Mlh1基因的应用及检测胃肠道间质瘤的试剂盒的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一种MLH1基因的应用及检测胃肠道间质瘤的试剂盒。其中，该试剂盒包括：MLH1基因的测序引物。本发明的发明人发现胃肠道间质瘤除了由常见的KIT和PDGFRA基因突变引起之外，MLH1（V384D）基因突变也是引起胃肠道间质瘤的原因之一。基于此，应用本发明的用于检测胃肠道间质瘤的试剂盒可以快速准确地检测胃肠道间质瘤的MLH1突变位点，辅助胃肠道间质瘤的诊断，从而辅助胃肠道间质瘤的治疗。而且，利用本发明的试剂盒检测到MLH1（V384D）基因突变就可以有针对性的对患者采用基因靶向药物进行治疗，使靶向药物的使用更具针对性。
【专利说明】MLH1基因的应用及检测胃肠道间质瘤的试剂盒
【技术领域】
[0001]本发明涉及医药领域，具体而言，涉及一种MLHl基因的应用及检测胃肠道间质瘤的试剂盒。
【背景技术】
[0002]胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumor,GIST)是消化道最常见的间叶源性肿瘤，以往多被误诊为平滑肌瘤或平滑肌肉瘤。1983年Mazur和Clark首先提出GIST概念，认为其起源与胃肠道肌层的Cajal细胞有关。近年来对该病认识逐渐深入，普遍认为GIST是表达具有酪氨酸激酶活性的生长因子受体KIT蛋白的间质性肿瘤。
[0003]胃肠道间质瘤占胃肠道恶性肿瘤的I~3%，估计年发病率约为10-20/100万，多发于中老年患者，40岁以下患者少见，男女发病率无明显差异。GIST大部分发生于胃(50~70%)和小肠(20~30%)，结直肠约占10~20%，食道占O~6%，肠系膜、网膜及腹腔后罕见。GIST病人20-30%是恶性的，第一次就诊时约有11~47%已有转移，转移主要在肝和腹腔。
[0004]胃肠道间质瘤无特异性临床表现，病程可短至数天长至20年，恶性GIST病程较短，多在数月以内，良性或早期者无症状。GIST的主要症状依赖于肿瘤的大小和位置，通常无特异性。胃肠道出血是最常见症状。贲门部GIST吞咽不适、吞咽困难症状也很常见。部分病人因溃疡穿孔就诊，可增加腹腔种植和局部复发的风险。常见症状有腹痛、包块及消化道出血及胃肠道梗阻等。腹腔播散可出现腹水，恶性GIST可有体重减轻、发热等症状。
[0005]目前，胃肠道间质瘤的诊断可通过胃镜、超声胃镜检查、CT、X线钡餐示边缘整齐、园形充盈缺损、基因突变 诊断等检测手段进行检查。其中，基因突变诊断主要包括:
[0006]5^7%的胃肠道间质肿瘤中⑶117表达是阴性的，此时胃肠道间质肿瘤的诊断要依靠基因突变类型检测，80%以上的胃肠道间质肿瘤的基因突变类型是KIT或者TOGFRA的突变，这些突变在肿瘤形成的早期就能检测到，已经发现的KIT的突变类型有4种，外显子9(10.3%)，外显子11 (87.2%)，外显子13 (2.1%)，外显子17 (0.4%),PDGFR的突变发生在没有KIT突变的肿瘤中，有三种突变类型外显子12 (3%)，外显子14 (<1%)，外显子18 (97%)，基因突变的检测可以进一步的明确诊断CD117阴性的患者，诊断家族性胃肠道间质肿瘤，评价小儿胃肠道间质肿瘤、指导化疗、预测化疗的效果。所以，基因突变的监测在胃肠道间质肿瘤的诊治过程中都是势在必行。
[0007]DOGl (Discovered on GIST-1)是最近发现的一种在GIST中特异表达的一种细胞膜表面蛋白，由DOGl基因编码，是一种功能尚不明确的蛋白，A.P.Dei Tos等发现在139例胃肠道间质肿瘤肿瘤组织中有136例有表达(敏感度97.8%)，并且CD117阴性的胃肠道间质肿瘤中DOGl都有较强的表达，并且在438例非胃肠道间质肿瘤中仅有4例有DOGl的表达，这提示DOGl是一个特异的胃肠道间质肿瘤的诊断标准，尤其适用于⑶117以及KIT和PDGFRA突变基因检测阴性的胃肠道间质肿瘤的诊断。
[0008]目前，人们仍在继续寻找检测胃肠道间质瘤的新手段。
【发明内容】
[0009]本发明旨在提供一种MLHl基因的应用及检测胃肠道间质瘤的试剂盒，以提供一种新的检测胃肠道间质瘤的方法。
[0010]为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种检测胃肠道间质瘤的试剂盒。该试剂盒包括:MLH1基因的测序引物。
[0011]进一步地，MLHl基因的测序引物包括检测MLHl基因位于3号染色体第37067240位序列的引物。
[0012]进一步地，测序引物包括引物I和/或引物2，引物I具有如SEQ NO:1的序列；弓丨物2具有如SEQ NO:2的序列。
[0013]进一步地，该试剂盒包括:DNA提取试剂，DNA测序试剂。
[0014]根据本发明的另一个方面，提供MLHl基因在检测胃肠道间质瘤的试剂盒中的应用。
[0015]根据本发明的再一个方面，提供MLHl基因在筛选胃肠道间质瘤靶向药物中的应用。
[0016]根据本发明的又一个方面，提供MLHl基因在检测胃肠道间质瘤中的应用。
[0017]根据本发明的又一个方面，提供一种检测胃肠道间质瘤的方法。该方法包括以下步骤:提取待测样本的基因组DNA，对基因组DNA中的MLHl基因进行测序；判断MLHl基因是否存在基因突变。`
[0018]进一步地，判断MLHl基因是否存在3号染色体第37067240位T到A的基因突变。
[0019]进一步地,采用1n Torrent PGM测序仪或PCR联合sanger法对MLHl基因进行测序。
[0020]本发明的发明人发现胃肠道间质瘤除了由常见的KIT和TOGFRA基因突变引起之外，MLHl (V384D)基因突变也是引起胃肠道间质瘤的原因之一。基于此，应用本发明的用于检测胃肠道间质瘤的试剂盒可以快速准确地检测胃肠道间质瘤的MLHl突变位点，辅助胃肠道间质瘤的诊断，从而辅助胃肠道间质瘤的治疗。而且，利用本发明的试剂盒检测到MLHl (V384D)基因突变就可以有针对性的对患者采用基因靶向药物进行治疗，使靶向药物的使用更优针对性。
【专利附图】
【附图说明】
[0021]构成本申请的一部分的说明书附图用来提供对本发明的进一步理解，本发明的示意性实施例及其说明用于解释本发明，并不构成对本发明的不当限定。在附图中:
[0022]图1示出了本发明具体实例中23-NJ比对结果；
[0023]图2示出了本发明具体实例中23-NJ信号峰图；
[0024]图3示出了本发明具体实例中27-NJ比对结果；
[0025]图4示出了本发明具体实例中27-NJ信号峰图；
[0026]图5示出了本发明具体实例中70-NJ比对结果；
[0027]图6示出了本发明具体实例中70-NJ信号峰图；
[0028]图7示出了本发明具体实例中89-NJ比对结果；
[0029]图8示出了本发明具体实例中89-NJ信号峰图。【具体实施方式】
[0030]需要说明的是，在不冲突的情况下，本申请中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。下面将参考附图并结合实施例来详细说明本发明。
[0031]通过测序，本发明的发明人发现在125例胃肠道间质瘤患者中有15例发生了 MLHl基因错义突变(chr7:37067240，T->A, V384D)，这在以前的报道中是未曾提到的，随后发明人又采用了不同的测序法对MLHl突变位点进行验证，证明此突变确实存在。样本信息统计如表1所示:
[0032]表1
[0033]
【权利要求】
1.一种检测胃肠道间质瘤的试剂盒，其特征在于，包括=MLHl基因的测序引物。
2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述MLHl基因的测序引物包括扩增MLHl基因位于3号染色体第37067240位序列的引物。
3.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述测序引物包括引物I和/或引物2，所述引物I具有如SEQNO:1的序列；所述引物2具有如SEQNO:2的序列。
4.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，进一步包括:DNA提取试剂，DNA测序试剂。
5.MLHl基因在检测胃肠道间质瘤的试剂盒中的应用。
6.MLHl基因在筛选胃肠道间质瘤靶向药物中的应用。
7.MLHl基因在检测胃肠道间质瘤中的应用。
8.—种检测胃肠道间质瘤的方法，其特征在于，包括以下步骤: 提取待测样本的基因组DNA，对所述基因组DNA中的MLHl基因进行测序； 判断所述MLHl基因是否存在基因突变。
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，判断所述MLHl基因是否存在3号染色体第37067240位T到A的基因突变。
10.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，对所述基因组DNA中的MLHl基因进行测序的引物包括引物I和/或引物`2，所述引物I具有如SEQNO: I的序列；所述引物2具有如SEQ NO:2白勺序列。
【文档编号】C12Q1/68GK103865981SQ201210530720
【公开日】2014年6月18日 申请日期:2012年12月10日 优先权日:2012年12月10日
【发明者】叶桦, 楼峰, 唐川宁, 陈思毅 申请人:北京圣谷同创科技发展有限公司