同步鉴别多种人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒、方法及组合物的制作方法

文档序号:574084阅读:739来源:国知局
专利名称:同步鉴别多种人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒、方法及组合物的制作方法
技术领域
本发明涉及一种用于鉴别病毒的试剂盒及方法,尤指一种用于同步鉴别多种人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒及方法,本发明还涉及一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物。
子宫颈癌是台湾女性的头号杀手,同时也是女性十大癌症的榜首。台湾的子宫颈癌患者的死亡率是先进国家的七、八倍,它是最危险但也是最容易发现的癌症。已受感染地男性或女性经由性行为再传染给对方,女性可能因细胞病变罹患子宫颈癌,男性则罹患尖锐湿疣,也就是俗称的菜花。子宫颈癌前病变经医学研究发现,在产生子宫颈癌之前的5到10年间,子宫颈的细胞必须先经过子宫颈的上皮赘生瘤(cervicalintraepithelial neoplasm,CIN)的形成而发展到子宫颈癌(invasivecervical carcinoma)。为了降低子宫颈癌的发生率,政府正大力推广子宫颈抹片检查(pap smear),希望病变的子宫颈细胞在还没发展到子宫颈癌前就被检测出来,以便早期治疗。但是子宫颈抹片的正确率大约在60~70%之间,也就是有30~40%左右的子宫颈癌前期病变被漏失。此外,许多的研究报告共同指出,超过95%的子宫颈癌合并有先前人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)的感染,因此子宫颈癌被视为「会传染的癌症」,若同时进行子宫颈抹片与人类乳突瘤病毒检测,可大幅提高子宫颈癌的检出率。
因此,申请人与罗东博爱医院合作以子宫颈抹片与人类乳突瘤病毒检测为工具,此人类乳突瘤病毒检测结合聚合酶连锁反应与核酸定序技术,进行妇女子宫颈癌流行病调查,其中受检人共2424人,其年龄介于16-84岁,有效样本1963件。结果1)1.9%(37/1963)的妇女有抹片不正常;2)抹片正常的妇女有12.7%(244/1926)有病毒感染;3)抹片不正常的妇女病毒盛行率为51.4%(19/37),且随抹片异常严重程度呈正相关(非典型鳞状上皮细胞23.1%、低度上皮细胞病变41.7%、高度上皮细胞病变75%);4)发现29种病毒亚型分别如下52、58、53、70、16、18、68、33、66、35、37、54、59、67、72、69、82、39、31、32、HLT7474-S、6、CP8061、62、CP8304、44、11、61、74,其中非典型鳞状上皮细胞发现有52、53、31,低度上皮细胞病变发现有51、58、69、70,高度上皮细胞病变发现有16、18、33、52、53、82、CP8061。
而公知HPV检验套组只有DIGENE公司出产的Hybrid Capture II HPVDNA microplate assay套组,其所能检测的病毒亚型中高危险群病毒亚型有16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68;低危险群病毒亚型有6、11、42、43、44共18种病毒亚型。
对照子宫颈癌流行病调查结果可知,人类乳突瘤病毒多种亚型混合感染的检体无法以公知技术来同时辨别各种病毒亚型,因此公知HPV检验套组并不适用于台湾的妇女。此外,公知HPV检验套组测得的检验结果只表示该检体是高危险群病毒感染或低危险群病毒感染,因此需慎重考虑其伪阳性,即只有高、低危险群的区别,无法得知病毒亚型;与伪阴性,即没有对有效检体的认定,有效检体认定是可以测出人类细胞中甘油醛-3-磷酸去氢酶或其它常驻基因的存在。
有鉴于此,本发明的一个目的在于提供一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)亚型的试剂盒,其可准确地鉴别出检体中所含的人类乳突瘤病毒亚型。
本发明的另一目的在于提供一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)亚型的方法,其可准确地鉴别出检体中所含的人类乳突瘤病毒亚型。
本发明的再一目的在于提供一种用以检测一检体中特定人类乳突瘤病毒亚型的方法。
本发明的又一目的在于提供一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物。
一方面,本发明的一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,该试剂盒包含有一载体,该载体包含一第一部分与一第二部分,并可承载该检体于其上,第一种寡核苷酸承载于该载体的所述第一部分上,第二种寡核苷酸承载于该载体的所述第二部分上,其中该第一种及第二种寡核苷酸可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交,以同步鉴别该检体中所含有的人类乳突瘤病毒亚型。
根据上述方案,试剂盒中所述载体可为一尼龙膜或一玻璃片。
根据上述方案,试剂盒中所述第一种人类乳突瘤病毒亚型与第二种人类乳突瘤病毒亚型分别选自于36型病毒之一,该第一种寡核苷酸的序列选自于所述第一种人类乳突瘤病毒亚型对应的寡核苷酸组中的一序列及其互补物,该第二种寡核苷酸的序列选自于所述第二种人类乳突瘤病毒亚型对应的寡核苷酸组中的一序列及其互补物。
根据上述方案,所述试剂盒为一寡核苷酸试片。
另一方面,本发明的一种用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,该方法包含下列步骤提供第一检验试剂及第二检验试剂,该第一检验试剂包含第一种寡核苷酸,该第二检验试剂包含第二种寡核苷酸,其中该第一种及第二种寡核苷酸为可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交的序列,杂交该检体中的脱氧核糖核酸(DNA)与该等寡核苷酸,以及去除无法与该等寡核苷酸杂交的脱氧核糖核酸,以同步鉴别该检体中所含有的该等人类乳突瘤病毒亚型。
根据上述方案,所述检体中的脱氧核糖核酸为聚合酶连锁反应的产物,且该脱氧核糖核酸含有信号物质。
根据上述方案,所述信号物质为生物素(biotin),或为萤光物质
根据上述方案,若所述信号物质为生物素,该方法进一步包含进行该生物素与卵白素-碱性磷酸酶的反应。若该信号物质为萤光物质,则该萤光物质可为青色素5(Cyanine 5)。
又一方面,本发明的关于一种用以检测一检体中特定人类乳突瘤病毒亚型的方法,该方法包含提供一寡核苷酸,该寡核苷酸的序列可专一地与该特定人类乳突瘤病毒亚型特有的一段脱氧核糖核酸(DNA)序列杂交,杂交该检体中的脱氧核糖核酸(DNA)与该寡核苷酸,去除无法与该检验试剂中的该寡核苷酸杂交的脱氧核糖核酸,以及检测剩余的脱氧核糖核酸,以显示该检体中是否含有该特定人类乳突瘤病毒亚型,其中该特定人类乳突瘤病毒亚型的基因编号与其特有的一段脱氧核糖核酸(DNA)序列于该基因的位置,选自于特定的36种人类乳突瘤病毒亚型。
再一方面,本发明的一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物,该组合物包含有一种寡核苷酸,该寡核苷酸的序列可与该人类乳突瘤病毒亚型特有的脱氧核糖核酸(DNA)杂交,用以检测该人类乳突瘤病毒亚型的存在,其中该人类乳突瘤病毒亚型选自于HPV 26、HPV 32、HPV 37、HPV 53、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 69、HPV 70、HPV 72、HPV 74、HPV 82、HPV CP8061、HPV CP8304、HPV L1AE5、HPV MM4、HPV MM7及HPV MM8中的一种类型。
以下结合附图和优选实施例对本发明进行详细地描述


图1为本发明实施例1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒;
图2为本发明实施例2的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒;
图3(a)及(b)为本发明实施例3的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒;
图4(a)、(b)及(c)为应用本发明实施例3鉴别人类乳突瘤病毒亚型的结果;
图5为应用本发明实施例3鉴别检体中人类乳突瘤病毒亚型的结果;
图6(a)及(b)为本发明实施例4的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒;
图7(a)及(b)为应用本发明实施例4鉴别人类乳突瘤病毒亚型的结果。
请参阅图1。寡核苷酸试片10为本发明的实施例1,其用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)亚型。载体11为一尼龙膜,其固定于该载体11上的点阵列12,其中的每一点为一寡核苷酸(15至30个核苷酸)探针,每一寡核苷酸探针可专一地与一种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交。
申请人将已知97种人类乳突瘤病毒亚型的核苷酸序列,经由核苷酸序列比对软件排列后,挑选出曾流行于台湾的人类乳突瘤病毒亚型,设计出可专一地杂交该等人类乳突瘤病毒亚型的寡核苷酸序列,如表1至表36所示。即各表为本发明针对特定人类乳突瘤病毒亚型所采用的寡核苷酸序列,用以专一地杂交该特定人类乳突瘤病毒亚型。
所述载体11上每一寡核苷酸探针序列的选择是参照表1至表36进行的。例如,该载体11上其中一寡核苷酸探针的序列可采用序列编号M1101至M1125(如表1)中的一序列,用以杂交人类乳突瘤病毒亚型11(HPV11)。表1可与HPV 11杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 11基因位置表2可与HPV 16杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 16基因位置表3可与HPV 18杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 18基因位置表4可与HPV 26杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 26基因位置表5可与HPV 31杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 31基因位置表6可与HPV 32杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 32基因位置表7可与HPV 33杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 33基因位置表8可与HPV 35杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 35基因位置表9可与HPV 37杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 37基因位置表10可与HPV 39杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 39基因位置表11可与HPV 44杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 44基因位置表12可与HPV 45杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 45基因位置表13可与HPV 51杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 51基因位置表14可与HPV 52杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 52基因位置表15可与HPV 53杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 53基因位置表16可与HPV 54杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 54基因位置表17可与HPV 56杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 56基因位置表18可与HPV 58杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 58基因位置表19可与HPV 59杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 59基因位置表20可与HPV 61杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 61基因位置表21可与HPV 62杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 62基因位置表22可与HPV 66杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 66基因位置表23可与HPV 67杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 67基因位置表24可与HPV 68杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 68基因位置表25可与HPV 69杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 69基因位置表26可与HPV 6杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 6基因位置表27可与HPV 70杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 70基因位置表28可与HPV 72杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 72基因位置表29与HPV 74杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 74基因位置表30可与HPV 82杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 82基因位置表31可与HPV CP8061杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV CP8061基因位置表32可与HPV CP8034杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV CP8034基因位置表33可与HPV L1AE5杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV L1AE5基因位置表34可与HPV MM4杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV MM4基因位置表35可与HPV MM7杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV MM7基因位置表36可与HPV MM8杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV MM8基因位置
本发明将每一核苷酸探针固定于所述载体11(尼龙膜)的方法叙述如下
1.寡核苷酸探针的3’端以末端转移酶加入核苷酸,成为3’端氨基修饰-TTTTTTTTTTTTTTT-寡核酸
1.1将下列物品混合均匀
10X NEBuffer 4 5μ1
2.5mM CoCl2 5μ1
寡核苷酸探针(购自当地厂商) 5~300pmol
10~300mM dATP、dCTP、dTTP或dGTP 1μ1
末端转移酶(20U/u1)(NEW English 0.5~5μl
BioLabs,M0252S)
加M.Q.H2O 50μl
1.2该混合物置于37℃,反应15~60分钟;
1.3加10μl的0.2M EDTA(pH8.0)至该混合物以终止反应;
2.将3’端增加核苷酸的寡核苷酸探针点到带正电的载体11(尼龙膜)上
2.1将具有3’端增加核苷酸的每一寡核苷酸探针以直径400μm宽的针头点至带正电的载体11(尼龙膜)上,各点间距1200μm;
2.2以紫外光照射载体11(尼龙膜)
2.3即为本发明用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒10,将该试剂盒10保存于干燥箱备用。
请参阅图2。寡核苷酸试片20为本发明的实施例2,其用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)亚型,其中载体21为一玻璃片。固定于该载体21上的点阵列22,其中的每一点为一寡核苷酸(15至26个核苷酸)探针,每一寡核苷酸探针可专一地与一种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交。
载体21上每一寡核苷酸探针序列的选择,请参照表1至表36。各表为本发明针对特定人类乳突瘤病毒亚型所采用的寡核苷酸序列,用以专一地杂交该特定人类乳突瘤病毒亚型。例如,该载体21上其中一寡核苷酸探针的序列可采用序列编号1至12(如表1)中的一序列,用以杂交人类乳突瘤病毒亚型11(HPV 11)。
本发明将每一核苷酸探针固定于该载体21(玻璃片)的方法叙述如下
1.载体21(玻璃片)的表面处理
1.1载体21(该玻璃片可选用显微镜载玻片SuperFrost,Menzel-Glaser Co.,Germany)以无萤光软性清洁剂清洗干净;
1.2将清洗完毕的载体21泡入10%NaOH过夜;
1.3载体21依序以二次水、1%氯化氢溶液、甲醇振摇2分钟,置于烘箱中干燥。
1.4载体21硅烷化溶液(1%的3-氨基丙基三甲氧基硅烷(APTMS)在95%的丙酮水溶液中),室温反应约2分钟;
1.5载体21以丙酮清洗10次,每次5分钟。移至110℃烘箱,干燥45分钟;
1.6干燥完毕的载体21浸入0.2%的1,4-亚苯基二异氰酸酯溶液中(溶剂为10%的吡啶在二甲基甲酰胺中),于室温反应约2小时;
1.7最后,载体21以甲醇及丙酮清洗,静置干燥;
1.8将表面处理完毕的载体21,置于真空干燥器保存备用。
2.将上述的寡核酸探针固定于载体21(玻璃片)上
2.1将3’端氨基修饰-TTTTTTTTTTTTTTT-寡核酸序列以直径400μm宽的针头点至载体21上,各点间距1200μm;
2.2将载体21浸入1%氨水中约2分钟,再以二次水清洗,室温下风干;
2.3即为本发明用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒20,将该试剂盒20保存于干燥箱备用。
本发明用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法叙述如下
1.检体处理
1.1若有颈刷或棉花棒置于管内,需先震荡数秒将细胞震下后并取出颈刷或棉花棒,然后置于20℃下1500rpm离心5分钟;
1.2脱落细胞以10mM Tris(PH8.5)缓冲液清洗并溶于8mM NaOH,将细胞吸取至1.5ml微量离心管;
1.3依照细胞沉淀物的体积,加入适量PreTaq(1U/μl)溶液,94℃反应1小时后,于20℃下13,500rpm离心5分钟,将所得检体DNA保存于-20℃。
2.聚合酶连锁反应(PCR)
2.1以甘油醛-3-磷酸去氢酶基因为内部控制(internal control)的聚合酶连锁反应
2.1.1依下表添加下列物质试剂 库存取量 最终浓度无菌H2O 2.610X Taq缓冲液 0.51X Taq缓冲液dNTP 2.5mM 0.4200μM模板 1GAP241-51)引子10pmol/μl 0.20.4pmol/μlGAP241-32)引子10pmol/μl 0.20.4pmol/μlProTaq(PROTECH)5U/μl 0.10.1U/μl总体积(μl)5
1)Gap2 1-5CCACCAACTGCTTAGCACCCC
2)Gap2 1-3TGCAGCGTACTCCCCACATCA
3)最后加入适量矿物油防止蒸发。
2.1.2依下列程序进行PCR反应
程序一 程序二 程序三
94℃,15秒94℃,3分钟 57℃,1分钟 72℃,5分钟
72℃,30秒
40个循(cycle)
2.1.3 PCR产物于2.5%洋菜胶/EtBr(0.5×TBE)中分析;
2.2检体DNA的第一次聚合酶连锁反应2.2.1依下表添加下列物质试剂库存取量 最终浓度消毒H2O4.7-5.710X Taq缓冲液 1 1X Taq缓冲液dNTP2.5mM 0.8 200μM模板1-2BSA 10mg/ml 0.1 0.1μg/μl引子1,2) 10pmol/lμl 0.6 0.6pmol/μl引子1,2) 10pmol/μl 0.6 0.6pmol/μlProTaq(PROTEcH) 5U/μl 0.2 0.1U/μl总体积(μ1) 101)MY09/MY11Manos等,Cancer Cells 1989,7,209-214;2)E1 301L/E1 847RYlitalo等,J.Clin.Microbiol.1995,33,1822-1828;3)最后加入适量矿物油防止蒸发。2.2.2依下列程序进行PCR反应
程序一 程序二程序三
94℃,45秒94℃,3分钟 45℃,1分钟 72℃,5分钟
72℃,1.5分钟
45个循环(cycle)2.2.3 PCR产物于2.5%洋菜胶/EtBr(0.5×TBE)中分析2.3使用内扩引子对进行第二次聚合酶连锁反应2.3.1依下表添加下列物质试剂库存取量 最终浓度消毒H2O11.7510X Taq缓冲液 2.51X Taq缓冲液rdNTP2.5mM 2 200μM第一次PCR产物 5BSA 10mg/ml 0.25 0.1μg/μl引子1) 10pmol/μl 1.50.6pmol/μl引子1,2,3) 10pmol/μl 1.50.6pmol/μlProTaq (PROTECH)5U/μl 0.50.1U/μl总体积(μl) 25
1)GP5+/GP6+De Roda Husman等,J.Gen.Virol.1995,76,1057-1062;
2)El 350L/E1 547RYlitalo等,J.Clin.Microbiol.1995,33,1822-1828;
3)GP6+及El 547R引子的5’端可加上生物素标记或Cy5萤光标记;
4)最后加入适量矿物油防止蒸发。
2.3.2以下列程序进行PCR反应;
程序一 程序二 程序三
94℃,45秒
94℃,3分钟 45℃,1分钟 72℃,5分钟
72℃,1.5分钟
45个循环(cycle)
2.3.3 PCR产物于2.5%洋菜胶/EtBr(0.5×TBE)中分析
3.以本发明所提供的寡核苷酸试片10(载体11为尼龙膜)用以检测人类乳突瘤病毒亚型;
3.1将该寡核苷酸试片10浸泡在2X SSC溶液作用5分钟;
3.2将该寡核苷酸试片10置于含有50μg/μL鲑鱼精子核苷酸的杂交缓冲液里,于35℃预杂交约30分钟;
3.3将含有生物素标记的检体的聚合酶连锁反应产物加入含有50μg/μL鲑鱼精子核酸的杂交缓冲液混合均匀,95℃加热约5分钟;将核酸改性后,置于冰上待用;
3.4将改性后的聚合酶连锁反应产物加入该寡核苷酸试片10上的核苷酸点阵列中,35℃杂交约4小时或过夜;
3.5用2X SSC/1%SDS溶液于35℃清洗该寡核苷酸试片10约15分钟;
3.6再用0.2X SSC/0.1%SDS溶液于35℃清洗该寡核苷酸试片10约l5分钟;
3.7该寡核苷酸试片10以0.5%阻隔试剂处理约1小时;
3.8该寡核苷酸试片10以卵白素-碱性磷酸酶接合物反应约1小时;
3.9该寡核苷酸试片10以1X PBST清洗二次,每次约10分钟;
3.10该寡核苷酸试片10以Tris/NaCl缓冲液清洗二次,每次约五分钟;
3.11该寡核苷酸试片10以NBT/BCIP在室温下进行呈色反应;
3.12由该寡核苷酸试片10上各呈色点对应其所杂交的人类乳突瘤病毒亚型,即可判断该检体中所含为何种人类乳突瘤病毒亚型。
4.以本发明所提供的寡核苷酸试片20(载体21为玻璃片)用以检测人类乳突瘤病毒亚型
4.1含Cy5萤光标记的聚合酶连锁反应产物以PCR Clean Up-M System(Viogene,USA)纯化,以酒精沉淀含Cy5萤光标记的聚合酶连锁反应产物,最后以真空干燥沉淀物备用;
4.2沉淀物加入12μl杂交液(2XSSC/0.1%SDS),充分溶解后,离心1分钟,沸水浴2分钟;
4.3取出后迅速插入冰上,静置5分钟;离心30秒后,取出10μl于寡核酸微阵列杂交区左方,小心地将一盖波片沿左方引溶液覆盖于杂交区上,避免产生气泡;使寡核酸微阵列杂交区朝下,置于Humid Chamber(Sigma,USA)中,35℃杂交4小时或过夜;
4.4将杂交反应完毕的寡核苷酸试片20,垂直放于盛有洗涤液A(2XSSC/1%SDS)的50ml烧杯中,轻轻振动寡核苷酸试片20,使盖玻片脱落,再将寡核苷酸试片20放入装有洗涤液A的50ml离心管中,以160rpm的速率于平面振荡器上洗涤12分钟;
4.5接着寡核苷酸试片20以洗涤液B(0.2XSSC/0.1%SDS),于35℃中振摇12分钟后,以二次水清洗表面,静置干燥;
4.6干燥完毕的寡核苷酸试片20,使用GenePixTM4000(Axon,USA)进行扫描,选用635nm激发波长,以GenePix Pro 3.0(Axon,USA)软件进行分析。
请参阅图3(a)及(b)。图3(a)为本发明实施例3的示意图,寡核苷酸试片30用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papillomavirus,HPV)亚型,其中载体31为一尼龙膜,其实际长度约为1.44公分,宽度约为0.96公分。点阵列32依上述方法固定于该载体31上,其中点距约为1.2公厘,每一点直径约为0.4公厘,且每一点为一寡核苷酸(15至30个核苷酸)探针,每一寡核苷酸探针可专一地与一种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交。图3(b)标示点阵列32中每一寡核苷酸探针所对应的人类乳突瘤病毒亚型。而各寡核苷酸探针序列选自于表1至表36中的序列。其中SC(system control)为任何一种人类乳突瘤病毒亚型经由含生物素引子用聚合酶连锁反应的产物NC(negative control),其为与HPV无关的植物基因的片段;IC(internal control)为针对人类常驻基因(housekeeping gene)甘油醛-3-磷酸酯脱氢酶(Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase,GAP-DH)的专一探针(序列5’-gcccagactgtgggtggcag-3’),添加上述探针的目的皆为监视检测反应是否正常。
将寡核苷酸试片30分别依照上述方法,检测含有特定人类乳突瘤病毒亚型部分基因的质体(即positive clones),其结果如图4(a)至(c)所示。该含有特定人类乳突瘤病毒亚型部分基因的质体经由MY11/MY09引子进行第一次聚合酶连锁反应,所得第一次聚合酶连锁反应产物于2.5%洋菜胶/EtBr中分析,电泳结果如图4(a)所示。该聚合酶连锁反应产物经由GP5/GP6引子进行第二次聚合酶连锁反应,所得第二次聚合酶连锁反应产物于2.5%洋菜胶/EtBr中分析,电泳结果如图4(a)所示。其中该等人类乳突瘤病毒亚型质体及其标号,说明如表37。
表37
将上述编号(1)至(20)的第二次聚合酶连锁反应产物分别以二十片寡核苷酸试片30检测的结果,如图4(c)所示。将图4(c)的检测结果以SC为基准点与图3(b)对照可知,本发明所提供的寡核苷酸试片用于鉴别各人类乳突瘤病毒亚型,具有高度准确性。
本发明另将寡核苷酸试片30应用于鉴别受检人检体中带有的人类乳突瘤病毒亚型,其结果如图5所示。将图5的检测结果以SC为基准点与图3(b)对照可知,检体(1)带有人类乳突瘤病毒第53型(HPV 53),检体(2)带有人类乳突瘤病毒第45型(HPV 45),检体(3)带有人类乳突瘤病毒第52型(HPV 52),及检体(4)带有人类乳突瘤病毒第39型(HPV 39)。
请参阅图6(a)及(b)。图6(a)为本发明实施例4的示意图,寡核苷酸试片40用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papillomavirus,HPV)亚型,其中载体41为一玻璃片,点阵列42依上述方法固定于该载体41上,且每一点为一寡核苷酸(15至30个核苷酸)探针,每一寡核苷酸探针可专一地与一种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交。图6(b)标示点阵列42中每一寡核苷酸探针所对应的人类乳突瘤病毒亚型。而各寡核苷酸探针序列分别选自于表1、3或14中的序列。
将本发明寡核苷酸试片40以SYBR Green II染色,并使用GenePixTM4000(Axon,USA)进行扫描,选用635nm激发波长,结果如图7(a)所示。将分别含有人类乳突瘤病毒11型、18型部分基因的质体(即positiveclones)分别经由两次聚合酶连锁反应的产物,以本发明寡核苷酸试片40进行检测,检测结果如图7(b)所示,其中红色萤光即为阳性反应。将图7(b)的检测结果对照图6(b)可知,本发明所提供的寡核苷酸试片用于鉴别人类乳突瘤病毒亚型,的确具有高度准确性。
总之,熟悉本发明技术领域的技术人员,在不背离本发明精神的情况下,所作的修改与润饰,皆在本发明的权利要求书的保护范围之内。
权利要求
1.一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,该试剂盒包含有
一载体,该载体包含第一部分与第二部分,并可承载所述检体于其上;
第一种寡核苷酸,该第一种寡核苷酸承载于所述载体的第一部分上;以及
第二种寡核苷酸,该第一种寡核苷酸承载于所述载体的第二部分上,其中该第一种及第二种寡核苷酸可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸DNA杂交,以同步鉴别该检体中所含有的所述人类乳突瘤病毒亚型。
2.如权利要求1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,其中所述载体的材质为尼龙。
3.如权利要求1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,其中所述载体为一玻璃片。
4.如权利要求1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,其中所述第一种人类乳突瘤病毒亚型与第二种人类乳突瘤病毒亚型分别选自于下列36型病毒之一,所述第一种寡核苷酸的序列选自于该第一种人类乳突瘤病毒亚型对应的寡核苷酸组中的一序列及其互补物,所述第二种寡核苷酸的序列选自于该第二种人类乳突瘤病毒亚型对应的寡核苷酸组中的一序列及其互补物
HPV 11 NC 001525序列编号序列5’→3’该序列于HPV 11之的位置M1101ATCTGTGTCTAAATC 6799-6813M1102TCTGTGTCTAAATCTGCTAC6800-6819M1103ATCTGTGTCTAAATCTGCTACATACA 6799-6824M1104TGCATCTGTGTCTAAATCTG6796-6815M1105AAATCTGCTACATACACTAA6809-6828M1106CTAAATCTGCTACATACACTA 6807-6827M1107CTACATACACTAATTCAGAT6816-6835M1108TAGCATTACATTATCTGCAGAAG 6895-6917M1109TCCTTCTGTTTTGGAGGAC 6943-6961M1110TTTATCGCCTCCACCAAATGGTACAC 6973-6998M1111TTATAGATATGTACAGTCACAGGCC 7009-7033M1112ACCCACACCTGAAAAAGAAAAAC 7048-7070M1113GGCGGATGCTCATTATGCGACTG 1044-1066M1114ATATGTAAGTCCTATAAGCAATGTAG 1101-1126M1115CTAATGCAGTAGAAAGTGAGATAAGT 1127-1152M1116CACGGTTAGACGCCATTAAACTTACA 1154-1179M1117CACAGCCAAAAAAGGTAAAGCGACGG 1181-1206M1118GCAACGCAGGTAGAGAAACATGGCGA 1264-1289M1119GAAAATGGGGGAGATGGTCAGGAAAGGGAC 1294-1323M1120GACACAGGGAGGGACATAGAGGGTGA 1321-1346M1121ACATAGAGAGGCGGAAGCAGTAGACG 1356-1381M1122ACAGCACCCGAGAGCATGCAGACACA 1382-1407M1123TCAGGAATATTAGAATTACTAAAATG 1408-1433M1124GCTGTCATTTGTTGATTTA 1482-1500
HPV 16 NC 001526序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 16的位置M1601TATGTCATTATGTGCTGCCA6659-6678M1602GTGCTGCCATATCTACTTCA6670-6689M1603TGCCATATCTACTTC 6674-6688M1604TATCTACTTCAGAAACTACA6679-6698M1605CTACTTCAGAAACTACATATAA 6682-6703M1606ATAAAAATACTAACTTTAAG6700-6719M1607CAAAATAACCTTAACTGCAGACG 6773-6795M1608TTCCACTATTTTGGAGGAC 6821-6839M1609TCTACAACCTCCCCCAGGAGGCACAC 6851-6876M1610TTATAGGTTTGTAACCCAG 6887-6905M1611ACATACACCTCCAGCACCT 6923-6941M1612CCTTAAAAAATACACT6956-6971M1613AGCAAAACAACATAGAGATGCAG 1089-1111M1614ACTTAGTGATATTAGTGGATGTGTAG 1145-1170M1615TAGTCCTAGATTAAAAGCTATATGTATAGA 1181-1210M1616GAAAAACAAAGTAGAGCTGCAAAAAG 1209-1234M1617CTCAGCAGATGTTACAGGTAGAAGGG 1285-1310M1618CCATGAGACTGAAACACCATGTAGTC 1313-1338M1619GGGGGTGGTTGCAGTCAGTACAGTAG 1356-1381M1620GTGGGGGAGAGGGTGTTAGTGAAAGA 1387-1412M1621CTATATGCCAAACACCACTTACAAAT 1417-1442M1622GTTATACGGGGTGAGTTTTTCAGAAT 1502-1527
HPV 18 NC 001357序列编号 序列5’→3’该序列于HPV 18的位置M1801TTCTACACAGTCTCC6650-6664M1802CAGTCTCCTGTACCTGGGCA 6657-6676M1803AGTCTCCTGTACCTGGGCAA 6658-6677M1804TCTCCTGTACCTGGGCAATATGA6660-6682M1805CTGTACCTGGGCAATATGAT 6664-6683M1806ATGATGCTACCAAATTTAAG 6679-6698M1807TACTATTACTTTAACTGCAGATG6752-6774M1808TAGCAGTATTTTAGAGGAT6800-6818M1809TGTTCCCCCCCCCCCAACTACTAGTT 6830-6855M1810ATATCGTTTTGTACAATCTGTT 6866-6887M1811GGATGCTGCACCGGCTGAA6905-6923M1812CTATGATAAGTTAAAG 6935-6950M1813GGTCCACAATGATGCACAAGTGT1135-1157M1814CACAGAAAACAGTCCATTAGGGGAGC 1192-1217M1815GCTGGAGGTGGATACAGAGTTAAGTC 1219-1244M1816AGTGGGCAGAAAAAGGCAAAAAGGCGGCTG 1271-1300M1817CACAGATTCAGGTAACTACAAATGGC 1347-1372M1818CAATGTATGTAGTGGCGGCAGTACGG 1384-1409M1819GACAACGGGGGCACAGAGGGCAACAA 1418-1443M1820GTAGACGGTACAAGTGACAATAGCAA 1451-1476M1821CCACAATGTACCATAGCACAATTAAA 1493-1518M1822CACATATGGGCTATCATTTACAGATT 1573-1598
HPV 26 NC 001583序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 26的位置M2601TAGTACATTATCTGCAGCAT6619-6638M2602ATTATCTGCAGCATC 6625-6639M2603TGCAGCATCTGCATCCACTC6631-6650M2604GCATCTGCATCCACTCCATTTAAA6635-6658M2605CTCCATTTAAACCATCTGAT6648-6667M2606TAAAATAACACTTACAACAGATG 6727-6749M2607TGCCTCCATATTGGAGGAT 6775-6793M2608ACTAACCTTACCTCCCACTGCTAGTT 6805-6830M2609CTATAGGTTTATTAAAAACTCT 6841-6862M2610TAACGCCCCTCCTGTGCCA 6880-6898M2611AAAACAGGCAAATACAAAGGCAG 1093-1115M2612CTAGGTAGTCAGAACAGCCCGTTGCA 1139-1164M2613GCGACAGTCAGCAGAATACACACCAAGTAA 1194-1223M2614CAAAAGGAGAGCCGTGGACAGTGTAC 1237-1262M2615CCGTACAGGTAGATAAACAATATGAA 1305-1330M2616GCCTAGTGTGTGTAGTCAGGGGGGG 1345-1369M2617GCCTCAGTGGAAGATATCGATGTAGA 1376-1401M2618CAGTGTTACACAAATATGTGAATTAT 1414-1439M2619CAGTATATGGTGTAAGTTTTGCAGAA 1485-1510
HPV 31 NC 001527序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 31的位置M3101TGCAATTGCAAACAG 6592-6606M3102GCAATTGCAAACAGTGATAC 6593-6612M3103CAATTGCAAACAGTGATACT 6594-6613M3104GCAAACAGTGATACTACATTTAA 6599-6621M3105CTACATTTAAAAGTAGTAAT 6612-6631M3106CAAAATAACATTATCTGCAGACA 6691-6713M3107TCCTGCTATTTTGGAAGAT 6739-6757M3108ATTGACCACACCTCCCTCAGGTTCTT6769-6794M3109CTATAGGTTTGTCACCTCACAG6805-6826M3110AACTGCCCCCCAAAAGCCC 6844-6862M3111AGCGGAGGAACATGCAGAGGCTG 1083-1105M3112TTTAAGTGATATTAGTAGTTGTGTGG1140-1165M3113AGTCCACGGTTAAAAGCTATATGCATAGAA1177-1206M3114GACTCTTTGAACTTCCAGACAGCGGG1232-1257M3115GCAGCAGATGGTACAGGTAGAGGAGC1281-1306M3116AATGGTAGTGACGGGACACATAGTGA1327-1352M3117CCAACACGTAATATATTGCAAGTGTT1369-1394M3118GCAATGGTAAAGCTGCTATGTTAGGT1403-1428M3119TTATATGGTGTAAGTTTTATGGAAC 1441-1465
HPV 32 NC 001586序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 32的位置M3201TGCTACTGTAACAACTGAAG 6906-6925M3202GCTACTGTAACAACTGAAGA 6907-6926M3203TACTGTAACAACTGA 6909-6923M3204ACTGTAACAACTGAAGACAC 6910-6929M3205CAACTGAAGACACATACAAGTC6917-6938M3206CAAAATTACATTATCTGTAGAGG 7005-7027M3207TCCTGACATACTAGACGAT 7053-7071M3208TGTAGCTCCACCGCCCTCTGGTACTT7083-7108M3209TTATAGATTTGTGCAGTCTCAG7119-7140M3210TAAGGTAACAGCACCTGAA 7158-7176M3211TTTTTCTGACTATTCA 7188-7203M3212AGCACATGCAGATAAGGAGGCAG 1062-1084M3213GGCAGTCCATATGAAAGTCCCGCCAGTGAT1111-1140M3214GAGCTAAGCCCTAGGCTTGGTGGATT1162-1187M3215GGGGCCAAACGACGACTATTTCAATC1210-1235M3216GCAGGAACAGGTAGAAAATGGACATG1284-1309M3217GTGTACATGGGGTGCAGGAAAATCAG1352-1377M3218GCCTACAACAAGGGTGGTGGAATTGC1395-1420M3219GCAAGCAACATTGTTAGGTAAGTTTA1437-1462M3220GCTGTTTGGATTGTCATTTGGTGATT1467-1492
HPV 33 NC 001528序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 33的位置M3301TATGCACACAAGTAACTAGT 6624-6643M3302CACACAAGTAACTAG 6628-6642M3303ACAAGTAACTAGTGACAGTA 6631-6650M3304GTAACTAGTGACAGTACATATAA 6635-6657M3305GTACATATAAAAATGAAAAT 6648-6667M3306CAAAGTTACCTTAACTGCAGAAG 6727-6749M3307TCCAGATATTTTAGAAGAT 6775-6793M3308TTTAACACCTCCTCCATCTGCTAGTT6805-6830M3309CTATAGGTTTGTTACCTCTCAG6841-6862M3311AACAGTACCTCCAAAGGAA 6880-6898M3312CTTAGGTAAATATACA 6910-6925M3313AGGGGAGGATGATTTAAATGCTG 1100-1122M3314GCATGTTCACAAAGTGCTGCGGAGGA1149-1174M3315GATCGTGCTGCAAACCCGTGTAGAAC1182-1207M3316GAATGCACATACAGAAAACGAAAAATAGAT1227-1256M3317AAATAGATGAGCTAGAAGACAGCGGA1249-1274M3318GGTACAACAGGTAGAAAGTCAAAATG1307-1332M3319GACTTAGAATCTAGTGGGGTGGGGGA1350-1357M3320CTGTGAGACAAATGTAGATAGCTGTG1391-1416M3321CGTTGCAGGAAATTAGTAATGTTCTA1426-1451M3322GAGGCCTATGGAATAAGTTTTAT 1494-1516
HPV 35 NC 001529序列编号序列5’→3’该序列于HPV 35的位置M3501TCTGCTGTGTCTTCTAGTGA 6612-6631M3502TGCTGTGTCTTCTAG 6614-6628M3503GTGTCTTCTAGTGACAGTAC 6618-6637M3504CTTCTAGTGACAGTACATATAAA 6622-6644M3505GTACATATAAAAATGACAAT 6634-6653M3506TAAAATAACACTAACAGCAGATG 6713-6735M3507CCCGTCCATTTTAGAGGAT 6761-6779M3508CCTTACACCACCGCCTTCTGGTACCT6791-6816M3509ATATCGCTATGTAACATCACAG6827-6848M3510ACCCAGTGCACCAAAACCT 6866-6884M3511GGAGCAAACACACAAAGAGGCTG 1089-1111M3512GCAGCGTGAGCTTATGTGTTAATAATAACA1151-1180M3513GTCCACGTTTAAAAGCTATTTGCA 1184-1207M3514CGATTATTTGAACTACCAGACAGCGG1237-1262M3515GAGATACAACAGGTAGAGGGGCATGA1291-1316M3516GGGCAGTGGGGATAGTATAACCTCTA1338-1363M3517GACATGATGAGACTCCAACGCGAGAC1376-1401M3518CTAAAATGTAGTAATGCAAACGCAGC1414-1439M3519GCTATGTTGGCTAAATTTAAAGAACT1438-1463
HPV 37 NC 001687序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 37的位置M3701TGTCTACTGACAATG 6782-6796M3702TGTCTACTGACAATGGCGAA 6782-6801M3703TGACAATGGCGAAGTTACAG 6789-6808M3704GACAATGGCGAAGTTACAGA 6790-6809M3705AATGGCGAAGTTACAGAATA 6793-6812M3706CAGAATATAATTCTCAAACA 6806-6825M3707TAAAGTTCCTTTAAAGGCTGAGG 6885-6907M3708TTCTGGTATATTGGAAGAG 6933-6951M3709ATTTGTACCTACTCCAGATAATTCAG6963-6988M3710TTATAGGTACATTAATTCAAAG6999-7020M3711TGCAGTTGTTGAAAAAGAA 7038-7056M3712CTTTGCAAAATATACA7068-7083
HPV 39 NC 001 535序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 39的位置M3901CTCTATAGAGTCTTC6677-6691M3902TAGAGTCTTCCATACCTTCT 6682-6701M3903ATAGAGTCTTCCATACCTTC 6681-6700M3904GTCTTCCATACCTTCTACATATG6686-6708M3905CTACATATGATCCTTCTAAG 6700-6719M3906TACTGTCACATTAACAACTGATG6779-6801M3907TTCCTCTATATTGGACAA 6827-6844M3908TGTAGCTCCTCCACCATCTGCCAGTT 6857-6882M3909TTACAGATACCTACAGTCTGCA 6893-6914M3910GGATGCTCCAGCACCTGAA6932-6950M3911ATATGACGGTCTAAAG 6962-6977M3912GGCCCAAAGGGATGCACAAGCAG1149-1171M3913CAGACAGCAGTGGCGACACTAGACCGTATG 1196-1225M3914GTAGGCAGGAATACCAGGGGAACAC 1234-1258M3915GCAGTACGCAGGCAACACAAACGGTG 1283-1308M3916GGAGGAGGTAACTGTAGCAACTAATA 1362-1387M3917CATGGCGGCAGTGTACGGGAGGAGTG 1411-1436M3918GGATAGTGCTATAGATAGTGAAAACC 1446-1471M3919CTCCAACTGCACAAATTAAATTATTG 1484-1509M3920CCAATAACAAAAAGGCTGCAATGCTA 1517-1542
HPV 44 NC 001689序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 40的位置M4401TGCCACTACACAGTC 6719-6733M4402CTACACAGTCCCCTCCGTCT 6724-6743M4403TGCCACTACACAGTCCCCTC 6719-6738M4404CAGTCCCCTCCGTCTACATATA6729-6750M4405CTACATATACTAGTGAACAA 6742-6761M4406TAGTATTACCTTAACGGCGGAGG 6821-6843M4407TGCTGGTATTTTAGAACAG 6869-6887M4408GTTGTCGCCGCCCCCAAATGGTACCT6899-6924M4409ATACAGATATGTGCAGTCCCAG6935-6956M4410GCCACCCCCTGAAAAGGCA 6974-6992M4411CTATGCAAAATTAAGT 7004-7019M4412GGCGGATGCTCATTATGCGGCTG 1038-1060M4413GGTAGTCCATATGTTAGTCCTTTAAGTAAT1087-1116M4414CACGGCTGGACGCTATAACATTAAGT1148-1173M4415GACGGCTGTTTGACAGACCAGAATTA1196-1221M4416GCTGAAACGCAGGTAGAGAGAAATGG1255-1280M4417GGGAGGTGGACAAGGAAGGGACACAG1299-1324M4418GGAAGTGCAGACACATAGCAACACAC1347-1372M4419GGTACTAGAACTATTGAAATGTAAGA1395-1420M4420GCTTGGTAAGTTTAAGGATTGCTATG1437-1462
HPV 45 NC 001590序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 45的位置M4501TGCCTCTACACAAAATCCTG 6651-6670M4502CTCTACACAAAATCC 6654-6668M4503ACAAAATCCTGTGCCAAGTA 6660-6679M4504CAAAATCCTGTGCCAAGTAC 6661-6680M4505AATCCTGTGCCAAGTACATATG6664-6685M4506GTACATATGACCCTACTAAG 6677-6696M4507CACTATTACTTTAACTGCAGAGG 6756-6778M4508TAGTAGTATATTAGAAAAT 6804-6822M4509TGTCCCTCCACCACCTACTACAAGTT6834-6859M4510ATATCGTTTTGTGCAATCAGTT6870-6891M4511GGATACTACACCTCCAGAA 6909-6927M4512AGTTCAGAATGATGCACAGGTGT 1135-1157M4513GCAGCTAAGTGTGGATACGGATCTAAGTCC1216-1245M4514CAAGAAATTTCATTAAATAGTGGGCA1253-1278M4515ACGGTTGTTTACAATATCAGATAGTG1294-1319M4516CATAGTACACAAAGTAGTGGTGGGGA1397-1422M4517GACAATGCAGAAAATGTAGATCCGCA1430-1455M4518GGAGCTATTACAAGCAAGTAACAAAA1477-1502M4519GCAATGCTGGCAGTATTTAAAGACA 1508-1532M4520ATATGGGCTGTCATTTACGGATTTGG1534-1559
HPV 51 NC 001533序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 51的位置M5101CACTGCCACTGCTGCGGTTT 6555-6574M5102TGCCACTGCTGCGGT 6558-6572M5103CACTGCTGCGGTTTCCCCAA 6561-6580M5104CCACTGCTGCGGTTTCCCCA 6560-6579M5105CTGCGGTTTCCCCAACATTTAC6566-6587M5106CAACATTTACTCCAAGTAAC 6578-6597M5107TAAAATTACTTTAACTACAGAGG 6657-6679M5108TCCTACCATTCTTGAACAG 6705-6723M5109ATTAACATTACCTCCGTCTGCTAGTT6735-6760M5110ATATAGGTTTGTTAGAAATGCA6771-6792M5111GGACACCCCTCCACAGGCT 6810-6828M5112TTTGGCCAAATATAAA 6840-6855M5113ATTACAGGCAAACAAAGAGGCTG 1092-1114M5114GCGAAGCAGCCCATTAGGAGACATTACAAA1149-1178M5115CCATAGTCAGGCAAACGAGTCACAAG1197-1222M5116AGATTACTGGACAGTTATCCGGACA 1231-1255M5117CAGGTAGATGGGCAACATGGCGGTTC1300-1325M5118AGCTGTGCAAATGTAGAACTAAACAG1384-1409M5119GGTATTAGTTATAATGAGTTGGTACG1477-1502
HPV 52 NC 001592序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 52的位置M5201TGAGGTTAAAAAGGA 6695-6709M5202TGAGGTTAAAAAGGAAAGCA 6695-6714M5203GAGGTTAAAAAGGAAAGCAC 6696-6715M5204TTAAAAAGGAAAGCACATAT 6700-6719M5205AAAGGAAAGCACATATAAAAAT6704-6725M5206GCACATATAAAAATGAAAAT 6712-6731M5207CAAAATTACATTAACAGCTGATG 6791-6813M5208TGCCACTATTTTAGAGGAC 6839-6857M5209CCTTACCCCACCACCGTCTGCATCTT6869-6894M5210ATACAGATTTGTCACTTCTACT6905-6926M5211AAACACACCACCTAAAGGA 6944-6962M5212TTTAAAGGACTATATG 6974-6989M5213AGGGGAGGATGATTTACATGCTG 1085-1107M5214GCAGTCCGGAAAGTGCTGGGCAAGATGGTG1135-1164M5215GGTAGTCCGCGTGCAAAACACATTTG1176-1201M5216CCAAAACGCAAACCATGTCACGTAGA1224-1249M5217CAAAATGGCGACTGGCAAAGTA1311-1332M5218GCTAGTAATTCAGATGTAAGTTGTAC1359-1384M5219GAGGAAAATAGTAATAGAACGCTAAA1401-1426M5220GCGAAAATAGCATAAAAACAACTGTA1447-1472M5221AGAAACATATGGTGTTAGCTTTATGG1487-1512
HPV 53 NC 001593序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 53的位置M5301TCCGCAACCACACAGTCTAT 6681-6700M5302CCGCAACCACACAGT 6682-6696M5303CCGCAACCACACAGTCTATG 6682-6701M5304CACAGTCTATGTCTACATATAA 6691-6712M5305CTACATATAATTCAAAGCAA 6703-6722M5306TAAAATATCCCTGTCTGCTGAGG 6782-6804M5307TTCTACCTTACTGGAAGAC 6830-6848M5308TTTGTCGCCTCCTGTTGCCACTAGCT 6860-6885M5309ATACAGATATGTGAAAAGTGCA 6896-6917M5310GGATCAGCCCCCTCCTGAA 6935-6953
HPV 54 NC 001676序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 54的位置M5401TACAGCATCCACGCA 6633-6647M5402CAGCATCCACGCAGGATAGC 6635-6654M5403ACGCAGGATAGCTTTAATAA 6643-6662M5404CACGCAGGATAGCTTTAATA 6642-6661M5405ATAGCTTTAATAATTCTGAC 6650-6669M5406TACCATAACCCTTACAGCAGATG 6729-6751M5407TCCCACTATTCTAGAGGAC 6777-6795M5408TATAACCCCCCCAGCTACAAGTAGTT6807-6832M5409ATATAGGTTTGTACAGTCACAG6843-6864M5410GAATAATGCCCCTGCAAAGGAA6882-6903M5411GCTGCAGGCAGATGTAGAGGCAG 1043-1065M5412CGTATGTAAGTCCTGTTGCAAACAGCGAAC1099-1128M5413CTGTGTAGAAAAGGACCTAA 1130-1149M5414TATATCCCTAGGACGGCGGTCAGCCA1166-1191M5415GGTAAATACCGAGGGGACAGATGAAA1265-1290M5416GAAACAACTACAGATAGCCTAGGAAG1323-1348M5417CGTGTAGCATTGTTTGGTATGTTTAA1386-1411M5418TATGGATTAAGTTTTATGGACC1419-1440
HPV 56 NC 001594序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 56的位置M5601CTGCTACAGAACAGT 6630-6644M5602GCTACAGAACAGTTAAGTAA6632-6651M5603CAGAACAGTTAAGTAAATAT6636-6655M5604GAACAGTTAAGTAAATATGATGC 6638-6660M5605GTAAATATGATGCACGAAAA6648-6667M5606CAAAATTACTTTGTCTGCAGAGG 6727-6749M5607TGCTAACCTACTGGAGGAC 6775-6793M5608GTTATCCCCGCCAGTGGCCACCAGCC 6805-5830M5609ATATAGATATGTTAGAAGCACA 6841-6862M5610GGAACAGCCACCAACAGAA 6880-6898
HPV 58 NC 001443序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 58的位置M5801ATGCACTGAAGTAACTAAGG 6674-6693M5802CACTGAAGTAACTAAGGAAG 6677-6696M5803TGAAGTAACTAAGGA 6680-6694M5804GAAGTAACTAAGGAAGGTAC 6681-6700M5805CTAAGGAAGGTACATATAAAAA6688-6709M5806ATAAAAATGATAATTTTAAG 6703-6722M5807CAAAATTACACTAACTGCAGAGA 6776-6798M5808TTCCAATATTTTGGAGGAC 6824-6842M5809TTTAACACCTCCTCCGTCTGCCAGTT6854-6879M5810ATATAGATTTGTTACCTCCCAG6890-6911M5811AACAGCACCCCCTAAAGAA 6929--6947M5812AGGGGTGGACGATATAAATGCTG 1104-1126M5813GCATGCTCAGAAAGTGCTGTAGA 1153-1175M5814GCAAATGTGTGTGTATCGTGGAAATATAAA1195-1224M5815AAATTATTGAGCTAGAAGACAG1253-1274M5816GCACACCAGGTAGAAAGCCAA 1312-1332M5817GGCTAGTTCAGATGTAAGCAGTGAAA1377-1402M5818GTAATATTCTACATAACAGTAA1445-1466M5819GCAACGCTATTATATAAATTC 1474-1494M5820GCTTATGGAGTAAGTTTTATGGAA 1501-1524
HPV 59 NC 001 635序列编号序列5’→3’该序列于HPV 59的位置M5901TTCTACTACTTCTTC 6643-6657M5902ACTACTTCTTCTATTCCTAA6647-6666M5903ACTTCTTCTATTCCTAATGT6650-6669M5904TCTTCTATTCCTAATGTATACAC 6653-6675M5905ATGTATACACACCTACCAGT6666-6685M5906TAAAATAACATTAACTACAGAGG 6745-6767M5907TACCACTATTTTGGAGGAT 6793-6811M5908TGTTACACCACCTCCTACTGCTAGTT 6823-6848M5909ATACCGTTTTGTTCAATCTGCT 6859-6880M5910GGACACCGCACCGCCAGTT 6898-6916M5911TTATGACAAACTAAAG6928-6943M5912AGCCCAAAGGGATGCACGGGAAA 1093-1115M5913GCAGTATAGAAAACAGTAGTGAGAAAGCGG 1143-1172M5914CCATTACAAGAAATATCAGTAAATG 1196-1220M5915GGTTAATAACAGTGCCAGACAGCG1245-1268M5916GGTAACCGTGGAGAATACTGGAAATG 1306-1331M5917CTGTAGCGACAGCAGTAACATGGATG 1372-1397M5918CCCACTAATCAATTGTTACAGTTA1421-1444M5919GGGTTATCATTTCAAGATTTGG 1499-1520
HPV 61 NC 001694序列编号序列5’→3’该序列于HPV 61的位置M6101CTGCTACATCCCCCC 6803-6817M6102ACATCCCCCCCTGTATCTGA 6808-6827M6103CATCCCCCCCTGTATCTGAA 6809-6828M6104CCCCTGTATCTGAATATAAAGC6815-6836M6105CTGAATATAAAGCCACAAGC 6824-6843M6106TAAAATACATTTAACCCCTGAAA 6903-6925M6107TAAGGCCTTGTTGGATGAC 6951-6969M6108TGTGGTACCACCACCCTCTACCAGTT6981-7006M6109ATATAGGTTTTTGCAGTCCAGA7017-7038M6110GGGTGCTGCTGCCCCGCCGCCC7056-7077M6111CTATGCCAAGTTATCC 7089-7104M6112TGCACAGGATGACGCTGCAACGG1038-1060M6113CCTTGGTGGACAGTGAATTAAGTCCC 1115-1140M6114GGACAGGACAGGGCTAGGAGAAGGCTGTTT 1168-1197M6115TGTTTGAGCAAGATAGTGGC 1193-1212M6116GGATGCGCAACATGAGGGGGGGGGGG 1263-1288M6117GGCCGAGGCCACAGGTAACCAGGAAA 1335-1360M6118GGCAGACATATTAGAGGTGTTTAAGG 1380-1405M6119CTGTACAAATTCAAGGACCTATTTGG 1429-1454M6120CTAGCATTTGGGGAGCTGGTA 1456-1476
HPV 62 U12499序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 62的位置M6201CCGCCTCCACTGCTG 92-106M6202GCCTCCACTGCTGCAGCAGA 94-113M6203CTGCTGCAGCAGAATACACG 101-120M6204GCAGAATACACGGCTACCAA 109-128M6205CAGAATACACGGCTACCAAC 110-129M6206CAAAATACAGTTAACCCCCGAAA 189-211M6207CAAGGACCTTTTGGATGAC 237-255M6208GGTTTTACCTCCCCCTTCCACTAGTT267-292M6209ATATCACTATTTCGAGTCTCGG303-324M6210GGGGCTGCCTACCCGTCCC 342-360M6211GTATGCGCAAATGACA 372-387
HPV 66 NC 001695序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 66的位置M6601CAGCTAAAAGCACAT 6680-6694M6602CAGCTAAAAGCACATTAACT 6680-6699M6603CTAAAAGCACATTAACTAAA 6683-6702M6604TTAACTAAATATGATGCCCG 6694-6713M6605CTAAATATGATGCCCGTGAA 6698-6717M6606TAAAATAACCTTAACTGCAGAAG 6777-6799M6607TAATACTTTATTAGACGAT 6825-6843M6608CTTATCCCCACCAGTTGCAACTAGCT6855-6880M6609ATATAGGTATATTAAAAGCACA6891-6912M6610GGAACAGCCCCCTGCAGAA 6930-6948M6611CCTGGCTAAATATAAG 6960-6975M6612AGCACATGCAGATGCACAGACG1116-1137M6613GGTAGTCCCTTAAGTGATATTAGTAA1165-1190M6614GCAAACTGTGTACCGAGAGGAAGTAA1194-1219M6615AAGGCTAATATTATCAGAAGACAGCGGGTA1224-1253M6616GAAACATCACAACAGGTAGAATACG 1276-1300M6617GAGCTCACAAAATGGAGGCTCGCAAA1320-1345M6618ATCAAATATGGATATAGATACAAATA1371-1396M6619CCAATTGCAGGAACTATTTAAAAGTA1413-1438M6620CAAGGAAGATTACATTTTAAATTTAA1447-1472M6621AGAAGTGTATGGAGTGCCAT 1473-1492
HPV 67 D21208序列编号序列5’→3’该序列于HPV 67的位置M6701CTGAGGAAAAATCAG 6655-6669M6702GAGGAAAAATCAGAGGCTAC 6657-6676M6703ATCAGAGGCTACATACAAAAATG 6665-6687M6704AGGAAAAATCAGAGGCTACA 6658-6677M6705CTACATACAAAAATGAAAAC 6673-6692M6706CAAAATATCCCTTACTGCAAATG 6752-6774M6707TCCAGATATATTAGAGGAC 6800-6818M6708CCTTACACCACCTCCTTCAGGTAATT6830-6855M6709ATATAGATTTGTTACCTCGCAG6866-6887M6710AACATCCCCTCCAACAGCA 6905-6923M6711TCTTAAAAAGTACAGT 6935-6950M6712AGAGGAGGATGACCTAAACGCTG 1096-1118M6713CAGGCATGTGGTGGTAATAGTAATGG1151-1176M6714GCCGCAAAACGCAGAGCATACGACATAGAA1199-1228M6715GGCAAAATGGCGATATGCAGTGCAGT1287-1312M6715GCAAGTAGTACGGGAAACAGTGTAGA1331-1356M6716GTCAGGAACAAAGCATGCCATTGCAA1380-1405M6717GCATGTAAATAATATAAAGGCAACG 1423-1447M6718GGAAGCATATGGGGTAACGTTTACAC1465-1490
HPV 68 M73258序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 68的位置M6801CTACTACTGAATCAG 2653-2667M6802TGAATCAGCTGTACCAAATA 2660-2679M6803GAATCAGCTGTACCAAATAT 2661-2680M6804CAGCTGTACCAAATATTTATGA2665-2686M6805ATATTTATGATCCTAATAAA 2677-2696M6806TCCTGCTATTTTGGATGAT 2804-2822M6807TACTATAACATTGTCCACTGATG 2756-2778M6808TGTTGCCCCTCCACCATCTGCTAGTC2834-2859M6809ATACCGCTATCTGCAATCAGCA2870-2891M6810AGACGCCCCTGCACCTACT 2909-2927M6811ATATGATGGCTTAAAC 2939-2954M6812GGCCCAAAGGGATGCACAAACAG 4990-5012M6813GCCCTTTAGCAAAGTCGCCATTACAG5055-5080M6814GGTAACTGTAGCAACTAATA 5115-5134M6815GGAAAATGGCGACAGCATACGGGAGGACTG5163-5192M6816GACAGTGCTATAGATAGTGAAAACCA5203-5228M6817CCTACTACGCAACTAAAAGTATTA 5242-5265M6818AAGCTGCAATGTTAACAGAATTTAAA5285-5310
HPV 69 NC 002171序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 69的位置M6901TATTAGTACTGTATCTGCAC 6572-6591M6902CTGTATCTGCACAAT6580-6594M6903CTGTATCTGCACAATCTGCA 6580-6599M6904TGCACAATCTGCATCTGCCA 6587-6606M6905CAATCTGCATCTGCCACTTTTA 6591-6612M6906CCACTTTTAAACCATCAGAT 6604-6623M6907TAAAATTACTCTTACCACTGATG 6683-6705M6908TTCTACTATTTTGGAAAAT 6731-6749M6909CCTTACCTTGCCTCCTACTGCTAGTT6761-6786M6910ATATAGGTTTATTAAAAATTCA6797-6818M6911CGATGCCCCTGCACAGCCC 6836-6854M6912AACACAAGCAAATAAGAAGGCAG 1101-1123M6913GAACAGCCCGTTGCAAGACATAACAA1158-1183M6914CAGACGAAGTAAACAATTTACAGGC 1208-1232M6915GGAGAGCAGTGGACAGTGTTCCGGACAGCG1238-1267M6916GGTAGATAAACACAATGAACAAAATG1308-1333M6917TCAAGTGGATCTGTATCAGACA1360-1381M6918GCACAGGCAAGTAGTGTAACCAAAA 1399-1423M6919GTAATGTAAAAGCAGCATTATTAA 1445-1468M6920CAGTATATGGTGTAAGTTATA 1481-1501
HPV 6 NC 000904序列编号序列5’→3’该序列于HPV 6的位置M0601CATCCGTAACTACATCTTCC 6814-6833M0602ATCCGTAACTACATCTTCCA 6815-6834M0603CTACATCTTCCACATACACCAA6823-6844M0604CATCTTCCACATACACCAAT 6826-6845M0605ATCTTCCACATACACCAATT 6827-6846M0606CCACATACACCAATTCTGAT 6832-6851M0607TAGCATTACATTGTCTGCTGAAG 6911-6933M0608TCCCTCTGTTTTGGAAGAC 6959-6977M0609GTTATCGCCTCCCCCAAATGGTACAT 6989-7014M0610CTATAGGTATGTGCAGTCACAG 7025-7046M0611GCCCACTCCTGAAAAGGAA 7064-7082M0612CTATAAGAACCTTAGT 7094-7109M0613GGCGGACACCCATTATGCGACTG 1045-1067M0614GTTAGTCCTATAAACACTATAGCCGA 1106-1131M0615CCACGATTGGACGCCATTAAACTTACAAGA 1154-1183M0616GGCTGTTTCAAACCAGGGAACTAACG 1206-1231M0617GGTAGAGAAACATGGCGTACCGGAAA 1279-1304M0618GGACACAGGAAGGGACATAGAGGGGG 1327-1352M0619CACAAACAGTGTACGGGAGCATGCAG 1378-1403M0620GCTAAAATGTAAAGATTTACGGGCAG 1426-1451M0621GCTTTGGGCTGTCTTTTATAGATTTA 1476-1501
HPV 70 NC 001711序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 70的位置M7001TGTCTGCCTGCACCGAAACG 6614-6633M7002CTGCACCGAAACGGC 6621-6635M7003GAAACGGCCATACCTGCTGT 6628-6647M7004CGAAACGGCCATACCTGCTG 6627-6646M7005CGGCCATACCTGCTGTATATAG6632-6653M7006CTGTATATAGCCCTACAAAG 6644-6663M7007TACTATCACATTAACTGCTGACG 6723-6745M7008TCCTGCAATTTTGGACAAT 6771-6789M7009AGTTACCCCTCCACCATCTGCAAGCT6801-6826M7010GTATAGGTATTTACAATCAGCA6837-6858M7011GGATGCTCCTACACCTGAA 6876-6894M7012CTATGACGATTTAAAA 6906-6921M7013GGCCCAAAGGGATGCACAATCAG 1149-1171M7014GCAATCTAAATAAAAGTCCTTGT 1202-1224M7015GTACATAGGGAACAAAGGGTAACAC 1240-1264M7016GGTAAACATATGCAATAAACAGG 1278-1300M7017ACAAACGTGTATTCAGTACCAGACAGCGGC1306-1335M7018GTAGTAAATAATACAAATGGGGAAGA1378-1403M7019GGAGTGCAGTAGTGTAGACAGTGCTA1446-1471M7020TCCACAGTCACCTACTGCACAGCTAA1491-1516M7021GCTAATAACCAAAAAGCCATACTAC 1531-1555M7022CACACATATGGATTAGCATTTAACGA1570-1595
HPV 72 X94164序列编号序列5’→3’该序列于HPV 72的位置M7201ATCTGTTGGTTTAATGAGCT 6759-6778M7202TTTGTGACAGTTGTAGATAC 6780-6799M7203CTGCCACAGCGTCCT 6829-6843M7204ACAGCGTCCTCTGTATCAGA 6834-6853M7205CCACAGCGTCCTCTGTATCA 6832-6851M7206AGCGTCCTCTGTATCAGAATAT 6836-6857M7207CAGAATATACAGCTTCTAAT 6850-6869M7208TAAAATTCACTTAACTCCTGAAA 6929-6951M7209TAAGGCCTTATTGGATGAC 6977-6995M7210TGTGGTGCCTCCTCCTTCTACCAGTT 7007-7032M7211CTATAGGTTTTTGCA6TCTCGT 7043-7064M7212GGGGGCTGCCACCCCTCCTCCT 7082-7103M7213ATATGCTAACTTATCC 7115-7130
HPV 74 U40822序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 74的位置M7401CCTACCTCACAATCG 1686-1700M7402CTCACAATCGCCTTCTGCTA1691-1710M7403ACCTCACAATCGCCTTCTGC1689-1708M7404CAATCGCCTTCTGCTACATATA 1695-1716M7405ACAATCGCCTTCTGCTACATAT 1694-1715M7406CTACATATAATAGTTCAGAC1708-1727M7407TAGTATTAAGTTAACTGCTGAGG 1787-1809M7408TCCTACAGTTTTAGAAGAG 1835-1853M7409GCTAACGCCTCCCCCCAATGGTACTT 1865-1890M7410CTACAGATATGTGCAGTCCCAG 1901-1922M7411ACCTACGCCTGATAAAGCA 1940-1958M7412CTATGCAAATTTAAGT1970-1985
HPV 82 AB027021序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV 82的位置M8201TGCTGTTACTCCATC6608-6622M8202TGCTGTTACTCCATCTGTTG 6608-6627M8203ACTCCATCTGTTGCACAAAC 6615-6634M8204AAACATTTACTCCAGCAAAC 6631-6650M8205TAAAATCACTTTAACTACTGAAA 6710-6732M8206TTCTACAATTTTAGAACAG 6758-6776M8207ATTAACATTGCCCCCCTCCGCTAGTT6788-6813M8208CTATCGATTTGTAAAAAATGCA6824-6845M8209GGACAGTCCTCCACAGGCT 6863-6881M8210AACACAGGCACACAAAGAGGCTG 1094-1116M8211GCAGCCCATTAAAAGACATTACAAA 1156-1180M8212GTCAGCAACAACCAAAACAGGCAAACCTTC1201-1230M8213GGAGATTACTGGACAGTTATCCGGACA 1243-1269M8214CCTTACAGGTAGATGGGCAAAATGAC1309-1334M8215GAGCAGCGACAGAAGTACAGAGATAG1367-1392M8216GCTACCAATGTAGGACTAAACAGTA 1413-1437M8217GTAGCAATGCAAAAGCAATGTTTATG1456-1481M8218GGTGTTAGTTATAATGAGTTGGTAAG1503-1528
HPV CP8061 U12479序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV CP8061的位置M806101TCTGTGCTACCAAAACTGTT 86-105M806102CTACCAAAACTGTTG 92-106M806103ACCAAAACTGTTGAGTCTAC 94-113M806104AACTGTTGAGTCTACATATAAA 99-120M806105GTTGAGTCTACATATAAAGC 103-122M806106CTACATATAAAGCCTCTAGT 110-129M806107TGTTATTAATTTAACAGCTGAAA 189-211M806108TGCTACATTACTGGAGGAC 237-255M806109GTTCTTACCACCTCCTACTG267-286M806110CTACCGCTTTTTACAGTCTCAG 303-324M806111AAACAGTCCTCCTCCTGCAGAA 342-363M806112CTATGCAGATCTTACA375-390
HPV CP8034 U12480序列编号序列5’→3’该序列于HPV CP8034的位置M830401CAGCTACATCTGCTG92-106M830402GCTACATCTGCTGCTGCAGA 94-113M830403ACATCTGCTGCTGCAGAATACA 97-118M830404TGCTGCAGAATACAAGGCCT 105-124M830405GCTGCAGAATACAAGGCCTC 106-125M830406CAGAATACAAGGCCTCTAAC 110-129M830407TAAAATACAGTTAACACCAGAAA189-211M830408CAAGGCACTGTTGGATGAT237-255M830409TGTGTTGCCACCTCCTTCCACCAGTT 267-292M830410ATATCGCTTTTTACAGTCTCGG 303-324M830411GGGTGCTGCTGCCCCTGCGCCC 342-363M830412TTATGCCGACATGTCA 375-390
HPV L1AE5 AF039910序列编号序列5’→3’该序列于HPV L1AE5的位置MAE501ATCTACTGCAACTACTAATC 69-88MAE502CTGCAACTACTAATC 74-88MAE503CTGCAACTACTAATCCAGTT74-93MAE504ACTACTAATCCAGTTCCATCTA 79-100MAE505CTAATCCAGTTCCATCTATA83-102MAE506CTATATATGAACCTTCTAAA98-117MAE507TAAAATTACACTTACTACTGATG 177-199MAE508TCCTACTATTTTAGATAGT 225-243MAE509TGTTAGTCCTCCCCCATCTGCTAGCT 255-280MAE510ATATAGGTTTTTACAGTCATCT 291-312MAE511GGATGTGGTTGTTCCACAA 330-348
HPV MM4 U12488序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV MM4的位置MM401CTGCTGTTACTCAATCTGTT 92-111MM402TGCTGTTACTCAATC 93-107MM403GTTACTCAATCTGTTGCACA 97-116MM404TGCACAAACATTTACTCCAG 111-130MM405TTACTCAATCTGTTGCACAAAC98-119MM406AAACATTTACTCCAGCAAAC 116-135MM407TAAAATCACTTTAACTACTGAAA 195-217MM408TTCTACAATTTTAGAACAG 243-261MM409ATTAACCTTGCCCCCCTCAGCTAGTT273-298MM410CTATCGATTTGTAAAAAATGCA309-330MM411GGACAGTCCTCCACAGGCT 348-366
HPV MM7 U12489序列编号序列5’→3’该序列于HPV MM7的位置MM701TGCTGCTACACAGGC 93-107MM702GCTGCTACACAGGCTAATGA 94-113MM703TGCTACACAGGCTAATGAAT 96-115MM704CTACACAGGCTAATGAATACAC98-119MM705ATGAATACACAGCCTCTAAC 110-129MM706CAAAATACATCTTACCCCTGAAA 189-211MM707TGAACATTTATTGGATGAG 237-255MM708CGTGTTACCACCTCCTTCCACCAGCC267-292MM709CTATCGCTATCTGCAGTCCCGT303-324MM710GGGTCCTTCCGCCCCTGCCCCT342-363MM711TTATGATGGCCTTGTA 375-390
HPV MM8 U12490序列编号序列5’→3’ 该序列于HPV MM8的位置MM801TGCTACCAACACCGA 93-107MM802CTACCAACACCGAATCAGAA95-114MM803CCAACACCGAATCAGAATATAA 98-119MM804CAGAATATAAACCTACCAAT110-129MM805TAAGGTCCGTCTGACTCCAGAGG 189-211MM806TGACTCCTTATTAGATGAG 237-255MM807TGTTGTGCCCCCTCCCTCCACAAGTT 267-292MM808CTATAGGTACTTGCAGTCTCGC 303-324MM809GGGGGCCGCCGCCGCCAAGCCT 342-363MM810TTATGCTGGCATGTCC375-390
5.如权利要求1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,其中所述试剂盒为一寡核苷酸试片。
6.一种用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,该方法包含下列步骤
提供第一检验试剂及第二检验试剂,该第一检验试剂包含第一种寡核苷酸,该第二检验试剂包含第二种寡核苷酸,其中该第一种及第二种寡核苷酸为可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸DNA杂交的序列;
杂交该检体中的脱氧核糖核酸DNA与该等寡核苷酸;以及
去除无法与该等寡核苷酸杂交的脱氧核糖核酸,以同步鉴别该检体中所含有的该等人类乳突瘤病毒亚型。
7.如权利要求6的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述检体中的脱氧核糖核酸为聚合酶连锁反应的产物。
8.如权利要求6的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述检体中的脱氧核糖核酸含有信号物质。
9.如权利要求8的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述信号物质为生物素。
10.如权利要求9的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中进一步包含进行该生物素与卵白素-碱性磷酸酶的反应。
11.如权利要求8的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述信号物质为萤光物质。
12.如权利要求11的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述萤光物质为Cyanine 5。
13.一种用以检测一检体中特定人类乳突瘤病毒亚型的方法,该方法包含
提供一寡核苷酸,该寡核苷酸的序列可专一地与该特定人类乳突瘤病毒亚型特有的一段脱氧核糖核酸DNA序列杂交;
杂交该检体中的脱氧核糖核酸DNA与该寡核苷酸;
去除无法与该检验试剂中的该寡核苷酸杂交的脱氧核糖核酸;以及
检测剩余的脱氧核糖核酸,以显示该检体中是否含有该特定人类乳突瘤病毒亚型,
其中该特定人类乳突瘤病毒亚型的基因编号与其特有的一段脱氧核糖核酸DNA序列于该基因的位置,选自于下列36组中的一组
HPV 基因编号/基因长度 特有序列的位置/序列
(Accession number/bp) 长度(10ci/bp)
11型 NC 001525/7931 6727-7135/409
1044-1509/466
16型 NC 001526/7904 6602-7013/412
1089-1538/450
18型 NC 001357/7857 6578-6992/415
1135-1609/475
26型 NC 001583/7855 6553-6967/415
1093-1522/430
31型 NC 001527/7912 6520-6931/412
1083-1476/394
32型 NC 001586/7961 6837-7245/409
1032-1536/505
33型 NC 001528/7909 6559-6967/409
1100-1532/433
35型 NC 001529/7851 6542-6953/412
1089 1089-1497/409
37型 NC 001687/7421 G711-7125/415
39型 NC 001535/7833 6605-7019/415
1149-1593/445
44型 NC 001689/7833 6647-7061/415
1038-1491/454
45型 NC 001590/7858 6582-6996/415
1136-1567/432
51型 NC 001533/7808 6486-6897/412
1092-1506/415
52型 NC 001592/7942 6623-7031/409
1085-1526/442
53型 NC 001593/7856 6614-7022/409
54型 NC 001676/7759 6561-6972/412
1013-1484/472
56型 NC 001594/7844 6559-6967/409
58型 NC 001443/7824 6608-7016/409
1104-1536/433
59型 NC 001635/7896 6571-6985/415
1093-1528/436
61型 NC 001694/7989 6732-7146/415
1005-1515/511
62型 U12499/449 21-429/409
66型 NC 001695/7824 6609-7017/409
1023-1545/523
67型 D21208/78016584-6992/409
1096-1504/409
68型 M73258/60422582-2996/415
4990-5350/361
69型 NC 002171/7700 6509-6923/415
1101-1518/418
6型 NC 000904/8012 6743-7151/409
1045-1510/466
70型 NC 001711/7905 6549-6963/415
1149-1608/460
72型 X94164/79886758-7172/415
74型 U40822/38911613-2027/415
82型 AB027021/7871 6536-6950/415
1094-1532/439
CP8061型 U12479/452 21-432/412
CP8304型 U12480/452 21-432/412
L1AE5型 AF039910/364 11-360/350
MM4型 U12488/455 21-435/415
MM7型 U12489/452 21-432/412
MM8型 U12490/452 21-432/412
14.一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物,该组合物包含有
一种寡核苷酸,该寡核苷酸的序列可与该人类乳突瘤病毒亚型特有的脱氧核糖核酸DNA杂交,用以检测该人类乳突瘤病毒亚型的存在,
其中该人类乳突瘤病毒亚型选自于HPV 26、HPV 32、HPV 37、HPV 53、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 69、HPV 70、HPV 72、HPV 74、HPV 82、HPV CP8061、HPV CP8304、HPV L1AE5、HPV MM4、HPV MM7及HPV MM8中的一型。
全文摘要
一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,该试剂盒包含:一载体,其包含第一部分与第二部分,并可承载该检体于其上;第一种寡核苷酸,其承载于载体的第一部分;以及第二种寡核苷酸,其承载于载体的第二部分,其中该第一种及第二种寡核苷酸可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸杂交。本发明还涉及一种用于同步鉴别多种人类乳突瘤病毒亚型的方法及一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物。
文档编号C12Q1/70GK1388253SQ0111833
公开日2003年1月1日 申请日期2001年5月24日 优先权日2001年5月24日
发明者林景堉, 林瑞文, 游秋绵, 黄馨萱, 李柏亨, 李贤雄, 林育如, 范智钧, 许汉钏, 施恰雯, 叶志新, 高翊峰, 潘志龙 申请人:金车股份有限公司
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