用于诊断和治疗监测的生物学指标的鉴定和用途的制作方法

文档序号:21697920发布日期:2020-07-31 22:49阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种方法,包括:

分离一种或多种生物样本;

定量所述一种或多种生物样本的一种或多种糖组学指标;

定量所述一种或多种生物样本的一种或多种基因组学指标;

定量所述一种或多种生物样本的一种或多种蛋白质组学指标;

定量所述一种或多种生物样本的一种或多种代谢学指标;

定量所述一种或多种生物样本的一种或多种脂类组学指标;

获取与受试者相关的一种或多种临床指标,所述一种或多种生物样本来源于所述受试者;

确定以下一项或多项之间的一种或多种关系:(i)所述的一种或多种糖组学、基因组学、蛋白质组学、代谢学、脂类组学的定量指标,(ii)与所述一种或多种糖组学、基因组学、蛋白质组学、代谢学和脂类组学的定量指标相关的预设范围,以及(iii)获取的临床指标;

基于满足预设的重要性标准(significancecriteria)的一个或多个确定性关系,鉴定一种或多种生物标记物;

基于所述一种或多种经过鉴定的生物标记物,确定健康分类的健康分类状态。

2.根据权利要求1所述的方法,其中所述一种或多种生物样本包括身体组织、唾液、眼泪、痰、脊髓液、尿液、滑液、全血、血清和血浆。

3.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种糖组学指标包括定量一种或多种糖基化蛋白。

4.根据权利要求3所述的方法,其中所述一种或多种糖基化蛋白包括一种或多种:α-1-酸糖蛋白、α-1-抗胰蛋白酶、α-1b-糖蛋白、α-2-hs-糖蛋白、α-2-巨球蛋白、抗凝血酶iii、载脂蛋白b-100、载脂蛋白d、载脂蛋白f、β-2-糖蛋白-1、铜蓝蛋白、胎球蛋白、纤维蛋白原、免疫球蛋白(ig)a、igg、igm、触珠蛋白、血红素、富含组氨酸的糖蛋白、激肽原-1、血清转铁蛋白、转铁蛋白、玻连蛋白和锌-α-2-糖蛋白。

5.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种糖组学指标包括定量一种或多种糖基化肽片段。

6.根据权利要求5的方法,其中所述一种或多种糖基化肽片段包括一种或多种:o-糖基化的肽片段和n-糖基化的肽片段。

7.根据权利要求5的方法,其中用于定量所述一种或多种糖组学指标的糖基化肽片段集合的平均长度约为5至50个氨基酸残基。

8.根据权利要求3所述的方法,其中所述糖基化的肽片段是通过酶解一种或多种糖基化蛋白产生的。

9.根据权利要求8所述的方法,其中所述酶解过程中,将至少两种蛋白酶引入到含有糖基化蛋白的环境中。

10.根据权利要求9所述的方法,其中所述酶解过程中,将至少两种蛋白酶引入到含有糖基化蛋白的环境中。

11.根据权利要求10所述的方法,其中所述至少两种蛋白酶选自丝氨酸蛋白酶、苏氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、谷氨酸蛋白酶、金属蛋白酶、天冬酰胺肽裂解酶。

12.根据权利要求10所述的方法,其中所述至少两种蛋白酶选自胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、内切蛋白酶、asp-n、arg-c、glu-c、lys-c、胃蛋白酶、嗜热菌素、酯酶、木瓜蛋白酶、蛋白酶k、枯草杆菌蛋白酶、梭菌蛋白酶和羧肽酶。

13.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种生物样本的一种或多种糖组学指标包括采用偶联色谱法。

14.根据权利要求13所述的方法,其中所述偶联色谱法包括液相色谱-质谱(lc-ms)操作。

15.根据权利要求13所述的方法,其中所述偶联色谱法包括多反应监测质谱(mrm-ms)操作。

16.根据权利要求13所述的方法,其中所述偶联色谱法包括:液相色谱-质谱(lc-ms)操作;以及多反应监测质谱(mrm-ms)操作。

17.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种生物样本的一种或多种糖组学指标,采用三重四极杆(qqq)质谱操作和四极飞行时间(qtof)质谱操作中的一种或多种。

18.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种基因组学指标,包括对从所述一种或多种生物样本中分离的dna的一种或多种dna序列进行定量。

19.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种基因组学指标,包括对从所述一种或多种生物样本分离的rna的一种或多种rna序列进行定量。

20.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种蛋白质组学指标,包括对存在于所述一种或多种生物样本中的每种蛋白质的数量进行定量,以及所述一种或多种生物样本的来源。

21.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种蛋白质组学指标,包括对所述一种或多种生物样本中的各种蛋白质的数量的变化进行定量,以及所述一个或多个生物样本的来源。

22.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种代谢学指标,包括对受试者的代谢活动产生的副产物数量的变化进行定量,所述生物样本来源于所述受试者。

23.根据权利要求22所述的方法,其中所述副产物包括糖类、核苷酸序列、氨基酸和脂类中的一种或多种。

24.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一个或多个代谢学指标,包括对受试者的生物学状态的变化进行定量,所述生物学样品来自所述受试者,且所述受试者的生物学状态的变化是由受试者体内代谢活动引起的。

25.根据权利要求1所述的方法,其中所述定量一种或多种脂类组学指标,包括定量所述一种或多种生物样本中一种或多种脂类的数量。

26.根据权利要求1所述的方法,其中所述一种或多种生物样本中的一种或多种脂类包括一种或多种:甘油酯、蜡、神经酰胺、磷脂、鞘磷脂、甘油磷脂、鞘糖脂、甘油糖脂、脂蛋白、硫脂、脂肪酸、萜类、类固醇和类胡萝卜素。

27.根据权利要求1所述的方法,其中所述与受试者相关的一种或多种临床指标包括下列的一项或多项:所述受试者的心律、血压、血型、体温、肤色、眼睛颜色、血糖浓度、体重、身高,所述受试者感知的健康分类状态以及对问题的回答情况。

28.根据权利要求1所述的方法,其中所述确定性关系包括下列一种或多种:特定比率、比率范围、超过阈值。

29.根据权利要求1所述的方法,还包括:

将鉴定为与健康分类状态相关的生物标记物的一种或多种糖组学指标、基因组学指标、蛋白质组学指标、代谢学指标和脂类组学指标与以下一种或多种进行比较:

(1)具有相同健康分类状态且接受过针对所述健康分类治疗的一个或多个其他受试者的一种或多种糖组学、基因组学、蛋白质组学、代谢学和脂类组学的定量指标,和

(2)具有相同健康分类状态但未接受过针对所述健康分类治疗的一个或多个其他受试者的一种或多种糖组学、基因组学、蛋白质组学、代谢学和脂类组学的定量指标,和

(3)不具有相同健康分类状态的一个或多个其他受试者的一种或多种糖组学、基因组学、蛋白质组学、代谢学和脂类组学的定量指标。

30.根据权利要求29所述的方法,还包括:基于比较结果,确定医学治疗的效果。

31.根据权利要求29所述的方法,还包括:基于比较结果,确定健康分类的阶段。

32.一种系统,包括:

存储器;

与非暂时性计算机可读介质电连接的处理器,所述非暂时性计算机可读介质存储有机器可读指令,当由所述处理器执行所述指令时,使得系统:

对生物样本的一种或多种糖组学指标、基因组学指标、蛋白质组学指标、代谢学指标和脂类组学指标进行定量;所述定量包括在与生物样本相关的质谱数据集中提取一个或多个特征;确定与所述一个或多个提取特征相关的峰值波形,并对所述峰值波形进行积分;

获取与受试者相关的一种或多种临床指标,所述一种或多种生物样本来源于所述受试者;

确定以下一项或多项之间的一种或多种关系:(i)一种或多种糖组学、基因组学、蛋白质组学、代谢学、脂类组学的定量指标,(ii)与一种或多种糖组学、基因组学、蛋白质组学、代谢学、脂类组学的定量指标相关的预设范围,以及(iii)获取的临床指标;

基于一个或多个满足预设的重要性标准(significancecriteria)的确定性关系,鉴定一种或多种生物标记物;和

基于一种或多种经鉴定的生物标记物,确定健康分类的健康分类状态。

33.一种方法,包括:

对生物样本的一种或多种糖组学指标、基因组学指标、蛋白质组学指标、代谢学指标和脂类组学指标进行定量;所述定量包括在与生物样本相关的质谱数据集中提取一个或多个特征;确定与所述一个或多个提取特征相关的峰值波形,并对所述峰值波形进行积分;

获取与受试者相关的一种或多种临床指标,所述一种或多种生物样本来源于所述受试者;

确定以下一项或多项之间的一种或多种关系:(i)一种或多种糖组学、基因组学、蛋白质组学、代谢学、脂类组学的定量指标,(ii)与一种或多种糖组学、基因组学、蛋白质组学、代谢学、脂类组学的定量指标相关的预设范围,以及(iii)获取的临床指标;

基于一个或多个满足预设的重要性标准(significancecriteria)的确定性关系,鉴定一种或多种生物标记物;和

基于一种或多种经鉴定的生物标记物,确定健康分类的健康分类状态。


技术总结
本专利涉及一种定量生物样本的糖组学指标、基因组学指标、蛋白质组学指标、代谢学指标和/或脂类组学指标的系统和方法:获取与所述一种或多种生物样本来源的受试者相关的临床指标;确定以下一项或多项之间的一种或多种关系:(i)一种或多种定量的糖组学指标、基因组学指标、蛋白质组学指标、代谢学指标和脂类组学指标,(ii)与一种或多种定量的糖组学指标、基因组学指标、蛋白质组学指标、代谢学指标和脂类组学指标相关的预设范围,以及(iii)获取的临床指标。同时还涉及基于满足预设的重要性标准的一个或多个确定性关系,鉴定一种或多种生物标记物;和/或基于一种或多种有效的生物标记物,确定健康分类的健康分类状态。

技术研发人员:L.M.A.·丹南-里欧;A.M.E.S.·卡拉斯科;C.R.·贝尔托西;C.B.·拉韦利亚;D·斯皮卡夏
受保护的技术使用者:韦恩生物科技股份公司
技术研发日:2018.10.18
技术公布日:2020.07.31
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