在步骤S2-2中，算出部303从取得的信息算出荧 光强度，向存储部302发送。然后，在步骤S2-3中，算出部303基于存储的荧光强度，算出 各基因的表达量（其中，取得活体样品的表达模式）。其后，在步骤S2-4中，判断部304读 取存储部302中存储的高风险组表达模式、中风险组表达模式及低风险组表达模式，基于 这些和在步骤S2-3中取得的活体样品的表达模式，算出活体样品的表达模式和高风险组 表达模式的相关系数（以下也称为"相关系数H")、活体样品的表达模式和中风险组表达模 式的相关系数（以下也称为"相关系数M")、及活体样品的表达模式和低风险组表达模式的 相关系数（以下也称为"相关系数L"）。
[0236] 在步骤S2-5中，判断相关系数Η最高与否。即，相关系数Η相比相关系数Μ更高， 相关系数Η相比相关系数L更高时，相关系数Η被判断为最高。相关系数Η最高时，在步骤 S2-6中，活体样品被分类为高风险组，判断为活体样品的再发风险高。
[0237] 在步骤S2-5中，判断为相关系数Η不是最高的相关系数时，在步骤S2-7中，判断 相关系数Μ最高与否。即，相关系数Μ相比相关系数Η更高，相关系数Μ相比相关系数L更 高时，判断为相关系数Μ最高。相关系数Μ最高时，在步骤S2-8中活体样品被分类为中风 险组，判断为活体样品的再发风险为中度。
[0238] 在步骤S2-7中，判断为相关系数Μ不是最高的相关系数的时，在步骤S2-9中，判 断为相关系数L最高。关系数L最高时，在步骤S2-9中活体样品被分类为低风险组，判断 为活体样品的再发风险低。
[0239] 在步骤S2-10中，输出部305输出被检者的大肠癌再发风险的判断结果，表示于显 示部3c。由此，诊断辅助装置1可给医师等提供辅助对于被检者的大肠癌的再发风险高，中 度，或者低的判断的信息。
[0240] 另外，在图19的流程图中，也可代替判断相关系数Μ最高与否的步骤而含判断相 关系数L最高与否的步骤。另外，也可代替判断相关系数Η最高与否的步骤而含判断相关 系数L最高与否的步骤。均可判断相关系数Η，Μ及L之任何最高。在任何的情况中，不限 定判断步骤的实行顺序。
[0241] 【符号说明】
[0242]
【主权项】
1. 大肠癌的再发风险的判断中使用的计算机系统，其具备含处理器和存储器的计算 机，在上述存储器中记录有使在上述计算机中实行下列工序的计算机程序： 如下工序： 接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的第18染色体长链上的18q21~18q23的区 域中存在的第1基因组选择的多个基因的表达量， 接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的第20染色体长链上的20qll~20ql3的区 域中存在的第2基因组选择的多个基因的表达量，以及 接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的含ANGPTL2、AXL、C1R、CIS、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1及V頂的第3基因组选择的 多个基因的表达量， 基于接收的表达量，判断上述患者的大肠癌的再发风险的工序。2. 权利要求1所述的计算机系统，其中在上述判断工序中， 当上述第3基因组是高表达时，判断为再发风险高， 当上述第1基因组是低表达、且上述第3基因组是低表达时，判断为再发风险为中度， 当上述第1基因组是高表达，上述第2基因组是高表达、且上述第3基因组是低表达 时，判断为再发风险为中度， 当上述第1基因组是高表达，上述第2基因组是低表达、且上述第3基因组是低表达 时，判断为再发风险低。3.权利要求1所述的计算机系统，其中 上述存储器存储高风险组的表达量、中风险组的表达量及低风险组的表达量， 上述处理器： 接收上述测定工序中测定的表达量， 自上述存储器读取上述高风险组的表达量、上述中风险组的表达量及上述低风险组的 表达量， 比较上述测定工序中测定的表达量和上述高风险组的表达量， 比较上述测定工序中测定的表达量和上述中风险组的表达量， 比较上述测定工序中测定的表达量和上述低风险组的表达量， 将上述活体样品的再发风险分类为相关最高的风险组， 上述高风险组的表达量 是显示 选自上述第1基因组的多个基因、 选自上述第2基因组的多个基因、及 选自上述第3基因组的多个基因 的表达量的值， 是自被判断为再发风险高的患者组的活体样品预先测定的值， 上述中风险组的表达量 是显示 选自上述第1基因组的多个基因、 选自上述第2基因组的多个基因、及 选自上述第3基因组的多个基因 的表达量的值， 是自被判断为再发风险中度的患者组的活体样品预先测定的值， 上述低风险组的表达量 是显示 选自上述第1基因组的多个基因、 选自上述第2基因组的多个基因、及 选自上述第3基因组的多个基因 的表达量的值， 是自被判断为再发风险低的患者组的活体样品预先测定的值。4. 权利要求3所述的计算机系统，其中上述处理器： 算出在上述测定工序中测定的表达量和上述高风险组的表达量的相关系数， 算出在上述测定工序中测定的表达量和上述中风险组的表达量的相关系数， 算出在上述测定工序中测定的表达量和上述低风险组的表达量的相关系数， 将上述活体样品的再发风险分类为相关系数最高的风险组。5. 权利要求1所述的计算机系统，其中在上述判断工序中， 不管从第1及第2基因组各自选择的基因的表达量，当选自第3基因组的基因的表达 量在对于该基因的基准值以上时，判断为再发风险高， 不管选自第2基因组的基因的表达量，当选自第3基因组的基因的表达量相比对于该 基因的基准值更小，选自第1基因组的基因相比对于该基因的基准值更小时，判断为再发 风险为中度， 当选自第3基因组的基因的表达量相比对于该基因的基准值更小，选自第1基因组的 基因的表达量是对于该基因的基准值以上，选自第2基因组的基因的表达量在对于该基因 的基准值以上时，判断为再发风险为中度， 当选自第3基因组的基因的表达量相比对于该基因的基准值更小，选自第1基因组的 基因的表达量是对于该基因的基准值以上，选自第2基因组的基因的表达量相比对于该基 因的基准值更小时，判断为再发风险低。6. 权利要求1所述的计算机系统，其中第1基因组含C18orf22、C18orf55、CCDC68、 CNDP2、CYB5A、L0C400657、L0C440498、MBD2、MBP、MY05B、NARS、PQLC1、RTTN、SEC11C、S0CS6、 TNFRSF11A、TXNL1、TXNL4A、VPS4B及ZNF407。7. 权利要求1所述的计算机系统，其中第2基因组含ASXL1、C20orfll2、C20orfl77、 CHMP4B、C0MMD7、CPNE1、DID01、DNAJC5、KIF3B、NC0A6、PHF20、PIGU、PLAGL2、P0FUT1、 PPP1R3D、PTPN1、RBM39、TAF4 及TCFL5。8. 权利要求1所述的计算机系统，其还具备测定上述各基因的表达量，向上述计算机 发送上述表达量的信息的测定装置。9. 权利要求1所述的计算机系统，其中上述计算机程序使上述计算机还实行接收关于 上述活体样品中的KRAS基因的变异的有无的信息的工序。10. 权利要求9所述的计算机系统，其中在上述判断工序中， 对于上述再发风险作为中度的组， 当有KRAS基因变异时，作为再发风险高， 当无KRAS基因变异时，作为再发风险低。11. 权利要求9所述的计算机系统，其还具备检测上述KRAS基因的变异的有无，向上述 计算机发送上述变异的有无的信息的变异检测装置。12. 权利要求1~11之任一项所述的计算机系统，其中上述接收工序接收以下的全部 的基因的表达量：C18orf22、C18orf55、CCDC68、CNDP2、CYB5A、L0C400657、L0C440498、MBD2、 MBP、MY05B、NARS、PQLC1、RTTN、SEC11C、S0CS6、TNFRSF11A、TXNL1、TXNL4A、VPS4B、ZNF407、 ASXL1、C20orfll2、C20orf177、CHMP4B、C0MMD7、CPNE1、DIDO1、DNAJC5、KIF3B、NC0A6、PHF20、 PI⑶、PLAGL2、POFUT1、PPP1R3D、PTPN1、RBM39、TAF4、TCFL5、ANGPTL2、AXL、C1R、C1S、CALHM2、 CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1 及V頂。13. 由计算机实行的计算机程序，其中， 上述计算机程序对于上述计算机实行下列工序： 如下工序： 接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的第18染色体长链上的18q21~18q23的区 域中存在的第1基因组选择的多个基因的表达量， 接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的第20染色体长链上的20qll~20ql3的区 域中存在的第2基因组选择的多个基因的表达量，以及 接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的含ANGPTL2、AXL、C1R、CIS、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1 及V頂的第 3 基因组选择的 多个基因的表达量， 基于接收的表达量，判断上述患者的大肠癌的再发风险的工序。14. 辅助诊断大肠癌的再发风险的方法，其包括： 进行下列测定的测定工序： 各自测定从大肠癌患者采集的活体样品中的选自第18染色体长链上的18q21~18q23 的区域中存在的第1基因组的多个基因的表达量的第1测定、 各自测定从大肠癌患者采集的活体样品中的选自第20染色体长链上的20ql1~20ql3 的区域中存在的第2基因组的多个基因的表达量的第2测定、以及 各自测定从大肠癌患者采集的活体样品中的选自含ANGPTL2、AXL、C1R、CIS、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1 及V頂的第 3 基因组 的多个基因的表达量的第3测定， 基于在上述测定工序中测定的表达量，判断上述患者的大肠癌的再发风险的工序。
【专利摘要】由本发明提供大肠癌的再发风险的判断中使用的计算机系统。此计算机系统具备含处理器和存储器的计算机。在此存储器中记录有使在上述计算机中实行的计算机程序，接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的第18染色体长链上的18q21～18q23的区域中存在的第1基因组选择的多个基因的表达量，接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的第20染色体长链上的20q11～20q13的区域中存在的第2基因组选择的多个基因的表达量，以及接收从自大肠癌患者采集的活体样品中的含ANGPTL2、AXL、C1R、C1S、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1及VIM的第3基因组选择的多个基因的表达量的工序，及基于接收的表达量，判断上述患者的大肠癌的再发风险的工序。
【IPC分类】G06F19/00
【公开号】CN105468893
【申请号】CN201510621189
【发明人】后藤健吾, 吉田雄一郎, 大友泰裕
【申请人】希森美康株式会社
【公开日】2016年4月6日
【申请日】2015年9月25日
【公告号】EP3009842A2, EP3009842A3