HIF1A的RNAi介导的抑制用于治疗眼血管发生的制作方法

专利名称：：HIF1A的RNAi介导的抑制用于治疗眼血管发生的制作方法的抑制用于治疗目M^管发生发明领域本发明涉及干扰性RNA组合物领域，所述组合物用于抑制目血管发生中HIFlAmRNA编码的蛋白质低氧裔导因子-la(HIF-la)的表达，包括HIF-la的转录因子活性引起的那些细胞改变，所述表达直接或间接导致例如眼新血管形成、视网膜水肿、糖尿病性视网膜病变、与视网膜缺血相关的后遗症、后段新血管形成和新生血管性青光眼。发明背景糖尿病性视网膜病变(DR)是由于沿血管排列的细胞，即视网膜微血管内皮的改变在糖尿病中发生的眼疾病。在糖尿病期间，高血糖可以以多种方式引起损伤。例如，葡萄糖，或葡萄糖的代谢物结合到蛋白质的氨基，导致组织损害。此外，过量葡萄糖进入多元醇途径，导致山梨醇的积累。山梨醇不能被视网膜的细胞代谢并且可以促进高细胞内渗透压、细胞内水肿、受损的扩散、組织低氧、毛细血管细胞损伤，和毛细血管脆弱。糖尿病性视网膜病变涉及毛细血管基膜的增厚，其又可以阻止视网膜毛细血管中重要的血管周细胞类型一一周细胞接触内皮细胞。在糖尿病性视网膜病变期间，周细胞和内皮细胞死亡通过凋亡机理发生，其中周细胞的丧失可能增加毛细血管的通透性，并导致血-视网膜屏障的分解和血流失调。衰弱的毛细血管导致动脉瘤形成和进一步渗漏。高血糖的这些效应还可以损害视网膜中的神经元功能。DR与视网膜微动脉瘤、出血、渗出物和增生性视网膜炎有关，增生性视网膜炎即在视网膜的内表面上大量新血管和结締組织生长。糖尿病性视网膜病变可以是背景型的，渐进性特征为微动脉瘤;视网膜内点状出血；黄色蜡状渗出物；棉絮状渗出斑；和黄斑水肿。这是糖尿病视网膜病变的早期阶段，称作非增殖型糖尿病性视网膜病变。随着糖尿病诱导的微血管病理的i^艮，视网膜毛细血管最终变得阻塞并且导致视网膜内缺血低氧的多病灶区。非充满组织中的低氧状况引起HIF-la水平升高。HIF-I介导的基因表达的所得改变引起产生生长因子，所述生长因子能够刺激从现有的血管生长异常的新血管(血管发生)。这些病理性新血管生长到玻璃体中并且可以f1起视力丧失，其是称作增殖型糖尿病视网膜病变(PDR)的状况，因为新血管是脆弱的并且倾向于将血液渗漏到眼中。增殖型DR的特征是视网膜和视盘的新血管形成，其可以伸入玻璃体中，导致纤维组织增生、玻璃体出血和视网膜脱落。在称作新血管性青光眼的一类青光眼中也发生新血管形成，其中增加的眼内压由小梁网上的结締组织和新血管生长引起。新生血管性青光眼是房室角中新血管形成引起的一种形式的继发性青光眼。后段新血管形成(PSNV)是威胁视觉的病理，其是发达国家中后天性盲的两种最常见的原因渗出性老年性黄斑变性(AMD)和PDR。直到最近，在渗出性AMD期间发生的PSNV的唯一批准的治疗是激光光凝术或者使用VISUDYNETM的光动力学疗法。两种疗法都涉及阻塞受影响的脉管系统，其导致对视网膜的永久的激光诱导的损伤，并且不解决新血管形成的根本原因。新血管形成从相同区域的复发是普遍的。对于具有PDR的患者，用玻璃体切割术的外科手术和除去视网膜前膜以及称作广泛视网膜光凝术的激光疗法是当前可利用的用于防止产生更多新血管的唯一选择。当前的制药工作集中在抑制有效的血管形成因子如VEGF的效应，VEGF是受HIF-1调节的基因。最近，玻璃体内注射一种抗-VEGF抗体片段LUCENTIStm被批准用于治疗AMD。该抗体片段^皮设计成结合并抑制VEGF以抑制新血管形成。Lucentis在临床试验中也用于治疗糖尿病黄斑水胂。其他方法包括使用靶定VEGF或其受体的小干扰RNA。使用常规的小分子抑制剂破坏HIF-1转录因子和氧敏感性启动子中低氧应答元件之间的相互作用可能非常困难。像VEGF—样，认为HIF1A在经典的意义中不是"可作为药物的"。此外，HIF-1的各下游效应子如VEGF或RTP801的沉默可能仅仅部分阻断新血管形成。本发明处理上述问题并提供了靶定HIF1A的干扰RNA，HIF1A是涉及血管发生和血管通透性(水肿)的下游基因的转录控制基因。发明概述本发明涉及干扰RNA，其沉默HIF1AmRNA表达，从而降低HIF-1可诱导基因的转录活性，并通过实现降低眼的前血管发生和血管发生性细胞活性而治疗眼的血管发生。如本文所用的术语"眼的血管发生"包括眼的前血管发生状况和眼的血管发生状况，并且包括HIF1可诱导的基因的表达引起的那些细胞改变，其直接或间接导致例如眼血管发生、眼新血管形成、视网膜水肿、糖尿病性视网膜病变、与视网膜缺血相关的后遗症、PSNV，和新生血管性青光眼。本发明的干扰RNA可用于治疗具有例如目M^管发生、眼新血管形成、视网膜水肿、糖尿病性视网膜病变、与视网膜缺血相关的后遗症、后段新血管形成(PSNV)，和新生血管性青光眼的患者，或者处于发生此类疾病的患者。本发明的实施方案提供了减弱受试者中HIF1A靶mRNA表达的方法。该方法包括对受试者施用包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体的组合物。在一个实施方案中，施用于受试者的眼用于减弱人中目艮血管形成靶标的表达。在本发明的一个实施方案中，干扰RNA包含有义核苷酸链、反义核苷酸链和至少19个核苷酸的至少接近完全连续互补的区域。此外，反义链在在生理条件下与对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的部分杂交，SEQIDNO:l和SEQIDNO:2分别是编码HIF1A变体1和变体2的有义cDNA序歹'KGenBank检索号分别是NM—001530和NM_181054)。反义链具有与分别对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的杂交互补的至少19个核苷酸的区域。此类組合物的施用减弱了受试者的HIF1A靶标的表达。在本发明的一个实施方案中，将干扰RNAi殳计成耙定对应于SEQIDNO:l的mRNA,其包含核苷酸411、580、583、868、869、1099、1100、1242、1302、1371、1396、1559、1560、1809、2085、2087、2105、2138、2256、2358、2422、2636、2666、2743、2858、2861、3135、3544、3554、1943、1791、2351或1408。在本发明的另一个实施方案中，将千扰RNA^L计成靶定对应于SEQIDNO:2的mRNA，其包含核苷酸2360、2411、2420、2536、2539、2545、2616、2731、2734、3008或3427。本发明还提供了将第一种干扰RNA以及第二种干扰RNA施用于受试者的方法。该方法包括对受试者施用第二种干扰RNA，其具有19到49个核苷酸的长度并且包含有义核苷酸链、反义核苷酸链，和至少19个核苷酸的至少接近完全连续互补的区域；其中第二种干扰RNA的反义链在生理条件下与对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的第二个部分杂交，并且反义链具有与分别对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的第二个杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸的区域。此外，可以以类似的方式施用第三种、第四种或第五种等干扰RNA。本发明的另一实施方案是减弱受试者中HIFIA表达的方法，其包括对受试者施用包含有效量的具有19到49个核苷酸的单链干扰RNA和药学上可接受的载体的组合物。为了减弱HIF1A的表达，单链干扰RNA在生理条件下与对应于SEQIDNO:l的mRNA的部分杂交，所述部分包含核苦酸411、580、583、868、869、1099、1100、1242、1302、1371、1396、1559、1560、1809、2085、2087、2105、2138、2256、2358、2422、2636、2666、2743、2858、2861、3135、3544、3554、1943、1791、2351或1408，并且干扰RNA具有与对应于SEQIDNO:l的mRNA的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸的区域。在另一实施方案中，为了减弱HIF1A的表达，单链干扰RNA在生理条件下与对应于SEQIDNO:2的mRNA的部分杂交，所述部分包含核苷酸2360、2411、2420、2536、2539、2545、2616、2731、2734、3008或3427。借以减弱HIF1A的表达。本发明的另一实施方案是治疗需要其的受试者中的眼血管发生的方法。该方法包括对受试者的眼施用包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体的组合物，所述干扰RNA包含有义核苷酸链、反义核苷酸链，和至少19个核苷酸的至少接近完全连续互补的区域。反义链在生理条件下与对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的部分杂交，并且具有与分别对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苦酸的区域。从而治疗目Mt管发生。本发明的另一实施方案是治疗需要其的受试者中的眼血管发生的方法，该方法包括对受试者的眼施用包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的千扰RNA和药学上可接受的载体的组合物，所述干扰RNA包含至少13个连续核苷酸的区域，其与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:51任一个的mRNA的3，末端的倒数笫二位的13个核苷酸有至少卯％序列互补性，或者至少卯％序列同一性，其中借以治疗目艮血管发生。本发明的另一实施方案是减弱受试者中HIF1A靶mRNA表达的方法，其包括对受试者施用包舍有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体的組合物，其中所述干扰RNA包含至少13个连续核苷酸的区域，其与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:51任一个的mRNA的3'末端的倒数第二位的13个核苷酸有至少90%序列互补性，或者至少卯％序列同一性。在本发明的另一实施方案中，所述连续核苷酸区域是至少14个连续核苷酸区域，其与对应于序列标识符鉴定的序列的mRNA的3，末端的倒数第二位的14个核苷酸有至少85%序列互补性，或者至少85%序列同一性。在本发明的再一个实施方案中，所述连续核苷酸区域是至少15、16、17或18个连续核苷酸的区域，其与对应于序列标识符鉴定的序列的mRNA的3，末端的倒数第二位的15、16、17或18个核苷酸有至少80%序列互补性，或者至少80%序列同一性。本发明的另一实施方案是治疗需要其的受试者中的眼血管发生的方法，该方法包括对受试者施用包含双链siRNA分子的组合物，所述双链siRNA分子通过RNA干扰下调HIF1A基因的表达，其中siRNA分子的每条链独立地为约19到约27个核苷酸长度；并且siRNA分子的一条链包含与对应于HIF1A基因的mRNA具有实质互补性的核苷酸序列，从而该siRNA分子通过RNA干扰指导mRNA的切割。包含具有19到49个核苷酸长度并且具有SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:51任一个的核苷酸序列或者其互补序列的干扰RNA,和药学上可接受的载体的药物组合物是本发明的一个实施方案。在一个实施方案中，干扰RNA是分离的。术语"分离的，，指干扰RNA没有它的总的天然环境。本发明的另一实施方案是包含双链siRNA分子的组合物，所述双链siRNA分子通过RNA干扰下调HIF1A基因的表达，其中siRNA分子的每条链独立地为约19到约27个核苷酸长度；并且该siRNA分子的一条链包含具有与对应于HIF1A基因的mRNA的实质互补性的核苷酸序列，从而，siRNA分子通过RNA干扰指导mRNA的切割。如本文所述的任一实施方案在制备减弱HIF1AmRNA的表达的药物中的用途也是本发明的实施方案。附图筒述附图提供了用HIFlAsiRNA弁l、#3、#5和#6、无RISC的对照siRNA(每种为10nM、1nM和0.1nM);10nM的非寻乾对照siRNA(NTC2);和緩冲液对照(-siRNA)转染的HeLa细胞的HIF-la蛋白质印迹。箭头指出93-kDaHIF-la蛋白质和42-kDa肌动蛋白蛋白质带的位置。发明详述RNA干扰(RNAi)是用双链RNA(dsRNA)沉默基因表达的一种过程。不希望被理论束缚，RNAi以RNA酶III样酶切丁酶将较长dsRNA切割成小的干扰RNA(siRNA)开始。siRNA是dsRNA，其长度通常为约19到28个核苷酸，或者20到25个核苷酸，或者21到22个核苷酸，并且通常含有2个核苷酸的3，突出端，和5，磷酸和3，羟基末端。siRNA的一条链掺入到称作RNA诱导性沉默复合物(RISC)的核糖核蛋白复合物。RISC使用该siRNA链鉴定与掺入的siRNA链至少部分互补的mRNA分子，然后切割这些耙mRNA或者抑制它们的翻译。因此，掺入RISC的siRNA链被称作$1导链或者反义链。另一siRNA链称作过客链或者有义链，被从siRNA清除并且与靶标mRNA至少部分同源。本领域技术人员将认识到siRNA的任一链可以掺入到RISC中并且作为引导链发挥功能。然而，siRNA设计(例如，在反义链的5，末端的降低的siRNA双链体稳定性)可以有利于反义链掺入到RISC中。具有与引导链至少部分互补的序列的mRNA的RISC介导的切割导致该mRNA和该mRNA编码的对应的蛋白质的稳态水平的降低。备选地，RISC也可以通过翻译阻抑降低对应蛋白质的表达而不切割耙标mRNA。其他RNA分子和RNA样分子也可以与RISC和沉Jlt基因表ii^目互作用。可以与RISC相互作用的其他RNA分子的实例包括短发夹RNA(shRNA)、单链siRNA、微小RNA(miRNA)和切丁酶底物27聚体双链体。除非另外指出，如本文所用的术语"siRNA"指双链干扰RNA。可以与RISC相互作用的RNA样分子的实例包括含有一个或多个化学修饰的核苷酸、一个或多个脱氧核糖核苷酸，和/或一个或多个非磷酸二酯键的RNA分子。为了本讨论的目的，将可以与RISC相互作用并且参与基因表达中RISC介导的改变的所有RNA和RNA样分子都称作"干扰RNA"。因此，siRNA、shRNA、miRNA和切丁酶底物27聚体双链体是"干扰RNA"的子集。本发明实施方案的千扰RNA对于耙标mRNA的切割似乎以催化的方式作用，即，干扰RNA能够以亚化学计量的量实现靶标mRNA的抑制。与反义疗法相比，需要显著较少的干扰RNA来在此类切割条件下提供治疗效果。本发明涉及千扰RNA抑制低氧诱导性因子1A(HIF1A)的表达的用途，从而干扰许多基因的转录，所述基因否则将应答减少的氧张力而被诱导。根据本发明，外源提供或者内源表达的在本文给出的干扰RNA在沉默HIFlAmRNA中尤其有效。除非另外指出，本文引用的核酸序列以5，到3，的方向书写。如本文所用的术语"核酸"指DNA或RNA或其修饰形式，其包含DNA中存在的嘌呤或嘧啶(腺嘌呤"A"、胞嘧啶"C"、鸟嘌呤"G"、胸腺嘧啶"T，，)或者RNA中的嘌呤或嘧咬(腺嘌呤"A"、胞嘧啶"C"、乌嘌呤"G"、尿嘧啶"U")。本文提供的干扰RNA可以包含"T"碱基，尤其在3，末端，尽管"T"碱基通常不在RNA中存在。"核酸"包括术语"寡核苷酸"和"多核苷酸"并且可以指单链分子或双链分子。双链分子通过A和T碱基、C和G碱基，和A和U碱基之间的沃森-克里克碱基配对形成。双链分子的链可以相互部分、基本上或者完全互补并且将形成双链体杂交分子，其成键强度取决于碱基序列互补性的性质和程度。mRNA序列可以从对应DNA序列的序列容易地推导。例如，SEQIDNO:1提供了对应于HIF1A变体1的mRNA的DNA的有义链序列。mRNA序列与DNA有义链相同，只是以"U"碱基代替"T，，碱基。因此，HIF1A变体1的mRNA从SEQIDNO:l知道并且HIF1A变体2的mRNA序列从SEQIDNO:2知道。低氧诱导因子-lmRNA(HIFlA变体1和变体2):低氧诱导因子(HIF-l)是转录因子，其造成应答降低的氧张力的许多基因表达的改变。HIF-l是分别由HIF1A和ARNT编码的oc和P亚基组成的异二聚体。至少两种HIF-1可诱导的基因涉及视网膜中病理性新血管形成，包括VEGF和(REDD1)。因此，在本文提供HIFIA表达的抑制以减弱此类基因的转录和基因产物的活性。在ncbi.nlm.nih.gov的国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation)的GenBank数据库以检索号NM_001530提供了HIFIA变体1的DNA序列，其在"序列表"中以SEQIDNO:l提供。SEQIDNO:l提供了对应于编码HIFIA变体1的mRNA的DNA的有义链序列(只是用"T"碱基代替"U"碱基)。HIFIA变体1的编码序列为核苦酸285-2765。上述HIFIA变体1mRNA序列的等同物是其选择性剪接形式、等位基因形式、同工酶或者同族序列。同族序列是来自另一哺乳动物物种的与SEQIDNO:l同源的HIFIAmRNA(或者直向同源物)。在ncbi.nlm.nih.gov的国家生物技术信息中心的GenBank数据库以检索号NM—181054提供了HIFIA变体2的DNA序列，其在"序列表"中以SEQIDNO:2提供。SEQIDNO:2提供了对应于编码HIFIA变体2的mRNA的DNA的有义链序列(只是以"T"碱基代替"U"碱基)。HIFIA变体2的编码序列为从核苦酸285-2492。上述HIF1A变体2mRNA序列的等同物是其选择性剪接形式、等位基因形式、同工酶或者同族序列。同族序列是来自另一哺乳动物物种的与SEQIDNO:2同源的HIFIA变体2mRNA(直向同源物)。减弱mRNA的表达如本文所用的术语"减弱mRNA的表达"指施用或表达一定量的干扰RNA(例如，siRNA)以减少靶标mRNA向蛋白质的翻译，尽管通过mRNA切割或者通过翻译的直接抑制。耙标mRNA或者对应蛋白质表达的减少通常被称作"击倒"并且相对于施用或表达非寻靶对照RNA(即，非寻耙对照siRNA)后存在的水平报告。本文的实施方案设想包括和50%到100%之间的量的表达击倒。然而，不必为了本发明的目的实现此类击倒水平。在一个实施方案中，施用耙定HIFIAmRNA的单一干扰RNA以减少HIFIA的产生。在其他实施方案中，施用靶定HIFIA耙标的两种或多种干扰RNA以降低表达。在其他实施方案中，施用靶定HIFIA变体1靶标的第一种干扰RNA和靶定HIFIA变体2靶标的笫二种干扰RNA以降低HIFIA表达。通常通过用定量聚合i^涟式反应(qPCR)扩增测量mRNA水平或者通过蛋白质印迹或者酶联免疫吸附测定(ELISA)测量蛋白质水平来评估击倒。分析蛋白质水平提供了mRNA切割以及翻译抑制的评估。用于测量击倒的其他技术包括RNA溶液杂交、核酸酶保护、northern杂交、用微阵列进行基因表达监测、抗体结合、放射免疫测定法，和荧光激活的细胞分析。例如，也通过观察眼血管发生症状的改善，如视网膜水胂、糖尿病性视网膜病变、视网膜缺血或后段新血管形成(PSNV)的改善，推论人或哺乳动物中本文引用的靶标的抑制。干扰RNA:在本发明的一个实施方案中，干扰RNA(例如，siRNA)具有有义链和反义链，并且有义链和反义链包含至少19个核苷酸的至少接近完全连续互补的区域。在本发明的进一步的实施方案中，干扰RNA(例如，siRNA)具有有义链和反义链，并且反义链包含与HIFlAmRNA的耙序列的至少19个核苷酸的至少接近完全连续互补的区域，有义链包含与HIF1AmRNA的耙序列具有至少19个核苷酸的至少接近完全连续同一性的区域。在本发明的进一步的实施方案中，干扰RNA包含分别与mRNA内的对应的耙序列的3，末端的倒数第二位的13、14、15、16、17或18个核苷酸具有一定百分比的序列互补性或者一定百分比的序列同一性的至少13、14、15、16、17或18个连续核苷酸的区域。干扰RNA的每条链的长度包含19到49个核苷酸，并且可以包含19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48或49个核苷酸长度。siRNA的反义链是siRNA的活性引导剂，因为反义链掺入到RISC中，从而允许RISC鉴定与该反义siRNA至少部分互补的耙标mRNA用于切割或翻译抑制。在本发明的一个实施方案中，使用可利用的设计工具选择靶标mRNA序列内的干扰RNA扭序歹'J(例如，siRNA耙序列)。然后通过转染表达耙mRNA的细胞，接着如上述评估击倒，来测试对应于HIF1A耙序列的干扰RNA。选择siRNA的靼序列的技术由Tuschl，T.等人，"ThesiRNAUserGuide，"(2004年5月6日修订，可以在RockefellerUniversity网站获取)；技术^^艮#506，"siRNADesignGuidelines,"AmbionInc(Ambion的网站)；和其他基于网页的i殳计工具，例3n在Invitrogen、Dharmacon、IntegratedDNATechnologies,Genscript或Proligo提供。最初的搜索参数可以包括35%到55%之间的G/C含量和19到27个核苷酸的siRNA长度。耙序列可以位于mRNA的编码区或者5，或3'非翻译区中。HIF1A变体1和HIV1A变体2共同的19个核苷酸的DNA耙序列的实施方案在SEQIDNO:l的核苷酸411到429中给出5'-CAGTTGCCACTTCCACATA—3*SEQIDNO:3本发明的靶定SEQIDNO:3的对应的mRNA序列并且具有21个核苷酸链和2个核苷酸的3'突出端的siRNA是5'-CAGUUGCCACUUCCACAUANN-3'SEQIDNO"3'-NNGUCAACGGUGAAGGUGUAU-5'SEQIDNOs5。每个"N"可以是任何核苷酸(A、C、G、U、T)或者修饰的核苷酸。3，末端可以具有许多"N"残基，包括l、2、3、4、5和6个。在任一链上的"N"残基可以是相同的残基(例如，UU、AA、CC、GG或TT)或它们可以是不同的(例如，AC、AG、AU、CA、CG、CU、GA、GC、GU、UA、UC或UG)。3，突出端可以是相同的或者它们可以是不同的。在一个实施方案中，两条链都具有3，UU突出端。本发明的靶定SEQIDNO:3的对应的mRNA序列并且具有21个核苷酸链和3'UU突出端的siRNA是5'-CAGUUGCCACUUCCACAUAUU-3'SEQIDNO:63'—UtJGUCAACGGUGAAGGUGUAU-5'SEQIDNOs7干扰RNA也可以具有5，突出端核苷酸或者它可以具有平末端。本发明的靶定SEQIDNO:3的对应的mRNA序列并且具有19个核苷酸链和平末端的siRNA是5'-CAGUUGCCACmJCCACAUA-3'SEQIDNO;523'-GUCAACGGUGAAGGUGUAU-5*SE<2IDNfOs53。双链干扰RNA(例如，siRNA)的链可以连接以形成发夹或者茎环结构(例如，shRNA)。本发明的靶定SEQIDNO:l的对应的mRNA序列并且具有19bp双链茎环区和3，UU突出端的shRNA是NNN/\5--CAGUtJGCCAClTOCCACAUAN3'-UUGUCAACGGUGAAGGUGUAUNSEQIDNO:8/NNN。N是核苷酸A、T、C、G、U,或者本领域技术人员已知的修饰形式。环中核苷酸N的数目是3到23、或5到15、或7到13、或4到9、或9到ll之间并且包括端点的数字，或者核苦酸的数目是9。环中一些核普酸可以参与与环中其他核苷酸的碱基对相互作用。可以用于形成环的寡核苷酸序列的实例包括5，-UUCAAGAGA-3，(Brummelkamp，T.R等人(2002)Science296:550)和5，-UUUGUGUAG-3，(Castanotto，D.等人(2002)RNA8:1454)。本领域技术人员将认识到所得的单链寡核苷酸形成茎环或者发夹结构，其包含能够与RNAi机器相互作用的双链区。上面鉴定的siRNA耙序列可以在3，末端延伸以方便切丁酶底物27聚体双链体的设计。在HIF1ADNA序列(SEQIDNO:l)中鉴定的19个核苷酸的DNA耙序列(SEQIDNO:3)延伸6个核苷酸产生了存在于SEQIDNO:l的核苷酸411到435的25个核苷酸的DNA耙序列5'-CAGTTGCCACTTCCACATAATGTGA-3'SE(JIDNO:5、用于靶定SEQIDNO:54的对应的mRNA序列的本发明的切丁酶底物27聚体双链体为5"CAGUUGCCACUUCCACAUAAUGUGA-3'SEQIDNOs553'-UUGUCAACGGUGAAG(3UGUAUUACACUSEQIDNOs56。有义链的3'末端的两个核苷酸(即，SEQIDNO:55的GA核苷酸)可以是用于增强的加工的脱氧核苷酸。如本文提供的切丁酶底物27聚体双链体从19-21个核苦酸乾序列的设计由IntegratedDNATechnologies(IDT)网站和Kim，D.-H.等人(February,2005)NatureBiotechnology23:2;222-226进一步讨论。当通过化学合成产生干扰RNA时，在一条或两条链的5'末端核苷酸的5，位的磷酸化(当存在时)可以增强siRNA功效和结合的RISC复合体的特异性，但是不是所需的，因为可以在细胞内发生磷酸化。表1分别列出了SEQIDNO:l和SEQIDNO:2的HIF1A变体1和变体2DNA耙序列的实例，从所述耙序列以上述方式设计本发明的siRNA。HIFlA编码低氧诱导因子loc，如上述。表1.用于siRNA的HIF1A耙序列<table>tableseeoriginaldocumentpage133</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table>如上面实施例中引用的，本领域技术人员使用表1中提供的靶序列信息，并且通过参考SEQIDNO:l或SEQIDNO:2中的序列位置和加入或缺失分别与SEQIDNO:l或SEQIDNO:2互补或者接近互补的核苷,列，能够设计具有比表l中提供的序列更长或更短长度的干扰RNA。通过siRNA和其他形式的干扰RNA引导的靶标RNA切割反应是高度序列特异性的。通常，含有序列与耙标mRNA的部分相同的有义核苷酸链和与靶标mRNA的部分精确互补的反义核苷酸链的siRNA是用于抑制本文引用的mRNA的siRNA实施方案。然而，反义siRNA链和靶标mRNA之间或者反义siRNA链和有义siRNA链之间100%序列互补性不是实施本发明所需的。从而，例如，本发明允许序列变异，其可以预期是由于遗传突变、菌林多态性或者进化趋异。在本发明的一个实施方案中，siRNA的反义链具有与靶标mRNA至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸。如本文所用的，"接近完全"指siRNA的反义链与耙标mRNA的至少部分"基本上互补"并且siRNA的有义链与靶标mRNA的至少部分"基本上同一"。如本领域普通技术人员所知的"同一性"是如通过匹配序列之间核苷酸的顺序和同一性确定的核苷酸序列之间的序列相关性程度。在一个实施方案中，与耙标mRNA序列具有80%和80到100%互补性，例如85%、卯%或95%互补性的siRNA的反义链被认为是接近完全互补并且可以用于本发明中。"完全，，连续互补性是相邻碱基对的标准沃森-克里克碱基配对。"至少接近完全"连续互补性包括如本文所用的"完全"互补性。设计用于确定同一性或互补性的计算机方法以鉴定核苷酸序列的最大的匹配程度，例如，BLASTN(Altschul，S.F.，等人(1990)J.Mol.Biol.215:403-410)。术语"百分比同一性"描述第一个核酸分子中与第二个核酸分子中相同长度的一组连续核苷酸相同的连续核普酸的百分比。术语"百分比互补性"描述第一个核酸分子中可以与第二个核酸分子中一组连续核苷酸在沃森-克里克意义上碱基配对的连续核苷酸的百分比。靶标mRNA(有义链)和siRNA的一条链(有义链)之间的关系是同一性关系。将siRNA的有义链也称作过客链(如果存在)。靶标mRNA(有义链)和siRNA的另一条链(反义链)之间的关系是互补性关系。将siRNA的反义链也称作引导链。以5，到3，方向书写的核酸序列中倒数第二位碱基是与最后一个碱勤目邻的碱基，即3，碱基相邻的碱基。以5，到3，方向书写的核酸序列的倒数第二位13个碱基是与3'碱基相邻的最后13个碱基的序列并且不包括3，碱基。类似地，以5，到3，方向书写的核酸序列的倒数笫二位的14、15、16、17、或18个碱基是分别与3'碱基相邻的最后14、15、16、17、或18个碱基并且不包括3，碱基。短语"与对应于任一(序列标识符)的mRNA的3，末端的倒数第二位13个核苷酸具有至少卯％序列互补性或者至少90%序列同一性的至少13个连续核苷酸的区域，，允许一个核苷酸替代。在这种短语中不包括两个核苷酸替代(即，11/13=85%同一性/互补性)。在本发明的一个实施方案中，连续核苷酸区域是与对应于每个序列标识符鉴定的序列的mRNA的3'末端的倒数第二位14个核苷酸具有至少85%序列互补性或者至少85%序列同一性的至少14个连续核苷酸的区域。在这种短语中包括两个核普酸替代(即，12/14=86。/。同一性/互补性)。在本发明的另一实施方案中，连续核苷酸的区域是与对应于序列标识符鉴定的序列的mRNA的3'末端的倒数第二位14个核苷酸具有至少80%序列互补性或者至少80%序列同一性的至少15、16、17或18个连续核苷酸的区域。在这种短语中包括三个核苦酸替代。对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA中的耙序列可以在mRNA的5，或3'非翻译区中或者mRNA的编码区中。双链千扰RNA的一条或两条链可以具有1到6个核苦酸的3，突出端，所述核苷酸可以是核糖核苷酸或者脱氧核糖核苷酸或者其混合物。突出端的核苷酸不是碱基配对的。在本发明的一个实施方案中，干扰RNA包含TT或UU的3，突出端。在本发明的另一实施方案中，干扰RNA包含至少一个平末端。末端通常具有5，磷酸基团或者3，羟基基团。在其他实施方案中，反义链具有5，磷酸基团，有义链具有5，羟基基团。在其他实施方案中，通过共价加入其他分子或官能团进一步修饰末端。双链siRNA的有义和反义链可以为如上述的两个单链的双链体形式或者可以是单个分子，其中互补性区域是碱基配对的并且通过发夹环共价连接，从而形成单链。认为发夹通过称作切丁酶的蛋白质在细胞内切割，形成两个单独碱基配对的RNA分子的干扰RNA。干扰RNA可以通过加入、缺失、替代或l务饰一个或多个核苷酸而与天然存在的RNA不同。非核苷酸材料可以结合到干扰RNA的5，末端、3，末端或者内部。通常设计此类修饰以增加干扰RNA的核酸酶抗性，提高细胞摄入，增强细胞寻靶，帮助示踪干扰RNA,进一步提高稳定性，或者降低干扰素途径活化的潜力。例如，干扰RNA可以在突出端的末端包含噤呤核苷酸。通过例如吡咯烷接头将胆固醇缀合到siRNA分子的有义链的3'末端为siRNA提供了稳定性。27其他修饰包括例如3，末端生物素分子、已知具有细胞穿透性质的肽、纳米颗粒、肽模拟物、荧光染料，或者树状聚体。核苷酸可以在它们的碱基部分、在它们的糖部分、或者在该分子的磷酸部分被修饰并且在本发明的实施方案中发挥功能。修饰包括例如用烷基、烷氧基、氨基、脱氮杂、卤素、羟基、硫羟基或者其组合取代。核苷酸可以用具有更大稳定性的类似物取代，如用脱氧核糖核苷酸取代核糖核苷酸，或者具有糖修饰，如用2，氨基、2，0-曱基、2，甲氧基乙基，或者2，-0,4，-C亚甲基桥取代2，OH基团。核苷酸的嘌呤或嗜啶类似物的实例包括黄噪呤、次黄嘌呤、氮杂嘌呤、甲^^t代腺嘌呤、7-脱氮杂-腺苷和0-和N-修饰的核苷酸。可以用氮或者硫(硫代磷酸酯)取代磷酸基团的一个或多个氧来修饰核苷酸的磷酸基团。修饰可用于例如增强功能、提高稳定性或通透性，或者指导定位或寻靶。可以存在不与SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的部分互补的反义干扰RNA链的一个或多个区域。非互补区可以在互补区的3，或5，端或两端或者在两个互补区之间。干扰RNA可以通过化学合成、体外转录或用切丁酶或具有相似活性的另一合适的核酸酶切割较长的双链RNA外源地产生。使用常规的DNA/RNA合成仪从受保护的核糖核香亚磷酖胺产生的化学合成的干扰RNA可以从供应商如AmbionInc.(Austin,TX)、Invitrogen(Carlsbad,CA)，或Dharmacon(Lafayette,CO)得到。通过例如用溶剂或树脂提取、沉淀、电泳、层析或者其组合纯化干扰RNA。备选地，干扰RNA可以进行4艮少的纯化(如果使用)以避免由于样品处理导致的损失。干扰RNA也可以从质粒或病毒表达载体或者从最小的表达盒内源地表达，所述表达盒为例如，PCR产生的片段，其包含一个或多个启动子和千扰RNA的一个或多个合适的模板。用于shRNA的通过商业途径可获得的基于质粒的表达载体的实例包括pSilencer系列的成员(Ambion，Austin,TX)和pCpG-siRNA(InvivoGen，SanDiego，CA)。用于表达干扰RNA的病毒载体可以从多种病毒得到，包括腺病毒、腺伴随病毒、慢病毒(例如，HIV、FIV和EIAV)，和泡渗病毒。用于shRNA表达的通过商业途径可获得的病毒载体的实例包括pSilenceradeno(Ambion，Austin,TX)和pLenti6/BLOCK-iTTM-DEST(Invitrogen，Carlsbad,CA)。病毒载体的选择、从载体表达干扰RNA的方法和递送病毒载体的方法是本领域技术人员能力之内的。用于产生PCR产生的shRNA表达盒的试剂盒的实例包括SilencerExpress(Ambion,Austin,TX)和siXpress(Minis,Madison,WI)。可以通过从能够表达第一种干扰RNA的第一种表达载体体内表达施用第一种干扰RNA，并且可以通过从能够表达第二种干扰RNA的第二种表达载体体内表达施用第二种千扰RNA，或者可以通过从能够表达两种干扰RNA的单个表达载体体内表达施用两种干扰RNA。可以从本领域技术人员已知的多种真核启动子表达干扰RNA,所述启动子包括polIII启动子，如U6或H1启动子，或者polll启动子，如巨细胞病毒启动子。本领域技术人员将认识到可以改造这些启动子以允许可诱导地表达干扰RNA。在生理条件下杂交在本发明的一些实施方案中，干扰RNA的反义链作为RISC复合体的部分在体内与mRNA杂交。"杂交"指具有互补或接近互补的碱基序列的单链核酸相互作用形成称作杂交分子的氢键结合的复合体的过程。杂交反应是灵敏的和选择性的。在体外，杂交的特异性(即，严格性)通过例如预杂交或杂交溶液中盐或曱酰胺的浓度，和通过杂交温度控制；此类步骤是本领域公知的。具体地，通过降低盐浓度、增加甲酰胺浓度或者升高杂交温度增加严格性。例如，可以在约50%甲酰胺、37'C到42C下发生高严格条件。可以在约35%到25%曱酰胺、30'C到35'C的条件下发生降低的严格性条件。杂交的严格性条件的实例在Sambrook，J.，1989，MolecularCloning:ALaboratoryManual,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,N.Y中提供。严格杂交条件的其他实例包括400mMNaCl，40mMPIPESpH6.4，1mMEDTA，50"C或70'C下12-16小时接着洗涤，或者在70"C下1XSSC中或者50X:下1XSSC，50%曱酰胺中杂交，接着在0,3XSSC中70°C下洗涤，或者在4XSSC中70°C下或者4XSSC，50%甲酰胺中50'C下杂交，接着在67'C下1XSSC中洗涤。杂交温度比杂交分子的解链温度(TJ低5-10"C，其中对于长度为19到49个碱基对的杂交分子，使用下面的计算确定T加Tm€=81.5+16.6(log10[Na+)+0.41(%G+C)-(600/N),其中N是杂交分子中碱基数目，[Na+是杂交緩沖液中钠离子浓度。上述体外杂交测定法提供了预测候选siRNA和靶标之间的结合是否将具有特异性的方法。然而，在RISC复合物的背景中，用在体外杂交不表现出高严格性的反义链也可以发生对靶标的特异切割。单链干扰RNA:如上面引用的，干扰RNA最终作为单链发挥功能。已经发现单链(ss)干扰RNA实现mRNA沉默，尽管效率比双链siRNA的低。因此，本发明的实施方案也提供了ss干扰RNA的施用，所述ss干扰RNA在生理条件下与SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的一部分杂交并且具有分别与SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸的区域。与上面引用的dssiRNA—样，ss干扰RNA具有19到49个核苷酸的长度。ss干扰RNA具有5'磷酸或者在5'位置原位或体内磷酸化。术语"5，磷酸化的"用于描述例如多核苷酸或寡核苷酸，其具有通过酯键连接到该多核苷酸或寡核苷酸的5，末端的糖(例如，核糖、脱氧核糖或者它们的类似物)的C5羟基。与ds干扰RNA—样，ss干扰RNA通过化学合成或者通过体外转录或者从载体或表达盒内源表达。5，磷酸基团可以通过激酶加入，或者5，磷酸可以是RNA的核酸酶切割的结果。递送与ds干扰RNA—样。在一个实施方案中，施用具有受保护的末端和核酸酶抗性々务饰的ss干扰RNA用于沉默。可以将ss干扰RNA干燥用于保存或者溶解在水性溶液中。溶液可以含有緩沖剂或盐以抑制退火或用于稳定。发夹干扰RNA:发夹干扰RNA是单个分子(例如，单个寡核苷酸链)，其在茎环或发夹结构(例如，shRNA)中包含干扰RNA的有义链和反义链。例如，shRNA可以从DNA载体表达，所述载体中，编码有义干扰RNA区连接到编码反向互补的反义干扰RNA链的DNA寡核普酸。如果选择的表达载体需要，那么可以加入3，末端T和形成限制性位点的核苷酸。所得的RNA转录物自身向后折叠形成茎环结构。施用方式例如，可以通过气雾剂、含服、皮肤、皮内、吸入、肌内、鼻内、眼内、肺内、静脉内、腹膜内、经鼻、眼、口、耳、肠胃外、贴剂、皮下、舌下、局部或者经皮施用递送干扰RNA。可以通过眼组织注射，如眼周、结膜、目艮球筋膜下(subtenon)、前房内(intracameral)、玻璃体内、目艮内、视网膜下、结膜下、目狄后、或者小管内注射将干扰RNA直接递送到眼中；或者使用导管或者其他放置装置，如视网膜弹丸剂、眼内插入物、栓剂或者包含多孔的、非多孔的或者凝胶状材料的植入物直接应用于眼；通过局部眼滴剂或者软骨剂；或者通过盲路中的緩释装置或者植入巩膜附近(经巩膜)或者眼中进行递送。前眼房注射可以通过角膜注射到前房中以允许活性剂到达小梁网。小管内注射可以注射到静脉集合管引流输淋管或者注射到输淋管中。受试者需要治疗目M^管发生或者处于患眼血管发生的危险中的受试者是具有如本文引用的与HIF1A的不希望的或者不合适的表达或活性相关的目M^管发生或者处于患眼血管发生的危险中的人或者其他哺乳动物。与此类病症相关的眼结构可以包括例如，目艮、视网膜、脉络膜、晶状体、角膜、小梁网、虹膜、视神经、视神经头、巩膜、前段和后段、或者睫状体。受试者也可以是眼细胞、细胞培养物、器官或者先体外后体内(exvivo)器官或组织。制剂和剂量药物制剂包含按重量计高达99%的本发明的干扰RNA或其盐，其与生理学上可接受的载体介质如水、緩冲剂、盐水、甘氨酸、透明质酸、甘露醇等等混合。本发明的干扰RNA作为溶液剂、混悬剂或乳剂施用。下面是本发明体现的可能的制剂的实例:_以重量％表示的量千扰RNA高达99;0.1-99;0.1-50;0.5-10.0羟丙基曱基纤维素0.5氯化钠0.8苯扎氯铵0.01EDTA0.01NaOH/HCl至pH7.4纯化的水(无RNA酶)至100mL以重量％表示的量干扰RNA高达99;0.1-99;0.1-50;0.5-10.0磷酸緩沖盐水1.0苯扎氯铵0.01聚山梨酯800.5纯化的水(无RNA酶)至100%以重量％表示的量干扰RNA高达99;0.1-99;0.1-50;0.5-10.0礴酸二氬钠0.05磷酸氬二钠(无水)0.15氯化钠0.75EDTA二钠0.05CremophorEL0.1苯扎氯铵0.01HC1和/或NaOHpH7.3-7.4纯化的水(无RNA酶)至100%以重量％表示的量干扰RNA高达99;0.1-99;0.1-50;0.5-10.0<table>tableseeoriginaldocumentpage33</column></row><table>通常，本发明实施方案的有效量的干扰RNA导致靶细胞表面的细胞外浓度为100pM到1nM，或1nM到100nM，或5nM到约50nM或到约25nM。实现该局部浓度所需的剂量将随着许多因素而变，所述因素包括递送方法、递送位点、递送位点和靶细胞或组织之间细胞层数目，和递送是局部还是全身的，等等。递送位点的浓度可以比靶细胞或組织表面的显著更高。根据临床医生的常规考虑，将局部组合物每天四次或以延长的递送时间表，如每天、每周、每两周、每月或更长时间一次递送到耙器官表面。制剂的pH为约pH4-9，或pH4.5到pH7.4。预期用针对HIF1AmRNA的干扰RNA治疗性治疗患者与小分子治疗相比具有益处，干扰RNA治疗性治疗通过增加作用持续时间从而允许较低频率给药和更大的患者依从性。制剂的有效量可以取决于如下因素，如受试者的年龄、种族、性别、目M^管发生的严重性、耙基因转录/蛋白质更新的速率、干扰RNA效力、和干扰RNA稳定性。在一个实施方案中，将干扰RNA局部递送到耙器官并且以治疗剂量到达含有HIF1A的组织，如视网膜或视神经头，从而减轻眼血管发生相关的疾病过程。可接受的载体可接受的载体指这样的载体，其最多引起、很少引起或不引起眼刺激、如果需要，提供合适的防腐作用，和以均勻剂量递送本发明的一种或多种干扰RNA。用于施用本发明实施方案的干扰RNA的可接受的载体包括基于阳离子脂类的转染试剂TransIT-TKO(MinisCorporation,Madison,WI)、LIPOFECTIN、Lipofectamine、OLIGOFECTAMINETM(Invitrogen，Carlsbad,CA)或DHARMAFECTTM(Dharmacon，Lafayette,CO);聚阳离子，如聚乙烯亚胺；阳离子肽，如Tat、聚精氨酸或者Penetratin(Antp肽);或者脂质体。脂质体从标准的形成小泡的脂类和固醇，如胆固醇形成，并且可以包括寻靶分子，如对内皮细胞表面抗原具有结合亲和力的单克隆抗体。此外，脂质体可以是加入聚乙二醇的脂质体。可以以溶液、悬浮液、或者生物蚀解的或非生物蚀解的递送装置递送干扰RNA。干扰RNA可以单独递送或者作为确定的共价缀合物的组分递送。干扰RNA也可以与阳离子脂类、阳离子肽、或者阳离子聚合物^;与具有核酸结合性质的蛋白质、融合蛋白或者蛋白质结构域(例如，鱼精蛋白)络合；或者包嚢在纳米颗粒或者脂质体中。通过包括合适的寻耙部分如抗体或者抗体片段可以完成组织或细胞特异性递送。对于眼递送，干扰RNA可以与眼科可接受的防腐刑、共溶剂、表面活性剂、粘性增强剂、渗透增强剂、緩沖剂、氯化钠或者水组合以形成水性的无菌眼用混悬液或溶液。通过将干扰RNA溶解在生理学上可接受的等渗水性緩冲液中可以制备溶液制剂。此外，溶液可以包括可接受的表面活性剂以帮助溶解抑制剂。粘性助剂，如羟曱基纤维素、羟乙基纤维素、甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮等等可以加入到本发明的组合物中用于提高化合物的保留。为了制备无菌眼用软骨制剂，将干扰RNA与防腐剂在合适的载体，如矿物油、液体羊毛脂或者白矿脂中组合。根据本领域中已知的方法，通过将干扰RNA悬浮在从例如CARBOPOL-940(BFGoodrich,Charlotte,NC)等的组合制备的亲水基质中制备无菌眼用凝胶制剂。VISCOAT(AlconLaboratories,Inc.,FortWorth,TX)可以用于例如眼内注射。在干扰RNA在眼中的渗透性较弱的情况下，本发明的其他組合物可以含有渗透增强剂，如crem印hor和TWEEN80(聚氧乙烯脱水山梨糖醇单月桂酸酯，SigmaAIdrich，St,Louis，MO)。试剂盒本发明的实施方案提供了试剂盒，其包括用于减弱如本文引用的mRNA在细胞中表达的试剂。该试剂盒含有siRNA或shRNA表达载体。对于siRNA和非病毒shRNA表达载体，试剂盒也可以含有转染试剂或者其他合适的递送载体。对于病毒shRNA表达载体，试剂盒可以含有34病毒载体和/或病毒载体的产生所必须的组分(例如，包装细胞系以及包含病毒载体模板的载体和用于包装的额外辅助载体)。试剂盒也可以含有阳性和阴性对照siRNA或者shRNA表达载体(例如，非寻耙对照siRNA或者耙定不相关mRNA的siRNA)。试剂盒还可以含有用于评估预期靶基因的击倒的试剂(例如，用于检测靶标mRNA的定量PCR的引物和探针和/或用于蛋白质印迹的抗对应蛋白质的抗体)。备选地，试剂盒可以包含siRNA序列或者shRNA序列和使用说明书和通过体外转录产生siRNA或者构建shRNA表达载体必须的材料。还提供了药盒形式的药物组合，其在包装的组合中包括栽体工具，其适于接受与之密切限制的容器工具，和第一个容器工具，其包括干扰RNA组合物和可接受的载体。如果需要，此类药盒可以还包括多种常规的药物药盒组分的一种或多种，如具有一种或多种药学上可接受的载体的容器、额外容器，等等，如本领域技术人员将显而易见。药盒中也可以包括作为插页或标签的印刷的说明书，其指出待施用的组分的量，施用指导，和/或用于混合组分的指导。如下在体外评估干扰RNA击倒例如人眼细胞系中内源靶基因表达水平的能力。在转染前24小时将转化的人细胞平板接种在标准生长培养基(例如补充10%胎牛血清的DMEM)中。使用Dharmafect1(DhLafayette,CO)根据生产商的教导以O.lnM到lOOnM的干扰RNA浓度进行转染。非寻耙对照siRNA和核纤层蛋白A/CsiRNA(Dharmacon)用作对照。在转染后24小时通过qPCR评估耙标mRNA水平，使用例如TAQMAN⑧正向和反向引物和包括靶位点的探针组(AppliedBiosystems，FosterCity，CA)。可以在转染后72小时(实际的时间取决于蛋白质更新率)通过例如蛋白质印迹评估靶蛋白水平。用于从培养的细胞分离RNA和/或蛋白质的标准技术是本领域技术人员已知的。为了降低非特异性、脱耙效应的机会，应该使用千扰RNA的最低可能的浓度，其将产生希望水平的粑基因表达击倒。35在如下实施例1中进一步例证本发明的千扰RNA击倒HIF1A蛋白质表达水平的能力。实施例1用于特异沉默HIF1A的干扰RNA本研究检查HIF1A干扰RNA击倒培养的HeLa细胞中内源HIF1oc蛋白质表达水平的能力。使用标准体外浓度(0.1-10nM)的HIFlAsiRNA、siCONTROL无RISC的siRNA#1、或者siCONTROL非寻耙siRNA#2(NTC2)和DHARMAFECT#1转染试剂(Dharmacon，Lafayette,CO)完成HeLa细胞的转染。将所有siRNA溶解在lXsiRNA缓冲液中，该緩冲液是20mMKC1,6mMHEPES(pH7.5)，0.2mMMgCl2的水溶液。对照样品包括緩冲对照，其中将s股NA的体积用等体积的IXsiRNA緩冲液(-siRNA)替换。转染后48小时，用100fiMCoCl2处理细胞4小时以诱导HIF-la蛋白质表达，并进行蛋白质印迹来评估HIF-la水平。HIF1AsiRNA是双链干扰RNA，对下面的耙标具有特异性siHIFIA#1耙标SEQIDNO:48;siHIFIA#3乾标SEQIDNO:49;siHIFIA#5耙标SEQIDNO:50;siHIFIA#6靼标SEQIDNO:51。如通过附图的数据所示，四种HIF1AsiRNA的每一种都相对于对照siRNA在10nM显著降低了HIF-la蛋白质表达。然而，siHIFIA弁3和siHIFIA#6在0.1nM也显著沉默了HIF-la蛋白质表达，表明这些HIF1AsiRNA相对于siHIFIA#1和siHIFIA#5尤其有效。将本文引用的参考文献特别引入本文作为参考，所述参考文献提供对本文给出的细节的示例性程序上的或其他的细节。本领域技术人员参考本公开将理解可以进行本文公开的实施方案的多种修饰而不背离本发明的精神和范围。参考^/>开可以不用过度实验就可以做出和实施本文公开的所有实施方案。本发明的完整范围在本公开和其等同实施方案中给出。不应将本说明书理解为过度地限制本发明的完整保护范围。如本文所用的并且除非另外指出，术语"一个"指"一个"、"至少一个"或"一个或多个'权利要求1.减弱受试者中HIF1AmRNA表达的方法，其包括对受试者施用包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体的组合物，所述干扰RNA包含有义核苷酸链、反义核苷酸链，和至少19个核苷酸的至少接近完全连续互补的区域；其中反义链在生理条件下与对应于SEQIDNO1或SEQIDNO2的mRNA的部分杂交并且具有分别与对应于SEQIDNO1或SEQIDNO2的mRNA的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸的区域，其中由此减弱HIF1AmRNA的表达。2.权利要求l的方法，其中受试者是人并且该人患有眼血管发生。3.权利要求l的方法，其中受试者是人并且该人具有患眼血管发生的危险。4.权利要求1的方法，其中通过局部、玻璃体内、透巩膜(transcleral)、眼周、结膜、眼球筋膜下、前房内、视网膜下、结膜下、眼球后或小管内途径施用所述组合物。5.权利要求l的方法，其中将所述反义链设计成靶定对应于SEQIDNO:l的包含核苷酸411、580、583、868、869、1099、1100、1242、1302、1371、1396、1559、1560、1809、2085、2087、2105、2138、2256、2358、2422、2636、2666、2743、2858、2861、3135、3544、3554、1943、1791、2351或1408的mRNA。6.权利要求1的方法，其中将所述反义链设计成靶定对应于SEQIDNO:2的包含核苷酸2360、2411、2420、2536、2539、2545、2616、2731、2734、3008或3427的mRNA。7.权利要求l的方法，其还包括对受试者施用第二种千扰RNA，该干扰RNA具有19到49个核普酸的长度，并且包含有义核苷酸链、反义核苷酸链和至少接近完全互补的至少19个核苷酸的区域；其中该第二种干扰RNA的反义链在生理条件下与对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的第二部分杂交并且该反义链具有分别与对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的第二个杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸的区域。8.治疗需要其的受试者中目Mi管发生的方法，其包括对受试者的眼施用包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体的组合物，所述干扰RNA包含有义核苷酸链、反义核苷酸链，和至少19个核苷酸的至少接近完全连续互补的区域；其中反义链在生理条件下与对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的部分杂交并且具有分别与对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苦酸的区域，其中由此治疗目Mi管发生。9.减弱受试者中HIFlAmRNA表达的方法，其包括对受试者施用包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的单链干扰RNA和药学上可接受的栽体的组合物，其中所述单链干扰RNA在生理条件下与对应于SEQIDNO:l的raRNA的部分杂交，所述部分包含核苷酸411、580、583、868、869、1099、1100、1242、1302、1371、1396、1559、1560、1809、2085、2087、2105、2138、2256、2358、2422、2636、2666、2743、2858、2861、3135、3544、3554、1943、1791、2351或1408，并且该干扰RNA具有与对应于SEQIDNO:l的mRNA的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸的区域，或其中所述单链干扰RNA在生理条件下与对应于SEQIDNO:2的mRNA的部分杂交，所述部分包含核苷酸2360、2411、2420、2536、2539、并且该干扰RNA具有与对应于SEQIDNO:2的mRNA的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苦酸的区域，其中由此减弱HIF1AmRNA的表达。10.减弱受试者中HIFlAmRNA表达的方法，该方法包括对受试者施用包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体的组合物，所述干扰RNA包含:至少13个连续核苷酸的区域，其与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:51任一个的mRNA的3'末端的倒数第二位13个核苷酸有至少90%序列互补性，或至少90%序列同一性，其中由此减弱HIF1AmRNA的表达。11.权利要求10的方法，其中所述干扰RNA包含至少13个连续核苷酸的区域，其与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:36任一个的mRNA的3，末端的倒数第二位13个核苷酸有至少90%序列互补性，或至少90%序列同一性。12.权利要求10的方法，其中所述干扰RNA包含至少13个连续核苷酸的区域，其与对应于SEQIDNO:37-SEQIDNO:51任一个的mRNA的3'末端的倒数第二位13个核苷酸有至少90%序列互补性，或至少90%序列同一性。13.权利要求10的方法，其中所迷干扰RNA包含至少14个连续核苷酸的区域，其与对应于通过序列标识符鉴定的序列的mRNA的3，末端的倒数笫二位14个核苷酸有至少85%序列互补性，或至少85%序列同一性。14.权利要求10的方法，其中所述干扰RNA包含至少15、16、17或18个连续核苷酸的区域，其分别与对应于通过序列标识符鉴定的序列的mRNA的3，末端的倒数第二位15、16、17或18个核苷酸有至少80%序列互补性，或至少80%序列同一性。15.权利要求10的方法，其中所述组合物还包含第二种干扰RNA，其具有19到49个核苷酸的长度并且包含至少13个连续核苷酸的区域，该区域与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:51任一个的第二个mRNA的3，末端的倒数第二位13个核苷酸有至少90%序列互补性，或至少90%序列同一性。16.治疗需要其的受试者中目M^管发生的方法，其包括对受试者的眼施用包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体的组合物，所述干扰RNA包含至少13个连续核苷酸的区域，该区域与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9画SEQIDNO:51任一个的mRNA的3'末端的倒数第二位13个核苷酸有至少卯％序列互补性，或至少90%序列同一性，其中由此治疗目Mi管发生。17.权利要求16的方法，其中所述干扰RNA包含至少13个连续核苷酸的区域，其与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:36任一个的mRNA的3'末端的倒数第二位13个核苷酸有至少90%序列互补性，或至少90%序列同一性。18.权利要求16的方法，其中所述干扰RNA包含至少13个连续核苷酸的区域，其与对应于SEQIDNO:37-SEQIDNO:51任一个的mRNA的3'末端的倒数第二位13个核苷酸有至少90%序列互补性，或至少90%序列同一性。19.权利要求16的方法，其中所述受试者患有视网膜水肿、视网膜缺血或糖尿病性视网膜病变。20.权利要求l的方法，其中所述有义核普酸链和反义核苷酸链通过发夹环连接。21.权利要求8的方法，其中所述有义核苷酸链和反义核苷酸链通过发夹环连接。22.权利要求10的方法，其中所述干扰RNA是shRNA。23.权利要求16的方法，其中所述干扰RNA是shRNA。24.权利要求10的方法，其中所述干扰RNA是siRNA。25.权利要求16的方法，其中所述干扰RNA是siRNA。26.权利要求10的方法，其中所述干扰RNA是miRNA。27.权利要求16的方法，其中所述干扰RNA是miRNA。28.权利要求8的方法，其中通过局部、玻璃体内、透巩膜、眼周、结膜、目艮球筋膜下、前房内、视网膜下、结膜下、目艮球后或小管内途径施用所述组合物。29.权利要求16的方法，其中通过局部、玻璃体内、透巩膜、眼周、结膜、目艮球筋膜下、前房内、视网膜下、结膜下、眼球后或小管内途径施用所述组合物。30.权利要求8的方法，其中通过在体内从干扰RNA表达载体表达而施用所述组合物。31.权利要求16的方法，其中通过在体内从干扰RNA表达载体表达而施用所述组合物。32.权利要求8的方法，其中所述受试者患有视网膜水肿、视网膜缺血或糖尿病性视网膜病变。33.治疗需要其的受试者中目ML管发生的方法，其包括对受试者施用组合物，该组合物包含通过RNA干扰下调HIF1A基因表达的双链siRNA分子，其中该siRNA分子的每条链独立地为约19到27个核普酸长度；并且该siRNA分子的一条链包含与对应于HIF1A基因的mRNA具有实质互补性的核苷酸序列，使得该siRNA分子通过RNA干扰指导所述mRNA的切割。34.权利要求33的方法，其中通过气雾剂、含服、皮肤、皮内、吸入、肌内、鼻内、眼内、肺内、静脉内、腹膜内、经鼻、眼、口、耳、肠胃外、贴剂、皮下、舌下、局部或者经皮途径施用所述组合物。35.权利要求33的方法，其中通过在体内从能够表达所述干扰RNA的表达载体表达而施用所述干扰RNA。36.权利要求33的方法，其中所述干扰RNA是miRNA。37.权利要求33的方法，其中所述siRNA分子的每条链独立地为约19个核苷酸到约25个核苷酸的长度。38.权利要求33的方法，其中所述siRNA分子的每条链独立地为约19个核苷酸到约21个核苷酸的长度。39.组合物，其包含干扰RNA和药学上可接受的载体，所述干扰RNA具有19到49个核苷酸长度并且具有对应于SEQIDNO:3、SEQIDNO:9-SEQIDNO:51任一个的核苷,列，或者其互补序列。40.权利要求39的组合物，其中所述干扰RNA是shRNA。41.权利要求39的组合物，其中所述干扰RNA是siRNA。42.权利要求39的组合物，其中所述干扰RNA是miRNA。43.组合物，其包含通过RNA干扰下调HIF1A基因的表达的双链siRNA分子，其中该siRNA分子的每条链独立地为约19到约27个核苷酸长度；并且该siRNA分子的一条链包含与对应于HIF1A基因的mRNA具有实质互补性的核苷酸序列，使得该siRNA分子通过RNA干扰指导所述mRNA的切割。44.权利要求43的组合物，其中所述siRNA分子的每条链独立地为约19个核苷酸到约25个核苷酸的长度。45.权利要求43的组合物，其中所述siRNA分子的每条链独立地为约19个核苷酸到约21个核苷酸的长度。46.有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体在制备减弱受试者中HIFlAmRNA表达的组合物中的用途，所述干扰RNA包含至少13个连续核苦酸的区域，该区域与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:51任一个的mRNA的3，末端的倒数第二位13个核苷酸有至少卯％序列互补性，或至少90%序列同一性。47.组合物在制备治疗受试者中目M^管发生的药物中的用途，所述组合物包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体，所述干扰RNA包含至少13个连续核苷酸的区域，该区域与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:51任一个的mRNA的3，末端的倒数第二位13个核苷酸有至少卯％序列互补性，或至少90%序列同一性。48.权利要求46或47的用途，其中所述干扰RNA包含至少14个连续核苷酸的区域，该区域与对应于通过序列标识符鉴定的序列的mRNA的3，末端的倒数第二位14个核苷酸有至少85%序列互补性，或至少85%序列同一性。49.权利要求46或47的用途，其中所述干扰RNA包含至少15、16、17或18个连续核苷酸的区域，该区域分别与对应于通过序列标识符鉴定的序列的mRNA的3，末端的倒数第二位15、16、17或18个核苷酸有至少80%序列互补性，或至少80%序列同一性。50.权利要求46或47的用途，其中所述组合物还包含第二种干扰RNA，其具有19到49个核苷酸的长度并且包含至少13个连续核苷酸的区域，该区域与对应于SEQIDNO:3和SEQIDNO:9-SEQIDNO:51任一个的第二个mRNA的3'末端的倒数第二位13个核苷酸有至少90%序列互补性，或至少90%序列同一性。51.组合物在制备治疗受试者中眼血管发生的药物中的用途，所述组合物包含有效量的具有19到49个核苷酸长度的干扰RNA和药学上可接受的载体，所述干扰RNA包含有义核苷酸链、反义核苷酸链，和至少19个核苷酸的至少接近完全连续互补的区域；其中反义链在生理条件下与对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的部分杂交并且具有与分别对应于SEQIDNO:l或SEQIDNO:2的mRNA的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸的区域。52.有效量的具有19到49个核苷酸长度的单链干扰RNA和药学上可接受的载体在制备用于减弱受试者中HIF1AmRNA表达的组合物中的用途，其中所述单链干扰RNA在生理条件下与对应于SEQIDNO:l的mRNA的部分杂交，所述部分包含核苷酸411、580、583、868、869、1099、1100、1242、1302、1371、1396、1559、1560、1809、2085、2087、2105、2138、2256、2358、2422、2636、2666、2743、2858、2861、3135、3544、3554、1943、1791、2351或1408,并且干扰RNA具有与对应于SEQIDNO:1的mRNA的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸的区域，或其中所述单链干扰RNA在生理条件下与对应于SEQIDNO:2的mRNA的部分杂交，所述部分包含核苷酸2360、2411、2420、2536、2539、2545、2616、2731、2734、3008或3427，并且该干扰RNA具有与对应于SEQIDNO:2的mRNA的杂交部分至少接近完全连续互补的至少19个核苷酸的区域。53.权利要求51的用途，其中所述有义核苷酸链和反义核苷酸链通过发夹环连接。54.权利要求46、47或51的用途，其中所述干扰RNA是shRNA。55.权利要求46、47或51的用途，其中所述干扰RNA是siRNA。56.权利要求46、47或51的用途，其中所述干扰RNA是miRNA。57.权利要求47或51的用途，其中制备所述组合物用于局部、玻璃体内、透巩膜、眼周、结膜、目艮球筋膜下、前房内、视网膜下、结膜下、目艮球后或小管内施用。58.权利要求47或51的用途，其中所述组合物包含能够表达所述干扰RNA的表达载体。59.权利要求47或51的用途，其中所述药物用于治疗眼血管发生。60.组合物在制备治疗受试者中眼血管发生的药物中的用途，所述组合物包含通过RNA干扰下调HIF1A基因表达的双链siRNA，其中该siRNA分子的每条链独立地为约19到约27个核苷酸长度；并且该siRNA分子的一条链包含与对应于HIF1A基因的mRNA具有实质互补性的核苷酸序列，使得该siRNA分子通过RNA干扰指导所述mRNA的切割。61.权利要求60的用途，其中制备所述组合物用于通过气雾剂、含服、皮肤、皮内、吸入、肌内、鼻内、眼内、肺内、静脉内、腹膜内、经鼻、眼、口、耳、肠胃外、贴剂、皮下、舌下、局部或者经皮施用。62.权利要求60的用途，其中所述组合物包含能够表达所述干扰RNA的表达栽体。63.权利要求60的用途，其中所述干扰RNA是miRNA。全文摘要提供了用于抑制HIF1AmRNA表达的RNA干扰，其用于治疗患有眼血管发生的患者，尤其用于治疗视网膜水肿、糖尿病性视网膜病变、与视网膜缺血相关的后遗症、后段新血管形成(PSNV)，和新生血管性青光眼，和用于治疗具有患此类疾病的危险的患者。文档编号A61P27/02GK101326287SQ200680046565公开日2008年12月17日申请日期2006年12月19日优先权日2005年12月29日发明者D·P·宾加曼,J·E·查特尔顿申请人:爱尔康研究有限公司