治疗抑郁症和重性抑郁障碍的方法与流程

文档序号:12140414阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种治疗个体的抑郁症和/或MDD的方法,其包括对经鉴定为(i)COL26A1 rs4045阳性,(ii)CACNA1C变体阳性,(iii)CSMD1变体阳性,(iv)ZSCAN4变体阳性,(v)ZNF551变体阳性,(vi)COL26A1 rs4045阳性和CACNA1C变体阳性,(vii)COL26A1 rs4045、CACNA1C和CSMD1变体阳性,(viii)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1和ZSCAN4变体阳性,(ix)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4和ZNF551变体阳性,(x)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4、DYM和基因间变体阳性,或(xi)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4、DYM、LINC00348、FOXL2NB和基因间变体阳性的个体施用沃替西汀。

2.根据权利要求1所述的方法,其中所述个体罹患重性抑郁障碍(MDD)。

3.根据权利要求1所述的方法,其包括确定所述个体为COL26A1 rs4045纯合的。

4.根据权利要求1所述的方法,其中所述个体为CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体杂合的。

5.根据权利要求1所述的方法,其中所述个体为所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体纯合的。

6.根据权利要求1所述的方法,其中所述个体为COL26A1 rs4045、CACNA1C和CSMD1变体阳性的。

7.根据权利要求6所述的方法,其中所述CACN41C变体选自:rs7297992、rs7297582、rs2239042、rs3819532、rs2239079、rs2239080、kgp5074525、rs4765961、kgp1052923、kgp1390211、rs7311147、rs12312322、rs2108636、rs2238043、rs7295089、kgp3964892、rs10848664、kgp2586442、rs4765700、rs2238095、rs12312322、rs7972947、rs10848664、rs2370602及其组合。

8.根据权利要求6所述的方法,其中所述CACNA1C变体选自:rs7297582、rs2239042、rs7311147及其组合。

9.根据权利要求1所述的方法,其中所述个体具有rs4045、rs59420002、rs7297582、rs2239042和rs7311147变体。

10.根据权利要求1所述的方法,其中所述个体具有rs4045、rs59420002、rs7297582、rs2239042、rs7311147、rs12983596和rs9749513变体。

11.根据权利要求1所述的方法,其中所述个体具有rs4045、rs59420002、rs7297582、rs2239042、rs7311147、rs9304796、rs73064580、rs12983596、rs12984275、rs9749513、rs12609579、rs4239480、rs9676604和rs12162232变体。

12.根据权利要求9所述的方法,其中所述个体具有下列一者或多者:rs9304796、rs73064580、rs12983596、rs12984275、rs9749513、rs12609579、rs4239480、rs9676604、rs12162232、rs10417057、rs10403851、rs56066537、rs112783430、rs9749360和rs12162230。

13.根据权利要求1所述的方法,其中所述CSMD1变体为rs59420002。

14.根据权利要求1所述的方法,其中所述ZSCAN4变体选自:rs9304796、rs73064580、rs12983596、rs12984275、rs9749513、rs12609579、rs4239480、rs9676604、rs12162232、rs10417057、rs10403851、rs56066537、rs112783430、rs9749360及其组合。

15.根据权利要求14所述的方法,其中所述ZSCAN4变体为rs12983596和/或rs9749513。

16.根据权利要求1所述的方法,其中所述ZNF551变体为rs12162230。

17.一种确定罹患抑郁症和/或MDD的个体在接受沃替西汀治疗时将经历增强的治疗效果的可能性的方法,其包括:分析来自所述个体的生物样品,以确定来自所述个体的核酸中是否存在COL26A1 rs4045和/或CACNA1C变体和/或CSMD1变体和/或ZSCAN4变体和/或ZNF551变体和/或DYM变体和/或LINC00348变体和/或FOXL2NB变体和/或基因间变体;以及当在所述样品中检测到所述COL26A1 rs4045和/或所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体时,确定所述个体在接受沃替西汀治疗时是否可能经历增强的治疗效果。

18.根据权利要求17所述的方法,其中所述个体具有重性抑郁障碍(MDD)的临床诊断。

19.根据权利要求17所述的方法,其中所述CACNA1C序列变体选自:rs7297992、rs7297582、rs2239042、rs3819532、rs2239079、rs2239080、kgp5074525、rs4765961、kgp1052923、kgp1390211、rs7311147、rs12312322、rs2108636、rs2238043、rs7295089、kgp3964892、rs10848664、kgp2586442、rs4765700、rs2238095、rs12312322、rs7972947、rs10848664、rs2370602及其组合。

20.根据权利要求17所述的方法,其中所述CACNA1C序列变体选自:rs7297582、rs2239042、rs7311147及其组合。

21.根据权利要求17所述的方法,其中所述样品选自:体液样品、组织样品、细胞和分离的核酸。

22.根据权利要求21所述的方法,其中所述分离的核酸包含DNA。

23.根据权利要求21所述的方法,其中所述分离的核酸包含RNA。

24.根据权利要求17所述的方法,其中所述分析包括将RNA逆转录产生cDNA。

25.根据权利要求17所述的方法,其包括检测来自所述个体的核酸中COL26A1 rs4045和/或CACNA1C变体和/或CSMD1变体和/或ZSCAN4变体和/或ZNF551变体和/或DYM变体和/或LINC00348变体和/或FOXL2NB变体和/或基因间变体的存在。

26.根据权利要求17所述的方法,其包括确定所述个体为COL26A1 rs4045纯合的。

27.根据权利要求26所述的方法,其包括确定所述个体为所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体杂合的。

28.根据权利要求26所述的方法,其包括确定所述个体为所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体纯合的。

29.根据权利要求17所述的方法,其中所述CSMD1变体为rs59420002。

30.根据权利要求17所述的方法,其中所述ZSCAN4变体选自:rs9304796、rs73064580、rs12983596、rs12984275、rs9749513、rs12609579、rs4239480、rs9676604、rs12162232、rs10417057、rs10403851、rs56066537、rs112783430、rs9749360及其组合。

31.根据权利要求30所述的方法,其中所述ZSCAN4变体为rs12983596和/或rs9749513。

32.根据权利要求17所述的方法,其中所述ZNF551变体为rs12162230。

33.一种确定罹患抑郁症和/或MDD的个体对沃替西汀的治疗将产生有利反应的可能性的方法,其包括:分析来自所述个体的生物样品,以确定来自所述个体的核酸中COL26A1 rs4045和/或CACNA1C变体和/或CSMD1变体和/或ZSCAN4变体和/或ZNF551变体和/或DYM变体和/或LINC00348变体和/或FOXL2NB变体和/或基因间变体的存在;以及当所述个体为COL26A1 rs4045纯合的和/或具有CACNA1C变体和/或CSMD1变体和/或ZSCAN4变体和/或ZNF551变体和/或DYM变体和/或LINC00348变体和/或FOXL2NB变体和/或基因间变体时,则确定所述个体可能对沃替西汀的治疗产生有利反应。

34.根据权利要求33所述的方法,其中所述个体具有重性抑郁障碍(MDD)的临床诊断。

35.根据权利要求33所述的方法,其中所述CACNA1C序列变体选自:rs7297992、rs7297582、rs2239042、rs3819532、rs2239079、rs2239080、kgp5074525、rs4765961、kgp1052923、kgp1390211、rs7311147、rs12312322、rs2108636、rs2238043、rs7295089、kgp3964892、rs10848664、kgp2586442、rs4765700、rs2238095、rs12312322、rs7972947、rs10848664、rs2370602及其组合。

36.根据权利要求33所述的方法,其中所述CACNA1C序列变体选自:rs7297582、rs2239042、rs7311147及其组合。

37.根据权利要求33所述的方法,其中所述生物样品选自:体液样品、组织样品、细胞和分离的核酸。

38.根据权利要求37所述的方法,其中所述分离的核酸包含DNA。

39.根据权利要求37所述的方法,其中所述分离的核酸包含RNA。

40.根据权利要求39所述的方法,其中所述分析包括将RNA逆转录产生cDNA。

41.根据权利要求33所述的方法,其中所述分析包括核酸测序。

42.根据权利要求33所述的方法,其包括确定所述个体为COL26A1 rs4045纯合的。

43.根据权利要求42所述的方法,其包括确定所述个体为所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体杂合的。

44.根据权利要求42所述的方法,其包括确定所述个体为所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体纯合的。

45.根据权利要求33所述的方法,其中所述CSMD1变体为rs59420002。

46.根据权利要求33所述的方法,其中所述ZSCAN4变体选自:rs9304796、rs73064580、rs12983596、rs12984275、rs9749513、rs12609579、rs4239480、rs9676604、rs12162232、rs10417057、rs10403851、rs56066537、rs112783430、rs9749360及其组合。

47.根据权利要求46所述的方法,其中所述ZSCAN4变体为rs12983596和/或rs9749513。

48.根据权利要求33所述的方法,其中所述ZNF551变体为rs12162230。

49.一种治疗罹患抑郁症和/或MDD的个体的认知损害的方法,其包括对经鉴定为(i)COL26A1 rs4045阳性,(ii)CACNA1C变体阳性,(iii)CSMD1变体阳性,(iv)ZSCAN4变体阳性,(v)ZNF551变体阳性,(vi)COL26A1 rs4045阳性和CACNA1C变体阳性,(vii)COL26A1 rs4045、CACNA1C和CSMD1变体阳性,(viii)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1和ZSCAN4变体阳性,(ix)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4和ZNF551变体阳性,(x)COL26A1rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4、DYM和基因间变体阳性,或(xi)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4、DYM、LINC00348、FOXL2NB和基因间变体阳性的个体施用沃替西汀。

50.根据权利要求49所述的方法,其中所述个体还罹患重性抑郁障碍(MDD)。

51.根据权利要求49所述的方法,其中所述个体为COL26A1 rs4045纯合的。

52.根据权利要求49所述的方法,其中所述个体为所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体杂合的。

53.根据权利要求49所述的方法,其中所述个体为所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体纯合的。

54.根据权利要求49所述的方法,其中所述个体具有所述rs4045变体和/或CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体。

55.根据权利要求49所述的方法,其中所述CACNA1C变体选自:rs7297992、rs7297582、rs2239042、rs3819532、rs2239079、rs2239080、kgp5074525、rs4765961、kgp1052923、kgp1390211、rs7311147、rs12312322、rs2108636、rs2238043、rs7295089、kgp3964892、rs10848664、kgp2586442、rs4765700、rs2238095、rs12312322、rs7972947、rs10848664、rs2370602及其组合。

56.根据权利要求49所述的方法,其中所述CSMD1变体为rs59420002。

57.根据权利要求49所述的方法,其中所述ZSCAN4变体选自:rs9304796、rs73064580、rs12983596、rs12984275、rs9749513、rs12609579、rs4239480、rs9676604、rs12162232、rs10417057、rs10403851、rs56066537、rs112783430、rs9749360及其组合。

58.根据权利要求57所述的方法,其中所述ZSCAN4变体为rs12983596和/或rs9749513。

59.根据权利要求49所述的方法,其中所述ZNF551变体为rs12162230。

60.一种确定罹患(a)认知损害和(b)抑郁症和/或MDD的个体在接受沃替西汀治疗时将经历增强的治疗效果的可能性的方法,其包括:分析来自所述个体的生物样品,以确定来自所述个体的核酸中是否存在COL26A1 rs4045和/或CACNA1C变体和/或CSMD1变体和/或ZSCAN4变体和/或ZNF551变体和/或DYM变体和/或LINC00348变体和/或FOXL2NB变体和/或基因间变体;以及当在所述样品中检测到(i)COL26A1 rs4045,(ii)CACNA1C变体,(iii)CSMD1变体,(iv)ZSCAN4变体,(v)ZNF551变体,(vi)COL26A1 rs4045和CACNA1C变体,(vii)COL26A1 rs4045、CACNA1C和CSMD1变体,(viii)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1和ZSCAN4变体,(ix)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4和ZNF551变体,(x)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4、DYM和基因间变体,或(xi)COL26A1 rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4、DYM、LINC00348、FOXL2NB和基因间变体时,则确定所述个体在接受沃替西汀治疗时可能经历增强的治疗效果。

61.根据权利要求60所述的方法,其中所述个体具有重性抑郁障碍(MDD)的临床诊断。

62.根据权利要求60所述的方法,其中所述CACNA1C序列变体选自:rs7297992、rs7297582、rs2239042、rs3819532、rs2239079、rs2239080、kgp5074525、rs4765961、kgp1052923、kgp1390211、rs7311147、rs12312322、rs2108636、rs2238043、rs7295089、kgp3964892、rs10848664、kgp2586442、rs4765700、rs2238095、rs12312322、rs7972947、rs10848664、rs2370602及其组合。

63.根据权利要求60所述的方法,其中所述CSMD1变体为rs59420002。

64.根据权利要求60所述的方法,其中所述ZSCAN4变体选自:rs9304796、rs73064580、rs12983596、rs12984275、rs9749513、rs12609579、rs4239480、rs9676604、rs12162232、rs10417057、rs10403851、rs56066537、rs112783430、rs9749360及其组合。

65.根据权利要求64所述的方法,其中所述ZSCAN4变体为rs12983596和/或rs9749513。

66.根据权利要求60所述的方法,其中所述ZNF551变体为rs12162230。

67.一种确定罹患(a)认知损害和(b)抑郁症和/或MDD的个体对沃替西汀的治疗将产生有利反应的可能性的方法,其包括:分析来自所述个体的生物样品,以确定来自所述个体的核酸中COL26A1 rs4045和/或CACNA1C变体和/或CSMD1变体和/或ZSCAN4变体和/或ZNF551变体和/或DYM变体和/或LINC00348变体和/或FOXL2NB变体和/或基因间变体的存在;以及当所述个体为(i)COL26A1 rs4045阳性,(ii)CACNA1C变体阳性,(iii)CSMD1变体阳性,(iv)ZSCAN4变体阳性,(v)ZNF551变体阳性,(vi)COL26A1rs4045阳性和CACNA1C变体阳性,(vii)COL26A1rs4045、CACNA1C和CSMD1变体阳性,(viii)COL26A1rs4045、CACNA1C、CSMD1和ZSCAN4变体阳性,(ix)COL26A1rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4和ZNF551变体阳性,(x)COL26A1rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4、DYM和基因间变体阳性,或(xi)COL26A1rs4045、CACNA1C、CSMD1、ZSCAN4、DYM、LINC00348、FOXL2NB和基因间变体阳性时,则确定所述个体可能对沃替西汀的治疗产生有利反应。

68.根据权利要求67所述的方法,其中所述个体具有重性抑郁障碍(MDD)的临床诊断。

69.根据权利要求67所述的方法,其中所述CACNA1C序列变体选自:rs7297992、rs7297582、rs2239042、rs3819532、rs2239079、rs2239080、kgp5074525、rs4765961、kgp1052923、kgp1390211、rs7311147、rs12312322、rs2108636、rs2238043、rs7295089、kgp3964892、rs10848664、kgp2586442、rs4765700、rs2238095、rs12312322、rs7972947、rs10848664、rs2370602及其组合。

70.根据权利要求67所述的方法,还包括确定所述个体为所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体杂合的。

71.根据权利要求67所述的方法,还包括确定所述个体为所述CACNA1C变体和/或所述CSMD1变体和/或所述ZSCAN4变体和/或所述ZNF551变体和/或所述DYM变体和/或所述LINC00348变体和/或所述FOXL2NB变体和/或所述基因间变体纯合的。

72.根据权利要求67所述的方法,其中所述CSMD1变体为rs59420002。

73.根据权利要求67所述的方法,其中所述ZSCAN4变体选自:rs9304796、rs73064580、rs12983596、rs12984275、rs9749513、rs12609579、rs4239480、rs9676604、rs12162232、rs10417057、rs10403851、rs56066537、rs112783430、rs9749360及其组合。

74.根据权利要求73所述的方法,其中所述ZSCAN4变体为rs12983596和/或rs9749513。

75.根据权利要求67所述的方法,其中所述ZNF551变体为rs12162230。

76.根据权利要求50、61和68中任一项所述的方法,其中所述个体为COL26A1rs4045、CACNA1C、CSMD1和ZSCAN4变体阳性的。

77.根据权利要求1、17、33、49、60和67中任一项所述的方法,其中所述DYM变体为rs62104612。

78.根据权利要求1、17、33、49、60和67中任一项所述的方法,其中所述LINC00348变体为rs145136593。

79.根据权利要求1、17、33、49、60和67中任一项所述的方法,其中所述FOXL2NB变体为rs116191388。

80.根据权利要求1、17、33、49、60和67中任一项所述的方法,其中所述基因间变体选自:rs1998609、rs4142192及其组合。

81.一种试剂盒,其包含:(i)与独立选自下列各者的遗传变体特异性杂交的至少一对引物:rs4045、rs59420002、rs7297582、rs2239042和rs7311147,以及(ii)与所述遗传变体杂交的以可检测的方式标记的探针。

82.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒包含:与rs4045特异性杂交的一对引物;与rs59420002特异性杂交的一对引物;与rs7297582特异性杂交的一对引物;与rs2239042特异性杂交的一对引物;以及与rs7311147特异性杂交的一对引物。

83.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包含与独立选自下列各者的遗传变体特异性杂交的至少一对引物:rs7297992、rs7297582、rs2239042、rs3819532、rs2239079、rs2239080、kgp5074525、rs4765961、kgp1052923、kgp1390211、rs7311147、rs12312322、rs2108636、rs2238043、rs7295089、kgp3964892、rs10848664、kgp2586442、rs4765700、rs2238095、rs12312322、rs7972947、rs10848664和rs2370602。

84.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包含与rs59420002特异性杂交的一对引物。

85.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包含与独立选自下列各者的遗传变体特异性杂交的至少一对引物:rs9304796、rs73064580、rs12983596、rs12984275、rs9749513、rs12609579、rs4239480、rs9676604、rs12162232、rs10417057、rs10403851、rs56066537、rs112783430和rs9749360。

86.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包含与rs12162230特异性杂交的一对引物。

87.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包含与rs62104612特异性杂交的一对引物。

88.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包含与rs145136593特异性杂交的一对引物。

89.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包含与rs116191388特异性杂交的一对引物。

90.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包含与独立选自rs1998609和rs4142192的遗传变体特异性杂交的至少一对引物。

91.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒包含:与rs4045特异性杂交的一对引物;与rs59420002特异性杂交的一对引物;与rs7297582特异性杂交的一对引物;与rs2239042特异性杂交的一对引物;与rs7311147特异性杂交的一对引物;与rs12983596特异性杂交的一对引物;以及与rs9749513特异性杂交的一对引物。

92.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒包含:与rs4045特异性杂交的一对引物;与rs59420002特异性杂交的一对引物;与rs7297582特异性杂交的一对引物;与rs2239042特异性杂交的一对引物;与rs7311147特异性杂交的一对引物;与rs12983596特异性杂交的一对引物;与rs9749513特异性杂交的一对引物;与rs62104612特异性杂交的一对引物;与rs1998609特异性杂交的一对引物;以及与rs4142192特异性杂交的一对引物。

93.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒包含:与rs4045特异性杂交的一对引物;与rs59420002特异性杂交的一对引物;与rs7297582特异性杂交的一对引物;与rs2239042特异性杂交的一对引物;与rs7311147特异性杂交的一对引物;与rs12983596特异性杂交的一对引物;与rs9749513特异性杂交的一对引物;与rs62104612特异性杂交的一对引物;与rs1998609特异性杂交的一对引物;与rs145136593特异性杂交的一对引物;以及与rs116191388特异性杂交的一对引物。

94.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述试剂盒包含:与rs4045特异性杂交的一对引物;与rs59420002特异性杂交的一对引物;与rs7297582特异性杂交的一对引物;与rs2239042特异性杂交的一对引物;与rs7311147特异性杂交的一对引物;与rs9304796特异性杂交的一对引物;与73064580特异性杂交的一对引物;与rs12983596特异性杂交的一对引物;与rs12984275特异性杂交的一对引物;与rs9749513特异性杂交的一对引物;与rs12609579特异性杂交的一对引物;与rs4239480特异性杂交的一对引物;与rs9676604特异性杂交的一对引物;以及与rs12162232特异性杂交的一对引物。

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