用于鉴定和治疗狼疮的方法和组合物的制作方法
【专利说明】用于鉴定和治疗狼疮的方法和组合物
[0001] 本申请是申请日为2008年5月21日、中国申请号为200880025560. 5、发明名称为 "用于鉴定和治疗狼疮的方法和组合物"的发明申请的分案申请。
[0002] 对相关申请的交叉引用
[0003] 本专利申请要求2007年5月21日提交的美国专利申请号60/939, 156和2007年 12月12日提交的美国专利申请号61/013, 283的优先权。由此通过提及而完整收录这些专 利申请及其中含有的所有参考文献的内容。 发明领域
[0004] -般而言，本发明涉及与狼疮有关的独特的一组遗传多态性，和用于评估形成狼 疮的风险以及用于诊断和治疗狼疮的方法。
[0005] 发明背景
[0006] 狼疮是一种自身免疫性疾病，牵涉攻击结缔组织的抗体。据估计，该疾病影响近1 百万美国人，主要是年龄20-40之间的女性。狼疮的主要形式是一种系统性的形式（系统性 红斑狼疮；SLE)。系统性红斑狼疮（SLE)是一种慢性自身免疫性疾病，具有强烈的遗传要素 以及环境要素（参见例如HochbergMC,Dubois'LupusErythematosus?第 5 版，Wallace DJ，HahnBH编Baltimore:WilliamsandWilkins(1997);WakelandEK等，Immunity 2001 ; 15(3):397-408;NathSK等，Curr.Opin.Immunol. 2004 ; 16(6):794-800)。自身 抗体在SLE的发病机制中发挥重要作用，并且该疾病的多种多样的临床表现是由于含 有抗体的免疫复合物在血管中的沉积（这导致肾、脑和皮肤中的发炎），以及自身抗体 促成溶血性贫血和血小板减少的直接致病效应。一般而言，SLE被表征为具有广泛临 床特征的自身免疫性结缔组织病症，其主要影响女性，尤其是来自某些民族的（D'Cruz 等，Lancet(2007)，369:587-596)。SLE与抗核抗体的生成、循环中的免疫复合物、和补体系 统的活化有关。SLE具有的发病率为700名年龄在20和60之间的女性中有约1例。SLE 能影响任何器官系统，并能引起严重的组织损伤。SLE中存在不同特异性的众多自身抗体。 SLE患者常常产生具有抗DNA、抗Ro、和抗血小板特异性且能够启动疾病（诸如肾小球肾 炎、关节炎、浆膜炎、新生儿中的完全性心脏传导阻滞、和血液学异常）的临床特征的自身 抗体。这些自身抗体还可能涉及中枢神经系统紊乱。Arbuckle等记载了SLE临床发作前 自身抗体的形成（Arbuckle等N.Engl.J.Med. 349(16): 1526-1533(2003))。狼疮（包括 SLE)的确诊是不容易的，这导致临床医生诉诸于基于多因素征候和症状的分类办法（Gill 等，AmericanFamilyPhysician(2003) ,68(11): 2179-2186)。
[0007] 狼疮不治疗能致命，因为它从攻击皮肤和关节发展至内部器官，包括肺、心、和肾 (主要关注肾病），如此使对形成狼疮的风险的早期且准确的诊断和/或评估尤为至关重 要。狼疮主要表现为一系列突然发作，及少许或无疾病表现的居间期。肾损伤（通过尿中 蛋白尿的量来测量）是SLE中与致病性有关的最剧烈损伤区域之一，并且占到该疾病至少 50%的死亡率和发病率。
[0008] 复杂自身免疫性疾病（诸如狼疮）的临床管理中最困难的挑战之一是对患者中该 疾病的准确且早期的鉴定。在这几年里，已经实施了许多连锁和候选基因研宄以鉴定促成SLE易感性的遗传因子。携带HLAII类等位基因DRB1*0301和DRB1*1501的单元型明显与 疾病以及针对核自身抗原的抗体的存在有关（参见例如GoldbergMA等，ArthritisRheum 1976 ;19(2) :129-32;GrahamRR等，AmJHumGenet2002 ;71 (3):543-53;及GrahamRR 等，EurJHumGenet2007; 15 (8): 823-30)。新近，发现干扰素调节因子5 (IRF5)和信号 转导及转录激活蛋白4(STAT4)的变体是SLE重要的风险因子（参见例如SigurdssonS 等，AmJHumGenet2005 ;76 (3) : 528-37;GrahamRR等，NatGenet2006 ;38 (5) : 550-55 ; GrahamRR等，ProcNatlAcadSciUSA2007; 104 (16): 6758-63;及RemmersEF等，N EnglJMed2007 ;357 (10): 977-86)。IRF5和STAT4作为SLE风险基因的鉴定为如下观念 提供支持，即I型干扰素途径对于疾病发病机制是重要的（参见例如RonnblomL等，JExp Med2001 ;194(12):F59-63;BaechlerEC等，CurrOpinImmunol2004 ;16(6):801-07; BanchereauJ等，Immunity2006 ;25 (3) : 383-92;MiyagiT等，JExpMed2007 ;电子出 版；9月10日）。
[0009] 为此目的，具有基于分子的诊断方法会是高度有利的，其能用于客观地鉴定患 者中疾病的存在和/或将患者中的疾病分类。遗传变异或多态性是存在于生物体基因 组中的遗传变异。多态性包括单核苷酸多态性（SNP)(参见例如，Carlson等，Nature 2004 ;429:446_452;Bell,Nature2004 ;429:453_463;Evans和Relling,Nature2004; 429:464-468)。已经将SNP与严重疾病的风险和/或存在坚固地联系起来，诸如糖尿病 (Sladek等，Nature2007 ;445:881-828;Zeggini等，Science2007 ;4 月 26 日；Scott 等，Science2007 ;4 月 26 日；及Saxena等，Science2007 ;4 月 26 日）；克罗恩病（例 如他!1^6等，似七661^^.2007;2月；39(2) :207-11);类风湿性关节炎（例如美国专利公 开文本号2007/0031848);和其它炎性免疫性疾病（例如美国专利6, 900, 016 ;美国专利 7, 205, 106)。
[0010] 直到最近，还不可能对基因组全面检查改变针对复杂疾病（诸如狼疮）的风险 的变体。然而，与容许对几十万变体进行划算且准确的基因型分型的技术进步偶联的 共同人变异的广泛目录的产生（参见例如Nature2005; 437 (7063): 1299-320)已经推 动了人类基因组学的革命。第一次，有可能进行充满动力的（well-powered)全基因组 关联扫描以更全面地测试如下假设，即共同变体影响风险。在过去两年中，已经高度证 实了 此技术（参见例如DewanA等，Science2006 ;314(5801):989-92;Nature2007; 447(7145):661-78，MatarinM等，Lancetneurology2007;6(5):414_20;MoffattMF 等，Nature2〇〇7;448(7l52):47〇_73;PlengeRM等，NEnglJMed2〇〇7;SaxenaR 等，Science2007 ;316 (5829) : 1331-36;ScottLJ等，Science2007 ;316 (5829) : 1341-45 ; ScuteriA等，PLoSGenet2007;3(7):ell5)。所鉴定的风险基因座提供对人疾病中失调 的分子途径的新了解。
[0011] 然而，仍然显著缺乏关于SNP与复杂疾病（诸如狼疮）的关联的可靠信息，如此显 然继续需要鉴定与此类疾病有关的多态性。此类关联会极大地有益于鉴定患者中狼疮的存 在或测定形成该疾病的易感性。另外，可以以整体要素形式利用关于SNP与复杂疾病（诸 如狼疮）的关联的统计学和生物学显著的且可重现的信息，以致力于鉴定特定患者子集， 预期他们会显著受益于用特定治疗剂进行的治疗，例如其中所述治疗剂在临床研宄中显示 或者已经显示了在此类特定狼疮患者亚群中是有治疗益处的。
[0012] 本文中所描述的发明满足上文所述需要，并提供其它益处。
[0013] 通过提及而完整收录本文中引用的所有参考文献，包括专利申请和出版物。
[0014] 发明概述
[0015] 本发明提供了用于鉴定狼疮、和用于评估形成狼疮的风险的准确的、简单的、和快 速的方法和组合物，其至少部分基于一种或多种遗传变异（例如SNP)的鉴定，所述遗传变 异以高的统计学和生物学显著性与狼疮的存在、亚型、和/或患者亚群相关联。更具体地， 本发明涉及与狼疮及其亚型有关的独特SNP集合、此类SNP的独特组合、和连锁不平衡区域 的鉴定及罹患狼疮及其亚型的患者亚群的鉴定。
[0016] 具体地，所述独特的SNP集合和/或组合可用作指明有风险形成狼疮的受试者或 指明疾病或其症状或状况的遗传序型（geneticprofile)或标签（signature)。本文中 所公开的多态性作为用于评估形成狼疮的风险的生物标志是有用的，以及对于用于设计诊 断试剂的靶物是有用的。在一些方面，所述SNP与基因无关。在其它方面，所述SNP与基 因有关，并且可以位于基因间或基因内的区域中，且更具体地，可以位于编码区或非编码区 中。与本发明的SNP有关的基因可以与未知基因有关，或者可以与已知基因（例如ITGAM 或BLK)有关。
[0017] 本文中所鉴定的SNP提供了用于开发如下治疗剂的靶物，所述治疗剂用于经遗传 鉴定的狼疮患者的诊断和治疗，包括展现出包含一种或多种本发明SNP的独特遗传标签的 狼疮患者亚群的诊断和靶向治疗。例如，一方面，含有本文中所鉴定的遗传变异的基因、与 这些基因有关的核酸（例如DNA或RNA)、和由这些基因编码的蛋白质可以作为用于开发治 疗剂（例如小分子化合物、抗体、反义/RNAi剂等）的靶物使用或者直接作为用于治疗狼疮 的治疗剂（例如治疗性蛋白质等）使用。
[0018] 因而，一方面，本发明提供了一种或多种SNP的集合，其形成用于评估形成狼疮的 风险的独特遗传标签。一方面，所述独特的遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任 何SNP的约 1-10 种、10-20 种、20-30 种、30-40 种、或 40-50 种SNP。
[0019] 一方面，所述独特的遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的1种或 多种SN