专利名称：：ABCA1基因第7号外显子上的rs2230806多态位点及其检测方法
技术领域：
：本发明涉及的是一种生物基因
技术领域：
多态位点的检测方法，特别是一种ABCA1(ATP-bindingcassettetransportersubfamilyAnumber1,ABCA1)基因第7号外显子上的rs2230806多态位点及其检测方法。
背景技术：
：糖尿病是一种由遗传和环境因素相互作用而引起的复杂病。由于其病因不清，目前临床上只能对糖尿病患者进行对症治疗。个体在患病程度、肝肾功能、营养状况、生活方式等有一定差异，可导致机体对药物反应大小不一。此外由于个体之间存在遗传差异，决定了个体对药物的敏感性、毒副作用等反应也存在一定的差异。因此揭示遗传因素对药物反应的影响将有助于研究和预测患者对药物治疗反应的关系，为指导个体化合理用药打下基础。ABCA1基因位于染色体9q31.1，约147kb，包含50个外显子，其编码2261个氨基酸组成的跨膜糖蛋白，参与生物体内脂类、胆固醇、代谢产物及药物等的膜间转运。目前研究表明，ABCA1在脂代谢中主要参与胆固醇逆转运，可以介导细胞内胆固醇外流，最后胆固醇被转运到肝脏分解代谢并通过胆道排泄。最近又有研究见到，ABCA1亦参与糖代谢，与糖耐量及胰岛素分泌相关，Abcal基因敲除小鼠表现为糖耐量及胰岛素分泌受损，且对罗格列酮治疗无效BnmhamLR，Kruit了K,PapeTD，Ti腿insJ"M，ReuwerAQ，VasanjiZetal.Beta-cellABCA1influencesinsulinsecretion,glucosehomeostasisandresponsetothiazolidinedionetreatment.NatMed2007;13:340-7.。研究表明ABCA1基因的表达受过氧化物酶体增殖激活受体y(PPARy)的调控，PPARy可通过活化肝X受体a上调ABCA1基因的表达。已明确PPARy是罗格列酮等噻唑垸二酮类胰岛素增敏剂的主要作用靶点，该类药物主要通过结合和活化PPARY，诱导脂肪生成酶和与糖代谢调节相关蛋白的表达，促进脂肪细胞和其他细胞的分化，并增强靶组织对胰岛素的敏感性，减轻胰岛素抵抗，且对于胰岛功能有保护作用ElteJW，BlickleJF.Thiazolidinedionesforthetreatmentoftype2diabetes.EurJInternMed2007;18:18-25.。对现有技术文献的分析表明，ABCAl基因变异可能影响PPARY介导的靶组织对胰岛素的敏感性以及血糖水平的改变，但在目前的遗传学研究中仅有ABCAl多态位点与2型糖尿病易感性相关的报道，未见到有ABCAl基因变异与糖尿病患者用罗格列酮后胰岛素敏感性和血糖水平变化存在相关的研究报道。
发明内容本发明的目的在于克服现有技术中的不足，提供一种ABCAl基因第7号外显子上的rs2230806多态位点及其检测方法。本发明同时涉及一种分离核酸、一种特异性核酸引物，还揭示了ABCAl基因rs2230806多态位点在预测糖尿病患者用罗格列酮后胰岛素敏感性和血糖水平变化方面的用途。本发明是通过以下技术方案实现的本发明所涉及的ABCAl基因第7号外显子上的rs2230806多态位点，在人ABCAl基因第7号外显子的SEQIDNO:1所示序列的第150位核苷酸，所述的ABCAl基因第7号外显子的SEQIDNO:1所示序列的第150位存在G具有单核苷酸多态性，在其互补链上为C等位基因。所述的第7号外显子的SEQIDNO:l所示序列，其第150位的A—G的变异会造成ABCAl基因第219个氨基酸序列由精氨酸到赖氨酸的改变。其中携带A/A基因型的糖尿病个体用罗格列酮后，降糖作用最明显，A/G基因型次之，G/G基因型携带者的降糖作用最差；携带G等位基因(其DNA互补链上为C等位基因)的糖尿病患者用罗格列酮后胰岛素敏感性改善程度和血糖降低程度较非G等位基因携带者差。本发明所涉及的ABCAl基因第7号外显子上的rs2230806多态位点的检测方法，包括以下步骤-(a)用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正到50ng/u1，作为DNA模板；(b)设计特异性核酸引物，加入dNTP，Taq酶，DNA模板灭菌双蒸水等试剂，用聚合酶链式反应扩增目的基因；(c)用内切酶XagI限制性片断长度多态性方法测定rs2230806多态位点基因型，检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。本发明还涉及一种分离核酸，它具有SEQIDNO:l所示序列，且第150位为G。本发明还涉及一种特异性核酸引物，其长度为26—27bp，可特异性扩增出含SEQIDNO:1所示序列中第150位核苷酸多态性的扩增产物。本发明还涉及一种预测糖尿病个体用罗格列酮后胰岛素敏感性和血糖水平变化的检测试剂盒，该试剂盒包括扩增目标基因的引物，dNTP，Taq酶，DNA模板，以及用于限制性片断长度多态性检测的内切酶XagI。包括dNTP，Taq酶，DNA模板可用于PCR扩增反应的其他试剂，用于特异性扩增包含ABCA1基因rs2230806多态位点的目标基因的引物对，识别ABCA1基因rs2230806多态位点的限制性内切酶。本发明首次发现ABCA1基因rs2230806多态位点与糖尿病个体用罗格列酮后胰岛素敏感性和血糖水平的变化相关，ABCA1基因rs2230806多态位点可在人体样本如全血中检出。本发明提供的检测试剂盒可用来预测糖尿病个体用罗格列酮的反应，将有望对糖尿病的个体化临床工作提供新的思路和见解。图1为ABCA1基因结构及rs2230806多态位点示意图。图中ABCA1基因包含50个外显子。图2为聚合酶链反应一限制性片段长度多态检测rs2230806多态位点的结果示意图。图中1:PGEM-7Zf(+)/HaeIIIDNA标记；6、9:A/A基因型；7:G/G基因型；24、8:A/G基因型。具体实施例方式以下结合附图对本发明的实施例作详细说明本实施例在以本发明技术方案为前提下进行实施，给出了详细的实施方式和过程，但本发明的保护范围不限于下述的实施例。下列实施例中未注明具体条件的实施方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人所著分子克隆实验室手册(NewYork:ColdSpringHarborLaboratoryPress,1998)中所述条件，或按照制造厂商所建议的条件。实施例1:样本的获得和基因组DNA的抽提从上海地区采集到新诊断的2型糖尿病患者105例，所有患者均符合1999年世界卫生组织糖尿病分型诊断标准。所有患者初诊时均未接受过任何降糖治疗，且满足以下条件年龄在30-70岁；糖化血红蛋白(HbAlc)》6.5%;体重指数(BMI》18.5kg/nf);女性已绝经或绝育或已有效避孕。空腹血糖(FPG)〉13腿ol/L和/或餐后2小时血糖(2hPG)>18mmol/L，全体参与者均为汉族，参与者均签署了知情同意书。用常规酚氯仿法从人全血中提取基因组DNA。实施例2:糖尿病患者用药方案、用药过程中的临床指标监测和评估方法所有受试者均进行口服罗格列酮单药治疗，为期48周。药物剂量调整方法如下罗格列酮起始剂量为4mg/天，8周后血糖控制良好者继续该剂量至48周，血糖控制不佳者(标准FPG〉7腿ol/L和/或2hPG〉10咖ol/L)改为8mg/天至48周。若12周时HbAlc》8。/。，或连续2次FPG>13mmol/L或2hPG〉18mmol/L(第2次检查在第1次检查后6天内进行)，患者退出本研究。对所有受试者在治疗前及治疗后48周分别测量人体基本参数包括身高、体重、腰围、臀围、股围、收縮压和舒张压。计算BMI二体重/身高2(kg/m2)、腰臀比(WHR)=腰围/臀围。并抽取静脉血检测各项临床指标，包括糖代谢治疗前后的FPG和75g葡萄糖负荷后2hPG以及HbAlc;胰岛素分泌功能检测应用精氨酸刺激试验(静脉推注10y。精氨酸溶液50ml，推注时间30-60秒)分别测定0、2、4、6分钟时的血糖及血胰岛素(INSo、INS2、肌、肌)。采用稳态模式评估法(H0MA)公式，以FPG及空腹胰岛素(FINS)计算胰岛素抵抗指数(H0MA-IR)和胰岛P细胞功能指数(HOMA-B)。H0MA-IR=FPGXFINS/22.5;H0MA-B=20XFINS/(FPG—3.5)，分别反映胰岛素敏感性及基础状态下的胰岛e细胞分泌功能。精氨酸刺激后的胰岛素分泌量Arg-INS=(INS2+INS4+INS6)/3—INS。，反映胰岛素急性相分泌。评估罗格列酮对糖尿病个体有明显降糖作用的标准以受试者治疗后48周时测得的FPG、2hPG和HbAlc值较基线时均下降15%为降糖作用明显。实施例3:ABCA1基因rs2230806基因型检测方法本方法采用PCR扩增目标基因序列和采用限制性片断长度多态性方法检测ABCA1基因rs2230806多态位点。PCR扩增和酶切反应均在9700DNA热循环仪(AppliedBiosystem)上进行。基因型检测包括以下2个步骤。引物序列如下PCR正向引物:5'-GCAAGGCTACCAGTTACATTTGACAAG-3，(如图2中SEQIDN02所示)PCR反向引物:5,-GATTGGCTTCAGGATGTCCATGTTGG-3'(如图2中SEQIDN03所示)PCR扩增目标序列，反应体系及步骤如下反应体系10XPCR缓冲液为3.Oy1;25mMMgC12为2.1;2.OmMdNTP为3.Oy1;混合引物为0.6ul;Taq酶为0.3u1;DNA模板为:l.Ou1;ddH20为:19.7li1。总体积为30Ul。反应步骤94。C预变性为5min;94。C变性为1min;58'C退火为1min;72'C延伸为1min;72'C延伸为10min。共30个循环。用限制性内切酶XagI对PCR产物进行酶切反应，在反应温度水浴2小时后，取酶切产物20ul，加入6X电泳上样缓冲液4ul，12%聚丙烯酰胺凝胶电泳，电压300V，电泳2小时。以溴乙锭染色(工作浓度为0.5ug/ml)510分钟，在凝胶成像系统下观察并摄片，读取基因型。酶切反应体系如下PCR产物为10.0Ul;IOX酶切反应缓冲液为2.0ul;Xagl为l.Oul;ddH20为:7.Oyl。总体积为20.Oul。实施例4ABCA1基因rs2230806多态位点与罗格列酮治疗糖尿病疗效的相关性统计方法数据资料均以均数士标准误表示。计算各基因型及等位基因频率，使用Hardy-Weinberg平衡检验确认研究样本的群体代表性。采用Sh邻iro-Wilk检验各变量的正态性，正态性变量采用t检验、方差分析进行统计，非正态性变量采用Wilcoxon非参数检验进行统计。基因型间治疗有效性的比较采用卡方检验。所有数据资料均使用SAS6.12版统计软件进行分析处理。结果糖尿病患者罗格列酮治疗前后的临床指标变化所有105个入选本研究的糖尿病患者中，93例患者[男/女65/28例，年龄52.09±9.09岁(均数士标准差)]完成整个研究。基线及治疗后48周的临床指标如表l所示。通过48周罗格列酮单药治疗，治疗后48周血糖(FPG，2hPG)及HbAlc水平较基线时显著下降，胰岛素敏感指标(H0MR-IR)、胰岛素分泌指标(H0MA-B)显著改善，精氨酸刺激后胰岛素原分泌也显著下降(P值均〈0.001)，此外治疗前后舒张压也有明显下降。表1罗格列酮治疗48周前后的临床性状比较基线治疗48周后P值柳I(kg/m2)25.08±0.3124.85±0.370.7688腰围(cm)88.58±0.9087,37±0.960.0962腰臀比0.91±0,010.90±0.010.1709收縮压(mmHg)129.19±1.63125.41±1.840.0816舒张压(mmHg)83.44±0.9979.22±0.99<0.0001空腹血糖(FPG)(mmol/1)9.09±0.186.58±0.13<0.0001餐后2h血糖(2hPG)(腦1/1)13.51±0.308.87±0.25<0.0001HbAlc(%)8.24±0.156.36±0.09<0.0001空腹胰岛素(FINS)(uU/ml)14.22±0,6916.33±1.020.2819HOMA-IR5.69±0.284.80±0.370.0002HOMA-B57.51±3.76114.17±6.43<0.0001急性相胰岛素分泌"U/ml)30,69±2.3830.15±2.850.4782急性相胰岛素原分泌"U/ml)11.05±1.107.28±0.81<0.0001ABCA1基因rs2230806变异与糖尿病患者对罗格列酮治疗效果的关系本研究见到A/A、A/G、G/G三种基因型在中国人中的频率分别为32.38%(34例)，48.57%(51例)，19.05%(20例)，A、G等位基因频率分别为56.67%和43.33%，符合Hardy-Weinberg平衡。糖尿病患者对罗格列酮疗效的总有效率为39.8%。rs2230806基因型与罗格列酮疗效的关系如表2所示。A/A基因型携带者使用罗格列酮后的疗效最好，A/G基因型次之，G/G基因型携带者的疗效较差。此外，通过比较基因型与罗格列酮治疗前后临床指标变化的关系发现，携带A/A基因型的糖尿病个体使用罗格列酮后，胰岛素敏感性(HOMA-IR)改善程度优于G等位基因携带者(表3)。表2.rs2230806基因型与罗格列酮疗效的关系<table>tableseeoriginaldocumentpage9</column></row><table>表3.rs2230806基因型与罗格列酮治疗前后临床指标变化的关系治疗前后临床指标变化A/A(n=29)A/G+G/G(n=64)P值FPG(mmol/l)-2.79±0.30-2.28±0.270.16982hPG(mmol/l)-4.72±0.77-4.27±0.500.6216HbAlc(%)—2.09±0.27—1.73±0.220.1644HOMA-IR—2.39±0.46-0.69±0.510.0114HOMA-B43.89±7.7257.14±9.120.3020FINS(uU/ml)一l.40±1.042.93±1.500.0535急性胰岛素分泌UU/ml)一2.54±4.79-1.06±4.230.9226急性期胰岛素原分泌(yU/ml)—5.02±1.67—4.03±1.550.5695BMI(kg/m2)—0.34±0.270.05±0.160.1298腰围(cm)-2.OO士O.94—0.35±0.610.1364腰臀比—0.02±0.01-0.OO士O.010.0949实施例5用于检测ABCA1基因rs2230806多态位点的试剂盒该试剂盒含有PCR正向引物5，-GCAAGGCTACCAGTTACATTTGACAAG—3，PCR反向引物5，-GATTGGCTTCAGGATGTCCATGTTGG_3，Taq酶，dNTP，DNA模板，PCR缓冲液，限制性内切酶XagI。操作步骤抽取待检测对象外周血3ml，使用常规方法抽提基因组DNA，按实施例3所述方法进行PCR扩增目标序列，用限制性内切酶内切PCR产物，电泳鉴定酶切DNA片段。基因型检测结果如图2所示。ABCA1基因rs2230806多态性位点的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示〈110〉上海交通大学〈120〉ABCAl基因第7号外显子上的rs2230806多态位点及其检测方法〈160〉2〈210〉1〈211〉360〈212〉腿〈213〉人(Homosapiens)〈220〉〈221〉raise—feature〈222〉(150)〈223〉n=a或g<400〉1tcttgtgcttgtctctctttcttccaggtatttttgc犯ggctaccagtt,60acatttgacaagtctgtgcaa^C3ga^gagatgattcaacttggtgacca120agaagtttctgagctttgtggcctaccaanggagaaactggCtgC3gC8gagcgagtact180tcgttccaacatggacatcctga^gccaatcctggtgagtagacttgctc240cttcaagcactaatgctttcgg肌tgtgaggcttttccttggaiC3gC3tgactttgtttt300gtagaa^agt3CggCtggCtgggagtttgtgatataattt8gttC8gtggtattctaagt360ABCA1基因CDS及其rs2230806多态性位点的氨基酸序列如SEQIDNO.2氨基酸序列所示〈210〉2〈211〉2261〈212〉PRT<213〉人(Homosapiens)〈220〉<221>CDS<222>(219)〈223〉X朋=Lys或Arg<400〉2MetAlaCysTrpProGinLeuArgLeuLeuLeuTrpLysAsnLeuThr151015PheArgArgArgGinThrCysGinLeuLeuLeuGluValAlaTrpPro202530LeuPheliePheLeulieLeulieSerValArgLeuSerTyrProPro354045TyrGluGinHisGluCysHisPheProAsnLysAlaMetProSerAla505560GlyThrLeuProTrpValGinGlylielieCysAsnAlaAsnAsnPro65707580CysPheArgTyrProThrProGlyGluAlaProGlyValValGlyAsn859095PheAsnLysSerlieValAlaArgLeuPheSerAspAlaArgArgLeu100105110LeuLeuTyrSerGinLysAspThrSerMetLysAspMetArgLysVal115120125LeuArgThrLeuGinGinlieLysLysSerSerSerAsnLeuLysLeu130135140GinAspPheLeuValAspAsnGluThrPheSerGlyPheLeuTyrHis145150155160AsnLeuSerLeuProLysSerThrValAspLysMetLeuArgAlaAsp165170175VallieLeuHisLysValPheLeuGinGlyTyrGinLeuHisLeuThr180185190SerLeuCysAsnGlySerLysSerGluGluMetlieGinLeuGlyAsp195200205GinGluValSerGluLeuCysGlyLeuProX朋GluLysLeuAlaAla210215220AlaGluArgValLeuArgSerAsnMetAsplieLeuLysProlieLeu225230235240ArgThrLeuAsnSerThrSerProPheProSerLysGluLeuAlaGlu245250255AlaThrLysThrLeuLeuHisSerLeuGlyThrLeuAlaGinGluLeu260265270PheSerMetArgSerTrpSerAspMetArgGinGluValMetPheLeu275280285ThrAsnValAsnSerSerSerSerSerThrGinlieTyrGinAlaVal290295300SerArglieValCysGlyHisProGluGlyGlyGlyLeuLyslieLys305310315320SerLeuAsnTrpTyrGluAspAsnAsnTyrLysAlaLeuPheGlyGly325330335AsnGlyThrGluGluAspAlaGluThrPheTyrAspAsnSerThrThr340345350ProTyrCysAsnAspLeuMetLysAsnLeuGluSerSerProLeuSer355360365ArglielieTrpLysAlaLeuLysProLeuLeuValGlyCyslieLeu370375380TyrThrProAspThrProAlaThrArgGinValMetAlaGluValAsn385390395400LysThrPheGinGluLeuAlaValPheHisAspLeuGluGlyMetTrp405410415GluGluLeuSerProLyslieTrpThrPheMetGluAsnSerGinGlu420425430MetAspLeuValArgMetLeuLeuAspSerArgAspAsnAspHisPhe435440445TrpGluGinGinLeuAspGlyLeuAspTrpThrAlaGinAsplieVal450455460AlaPheLeuAlaLysHisProGluAspValGinSerSerAsnGlySer465470475480ValTyrThrTrpArgGluAlaPheAsnGluThrAsnGinAlalieArg485柳495ThrlieSerArgPheMetGluCysValAsnLeuAsnLysLeuGluPro500505510lieAlaThrGluValTrpLeulieAsnLysSerMetGluLeuLeuAsp515520525GluArgLysPheTrpAlaGlylieValPheThrGlylieThrProGly530535540SerlieGluLeuProHisHisValLysTyrLyslieArgMetAsplie545550555560AspAsnValGluArgThrAsnLyslieLysAspGlyTyrTrpAspPro565570575GlyProArgAlaAspProPheGluAspMetArgTyrValTrpGlyGly580585590PheAlaTyrLeuGinAspValValGluGinAlalielieArgValLeu595600605ThrGlyThrGluLysLysThrGlyValTyrMetGinGinMetProTyr610615620ProCysTyrValAspAspliePheLeuArgValMetSerArgSerMet625630635640ProLeuPheMetThrLeuAlaTrplieTyrSerValAlaVallielie645650655LysGlylieValTyrGluLysGluAlaArgLeuLysGluThrMetArg660665670lieMetGlyLeuAspAsnSerlieLeuTrpPheSerTrpPhelieSer675680685SerLeulieProLeuLeuValSerAlaGlyLeuLeuValVallieLeu690695700LysLeuGlyAsnLeuLeuProTyrSerAspProSerValValPheVal705710715720PheLeuSerValPheAlaValValThrlieLeuGinCysPheLeulie725730735SerThrLeuPheSerArgAlaAsnLeuAlaAlaAlaCysGlyGlylie740745750lieTyrPheThrLeuTyrLeuProTyrValLeuCysValAlaTrpGin755760765AspTyrValGlyPheThrLeuLysliePheAlaSerLeuLeuSerPro770775780ValAlaPheGlyPheGlyCysGluTyrPheAlaLeuPheGluGluGin785790795■GlylieGlyValGinTrpAspAsnUuPheGluSerProValGluGlu805810815AspGlyPheAsnLeuThrThrSerValSerMetMetLeuPheAspThr820825830PheLeuTyrGlyValMetThrTrpTyrlieGluAlaValPheProGly835840845GinTyrGlylieProArgProTrpTyrPheProCysThrLysSerTyr850855860TrpPheGlyGluGluSerAspGluLysSerHisProGlySerAsnGin865870875880LysArglieSerGlulieCysMetGluGluGluProThrHisLeuLys885890895LeuGlyValSerlieGinAsnLeuValLysValTyrArgAspGlyMet900905910LysValAlaValAspGlyLeuAlaUuAsnPheTyrGluGlyGinlie915920925ThrSerPheLeuGlyHisAsnGlyAlaGlyLysThrThrThrMetSer930935940lieLeuThrGlyLeuPheProProThrSerGlyThrAlaTyrlieLeu945950955960GlyLysAsplieArgSerGluMetSerThrlieArgGinAsnLeuGly965970975ValCysProGinHisAsnValLeuPheAspMetLeuThrValGluGlu980985990HislieTrpPheTyrAlaArgLeuLysGlyLeuSerGluLysHisVal99510001005LysAlaGluMetGluGinMetAlaLeuAspValGlyLeuProSerSer101010151020LysLeuLysSerLysThrSerGinLeuSerGlyGlyMetGinArgLys102510301035]L040LeuSerValAlaLeuAlaPheValGlyGlySerLysValVallieLeu104510501055AspGluProThrAlaGlyValAspProTyrSerArgArgGlylieTrp106010651070GluLeuLeuLeuLysTyrArgGinGlyArgThrlielieLeuSerThr107510801085HisHisMetAspGluAlaAspValLeuGlyAspArglieAlalielie109010951100SerHisGlyLysLeuCysCysValGlySerSerLeuPheLeuLysAsn1105111011151120GluLeuGlyThrGlyTyrTyrLeuThrLeuValLysLysAspValGlu112511301135SerSerLeuSerSerCysArgAsnSerSerSerThrValSerTyrLeu114011451150LysLysGluAspSerValSerGinSerSer■SerAspAlaGlyLeuGly115511601165SerAspHisGluSerAspThrLeuThrlieAspValSerAlalieSer117011751180AsnLeulieArgLysHisValSerGluAlaArgLeuValGluAsplie1185119011951200GlyHisGluLeuThrTyrValLeuProTyrGluAlaAlaLysGluGly120512101215AlaPheValGluLeuPheHisGlulieAspAspArgLeuSerAspLeu122012251230GlylieSerSerTyrGlylieSerGluThrThrLeuGluGluliePhe123512401245LeuLysValAlaGluGluSerGlyValAspAlaGluThrSerAspGly125012551260ThrLeuProAlaArgArgAsnArgArgAlaPheGlyAspLysGinSer1265127012751280CysLeuArgProPheThrGluAspAspAlaAlaAspProAsnAspSer128512901295AsplieAspProGluSerArgGluThrAspLeuLeuSerGlyMetAsp130013051310GlyLysGlySerTyrGinValLysGlyTrpLysLeuThrGinGinGin131513201325PheValAlaLeuLeuTrpLysArgLeuLeulieAlaArgArgSerArg133013351340LysGlyPhePheAlaGinlieValLeuProAlaValPheValCyslie1345135013551360AlaLeuValPheSerLeulieValProProPheGlyLysTyrProSer136513701375LeuGluLeuGinProTrpMetTyrAsnGluGinTyrThrPheValSer138013851390AsnAspAlaProGluAspThrGlyThrLeuGluLeuLeuAsnAlaLeu139514001405ThrLysAspProGlyPheGlyThrArgCysMetGluGlyAsnProlie141014151420ProAspThrProCysGinAlaGlyGluGluGluTrpThrThrAlaPro1425143014351440ValProGinThrlieMetAspLeuPheGinAsnGlyAsnTrpThrMet144514501455GinAsnProSerProAlaCysGinCysSerSerAspLyslieLysLys146014651470MetLeuProValCysProProGlyAlaGlyGlyLeuProProProGin147514801485ArgLysGinAsnThrAlaAsplieLeuGinAspLeuThrGlyArgAsn149014951500lieSerAspTyrLeuValLysThrTyrValGinlielieAlaLysSer1505151015151520LeuLysAsnLyslieTrpValAsnGluPheArgTyrGlyGlyPheSer152515301535LeuGlyValSerAsnThrGinAlaLeuProProSerGinGluValAsn154015451550AspAlalieLysGinMetLysLysHisLeuLysLeuAlaLysAspSer155515601565SerAlaAspArgPheLeuAsnSerLeuGlyArgPheMetThrGlyLeu157015751580AspThrLysAsnAsnValLysValTrpPheAsnAsnLysGlyTrpHis1585159015951600AlalieSerSerPheLeuAsnVallieAsnAsnAlalieLeuArgAla160516101615AsnLeuGinLysGlyGluAsnProSerHisTyrGlylieThrAlaPhe162016251630AsnHisProLeuAsnLeuThrLysGinGinLeuSerGluValAlaLeu163516401645MetThrThrSerValAspValLeuValSerlieCysValliePheAla165016551660MetSerPheValProAlaSerPheValValPheLeulieGinGluArg1665167016751680ValSerLysAlaLysHisLeuGinPhelieSerGlyValLysProVal168516901695lieTyrTrpLeuSerAsnPheValTrpAspMetCysAsnTyrValVal170017051710ProAlaThrLeuVallielieliePhelieCysPheGinGinLysSer171517201725TyrValSerSerThrAsnLeuProValLeuAlaLeuLeuLeuLeuLeu173017351740TyrGlyTrpSerlieThrProLeuMetTyrProAlaSerPheValPhe1745175017551760LyslieProSerThrAlaTyrValValLeuThrSerValAsnLeuPhe176517701775lieGlylieAsnGlySerValAlaThrPheValLeuGluLeuPheThr178017851790AspAsnLysLeuAsnAsnlieAsnAsplieLeuLysSerValPheLeu179518001805liePheProHisPheCysLeuGlyArgGlyLeulieAspMetValLys181018151820AsnGinAlaMetAlaAspAlaLeuGluArgPheGlyGluAsnArgPhe1825183018351840ValSerProLeuSerTrpAspLeuValGlyArgAsnLeuPheAlaMet184518501855AlaValGluGlyValValPhePheLeulieThrValLeulieGinTyr186018651870ArgPhePhelieArgProArgProValAsnAlaLysLeuSerProLeu187518801885AsnAspGluAspGluAspValArgArgGluArgGinArglieLeuAsp189018951900GlyGlyGlyGinAsnAsplieLeuGlulieLysGluLeuThrLyslie1905191019151920TyrArgArgLysArgLysProAlaValAspArglieCysValGlylie192519301935ProProGlyGluCysPheGlyLeuLeuGlyValAsnGlyAlaGlyLys194019451950SerSerThrPheLysMetLeuThrGlyAspThrThrValThrArgGly195519601965AspAlaPheLeuAsnLysAsnSerlieLeuSerAsnlieHisGluVal197019751980HisGinAsnMetGlyTyrCysProGinPheAspAlalieThrGluLeu1985199019952000LeuThrGlyArgGluHisValGluPhePheAlaLeuLeuArgGlyVal200520102015ProGluLysGluValGlyLysValGlyGluTrpAlalieArgLysLeu202020252030GlyLeuValLysTyrGlyGluLysTyrAlaGlyAsnTyrSerGlyGly203520402045AsnLysArgLysLeuSerThrAlaMetAlaLeulieGlyGlyProPro205020552060ValValPheLeuAspGluProThrThrGlyMetAspProLysAlaArg2065207020752080ArgPheLeuTrpAsnCysAlaLeuSerValValLysGluGlyArgSer208520902095ValValLeuThrSerHisSerMetGluGluCysGluAlaLeuCysThr210021052110ArgMetAlalieMetValAsnGlyArgPheArgCysLeuGlySerVal211521202125GinHisLeuLysAsnArgPheGlyAspGlyTyrThrlieValValArg213021352140lieAlaGlySerAsnProAspLeuLysProValGinAspPhePheGly2145215021552160LeuAlaPheProGlySerValLeuLysGluLysHisArgAsnMetLeu216521702175GinTyrGinLeuProSerSerLeuSerSerLeuAlaArgliePheSer218021852190lieLeuSerGinSerLysLysArgLeuHislieGluAspTyrSerVal219522002205SerGinThrThrLeuAspGinValPheValAsnPheAlaLysAspGin221022152220SerAspAspAspHisLeuLysAspLeuSerLeuHisLysAsnGinThr2225223022352240ValValAspValAlaValLeuThrSerPheLeuGinAspGluLysVal224522502255LysGluSerTyrVal权利要求1、一种ABCA1基因第7号外显子上的rs2230806多态位点，其特征在于，在人ABCA1基因第7号外显子的SEQIDNO1所示序列的第150位核苷酸，所述的ABCA1基因第7号外显子的SEQIDNO1所示序列的第150位存在G具有单核苷酸多态性，在其互补链上为C等位基因。2、根据权利要求1所述的ABCAl基因第7号外显子上的rs2230806多态位点，其特征是，所述的第7号外显子的SEQIDNO:l所示序列，其第150位的A—G的变异会造成ABCAl基因第219个氨基酸序列由精氨酸到赖氨酸的改变。3、根据权利要求1所述的ABCAl基因第7号外显子上的rs2230806多态位点的检测方法，其特征在于，包括以下步骤①用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正到50ng/ul，作为DNA模板；②设计特异性核酸引物，加入dNTP，Taq酶，DNA模板灭菌双蒸水等试剂，用聚合酶链式反应扩增目的基因；③用内切酶XagI限制性片断长度多态性方法测定rs2230806多态位点基因型，检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。4、一种分离核酸，其特征是，它具有SEQIDNO:1所示序列，且第150位为G。5、一种特异性核酸引物，其特征是，其长度为26—27bp，可特异性扩增出含SEQIDNO:l所示序列中第150位核苷酸多态性的扩增产物。6、一种预测糖尿病个体用罗格列酮后胰岛素敏感性和血糖水平变化的检测试剂盒，其特征是，包括扩增目标基因的引物，dNTP，Taq酶，DNA模板，以及用于限制性片断长度多态性检测的内切酶XagI。全文摘要本发明涉及的是一种生物基因
技术领域：
的ABCA1基因第7号外显子上的rs2230806多态位点及其检测方法。在人ABCA1基因第7号外显子的SEQIDNO1所示序列的第150位核苷酸，所述的ABCA1基因第7号外显子的SEQIDNO1所示序列的第150位存在G具有单核苷酸多态性，在其互补链上为C等位基因。检测方法包括①用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正到50ng/μl，作为DNA模板；②设计特异性核酸引物，加入dNTP，Taq酶，DNA模板灭菌双蒸水等试剂，用聚合酶链式反应扩增目的基因；③用内切酶XagI限制性片断长度多态性方法测定rs2230806多态位点基因型，检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。本发明用来预测糖尿病个体用罗格列酮的反应，将有望对糖尿病的个体化临床工作提供新的思路和见解。文档编号C12Q1/68GK101182582SQ20071017123公开日2008年5月21日申请日期2007年11月29日优先权日2007年11月29日发明者蓉张,婕王,王从容,承胡,贾伟平申请人:上海交通大学