辅助大肠癌的再发风险诊断的计算机系统、程序及方法
【专利说明】辅助大肠癌的再发风险诊断的计算机系统、程序及方法 【技术领域】
[0001] 本发明涉及辅助诊断大肠癌的再发风险的方法。特别涉及对于从大肠癌患者的组 织得到的核酸，取得属于指定基因组的基因的表达量数据，基于取得的表达量数据，辅助该 患者的大肠癌的再发风险的诊断的方法、程序及计算机系统。 【【背景技术】】
[0002] 大肠癌是在盲肠、结肠、直肠中发生的癌症肿瘤的总称。与多种癌同样地，在大肠 癌中，早期的发现对于其治疗也是重要的。在癌的治疗中，有时使用有很强的副作用的抗癌 剂，在此时患者被加以大的负担。为了降低这样的患者的负担，医师根据患者选择最适的治 疗法是重要的，为此，医师有必要确切掌握患者的癌的进展程度、恶性度、症状等。
[0003] 另外，正确地预测患者的预后对于患者的预后中的Q0L(生活质量）的提高是重要 的。作为用于进行大肠癌的预后预测的方法，已知有作为组织病理学方法的Dukes分类。 Dukes分类在国际上广泛使用，根据癌的浸润的程度分类为Dukes A、B、C及D的任何一种 的方法。Dukes分类由于是医师用肉眼进行的分类法，有易发生因医师造成的误差的问题。 另外，也有容易由取得大肠癌组织的设施的差异发生诊断差异的问题。
[0004] 近年，在开展对于关注特定的基因的表达量的增减的，使用基因标志物的癌的预 后预测的研究。例如，在US专利公开2008/058432中公开了，诊断为大肠癌的，或者接受大 肠癌的治疗的患者中的用于预测大肠癌的再发的分子的解析。US专利公开2008/058432中 公开的技术是进行对特定的大肠癌的再发的预后预测的技术，存在无法适用于全部大肠癌 的问题。 【
【发明内容】
】
[0005] 【发明要解决的技术课题】
[0006] 本发明旨在对于各种的病例的大肠癌，提供信赖性高的大肠癌的再发风险的诊断 辅助方法、程序及计算机系统。
[0007] 【解决课题的技术方案】
[0008] 本发明人为解决上述的课题，重复锐意研究的结果发现，由聚类分析，可将大肠癌 分为3种类型。并且发现，此3个类型与大肠癌的预后关联，且得到的结果充分地稳定，由 此完成本发明。
[0009] 由本发明提供大肠癌的再发风险的判断中使用的计算机系统。
[0010] 此计算机系统具备含处理器和存储器的计算机。
[0011] 在此存储器中记录有使在上述计算机中实行的计算机程序，
[0012] 接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的第18染色体长链上的18q21~18q23 的区域中存在的第1基因组选择的多个基因的表达量，接收自第20染色体长链上的 20qll~20ql3的区域中存在的第2基因组选择的多个基因的表达量，以及，接收自含 ANGPTL2、AXL、C1R、CIS、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、 SRGAP2P1及V頂的第3基因组选择的多个基因的表达量的工序，及
[0013] 基于接收的表达量，判断上述患者的大肠癌的再发风险的工序。
[0014] 【发明效果】
[0015] 由本发明可提供信赖性高的大肠癌再发风险的诊断辅助方法。 【【附图说明】】
[0016] 【图1】是显示本发明的诊断辅助方法中使用的诊断辅助装置之一例的概略图。
[0017] 【图2】是显示诊断辅助装置的软件的功能构成的框图。
[0018] 【图3】是显示诊断辅助装置的硬件的构成的框图。
[0019] 【图4】是显示诊断辅助装置的动作的流程图。
[0020] 【图5】是显示训练组的病例中的再发风险组分类的结果的图。
[0021] 【图6】是显示各风险组的再发风险的Kaplan-Meier曲线。
[0022] 【图7】是显示训练组及验证组1的病例中的再发风险组分类的结果的图。
[0023] 【图8】是显示验证组2的病例中的再发风险组分类的结果的图。
[0024] 【图9】是显示验证组3的病例中的再发风险组分类的结果的图。
[0025] 【图10】是验证组3的病例中的由再发风险组分类的Kaplan-Meier曲线。
[0026] 【图11】是显示验证组4的病例中的再发风险组分类的结果的图。
[0027] 【图12】是验证组4的病例中的由再发风险组分类的Kaplan-Meier曲线。
[0028] 【图13】是训练组的病例中的由Dukes分类的Kaplan-Meier曲线。
[0029] 【图14】是在实施例4中将中风险组由KRAS基因变异的有无层别化的再发风险分 类结果的Kaplan-Meier曲线。
[0030] 【图15】是在实施例5中将中风险组由KRAS基因变异的有无层别化的再发风险分 类结果的Kaplan-Meier曲线。
[0031] 【图16】是显示实施例8的FFPE组织待测样品18病例中的再发风险组分类的结 果的图。
[0032] 【图17】是将实施例8的FFPE组织待测样品18病例中的中风险组由KRAS基因变 异的有无层别化的再发风险分类结果的Kaplan-Meier曲线。
[0033] 【图18】是在实施例10中得到的Kaplan-Meier曲线。
[0034] 【图19】是显示诊断辅助装置的动作的流程图。
[0035] 【实施方式】
[0036] 以下参照【附图说明】本发明的优选实施方式。
[0037] 在本实施方式的大肠癌再发风险的诊断辅助方法（以下，有时记作"诊断辅助方 法"）中，首先进行，各自测定从大肠癌患者采集的活体样品中的选自第18染色体长链上的 18q21~18q23的区域中存在的第1基因组的多个基因的表达量的第1测定、各自测定选自 第20染色体长链上的20qll~20ql3的区域中存在的第2基因组的多个基因的表达量的 第 2 测定、以及，各自测定选自含 ANGPTL2、AXL、C1R、CIS、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、 ITGAV、KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1及V頂的第3基因组的多个基因的表达量的第 3测定。
[0038] 作为"活体样品"，只要是含大肠癌患者的肿瘤细胞来源的核酸（例如mRNA)的， 就不特别限定，例如可使用临床待测样品。作为临床待测样品，具体可举出血液、血清、由手 术或活体检查采集的组织等。另外，也可将自被检者采集的组织的福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE)样品作为活体样品使用。
[0039] 本实施方式的方法在测定工序之前，也可含从活体样品提取DNA的工序。从活体 样品提取DNA的方法可由现有技术中公知的方法进行。例如，离心分离活体样品而使含DNA 的细胞沉淀，由物理学方法或化学方法破坏此细胞，通过除去细胞碎片，可得到DNA提取 物。此操作也可使用市售的DNA提取试剂盒等进行。
[0040] 在本说明书中，"第1基因组"是指第18染色体长链上的18q21~18q23的区域 中存在的基因的总称。具体而言，第1基因组含由基因符号C18orf22(笫18染色体阅读 框22)、C18orf55 (笫18染色体阅读框55)、CCDC68 (卷曲螺旋结构域含68)、CNDP2 (CNDP 二肽酶2 (金属肽酶M20家族））、CYB5A (细胞色素 b5A型（微粒体））、L0C400657 (假想 L0C400657)、L0C440498(热休克因子结合蛋白1-样）、MBD2(甲基-CpG结合结构域蛋白2)、 MBP(髓磷脂碱蛋白）、MY05B(肌球蛋白VB)、NARS(天冬酰胺酰-tRNA合成酶）、PQLC1 (PQ 环重复含 1)、RTTN(Rotatin)、SEC11C(SEC11 同系物 C(啤酒糖酵母（S. cerevisiae)))、 S0CS6 (细胞因子信号传导阻遏物6)、TNFRSF11A (肿瘤坏死因子受体超家族，成员1 la，NFKB 活化物）、TXNL1 (硫氧还蛋白-样1)、TXNL4A (硫氧还蛋白-样4A)、VPS4B (液泡蛋白分选 4同系物B(啤酒糖酵母（S. cerevisiae)))及ZNF407(锌指蛋白407)表示的基因。
[0041] 在本说明书中，"第2基因组"是指第20染色体长链上的20qll~20ql3的区域 中存在的基因的总称。具体而言，第2基因组含由基因符号ASXL1 (另外的性梳样1 (果蝇 属（Drosophila)))、C20orfll2 (笫20染色体阅读框112)、C20orfl77 (笫20染色体阅读框 177)、CHMP4B (染色质修饰蛋白 4B)、C0MMD7(C0MM结构域含 7)、CPNE1 (copine I)、DID01 (死 亡诱导物-闭塞物1)、DNAJC5(DnaJ(Hsp40)同系物，亚家族C，成员5)、KIF3B (驱动蛋白家 族成员3B)、NC0A6 (核受体共活化物6)、PHF20 (PHD指蛋白20)、PIGU (磷脂酰肌醇聚糖锚 定生物合成，U类）、PLAGL2 (多形腺瘤基因-样2)、P0FUT1 (蛋白0-岩藻糖基转移酶1)、 PPP1R3D (蛋白磷酸酶1，调控（抑制物）亚基3D)、PTPN1 (蛋白酪氨酸磷酸酶，非-受体1 型）、RBM39 (RNA结合基序蛋白39)、TAF4 (TAF4RNA聚合酶II，TATA box结合蛋白（TBP)-相 关因子，135kDa)及TCFL5 (转录因子-样5 (碱性螺旋-环-螺旋））表示的基因。
[0042] 在本说明书中，"第3基因组"是指在生物学上含被称作间质关联基因、EMT关 联基因等的基因的总称。具体而言，第3基因组含由基因符号ANGPTL2 (血管生成素-样 2)、AXL(AXL受体酪氨酸激酶）、C1R(补体成分1，r亚成分）、CIS(补体成分1，s亚成 分）、CALHM2 (钙内稳态调节物2)、CTSK(组织蛋白酶K)、DCN(Decorin)、EMP3 (上皮膜蛋 白3)、GREMl(gremlin 1，半胱氨酸结超家族，同系物（光滑爪蟾（Xenopus laevis)))、 ITGAV(整联蛋白，aV(玻连蛋白受体，α多肽，抗原⑶51))、KLHL5(kelch-样5(果蝇属 (Drosophila)))、MMP2 (基质金属肽酶2 (明胶酶A，72kDa明胶酶，72kDa type IV胶原酶））、 RAB34 (RAB34,成员 RAS 癌基因家族）、SELM(硒蛋白 Μ)、SRGAP2P1 (SLIT-R0B0 P GTP 酶活化 蛋白2假基因1)及V頂（波形蛋白）表示的基因。在本说明书中，第3基因组有时记作"间 质关联基因组"。
[0043] 在本实施方式的诊断辅助方法中，使用这3个的基因组，判断大肠癌的再发风险。
[0044] 在本说明书中，"基因的转录产物"是指通过基因转录得到的产物，是核糖核酸 (RNA)、具体而言是信使RNA(mRNA)。
[0045] 另外，在本说明书中，"基因的表达量"是指上述的活体样品中的基因的转录产物 的存在量或反映该存在量的物质的量。从而，由本实施方式的诊断辅助方法可测定基因的 转录产物（mRNA)的量、或者自mRNA得到的互补脱氧核糖核酸（cDNA)或互