1.一种方法,其包括:
将微滴暴露于第一条件并向所述微滴添加第一核酸,其中所述第一核酸编码所述第一条件;
将所述微滴暴露于第二条件并向所述微滴添加第二核酸,其中所述第二核酸编码所述第二条件;和
将所述第一核酸和所述第二核酸连接在一起。
2.权利要求1的方法,其中将微滴暴露于第一条件并向所述微滴添加第一核酸包括将所述微滴融合至包含所述第一核酸的第二微滴。
3.权利要求1或2的任一项的方法,其中将微滴暴露于第一条件包括将所述微滴暴露于分子物质种类。
4.权利要求3的方法,其中将所述微滴暴露于所述分子物质种类包括使所述微滴与包含所述分子物质种类的第二微滴融合。
5.权利要求4的方法,其中所述第二微滴还含有所述第一核酸,由此当所述第二微滴融合至所述微滴时,所述第一核酸被添加至所述微滴。
6.权利要求4或5的任一项的方法,其中所述第二微滴经由在所述微滴中诱导的偶极与所述微滴融合。
7.权利要求4或5的任一项的方法,其中所述第二微滴经由置于所述微滴上的相反电荷与所述微滴融合。
8.权利要求3-7的任一项的方法,其中将所述微滴暴露于所述分子物质种类包括用包含所述分子物质种类的流体注射所述微滴。
9.权利要求8的方法,其中所述包含所述分子物质种类的流体还包含所述第一核酸。
10.权利要求3-9的任一项的方法,其中所述分子物质种类和所述第一核酸被同时添加至所述微滴。
11.权利要求3-9的任一项的方法,其中在将所述第一核酸添加至所述微滴之前,将所述分子物质种类添加至所述微滴。
12.权利要求3-9的任一项的方法,其中在将所述第一核酸添加至所述微滴之后,将所述分子物质种类添加至所述微滴。
13.权利要求1-12的任一项的方法,其中将微滴暴露于第一条件包括将所述微滴暴露于外部物理条件。
14.权利要求13的方法,其中将所述微滴暴露于外部物理条件包括将所述微滴暴露于预定温度和/或预定压力。
15.权利要求1-14的任一项的方法,其中将微滴暴露于第一条件包括将所述微滴融合至pH小于7和/或pH大于7的第二微滴。
16.权利要求1-15的任一项的方法,其中所述微滴具有小于约1mm的平均横截面直径。
17.权利要求1-16的任一项的方法,其中所述微滴是具有这样的直径分布的多个微滴中的一个,以使得不超过约5%的微滴具有小于约90%或大于约110%的所述多个微滴的总平均直径的直径。
18.权利要求1-17的任一项的方法,其还包括将所述微滴暴露于第三条件并向所述微滴添加第三核酸,其中所述第三核酸编码所述第三条件。
19.权利要求18的方法,其还包括将所述第三核酸附着至所述第一核酸和所述第二核酸之一或两者。
20.权利要求1-19的任一项的方法,其中将所述第一核酸和所述第二核酸附着的行为发生在所述微滴内。
21.权利要求1-20的任一项的方法,其还包括测定所述微滴的性质。
22.权利要求21的方法,其还包括基于所述性质分选所述微滴。
23.权利要求21或22的任一项的方法,其中所述性质是荧光。
24.权利要求21或22的任一项的方法,其中所述性质是所述微滴的平均横截面直径。
25.权利要求21或22的任一项的方法,其中所述性质是光吸收。
26.权利要求21或22的任一项的方法,其中所述性质是包含在所述微滴内的试剂的浓度。
27.权利要求21或22的任一项的方法,其中所述性质是包含在所述微滴内的细胞的状况。
28.权利要求27的方法,其中所述性质是所述细胞是活的还是死的。
29.权利要求27的方法,其中所述性质是由所述细胞产生和/或消耗的试剂的浓度。
30.权利要求1-29的任一项的方法,其还包括从所述微滴中分离附着的第一核酸和第二核酸。
31.权利要求1-30的任一项的方法,其还包括破裂所述微滴。
32.权利要求31的方法,其中在附着所述第一核酸和所述第二核酸之后破裂所述微滴。
33.权利要求31或32的任一项的方法,其中通过将所述微滴暴露于超声来破裂所述微滴。
34.权利要求1-33的任一项的方法,其中所述微滴含有细胞。
35.权利要求34的方法,其中所述细胞是人细胞。
36.权利要求34或35的任一项的方法,其中所述细胞是癌细胞。
37.权利要求34-36的任一项的方法,其中所述细胞是免疫细胞。
38.权利要求34的方法,其中所述细胞是细菌细胞。
39.权利要求34或38的任一项的方法,其中所述细胞是天然存在的细胞。
40.权利要求34-39的任一项的方法,其中所述第一条件是所述细胞的类型。
41.权利要求34-39的任一项的方法,其中所述第一条件是暴露于疑似能够与所述细胞相互作用的药物。
42.权利要求34-39的任一项的方法,其中所述第一条件是暴露于推定的细胞毒性药物。
43.权利要求1-42的任一项的方法,其还包括对连接的第一和第二核酸测序。
44.权利要求1-43的任一项的方法,其中所述微滴包含在微流体通道内。
45.一种方法,其包括:
将多个微滴暴露于多个条件,以使得基本上每个微滴顺序地暴露于至少两个不同的条件,其中当将微滴暴露于条件时,将编码所述条件的核酸添加至所述微滴。
46.权利要求45的方法,其还包括将包含在微滴内的至少一些核酸彼此附着。
47.权利要求45或46的任一项的方法,其还包括将包含在微滴内的至少一些核酸彼此连接。
48.权利要求47的方法,其中连接至少一些核酸包括将所述核酸暴露于能够将所述核酸彼此连接的酶。
49.权利要求45-48的任一项的方法,其中通过将微滴融合至包含核酸的第二微滴来将编码条件的核酸添加至微滴。
50.权利要求45-49的任一项的方法,其中通过将含有核酸的流体注射到微滴中来将编码条件的核酸添加至微滴。
51.权利要求45-50的任一项的方法,其中所述条件中的至少一个是暴露于外部物理条件。
52.权利要求45-51的任一项的方法,其中所述条件中的至少一个是暴露于预定温度和/或预定压力。
53.权利要求45-52的任一项的方法,其中所述条件中的至少一个是暴露于分子物质种类。
54.权利要求45-53的任一项的方法,其中至少一些所述微滴含有细胞。
55.权利要求54的方法,其中所述细胞是基本上相同的。
56.权利要求54或55的任一项的方法,其中所述细胞来自同一器官。
57.权利要求54-56的任一项的方法,其中所述细胞来自同一生物体。
58.权利要求54-56的任一项的方法,其中所述细胞来自不同的生物体。
59.权利要求54-57的任一项的方法,其中所述细胞来自相同的生物物种。
60.权利要求54-59的任一项的方法,其中所述细胞包括人细胞。
61.权利要求54-60的任一项的方法,其中所述条件中的至少一种是暴露于怀疑能够与至少一些所述细胞相互作用的药物。
62.权利要求45-61的任一项的方法,其包括将基本上每个微滴暴露于至少三个不同的条件。
63.权利要求45-62的任一项的方法,其还包括测定所述微滴的性质。
64.权利要求63的方法,其还包括基于所述性质分选至少一些所述微滴。
65.权利要求63或64的任一项的方法,其中所述性质是荧光。
66.权利要求63或64的任一项的方法,其中所述性质是包含在所述微滴内的试剂的浓度。
67.权利要求63或64的任一项的方法,其中所述性质是包含在所述微滴内的细胞的状况。
68.权利要求45-67的任一项的方法,其还包括从至少一些所述微滴中分离至少一些所述核酸。
69.权利要求45-68的任一项的方法,其还包括破裂至少一些所述微滴。
70.权利要求45-69的任一项的方法,其还包括对至少一些所述核酸进行测序。
71.一种制品,其包含:
多个微滴,至少一些所述微滴含有编码所述至少一些微滴暴露于的多个条件的核酸。
72.权利要求71的制品,其中所述核酸编码至少三个条件。
73.权利要求71或72的任一项的制品,其中至少一些所述核酸编码包含在至少一些所述微滴内的分子物质种类。
74.权利要求73的制品,其中至少一些所述微滴还包含由核酸编码的各自分子物质种类。
75.权利要求74的制品,其中基本上每个微滴包含至少两种分子物质种类和编码所述至少两种分子物质种类的核酸。
76.权利要求74或75的任一项的制品,其中基本上每个微滴包含至少三种分子物质种类和编码所述至少三种分子物质种类的核酸。
77.权利要求71-76的任一项的制品,其中至少一些所述微滴还包含细胞。
78.权利要求77的制品,其中所述细胞是基本上相同的。
79.权利要求71-78的任一项的制品,其中至少一些所述微滴还包含DNA连接酶。
80.一种方法,其包括:
将包含在微滴内的细胞暴露于第一物质种类,并向所述微滴添加第一核酸;
将所述细胞暴露于第二物质种类,并向所述微滴添加第二核酸;
将所述第一核酸和所述第二核酸连接在一起;
测定所述细胞的性质;和
基于所述细胞的性质分选所述微滴。
81.权利要求80的方法,其中连接所述第一核酸和所述第二核酸包括将所述第一核酸和所述第二核酸暴露于能够将所述第一核酸和所述第二核酸彼此连接的酶。
82.权利要求80或81的任一项的方法,其中向所述微滴添加第一核酸包括将所述微滴融合至包含所述第一核酸的第二微滴。
83.权利要求80-82的任一项的方法,其中将所述微滴暴露于第一分子物质种类包括使所述微滴与包含所述第一分子物质种类的第二微滴融合。
84.权利要求83的方法,其中所述第二微滴还包含所述第一核酸,由此当所述第二微滴融合至所述微滴时,所述第一核酸被添加至所述微滴。
85.权利要求80-84的任一项的方法,其中将所述微滴暴露于第一分子物质种类包括用包含所述第一分子物质种类的流体注射所述微滴。
86.权利要求85的方法,其中包含所述第一分子物质种类的流体还包含所述第一核酸。
87.权利要求85或86的任一项的方法,其还包括用包含所述第一核酸的第二流体注射所述微滴。
88.权利要求80-87的任一项的方法,其还包括将所述微滴暴露于第三分子物质种类并向所述微滴添加第三核酸。
89.权利要求88的方法,其还包括将所述第三核酸附着至所述第一核酸和所述第二核酸之一或两者。
90.权利要求80-89的任一项的方法,其中所述性质是所述细胞是活的还是死的。
91.权利要求80-90的任一项的方法,其中所述性质是由所述细胞产生或消耗的试剂的浓度。
92.权利要求80-91的任一项的方法,其还包括基于所述细胞的性质分选所述微滴。
93.权利要求92的方法,其还包括将所述细胞的性质与所述第一核酸和所述第二核酸相关联。
94.权利要求80-93的任一项的方法,其还包括从所述微滴中分离附着的第一核酸和第二核酸。
95.权利要求80-94的任一项的方法,其还包括破裂所述微滴。
96.权利要求80-95的任一项的方法,其还包括测定所述第一核酸和/或所述第二核酸。
97.权利要求80-96的任一项的方法,其还包括对连接的第一和第二核酸测序。
98.权利要求80-97的任一项的方法,其中所述行为以所述的顺序进行。
99.一种制品,其包含:
包含多种细胞类型和多种核酸的微滴文库,其中基本上每种细胞类型由独特的核酸序列编码。
100.权利要求99的制品,其中所述文库包含至少10种独特的细胞类型。
101.权利要求99或100的任一项的制品,其中所述文库包含至少100种独特的细胞类型。
102.权利要求99-101的任一项的制品,其中所述文库包含至少1000种独特的细胞类型。
103.一种方法,其包括:
将多种细胞类型和多种核酸包封在多个微滴中,以使得基本上每个微滴包含仅一种细胞类型的一个或多个细胞和编码仅一种细胞类型的编码核酸。
104.权利要求103的方法,其包括将至少10种独特的细胞类型和多种核酸包封在多个微滴中,以使得基本上每个微滴包含仅一种细胞类型的一个或多个细胞和编码仅一种细胞类型的编码核酸。
105.权利要求103或104的任一项的方法,其包括将至少100种独特的细胞类型和多种核酸包封在多个微滴中,以使得基本上每个微滴包含仅一种细胞类型的一个或多个细胞和编码仅一种细胞类型的编码核酸。
106.权利要求103-105的任一项的方法,其包括将至少1000种独特的细胞类型和多种核酸包封在多个微滴中,以使得基本上每个微滴包含仅一种细胞类型的一个或多个细胞和编码仅一种细胞类型的编码核酸。
107.权利要求103-106的任一项的方法,其还包括将所述多个微滴暴露于第一条件并向所述微滴添加第一核酸,以及将所述编码核酸和所述第一核酸连接在一起。
108.权利要求107的方法,其中所述第一条件是暴露于分子物质种类。
109.权利要求108的方法,其中所述分子物质种类是怀疑能够与至少一些所述细胞类型相互作用的药物。
110.权利要求108或109的方法,其中所述分子物质种类选自多种分子物质种类。
111.权利要求110的任一项的方法,其中所述分子物质种类选自至少10种的多种分子物质种类,以使得基本上每个微滴暴露于选自所述多种分子物质种类的分子物质种类之一。
112.权利要求110或111的任一项的方法,其中所述分子物质种类选自至少100种的多种分子物质种类,以使得基本上每个微滴暴露于选自所述多种分子物质种类的分子物质种类之一。
113.权利要求110-112的任一项的方法,其中所述分子物质种类选自至少1000种的多种分子物质种类,以使得基本上每个微滴暴露于选自所述多种分子物质种类的分子物质种类之一。
114.权利要求103-113的任一项的方法,其还包括裂解所述微滴内的细胞。
115.权利要求114的方法,其还包括将裂解细胞产生的核酸连接至所述微滴内的编码核酸。
116.权利要求115的方法,其包括将裂解细胞产生的RNA连接至所述微滴内的编码核酸。
117.权利要求116的方法,其中所述RNA是RNA转录物。
118.权利要求115-117的任一项的方法,对至少一些核酸进行测序。
119.权利要求118的方法,其包括使用数字RNA测序对至少一些核酸进行测序。
120.一种方法,其包括:
在多个微滴中提供多种细胞类型和多种核酸,以使得基本上每个微滴包含仅一种细胞类型的一个或多个细胞和编码仅一种细胞类型的编码核酸;
裂解微滴内的细胞以从所述细胞释放细胞核酸;
将所述编码核酸和所述细胞核酸连接在一起;和
对连接的核酸进行测序。
121.一种方法,其包括:
在多个微滴中提供多种细胞类型和多种核酸,以使得基本上每个微滴包含仅一种细胞类型的一个或多个细胞和编码仅一种细胞类型的编码核酸;
将所述多个微滴暴露于多种物质种类,以使得基本上每个微滴暴露于所述多种物质种类中的单一物质种类,并向其中添加编码所述单一物质种类的第一核酸;
裂解微滴内的细胞以从所述细胞释放细胞核酸;
将所述编码核酸、所述第一核酸和所述细胞核酸连接在一起;和对连接的核酸进行测序。