用于预测患有癌症之对象对化疗之临床响应的方法

用于预测患有癌症之对象对化疗之临床响应的方法
【专利摘要】本发明涉及胆碱激酶α作为预测性标志物用于在患有癌症之对象中确定对化疗性治疗之响应的用途，特别是用于预测患有非小细胞肺癌之对象对基于铂之化疗性治疗的临床响应的用途。本发明涉及基于胆碱激酶α的表达水平为患有癌症(特别是非小细胞肺癌)的对象设计个性化治疗的方法，并且涉及基于在对象中使用基于铂的化疗性治疗来治疗非小细胞肺癌的方法，其中基于胆碱激酶α的表达水平来选择所述对象。
【专利说明】用于预测患有癌症之对象对化疗之临床响应的方法
【技术领域】
[0001]本发明涉及诊断学的领域，更具体地涉及基于来自对象之样品中ChoKd基因的表达水平，用于预测患有癌症之对象对化疗性治疗(chemotherapeutic treatment)之临床响应的方法，特别是用于预测患有非小细胞肺癌之对象对基于钼之化疗性治疗的临床响应的方法。本发明还涉及用于为患有所述疾病之对象设计个体化治疗(individual therapy)的方法，并且涉及用于选择可对给定治疗作出响应之患者的方法。
【背景技术】
[0002]使用化疗的常规癌症控制(无论是决定性治疗还是辅助治疗)在与非化疗对照相比时具有改善的患者绝对生存。但是，不是所有可用的化疗性治疗都适用于所有患者。在患有癌症的患者中化疗药的效力受某些遗传标志物之存在的影响。其肿瘤具有对化疗性治疗作出响应的低概率的患者可完全排除化疗，或者可以是避免不必要治疗副作用的替代治疗的候选者。
[0003]因此，需要个性化途径来治疗疾病，特别是癌症，例如肺癌、结肠癌、黑素瘤、胰腺癌、前列腺癌、胶质瘤、膀胱癌、卵巢癌、肝胆癌、乳腺癌和淋巴瘤。
[0004]肺癌是全世界死亡的首要原因之一，并且非小细胞肺癌(non-small cell lungcancer,NSCLC)占所有肺癌的约85%，全世界每年有120万新病例。2001年NSCLC导致全世界多于一百万的死亡，并且是男性和女性二者中癌相关死亡率的首要原因(分别为31%和 25% )。
[0005]晚期NSCLC的预后是悲观的。最近1155名患者的东部肿瘤学协作组(EasternCooperative Oncology Group)试验显示出，所使用的化疗之间没有差异:顺钼/紫杉醇、顺钼/吉西他滨、顺钼/多西他赛和卡钼/紫杉醇。总体中位进展时间为3.6个月，并且中位生存为7.9个月。
[0006]五年生存率根据恶性肿瘤的TW分类而不同。T匪是基于肿瘤的程度(T)、扩散至淋巴结的程度(N)和转移的存在(M)来描述患者身体中癌症程度的癌症分期系统。在马约诊所(Mayo Clinic)进行的研究显示出，估计的非小细胞肺癌(NSCLC)患者的总体五年生存率根据疾病分期为:IA病理期66%、IB期53%、IIA期42%、IIB期36%、IIIA期10%、IIIB 期 12%和 IV 期 4% (Yang P.等 2005.Chest, 128:452-462)。
[0007]约70%的NSCLC病例在诊断时是晚期的并且一直用化疗进行治疗。虽然使用较新药剂的基于钼的组合已被广泛接受为晚期NSCLC的一线治疗，但是钼抗性的频繁发生是目前治疗这些患者的主要障碍。此外，还有许多接受化疗而未从中受益的患者，其通常经历不必要的毒性并且对其生命质量有负面影响。因此，为了通过支持使NSCLC患者适应最有效的可用个性化抗癌治疗来改善患者的结果，任何新生物标志物的预测值的出现都是必要的。
[0008]Lord 等(Clin.Cancer Res.，2002，8:2286-2291)和 Ceppi P.等(Ann.0ncol.,2006，17:1818-1825)(使用 ERCC 作为标志物)；Davidson 等(Cancer Res.,2004,64:3761-3766)和 Rosell 等(Clin.Cancer Res.,2004,10:1318-1325)(使用核糖核苷酸还原酶大亚基I作为标志物)；Ceppi P.等(Ann.0ncol.,2006,17:1818-1825)(使用核糖核苷酸还原酶Ml 亚基作为标志物)；Ceppi,P.等(Clin Cancer Res.,2009,15:1039-45)(使用DNA 聚合酶 eta 作为标志物)以及 Taron 等(Hum.Mol.Genetics, 2004，13:2443-2449)(使用BRCAl作为标志物)进行了尝试，提供了肺癌患者对基于钼之化疗作出响应的可靠标志物。
[0009]但是，仍然需要可用于预测癌症患者对化疗性治疗的响应(特别是用于预测NSCLC肺癌患者对基于钼之化疗性治疗的响应的另外的标志物。
[0010]发明概述
[0011]在第一方面中，本发明涉及一种用于预测患有癌症之对象对化疗性治疗之临床响应的体外方法，其包括确定来自对象的样品中胆碱激酶α (choline kinase alpha,ChoK α )基因的表达水平。
[0012]在另一个方面中，本发明涉及一种用于为患有癌症之对象设计个体化治疗的体外方法，其包括确定来自对象的样品中胆碱激酶a (ChoKa)基因的表达水平。
[0013]在另一个方面中，本发明涉及能够确定来自对象之样品中ChoKa基因表达水平的试剂用于预测所述对象对化疗性治疗之临床响应以及用于为患有所述癌症之对象设计个体化治疗的用途。
[0014]在另一个方面中，本发明涉及基于钼的化疗性治疗，其用于在对象中治疗NSCLC，其中所述对象的样品显示出与参考值相比低的或基本相同的ChoKa基因表达水平。
[0015]在另一个方面中，本发明涉及ChoKa抑制剂、叶酸抗代谢物、EGFR靶向药物或者以上一种或更多种的组合，其用于患有NSCLC之对象的治疗中，其中所述对象的样品显示出与参考值相比高的ChoKa基因表达水平。
[0016]附图简述
[0017]图1示出用基于钼的化疗性治疗进行治疗的晚期NSCLC对象中ChoK α表达和无进展生存的卡-迈图(Kaplan-Meier plot)。
[0018]发明详述
[0019]本发明的发明人已出乎意料地发现，ChoKa基因的表达水平也可用于预测患有癌症之对象对化疗性治疗的响应，特别是用于预测患有非小细胞肺癌(NSCLC)之对象对基于钼之化疗性治疗的响应。在这个意义上，ChoKa基因的高表达水平与患有NSCLC之对象对基于钼之化疗的不良响应相关。基于这些发现，本发明人在其不同实施方案中开发了本发明的方法，现在将进行详细描述。
[0020]本发明实施例中提供的结果清楚地显示出ChoKa表达与无法对基于钼的化疗作出响应显著相关。因此，这些结果表明，具有ChoKa高表达的对象的预后在用钼进行化疗(其在NSCLC控制中发挥核心作用)之后会是不良的。
[0021]用于预测癌症患者的临床结果的方法
[0022]在一个方面中，本发明涉及一种用于预测患有癌症之对象对化疗性治疗的临床响应的体外方法(下文中为本发明的第一方法)，其包括确定来自对象的样品中胆碱激酶a (ChoKa)基因的表达水平。
[0023]本文中使用的术语“预测”是指确定患有癌症之对象对给定治疗作出有利或不利响应的可能性。尤其地，本文中使用的术语“预测”涉及如果用给定治疗来治疗肿瘤对患有癌症之对象的期望响应的个体化评估。在一个优选实施方案中，术语“预测”是指确定患有NSCLC之对象对给定治疗作出有利或不利响应的可能性。
[0024]本文中使用的术语“临床响应”是指患有癌症的对象对化疗性治疗的响应。在一个优选实施方案中，“临床响应”是指患有NSCLC之对象对用基于钼之化疗性治疗进行的治疗的响应。可与其一起用于评价对化疗之响应的标准指标(standard criteria) (Miller等.Cancer, 1981 ；47:207-14)包括响应、稳定和进展。
[0025]本文中使用的术语“响应”可以是所有可检测恶性疾病消失的完全响应(或完全缓解)，或者是定义为一个或更多个病变(肿瘤病变)的最大垂直直径乘积之和降低约>50%、没有新病变和没有任何病变进展的部分响应。实现完全或部分响应的对象被认为是“响应者”，并且所有其他的对象被认为是“非响应者”。如本领域技术人员所理解的，通常不期望这样的评估对于所有(即100% )待鉴定对象都是正确的。但是，所述术语要求可鉴定统计显著部分的对象(例如，队列研究中的一个队列)。本领域技术人员可使用多种公知的统计评价工具毫不费力地确定部分是否是统计显著的，所述统计评价工具例如，置信区间确定、P值确定、t检验(Student’s t-test)、曼-惠特尼检验(Mann-Whitney test)等。细节见于 Dowdy 和 Wearden, Statistics for Research, John Wiley and Sons, NewYorkl983中。优选的置信区间为至少90%、至少95%、至少97%、至少98%或至少99%。P值优选为0.1,0.05,0.01,0.005或0.0001。更优选地，可通过本发明方法适当地鉴定群体中至少60%、至少70%、至少80%或至少90%的对象。
[0026]本文中使用的术语“稳定”定义为肿瘤大小降低〈50%或提高〈25%。
[0027]本文中使用的术语“进展”定义为肿瘤病变的大小提高>25%或出现新的病变。
[0028]被广泛接受用于对替代治疗的效力进行比较的任何其他参数可用于确定对治疗的响应，并且包括但不限于:
[0029].无疾病进展，如本文中使用的`，其描述了在研究时间段期间没有疾病复发的完全缓解之对象的比例。
[0030].无疾病生存(DFS)，如与其一起使用的，理解为疾病治疗之后对象没有疾病体征地生存的时间长度。
[0031].客观响应，如本发明中使用的，其描述经治疗对象中观察到完全或部分响应的比例。
[0032].肿瘤控制，如本发明中使用的，其涉及经治疗对象中观察到完全响应、部分响应、小响应或稳定疾病> 6个月的比例。
[0033].无进展生存，如本文中使用的，其定义为由治疗开始到首次测量到癌症生长的时间。
[0034]?进展时间(Time to proRression, TTP),如本文中使用的，其涉及治疗疾病之后直至疾病开始转坏的时间。术语“进展”已在先前定义。
[0035]?六个月无进展生存或“PFS6”率，如本文中使用的，其涉及其中在开始治疗之后前六个月中无进展的对象百分比，以及
[0036].中位生存，如本文中使用的，其涉及参加研究的一半对象仍然活着的时间。
[0037]在本发明第一方法的一个具体的实施方案中，作为进展时间或无进展生存来测量临床响应。
[0038]本文中使用的术语“对象”是指归类为哺乳动物的所有动物并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类和人类(例如人、非人灵长类)、牛、马、猪、绵羊、山羊、狗、猫或啮齿动物。优选地，所述对象是任意年龄或种族的男性或女性。在本发明的情况中，所述对象是患有癌症或先前诊断为癌症的对象，优选地是患有NSCLC或先前诊断为NSCLC的对象。
[0039]术语“癌症”和“肿瘤”是指哺乳动物中以不受调节的细胞生长为特征的生理学病症。本发明的方法可用于任何癌症或肿瘤，例如但不限于乳腺、心脏、肺、小肠、结肠、脾、肾、膀胱、头、颈、卵巢、前列腺、脑、胰、皮肤、骨、骨髓、血液、胸腺、子宫、辜丸、肝胆和肝的肿瘤。特别地，可用本发明的方法预测其化疗响应的肿瘤包括腺瘤、血管肉瘤(angiosarcoma)、星形细胞瘤、上皮癌、生殖细胞瘤、成胶质细胞瘤、胶质瘤、血管内皮瘤(hemangioendothelioma)、血管肉瘤(hemangiosarcoma)、血肿、成肝细胞瘤、白血病、淋巴瘤、成神经管细胞瘤(medulloblastoma)、黑素瘤、成神经细胞瘤、肝胆癌、骨肉瘤、成视网膜细胞瘤、横纹肌肉瘤、肉瘤和畸胎瘤。特别地，所述肿瘤/癌症选自:肢端雀斑样黑素瘤(acral lentiginous melanoma)、光化性角化病(actinic keratosis)腺癌、腺样囊性癌、腺瘤、腺肉瘤、腺鳞癌、星形细胞肿瘤、巴氏腺癌(bartholin glandcarcinoma)、基底细胞癌、支气管腺癌、毛细管类癌、癌、癌肉瘤、胆管癌、囊腺瘤、内胚窦瘤(endodermal sinus tumor)、子宫内膜增生、子宫内膜间质肉瘤、子宫内膜样腺癌、室管膜肉瘤(ependymal sarcoma)、Swing肉瘤、局灶性结节性增生、生殖细胞肿瘤、成胶质细胞瘤、胰高血糖素瘤、成血管细胞瘤(hemangioblastoma)、血管内皮瘤、血管瘤、肝腺瘤、肝腺瘤病(hepatic adenomatosis)、肝细胞癌、肝胆癌、胰岛素瘤(insulinoma)、上皮内瘤形成(intraepithelial neoplasia)、上皮内鱗状细胞月中瘤(interepithelial squamous cellneoplasia)、侵袭性鳞状细胞癌、大细胞癌、平滑肌肉瘤、黑素瘤、恶性黑素瘤、恶性间皮肿瘤(malignant mesothelial tumor)、成神经管细胞瘤、髓质上皮瘤、黏液表皮样癌、成神经细胞瘤、神经上皮腺癌、结节性黑素瘤、骨肉瘤、浆液性乳头状腺癌、垂体瘤、浆细胞瘤、假肉瘤、肺胚细胞瘤(pulmona`ry blastoma)、肾细胞癌、成视网膜细胞瘤、横纹肌肉瘤、肉瘤、浆液性癌、小细胞癌、软组织癌、生长抑素分泌肿瘤、鳞癌、鳞状细胞癌、未分化癌、葡萄膜黑素瘤、抚状癌(verrucous carcinoma)、血管活性肠肽瘤(vipoma)、维尔姆斯瘤(Wilm’stumor)。甚至更优选地,所述肿瘤/癌症包括脑内癌、头颈癌、直肠癌、星形细胞瘤、成胶质细胞瘤、小细胞癌和非小细胞癌，优选非小细胞肺癌、转移性黑素瘤、雄激素非依赖性转移性前列腺癌、雄激素依赖性转移性前列腺癌和乳腺癌。在一个优选实施方案中，所述癌症选自肺癌、结肠癌、黑素瘤、胰腺癌、前列腺癌、胶质瘤、膀胱癌、卵巢癌、肝胆癌、乳腺癌和淋巴瘤。在一个更优选实施方案中，所述癌症是肺癌，优选非小细胞肺癌(NSCLC)。
[0040]本文中使用的术语非小细胞肺癌(NSCLC)是指因为其预后和控制大致相同而分组在一起的一组异质性疾病，并且根据世界卫生组织/国际肺癌研究协会的组织学分类(Travis WD 等.Histological typing of lung and pleural tumours.第 3 版.Berlin:Springer-Verlag, 1999)包括:
[0041](i)鱗状细胞癌(squamous cell carcinoma, SCC),占 NSCLC 的 30%至 40%,在较大的呼吸管中开始但是生长更缓慢，意味着这些肿瘤的大小在诊断中不同。
[0042](ii)腺癌是NSCLC的最常见亚型，占NSCLC的50%至60%，其在肺的气体交换表面附近开始并且包括细支气管肺泡癌这种可对治疗具有不同响应的亚型。
[0043](iii)大细胞癌是在肺表面附近生长的快速生长形式。其主要是排除诊断，并且当进行更多的调查时，其通常被再分类为鳞状细胞癌或腺癌。
[0044](iv)腺鳞癌是包含以下两种类型细胞的癌症类型:鳞状细胞(衬里于某些器官的薄的扁平细胞)和腺样细胞。
[0045](V)具有多形性、肉瘤样或肉瘤状元件的癌。这是一组反映组织学异质性连续体以及上皮和间质分化的稀有肿瘤。 [0046](vi)类癌肿瘤是缓慢生长的神经内分泌肺肿瘤并且始于能够对神经系统提供的刺激作出响应释放激素的细胞。
[0047](vii)唾液腺型癌，在位于肺的大气道内侧的涎腺细胞中开始。
[0048](viii)未分类癌，包括不符合上述肺癌分类中任何一种的癌症。
[0049]在一个优选实施方案中，NSCLC选自肺鳞状细胞癌、肺大细胞癌和肺腺癌。
[0050]根据本发明的预测性方法允许在具有不同NSCLC分期的患者中确定患有癌症之对象对化疗性治疗的临床响应，所述具有不同NSCLC分期的患者包括患I期NSCLC、II期NSCLC, III期NSCLC和IV期NSCLC的患者。肺癌的1、I1、III和IV期如下定义。
[0051]本文中使用的术语“I期NSCLC”是指存在于肺中的肿瘤，但是在胸部淋巴结中或在胸部外的其他位置中没有发现癌症。I期NSCLC通常基于肿瘤的大小或胸膜(沿肺外侧的衬里)的累及被再分为IA和IB期。在IA期中，肿瘤的大小为3厘米(cm)或更小并且最小程度地入侵附近组织(如果发生的话)。癌症没有扩散到淋巴结或任何远端位置。在IB期中，肿瘤的大小大于3cm，入侵肺周围的胸膜衬里，或者引起肺的一部分塌陷。癌症没有扩散到淋巴结或任何远端位置。IA期对应于TW分类的T1N0M0期。IB期对应于TW分类的 T2M0N0。
[0052]本文中使用的术语“II期NSCLC”是指已开始累及胸部内的淋巴结或已更广泛地入侵胸部结构和组织的癌症。但是，在胸部所累及侧之外不能发现扩散，并且癌症仍被认为是局部疾病。II期被再分为IIA和IIB期。IIA期是指3cm或更小并且已最小程度地入侵附近组织(如果发生的话)的肿瘤。累及胸部相同侧上的一个或更多个淋巴结，但是没有扩散到远端位置。IIB期分为两种情况:肿瘤大于3cm，一些入侵附近组织并且累及胸部相同侧上的一个或更多个淋巴结；或者癌症没有淋巴结累及，但是已入侵肺外侧的胸部结构或位于隆突(carina)(气管或携带空气进入肺的管分叉以到达右肺和左肺的点)的2cm内。IIA期对应于TNM分类的TlNlMO或T2N1M0期。IIB期对应于根据TNM的T3N0M0。
[0053]本文中使用的术语“III期NSCLC”是指比II期更广泛地入侵胸部中的组织的肿瘤，和/或扩散到纵隔膜中的淋巴结的癌症。但是，未检测到扩散(转移)至身体其他部分。III期被分为IIIA和IIIB期。IIIA期是指未入侵任何相邻器官的单个肿瘤或团块并且累及远离肿瘤但不在胸部外侧的一个或更多个淋巴结。IIIB期是指扩散至胸部的多于一个区域但不未扩散至胸部外侧的癌症。IIIA期对应于根据TNM分类的T1N2M0、T2N2M0、T3N1M0、T3N2M0.T4N0M0 或 T4N1M0。IIIB 期对应于根据 TNM 分类的 T1N3M0、T2N3M0、T3N3M0、T4N2M0或 T4N3M0。
[0054]本文中使用的术语“IV期NSCLC”是指扩散或转移至身体的不同位置的癌症，所述位置可包括肝、脑或其他器官。IV期对应于具有Ml的任何T或任何N。[0055]TW分类是恶性癌症的分期系统。本文中使用的术语“?M分类”是指Sobin等所定义的第 6 版 TNM 分期(国际抗癌联盟(International Union Against Cancer, UICC),TNM Classification of Malignant tumors,第6版.New York ;Springer,2002,第191-203页)(TNM6)和AJCC癌症分期手册第6版；第19章；肺-原始第167-177页，其中肿瘤按数种因素分类，即，对于肿瘤的T，对于淋巴结的N，对于转移的M，如下:
[0056]T:不可评估原发性肿瘤，或者通过唾液或支气管冲洗液中恶性肿瘤细胞的存在来证明但通过成像或支气管镜检观察不到的肿瘤。
[0057]-TO没有原发性肿瘤的证据；
[0058]-Tis 原位癌；
[0059]-Tl最大尺寸为3cm或更小的肿瘤，被肺或脏层胸膜包围，没有肺叶支气管更近端入侵的支气管镜检查证据(例如，没有入侵主支气管)；
[0060]-T2大于3cm但为7cm或更小的肿瘤或具有以下特征中任意一种的肿瘤(如果为5cm或更小，则具有这些特征的T2肿瘤分类为T2a):累及主支气管，距隆突2cm或更远；入侵脏层胸膜(PLl或PL2);伴有延伸至肺门区但不累及整个肺的肺不张或阻塞性肺炎；
[0061]-T3:大于7cm的肿瘤或者直接入侵以下中任意一种的肿瘤:壁层胸膜(PL3)、胸壁(包括上沟瘤(superior sulcus tumor))、横隔、膈神经、纵膈胸膜、心包壁层(parietalpericardium);或者主支气管中距隆突小于2cm远但不累及隆突的肿瘤；或者伴有整个肺或同一肺叶中单独肿瘤结节的肺不张或阻塞性肺炎；以及
[0062]-T4入侵以下任意一种的任意大小的肿瘤:纵隔、心脏、大血管、气管、喉返神经(recurrent laryngeal ne rve)、食管、椎体、隆突、不同的同侧肺叶中有单独的肿瘤结节。
[0063]N (局部淋巴结)
[0064]-NX不可评估局部淋巴结
[0065]-NO没有局部淋巴结转移
[0066]-NI转移到同侧支气管周围淋巴结和/或同侧肺门淋巴结和肺内结节中，包括通过直接延伸的累及
[0067]-N2转移到同侧纵隔淋巴结和/或隆突下淋巴结
[0068]-N3转移到对侧纵隔淋巴结、对侧肺门淋巴结、同侧或对侧斜角肌淋巴结或锁骨上淋巴结
[0069]M:远端转移
[0070]-MO没有远端转移
[0071]-MI远端转移
[0072]在一个优选实施方案中，NSCLC是晚期NSCLC。在另一个实施方案中，NSCLC是IIIA、IIIB 或 IV 期 NSCLCo
[0073]如之前所解释的，本发明的第一方法允许本领域技术人员预测患有癌症的对象对化疗性治疗的临床响应。
[0074]术语“治疗” 是指治疗性治疗以及预防性或防护方法，其中目的是防止或降低不想要的生理变化或疾病，例如癌症。有益或期望的临床结果包括但不限于症状的缓解、病程的缩短、稳定的病理状态(特别是不恶化)、疾病进展的延迟、病理状态的改善和缓解(部分和总体两种)，二者均可检测和不可检测。“治疗”也可意指与如果未施用治疗的期望生存相比延长生存。需要治疗的那些对象包括患癌症的那些，以及具有患癌症的倾向的那些。在一个优选实施方案中，需要治疗的那些对象包括患NSCLC的那些，以及具有患NSCLC之倾向的那些。
[0075]在本发明的上下文中，“化疗性治疗”是指用用于治疗癌症的抗肿瘤药或将多于一种的这些药物组合成细胞毒性标准化治疗方案的治疗。在本发明的上下文中，术语“化疗性治疗”包括任意的抗肿瘤剂，其包括用于治疗任意类型癌症及相关进程(例如血管生成或转移)的小有机分子、肽、寡核苷酸等。化疗的定义中包括的药物为(但不限于)烷化剂类例如氮芥类/氧氮环膦类(oxazaphosphorine)(例如，环磷酰胺、异环磷酰胺)、亚硝基脲类(例如，卡莫司汀)、三氮烯类(例如，替莫唑胺)和烷基磺酸酯(例如，白消安)、蒽环类抗生素如阿霉素和正定霉素、紫杉烷类如Taxol?和多西他赛、长春花生物碱类如新长春碱和长春碱、5-氟尿嘧唳(5-FU)、亚叶酸(Ieucovorin)、伊立替康、伊达比星、丝裂霉素C、奥沙利钼、雷替曲塞、培美曲塞(pemetrexed)、他莫昔芬、顺钼、卡钼、甲氨蝶呤、放线菌素D、米托蒽醌、博来霉素(blenoxane)、光神霉素(mithramycin)、甲氨蝶呤、紫杉醇、2-甲氧雌二醇、普马司他(prinomastat)、巴马司他(batimastat)、BAY12-9566、羧胺三唑(carboxyamidotriazole)、CC-1088、右美沙芬乙酸、二甲基咕吨酮乙酸、内皮抑素、頂-862、马立马司他(marimastat)、青霉胺、PTK787 / ZK222584、RP1.4610、乳酸角鲨胺、SU5416、沙利度胺、康普立停(combretastatin)、他莫昔芬、C0L-3、新伐司他(neovastat)、BMS-275291、SU6668、抗 VEGF 抗体、Med1-522 (Vitaxin II)、CA1、白介素 12、頂862、阿米洛利、血管抑素、血管抑素K1-3、血管抑素K1-5、卡托普利、DL-α - 二氟甲基鸟氨酸、DL-α - 二氟甲基鸟氨酸HC1、内皮抑素、烟曲霉素(fumagillin)、除莠霉素A(herbimycin A) >4- ψ?基苯基维甲酰胺(4-hydroxyphenylretinamide)、胡桃醌(juglone)、层黏连蛋白、层黏连蛋白六肽、层黏连蛋白五肽、熏草菌素Adavendustin A)、甲羟孕酮、米诺环素、胎盘核糖核酸酶抑制剂、苏拉明(suramin)、血小板反应蛋白(thrombospondin)、祀向促血管发生因子的抗体(例如，阿瓦斯汀(Avastin)、爱必妥(Erbitux)、维克替比(Vectibix)、赫赛汀(Herceptin))、拓扑异构酶抑制剂、抗微管剂、促血管发生生长因子的低分子量酪氨酸激酶抑制剂(例如特罗凯(Tarceva)、多吉美(Nexavar)、索坦(Sutent)、易瑞沙(Iressa))、GTP酶抑制剂、组蛋白脱乙酰化酶抑制剂、AKT激酶或ATP酶抑制剂、Wnt信号传导抑制剂、E2F转录因子抑制剂；mT0R抑制剂(例如驮瑞塞`尔(Torisel))、α、β和Y干扰素、IL-12、基质金属蛋白酶抑制剂(例如，C0L3、马立马司他(Marimastat)、巴马司他(Batimastat))、ZD6474、SUl 1248、vitaxin、PDGFR 抑制剂(例如，格列卫(Gleevec))、NM3 和 2-ME2、环肽例如西仑吉肽(cilengitide)。The Merck Index CD-ROM第13版中详细描述了另一些合适的化疗剂。
[0076]本发明中公开的方法可用于预测患有癌症之对象对化疗性治疗的响应。用于治疗癌症的治疗取决于癌症的具体类型。因此，下表1示出了癌症的不同种类及其对应的化疗性治疗。
[0077]表1.癌症及对应的一线化疗性治疗
[0078]
【权利要求】
1.用于预测患有癌症之对象对化疗性治疗之临床响应的体外方法，其包括确定来自所述对象的样品中胆碱激酶a (ChoKa)基因的表达水平。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括将ChoKa的表达水平与参考值进行比较，其中所述样品中ChoKa基因的表达水平相对于所述参考值的改变指示所述对象对所述化疗性治疗的不良临床响应或所述对象对所述化疗性治疗的良好临床响应。
3.根据权利要求2所述的体外方法，其中ChoKa表达水平的改变是所述表达水平相对于所述参考值的升闻，并且其中所述表达水平的升闻指不不良的临床响应；或者其中ChoK a表达水平的改变是所述表达水平相对于所述参考值的降低，并且其中所述表达水平的降低指示良好的临床响应。
4.用于为患有癌症之对象设计个体化治疗的体外方法，其包括确定来自所述对象的样品中胆碱激酶a (ChoKa)基因的表达水平。
5.根据权利要求4所述的体外方法，其中所述方法还包括将ChoKa的表达水平与参考值进行比较， 其中所述样品中ChoKa基因的表达水平相对于所述参考值的降低或不变指示所述对象是基于所述化疗性治疗之治疗的候选者， 或者 其中所述样品中ChoKa基因的表达水平相对于所述参考值的升高指示所述对象是用选自以下之治疗来进行治疗的候选者: (i) ChoK a抑制剂、 (?)叶酸抗代谢物、 (iii)抗微管剂、 (i V) EGFR靶向药物、 (v)以上(i)至(iv)中一种或更多种的组合。
6.根据权利要求5所述的体外方法，其中所述化疗性治疗是基于钼的化疗性治疗。
7.根据前述权利要求中任一项所述的体外方法，其中所述癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)。
8.根据权利要求7所述的体外方法，其中所述NSCLC选自肺鳞状细胞癌、肺大细胞癌和肺腺癌。
9.根据权利要求7或8中任一项所述的体外方法，其中所述NSCLC是晚期NSCLC，优选IIIA、IIIB 或 IV 期。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的体外方法，其中所述样品是组织样品，优选肿瘤组织样品，更优选肺肿瘤组织样品。
11.能够确定来自患有癌症之对象的样品中ChoKd基因之表达水平的试剂用于预测所述对象对化疗性治疗之临床响应或者用于为患有所述癌症之对象设计个体化治疗的用途。
12.根据权利要求11所述的用途，其中所述癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)。
13.根据权利要求11或12所述的用途，其中所述化疗性治疗是基于钼的化疗性治疗。
14.基于钼的化疗性治疗，其用于在对象中治疗NSCLC，其中所述对象的样品显示出与参考值相比低的或相等的ChoKa基因表达水平。
15.ChoKa抑制剂、叶酸抗代谢物、EGFR靶向药物或者以上一种或更多种的组合，其用于治疗患有NSCLC的对象，其中所述对象的样品显示出与参考值相比高的ChoK a基因表达水平。
16.用于鉴定可对选自以下之治疗作出响应的患者的体外方法: (i)胆碱激酶a(ChoKa)抑制剂、 (ii)叶酸抗代谢物、 (iii)抗微管剂、 (i V) EGFR靶向药物、和 (v)以上α)至αν)中一种或更多种的组合， 所述方法包括确定所述患者的样品中ChoKd基因的表达水平以及将所述水平与参考值进行比较， 其中所述样品中ChoKa基因的表达水平相对于所述参考值的升高指示所述患者可对所述治疗作出响应，或者 其中所述样品中ChoKa基因的表达水平相对于所述参考值的降低或不变指示所述患者不太可能对所述治疗作出响应。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述治疗是ChoKa抑制剂。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述ChoKa抑制剂是选自表2的化合物。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述ChoKa抑制剂具有以下结构或其可药用盐或溶剂合物:
20.根据权利要求16至19中任一项所述的方法，其中所述患者患有癌症。
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述癌症选自肺癌、乳腺癌、结肠癌和胰腺癌。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述癌症是肺癌。
23.根据权利要求22所述的方法，其中所述肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC)。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述NSCLC选自肺鳞状细胞癌、肺大细胞癌和肺腺癌。
25.根据权利要求23或24中任一项所述的方法，其中所述NSCLC是晚期NSCLC，优选ΙΙΙΑ、ΙΙΙΒ 或 IV 期。
26.根据权利要求16至25中任一项所述的方法，其中所述样品是组织样品，优选肿瘤组织样品，更优选肺肿瘤组织样品。
27.根据权利要求16至26中任一项所述的方法，其中所述ChoKa基因的表达水平通过测量由所述ChoK a基因编码的mRNA的水平或者ChoK a蛋白或其变体的水平来确定。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述mRNA表达水平通过定量PCR优选实时PCR来确定，和/或其中ChoKa蛋白或其变体的表达水平通过Western印迹或免疫组织化学来确定。
29.能够确定来自患者的样品中ChoKa基因之表达水平的试剂用于预测所述患者对选自以下之治疗的临床响应或无临床响应的用途: (i) ChoK a抑制剂、 (?)叶酸抗代谢物、 (iii)抗微管剂、 (i V) EGFR靶向药物、 (v)以上(i)至(iv)中一种或更多种的组合。
30.根据权利要求29所述的用途，其中所述治疗是ChoKa抑制剂。
31.根据权利要求30所述的用途，其中所述ChoKa抑制剂选自表2。
32.根据权利要求31所述的用途，其中所述ChoKa抑制剂具有以下结构或其可药用盐或溶剂合物:
33.根据权利要求19至31中任一项所述的用途，其中所述患者患有癌症。
34.根据权利要求32所述的用途，其中所述癌症选自肺癌、乳腺癌、结肠癌和胰腺癌。
35.根据权利要求34所述的用途，其中所述癌症是肺癌。
36.根据权利要求35所述的用途，其中所述癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)。
37.根据权利要求36所述的用途，其中所述NSCLC选自肺鳞状细胞癌、肺大细胞癌和肺腺癌。
38.根据权利要求36或37中任一项所述的用途，其中所述NSCLC是晚期NSCLC，优选IIIA、IIIB 或 IV 期。
39.根据权利要求29至38中任一项所述的用途，其中所述样品是组织样品，优选肿瘤组织样品，更优选肺肿瘤组织样品。
40.根据权利要求29至39中任一项所述的用途，其中所述ChoKa基因的表达水平通过测量由所述ChoK a基因编码的mRNA的水平或者ChoK a蛋白或其变体的水平来确定。
41.根据权利要求30所述的用途，其中所述mRNA表达水平通过定量PCR优选实时PCR来确定，和/或其中ChoKa蛋白或其变体的表达水平通过Western印迹或免疫组织化学来确定。
【文档编号】C12Q1/68GK103687964SQ201280035399
【公开日】2014年3月26日 申请日期:2012年6月20日 优先权日:2011年6月20日
【发明者】胡安·卡洛斯·拉卡尔圣胡安 申请人:特拉斯雷神诺癌症医药有限公司