快速结果杂交捕获测定和系统的制作方法

专利名称：快速结果杂交捕获测定和系统的制作方法
技术领域：
本发明涉及用于确定样品中存在核酸的方法、试剂、系统以及试剂盒。
背景技术：
特异性核酸序列和序列变化的检测和表征已经被用来检测表明受了感染的病毒或细菌核酸序列的存在、与疾病和癌症相关的哺乳动物基因的变异或等位基因的存在、和法医样品中所发现核酸源的鉴定以及亲子鉴定。例如，许多微生物和病毒的RNA或DNA已被分离和测序。核酸探针已被研究用于大量感染。在测试样品中与互补的RNA或DNA序列杂交的可检测核酸序列曾被利用。探针检测表明该探针的测试本品中存在的特定核酸序列是特异性的。除了有助于科学研究之外，DNA或RNA探针可以用于检测病毒和微生物(如细菌、酵母和原生动物)以及与患者样品中特定疾病相关的基因突变的存在。核酸杂交探针相比于其他检测方法具有高灵敏度和特异性的优点，并且不需要活的微生物。杂交探针可以被标记，例如，使用可易于检测的放射性物质或生化标记(例如考虑到它们的捕获和检测的生物素)。核酸分子还可被第一抗体(其是DNA杂交特异性的) 捕获，其中所述杂交可包含DNA-RNA杂交、DNA-DNA杂交或RNA-RNA杂交。随后，可通过(例如)使用生化标记(如碱性磷酸酶或其他任何能够检测到的标记)标记的第二标记抗体检测所述杂交。随着人类和病原微生物基因的核酸序列数据累积，对快速、成本有效和易于使用的测试的需求增加。需要提供一种以快速、成本有效和可靠的方式在不容易获得医疗护理的地区测定靶核酸的新且有效的方法、组合物以及试剂盒。还需要提供可以用于发展中国家的快速筛选检测。本发明的方法和测定满足这些需求，并可用于手动、部分自动化、自动化和非自动化系统。在发展中国家和不容易获得医疗护理的地区的临床分析提出特殊挑战。本发明所述实现了平衡该国家和地区中这些挑战的重要性的可接受方案。例如，获得结果的速度在女性旅行很远距离的地方是特别重要的，以提供分析试样。在这样的地方，该结果在几小时内或患者仍然存在的同一天获得是有利的，以避免后续从家到试验场地旅行相关的损失。发展中国家面临的其他因素包括了进行检测的成本和进行检测所需的仪器。重复型移液器和单一型移液器只是两种经常用于发达国家的装置，但是在发展中国家潜在成本高昂。因此，需要有在发展中国家使用更便宜、更容易替代的医疗装置和产品。发明概述一方面涉及到在含有生物材料的样品中测定靶核酸分子存在的方法。所述生物材料可以包括宫颈上皮细胞或宫颈细胞的核酸。使用所公开的方法，可以相对迅速地(例如，在不到约两或三个小时之内)测定靶核酸分子是否存在于样品中。一方面，一种用于测定样品中靶核酸分子存在的方法，包括a)使样品悬浮于收集介质中；b)使靶核酸分子从所述样品释放入收集介质中；c)使双链靶核酸分子转化为单链靶核酸分子；d)在允许探针和单链靶核酸分子进行杂交以形成双链核酸杂交的条件下，使一种或多种探针与单链靶核酸分子接触；e)捕获双链核酸杂交；f)使双链核酸杂交从未结合的单链靶核酸分子中分离；以及g)检测双链核酸杂交，从而指示出靶核酸的存在。一方面，所述方法可主要是手动的，需要人工输入。另一方面涉及在样品中靶核酸分子的快速检测。所述检测方法可是自动化的，全自动化的或部分自动化的-也就是说需要部分人工输入。另一方面涉及到多个样品中靶核酸分子在同一时间或在很短时间内的检测，例如在一台机器或一系列机器中检测。再一方面涉及到一种用于检测简单的足迹蛋白中靶核酸分子方法的仪器，所述仪器用于实施所述检测方法。所述仪器结合可实施所述方法步骤的许多或所有其他的个别仪
ο另一方面涉及到一种用于评价样品中靶核酸分子检测的便携式系统。另一方面涉及到一种用于检测样品中靶核酸分子的试剂盒。又一方面涉及到将含有靶核酸分子的样品收集到收集介质内的试剂中。所述靶核酸分子可以在靶核酸分子降解最小的数周或数月时间内保存于收集介质中。一方面，DNA基靶样品材料可以在靶核酸分子降解最小的数周或数月时间内保存于收集介质中。一方面， 所述去污剂基收集介质允许样品的快速分析和处理。附图简述

图1显示去污剂基收集介质在微孔板持有多于已知的收集或样品传输介质(STM) (非去污剂基介质)的磁珠。图2显示每ml样品中只具有0. 2pg靶核酸(DNA)的样品使用本发明的方法提供了可读的信号。图3显示临床试样在室温下21天的稳定性。图4显示临床试样在33°C下21天的稳定性。图5显示证明了 0. 2pg/ml HPV 16质粒S/N >2.0的测试结果，其相当于1000拷贝的 HPV 16DNA。图6显示一种用于检测样品中靶核酸分子存在的系统，所述系统包括被配置为加热多个样品的加热器；光度计和监视器。图7显示与检测测定相关的不同试剂。所述试剂小瓶是以易于使用的不同颜色分类，并且可以包含在试剂盒中。图8显示与用于检测靶核酸分子存在的系统联合的监视器。图9显示悬浮于去污剂基收集介质中并室温下保存的软小球的11天的稳定性数
5据。发明详述26本发明涵盖用于快速测定样品中核酸分子存在的方法、组合物、试剂、系统和试剂盒。所述方法、组合物、试剂、系统和试剂盒可用于临床诊断目的，包括但不限于病原微生物的检测和鉴定、以及特定疾病的遗传倾向的检测。27 一方面，本发明提供一种用于测定样品中靶核酸分子存在的方法。所述方法包括a)使样品悬浮于包含去污剂的收集介质中；b)使靶核酸分子变性；c)在允许探针和靶核酸分子进行杂交从而形成双链核酸杂交的条件下，使一种或多种多核苷酸探针与靶核酸分子接触；d)在包覆有对双链杂交核酸杂交特异性的第一抗体的载体上捕获双链核酸杂交， 从而形成双链核酸杂交/固体载体络合物；e)使双链核酸杂交/固体载体络合物从未结合的核酸中分离；f)使该络合物与对双链核酸杂交或第一抗体特异性的第二抗体缀合，以形成双链核酸杂交/固体载体抗体络合物；其中所述第二抗体标有可检测标记；g)使用包含去污剂的洗涤缓冲液洗涤双链核酸杂交/固体载体抗体络合物；以及h)检测第二抗体上的标记，其中所述检测指示靶核酸分子的存在。28另一方面，本发明提供一种用于测定样品中靶核酸分子存在的方法，所述方法包括使样品悬浮于包含去污剂的收集介质中；使靶核酸分子变性；在允许探针和靶核酸分子进行杂交或结合的条件下使一种或多种多核苷酸探针与靶核酸分子接触，以及在包覆有对双链杂交核酸杂交特异性的第一抗体的固体载体上捕获双链核酸杂交。29 —方面，本发明提供一种用于测定样品中靶核酸分子存在的方法，所述方法包括使样品悬浮于包含去污剂的收集介质中；使靶核酸分子变性；在允许探针和靶核酸分子进行杂交或结合的条件下，使一种或多种多核苷酸探针与靶核酸分子接触，在包覆有对双链杂交核酸杂交特异性的第一抗体的固体载体上捕获双链核酸杂交，以及使双链核酸杂交 /固体载体络合物从未结合的核酸中分离。30 —方面，本发明提供一种用于测定样品中靶核酸分子存在的方法，所述方法包括使样品悬浮于包含去污剂的收集介质中；使靶核酸分子变性；在允许探针和靶核酸分子进行杂交或结合的条件下，使一种或多种多核苷酸探针与靶核酸分子接触，在包覆有对双链杂交核酸杂交特异性的第一抗体的固体载体上捕获双链核酸杂交，从而形成双链核酸杂交/固体载体络合物；使双链核酸杂交/固体载体络合物从未结合的核酸中分离；以及使该络合物与对双链核酸杂交或第一抗体特异性的第二抗体缀合，以形成双链核酸杂交/固体载体抗体络合物。31另一方面，本发明提供一种用于测定样品中靶核酸分子存在的方法，所述方法包括使样品悬浮于包含去污剂的收集介质中；使靶核酸分子变性；在允许探针和靶核酸分子进行杂交或结合的条件下，使一种或多种多核苷酸探针与靶核酸分子接触，在包覆有对双链杂交核酸杂交特异性的第一抗体的固体载体上捕获双链核酸杂交，从而形成双链核酸杂交/固体载体络合物；使双链核酸杂交/固体载体络合物从未结合的核酸中分离；使该
6络合物与对双链核酸杂交或第一抗体特异性的第二抗体缀合，以形成双链核酸杂交/固体载体抗体络合物；其中所述第二抗体标有可检测标记；以及使用包含去污剂的洗涤缓冲液洗涤双链核酸杂交/固体载体抗体络合物。32在另一方面，本发明提供一种用于测定样品中靶核酸分子存在的方法，所述方法包括a)使样品悬浮于包含去污剂的收集介质中；b)使样品中的靶核酸分子变性；c)通过使至少一种多核苷酸探针与靶核酸分子接触来形成双链核酸杂交；d)通过在载体上捕获双链核酸杂交来形成双链核酸杂交_载体络合物，其中所述载体包含第一抗体；e)通过使双链核酸杂交_载体络合物与第二抗体接触来形成双链核酸杂交_载体_第二抗体络合物，其中所述第二抗体标有可检测标记；f)使用洗涤缓冲液洗涤双链核酸杂交_载体_第二抗体络合物；以及g)检测第二抗体上的标记，其中所述检测指示靶核酸分子的存在。33 —方面，所述固体载体包含包覆或附接对双链杂交核酸具有免疫特异性的第一抗体的修饰顺磁珠。磁场用来分离双链核酸_磁珠_抗体络合物与未结合的核酸。34—方面，所述方法不包括样品预处理步骤。例如，去污剂基收集介质允许减少样品制备时间，进而可以导致靶核酸分子的加速检测。所述样品可以通过所述方法、所述检测或本发明设备以直接检测方式进行分析。在一个实例中，使用本发明的测定评价之前，没有对样品进行纯化步骤。一方面，粗裂解液是通过所述方法、所述检测或本发明设备直接进行分析。另一方面，所述样品没有进行靶向扩增步骤。35—方面涉及到一种利用本文所提供的方法、试剂盒、检测以及装置诊断癌症的方法。一方面，宫颈癌通过鉴定与HPV和HPV变异相关的核酸分子进行检测。在另一方面， 宫颈上皮内瘤变(CIN)可以使用本文所提供的方法、试剂盒、检测以及装置进行筛选。检测到的癌症在诊断后可以使用本文所提供的方法、试剂盒、检测以及装置进行治疗。一方面， 诊断的癌症是宫颈癌及其变异。36 一方面，本发明提供一种组合物，所述组合物包含悬浮于包含约0. 5%至约 2. 0%的NP-40、约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约251111至约751111的111^8-!1(1、约 IOmM 至约50mM的EDTA、约50mM至约200mM的NaCl和约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠的收集介质中的生物样品。37 一方面，本发明所提供的组合物包含(a)悬浮于包含约0. 5%至约2. 0%的NP-40、约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约 25mM 至约 75mM 的 Tris_HCl、约 IOmM 至约 50mM EDTA、约 50mM 至约 200mM NaCl 和约 0.01%至约0. 10%的叠氮化钠的收集介质中的生物样品；以及(b)至少一种或多种多核苷酸探针。38 一方面，本发明所提供的组合物包含(a)悬浮于包含约0. 5%至约2. 0%的NP-40、约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约 25mM 至约 75mM 的 Tris-HCU^J IOmM 至约 50mM 的 EDTA、约 50mM 至约 200mM 的 NaCl 和约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠的收集介质中的生物样品；
(b)至少一种或多种多核苷酸探针；以及(c)第一抗体。39 一方面，本发明所提供的组合物包含(a)悬浮于包含约0.5%至约2.0%的NP-40、约0. 10%至约0.40%的脱氧胆酸钠、约 25mM 至约 75mM 的 Tris-HCU^J IOmM 至约 50mM 的 EDTAJ^] 50mM 至约 200mM 的 NaCl 和约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠的收集介质中的生物样品；(b)第一抗体；以及(c)第二抗体。40 一方面，本发明所提供的组合物包含(a)悬浮于包含约0. 5%至约2. 0%的NP-40、约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约 25mM 至约 75mM 的 Tris-HCU^J IOmM 至约 50mM 的 EDTAJ^] 50mM 至约 200mM 的 NaCl 和约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠的收集介质中的生物样品；(b)至少一种或多种多核苷酸探针；(C)第一抗体；以及(d)第二抗体。41 一方面，本发明所提供的组合物包含(a)悬浮于收集介质中的生物样品，其中所述收集介质包含至少一种去污剂；(b)变性剂；(c)至少一种能够与靶核酸分子结合的多核苷酸探针；(d)包覆有第一抗体的载体；以及(e)标有可检测标记的第二抗体。42 一方面，上述任一组合物可使用本文所述的任何收集任何介质。43 一方面，上述组合物中的生物样品是宫颈细胞样品或人宫颈细胞样品。在另一方面，所述生物样品中的核酸分子是变性的。当在收集介质(33°C)中储存至少21天时，上述组合物中的生物样品可以表现出稳定性。一方面，所述第二抗体标有可检测标记。生物样品44本发明方法可用于检测样品中靶核酸分子的存在，所述样品包括但不限于包括生物和环境样品的试样或培养(例如，细胞、微生物及病毒培养)。生物样品可来自动物，其中包括人类的液体、固体(例如，粪便)或组织，以及液体和固体食物，饲料产品和成分(如乳制品、蔬菜、肉类及肉副产品以及废物)。环境样品包括环保材料(如表面物质、土壤、水和工业样品)以及来自食品和乳制品加工工具、装置、设备、餐具、一次性和非一次性物品的样品。45特别优选的生物样品包括但不限于，宫颈上皮细胞(例如，从宫颈拭子取得的样品)，腺样体细胞，肛门上皮细胞、血液、唾液、脑脑脊髓液、胸膜液、牛奶、淋巴液、痰和精液。所述样品可包含双链核酸分子或可包含单链核酸分子。如果存在双链核酸分子，可能是通过本领域已知的多种方法(例如，使用碱、蛋白酶K/SDS法，离液盐)为杂交分析作准备。一种用于杂交分析的双链核酸分子的制备方法通常涉及到使其转化为单链核酸分子。 这一方法通常被称为变性。然而，还需要考虑的是，双链核酸分子可能不需要变性而被检测出，例如，通过三链(triple-stranded)构建。
46样品中的靶核酸分子可以是DNA或RNA或者DNA和RNA两者兼而有之。所述靶核酸分子可以包含在较大的核酸分子中。检测靶核酸分子或含有靶核酸分子的较大核酸分子是本发明正考虑的。47生物样品可包含宫颈细胞，特别是人宫颈细胞。所述样品可以通过本领域已知的任何方法或装置进行收集，包括化学惰性收集装置，如DACRON倾斜拭子。可使用的其他可接受的收集装置包括，但不限于，棉签、宫颈刷、植绒拭子(形如DACRON拭子但使用尼龙纤维制成，能够收集更多的细胞，并且更容易释放细胞的拭子)、宫颈扫帚、微型扫帚、灌洗或通常用于子宫颈抹片检查的任何收集装置。48 一方面，所述方法包括从30多岁的女性收集样品。所述方法还可以包括通过子宫颈抹片检查从30多岁的女性收集样品。通过子宫颈抹片检查或比较测试收集的试样可以是宫颈细胞样品。49样品一经采集，可置于一个样品管中。所述管可以被密封，以防止污染。所述收集装置(拭子、刷子等)还可含有一旦其在样品管内就可以移动的机构。一方面，所述收集装置含有一种使用磁铁可以移动的插件。一方面，这种插件包含一种金属。在另一方面，这种插件包含一种磁性材料。磁性材料包括顺磁性材料、铁磁性材料和反磁性材料。一旦其在样品管内，移动收集装置的一个优点是能避免收集装置与任何样品萃取或样品检测装置接触。样品萃取装置的实例包括移液器、吸头、滴管瓶或其他低技术萃取装置。样品检测装置的实例包括探针和探针头。50本检测的速度对来自偏远地区患者的筛选样品也是有益的。通常患者将会旅行相当一段距离去看医生或去诊所，此后一段时间并不大可能返回。因此，当患者在诊所等待时，最好能够测试患者并提供结果。在某些情况下，在他们离开医生办公室后，追踪患者以提供测试结果和/或治疗该患者可能是困难的。因此，所述检测提供了很短时间的结果， 例如，约2小时至约3小时之间、约2小时至约4小时之间、约3小时至约5小时之间、约4 小时至约8小时之间或约6小时至约12小时之间。在另一方面，所述的检测提供小于约2 小时、小于约2. 5小时、小于约3小时、小于约3. 5小时、小于约4小时、小于约4. 5小时、小于约5小时、小于约8小时、小于约12小时以及小于约24小时的结果。这种短的周转时间允许医生为患者提供其在诊所同一天的结果和/或治疗。样品管51任何类型的样品管都可使用。有利地，所述样品管可被封闭或密封，以减少污染。封闭可能是永久性的或可移除的。可移除的的封闭实例包括咬封帽、螺帽、橡胶隔垫、 箔和薄膜。所述封闭可含有一个或多个开口或穿孔，刺穿后，可重新密封。含有这种开口或穿孔的封闭的一个优点是，当通过(例如)样品萃取装置或样品检测装置刺穿它时，封闭不会显示无效果的。一旦移除样品萃取或样品检测装置，所述封闭可重新密封，从而最大限度地减少污染。生物样品的储存52 —旦样品置于样品管中，所述样品可以通过基质干燥或在防腐剂中或两者兼有进行储存。通过压力干燥或化学品干燥实现除湿。这除去了大部分的水，适于长期稳定。另外，所述样品可能是使用像海藻糖的基质进行冻干(冷冻干燥)，以确保该样品的稳定性。53另一种可能性是，所述样品可通过悬浮于对本领域普通技术人员来说已知且显
9而易见的防腐介质中进行储存。防腐介质的目的是为了保护可降解的生物成分。例如，样品管、探针混合物、用于捕获步骤中的抗体珠络合物以及用于检测步骤中的第二抗体都容易降解。收集第一步的防腐介质理想地提供了样品稳定性和完整性，而且可以影响核酸捕获和检测方法的下游步骤。一方面，所述样品可在添加防腐介质之前或之后储存、冷藏或冷冻于室温下。收集介质54—方面，所述样品可被收集并储存于收集介质中。所述收集介质具有多种功能， 包括作为防腐介质保存核酸并抑制核酸酶，以防止核酸在分析之前降解。一方面，所述收集介质含有至少一种去污剂。在另一方面，所述收集介质含有至少两种去污剂、至少三种去污剂或至少四种去污剂。一方面，每种去污剂是不同的。在另一方面，去污剂收集介质包含两种不同的去污剂，一种能够控制背景信号，另一种能够提高磁珠的性能，例如，通过一种粘性样品移动。由于去污剂提高了磁珠的性能，磁珠可以使用不同的较小精密装置(例如，喷射瓶和各种滴管瓶)洗涤，不会造成磁珠的太多破坏。这种方法用于可获得资金或先进技术设备的发展中国家可能是有利的，如移液装置，可能无法使用。55此外，本发明提供了可以支持使用较少精确试剂传输装置的牢固测定。本测定的试剂被设计为牢固而且经得起试剂体积传输的变化。例如，所述测定的中和步骤采用了高度缓冲PH中性溶液，以将反应的碱性pH值调节到很大量界值杂交的适当pH值范围内。56用于所述测定的去污剂收集介质中可以包含一种或多种去污剂。一方面，在所述测定的杂交、捕获和分析步骤过程中进行加热。即使是使用去污剂并进行加热，所述测定中使用的抗体仍是功能性的。57图1表明去污剂收集介质相比于标准收集介质大大提高了处理过程中防止磁珠损失和迁移的能力。所述去污剂收集介质可包含、基本由下列组成或由下列组成一种、 两种、三种或四种或多种去污剂。去污剂是本领域已知的，而且可能包括，但不限于，阳离子型去污剂，如但不限于溴化十六烷基吡啶、溴化十六烷基三甲基铵(统称为十六烷基三甲基铵化合物)和氯化烷基苯基二甲基铵(统称为苯扎化合物)，和烷基ι-三甲基-铵盐；阴离子型去污剂，包括但不限于，十二烷基硫酸钠(SDS)和肌氨酰；非变性去污剂，如NP-40; 以及其他去污剂。NP-40也被称为表面活性剂型NP-40，是壬基苯氧基聚乙氧基乙醇。NP-40 没有强大到足以破坏细胞核膜，但可以打破质粒膜。因此，它可以用来获得细胞培养的细胞质成分。58可使用其他去污剂和去污剂的组合，它们的组合有利地提供了控制背景噪声和提高磁珠性能的能力(当使用包含磁珠的载体时)。在某些方面，一种去污剂是阴离子型去污剂，第二种去污剂是非阴离子型去污剂。例如，一方面，非离子型和阴离子型去污剂的组合有助于保持低的背景噪声。一方面，去污剂收集介质包含阴离子型去污剂(如脱氧胆酸钠)，其控制背景噪声和NP-40，从而提高磁珠的性能。59这两种类型的去污剂组合提供了超过一起添加两种去污剂简单组合的协同效益背景噪声的控制，较好的磁珠性能，检测速度的提高。这些去污剂的存在(在去污剂收集介质中)提供了实现更快检测结果的能力，但并没有负面地影响下游分析步骤中的核酸或捕获抗体。60此外，当样品更容易溶解时，所述去污剂收集介质提高了样品从收集装置中的移除率。此外，所述去污剂收集介质相比于其他收集介质(如但不限于PRESERVCYT(使用 40%甲醇溶液)、STM(使用离液剂)和乙醇)提高了样品的均勻性。所述去污剂收集介质还降低了混合后的样品粘度(手动或自动化)。61收集介质中NP-40的浓度范围可以为约0. 5%至约2. 0%、约0. 至约1. 0% 以及列举范围内的任何数值。在某些方面，NP-40的存在浓度为约0.8%至约1.5%，约
0.9.至约1.2%，并在某些方面是约1.0%。在另一方面，NP-40的存在浓度为约0.1%, 约 0. 2%、约 0. 3%、约 0. 4%、约 0. 5%、约 0. 6%、约 0. 7%、约 0. 8%、约 0. 9%、约 1. 0%、约
1.1%、约 1.2%、约 1.3%、约 1.4%、约 1.5%、约 1.6%、约 1.7%、约 1.8%、约 1.9% 或约
2.0%。所述收集介质中脱氧胆酸钠的浓度范围可以为约0. 10%至约0. 40%、约0. 20%至约0. 30%以及列举范围内的任何数值。一方面，脱氧胆酸钠的浓度为约0. 10%、约0. 15%, 约 0. 20%、约 0. 25%、约 0. 30%、约 0. 35%或约 0. 40%。62所述去污剂收集介质可包含、基本由下列组成或由下列组成缓冲剂、两种去污剂、螯合剂和防腐剂。所述缓冲剂可能是浓度为约25mM至约75mM、约30mM至约60mM、 约40mM至约50mM、约45mM至约55mM以及列举范围内的任何数值的Tris-HCl。所述缓冲剂还可能是浓度为约25mM、约30mM、约35mM、约40mM、约45mM、约50mM、约55mM、约60mM、约 65mM、约 70mM 或约 75mM 的 Tris-HCl。63任何防腐剂可以使用，选择可以依赖于各种因素，如所需的功能、副作用最小化、成本等。合适的防腐剂包括庆大霉素、Proclirudimersol和叠氮化钠。所述收集介质中防腐剂的浓度取决于各种因素，如防腐剂的类型、其功效、其副作用等。例如，对于叠氮化钠，叠氮化钠的浓度范围为约0. 01%至约0. 1%、约0. 025%至约0. 075%、约0. 04% 至约0.06%以及列举范围内的任何数值。防腐剂，例如，叠氮化钠的存在浓度还可以为约 0. 01 %、约 0. 02 %、约 0. 03 %、约 0. 04 %、约 0. 05 %、约 0. 06 %、约 0. 07 %、约 0. 08 %、约 0. 09%或约 0. 10%。64—方面，所述去污剂收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成1.0% 的NP-40，0. 25 %的脱氧胆酸钠、50mM的Tris HCl、25mM的EDTA、150mM的氯化钠以及 0.05%的叠氮化钠。在另一方面，所述去污剂收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成约0. 5%至约2. 0%的NP-40、约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约25mM至约75mM 的Tris-HCl、约IOmM至约50mM的EDTA、约50mM至约200mM的氯化钠和约0. 01 %至约 0. 10%的叠氮化钠。在其他方面，所述去污剂收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成约0. 8%至约1. 5%的NP-40、约0. 20%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约30mM至约60mM 的Tris-HCl、约20mM至约40mM的EDTA、约IOOmM至约200mM的氯化钠和约0. 025%至约 0.075%的叠氮化钠。在再一方面，所述去污剂收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成约0. 9%至约1. 2%的NP-40、约0. 20%至约0. 30%的脱氧胆酸钠、约30mM至约60mM的 Tris-HCl、约20mM至约30mM的EDTA、约IOOmM至约150mM的氯化钠和约0. 04%至约0. 06% 的叠氮化钠。65—方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成NP-40和EDTA。在另一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成NP-40、EDTA和叠氮化钠。一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成脱氧胆酸钠、EDTA和叠氮化钠。 一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成NP-40、脱氧胆酸钠、EDTA和叠
11氮化钠。一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成NP-40、脱氧胆酸钠、 Tris-HCl、EDTA和叠氮化钠。66在另一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成约0.5%至约 2. 0%的NP-40以及IOmM至约50mM的EDTA。在另一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成约0. 5%至约2. 0%的NP-40、10mM至约50mM的EDTA以及约0. 01%至约 0. 10%的叠氮化钠。一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成约0. 10% 至约0. 40%的脱氧胆酸钠、IOmM至约50mM EDTA以及约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠。 一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成约0. 5%至约2. 0%的NP-40、 约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约IOmM至约50mM EDTA以及约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠。一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成约0.5%至约2.0% 的NP-40、约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约25mM至约75mM Tris_HCl、约IOmM至约 50mMEDTA以及约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠。67 一方面，所述收集介质是非离液介质。也就是说，例如，所述收集介质不包括离液介质或离液盐。如果没有被限制，一方面，所述收集介质不包括盐酸胍或尿素。相对于包括离液介质或离液盐的介质，使用非离液收集介质的潜在优点是样品的更好的再悬浮、更多的重复性测试以及更均勻的测试等份。68使用去污剂收集介质的优点是保留了样品的稳定性。样品储存于所公开的去污剂收集介质中至少31天是稳定的，而且，当温度保持在15°C至33°C时至少21天是稳定的。 一方面，当在_20°C的去污剂收集介质中冰冻时，样品至少6个月是稳定的。在另一方面，当温度保持在15°C至33°C时，宫颈细胞样品至少31天、至少21天是稳定的，当在_20°C的去污剂收集介质中时，样品至少6个月是稳定的。69 一方面，对于0. 5相对光单位的界限比，所述清洁剂收集介质表现出检测宫颈上皮内瘤变或癌症的灵敏度为至少80%、至少90%或至少95%的敏感性。在另一方面，对于0. 5相对光单位的界限比，所述清洁剂收集介质表现出检测宫颈上皮内瘤变或癌症的灵敏度为至少80%、至少90%或至少95%。在另一方面，对于0. 5相对光单位的界限比，所述清洁剂收集介质表现出检测严重或中度宫颈上皮内赘瘤或癌症的灵敏度(CIN2+)为约 90%，特异性为约84%。一方面，所述清洁剂收集介质包括约0. 5%至约2. 0%的NP-40、 约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约25mM至约75mM的Tris_HCl、约IOmM至约50mM的 EDTAJ^] 50mM至约200mM的NaCl和约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠。70相对于含有变性剂的收集介质，去污剂收集介质还导致严格杂交和捕获条件下 (例如，在65° -75°之间的温度)检测性能的提高。71—种、两种、三种、四种或多种去污剂的存在可以降低样品粘度，有助于从磁珠中移除液相，以及有助于混合样品。72 一方面，一种样品(如血液或宫颈脱落细胞)可以被收集并悬浮于去污剂收集介质中。所述样品可以使用化学惰性收集装置(如DACRON倾斜拭子)收集。任何其他合适的拭子可以使用，如尼龙纤维拭子。所述样品可以储存在去污剂收集介质中，以防止在分析之前核酸降解，并保持样品的稳定性。73样品可能被收集于其他已知的收集介质中，然后可以用于本文所述的方法。其他收集介质的实例包括PRESERVCYT、SUREPATH、DCM(DIGENE收集介质)和STM(样品/试样输送介质)。某些收集介质是核酸特异性的。例如，当靶核酸是RNA时，不使用DCM。这些介质收集的样品，可能需要在样品中的核酸可以被检测和分析前进行处理。处理样品的各种方法(也被称为制样)是本领域已知的。例如，用于介质(如PRESERVCYT)中细胞学分析收集的宫颈细胞，可能会与去污剂收集介质裂解缓冲剂结合，接着添加包含核酸结合表面的磁珠。此外，其他已知常用收集介质中的其他细胞样品收集介质可能与去污剂收集介质裂解缓冲剂结合，接着添加包含核酸结合表面的磁珠。靶核酸分子74靶核酸分子包括但不限于试样或培养(如细胞、微生物和病毒培养)中发现的核酸分子，包括生物和环境样品。所述靶核酸分子可能会在动物的生物样品中发现，包括人类的液体、固体(例如，粪便)或组织，以及液体和固体食物，饲料产品和原料产品，如乳制品、蔬菜、肉类和肉类副产品和废物。靶核酸分子可能会在环境样品中发现，包括环保材料， 如表面物质、土壤、水和工业样品，以及食品和乳制品加工工具、装置、设备、餐具、一次性和非一次性用品所得的样品。75生物样品中发现的靶核酸分子包括但不限于宫颈样品(例如，从子宫颈拭子取得的样品)或宫颈细胞样品、腺样体细胞、肛门上皮细胞、血液、唾液、脑脊髓液、胸膜液、 牛奶、淋巴液、痰、尿液和精液。所述靶核酸分子可能来自其他病毒、细菌、分枝杆菌或疟原虫，例如，巨细胞病毒(CMV)、疱疹、HIV、H1N1、衣原体、淋病、阴道毛滴虫、金黄色葡萄球菌、 结核病、SARS相关冠状病毒或流感。一方面，所述靶核酸分子是与任一宫颈样品(例如，从子宫颈拭子取得的样品)或宫颈细胞样品、腺样体细胞、肛门上皮细胞、血液、唾液、脑脊髓液、胸膜液、牛奶、淋巴液、痰、尿液和精液、其他病毒、细菌、分枝杆菌或疟原虫相关的核酸分子具有至少70 %、至少80 %、至少85 %、至少90 %、至少95 %、至少96 %、至少97 %、至少 98%、至少98%、至少99%或100%同源性的核酸分子，例如，巨细胞病毒(CMV)、疱疹、HIV、 H1N1、衣原体、淋病、淋病奈瑟菌(GC)、沙眼衣原体(CT)、阴道毛滴虫、金黄色葡萄球菌、结核病、SARS相关冠状病毒或流感。76 —方面，所述靶核酸分子是人乳头状瘤病毒(HPV)，而且包括HPV.的基因变体。 变异包括多态性、突变异、衍生物、修饰，改变或靶核酸的类似形式。一方面，所述靶核酸是 HPV核酸。在另一方面，HPV核酸是一种高风险HPV型的HPV DNA。在另一方面，HPV核酸是一种高风险HPV型的HPVRNA。在另一方面，所述靶核酸是高风险HPV 16型、18型、26型、31 型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、82型中的任何一种或低风险HPV 6型、11型、40型、43型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、81型和83型中的任何一种。77在另一方面，所述靶核酸分子与任一 HPV、HPV基因变体、高风险HPV型的HPV DNA或高风险HPV型的HPV RNA相关的核酸分子持续地具有至少70%、至少80%、至少 85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少98%、至少99%或100% 的同源性。在另一方面，所述靶核酸与高风险HPV 16型、18型、26型、31型、33型、35型、 39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、82型中的任何一种或低风险HPV 6型、11型、40型、43型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、81型和83型具有至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少 98%、至少99%或100%的同源性。
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78使用本发明的方法，所述靶核酸分子可能存在的浓度低于约lpg/ml、低于 0. 75pg/ml、低于 0. 5pg/ml、低于 0. 25pg/ml、甚至低至 0. 2pg/ml。如图 2 所示，当 HPV-16DNA 被用作存在浓度为0. 2pg/ml的靶核酸分子时，得到极好的信噪比。79如前所述，所述靶核酸分子可能为DNA或RNA。当所述靶核酸分子为DNA时，所述RNA探针优选为DNA。然而，DNA探针可以与DNA靶核酸分子一起使用，RNA探针可以与 RNA靶核酸分子一起使用。另外，如前所述，所述靶核酸分子可测定所用的收集介质。变性80在上述样品被收集于去污剂收集介质中后，所述样品可能使用变性剂处理，以使靶核酸分子得到杂交。一方面，所述样品使用碱性溶液进行变性。可能使用使溶液PH值调节到约PH 12、约pH 13或约pH 14的任何碱性溶液。此外，可能使用使溶液pH值调节到约pH 12至约pH 13、pH 12至约pH 14、约pH 13至pH 14的任何碱性溶液。碱的合适浓度包括约1. ON至约2. ON、约1. 25N至约1. 75N、约1. 25N至约1. 5N、约1. 5N以及列举范围内的任何数值。如果没有被限制，合适的碱包括NaOH和Κ0Η。81在一个实例中，悬浮于去污剂收集介质中的大约一体积的样品可以使用约一半体积的1. 75N氢氧化钠溶液处理。例如，在某些方面，从悬浮于去污剂收集介质的样品中移除大约50 μ L等份，向50 μ L等份样品中加入大约25 μ 1的1. 75Ν NaOH溶液。在室温度下， 使用变性剂处理的样品，可通过手拌或机械震动(在约800rpm、约900rpm、约lOOOrpm、约 600至约IOOOrpm之间、或约600至约1200rpm之间)混合。所述样品的pH值在添加变性剂后可以为约14。在另一方面，所述pH值可以为约pH 12或pH 13。这些碱性pH值都是关键的，并使试样中的多数核酸变性。此外，碱处理可以破坏多肽和核酸之间的相互作用， 以提高靶核酸的可达性和降解蛋白质。82蛋白质的碱处理使试样有效地均勻，以确保给定样品分析结果的再现性。它还可以降低样品的粘度，以增加动力学、使样品均勻，并通过破坏样品中任何内源性单链RNA 核酸、DNA-RNA杂交、RNA-RNA杂交减少背景。它还可以有助于灭活可能存在于样品中的酶 (如RNA酶和DNA酶)。本领域普通的技术人员将会领会到，如果RNA是靶核酸(而不是 DNA)，可能优选的不同试剂包括，但不限于苯酚萃取和TCA/丙酮沉淀、硫氰酸胍-酚-氯仿萃取。83变性的其他方法可能使用，如利用加热步骤，例如，使样品加热到约95°C，以分离核酸链。酶，如解旋酶，也可使用。一方面，将1.5N至2. ON的NaOH加入样品中，并对其加热。在另一方面，将1.75N 的NaOH加入样品中，并对其加热。可将含有变性剂的样品加热到约60°C至约80°C约30分钟、约65°C至约至75°C约30分钟、约67°C至约70°C约30分钟，或约70°C约30分钟，或列举范围内的任何数值。在另一方面，可将含有变性剂的样品加热到约60°C至约80°C约20 分钟至约40分钟、约65°C至约至75°C约20分钟至约40分钟、约67°C至约70°C约20分钟至约40分钟、约70°C约20分钟至约40分钟或列举范围内的任何数值。所述时间和温度条件的目标是提供了样品在最短时间内的最大变性，同时保留进行杂交、捕获、洗涤和检测剩余步骤的合适条件的靶核酸。因此，可将样品在变性剂加热约5至约120分钟、约10至约 60分钟、约20分钟到约40分钟、约30分钟或列举范围内的任何数值。本领域的普通技术人员将很容易理解的是，在较低温度下培养较长时间，或在较高温度下培养较短时间，可被平衡至提供本文所述条件的类似效果。探针的杂交和结合84在使含有核酸的样品变性后，将其与一种或多种核苷酸探针在足以使一种或多种核苷酸探针与样品中的靶核酸杂交形成双链核酸杂交的条件下接触。所述探针可以是全长、截短或人工合成的DNA或者全长、截短或合成的RNA。如果靶核酸是DNA，然后探针可能是RNA，如果靶核酸是RNA，然后探针可能是DNA。优选地，将一种或多种核苷酸在探针稀释剂中稀释，也可以作为中和杂交缓冲剂(以中和碱性变性剂)。85由于DNA与RNA稳定性所必需的不同要要求，用于DNA或RNA的探针稀释剂将不同。例如，如果探针是RNA，优选为先中和样品，然后向样品中加入探针，或者和NaOH同一时间向样品中加入RNA探针和中和剂(探头稀释剂)，可以破坏RNA。所述探针稀释剂可以用于溶解和稀释探针，还有利于将样品恢复至约中性PH值，例如，约pH 6至约pH 9，以为杂交提供更有利的环境。探测稀释剂的足够体积，优选为样品的一半体积，可用于中和碱处理后的样品。86 一方面，所述探针稀释剂包含缓冲剂、聚丙烯酸、NaOH和叠氮化钠。所述探针稀释剂可包括醋酸。一方面，所述探针稀释剂包含2. 2M的BES (N，N-双(2-羟乙基)-2-氨基乙磺酸)、2. 6%的聚丙烯酸(PAA)、0. 7N的NaOH以及0. 05%的叠氮化钠。所述探针稀释剂可包含约1. 2M至约2. 6M的BES、约1. 5M至约2. 5M的BES、约1. 75M至约2. 25M的BES、约 2M至约2.4M的BES或约2.2M BES，以及列举数量范围内的任何数值。一方面，所述探针稀释剂可包含约2%至约3. 0%的PAA，以及列举数量范围内的任何数值。在另一方面，PAA浓度为约2. 2%至约2.7%。在再一方面，PAA浓度为约2.6%。在另一方面，所述探针稀释剂可包含约0. 6N至约0. 8N的NaOH，例如，约0. 7N的NaOH。NaOH的浓度通常会随着BES量的增加而增加。87至于全长探针，可将加热的碱性溶液加入样品中，然后在室温下可将探针稀释剂加入样品中，然后可再加热样品。这种方法可以抑制二级结构的形成。抗体往往不可逆结合为二级结构的结构。当使用非全长探针(如截短或合成探针)时，加热溶液或样品可能是不必要的，因为二级结构的问题不存在。一方面，当使用截短或合成探针时，不加热样品。88—方面，在变性剂、等份中和缓冲剂处理后，一种或多种探针溶解的所述的探针稀释剂可以在适当条件下可以加入样品中，以允许探针和靶核酸发生杂交或结合。所述中和缓冲剂可含有一种单一缓冲盐。一方面，所述中和缓冲剂不含有多于一种的单一缓冲盐。 所述杂交条件是足以将一种或多种核苷酸探针退火到相应的互补核酸序列，如果存在，在样品中形成双链核酸杂交。89采用了适合于本文所述的特定探针和稀释剂的杂交条件。例如，探针和核酸样品，可以在杂交时间下共温育，优选为至少约5至约30分钟、约5至约20分钟、约7至约15 分钟或约10分钟，以及足以使一种或多种多核苷酸探针退火到相应的互补核酸序列的列举范围内的任何数值。所述杂交条件可以包括至少约65°C、约68. 5°C、约67°C、约70°C以及列举范围内的任何数值的杂交温度。对于给定的靶核酸和给定的探针，本领域的普通技术人员可以很容易地测定常规实验所需的杂交条件。本领域的普通技术人员还会领会到杂交的时间和温度相对于其他必须是最佳化的。因此，较高的杂交温度可能进行的时间较短，反之亦然。如果没有被限制，严格的杂交条件可通过升高温度、升高离子条件至0. 5M以上 (例如，氯化钠)或降低PAA的浓度得到控制。作为一个非限制实例，严格的杂交条件可包括在高温(如至少约65°C、至少约68. 5°C、约67°C至约70°C之间以及约69°C至约70°C之间)下进行杂交反应。严格的杂交条件还可包括高温，如至少约65°C、至少约68. 5°C以及约67°C至70°C之间。90在非限制性方面，所述探针能够与HPV、HPV的基因变体、高风险HPV型的HPV DNA、高风险HPV型的HPV RNA、高风险HPV 16型、18型、31型、33型、35型、39型、45型、51 型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、82型中的任何一种或低风险HPV 6型、11型、40 型、43型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、81型和83型的任何一种相关的核酸分子具有至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少98%、至少99%或100%同源性的核酸分子杂交或结合。在另一方面，所述探针与HPV、HPV的基因变体、高风险HPV型的HPV DNA、高风险HPV型的HPV RNA、高风险HPV 16型、18型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、 82型中的任何一种或低风险HPV 6型、11型、40型、43型、53型、61型、67型、69型、70型、 71型、72型、81型和83型的任何一种互补。91 一方面，将所述样品悬浮于去污剂收集介质中，用变性剂使靶核酸变性，并与悬浮于中和缓冲剂中的核酸探针杂交。在另一方面，中和缓冲剂是本发明的探针稀释剂。所述探针稀释剂可以包含2. 2M的BES (N，N-双(2-羟乙基)_2_氨基乙磺酸)、2. 6%的聚丙烯酸、0. 7N的氢氧化钠以及0. 05%的叠氮化钠。捕获92在允许探针与靶核酸分子杂交并形成双链核酸杂交后，通过双链核酸杂交特异性的分子捕获杂交。双链核酸杂交特异性分子包括，但不限于，单克隆抗体、多克隆抗体、蛋白质，如但不限于RNAse H、核酸，包括但不限于适配子或序列特异性核酸。适配子是通过与靶杂交、扩增杂交适配子和反复选择过程相继选自序列库的随机序列短延伸。一方面，双链核酸杂交特异性的分子是通过被称为抗杂交抗体的抗体得到捕获。93 一方面，使用本领域的标准技术将第一抗杂交抗体固定于载体上。合适载体的实例包括共价键或吸附，例如，蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-G珠、生物素-链霉抗生素蛋白相互作用、EDAC连接羧基或甲苯磺酰基等，或(例如)在亲和层析柱中使用序列特异性核酸与载体直接杂交。94载体包括但不限于珠、磁珠，其如前所述包括顺磁性的、反磁性的、铁磁性的和抗磁性的珠、柱、板、过滤纸，聚二甲基硅氧烷(PDMS)和量油尺。只要它允许萃取液相并提供分离结合和未结合抗体的能力，任何载体可以使用。磁珠是特别有用的，因为它们可以留在溶液中。如果磁场被应用于固定珠子，可以萃取或倾析液相。优选为珠子小且具有很高的表面积，如直径约1 μ m的珠子。其他珠子也可用于电荷交换或硅石捕获(相对于磁场)。95将杂交与结合有支持的抗杂交抗体共温育足够的时间，以通过固定抗杂交抗体捕获双链核酸杂交。一方面，所述载体是珠子。96抗杂交抗体可能是单克隆或多克隆的。一方面，所述抗体是单克隆的。一方面， 所述抗体通过1-乙基-3_[3- 二甲氨基丙基]碳二亚胺盐酸盐(EDAC)连接基团与载体缀合。一方面，所述载体是聚苯乙烯珠。一方面，将所述载体或珠与抗体缀合物稀释于珠稀释
16缓冲剂中。所述珠稀释缓冲剂有助于使珠上蛋白质变性最小化。珠稀释缓冲剂的一个实例包括6%的酪蛋白、IOOmM的iTris-HCUOOmM的NaCl以及0. 05%的叠氮化钠。97 一方面，包覆有抗杂交抗体的珠子与样品在约67°C至约70°C下共温育约30分钟。在另一方面，所述珠子与样品在约68°C至约69°C下共温育约30分钟。在再一方面，所述珠子与样品在约68. 5°C下共温育约30分钟。所述培养时间的范围可为约5分钟至约60 分钟、约15分钟至约45分钟、约20分钟至约40分钟或列举范围内的任何数值，而且通常与温度成反比。本领域的普通技术人员将会了解培养时间、温度和/或震动条件可以变化， 以实现所需的替代捕获动力学。98接着如上所述的靶核酸/探针杂交的捕获，所述捕获杂交可通过洗涤非捕获核酸从剩余样品中得到分离。缀合所述方法的另一步骤可以包括提供双链核酸杂交特异性或者第一抗体特异性的第二抗体。第二抗体可能是直接或间接地标有可检测标记的，而且可能是单克隆或多克隆抗体。一方面，所述第二抗体是单克隆的。在另一方面，第二抗体是直接标有可检测标记的，而且是单克隆的。所述第二抗体用于检测双链核酸杂交的存在。一方面，第二抗体具有必须与能提供可以可被检测到信号的基质反应的标记。所述第二抗体可溶解于合适的缓冲剂中。一方面，所述缓冲剂包含IOOmM的TrisHCl、pH 7. 4,0. 5M的NaCl、0. ImM的ZnC12、 1. OmM的MgC12、0. 25%的吐温20、0. 2mg/ml的核糖核酸酶A、4%的羟丙基-β -环糊精(环糊精)、如前所述30%的珠稀释缓冲剂、0. 05%的山羊IgG、0. 05%的叠氮化钠。一方面，所述缀合反应在室温下进行。一方面，所述缀合反应在室温下进行约1小时至约2小时。在另一方面，所述缀合反应在室温下进行约2小时。在另一方面，所述缀合反应在约37°C、约45°C或约50°C下进行。一方面，所述缀合反应发生在约37°C、约45°C或约50 V、35 °C至40 V之间、40 V至约50 V之间进行约20分钟至40分钟。一方面，所述缀合反应在约37°C、约45°C或约50°C下进行约20分钟至40分钟。在另一方面，所述缀合反应在约45 °C下进行约30分钟。本领域的普通技术人员将会理解，任何可检测标记，例如，但不限于，酶、放射性分子、荧光分子或金属粒子(如金粒子)可以使用。在某些方面，可检测标记是碱性磷酸酶。 标记与抗体缀合的方法是公知的。例如，可以使用二硫苏糖醇(DTT)降低抗体，以产生单价抗体片段。然后，降低的抗体可通过Ishikawa et al，J. Immunoassay 4:209-237(1983)和 Means et ai, Chem. 1 :2-12(1990)的方法直接与马来酸碱性磷酸酶缀合，其中它们的全部内容通过引用并入本文，以及所得的缀合物可以通过HPLC得到纯化。所述缀合物还可以使用任何类型的体积排阻色谱得到纯化。纯化的一个好处是，蛋白质抗体缀合物可以从其他比率的蛋白质抗体缀合物得到分离。在另一方面，可以使用不直接标记的第二抗杂交抗体检测双链核酸杂交。例如，第二抗体可以是通过标有羊抗鼠抗体检测到的小鼠免疫球蛋白。洗涤在与第二抗体缀合后，使用去污剂基洗涤缓冲液洗涤所述样品。所述洗涤缓冲液可包含一种或多种去污剂或者不含去污剂。如果所述洗涤缓冲液含有去污剂，所述去污剂可能是离子型或非离子型去污剂。一个非离子型去污剂的实例是Triton-X。所述去污剂在洗涤缓冲液中的可能存在浓度为约0. 05%至约1. 5%、或约0. 075%至约1. 0%、或约 0. 至约0. 75%、或约0. 5%或列举范围内的任何数值。一个合适的洗涤缓冲液的实例包含 40mM 的 Tris，pH8. 2、IOOmM 的 NaCl、0. 5%的 Triton-X 100 以及 0. 05%的叠氮化钠。所述样品可用洗涤缓冲液洗涤1至10次、或3至7次、或4至6次、5次或列举范围内的任何数值。所述样品还可用单一洗涤缓冲液或多个洗涤缓冲液洗涤。每次洗涤可用相同或不同的洗涤缓冲液。例如，含去污剂的洗涤缓冲液可用于一次洗涤，而不含去污剂的洗涤缓冲液可用于另一次洗涤。一方面，一种洗涤缓冲液不包括Triton。相比于不含去污剂的洗涤缓冲液，含去污剂的洗涤缓冲液的一个好处是对珠性能的积极影响。所述含去污剂的洗涤缓冲液可以使珠子与磁场快速、高效地弹性结合。珠子与磁场的结合足够强大到珠子通过物理反转和倾析保持结合。而不含去污剂的洗涤缓冲液通常不允许无珠损失的物理反转，它们可能被用于其他目的。使用不含去污剂的洗涤缓冲液的一个实例是在样品中去除或稀释去污剂，从而减少任何可能出现的检测问题。检测因此，检测第二、第三或以上抗体上的标记是为了指示目标核酸分子的存在。各种标记的检测方法是本领域已知的。例如，色度、放射性、表面等离子体共振或化学发光的方法，在(例如)Coutlee et at. ,J. Clin. Microbiol. 27 :1002-1007(1989)中有所描述，其内容的全部内容通过引用并入本文。例如，结合碱性磷酸酶缀合物可以通过化学发光试剂检测，如使用检测器(如 FVLUMINA光度计(Source Scientific Systems, Inc. ,Garden Grove,CA) ,0PT0C0MP I光度计(MGM Instruments，Hamden，CT)或如 Turner Biosystems 的微孔板光度计)的 LUMI-PH0S 530 试齐[J (Lumigen，Detroit, MI)或 DR2 (Applied Biosystems, Foster City, CA) 多种检测技术还可以逐一或平行使用。例如，所述缀合物可通过化学发光法和荧光法检测。在另一方面，所述缀合物可以通过化学发光法检测。用于缀合物不同检测技术的检测器可能是(例如，在一种模块化方式中)可逆或不可逆地与能够实施检测样品中靶核酸分子存在方法的机器结合。本文所述第二抗体上标记的检测指示出与一种或多种探针互补的样品中一种或多种靶核酸分子的存在。洗涤后，将所述样品悬浮于(例如)含有包含第二抗体标记的基质的检测缓冲剂中。一方面，所述样品是由宫颈细胞组成。用于检测宫颈细胞样品中靶核酸分子存在的方法包含使所述样品悬浮于去污剂收集介质中，通过手拌混合。在另一方面，所述混合是机械的。将大约50 μ L等份的样品移除，并和约25 μ 1的变性剂混合。通过手拌或机械震动(在约600至1200rpm之间)混合所述样品约30至约60秒，并在约70°C加热约30分钟。高风险HPV RNA探针是在稀释剂中制得，并稀释为约375ng/ml。将约40 μ 1的稀释探针加入70°C加热组件的样品中。所述样品还在约68. 5°C、约1150rpm震动下培养约30分钟。可以通过滴管瓶或其他低技术的设备移除上清液。将约35μ 1的检测试剂加入样品中。 所述检测试剂加有标记的第二抗体。所述第二抗体是双链核酸杂交特异性的。含有检测试剂的样品在约45°C下共温育约30分钟，置于磁机架上约30秒至3分钟后，轻轻倒出上清液。在另一方面，含有检测试剂的样品在室温下培养。然后用缓冲剂洗涤约4或5次。抗杂交抗体
使用双链核酸杂交特异性的抗体可以检测和捕获按照本发明形成的双链核酸杂交。所述抗体是双链杂交特异性的，例如但不限于RNA-DNA ；DNA-DNA ；RNA-RNA ；以及其模拟物，其中模拟物是指行为类似于RNA-DNA、DNA-DNA或RNA-RNA杂交的分子。抗双链核酸杂交抗体，即可以利用的抗杂交抗体将依赖于双链核酸杂交形成的类型。一方面，抗杂交抗体是RNA-DNA杂交免疫特异性的。本领域的普通技术人员将会理解，多克隆或单克隆抗杂交抗体可用于和/或缀合珠子和/或固定于如下所述的本测定的载体上。使用标准技术制得的单克隆抗体可以用于替代多克隆抗体。单克隆抗体可以用本领域标准的方法生产。一方面，用于靶核酸捕获和检测的抗体是单克隆抗体。一方面，单克隆抗体支持捕获步骤过程中的高严格培养温度。如果没有被限制，捕获步骤过程中的高严格培养温度在捕获步骤可能在约65°C至约75°C之间或约68°C至75°C之间。捕获和检测的第一和第二抗体可能是相同的(即，由同一杂交骨髓瘤细胞系生产)或可能是不同的(由不同的杂交骨髓瘤细胞系生产)。一方面，用于捕获和/或检测的第一和第二单克隆抗体的是相同的，而且是RNA-DNA杂交特异性的。还包括的是双链杂交特异性的免疫片段或抗体衍生物，其中这些片段或衍生物含有抗体的结合域。例如，可以使用骨髓瘤细胞的单克隆抗病毒抗RNA-DNA杂交抗体与RNA-DNA杂交免疫的脾细胞的融合。可杂交特异性抗体以通过以固定于载体的RNA-DNA杂交为背景的亲和纯化得到纯化，例如，如 Kitawaga et at.，Mol. Immunology, 19 :413(1982)和第 4，732，847号美国专利，它们的全部内容通过引用并入本文。生产或分离抗体(包括人类或人造抗体)的其他合适方法可以使用，其中包括，例如，从库中选择重组抗体(例如，单链Fv或Fab或其片段)方法，或依赖于能够生产全技能人类抗体的转基因动物(例如小鼠)免疫(参见例如，Jakobovits et al，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90 :2551(1993) Jakobovits et al, Nature, 362 :255(1993)；以及第 5，545，806 号美国专利和第5，545, 807号美国专利，其中它们的全部内容通过引用并入本文)。一方面，所检测到的靶核酸是DNA(例如，HPV基因组DNA或cDNA)或RNA(例如， mRNA、核糖体RNA、细胞核RNA、转移RNA、病毒RNA、异质核RNA)，其中所述一种或多种核苷酸探针分别是多核糖核苷酸或多脱氧核糖核苷酸。在优选方面，所述双链核酸杂交是通过靶DNA和探针RNA杂交形成的DNA-RNA杂交，可以使用RNA-DNA杂交免疫特异性的抗体进行检测。本发明的一方面，使用杂交瘤细胞系的单克隆抗RNA-DNA杂交抗体。这种杂交瘤细胞系在第4，865，980号美国专利、第4，732，847号美国专利和4，743，535号美国专利中有所描述，其中它们的全部内容通过引用并入本文。杂交特异性单克隆抗体可使用本领域的标准技术制备。所述杂交特异性单克隆抗体可同时用于捕获和检测靶核酸。虽然任何脊椎动物可用于制备多克隆抗RNA-DNA杂交抗体，山羊或兔子是优选的。优选地，按照常规注射操作通过将杂交体注射入动物体内，使用合成聚(A)-聚(dT)杂交对山羊或兔进行免疫。按照公知的抗体分离技术，多克隆抗体可从免疫动物种属特异性抗体的动物血液中收集并进行纯化。对于单克隆抗体的生产，经过足够时间后移除动物脾脏，脾细胞可与适当的骨髓瘤细胞融合，以产生杂交瘤细胞。然后，对能够分泌抗杂交抗体的杂交瘤进行筛选。然后，将所选择的杂交瘤细胞注入用于生产腹水液体的第二动物，其可
19提取并作为以引用方式并入本文中的所需单克隆抗体的丰富来源。多核苷酸探针多核苷酸探针被设计为与靶核酸分子杂交或结合。在另一方面，所述多核苷酸探针被设计为与靶核酸分子结合。一方面，所述探针能够与HPV和HPV的高风险变异杂交或结合。在其他方面，所述多核苷酸探针是HPV和HPV高风险变异特异性的。高风险(HR)核酸探针可以包括高风险HPV 16型、18型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、 58型、59型、66型、68型和82型的探针。在其他方面，RNA或DNA探针是片段。一方面，所述探针是约6至约8千碱基长度，优选为约7. 5千碱基长度，而且可使用利用BLUESCRIPT 载体的质粒模板进行制备。然而，其他质粒、载体和方法是本领域已知的，还可用于制备本文所述的RNA探针。所述探针可能会有所不同，每次测定的每种HPV型使用约7. 5ng到约60ng或约 20ng至约45ng的探针，或者每次测定的每种HPV型使用约30ng的探针。因此，一方面，HR 探针由下列组成或基本由下列组成高风险HPV 16型、18型、31型、33型、35型、39型、45 型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型和82型或低风险的HPV 6型、11型、40型、 43型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、81型和83型的一种或多种探针，其中约 30ng的每个探针用于每次测定靶核酸分子的每次检测中。所述RNA探针可能是只与靶核酸分子特异性结合的短合成RNA探针。实例在2009 年4月17日提交的第12/似6，076号美国专利申请中有所描述，它们的全部内容通过引用并入本文。交叉反应性能本发明还提供了测定组合物、探针和条件，其中当与标准FDA规定的HPV测定和探针组相比，HPV HR探针组和低风险HPV型之间的交叉反应性能显著地降低。一方面，所述HPV HR探针组选自由高风险HPV 16型、18型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52 型、56型、58型、59型、66型、68型和82型或低风险HPV 6型、11型、40型、43型、53型、61 型、67型、69型、70型、71型、72型、81型和83型组成的组。使用这些HR HPV探针的本测定降低了低风险HPV型与高风险HPV型之间的交叉反应性能。参见例如，美国专利申请第 12/426076 号。本发明还提供了一种测定样品中靶核酸分子(如HPV)存在(约2小时或更少、约 2. 5小时或更少、约3小时或更少，约3. 5小时或更少、约4小时或更少、约5小时或更少、约 6小时或更少、约7小时或更少、约8小时或以下，约12小时或更少、约M小时或更少)的方法，在其他方面，使用以上讨论的方法在至少10个样品中少于约3. 5小时。为什么HPV或其他靶核酸分子存在的一个原因可以在短时间内测定，因为所述方法在检测之前不放大靶核酸分子。不是靶放大，而是信号放大可准确检测PV或其他靶核酸分子的存在。一方面， 本发明的方法可包括信号放大步骤。一方面，本发明的方法不包括靶放大步骤。在另一方面，本发明的方法可包括信号放大步骤，不包括靶放大步骤。本发明还提供通过检测样品中靶核酸分子(如HPV)存在(约2小时或更少、约 2. 5小时或更少、约3小时或更少，约3. 5小时或更少、约4小时或更少、约5小时或更少、约 6小时或更少、约7小时或更少、约8小时或以下，约12小时或更少、约M小时或更少)检测癌症(例如宫颈癌)的方法和测定，在其他方面，使用以上讨论的方法和测定的至少10个样品少于约3. 5小时。本领域的普通技术人员将会理解本发明可以在许多平台中进行，包括，但不限于， 管、量油尺、微阵列、微孔板、384孔板、其他微量板和微流体系统。本领域的普通技术人员将会理解，目前相关的发展中国家，可以利用低技术方法，如滴管瓶、橡胶球、巴斯德吸液管或包括液体移动步骤的喷瓶。这些装置在测定所需的大致范围内传送比较精确的体积。一方面，本发明的方法不包括自动移液器或其他电池供电或能源供电移液装置。本发明的另一方面提供了一种将含有靶核酸的样品收集到收集介质中的方法。所述收集介质提供了数天、数周或数月的样品稳定性。例如，所述收集介质可提供至少1周、 至少2周、至少3周、至少4周、至少1个月、至少有2个月内、至少3个月内、至少4个月、 至少5个月、至少6个月、约1周至约4周、约1个月至约3个月、约3至约4个月或约3 个月至约6个月的样品稳定性。在另一方面，所述收集介质提供在33°C下至少21天或在 20°C下至少6个月的样品稳定性。一方面，以上样品是宫颈细胞样品或人宫颈细胞样品。本文所述的是合适的收集介质。一方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成 NP-40、脱氧胆酸钠、Tris-HCl、EDTA、NaCl和叠氮化钠。在其他方面，所述收集介质包含、基本由下列组成或由下列组成1. 0%的NP-40,0. 25%的脱氧胆酸钠、50mM的Tris_HCl、25mM 的EDTA、150mM的NaCl和0. 05%的叠氮化钠。另一方面是含有去污剂的洗涤缓冲液，包含、基本由下列组成或由下列组成40mM 的 Tris pH 8. 2、100mM 的 NaCl、0. -0. 5%的 Triton X-100 和 0. 05%的叠氮化钠。另一方面是不含去污剂的洗涤缓冲液，包含、基本由下列组成或由下列组成40mM的Tris pH 8. 2、IOOmM的NaCl和0. 05%的叠氮化钠。核酸分子的回收、检测和分析的样品转化一方面涉及到将收集介质加入先前已准备用于诊断分析的样品中。一方面，加入收集介质中的样品已使用液基细胞学(LBC)测定制得。LBC介质可以包含能使样品稳定、抑制细菌生长、保持细胞形态、诊断集群以及保证组织单层细胞学载玻片制备的组织固定剂 (如酒精和福尔马林)。然而，用于保存生物样品(如SUREPATH)的许多组合物，含有可以不利于分析核酸分子的酒精或福尔马林。一方面，细胞学载玻片含有宫颈细胞样品或能够被评价的任何其他生物样品。一方面，所述SUREPATH介质用于制备LBC样品。除了细胞学制备之外，LBC样品可以用于疾病(如常见的性传播疾病病原体，包括人乳头状瘤病毒(HPV)、淋病奈瑟菌(GC)和沙眼衣原体(CT)等)的检测。由于其作为筛检工具应用的补充，LBC样品可以在治疗某一特定的疾病、通知进一步跟进和治疗方案后用来监测患者的病毒清除率。一方面，LBC样品的HPV测试可用于在治疗宫颈疾病后监测患者的病毒清除率。一方面，生物样品被收集和保存于介质(如SUREPATH介质)中。含有生物样品的保存介质储存至需要进一步处理。可以移除含有生物样品的保存介质，并悬浮于水中，从而形成“软小球”。可移除一部分软小球，在载玻片上进行分析。一方面，使用LCB测定制备样品。不是向剩余的软小球悬浮液中加入更多的保护介质(如SUREPATH)，而是可将本文所述的去污剂收集介质加入剩余的生物样品中。这是有利的，因为分散于本文所述的去污剂收集介质中的样品，可直接在核酸分子检测测定中进行分析。此外，悬浮于去污剂收集介质中的生物样品在室温下至少11天是稳定的(图6)。
任何所公开的去污剂收集介质能够被加入软小球中。在另一方面，去污剂和螯合剂介质可用于再次溶解颗粒。在非限制方面，包括约0. 5 %至约2. 0 %的NP-40、约0. 10 %至约0. 40%的脱氧胆酸钠、约25mM至约75mM的TDS-盐酸，约IOmM至50mM的EDTA、约50mM 至约200mM的NaCl和约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠的收集介质可用于溶解软小球。在加入去污剂收集介质后，本文所述的任何方法或测定可配合对软小球样品进行分析。试剂盒本发明还提供了一种用于检测样品中靶核酸分子的试剂盒，所述试剂盒包含、基本由下列组成或由下列组成a)收集介质；b)变性剂；c)至少一种多核苷酸探针；d)包覆有第一抗杂交抗体的珠子；e)包含第二抗聚杂交抗体的检测试剂，其中所述第二抗体是标有可检测标记的；f)洗涤缓冲液；以及g)包含第二抗体上标记的基质的第二检测试剂。本文先前已经描述了收集介质、变性剂、珠子、第一和第二抗体、多核苷酸探针、检测试剂和洗涤缓冲液。所述试剂盒还可包括与所公开方法和测定相关的操作说明。所述试剂盒还可包括一种转录患者信息的方法。一方面，所述方法包括纸、计算机或能够传输患者信息的装置。 所述试剂盒可以包括在采取患者样品的同一地方完成所述方法的所有必要组件。一方面，所述试剂盒可包括与检测测定相关的颜色分类试剂。所述试剂小瓶是以易于使用的不同颜色分类，并且可以包含在一种试剂盒内。所述试剂瓶还可以通过符号、字母或其他已知的标识符进行识别。因为所述试剂盒的单个组件一起在易于使用的平台中，本文所述的试剂盒的一个优点是提供立即的测试样品。这样允许快速测定患者结果。一方面，本发明的方法可以包括实地患者样品的收集和处理。一方面，在收集样品后，一些方法步骤在收集患者样品的同一地点进行。在另一方面，所有方法步骤可以在收集患者样品的同一地点进行。所述位置可能是个人接受医疗检查和评价的村庄、诊所、实验室或公共领域。所述地点可能是永久的或者临时的。一方面，所述核酸分子在取样不同的地点(如实验室或诊所)进行检测。一方面，所述试剂盒被设计为用于不容易获得医疗服务的发展中国家或地区。系统一方面，所述样品可使用一种用于检测样品中靶核酸分子存在的便携式系统进行分析。所述便携式系统可包括一种多个样品配置的加热器；一种配置为在包覆有第一抗体与第二抗体缀合物可检测标记的载体上检测靶核酸分子的化学发光的光度计；一种配置为记录化学发光数据的监视器(图7)。一方面，所述加热器是一种组合加热器/振动器。一方面，所述系统被配置为在同一时间一起同时分析90个样品和6个对照组(共96个样品)。 一方面，所述光度计和加热器都被配置为在同一时间一起同时分析90个试样6个对照组 (共96个样品)。所述系统还能够同时记录至少500个样品的结果。所述便携式系统和相关试剂如图6、7和8所示。如果没有被限制，所述便携式系统的个别组件可以通过个人(如医生或实验室技术员)很容易地运输，重量小于10磅、小于20磅、小于30磅或小于40磅。在另一方面，用于检测靶核酸分子的整个便携式系统重量小于20磅、小于30磅、小于40英镑、小于50磅或小于100磅，而且被设计为便于运输。所述便携式系统和测定可被设计为用于收集样品的实地或地点，而且需要小体积的台式工作空间(例如，约25X5cm或更小)。一方面，所述便携式系统被配置为不需要电力、水管或自来水的工作。所述便携式系统还可在电池上完全运行。所述便携式系统可被设计为与所述的试剂盒、测定、本文所述的方法一起使用。总之，所述试剂盒和便携式系统提供了高效、快速的方法来分析和检测可能缺乏分析实验室样品的精密实验室设备或设施的发展中国家或其他地区的核酸样品。值得注意的是，当范围是本文所述时，任何在该范围内的数值是在本发明正考虑的。所有专利、专利申请、科技出版物等的全部内容都通过引用并入本文。以下实例不是为了限制本发明的范围。
实施例实施例1 使用宫颈样品和HPV探针的测定将一共3M个医师采集的宫颈样品收集于去污剂收集介质中，并测试高风险HPV 的存在。将Iml样品进行涡旋以使样品均勻化，移除50 μ 1的等份，并在检测微孔板与 25 μ L的变性试剂(1. 75Ν的NaOH)相结合。将其摇动以混合，并在70°C共温育30分钟， 以产生单链DNA。对此，将40 μ 1含HPV 16型RNA探针的中和缓冲剂(探针稀释剂_2. 2Μ 的BES、2. 6%的ΡΑΑ、0. 7N的NaOH以及0. 05%的叠氮化钠)加入以产生中性pH值，并在 68. 5°C共温育10分钟。在此之后，将10 μ 1的抗体缀合顺珠(得自Thermo Fisher的约1 μ m羧基化 SERADYN)加入反应中，并在68. 5°C下另外共温育30分钟。将RNA探针与彼此互补的DNA 靶分子结合，产生RNA-DNA杂交。然后所述杂交通过包覆有RNA-DNA杂交特异性抗体的顺磁SERADYN珠得到捕获。在共温育后，通过接触磁场从液相/上清液分离顺磁珠。通过倾析移除上清液废物，加入35 μ 1检测试剂1 (包含单克隆抗RNA-DNA杂交抗体缀合碱性磷酸酶的酶缀合的第二抗体)加入，并在45°C共温育30分钟。所述第二抗体与RNA-DNA杂交抗体缀合顺磁珠络合物结合。使用去污剂基洗涤缓冲液(40mM的Tris，pH 8. 2、IOOmM的NaCl、0. 的 Triton-X 100以及0. 05%的叠氮化钠)洗去非结合第二抗体。将基质(得自ABI的二氧丁环基质，称为含有Emerald II增强子的DCP Star)加入已洗涤的含有高风险HPV DNA产生光的珠子和孔中，所述含有高风险HPV DNA产生光通过光度计检测和RLU测量(相对光单位)。含有lpg/ml HPVDNA的测定阳性标准用于建立阳性临界。所有样品RLU值除以用于阳性标准的RLU值产生RLU/C0(RLU到临界值)。RLU/ CO所记录的结果和任何大于或等于1.0被认为是阳性的。实施例2:稳定性测试
23
在最初测试后，将样品储存于室温和33°C下，以观察样品的稳定性。进行测试直到收集后21天。图3和4表明，每个样品的RLU/C0值不随时间变化可达21天。基准结果与储存以及散点图分析21天后比较的2X2分析显示了 RLU/C0值与时间的线性关系。基于这些数据，只要21天提供在基准测试时可比较的RLU/C0值，得出样品被存放于室温或33°C的结论是可能的。使用相对于储存温度的RLU/C0值线性混合模型比较，样品在室温下和33°C 储存的P值分别是0. 8803和0. 9517，指示出这些值是相等的。实施例3 检测研究的限制通过收集介质中HPV 16质粒靶的连续稀释测量HPV 16的检测限(LOD)。测试结果表明0. 2pg/ml HPV 16质粒的S/N > 2. 0，相当于1000拷贝的HPV 16DNA。见图5。此外，在高温下对临床试样进行三周的稳定性研究，以模拟相对高温地区(如卢旺达)的条件。使所有的生物活性试剂盒组件(RNA探针、捕获抗体、检测抗体酶缀合物和基质)稳定为生产过程的一部分，并对37°C 18个月内的稳定性进行监测。实施例4 :SUREPATH颗粒转化和核酸回收在这个实例中，描述了 SUREPATH颗粒转化和核酸回收的典型工作流程。SUREPATH 介质的工作流程包括主要样品的最初收集，主要样品可以是用于收集过渡区或样品收集点的宫颈上皮细胞的细胞刷。每刷平均收集2Χ10Λ8个宫颈细胞，可以储存于一个收集小瓶的 IOmL SUREPATH介质中。小瓶可以密封，将细胞在固定剂介质中于室温下或4°C共温育直至进一步处理。然后可将细胞悬浮液进行自动密度梯度纯化，以及由此产生平均细胞总数为 1.6Χ10Λ8的细胞颗粒，并可以悬浮于最终体积为ImL的水中。这种水颗粒可以被称为“软小球”或”未稀释的软小球”。200uL软小球可用于细胞学自动载玻片制备方法，800 μ L体积中留下平均 1. 3Χ10λ8细胞总数。在移除载玻片制备的200等份后，可将l_2mL新鲜的SUREPATH介质加入剩余的800 μ L软小球中，以稳定和保存软小球，从而避免必须重新制作载玻片。在大多数情况下，记录细胞学结果后，剩余2-3mL样品被破坏。可将本文所述的去污剂基介质加入剩余的SOOyL软小球中。可将本文所述的任何去污剂基收集介质加入剩余的SOOyL软小球中。一方面，所述介质可包含1.0%的 NP-40、0. 25% 的脱氧胆酸钠、50mM 的 Tris-HCl，25mM 的 EDTA、150mM 的 NaCl 以及 0. 05% 的叠氮化钠。在加入去污剂基收集介质后，所述软小球样品可以配合本文所述的任何方法或测定进行分析。
权利要求
1.一种组合物，包含(a)悬浮于收集介质中的生物样品，其中所述收集介质包含至少一种去污剂；(b)变性剂；(c)至少一种能够与靶核酸分子结合的多核苷酸探针；(d)包覆有第一抗体的载体；以及(e)标有可检测标记的第二抗体。
2.如权利要求1所述的组合物，其中所述生物样品是宫颈细胞样品。
3.如权利要求1所述的组合物，其中所述收集介质包含NP-40、脱氧胆酸钠和EDTA。
4.如权利要求1所述的组合物，其中所述收集介质包含约0.5%至约2. 0%的NP-40、 约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、以及约IOmM至约50mM的EDTA。
5.如权利要求1所述的组合物，其中当所述生物样品在33°C下储存于所述收集介质中至少21天时是稳定的。
6.如权利要求1所述的组合物，其中所述至少一种多核苷酸探针选自由高风险HPV16 型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68 型和82型的探针组成的组。
7.一种组合物，包含(a)悬浮于收集介质中的生物样品，其中所述收集介质包含约0.5%至约2.0%的 NP-40、约0. 10%至约0. 40%的脱氧胆酸钠、以及约IOmM至50mM的EDTA ；以及(b)多核苷酸探针。
8.如权利要求7所述的组合物，其中所述收集介质进一步包含约0.01%至约0.10%的叠氮化钠。
9.如权利要求7所述的组合物，其中所述生物样品是宫颈细胞样品。
10.如权利要求7所述的组合物，其中当所述生物样品在33°C下储存于所述收集介质中至少21天时是稳定的。
11.如权利要求7所述的组合物，其中所述生物样品中的核酸分子是变性的。
12.如权利要求7所述的组合物，进一步包含(c)包覆有第一抗体的载体。
13.如权利要求12所述的组合物，进一步包含(d)第二抗体。
14.如权利要求13所述的组合物，其中所述第二抗体标有可检测标记。
15.一种用于检测样品中的靶核酸分子的试剂盒，包含a)包含去污剂的收集介质；b)变性剂；c)包覆有第一抗杂交抗体的载体；d)包含第二抗聚杂交抗体的检测试剂，其中所述第二抗体可检测地标记；e)去污剂基洗涤缓冲液；以及f)包含用于所述第二抗体上的标记的基质的第二检测试剂。
16.如权利要求15所述的试剂盒，其中所述收集介质包含NP-40、脱氧胆酸钠以及 EDTA0
17.如权利要求16所述的试剂盒，其中所述收集介质进一步包含叠氮化钠。
18.如权利要求15所述的试剂盒，其中所述去污剂基洗涤缓冲液包含约0.5%至约 2. 0%的 NP-40、约 0. 10%至约 0. 40%的脱氧胆酸钠、约 25mM 至 75mM 的 Tris-HCU^J IOmM 至50mM的EDTAJ^] 50mM至200mM的NaCl以及约0. 01%至约0. 10%的叠氮化钠。
19.如权利要求15所述的试剂盒，其中所述去污剂基洗涤缓冲液包含约40mM的Tris pH 8. 2、IOOmM 的 NaCl.O. -0. 5%的 Triton χ-100 以及 0. 05%的叠氮化钠。
20.如权利要求15所述的试剂盒，其中所述稀释剂包含BES、聚丙烯酸、NaOH以及叠氮化钠。
21.如权利要求15所述的试剂盒，其中所述变性剂是1.75Na0H。
22.如权利要求15所述的试剂盒，进一步包括至少一种能够与人乳头瘤病毒(HPV)及其基因变体结合的多核苷酸探针。
23.如权利要求22所述的试剂盒，其中所述至少一种多核苷酸探针选自由高风险HPV 16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、 68型和82型的探针组成的组。
24.如权利要求15所述的试剂盒，进一步包括被配置为检测样品中靶核酸存在的装置。
25.如权利要求24所述的试剂盒，其中所述系统是光度计。
26.一种用于检测样品中靶核酸分子存在的便携式系统，包括(a)被配置为加热多个样品的加热器；(b)光度计，其被配置为检测在包覆有第一抗体的载体上并缀合标有可检测标记的第二抗体的靶核酸分子的化学发光；以及(c)被配置为记录化学发光数据的监视器。
全文摘要
本发明包括一种提供用于检测样品中靶核酸分子存在的快速和可靠的结果的方法。
文档编号C12Q1/68GK102203293SQ200980143682
公开日2011年9月28日 申请日期2009年10月26日 优先权日2008年10月27日
发明者保罗.埃德, 劳拉.贝尔, 埃里克.佩恩, 艾里娜.纳扎伦科, 萨吉.雷曼钱德兰, 阿尔文德.弗马尼 申请人:奇亚根盖瑟斯堡股份有限公司