专利名称：评估及治疗重度或持续性哮喘的标记物和方法
技术领域：
本发明涉及指示TNF介导的疾病(例如重度或持续性哮喘)的表达谱和核酸的鉴 别，以及该表达谱和核酸在诊断重度或持续性哮喘和相关疾病中的用途。本发明还涉及用 于鉴别、使用和测试调节重度或持续性哮喘的候选试剂和/或靶点的方法。
背景技术：
用生物制剂治疗重度或持续性哮喘面临诸多挑战。确定要研究哪些患者群、预测 哪些受试者会响应治疗以及哪些受试者在治疗后丧失响应，这些问题对治疗和临床研究设 计具有重大影响。生物标记物可用于解决这些问题。生物标记物被定义为可客观测量和评价的特征，其作为一种指示物，可指示正常 的生物过程、致病过程或对治疗干预的药理学应答(Biomarkers Working Group，2001年， 见下文)。最近，生物标记物还被定义为这样的蛋白质其表达的改变可与疾病或疾病发展 的风险增加相关，或可预测疾病对给定治疗的响应。肿瘤坏死因子α (TNF α )是先天性免疫应答中的一种重要细胞因子，其在获得性 免疫系统激活前提供对抗侵入生物体的即刻宿主防御。TNFa表达为跨膜前体，其经蛋白 酶解加工而形成可溶性三聚体。TNF的膜结合形式和可溶形式两者与其受体TNFRSF1A和 TNFRSF1B (也分别称为TNFRl和TNFR2)的结合可引发了几种其他前炎性细胞因子和一般性 炎症标记物的表达。TNF α是已知的许多免疫介导的慢性炎性疾病的介体。三种TNFa生物拮抗剂，即英夫利昔单抗(infliximab，Remicade )、阿达木单 抗(adalimumab，Humira )和依那西普(etanerc印t，Enbrel )，已被批准用于治疗患 者。目前正征求监管部门批准第四种TNFa生物拮抗剂，即戈利木单抗(golimumab)。参见 美国专利No. 7，250，165。这些试剂的主要机理是降低循环系统中TNF的水平，从而减轻全 身炎症、改善疾病的临床征象，而不会造成患者的全身免疫抑制。迄今为止，已表明它们在 治疗类风湿性关节炎(RA)、牛皮癣性关节炎(PsA)、克隆氏病(CD)、溃疡性结肠炎(UC)、银 屑病和强直性脊柱炎方面是有效的。虽然这些抗TNF α试剂没有一个获准用来治疗哮喘，但TNF α与哮喘(特别是类 固醇难治性哮喘)的气道病理学的许多方面相关。在中度至重度哮喘患者中，初步的抗 TNFa疗法研究已显示了肺功能、气道高应答性和哮喘患者生活质量的改善，同时加剧频率 降低。然而，对抗TNF疗法的响应具有个体差异，一些患者没有获得治疗有益效果。据推 测，多种遗传变异可能起着关键作用。因此，需要从血清或血浆中鉴别和表征可用于开发诊断和治疗免疫介导的炎性疾病(例如重度或持续性哮喘，以及其他疾病和病症)的方法，以及预测患者将如何响应治疗 干预的方法的新的相关基因标记物。
发明内容
本发明涉及诊断和/或治疗重度或持续性哮喘和/或相关疾病的方法，以及预测 候选试剂适用性的方法。本发明包括所关注的特定基因的发现，与对治疗无响应的患者或 用安慰剂治疗的患者相比，对治疗重度或持续性哮喘有响应的患者(有效降低重度或持续 性哮喘的症状)中这些基因具有改变的表达水平。改变的表达水平构成了表达谱，该表达 谱可用作可预测患者对治疗的响应性的生物标记物谱和/或可提供优选的给药途径。本发明公开了重度、持续性哮喘受试者体内的一组TNFa受体基因多态性(一种 TNFRSFIA SNP(rs4149581)和两种 TNFRSF1B SNP (rs3766730 和 rs590977)中的至少一者， 例如 TNFRSF1A SNP rs4149581 (SEQ IDNO :1)、TNFRSF1B SNP rs3766730 (SEQ ID NO 2)或 TNFRSF1B SNPrs590977 (SEQ ID NO 3)中的至少一种SNP)与对抗TNF α试剂(例如英夫 利昔单抗(Remicade )、阿达木单抗(Humira )、依那西普⑴侦^丨”和戈利木单抗)的治 疗响应的遗传相关性。遗传药理学作用的证据显示，在2种TNF受体基因的SNP中具有常 见基因型(主要等位基因为纯合子)的受试者的哮喘恶化减少。因为这些SNP通常与这两 种基因中的其他未鉴别的SNP连锁不平衡(LD)，本发明使得能够预测在其中发现TNFRSF1A SNP rs4149581(SEQ ID NO 1)、TNFRSF1B SNP rs3766730 (SEQ ID NO 2)或 TNFRSFIBSNP rs590977(SEQ ID NO 3)中的至少一者彼此连锁不平衡或与其他SNP连锁不平衡的受试者 中对TNF介导的疾病的治疗适用性。在一个实施例中，SEQ ID NO: 1-3的SNP可用作鉴别 能更好响应抗TNF疗法的重度哮喘受试者的生物标记物。在一个优选的实施例中，抗TNF 治疗为抗TNF抗体。在另一个优选的实施例中，抗TNF治疗为抗TNF剂，例如依那西普。在 另一个优选的实施例中，抗TNF抗体为英夫利昔单抗或阿达木单抗。在更优选的实施例中， 抗TNF抗体为戈利木单抗。在另一个实施例中，本发明在评估候选试剂对治疗重度或持续性哮喘或相关疾病 的有效性的方法中使用基因群组，例如，在治疗早期，治疗的有效性不能通过症状或常规的 疾病特征来衡量时。可通过以下步骤使用所提供的SNP(SEQ ID NO :1、2和/或3)预测对受试者中 TNF-介导的疾病的治疗适用性(a)用从受试者获得的样本制备核酸样品；(b)使样品与具有 TNFRSF1A SNP rs4149581 (SEQ ID NO :1)、TNFRSF1B SNP rs3766730(SEQ ID NO 2)或 TNFRSFIB SNPrs590977 (SEQ ID NO 3)中至少一者的至少一 部分的核酸片段群组接触；(c)确定来自样品的核酸是否显示具有连锁不平衡(LD)的单核苷酸多态性 (SNP)；以及(d)根据步骤(c)中得出的结论预测治疗对TNF-介导的疾病的适用性。在一个具体的实施例中，本发明包括预测治疗对重度或持续性哮喘的适用性的 方法，该方法是基于可指示受试者对治疗的响应的一种或多种基因的基因表达的模式、或 某些等位基因的存在与否。这些基因中的一者或多者来自与一组TNFa受体基因多态性(TNFRSF1A SNP rs4149581 (SEQ IDNO 1)、TNFRSF1B SNP rs3766730(SEQ ID NO 2)或 TNFRSF1B SNPrs590977 (SEQ ID NO :3))相关的一类基因。用所述方法测试的受试者可以 是被认为需要此测试的任何受试者。在优选的实施例中，受试者可选自未经历治疗的疑似 患有重度或持续性哮喘的患者和诊断患有重度或持续性哮喘的患者。用于所述方法的样品可获自待测试的受试者的血液或组织。例如，该样品可源于 血样或其组分，例如血清、血浆、血流比容计、白细胞或存在于血液中的有形成分。组织样 本也可用来获得测试样品，例如肺活检、气管活检、脸颊拭子等。构成基因群组或测试样品 的遗传成分(例如多核苷酸)也可源自细胞因子、趋化因子、参与胞外基质重塑的蛋白质、 血管生成相关生长因子、细胞粘附分子、髓过氧化物酶等的基因。本领域的技术人员将认识 到可从多个来源可获得合适的样本，因为基因群组和测试样品两者的关键组分都是遗传物 质，例如DNA或mRNA，而这些遗传物质可从几乎任何组织或体液获得。另外，本发明包括通过评估基因群组的这些TNF受体SNP中的一者或多者的表达 谱，鉴别可作为用特定治疗剂治疗的候选者的患有重度或持续性哮喘和/或相关疾病或障 碍的受试者的方法。在另一个实施例中，将重度或持续性哮喘相关基因谱用于产生基于阵列的、用于 预后或诊断目的的方法，该方法包括(a)用取自受试者的样本制备核酸样品；(b)使样品与具有 TNFRSF1A SNP rs4149581 (SEQ ID NO :1)、TNFRSF1B SNP rs3766730(SEQ ID NO 2)或 TNFRSFIB SNPrs590977 (SEQ ID NO 3)中至少一者的至少一 部分的核酸片段群组接触；(c)确定来自样品的核酸是否显示具有连锁不平衡(LD)的单核苷酸多态性 (SNP)；以及(d)根据步骤(C)中得出的结论预测治疗对哮喘的适用性。在一些实施例中，将用本文所提供的方法获得的结果与至少一种参照标准进行比 较可能有用。这种比较可用于确定可能最有益的治疗类型、疾病的严重性或疾病发展、多种 SNP间的连锁不平衡的程度，确定存在于受试者基因组中的所关注基因的一个或多个等位 基因，确定多个受试者之间基因群组每个成员的平均强度值的变化幅度等等。参照标准品 可以是源自任何来源的遗传图谱，例如来自受试者的肺活检、气管活检、面颊拭子、血清、血 浆或其他血液级分，例如白细胞。用来获得参照标准样品的受试者可以是不同的，例如样品 可从一个或多个以下类型的受试者获得患有轻度、重度或持续性哮喘并且还未对该疾病 进行治疗的受试者、患有轻度、重度或持续性哮喘且已对该疾病进行治疗的受试者、患有轻 度、重度哮喘的受试者、患有轻度、重度或持续性哮喘且已用安慰剂对该疾病进行治疗的受 试者或患有持续性哮喘且目前正对该疾病进行治疗的受试者、对治疗有响应的受试者或对 治疗无响应的受试者。另外，参照标准样品可获自用来获得测试样品的相同受试者，例如， 在治疗前或在较早的治疗时间点或在经历不同治疗方案同时获得的参照标准品。参照标准 品还可源于从生物样本库(biobank)或类似实体(其具有或收集此类样本)获得的样本。 本领域的技术人员将认识到可从多个来源可得到合适的参照标准样品以制备参照标准品， 因为基因群组和测试样品两者的关键来源是遗传物质，例如DNA或mRNA，这些遗传物质可 从几乎任何组织或体液中获得。参照标准品可源于在不同时间点从相同受试者获得的样本，例如参照标准品可源于在治疗之前或期间或之后、或在治疗之前、期间和之后从相同受 试者采集的样本。可任选地是，对基因SNA对应基因群组的成员的水平变化进行统计分析，以评估 这些变化的显著性以及鉴别哪些成员为该基因群组的有意义成员。用本文提供方法评估的核苷酸是否具有彼此连锁不平衡或与SEQ IDNO :1、2和/ 或3的SNP连锁不平衡的SNP的确定方式可以变化而不偏离所提供的方法。例如，这种确 定可通过与参照标准品的比较得出，其中样品和参照标准品之间强度读数的差异表明连锁 不平衡，样品和参照标准品中相同SNP的存在可表明SNP之间连锁不平衡。多个软件程序 可供连锁不平衡分析，例如Haploview、LdCompare, PyPop和Hel ixTree 等。也可用所述方法确定已测量的SNP的每种核苷酸的平均强度值。在一个实施例 中，所测SNP中至少一者的平均强度值等于或低于参照标准品中观察到的平均值表明受试 者对治疗响应良好，而基因群组的每个成员的平均强度值高于观察到的平均值则表明受试 者对治疗响应不佳。或者，在一个实施例中，所测SNP中至少一者的平均强度值等于或高于 参照标准品中观察到的平均值表明受试者对治疗响应良好，而基因群组的每个成员的平均 强度值低于观察到的平均值则表明受试者对治疗响应不佳。在一些实施例中，可通过序列 分析法来分析要测试的一种或多种核苷酸序列，以获得更详细的或替代的对核苷酸序列的 评估。在另一个实施例中，可通过质谱分析法来分析要测试的一种或多种核苷酸序列，质谱 分析法有助于确定序列组成、甲基化状态等方面。在可供选择的实施例中，本发明包括试剂盒，其用于根据基因表达模式来预测候 选试剂对治疗重度或持续性哮喘和/或相关疾病或障碍的适用性。在一些实施例中，该试 剂盒可包括如下物质中的任一者或全部与标记基因的核苷酸序列相同或互补的寡核苷 酸，或其互补链；表达标记基因的细胞，其中标记基因选自TNFRSF1A SNP rs4149581 (SEQ ID NO :1)、TNFRSF1B SNP rs3766730 (SEQ ID NO :2)或 TNFRSF1B SNP rs590977 (SEQID NO: 3)中的至少一者的核苷酸序列；已知与TNFRSF1A SNP rs4149581 (SEQ ID NO 1)、TNFRSF1B SNP rs3766730(SEQ ID NO 2)或 TNFRSFIBSNP rs590977 (SEQ ID NO 3)中的一者或多 者连锁不平衡的 SNP ；以及具有至少 TNFRSF1A SNP rs4149581 (SEQ ID NO 1)、TNFRSF1B SNPrs3766730 (SEQ ID NO 2)或 TNFRSFIB SNP rs590977 (SEQ ID NO 3)的核苷酸阵列群 组。本发明进一步提供本文描述的任何发明。
具体实施例方式^X示出以下定义，用以说明和限定用于描述本发明的多个术语的含义和范围。多肽的“活性”、“生物活性”和“功能活性”是指重度或持续性哮喘相关基因群组 中的基因响应其与另一蛋白质或分子的特异性相互作用而发挥的活性，这可根据标准技术 在体内、原位或体外测定。这种活性可以是直接的活性(例如与第二蛋白质缔合或对第二 蛋白质的酶活性)，或间接活性(例如通过该蛋白质与第二蛋白质的相互作用或通过如胞 内信号传导或凝血级联中的一系列相互作用介导的细胞过程)。“抗体”包括任何含有这样的分子的多肽或肽，所述分子包含免疫球蛋白分子的至
7少一部分，例如(但不限于)重链或轻链或其配体结合部分的至少一个互补决定区(CDR)、 重链或轻链可变区、重链或轻链恒定区、骨架区或它们的任何部分、片段或变体。术语“抗 体”还旨在涵盖抗体、其消化片段、特定部分或变体，包括抗体模拟物或包含模拟抗体或其 特定片段或部分的结构和/或功能的抗体部分，包括单链抗体及其片段。例如，抗体片段包 括(但不限于)Fab片段(如通过木瓜蛋白酶消化得到)、Fab’片段(如通过胃蛋白酶消化 和部分还原得到)和F(ab’)2片段(如通过胃蛋白酶消化得到)、facb片段(如通过纤溶 酶消化得到)、pFc’片段(如通过胃蛋白酶或纤溶酶消化得到)、Fd片段(如通过胃蛋白 酶消化、部分还原以及重聚集得到)、Fv或scFv片段(如通过分子生物学技术得到)，并且 单域抗体(如VH或VL)涵盖在本发明中(参见(例如)Colligan等人(编辑)，Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons, Inc.，NY(1994—2001) ；Colligan 等人， Current Protocols in Polypeptide Science, John Wiley & Sons, NY(1997-2001))。如本文所用，术语“阵列”或“微阵列”或“生物芯片”或“芯片”是指包括多个固定 的靶元件的制品或装置，每个靶元件包括“克隆”、“特征物”、“点”或包含特定组合物的限定 区域，例如固定至固体表面的生物分子(如核酸分子或多肽)，如下将更详细论述的。本发明核酸序列的“互补序列”或与本发明核酸序列“互补”是指与第一多核苷酸 相比具有互补碱基序列和反向取向的多核苷酸分子。如本领域已知的，“同一性”是两个或更多个多肽序列或两个或更多个多核苷酸 序列之间的关系，可通过将所述序列进行比较确定。在本领域中，“同一性”也指多肽或 多核苷酸序列之间的序列相关性，可通过这些序列的字符串之间的匹配来确定。“同一 性”和“相似性”可容易地通过已知的方法计算，包括(但不限于)以下文献中描述的方 法Computational Molecular Biology, Lesk, Α. Μ.(编辑)，Oxford University Press, New York,1988 ；Biocomputing Informatics and Genome Projects, Smith, D. W.(编 辑)，Academic Press, New York, 1993 ；Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A.M.和 Griffin, H. G.(编辑)，Humana Press, New Jersey, 1994 ；Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G. , Academic Press,1987 ；Sequence Analysis Primer, Gribskov, M.和Devereux, J.(编辑)，M Stockton Press, New York, 1991 ；以及 Carillo, H.和 Lipman, D.，Siam J. Applied Math. ,48 :1073 (1988)。另外，同 一性百分比的数值可从用 Vector NTI Suite 8. O (Informax, Frederick, MD)的 AlignX 组 件的默认设置产生的氨基酸和核苷酸序列比对获得。如本文所用，术语“与...特异性杂交”、“与...特异性杂的”、“特异性杂交”和 “与...选择性杂交”是指在严格条件下核酸分子优先与特定核苷酸序列结合、形成双链或 杂交。术语“严格条件”是指这样的条件，在该条件下探针将优先与其靶序列杂交；并且在 较小的程度上会与其他序列杂交或根本不与其他序列杂交。在核酸杂交的背景中(如在阵 列杂交、DNA印记杂交或RNA印记杂交中)，“严格杂交”和“严格杂交洗涤条件”是序列依 赖的，并在不同的环境参数下是不同的。以下详细描述了可用来实施本发明的备选杂交条 件。在可供选择的方面，在温和条件、严格条件和极度严格条件下进行杂交和/或洗涤，如 以下更为详细的描述。备选的洗涤条件也用于不同的方面，如本文更详细描述的。如本文所用，短语“标记的生物分子”或“用可检测组合物标记的”或“用可检测部 分标记的”是指含有可检测组合物(即标签)的生物分子(如核酸)，如下文详细描述的。标签也可以是另一生物分子，就核酸而言，如作为“分子信标”的茎环结构形式的核酸，如下 文所述。其包括通过(例如)切口平移、随机引物延伸、用简并引物扩增等方法，将标记的 碱基(或可结合于可检测标签的碱基)整合进核酸中。可使用任何标签，如化学发光标签、 放射标签、酶标签等。可通过任何手段检测标签，如肉眼检测、光谱检测、光化学检测、生物 化学检测、免疫化学检测、物理检测、化学检测和/或化学发光检测。本发明可使用包含具 有可检测标签的固定化核酸的阵列。如本文所用，术语“核酸”是指单链或双链形式的脱氧核苷酸(DNA)或核糖核苷酸 (RNA)。该术语涵盖含有已知的天然核苷酸类似物的核酸。术语“核酸”可与基因、DNA、RNA、 cDNA、mRNA、寡核苷酸引物、探针和扩增产物互换使用。该术语也涵盖DNA主链类似物，例如 磷酸二酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、甲基磷酸酯、氨基磷酸酯、烷基磷酸三酯、氨基磺酸 酯、3'-硫缩醛、亚甲基(甲基亚氨基)、3' -N-氨基甲酸酯、吗啉代氨基甲酸酯和肽核酸 (PNA)。如本文所用，术语“样品，，或“核酸样品，，是指含有DNA或RNA的样品，或代表从天 然来源分离的DNA或RNA的核酸。“核酸样品”为适于与另一核酸(如固定化探针)杂交的 形式(如可溶性水溶液形式)。样品核酸可从特定的细胞或组织分离、克隆或提取。用来制 备核酸样品的细胞或组织样品通常取自患有或疑似患有UC或相关疾病或病症的患者。分 离细胞和组织样品的方法为本领域的技术人员所熟知，包括(但不限于)抽吸、组织切片、 穿刺活检等。通常，样品为“临床样品”，即源自患者的样品，包括组织切片，例如取自用于 组织学目的的冷冻切片或石蜡切片。样品也可源自(细胞的)上清液或可以是取自患者或 细胞培养物的细胞本身、组织培养的细胞以及其中可期望检测到对候选药物的响应的其他 介质。在一些情况下，可用标准技术(例如PCR)在杂交前扩增核酸。探针可由来自以下一 个或多个特定(预选的)部分的核酸来源制备并可共同代表来自以下一个或多个特定(预 选)部分的核酸来源如聚合酶链式反应(PCR)扩增产物集合、基本上整条染色体或染色体 片段或基本上整个基因组，如为克隆(例如BAC、PAC、YAC等)的集合形式(参见下文)。“核酸”为核苷酸的聚合物，其中核苷酸包含与糖连接的碱基，糖继而通过一居间 的至少二价的分子(例如磷酸)彼此连接。天然存在的核酸中，糖为2'-脱氧核糖(DNA) 或核糖(RNA)。非天然多核苷酸或寡核苷酸含有经修饰的碱基、糖或连接分子，但通常认为 根据天然存在的核酸而设计的非天然多核苷酸或寡核苷酸模拟了天然存在的核酸的互补 性。非天然寡核苷酸的一个例子为具有硫代磷酸酯主链的反义分子组合物。“寡核苷酸”通 常是指具有少于30个核苷酸的核酸分子。术语“谱”意指模式并与多个特征的变化幅度和方向有关。可对谱进行严格地解 释，即其中谱中显示特性的特征的幅度和/或数量的变化基本上类似于参照谱，或其可不 那么严格地解释，例如，通过要求一种趋势而不要求特征特性全部或子集的绝对匹配。术语“蛋白质”、“多肽”和“肽”包括“类似物”或“保守变体”和“模拟体”或“拟 肽”，其具有的结构和活性大致对应于所述变体从其衍生的多肽，如上文详细描述的。“多肽”为通过肽键接合的氨基酸残基的聚合物，肽通常是指含有12个或更少残 基的氨基酸聚合物。肽键可通过核酸模板引导而天然产生或用本领域熟知的方法合成而产 生。“蛋白质”为包含一个或多个多肽链的大分子。蛋白质还可包含连接至不参与肽键形成的氨基酸侧基的取代基。通常，通过真核细胞表达形成的蛋白质还含有碳水化合物。 在本文中蛋白质是按其氨基酸序列或主链来定义，不指定取代基，无论是否已知。术语“受体”指在(例如)细胞中由于与特定配体或结合伴侣相互作用而能影响 生物活性的分子。细胞膜结合受体通过胞外配体结合结构域、一个或多个跨膜或穿膜结构 域以及通常涉及信号转导的胞内效应结构域来表征。配体结合至细胞膜受体可引起胞外域 变化，这些变化被横跨细胞膜传递，与一个或多个胞内蛋白质直接或间接相互作用，并改变 细胞的特性，例如酶活性、细胞形状或基因表达谱。受体也可不固定到细胞表面，并可以是 胞质受体、核受体，或一起从细胞释放。非细胞相关受体称为可溶性受体或配体。术语“TNF介导的”以广义使用并包括可供选择的关联程度，例如TNF相关的和TNF 关联的，还涵盖通过TNF直接或间接介导的过程。
权利要求
一种用于预测治疗对受试者中的TNF介导的疾病的适用性的方法，所述方法包括(a)用从受试者获得的样本制备核酸样品；(b)使所述样品与由TNFRSF1A SNP rs4149581(SEQ ID NO1)、TNFRSF1B SNP rs3766730(SEQ ID NO2)或TNFRSF1B SNPrs590977(SEQ ID NO3)中的至少一者的至少一部分组成的核酸片段群组接触；(c)确定来自所述样品的核酸是否显示具有连锁不平衡(LD)的单核苷酸多态性(SNP)；以及(d)根据步骤(c)中得出的结论预测治疗对TNF 介导的疾病的适用性。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述治疗为抗TNF剂。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述抗TNF剂为戈利木单抗。
4.根据权利要求2所述的方法，其中所述抗TNF剂为英夫利昔单抗、阿达木单抗或依那西普。
5.根据权利要求2所述的方法，其中所述TNF介导的疾病为重度或持续性哮喘。
6.根据权利要求1所述的方法，其中将所述样品中观察到的连锁不平衡程度与至少一 种参照标准品相比较。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述参照标准品来自未经治疗的重度或持续性 哮喘受试者、可响应治疗的受试者或对治疗不响应的受试者的肺活检、面颊拭子、外周血细 胞。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述基因群组为核酸片段的阵列。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述样本包括获自正接受治疗的患者的外周血细胞。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述样本在所述治疗开始后一周、四周或八周获得。
11.根据权利要求1所述的方法，其中存在于所述样品中的至少一种核酸的连锁不平 衡指示治疗的适用性。
12.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(c)包括相对于参照标准品对所述样品进行 评估，以确定存在于所述样品中的核酸的连锁不平衡程度。
13.根据权利要求6所述的方法，其中所述参照标准品取自实施疗法前的患者、用安慰 剂治疗过的患有TNF介导的相关疾病的患者或来自生物库的样品。
14.根据权利要求1所述的方法，其中来自所述基因群组的至少一个成员选自细胞因 子、趋化因子、参与胞外基质重塑的蛋白质、血管生成相关的生长因子、细胞粘附分子和髓 过氧化物酶的基因。
15.根据权利要求1所述的方法，其中所述样本包含取自所述受试者的外周血细胞。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述样本为疑似患有重度或持续性哮喘的患者 或诊断患有重度或持续性哮喘而未经历治疗的患者的组织活检。
17.根据权利要求1所述的方法，其中所述样本取自实施疗法前的患者、用安慰剂治疗 过的患有相似疾病或病症的患者或来自生物库的样品。
18.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(b)还包括使所述样品在温和条件、严格条 件或极严格条件下暴露于所述核酸片段群组。
19.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(c)还包括确定来自所述样品的核酸是否表 现出与TNFRSF1A SNP rs4149581 (SEQ ID NO 1)、TNFRSF1B SNP rs3766730(SEQ ID NO 2) 或TNFRSF1B SNP rs590977 (SEQ ID NO 3)中的至少一者连锁不平衡(LD)的单核苷酸多态 性(SNP)。
20.一种用于预后或诊断用途的试剂盒，所述试剂盒包括与标记基因的核苷酸 序列相同或互补的寡核苷酸或其互补链，以及表达所述标记基因的细胞，其中所述标 记基因是如下基因中的至少一者TNFRSF1A SNP rs4149581 (SEQ ID NO 1)、TNFRSF1B SNPrs3766730(SEQ ID NO 2)或 TNFRSFIB SNP rs590977 (SEQ IDNO :3)。
21.根据权利要求20所述的试剂盒，其中所述试剂盒适于筛选治疗剂对重度或持续性 哮喘的适用性。
全文摘要
本发明公开了一种用于评估靶向疗法对受试者中的TNF介导的相关疾病，例如重度或持续性哮喘的适用性和/或有效性的方法，所述方法可评价一种或多种基因的存在、缺失和/表达量，对应于使所述样品与核酸片段群组接触，所述核酸片段群组由来自对应于TNFRSF1A SNP rs4149581(SEQID NO1)、TNFRSF1B SNP rs3766730(SEQ ID NO2)或TNFRSF1B SNPrs590977(SEQ ID NO3)SNP中至少一者的核苷酸序列的至少一个成员的至少一部分组成，这可确定样品中所述SNP中的一者或多者处于连锁不平衡(LD)。所述方法使得能在患者开始这样的治疗之前或之后鉴别靶向治疗的有效性。
文档编号C12P19/34GK101978069SQ200980110624
公开日2011年2月16日 申请日期2009年3月19日 优先权日2008年3月19日
发明者C·黄, E·巴纳桑, K·H·罗, R·瓦特 申请人:森托科尔奥索生物科技公司