一种酵母rapd图谱的分析方法
【技术领域】
[0001] 本发明设及分子生物学领域，具体设及酵母RAPD图谱的分析。
【背景技术】
[0002] 酵母酵母在工业、食品、医学等重要领域均有重要的研究和应用地位。酵母菌株具 有遗传多样性，不同生态环境下的酵母具有差异，菌株间的分子遗传相似性不同，比较不同 的酵母菌株的分子遗传相似性，将对研究酵母菌株的遗传多样性和酵母菌株的选育和应用 等具有重要意义。
[0003] RATO是一种比较不同的酵母菌株分子遗传相似性的重要技术，对不同的酵母菌 株，选取适合的随机引物进行PCR扩增，然后对各PCR产物电泳检测，产生不同的RAPD图 谱。
[0004] 随着研究的推进，已有很多酵母菌株的RATO图谱在文献中被公布。在前人的文献 中，仅对单次实验产生的RATO图谱进行分析，目前还没有将不同文献中的酵母RATO图谱合 并进行分析方法的报道。
【发明内容】
[0005] 本发明的目的是对酵母RAPD图谱分析方法进行改进，建立分析不同文献报道或 不同研究结果中的酵母RAPD图谱方法。具体步骤包括：
[0006] 收集具有酵母RATO实验结果的文献；
[0007] 收集文献通过W下步骤得到：检索国内外公开发表或公布的期刊论文、会议论文、 毕业论文、研究报道、专利和实验数据，检索到的文献经过筛选，获得具有RAPD图谱的文 献。
[000引在运些文献中选取相同随机引物的RATO实验图谱；
[0009] 相同随机引物为不同文献RATO实验中采用的核酸序列相同的引物。
[0010] RAPD图谱为RAPD实验的核酸电泳图谱。
[0011] 将选取出的图谱进行合并分析，构建进化树。
[0012] 图谱进行合并分析，构建进化树的具体步骤为：利用电泳图谱处理软件，处理不同 文献中相同随机引物的RATO实验图谱，通过与各RATO图谱的DNA分子量marker大小比较， 得到各图谱中不同样品RATO产物的DNA片段大小。按照DNA片段大小，将各菌株对应的 RAPD扩增谱带转换成"1"和"0"进行统计，如某条带出现，记为"1"，无该条带则记为"0"， 运样将相同随机引物扩增产生的各菌株RATO产物转换为1，0矩阵，再利用得到的1，0矩阵 建立进化树，通过建立进化树软件得到进化树。
[0013] W进化树的形式，显示出不同文献酵母菌株间的分子遗传相似性。
[0014] 本发明具有W下有益效果及优点：
[0015] 本发明对RAPD图谱分析方法进行改进，改变前人酵母RAPD图谱分析方法局限于 同一报道或同一实验，建立分析不同文献报道或不同研究结果中的酵母RAPD图谱方法，可 促进酵母多样性和酵母菌株选育和应用的研究。
【附图说明】
[0016] 附图是在实施例中，对Ξ篇文献酵母M13引物RATO图谱分析所构建的进化树[Ξ 篇文献为Barszczewski和Robak(2006)、Walczak等（2007)和Droi出等（2015)报道]。
[0017] 图中：Ml~M21是Barszczewski和Robak(2006)报道中的酵母菌株， 各菌株为：Ml :Strain No. 16 ;M2 :S. cere-visiae A ;M3 :S. cerevisiae Bf ;M4 : S.cerevisiae L；M5：S.cerevisiae PCM 2103；M6：S.brasiliensis NCAIM 1223；M7： Production strain(No.18)；M8：S. carlsbergensis 37；M9：S. carlsbergensis 13； MIO：S. carlsbergensis 18 ;M11 :S. cerevisiae 46；M12：S. cerevisiae 51；M13： S.cerevisiae 57；M14：S.cerevisiae W；M15 ：Strain No. 19；M16 ：Strain No. 20；M17： S.bayanus CBS 380 ;M18:S.ca;rlsbe;rgensis NCAIM 1125 ;M19:S.pasto;rianus NCAIM 1244；M20：S.cerevisiae N；M21：S.exiguus CBS 379；
[001引图中：M22~M36是Walczak等（2007)报道中的酵母菌株，各菌株为：M22 : lambica Strain Nos. 15；M23：C.sake Strain Nos. 14；M24：C. sake Strain Nos. 13；M25：C.famata Strain Nos. 12；M26：C. sake Strain Nos. 11；M27 ：lambica Strain Nos. 10； M28：C. pelliculosa Strain Nos. 9；M29：C.sake Strain Nos. 8；M30：C. famata Strain Nos. 7；M31：C.sake Strain Nos. 6；M32：P. etchellsii Strain No. 5；M33：C.sake Strain Nos. 4；M34：C.pelliculosa Strain Nos. 3；M35 ：Rhodotorula sp.Strain No. 2；M36： Producer str曰in ;
[001引 图中：M37~M62是Dr的出等（20巧）报道中的酵母菌株，各菌株为：M37 :菌株 SB5 ;M38 :菌株SOLI;M39 :菌株JUT3 ;M40 :菌株D0R1 ;M41 :菌株SB9 ;M42 :菌株CC11 ;M43 : 菌株RE6 ;M44 :菌株SB4 ;M45 :菌株SB2 ;M46 :菌株HI9 ;M47 :菌株S0L9 ;M48 :菌株SB8 ;M49 : 菌株R03 ;M50 :菌株JUT8 ;M51 :菌株R06 ;M52 :菌株HI6 ;M53 :菌株SB10 ;M54 :菌株JUT11 ; M55 :菌株J0册；M56 :菌株D0R3 ;M57 :菌株D0R9 ;M58 :菌株RE3 ;M59 :菌株R08 ;M60 :菌株 J0册；M61 :菌株RE8 ;M62 :菌株SB6。
【具体实施方式】
[0020] 下面对本发明的实施例做详细阐述。
[0021] 检索国内外公开发表或公布的期刊论文、会议论文、毕业论文、研究报道、专利和 实验数据，从不同文献报道收集酵母RAPD图谱，检索到的文献经过筛选，获得具有RAPD图 谱的文献。
[0022] 在运些图谱中选取相同随机引物的RAPD实验图谱。本实施例选取了Ξ篇文献M13 引物的RAPD实验图谱。
[0023] 运Ξ篇文献分别是：
[0024] Barszczewski W，Robak M. PCR-Based Differentiation and Homology of Brewing and Type Strains of the Genus Saccharomyces[J]. Journal of the Institute of Brewing，2006，112(2) :165-172.[简称；Barszczewski和Robak(2006)报道]。
[00巧]Walczak E，CzaplWska A, Barszczewski W，et al. RAPD with microsatellite as atoolfordifferentiationofCandidagenusyeastsisolatedinbrewing[J].Food microbiology, 2007, 24 (3) :305-312.[简称：Walczak等（2007)报道]。
[0026] DrozdzI,MakarewiczM，SrokaP，etal.Comparisonoftheyeastmicrobiota ofdifferentvarietiesofcool-climategrapesbyPCR-RAPD[J].Potravinarstvo， 2015,9(1) :293-298.[简称：Dr扣把等（2015)报道]。
[0027] 本实施例选取的Ξ篇文献都具有M13引物（序列：5' -GAGGGTGGCGGTTCT-3')的 RATO图谱。
[0028] 将Ξ篇文献选取出的M13引物的RAPD图谱进行合并分析，构建进化树，W进化 树的形式，显示Ξ篇文献中酵母菌株的差异。具体步骤为：利用电泳图谱处理软件（如 如antity化e软件），处理Ξ篇文献中相同随机引物的RATO实验图谱，通过与各RATO图谱 的DNA分子量marker大小比较，得到各图谱中不同样品RATO产物的DNA片段大小。按照 DNA片段大小，将各菌株对应的RAPD扩增谱带转换成"1"和"0"进行统计，如某条带出现， 记为"1"，无该条带则记为"0"，运样将相同随机引物扩增产生的各菌株RATO产物转换为1， 0矩阵，再利用得到的1，〇矩阵建立进化树，通过建立进化树软件（如mega软件）得到进化 树（见附图）。
[0029] W进化树的形式，显示出Ξ篇文献酵母菌株间的分子遗传相似性。从附图可见，有 W下4对来自不同文献的菌株在进化树上相邻：菌株化odotorulasp.StrainNo. 2(M35) 和菌株cell(M42)、菌株S.ca;rlsbe;rgensisNCAIM1125 (M18)和菌株C.sakeStrain Nos. 14(M23)、菌株S.cerevisiaeN(M20)和菌株R03(M49)、菌株S.exiguusCBS379(M21) 和菌株菌株JUT11(M54)在进化树上相邻，推测菌株化odotorulasp.StrainNo. 2(M35) 和菌株cell(M42)、菌株S.carlsbergensisNCAIM1125(M18)和菌株C.sakeStrain Nos. 14(M23)、菌株S.cerevisiaeN(M20)和菌株R03(M49)、S.exiguusCBS379(M21)和菌 株菌株JUTll(M54)之间具有较高的分子遗传相似性。
[0030] W上所述的仅是本发明的实施例，本发明不限于W上实施例。可W理解，凡是在不 脱离本发明的构思的前提下做出的其他改进和变化，均应包含在本发明的保护范围之内。
【主权项】
1. 一种酵母RAPD图谱的分析方法，其特征在于包括以下步骤： 1) 收集具有酵母RAPD实验结果的文献； 2) 在这些文献中选取相同随机引物的RAPD实验图谱； 3) 将选取出的图谱进行合并分析，构建进化树，以进化树的形式，显示出不同文献酵母 菌株间的分子遗传相似性。2. 按权利要求1所述的方法，其中所述收集具有酵母RAH)实验结果的文献通过以下步 骤得到：检索国内外公开发表或公布的期刊论文、会议论文、毕业论文、研究报道、专利和实 验数据，检索到的文献经过筛选，获得具有RAro实验结果的文献。3. 按权利要求1和权利要求2所述的方法，其中所述RAPD图谱为RAPD实验的核酸电 泳图谱。4. 按权利要求1所述的方法，其中所述相同随机引物为不同文献RAH)实验中采用的核 酸序列相同的引物。5. 按权利要求1所述的方法，其中所述的将选取出的图谱进行合并分析，构建进化树 通过以下步骤得到：利用电泳图谱处理软件，处理不同文献中相同随机引物的RAH)实验图 谱，通过与各RAPD图谱的DNA分子量marker大小比较，得到各图谱中不同样品RAPD产物 的DNA片段大小。按照DNA片段大小，将各菌株对应的RAH)扩增谱带转换成" 1"和"0"进 行统计，如某条带出现，记为"1"，无该条带则记为"〇"，这样将相同随机引物扩增产生的各 菌株RAH)产物转换为1，0矩阵，再利用得到的1，0矩阵建立进化树，通过建立进化树软件 得到进化树。
【专利摘要】本发明提供了一种酵母RAPD图谱的分析方法，包括以下步骤：收集具有酵母RAPD实验结果的文献，在这些文献中选取相同随机引物的RAPD实验图谱，将选取出的图谱进行合并分析，构建进化树，以进化树的形式，显示出不同文献报道酵母菌株间的分子遗传相似性。本发明是对前人酵母RAPD图谱分析方法的改进，改变了前人酵母RAPD图谱分析方法局限于同一报道或同一实验，可以应用于分析不同文献报道或不同研究结果中的酵母RAPD图谱，从而促进酵母多样性和酵母菌株选育和应用的研究。
【IPC分类】C12Q1/04, C12Q1/68
【公开号】CN105368973
【申请号】CN201510957219
【发明人】张穗生
【申请人】张穗生
【公开日】2016年3月2日
【申请日】2015年12月21日