1.一种用于确定样品中细菌的抗生素抗性的方法，其包括：
(a)使所述样品与抗生素一起温育，
(b)从所述样品中分离rna，
(c)针对各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式的多种基因，将所述rna逆转录，
(d)扩增来自所述各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式的多种基因的靶，以生成多个扩增靶，
(e)定量来自多种基因的多个扩增靶中的每个，以提供多个定量的扩增靶，并且生成指示抗生素敏感性的值，和
(f)由指示抗生素敏感性的值确定抗生素抗性。
2.权利要求1的方法，其中
步骤(c)进一步包括针对参考基因，将所述rna逆转录，
步骤(d)进一步包括扩增来自所述参考基因的靶，
步骤(e)进一步包括定量所述参考基因，以生成参考值，和
步骤(f)包括将所述参考值与来自多种基因的多个定量的扩增靶进行比较。
3.权利要求2的方法，其中
步骤(c)进一步包括针对至少一个另外的参考基因将rna逆转录，
步骤(d)进一步包括扩增来自所述至少一个另外的参考基因的至少一个另外的靶，和
步骤(e)包括定量所述至少一个另外的参考基因，以用于生成参考值。
4.权利要求2的方法，其进一步包括
从多种定量的扩增基因各自的参考值计算值，其中所述值选自真实值或绝对值，其中指示抗生素敏感性的值是使用所述多种定量的扩增基因各自的值获得的输出。
5.权利要求1的方法，其中所述多种基因包括通用抗生素抗性基因。
6.权利要求1的方法，其中所述多种基因包括特异性抗生素抗性基因。
7.权利要求1的方法，其中所述多种基因包括通用抗生素抗性基因和特异性抗生素抗性基因。
8.权利要求1的方法，其中所述细菌是已知对抗生素具有抗性的多种细菌之一。
9.权利要求1的方法，其中步骤(a)包括使所述样品与多种另外的抗生素一起温育，其中所述多种基因的第一组与所述抗生素有关，并且所述多种基因的另外组与所述另外的抗生素有关。
10.权利要求1的方法，其进一步包括在步骤(c)之前，从所述样品中去除dna。
11.权利要求10的方法，其中来自多种基因的多个扩增靶包括至少300bp的一个或多个扩增子。
12.权利要求10的方法，其中所述多个扩增靶各自导致至少300bp的扩增子。
13.权利要求10的方法，其中来自多种基因的多个扩增靶包括至少500bp的一个或多个扩增子。
14.权利要求10的方法，其中去除dna包括持续不多于10分钟的通过dna酶的消化。
15.一种用于确定样品中细菌的抗生素抗性的方法，其包括：
(a)使所述样品与抗生素一起温育，
(b)从所述样品中分离rna，
(c)针对在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式的基因，将所述rna逆转录，
(d)扩增来自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式的基因的靶，以生成扩增靶，
(e)定量所述扩增靶，以生成指示抗生素敏感性的值，和
(f)由指示抗生素敏感性的值确定抗生素抗性。
16.一种用于确定样品中细菌的抗生素抗性的容器，其包括
包括第一阶段反应泡罩的第一阶段反应区，所述第一阶段反应泡罩包含用于多种基因的逆转录和扩增的多对引物，所述多种基因各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式，和
流体连接到所述第一阶段反应区的第二阶段反应区，所述第二阶段反应区包括多个第二阶段反应室，每个第二阶段反应室包含一对引物，用于进一步扩增各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式的多种基因，所述第二阶段反应区配置用于对所有多个第二阶段反应室进行热循环。
17.一种用于分析样品的装置，其包括：
配置为接收容器的开口，所述容器包括第一阶段反应区，所述第一阶段反应区包含用于多种基因或参考基因的逆转录和扩增的多对引物，所述多种基因各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式，和
流体连接到所述第一阶段反应区的第二阶段反应区，所述第二阶段反应区包括多个第二阶段反应室，每个第二阶段反应室包含一对引物，用于进一步扩增各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式的多种基因或参考基因，所述多个第二阶段反应室进一步包含产生指示扩增量的信号的可检测标记，
用于控制所述第一阶段反应区的温度的第一加热器，
用于对所述第二阶段反应区进行热循环的第二加热器，
配置为检测所述第二阶段反应室各自中的信号的检测装置，和
cpu，其配置为确定多种基因中的每个和参考基因的cp，所述多种基因各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式，并配置为输出关于多种基因各自的值，所述多种基因各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式，其中所述值是关于多种基因各自的δcp或δcp的绝对值，所述多种基因各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式，并且其中所述cpu配置为由多种基因各自的值确定抗生素抗性，所述多种基因各自在敏感菌株和抗性菌株之间显示不同表达模式。
18.一种用于确定抗生素针对样品中的细菌的最小抑菌浓度(mic)的方法，其包括：
(a)使所述样品的等分试样与已知标准浓度的抗生素一起温育，
(b)从所述样品的等分试样中分离rna，所述rna包含相对于所述抗生素的mic显示数量上不同的表达水平的基因，
(c)针对所述基因，将所述rna逆转录，
(d)扩增所述基因的靶，以生成扩增靶，
(e)定量所述扩增靶，以提供定量的扩增靶并生成指示mic的值，和
(f)将所述mic报告为所述基因的定量输出结果。
19.权利要求18的方法，其中所述抗生素的已知标准浓度是断点浓度。
20.权利要求18的方法，其中来自所述样品的rna包含多种另外基因，其相对于所述抗生素的mic显示数量上不同的表达水平，所述方法进一步包括：
针对所述多种另外基因，将所述rna逆转录，
扩增来自所述多种另外基因的靶，以生成来自所述多种另外基因的多个扩增靶，
定量来自多种另外基因的多个扩增靶中的每个，以生成指示多种另外基因各自的mic的值，和
将所述mic报告为所述基因和多种另外基因的定量输出组合。
21.权利要求20的方法，其中
步骤(a)包括使所述样品的多个另外等分试样各自与已知标准浓度的另外抗生素一起温育，
在步骤(b)之前取出所述样品的等分试样和所述样品的多个另外等分试样，
对于每种另外抗生素，针对多种基因，将所述rna逆转录，
对于每种另外抗生素，扩增来自多种基因的靶，以对于每种另外抗生素生成来自多种基因的多个扩增靶，
对于每种另外抗生素，定量来自多种基因的多个扩增靶中的每个，以对于每种另外抗生素生成指示多种基因各自的mic的值，和
将每种另外抗生素的mic报告为每种另外抗生素的多种基因的定量输出组合。
22.权利要求18的方法，其中
步骤(d)进一步包括扩增来自参考基因的靶，
步骤(e)进一步包括定量所述参考基因，以生成参考值，和
步骤(f)包括将所述参考值与所述定量的扩增靶进行比较。
23.权利要求18的方法，其中所述基因是特异性抗生素抗性基因。
24.权利要求18的方法，其进一步包括在步骤(c)之前，从所述样品中去除dna。
25.权利要求24的方法，其中所述扩增靶包括至少300bp的一个或多个扩增子。
26.权利要求24的方法，其中每个扩增靶导致至少300bp的扩增子。
27.权利要求24的方法，其中所述扩增靶包括至少500bp的一个或多个扩增子。
28.权利要求24的方法，其中去除dna包括持续不多于10分钟的通过dsdna酶的消化。
29.一种用于确定抗生素对样品中的细菌的作用的方法，其包括：
(a)使所述样品与所述抗生素一起温育，
(b)从所述样品中分离rna，
(c)针对多种基因，将所述rna逆转录，
(d)扩增来自所述多种基因的靶，以生成多个扩增靶，和
(e)将所述扩增靶与来自另一细菌样品的扩增靶进行比较，所述另一细菌样品未与所述抗生素一起温育。