成(非生物)dmard疗法(例如，创建所谓的三重dmard疗法)或生物(例如，抗tnf)疗法。鉴定具有高风险的影像学进展的患者将导致更个性化的药物和更有效的疗法。
[0086]
疗法可以是常规合成疾病修饰抗风湿药物(dmard)、生物dmard、靶向合成dmard或替代疗法。常规合成dmard的示例包括但不限于甲氨蝶呤(mtx)、硫唑嘌呤(aza)、布西拉明(buc)、氯喹(cq)、环孢素(csa、环孢菌素或环孢子菌素)、多西环素(doxy)、羟氯喹(hcq)、肌内金(im金)、来氟米特(lef)、左氧氟沙星(lev)、磺胺嘧啶(ssz)、叶酸、d-青霉胺、金诺芬、金硫葡糖、硫代苹果酸金、环磷酰胺和氯丁嘧啶。生物治疗的示例可包括但不限于tnf抑制剂(包括但不局限于英夫利昔单抗、阿达木单抗、依那西普、戈利木单抗、赛妥珠单抗)、il-1抑制剂(包括但是不局限于阿那白滞素)、t细胞调节剂(包括但不仅限于阿巴西普)、b细胞调节剂(包括但并不局限于利妥昔单抗)、il-6受体和il-6抑制剂(包括但不限于托珠单抗和sarilumab)。靶向合成dmard的示例可包括但不限于janus激酶(jak)抑制剂。jak抑制剂包括但不限于托法替尼、巴瑞替尼和乌帕替尼(upadicitinib)。
[0087]
在许多实施方案中，将rp风险评分与参考标准进行比较，以指导治疗决策。用于本文公开的任何实施方案的参考标准可包括来自对照人群的rp风险评分的平均、中间或中值水平。参考标准还可以包括来自同一受试者的较早时间点。例如，参考标准可包括第一时间点，并且rp风险评分可在第二、第三、第四、第五、第六、第七时间点或更多时间点再次确定。早于任何特定时间点的任何时间点都可以被视为参考标准。参考标准还可包括同一受试者的对照或更早时间点的截止值或任何其他统计属性，例如与经历或未经历放射学进展的相似患者的平均水平的标准偏差。在一些实施方案中，在施用特定疗法之前，对照人群可包括健康个体或同一受试者。
[0088]
在一些实施方案中，可以从参考时间点获得rp风险评分，并且可以从稍后的时间点获得不同的评分。第一时间点可以是初始治疗方案或修订的治疗方案开始时或执行第一免疫测定时。时间点之间的间隔可以是天、月、年等。在一些实施方案中，时间点之间间隔是二、三、四、五、六、七、八、九、十、十一、十二、十八、二十四、三十、三十六个月；四、五、六、七、
八、九、十、十一、十二、十三、十四、十五或更多年。
[0089]
时间点之间rp评分的差异可以解释为风险的增加或减少。例如，第二时间点的较低评分可以表示较低的风险水平，第二时间点的较高评分可能表示较高的风险水平。
[0090]
用于治疗的参考疗法
[0091]
在一些实施方案中，基于rp风险评分，患者比参考治疗更积极或不积极地接受治疗。参考疗法是指作为治疗护理标准的任何疗法。ra的护理标准可能在时间和地理上有所不同。
[0092]
在一些实施方案中，比标准疗法更积极的疗法包括比疗法标准更早开始治疗。在一些实施方案中，比标准疗法更积极的疗法包括施用更频繁的剂量、更高剂量、更频繁和更高的剂量、疗法的组合、至少一种附加疗法与标准疗法、通常仅在使用某些其他类型的疗法之后才使用的疗法、或具有比标准疗法更大的不良作用风险的疗法。在各种实施方案中，积极疗法可包括改变的药物组合、改变的药物给药计划或改变的疗法长度。
[0093]
在一些实施方案中，比标准疗法更不积极的疗法包括相对于标准疗法延迟治疗。在一些实施方案中，比标准疗法更不积极的疗法包括施用更不频繁的剂量、更低剂量、更不频繁和更低的剂量、选择较低效力的药物、较少数量的组合使用的治疗、组合疗法中的较少数量化合物、或用较低效力的疗法替代标准疗法、缩短的治疗时间、不良作用风险较低的疗法或根本不治疗。在一些实施方案中，不积极的疗法是标准疗法。ra疗法可能涉及药物选择、药物组合、药物剂量、给药频率和治疗时间。
[0094]
ra的标准治疗包括但不限于常规合成dmard、皮质类固醇、生物制剂、靶向合成dmard和其他免疫抑制剂。免疫抑制剂抑制患者的天然免疫应答，并可能增加感染或疾病的风险。与长期使用nsaids和其他止痛剂相关的风险在本领域中是公认的，包括但不限于消化性溃疡病、肾毒性和肝毒性。ra疗法的不良作用，包括但不限于一种或多种副作用，可能因具体疗法和给药方案而异。ra疗法的不良作用可能包括但不限于感染、免疫抑制、淋巴瘤、癌症、自身免疫性疾病、肝毒性、肺毒性和肾病。
[0095]
用于实施风险评估测试的系统
[0096]
根据各种实施方案的用于测量风险的测试可在通常用于获得测试结果的各种系统上实施，例如来自免疫或核酸检测测定法的结果。此类系统可包括自动化样品制备的模块，其自动化测试(例如测量生物标志物水平)，便于对多个样品进行测试和/或被编程为对每个样品进行相同测试或不同测试。在一些实施方案中，测试系统包括一个平台上的样品制备模块、临床化学模块和免疫测定模块中的一个或多个。测试系统通常设计为，它们还包括用于收集、存储和跟踪结果的模块，例如通过连接并利用驻留在硬件上的数据库。这些模块的示例包括本领域已知的物理和电子数据存储设备，例如硬盘驱动器、闪存、磁带、固态驱动器、usb闪存介质、sd卡、cd、dvd、bluray光盘和云存储。测试系统通常还包括用于报告和/或可视化结果的模块。报告模块的一些示例包括视觉显示或图形用户界面、数据库链接、打印机等。
[0097]
实施方案可包括用于预测受试者的放射学进展风险的系统。在一些实施方案中，系统采用用于将公式应用于包括组中生物标志物的测量水平的输入并输出评分的模块。在一些实施方案中，所测量的生物标志物水平是测试结果，其用作编程以应用公式的计算机的输入。系统可以包括除生物标志物结果之外或与生物标志物结果组合的其他输入，以便
导出输出评分；例如，一个或多个临床参数，例如治疗方案、关节压痛计数(tjc)、关节肿胀计数(sjc)，晨僵，一定数量关节区域(例如但不限于三个或更多关节区域)的关节炎，手关节的关节炎，对称性关节炎，类风湿性结节，放射学改变和其他成像，性别/性，年龄，种族/民族，疾病持续时间，身高，体重，体重指数，家族史，ccp状态，rf状态，esr，吸烟者/非吸烟者等。在一些实施方案中，系统可以将公式应用于标志物水平输入，然后输出风险评分，该风险评分随后可以与其他输入例如其他临床参数结合进行分析。在其他实施方案中，系统被设计为将公式应用于生物标志物和非生物标志物输入(例如临床参数)一起，然后报告复合输出风险指数。
[0098]
目前有许多测试系统可用于实施各种实施方案。这些系统包括但不限于vectra
tm
,architect
tm
,集成免疫化学系统，高通量自动化临床化学分析仪，vitros
tm
,用于从血液和其他体液中产生测试结果的化学分析仪器，dimension
tm
以及用于分析体液的系统，包括用于操作分析仪的计算机软件和硬件。
[0099]
用于确定rp风险评分的试剂盒可包括一种或多种生物标志物检测试剂，其被包装在一起用于实施本技术的任何方法。试剂盒组件可包括但不限于寡核苷酸、对目标生物标志物特异的寡核苷酸、mbda
adj
测试组件、生物标志物核酸的片段、抗体，包括对生物标志物蛋白质或对生物标志核酸编码的蛋白质的抗体、适配体、核酸或抗体的单独容器、附着于固体基质的抗体、将抗体附着在固体基质上的组件、对照制剂、可检测标签、northern杂交组件、夹心elisa或其他类型免疫测定法的组件，以及用于生成rp风险评分的说明。可检测标签可选自包括但不限于荧光素、绿色荧光蛋白、罗丹明、花青染料、alexa染料、荧光素酶和放射性标签的组。试剂盒可包括样品采集组件，包括但不限于样品采集试剂、样品采集器和样品采集容器。试剂盒可包括血清学状态组件。血清学状态组件包括但不限于rf抗体、抗ccp抗体、acpa抗体、对固体基质的抗体、对照制剂、可检测标签、northern杂交组件以及夹心elisa或其他类型免疫测定的组件。
[0100]
在一些实施方案中，生物标志物检测试剂可固定在固体基质上，例如但不限于多孔条。固体基质可包括含有核酸的多个位点、阳性对照的位点、阴性对照的位点，或者对照位点可在单独的固体基质上提供。检测位点可以以任何合适的布置来配置。
[0101]
在一些实施方案中，试剂盒可包括包含一个或多个核酸序列的核酸基底阵列。阵列上的核酸可以靶向由mbda组中的生物标志物代表的一个或多个核酸序列。在一些实施方案中，基底阵列可以在固体基底，例如芯片上或在液体阵列上。参见美国专利5,744,305；xmap(luminex)、raybio抗体阵列(raybiotech)、cellgard(vitra biosciences)和quantum dots’mosaic(invitrogen)。
[0102]
机器可读存储介质可以包括用机器可读数据或数据阵列编码的数据存储材料。当使用用此类数据的指令所编程的机器时，数据和机器可读存储介质能够用于各种目的。此类目的可包括但不限于存储、访问和操纵与受试者或人群随时间变化的风险，或响应炎症性疾病的治疗或药物发现等相关的信息。包括生物标志物的测量和/或放射学进展或rp风险评分的评估的数据可以在包括过程、数据存储系统、一个或多个输入装置和一个或更多个输出装置的可编程计算机上执行的计算机程序中实现。可将程序代码应用于输入数据以执行本文描述的功能并生成输出信息。该输出信息可以应用于一个或多个输出装置。计算机可以是个人计算机、微型计算机或常规设计的工作站。
[0103]
计算机程序可以用高级程序或面向对象编程语言来实现，以与计算机系统通信。这些程序也可以用机器或汇编语言来实现。编程语言可以是编译或解释语言。每个计算机程序可存储在存储介质或装置(例如rom、磁盘、闪存驱动器或服务器)上，并且当计算机读取存储介质或装置以执行所述程序时，可由编程计算机读取，用于配置和操作计算机。任何与健康相关的数据管理系统可被视为以计算机可读存储介质实现，配置有计算机程序，其中存储介质使计算机以特定方式操作以执行其中所述的各种功能。
[0104]
bmi替代评分可从瘦素、性别、性别2和年龄获得；bmi替代评分方法与bmi有很好的相关性。通过优化非疾病相关变量，从五个群组中产生bmi替代评分。
[0105]
本教导的实践也可采用本领域技术范围内的常规统计分析方法。这些技术在文献中有充分解释。参见，例如j.little和d.rubin,statistical analysis with missing data,2nd edition 2002,john wiley and sons,inc.,nj；m.pepe,the statistical evaluation of medical tests for classification and prediction(oxford statistical science series)2003,oxford university press,oxford,uk；x.zhoue等人,statistical methods in diagnostic medicine 2002,john wiley and sons,inc.,nj；t.hastie等人,the elements of statistical learning:data mining,inference,and prediction,second edition 2009,springer,ny；w.cooley和p.lohnes,multivariate procedures for the behavioral science 1962,john wiley and sons,inc.ny；e.jackson,a user’s guide to principal components 2003,john wiley and sons,inc.,ny。
实施例
[0106]
实施例1.基于多变量测定法的开发
[0107]
四个ra群组用于开发多变量模型和测定法。两个ra群组用于训练(opera和brass，n＝555)，两个用于验证(swefot和leiden，n＝397)。每对群组在疾病持续时间和治疗史上都是异质的。一个验证群组的bmi数据不可用，因此使用两个训练群组和另外三个(certain、inform、racer)的前向选择对bmi替代进行建模(五个群组的组合n＝1411)。然后使用线性混合效应回归中的前向选择训练rp风险评分，将疾病相关和人口统计学变量视为一年内改良的总sharp评分(δmtss)变化的预测因子，对群组产生随机作用。使用logistic混合效应回归，验证rp风险评分作为两个截止值(δmtss》3和》5)的rp预测因子。从模型中计算出概率比(or)和95％基于轮廓似然性的置信区间(ci)，并通过似然比检验评估显著性。mbda
adj
的or(ci)为0.0241(0.0101，0.034)。血清阳性的or(ci)为0.928(0.485，1.4)。bmi替代的or(ci)为-0.0632(-0.114，-0.0133)。靶向疗法的or(ci)为-0.608(-1.03，-0.219)。生成风险曲线以显示rp的概率作为rp风险评分的函数。
[0108]
bmi替代评分包括瘦素、性别、年龄和年龄2并且与bmi相关良好(ρ＝0.74)。年龄2是指受试者年龄的平方。在训练中，rp最显著的独立预测因子是mbda
adj
(p＝0.00020)、血清阳性(p＝9.3x10-5
)、bmi替代评分(p＝0.013)和靶向治疗的使用(p＝0.0026)。最终模型为：rp风险评分＝0.92+(0.0241 x mbda
adj
)+(如果血清阳性，则为0.928)-(0.0632 x bmi替代评分)-(如果使用靶向疗法，则为0.608)。在验证中，预测δtss》3或》5的rp风险评分的or(95％ci)分别为2.2(1.6，3.2)(p＝2.6
×
10-6
)和3.1(2.0，5.1)(p＝5.7
×
10-8
)(图1)。分别
对于定义为δtss》3或》5的rp，mbda
adj
每增加21个单位或15个单位，患者发生rp的几率增加50％。见图1。
[0109]
vanier评分是使用以下变量的矩阵风险评分：存在任何侵蚀、类风湿因子(rf)状态、分类的关节肿胀计数(sjc)和分类的c反应蛋白(crp)水平。参见vanier等人，2019rheumatology。我们的结果表明，vanier评分在一个rp评分中仅略微显著(数据未显示)。
[0110]
虽然已经结合其详细描述对本发明进行了描述，但上述描述旨在说明而不是限制本发明的范围，本发明由所附权利要求的范围定义。其他方面、优点和修改在以下权利要求的范围内。
[0111]
本文引用的专利和科学文献确立了本领域技术人员可用的知识。本文引用的所有美国专利和已公布或未公布的美国专利申请均通过引用并入本文。本文引用的所有公开的外国专利和专利申请均通过引用并入本文。本文引用的登录号表示的genbank和ncbi提交文件通过引用并入本文。本文引用的所有其他出版参考文献、文件、手稿和科学文献均通过引用并入本文。
[0112]
虽然本发明已参照其优选实施方案进行了具体展示和描述，但本领域技术人员将理解，在不脱离所附权利要求所涵盖的本发明范围的情况下，可对其进行形式和细节上的各种改变。