专利名称：一种查找特定代谢通路miRNA靶基因的方法
技术领域：
本发明属于生物技术领域，涉及到特定代谢通路下查找miRNA靶基因的方面。
背景技术：
miRNA或称为MicroRNA，即微小核糖核酸，是一类由内源基因编码的长度约为22 个核苷酸的非编码单链RNA(核糖核酸)分子，在动物和植物中广泛表达。miRNA的大小约为21-23个碱基，已经被鉴别的miRNA大多是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer (核糖核酸酶III的一种)酶加工后生成，有5’磷酸基和3’羟基， 定位于RNA前体的3’端或者5’端，广泛存在于高等生物细胞中。因之具有破坏目标特异性基因的转录产物或者诱导翻译抑制的功能，miRNA被认为在调控发育过程中有重要作用 miRNA的作用机理区别于一般的mRNA (信使核糖核酸)降解机制。成熟的miRNA被弓|导进入沉默复合体(RISC)中，单链的miRNA已不完全互补的方式结合到靶基因转录的mRNA结合位点上，通过碱基的互补配对，抑制蛋白质的翻译，从而调控靶基因表达。这种机制的miRNA 结合位点通常在mRNA的3’端非编码区段。miRNA作为一种参与调控基因表达的分子，广泛作用于真核生物的生理、生化作用过程中，这些miRNAs通过影响靶基因的翻译表达过程，调节了细胞生长，组织分化，因而与生命过程中发育、疾病有关。在miRNA的相关研究中，miRNA靶基因研究显得十分重要，目前，基于生物信息学计算方法的miRNA靶基因查找技术已经相当成熟，利用分析软件可以比较准确的得出目标miRNA的靶基因以及它们的相互调节通路。本发明设计了一种miRNA靶基因的分析方法，查找特定代谢通路下miRNA的靶基因。通过这种方法实现在特定方向如癌症、细胞凋亡等方面的miRNA研究。
发明内容
本发明所述方法主要用于特定代谢通路下的miRNA靶基因的查找，通过应用几种生物信息学数据分析软件以及两大数据库Gene Ontology (http://www. geneontology. org/)禾口Pathway (http //www. genome, jp/kegg/pathway. html)实现对 miRNA 的准确查找。该方法包括如下几个步骤步骤一、靶基因分析。步骤二、靶基因Gene Ontology分析步骤三、靶基因pattiway分析步骤四、结果分析。
图1、本发明所述一种查找特定代谢通路miRNA靶基因的方法的实施流程图。实施方式
本方法针对给定的目标miRNA进行分析，其具体的实施方法有下面几个步骤步骤一、靶基因分析。本方法中，使用如下三种常用生物信息软件PicTar 2005 :http//pictar· mdc-berlin. de/cgi-bin/PicTar_vertebrate. cgimiRanda v5 :http://www. ebi. ac. uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ TargetScan 5. 1 :http://www. targetscan. org/对给定的miRNA进行靶基因预测，综合三种软件的预测结果，获得miRNA所有的靶基因，统计成列表。步骤二、靶基因Gene Ontology分析。将步骤一中所得的靶基因分为上调基因和下调基因两个集合，使用R(http://WWW. r-project. org/)统计平台下的GSEABase软件包， 分别向Gene ontology数据库的各个节点进行映射，计算各个节点的基因数目。步骤三、靶基因pattway分析。将步骤一中所得的靶基因分为上调基因和下调基因两个集合，使用 GenMAPP v2. 1 (http //www. genmapp. org/)软件，分别向 KEGG pathway 数据库进行映射，并统计基因在每个pattiway中的富集程度(enrichment p-value)。步骤四、结果分析。综合步骤三和步骤四的分析结果，利用给定的代谢通路特征信息如癌症(Pattiways in cancer)、细胞凋亡(apoptosis)等，标记出分析结果中对应的代谢通路，并依据代谢通路查找出结果中相关的miRNA靶基因。以上是对本发明的描述而非限定，基于本发明思想的其它实施方式，均在本发明的保护范围之中。
权利要求
1.本发明所述的一种查找特定代谢通路miRNA靶基因的方法，他包括如下几步主要特征步骤一、靶基因分析。 步骤二、靶基因Gene Ontology分析步骤三、靶基因pattiway分析步骤四、结果分析。
全文摘要
本发明设计了一种miRNA靶基因的分析方法，查找特定代谢通路下miRNA的靶基因，以实现在特定方向如癌症、细胞凋亡等方面的miRNA研究，它包括几个主要步骤步骤一、靶基因分析；步骤二、靶基因Gene Ontology分析；步骤三、靶基因pathway分析；步骤四、结果分析。
文档编号C12Q1/68GK102321736SQ20101056165
公开日2012年1月18日 申请日期2010年11月25日 优先权日2010年11月25日
发明者曾华宗 申请人:上海聚类生物科技有限公司