用于设计分子的方法、系统和设备的制造方法_2

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可以包括一个或多个服务器设备。 例如,计算系统100可以包括多个服务器设备,其布置为服务器阵列或配置为共享处理资源 的服务器集群。
[0029] 取决于应用,服务器设备106可以与其他计算设备连通以便于使用基于网络或基 于云的计算。例如,服务器设备106可以根据一个或多个网络协议和/或应用级协议与计算 终端102连通,从而执行由计算终端102用户所要求的任务。
[0030] 计算终端102和服务器设备106也可以经由网络104访问服务器数据存储108。服务 器设备106也可以直接与服务器数据存储108连接,如图1中所示。此外,计算系统100也可以 包括另外的服务器数据存储,其直接和/或间接与服务器设备106和/或计算终端102、以及 未示于图1中的包括在计算系统100中的其他服务器设备和/或计算设备连接。服务器数据 存储108可以存储应用数据,用于方便由计算终端102和/或服务器设备106执行的应用操 作。
[0031] 图2为根据示例实施方式的计算终端200的方框图。计算终端200为图1中描述的计 算终端102的一个实例。计算终端200可以为个人计算设备,例如台式、膝上型、笔记本或平 板计算机。
[0032] 计算终端200包括用户界面202、数据存储204、处理器206和通信接口 208,所有这 些可以通过系统总线、网络或其他连接设备210通信链接。
[0033]用户界面202的功能可以允许用户与计算终端200交互。用户界面202可以包括输 入设备212和显示设备214。输入设备212可以包括一个或多个适于接收来自用户的输入的 部件,所述一个或多个部件例如键盘、键板、计算机鼠标和/或跟踪球。用户可以与输入设备 212交互以进行输入。另外或可选择地,输入设备212可以包括数据端口,例如通用串行总线 (USB)端口。在所述实例中,输入设备212可以从插入USB端口中的便携式USB存储设备接收 输入或其他信息。输入设备212可以接收输入和生成输入信号,然后可以将其发送到计算终 端200的其他部件,例如处理器206。
[0034]显示设备214可以包括一个或多个适于生成视觉输出的部件,例如阴极射线管显 示器、液晶显示器、发光二极管显示器、使用数字光处理技术的显示器、打印机和/或现在已 知或以后开发的适于视觉显示信息的任何其他设备。显示设备214可以从计算终端200的部 件(例如处理器206)接收输出信号。然后显示设备214可以生成显示给用户的视觉输出,从 而呈现给用户包括在输出信号中的信息可视化表示。
[0035]在一个实例中,输入设备212和显示设备214可以组合成单一设备,例如触摸或压 敏显示屏。其他实例也可以是可能的。
[0036]数据存储204可以包括现在已知或以后开发的任何类型的非暂时性、可触摸、计算 机可读介质,其可配置为存储可由计算终端200的部件(例如处理器206)执行的程序指令 216。数据存储204也可以存储与计算终端200相关联的其他程序数据218。例如,程序指令 216可以包括操作系统和一个或多个安装在计算终端200上的应用程序。程序数据218可以 包括可由计算终端200的部件访问操作系统数据和应用数据,从而执行分别与操作系统和 应用程序相关联的程序代码。
[0037] 处理器206可以包括一个或多个通用处理器(例如,一个或多个微处理器)和/或一 个或多个专用处理器(例如,一个或多个数字信号处理器、图形处理单元、浮点单元、网络处 理器和/或专用集成电路)。
[0038] 处理器206可以接收和处理来自输入设备212的输入信号。处理器206也可以接收 和处理来自通信接口 208的引入信号。处理输入信号和/或引入信号可以使处理器206通过 访问数据存储204执行程序指令216。执行程序指令216可以使处理器206将数据读和/或写 到程序数据218,生成输出信号并且将输出信号发送至显示设备214,和/或生成输出信号并 且将输出信号发送至通信接口 208。
[0039]通信接口 208可以允许计算终端200经由一个或多个网络(例如图1中描述的网络 104)与其他计算设备连通。例如,通信接口 208可以允许计算终端200与服务器设备106连通 和/或访问服务器数据存储108。因此,通信接口 208可以包括适于经由电路交换和/或分组 交换网络连通的部件。通信接口 208也可以包括适于将计算终端200经由有线和/或无线连 接而连接到一个或多个网络的部件。
[0040]通信接口 208可以经由一个或多个网络接收来自另一个设备的引入信号。通信接 口 208然后可以将引入信号发送至处理器206。通信接口 208也可以经由一个或多个网络接 收来自处理器206的输出信号并且将输出信号发送至一个或多个另外的设备。
[0041]图3为根据示例实施方式的服务器300的方框图。服务器300为图1中所述服务器设 备106的一个实例。服务器300可以包括数据存储302、处理器304和通信接口 306,所有这些 可以通过系统总线、网络或其他连接设备308通信链接。
[0042]数据存储302、处理器304和通信接口 306可以分别与关于图2描述的数据存储204、 处理器206和通信接口 208相同或与其基本类似。类似地,数据存储302可以包括程序指令 310和程序数据312,所述程序指令310和程序数据312分别与关于图2描述的程序指令216和 程序数据218相同或与其基本类似。
[0043]图4为方法400的方框图。计算设备,例如一个或多个图1-3中描述的计算设备,可 以采用方法400基于溶剂体系中参比分子与一种或多种试验分子之间分子相互作用的模拟 来确定模拟结果。
[0044] 在方框402,所述方法400包括接收包括表示参比分子、Μ种试验分子、溶剂和/或接 触概率类型的信息的一个或多个输入。在一个实例中,计算设备可以使显示设备显示图形 用户界面(GUI) AUI可以包括选择参比分子、Μ种试验分子、溶剂和/或接触概率类型的区 域。在另一个实例中,计算设备可以经由不同用户界面例如经由命令行指令接收一个或多 个输入。在又一个实例中,计算设备可以经由现在已知或以后开发的任何硬件部件和/或软 件界面接收一个或多个输入。因此,虽然所述方法400和其他方法描述关于经由GUI接收一 个或多个输入的内容,但理解的是其他实例也是可能的。
[0045]用户可以从包括在GUI上的参比分子区域选择参比分子。在一个实例中,参比分子 区域可以包括用户输入参比分子的化学式的文本框。在另一个实例中,参比分子区域可以 包括一种或多种预定参比分子的下拉菜单(或类似显示)。所述一种或多种预定参比分子的 标识信息可以储存在例如计算设备的内部数据存储或计算设备连接的外部资源,例如服务 器数据存储或便携式存储设备中。
[0046]用户可以与GUI交互以设计Μ种试验分子。对于Μ种试验分子中的每一种,用户可能 从列举许多潜在聚合物和低聚物的下拉菜单中选择聚合物或低聚物。GUI也可以允许用户 选择一个或多个取代基,以在聚合物或低聚物的一个或多个位置上连接至(或接枝至)所述 聚合物或低聚物上。以此方式,GUI可以允许用户设计多种试验分子,从而可基于其在模拟 环境中与参比分子各自的相互作用比较评价。可选择地,聚合物和/或低聚物区域和/或一 个或多个取代基区域可以包括用户可输入Μ种试验分子中一种试验分子的化学式的文本 域。
[0047]潜在的聚合物可以包括但不限于:多糖,明胶,聚乙烯吡咯烷酮,聚(氨基酸)例如 聚(天冬氨酸)或聚(谷氨酸);聚乳酸或这种聚合酸的盐;或合成聚合物,其选自聚环氧烷 烃,例如环氧乙烷均聚物和共聚物;聚乙二醇,例如均聚物和共聚物(包括嵌段共聚物);包 含聚合形式的环氧烷烃,例如环氧乙烷或环氧丙烷;不饱和酸或其盐,例如丙烯酸、甲基丙 烯酸或其盐;不饱和酰胺,例如丙烯酰胺;乙烯基酯;乙烯醇;乙酸酯,例如乙酸乙烯酯;烯化 亚胺,例如乙烯亚胺;氧化亚乙基烷基醚,乙烯吡咯烷酮,乙烯基噁唑烷酮,乙烯基甲基噁唑 烷酮,亚乙基二磺酸,乙烯胺,乙烯基吡啶,或烯键式不饱和硫酸酯或磺酸酯。示例性多糖为 淀粉天然胶,其包含含甘露糖重复单元的多糖水胶体,角叉菜聚糖(carrageenans ),阿拉伯 树胶,黄原胶,刺梧桐树胶,黄蓍树胶,阔叶榆绿木胶,角叉菜聚糖(carrageenan),葡聚糖, 藻酸盐,琼脂,胞外多糖胶,这种果胶,淀粉,淀粉衍生物,瓜尔胶衍生物,特别是纤维素。针 对本发明的目的,聚合物典型地包含至少50个重复单元,更典型地,至少100个重复单元。 [0048] 潜在的低聚物可以包括但不限于,聚乙二醇和环葡聚糖(cyclodextrans)。针对本 发明的目的,聚合物典型地包含4个至小于50个、更典型地6个至20个重复单元。
[0049] -类潜在的取代基包括单体基团,其包括但不限于:烷基,例如Ch-烷基(如甲基、 乙基或丙基);羟烷基,例如羟基-C 2-4-烷基(如羟乙基、羟丙基或羟丁基);长链支化和未支 化的具有6个或更多碳原子的烷基、烷基芳基或芳基烷基;酰基,例如乙酸酯、丙酸酯、丁酸 酯、琥珀酸酯、邻苯二甲酸酯、马来酸酯、偏苯三酸酯或乳酸酯基团;阳离子基团,例如羧基-&-C3-烷基(如羧甲基)、琥珀酸酯、邻苯二甲酸酯、马来酸酯或偏苯三酸酯。
[0050] 其他潜在的取代基包括低聚物和聚合物基团,其能够接枝到另一种聚合物或低聚 物例如聚环氧乙烷或聚乙酸乙烯酯上。作为另一个实例,聚乙二醇("PEG")一般是指分子质 量低于20,000道尔顿的环氧乙烷的低聚物和聚合物,其可以为另一类取代基。GUI可以允许 用户将一个或多个PEG通过PEG化(pegylation)共价接枝到另一种聚合物或低聚物。此外, 所述一个或多个PEG可以具有不同几何形状,其可能影响可以连接(或接枝)一个或多个PEG 形成辅料的位置。例如,支化PEG或星形PEG可以具有从中心核基团或分子发出的一个或多 个PEG链,和/或梳形PEG可以具有可接枝到另一种聚合物或低聚物上的多个PEG链。聚合物 或低聚物取代基的其他实例也是可能的。
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