鸡翻毛性状相关的分子标记及其应用
【技术领域】
[0001]本发明属于家禽基因工程中的分子标记制备技术领域，具体涉及一种作为鸡标记辅助选择关联分析的与鸡翻毛性状相关的分子标记及其在关联分析中应用。
【背景技术】
[0002]近年来，随着分子遗传学和生物技术的发展，鸡分子生物学水平上的研究也越来越多。我国是一个讲究美食的国家，对鸡的青睐，源于千百年来养成的饮食习惯，禽产品的消费市场以鲜活为主，注重产品外部性状，要求产品具有很好的买相，如羽毛颜色、形状等。这些性状虽无直接经济价值，但由于我国不同地区长期形成的消费习惯，就导致了对某种性状的偏爱，情愿出较高的价钱购买，从而就形成了间接的经济性状。
[0003]鸡主要有平毛、丝毛和翻毛三个羽毛类型，翻毛鸡类似于人的卷发，不仅外观美，还具有一定的抗热性。目前，翻毛鸡品种选育和商品化生产面临着一些技术难题，主要问题是翻毛性状的保持。由于翻毛性状由共显性基因控制，纯合翻毛基因型和杂合半翻型很难通过表型选育，使得翻毛鸡群体难以纯化。所以，利用常规育种手段，选择的周期长，进展缓慢。此外，要想纯化翻毛群体，需要通过测交的方法检出杂合个体。当对某一待测个体进行测交时，需观测到5个以上的后代均为翻毛时，才有95%的把握认定待测个体基因型为显性纯合。这样需要进行大量的测交，不仅延长选育的周期，还造成很高的财力、人力负担。因此，分离克隆影响鸡的翻毛性状的新基因并寻找重要的分子标记用于鸡标记辅助选择，对加速鸡新品种的选育，加快我国养鸡业的发展具有极其重要的意义。分子标记(DNAMolecular marker)技术的发展完善，为家禽改良提供了新的手段，利用分子标记辅助选择(Marker Assisted Select1n，MAS)对基因型进行辅助选择，可以充分利用表型、系谱和遗传标记的信息，与只利用表型和系谱信息的常规选种方法相比，具有更大的信息量，优越性非常明显。因此，标记辅助选择越来越受到重视，并不断地被应用到家禽育种的实践中去。目前，在鸡的选育中已发现和应用了一些DNA分子标记，如鸡鱼腥味(FM03)基因、绿壳(SLC01B3)基因和矮小(dw)基因等。
[0004]与其他几种遗传标记一一形态学标记、生物化学标记、细胞学标记相比，DNA分子标记具有很多优点:在鸡的基因组中变异丰富、标记的数量几乎是无限的；不影响鸡目标性状的表达，与不良性状没有连锁关系、能够快而简便的检测标记与鸡相关性状的相关性。广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。
【发明内容】
[0005]KRT75相关基因在毛发和指甲发育中发挥重要作用，但是其功能研究还不是很透彻，本发明通过寻找该基因中的变异位点，通过与性状间的关联分析发现基因与性状间的关系是研究基因功能的一个重要手段，也是进行标记辅助选择的基础，基于此，本发明提供了作为鸡标记辅助选择的与鸡翻毛性状相关的分子标记，并将该分子标记作为鸡的标记辅助选择的应用。
[0006]本发明通过以下技术方案实现:
鸡翻毛性状相关的分子标记，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID N0:1所示。
[0007]更具体地，在SEQ ID NO:1所示序列的第117位碱基处有一个A117-G117的碱基替换，该替换引起SNP多态性。
[0008]其中用于检测SEQ ID NO:1所示序列的第117位碱基处有一个A117-G117的碱基替换的引物对的DNA序列如下所示:
正向引物:5' -TGATGACCTACGGAACAACC-3'，
反向引物:5' -ATGGCAATGGATGGCTGA -3'。
[0009]前述鸡翻毛性状相关的分子标记按如下方法构建: a提取待测鸡的基因组DNA ;
b鸡E22C19W28_E50C23KRT基因连锁群区域设计引物。
[0010]C以基因组DNA为模板，用设计引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，PCR产物直接测序，对测序结果进行比对，对突变位点和翻毛性状进行相关分析验证，从而找到上述引物对；
d利用上述引物进行扩增，测定产物核苷酸序列。
[0011]本发明的鸡翻毛性状相关的分子标记可用于应用于与鸡翻毛相关性状标记辅助选择的关联分析上。
[0012]本发明还提供了了一种辅助鉴定翻毛鸡中的翻毛基因纯合子(AA)、翻毛基因杂合子(AG)和平毛基因纯合子(GG)的方法，包括如下步骤:
a提取待测鸡的基因组DNA ;
b以基因组DNA为模板，用所述引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；c根据PCR产物测序鉴定PCR扩增直接测序，测定产物核苷酸序列，从而判断是待测鸡为候选是翻毛基因纯合子，还是翻毛基因杂合子和平毛基因的纯合子。
[0013]本发明保护所述引物对在辅助鉴定翻毛鸡中的翻毛基因纯合子(AA)、翻毛基因杂合子(AG)和平毛基因纯合子(GG)中的应用。
[0014]所述的引物对可用于制备辅助鉴定翻毛鸡中的翻毛基因纯合子、翻毛基因杂合子和平毛基因纯合子的试剂盒。
[0015]所述引物对，所述方法或所述试剂盒均可用于翻毛鸡育种。如需对翻毛鸡进行选育以提高纯度，该标记可用以对翻毛位点的变化进行跟踪，从而在选育后代中保持翻毛性状。
[0016]本发明还保护一种翻毛鸡育种方法，是采用翻毛鸡中的翻毛基因纯合子进行
育种。
[0017]本发明可以弥补常规育种方法的不足，缩短育种周期，提高育种的准确性。本发明的优点:(I)建立在翻毛基因精细定位的基础之上，在定位区域内找到I个SNP位点，该标记与翻毛性状显著关联，根据标记基因型推断个体为翻毛的准确性大于94%; (2)不受性别限制；(3)本发明在个体雏鸡阶段即可推断出个体表型及基因型，可以早选择早淘汰，可缩短育种时间，加快育种进程，节省饲养成本。
【附图说明】
[0018]图1:是本发明中鸡E22C19W28_E50C23区域KRT基因连锁群用于定位的DNA片段。所用的引物序列用方框标注(括号内为突变的碱基)。
[0019]图2是本发明中鸡E22C19W28_E50C23区域KRT基因连锁群用于定位的DNA片段测序图，基因型AA。
[0020]图3是本发明中鸡E22C19W28_E50C23区域KRT基因连锁群用于定位的DNA片段测序图，基因型AG。
[0021]图4是本发明中鸡E22C19W28_E50C23区域KRT基因连锁群用于定位的DNA片段测序图，基因型GG。
【具体实施方式】
[0022]
下面结合附图和具体实施例对本发明作进一步说明，这些实施例仅用于举例说明本发明，而不对本发明的范围构成任何限制。
[0023]实施例1、鸡E22C19W28_E50C23区域鸡的KRT基因连锁群A117G突变位点的特异性引物设计
修水黄羽乌鸡是我国著名的翻毛鸡品种，因翻毛基因为显性基因，所以群体中仍存在部分携带隐性基因的杂合子。翻毛基因纯合子之间