1.一种优化的亚硝化单胞菌(N.eutropha)细菌的纯化制剂，其具有选自下列的至少一种特性：
优化的生长速率；
优化的NH4+氧化速率；和
优化的NH4+抗性。
2.根据权利要求1所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其中所述优化的生长速率为允许具有约0.15-0.18的OD600(600nm下的光密度)的亚硝化单胞菌的连续培养物在约1至2天内达到约0.5-0.6的OD600的速率。
3.根据权利要求1或2所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其中所述优化的生长速率为当在分批培养条件下培养时约8小时的倍增时间。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其中所述优化的NH4+氧化速率为至少约125微摩尔/分钟NH4+氧化为NO2-的速率。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其中所述优化的NH4+抗性是在包含约200mM NH4+的培养基中生长至少约48小时的能力。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其具有选自优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性的至少两种特性。
7.根据权利要求1至6所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含在极高严格度下与SEQ ID NO:1杂交的染色体。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含与SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:12具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的AmoA蛋白，与SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:14具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的AmoB蛋白，与SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:16具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的amoC基因，与SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:20或SEQ ID NO:22具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的羟胺氧化还原酶蛋白，与SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:26或SEQ ID NO:28具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的细胞色素c554蛋白，或与SEQ ID NO:30或SEQ ID NO:32具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的细胞色素cM552蛋白。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含表2中的1-5个、5-10个、10-15个、15-20个、20-25个、25-30个或所有序列特征。
11.根据权利要求10所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置1处具有突变(例如，位置1处的V)的AmoA1或AmoA2蛋白(或编码所述突变的AmoA1或AmoA2基因)。
12.根据权利要求10至11中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置160处具有突变(例如，位置160处的L)的AmoA1或AmoA2蛋白(或编码所述突变的AmoA1或AmoA2基因)。
13.根据权利要求10至12中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置167处具有突变(例如，位置167处的A)的AmoA1或AmoA2蛋白(或编码所述突变的AmoA1或AmoA2基因)。
14.根据权利要求10至13中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置33处具有突变(例如，位置33处的V)的AmoB1或AmoB2蛋白(或编码所述突变的AmoB1或AmoB2基因)。
15.根据权利要求10至14中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置165处具有突变(例如，位置165处的I)的AmoB1或AmoB2蛋白(或编码所述突变的AmoB1或AmoB2基因)。
16.根据权利要求10至15中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置79处具有突变(例如，位置79处的A)的AmoC3蛋白(或编码所述突变的AmoC3基因)。
17.根据权利要求10至16中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置271处具有突变(例如，位置271处的V)的AmoC3蛋白(或编码所述突变的AmoC3基因)。
18.根据权利要求10至17中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置85处具有突变(例如，位置85处的S)的Hao1、Hao2或Hao3蛋白(或编码所述突变的Hao1、Hao2或Hao3基因)。
19.根据权利要求10至18中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置312处具有突变(例如，位置312处的E)的Hao1、Hao2或Hao3蛋白(或编码所述突变的Hao1、Hao2或Hao3基因)。
20.根据权利要求10至19中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置163处具有突变(例如，位置163处的A)的Hao1蛋白(或编码所述突变的Hao1基因)。
21.根据权利要求10至20中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置65处具有突变(例如，位置65处的T)的c554 CycA1、c554 CycA2或c554 CycA3蛋白(或编码所述突变的c554 CycA1、c554 CycA2或c554 CycA3基因)。
22.根据权利要求10至21中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置186处具有突变(例如，位置186处的T)的c554 CycA1蛋白(或编码所述突变的c554 CycA1基因)。
23.根据权利要求10至22中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置63处具有突变(例如，位置63处的V)的cM552 CycB1或cM552 CycB2蛋白(或编码所述突变的cM552 CycB1或cM552 CycB2基因)。
24.根据权利要求10至23中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置189处具有突变(例如，位置189处的P)的cM552 CycB1或cM552 CycB2蛋白(或编码所述突变的cM552 CycB1或cM552 CycB2基因)。
25.根据权利要求10至24中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置206处具有突变(例如，位置206处的insE)的cM552 CycB1或cM552 CycB2蛋白(或编码所述突变的cM552 CycB1或cM552 CycB2基因)。
26.根据权利要求10至25中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置207处具有突变(例如，位置207处的insE)的cM552 CycB1或cM552 CycB2蛋白(或编码所述突变的cM552 CycB1或cM552 CycB2基因)。
27.根据权利要求10至26中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置195处具有突变(例如，位置195处的insD)的cM552 CycB1蛋白(或编码所述突变的cM552 CycB1基因)。
28.根据权利要求10至27中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置196处具有突变(例如，位置196处的insD)的cM552 CycB1蛋白(或编码所述突变的cM552 CycB1基因)。
29.根据权利要求10至28中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置197处具有突变(例如，位置197处的insD)的cM552 CycB1蛋白(或编码所述突变的cM552 CycB1基因)。
30.根据前述权利要求中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于野生型细菌如亚硝化单胞菌菌株C91的至少一种结构差异，例如至少一种突变。
31.根据前述权利要求中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含可以使用本文所述的引物对(例如，包含SEQ ID NO:64的序列的引物和包含SEQ ID NO:65的序列的引物)扩增的核酸。
32.根据前述权利要求中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含与图6的基因或由图6的基因编码的蛋白质至少80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％或100％相同的核酸或蛋白质。
33.根据前述权利要求中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含与SEQ ID NO:64-66中任一个的序列或由SEQ ID NO:64-66中任一个的序列编码的蛋白质至少80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％或100％相同的核酸或蛋白质。
34.一种亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其包含位于氨单加氧酶基因、羟胺氧化还原酶基因、细胞色素c554基因或细胞色素cm552基因中的相对于野生型细菌如亚硝化单胞菌菌株C91的突变。
35.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoA1基因中。
36.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoA2基因中。
37.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoB1基因中。
38.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoB2基因中。
39.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoC3基因中。
40.根据权利要求34至39中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于在本文如表2中描述的位置。
41.根据权利要求34至39中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变为在本文如表2中描述的突变。
42.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于hao1基因中。
43.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于hao2基因中。
44.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于hao3基因中。
45.根据权利要求42至44中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于在本文如表2中描述的位置。
46.根据权利要求42至44中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变为在本文如表2中描述的突变。
47.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于c554 cycA1基因中。
48.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于c554 cycA2基因中。
49.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于c554 cycA3基因中。
50.根据权利要求47至49中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于在本文如表2中描述的位置。
51.根据权利要求47至49中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变为在本文如表2中描述的突变。
52.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于cM552 cycB1基因中。
53.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于c554 cycB2基因中。
54.根据权利要求52至53中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于在本文如表2中描述的位置。
55.根据权利要求52至53中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变为在本文如表2中描述的突变。
56.根据权利要求1所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其包含位于氨单加氧酶基因、羟胺氧化还原酶基因、细胞色素c554基因或细胞色素cm552基因中的突变。
57.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoA1基因中。
58.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoA2基因中。
59.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoB1基因中。
60.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoB2基因中。
61.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoC3基因中。
62.根据权利要求57至61中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于本文如表2中所描述的位置。
63.根据权利要求57至61中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变为本文如表2中所描述的突变。
64.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于hao1基因中。
65.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于hao2基因中。
66.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于hao3基因中。
67.根据权利要求64至66中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于本文如表2中所描述的位置。
68.根据权利要求64至66中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变为本文如表2中所描述的突变。
69.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于c554 cycA1基因中。
70.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于c554 cycA2基因中。
71.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于c554 cycA3基因中。
72.根据权利要求69至71中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于本文如表2中所描述的位置。
73.根据权利要求69至71中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变为本文如表2中所描述的突变。
74.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于cM552 cycB1基因中。
75.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于cM552 cycB2基因中。
76.根据权利要求56、74和75中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于本文如表2中所描述的位置。
77.根据权利要求56、74和75中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变为本文如表2中所描述的突变。
78.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其具有在amoA1基因、amoA2基因、amoB1基因、amoB2基因、amoC3基因、hao1基因、hao2基因、hao3基因、c554 cycA1基因、c554 cycA2基因、c554 cycA3基因、cM552 cycB1基因和c554 cycB2基因中的一个或多个的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个位置处的突变。
79.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其具有在amoA1基因、amoA2基因、amoB1基因、amoB2基因、amoC3基因、hao1基因、hao2基因、hao3基因、c554 cycA1基因、c554 cycA2基因、c554 cycA3基因、cM552 cycB1基因和c554 cycB2基因中的一个或多个的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个位置处的突变。
80.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含在高严格度下与SEQ ID NO:1杂交的染色体。
81.根据权利要求80所述的亚硝化单胞菌细菌，其中所述染色体在极高严格度下与SEQ ID NO:1杂交。
82.根据权利要求80或81所述的亚硝化单胞菌细菌，其包含图6-8的基因中的至少一个或与所述至少一个基因具有至少80％同一性的基因。
83.根据权利要求80或81所述的亚硝化单胞菌细菌，其包含图6-8的基因中的至少一个。
84.根据权利要求80至82中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其缺少与SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:3至少约80％相同的任何质粒。
85.根据权利要求80至84中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其缺少任何质粒。
86.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:7至少约98.9％相同的AmoA1基因以及与SEQ ID NO:13至少约98.8％相同的amoA2基因。
87.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白以及与SEQ ID NO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白。
88.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:9至少约99.2％相同的amoB1基因以及与SEQ ID NO:15至少约99.2％相同的amoB2基因。
89.根据权利要求88所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含与SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:13至少约98.9％相同的AmoA1或amoA2基因中的一个或多个。
90.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白或与SEQ ID NO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白。
91.根据权利要求90所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白以及与SEQ ID NO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白。
92.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:5至少约99.9％相同的amoC1基因、与SEQ ID NO:11至少约99.9％相同的amoC2基因以及与SEQ ID NO:17至少约99.0％相同的amoC3基因。
93.根据权利要求92所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:7至少约98.9％相同的amoA1基因、与SEQ ID NO:13至少约98.9％相同的amo2基因、与SEQ ID NO:9至少约99.2％相同的amoB1基因以及与SEQ ID NO:15至少约99.2％相同的amoB2基因。
94.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含与SEQ ID NO:16至少约99.4％相同的AmoC3蛋白。
95.根据权利要求94所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白、与SEQ ID NO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白、与SEQ ID NO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白以及与SEQ ID NO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白。
96.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:19至少约99.1％相同的hao1基因、与SEQ ID NO:21至少约99.5％相同的hao2基因以及与SEQ ID NO:23至少约99.3％相同的hao3基因。
97.根据权利要求96所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:7至少约98.9％相同的amoA1基因、与SEQ ID NO:13至少约98.9％相同的amo2基因、与SEQ ID NO:9至少约99.2％相同的amoB1基因、与SEQ ID NO:15至少约99.2％相同的amoB2基因、与SEQ ID NO:5至少约99.9％相同的amoC1基因、与SEQ ID NO:11至少约99.9％相同的amoC2基因以及与SEQ ID NO:17至少约99.0％相同的amoC3基因。
98.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:18至少约99.6％相同的Hao1蛋白、与SEQ ID NO:20至少约99.7％相同的Hao2蛋白以及与SEQ ID NO:22至少约99.7％相同的Hao3蛋白。
99.根据权利要求98所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含与SEQ ID NO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白、与SEQ ID NO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白、与SEQ ID NO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQ ID NO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白或与SEQ ID NO:16至少约99.4％相同的AmoC3蛋白。
100.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:25至少约98.1％相同的cycA1基因、与SEQ ID NO:27至少约98.8％相同的cycA2基因以及与SEQ ID NO:28至少约99.4％相同的cycA3基因。
101.根据权利要求100所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:7至少约98.9％相同的amoA1基因、与SEQ ID NO:13至少约98.9％相同的amo2基因、与SEQ ID NO:9至少约99.2％相同的amoB1基因、与SEQ ID NO:15至少约99.2％相同的amoB2基因、与SEEQ ID NO:5至少约99.9％相同的amoC1基因、与SEQ ID NO:11至少约99.9％相同的amoC2基因、与SEQ ID NO:17至少约99.0％相同的amoC3基因、与SEQ ID NO:19至少约99.1％相同的hao1基因、与SEQ ID NO:21至少约99.5％相同的hao2基因以及与SEQ ID NO:23至少约99.3％相同的hao3基因。
102.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:24至少约99.2％相同的CycA1蛋白、与SEQ ID NO:26至少约99.7％相同的CycA2蛋白以及与SEQ ID NO:28至少约99.7％相同的CycA3蛋白。
103.根据权利要求102所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白、与SEQ ID NO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白、与SEQ ID NO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQ ID NO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQ ID NO:16至少约99.4％相同的AmoC3蛋白、与SEQ ID NO:18至少约99.6％相同的Hao1蛋白、与SEQ ID NO:20至少约99.7％相同的Hao2蛋白以及与SEQ ID NO:22至少约99.7％相同的Hao3蛋白。
104.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:31至少约96.8％相同的cycB1基因以及与SEQ ID NO:33至少约97.2％相同的cycB2基因。
105.根据权利要求104所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:7至少约98.9％相同的amoA1基因、与SEQ ID NO:13至少约98.9％相同的amo2基因、与SEQ ID NO:9至少约99.2％相同的amoB1基因、与SEQ ID NO:15至少约99.2％相同的amoB2基因、与SEQ ID NO:5至少约99.9％相同的amoC1基因、与SEQ ID NO:11至少约99.9％相同的amoC2基因、与SEQ ID NO:17至少约99.0％相同的amoC3基因、与SEQ ID NO:19至少约99.1％相同的hao1基因、与SEQ ID NO:21至少约99.5％相同的hao2基因、与SEQ ID NO:23至少约99.3％相同的hao3基因、与SEQ ID NO:25至少约98.1％相同的cycA1基因、与SEQ ID NO:27至少约98.8％相同的cycA2基因以及与SEQ ID NO:28至少约99.4％相同的cycA3基因。
106.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:30至少约97.2％相同的CycB1蛋白或与SEQ ID NO:32至少约98.8％相同的CycB2蛋白。
107.根据权利要求106所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQ ID NO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白、与SEQ ID NO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白、与SEQ ID NO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQ ID NO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQ ID NO:16至少约99.4％相同的AmoC3蛋白、与SEQ ID NO:18至少约99.6％相同的Hao1蛋白、与SEQ ID NO:20至少约99.7％相同的Hao2蛋白、与SEQ ID NO:22至少约99.7％相同的Hao3蛋白、与SEQ ID NO:24至少约99.2％相同的CycA1蛋白、与SEQ ID NO:26至少约99.7％相同的CycA2蛋白以及与SEQ ID NO:28至少约99.7％相同的CycA3蛋白。
108.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含根据SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:31和SEQ ID NO:33的一种或多种基因。
109.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含根据SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:32的一种或多种蛋白质。
110.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在表2中列出的至少1个、2个、3个、4个、5个、10个、15个、20个、25个、30个或所有氨基酸位置突变的蛋白质。
111.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在表2中列出的所有氨基酸位置具有突变的蛋白质。
112.根据权利要求1至111中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其为转基因的。
113.根据权利要求80至112中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其具有选自优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性的至少一种特性。
114.根据权利要求113所述的亚硝化单胞菌细菌，其具有选自优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性的至少两种特性。
115.根据权利要求113所述的亚硝化单胞菌细菌，其具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性。
116.一种组合物，其包含根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其中所述组合物大体上不含其它生物体。
117.一种组合物，其包含根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌且进一步包含第二生物体，其中所述组合物大体上不含其它生物体。
118.根据权利要求117所述的组合物，其中所述第二生物体为氨氧化细菌。
119.根据权利要求117所述的组合物，其中所述第二生物体选自由亚硝化单胞菌属、亚硝化球菌属、亚硝化螺菌属、亚硝化囊菌属、亚硝化叶菌属、亚硝化弧菌属、乳酸杆菌属、链球菌属和双歧杆菌属及其组合所组成的组。
120.一种组合物，其包含OD600为至少约0.2的亚硝化单胞菌细菌的活跃分裂培养物的细胞悬浮液，其中所述组合物大体上不含其它生物体。
121.一种用于局部施用的组合物，其包含根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌以及适用于局部施用的药学上或美容上可接受的赋形剂。
122.根据权利要求121所述的组合物，其大体上不含其它生物体。
123.根据权利要求121所述的组合物，其进一步包含第二生物体。
124.根据权利要求123所述的组合物，其中所述第二生物体为氨氧化细菌。
125.根据权利要求123所述的组合物，其中所述第二生物体选自由亚硝化单胞菌属、亚硝化球菌属、亚硝化螺菌属、亚硝化囊菌属、亚硝化叶菌属、亚硝化弧菌属、乳酸杆菌属、链球菌属和双歧杆菌属及其组合所组成的组。
126.根据权利要求121至125中任一项所述的组合物，其作为粉末、化妆品、乳霜、棒状物、气雾剂、药膏、擦拭物或绷带提供或布置在这些物品中。
127.根据权利要求121至126中任一项所述的组合物，其进一步包含保湿剂、脱臭剂、香味剂、着色剂、驱虫剂、清洁剂或防紫外线剂。
128.根据权利要求121至127中任一项所述的组合物，其中所述赋形剂包括抗粘附剂、粘合剂、涂层剂、崩解剂、填充剂、调味剂、着色剂、润滑剂、助流剂、吸附剂、防腐剂或甜味剂。
129.根据权利要求121至128中任一项所述的组合物，其中所述组合物中的亚硝化单胞菌的浓度为约1011-1012CFU/L。
130.根据权利要求121至129中任一项所述的组合物，其中所述组合物中的亚硝化单胞菌的浓度为约109CFU/ml。
131.根据权利要求121至130中任一项所述的组合物，其中亚硝化单胞菌对药物赋形剂的质量比在约0.1克/升至约1克/升的范围内。
132.一种组合物，其包含至少约1,000L约1012CFU/L的根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌。
133.一种组合物，其包含至少约1、2、5、10、20、50、100、200或500g根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其例如作为干燥制剂如粉末。
134.一种服装制品，其包含例如在提供下列中的一个或多个的浓度下的根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌：治疗或预防皮肤病症、治疗或预防与低亚硝酸盐水平有关的疾病或病状、治疗或预防体臭、用于向受试者供应一氧化氮的治疗或用于抑制微生物生长的治疗。
135.根据权利要求134所述的服装制品，其为包装的。
136.根据权利要求134至135所述的服装制品，其被包装在防气体交换或防水的材料中。
137.一种布料，其包含根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌。
138.一种纱，其包含根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌。
139.一种线，其包含根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌。
140.一种获得(例如，制造)具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性的亚硝化单胞菌细菌的方法，其包括：
(a)在选出优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性中的一个或多个的条件下培养所述细菌，由此产生培养物；
(b)测试来自所述培养物的样品的优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性；以及
(c)重复所述培养和测试步骤，直到获得具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性的细菌。
141.根据权利要求140所述的方法，其进一步包括从来源获得亚硝化单胞菌细菌的步骤。
142.根据权利要求141所述的方法，其中所述来源为土壤或个体的皮肤。
143.根据权利要求142所述的方法，其中在选择优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性中的一个或多个的条件下培养所述细菌包括在含有约200mM NH4+的亚硝化单胞菌培养基中培养所述细菌。
144.根据权利要求143所述的方法，其包括建立纯性培养物的步骤。
145.根据权利要求143或144所述的方法，其包括将所述亚硝化单胞菌与至少一种其它类型的氨氧化细菌一起共培养的步骤。
146.根据权利要求140至145中任一项所述的方法，其中步骤(a)的亚硝化单胞菌缺少优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性。
147.根据权利要求140至146中任一项所述的方法，其中步骤(c)包括重复所述培养和测试步骤，直到获得具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性中的至少两者的细菌。
148.一种由根据权利要求140至147中任一项所述的方法生产的亚硝化单胞菌细菌。
149.一种测试亚硝化单胞菌的制剂的方法，其包括：
分析所述亚硝化单胞菌的优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性中的一个或多个；以及
如果所述亚硝化单胞菌具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性中的一个或多个，则将所述亚硝化单胞菌分类为可接受的。
150.根据权利要求149所述的方法，其进一步包括测试所述制剂中的污染生物体的步骤。
151.根据权利要求149至150中任一项所述的方法，其进一步包括从所述制剂中移出样品并对所述样品进行测试的步骤。
152.根据权利要求149至151中任一项所述的方法，其进一步包括测试其中培养有所述亚硝化单胞菌的培养基。
153.根据权利要求149至152中任一项所述的方法，其进一步包括将来自所述制剂的亚硝化单胞菌包装成包装物。
154.根据权利要求149至153中任一项所述的方法，其进一步包括将来自所述制剂的亚硝化单胞菌商业化。
155.一种生产例如制造亚硝化单胞菌的方法，其包括使亚硝化单胞菌与培养基接触并培养所述亚硝化单胞菌，直至达到至少约0.5的OD600。
156.根据权利要求155所述的方法，其进一步包括分析所述亚硝化单胞菌和培养基中的污染生物体。
157.根据权利要求155至156中任一项所述的方法，其进一步包括分析所述亚硝化单胞菌的优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性中的一个或多个。
158.根据权利要求155至157中任一项所述的方法，其包括产生至少至少约1,000L/天约1012CFU/L的亚硝化单胞菌。
159.一种生产例如制造亚硝化单胞菌的方法，其包括使亚硝化单胞菌与培养基接触并培养所述亚硝化单胞菌，直至产生约至少约1,000L约1012CFU/L的亚硝化单胞菌。
160.根据权利要求159所述的方法，其进一步包括分析所述亚硝化单胞菌的优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性中的一个或多个的步骤。
161.根据权利要求159至160中任一项所述的方法，其进一步包括测试所述亚硝化单胞菌或培养基中的污染生物体的步骤。
162.根据权利要求159至161中任一项所述的方法，其中与所述培养基进行接触的所述亚硝化单胞菌是具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性中的一个或多个的亚硝化单胞菌。
163.一种生产例如制造亚硝化单胞菌的方法，其包括：
(a)使亚硝化单胞菌与培养基接触；和
(b)培养所述亚硝化单胞菌1至2天，由此建立培养物，直至所述培养物达到约0.5-0.6的OD600。
164.根据权利要求163所述的方法，其进一步包括分析所述亚硝化单胞菌的优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性中的一个或多个的步骤。
165.根据权利要求163至164中任一项所述的方法，其进一步包括测试所述培养物中的污染生物体的步骤。
166.根据权利要求163至165中任一项所述的方法，其中步骤(a)的所述亚硝化单胞菌是具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率或优化的NH4+抗性中的一个或多个的亚硝化单胞菌。
167.根据权利要求163至166中任一项所述的方法，其包括产生至少至少约1,000L/天约1012CFU/L的亚硝化单胞菌。
168.一种由根据权利要求155至167中任一项所述的方法生产的亚硝化单胞菌细菌。
169.一种由根据权利要求155至167中任一项所述的方法制备的亚硝化单胞菌的制剂。
170.根据权利要求169所述的制剂，其中所述制剂包含至少约0.1至约100毫克(mg)亚硝化单胞菌。
171.一种包含亚硝化单胞菌的反应混合物，所述亚硝化单胞菌具有约0.5至约0.6的光密度。
172.一种生产携有亚硝化单胞菌的服装的方法，其包括使服装制品与根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌接触。
173.根据权利要求172所述的方法，其包括生产至少10、100或1000个服装制品。
174.根据权利要求172所述的方法，其包括使所述服装制品与至少1010CFU的亚硝化单胞菌接触。
175.根据权利要求172所述的方法，其进一步包括包装所述服装。
176.一种获得亚硝化单胞菌的制剂的方法，其包括使根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌与药学上或美容上可接受的赋形剂接触。
177.根据权利要求176所述的方法，其进一步包括混合所述亚硝化单胞菌和所述赋形剂。
178.根据权利要求176所述的方法，其在大体上不含污染生物体的条件下进行。
179.一种包装亚硝化单胞菌的方法，其包括将根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌组装至包装中。
180.根据权利要求179所述的方法，其中所述包装是防气体交换或防水的。
181.根据权利要求179所述的方法，其中所述包装对气体交换、NH3、NH4+或NO2-是可渗透的。
182.一种抑制受试者皮肤上的微生物生长的方法，其包括向有需要的受试者局部施用有效剂量的根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌。
183.根据权利要求182所述的方法，其中所述有效剂量为约1.5x1010CFU。
184.根据权利要求182至183中任一项所述的方法，其中每天进行所述施用两次。
185.根据权利要求182至184中任一项所述的方法，其中所述受试者是人类。
186.根据权利要求182至185中任一项所述的方法，其中待抑制的微生物生长是铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌或鲍曼不动杆菌的生长。
187.一种向受试者供应一氧化氮的方法，其包括将有效剂量的根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌放置在紧邻所述受试者处。
188.一种减少体臭的方法，其包括向有需要的受试者局部施用有效剂量的根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌。
189.一种治疗与低亚硝酸盐水平有关的疾病的方法，其包括向有需要的受试者局部施用治疗有效剂量的根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌。
190.根据权利要求189所述的方法，其中所述疾病是HIV皮炎、糖尿病足溃疡中的感染、过敏性皮炎、痤疮例如寻常痤疮、湿疹、接触性皮炎、过敏反应、银屑病、皮肤感染、血管疾病、阴道酵母菌感染、性传播疾病、心脏病、动脉粥样硬化、脱发、继发于糖尿病或卧床的下肢溃疡、心绞痛特别是慢性稳定型心绞痛、缺血性疾病、充血性心脏衰竭、心肌梗死、缺血再灌注损伤、蹄叶炎、高血压、肥厚性器官退化、雷诺氏现象、纤维化、纤维化器官退化、过敏、自身免疫性致敏、终末期肾病、肥胖、阳痿或癌症。
191.一种治疗皮肤病症的方法，其包括向有需要的受试者局部施用治疗有效剂量的根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌。
192.根据权利要求191所述的方法，其中所述皮肤病症是痤疮例如寻常痤疮、酒渣鼻、湿疹或银屑病。
193.根据权利要求191所述的方法，其中所述皮肤病症是溃疡，例如，静脉性溃疡，例如下肢溃疡，例如下肢静脉性溃疡，例如糖尿病足溃疡中的感染。
194.根据权利要求191至193中任一项所述的方法，其中局部施用包括用亚硝化单胞菌(例如，根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌)预治疗所述受试者。
195.根据权利要求191至194中任一项所述的方法，其中局部施用包括在所述皮肤病症发生之前的局部施用。
196.根据权利要求191至195中任一项所述的方法，其中局部施用包括在所述皮肤病症发生之后的局部施用。
197.一种促进伤口愈合或闭合的方法，其包括向伤口施用有效剂量的根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌。
198.根据权利要求197所述的方法，其中所述伤口包含一种或多种非所需的细菌，例如，致病性细菌。
199.根据权利要求197所述的方法，其中所述伤口包含金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌或鲍曼不动杆菌。
200.根据权利要求197所述的方法，其中在所述伤口出现之前向所述受试者施用所述亚硝化单胞菌。
201.根据权利要求197所述的方法，其中向所述伤口施药包括在所述伤口出现之前向所述受试者施药。
202.根据权利要求197至201中任一项所述的方法，其进一步包括在所述伤口出现之后向所述伤口施用亚硝化单胞菌。
203.一种杀死致病性细菌或抑制致病性细菌的生长的方法，其包括使亚硝化单胞菌细菌(例如，根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌)接触(例如，施加至)皮肤。
204.根据权利要求203所述的方法，其中所述致病性细菌促进下列病状中的一个或多个：HIV皮炎、溃疡(例如，静脉性溃疡，例如下肢溃疡，例如下肢静脉性溃疡，例如糖尿病足溃疡中的感染)、过敏性皮炎、痤疮(例如寻常痤疮)、湿疹、接触性皮炎、过敏反应、银屑病、荨麻疹、酒渣鼻、皮肤感染、血管疾病、阴道酵母菌感染、性传播疾病、心脏病、动脉粥样硬化、脱发、继发于糖尿病或卧床的下肢溃疡、心绞痛(特别是慢性稳定型心绞痛)、缺血性疾病、充血性心脏衰竭、心肌梗死、缺血再灌注损伤、蹄叶炎、高血压、肥厚性器官退化、雷诺氏现象、纤维化、纤维化器官退化、过敏、自身免疫性致敏、终末期肾病、肥胖、阳痿、肺炎、原发性免疫缺陷病、大疱性表皮松解症或癌症。
205.根据权利要求204所述的方法，其中所述病状是溃疡，例如，静脉性溃疡，例如下肢溃疡，例如下肢静脉性溃疡，例如糖尿病足溃疡中的感染。
206.根据权利要求204所述的方法，其中所述病状是下肢静脉性溃疡。
207.根据权利要求204所述的方法，其中所述病状是痤疮，例如寻常痤疮。
208.根据权利要求204所述的方法，其中所述病状是寻常痤疮。
209.根据权利要求203至208中任一项所述的方法，其中所述致病性细菌是痤疮丙酸杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌或鲍曼不动杆菌中的一个或多个。
210.根据权利要求203至209中任一项所述的方法，其进一步包括确定所述受试者是否需要杀死致病性细菌或抑制致病性细菌的生长，例如，确定所述受试者需要杀死致病性细菌或抑制致病性细菌的生长。
211.根据权利要求203至210中任一项所述的方法，其进一步包括选择需要杀死致病性细菌或抑制致病性细菌的生长的受试者。
212.一种改变受试者的皮肤微生物组的组成的方法，其包括：
向所述皮肤的表面施用(例如，施加)含有氨氧化细菌的制剂，
其中施用例如施加的量和频率足以减少所述皮肤表面上的致病性细菌的比例。
213.根据权利要求212所述的方法，其进一步包括基于所述受试者需要减少皮肤表面上的致病性细菌的比例来选择所述受试者。
214.根据权利要求212至213中任一项所述的方法，其中所述制剂包含氨、铵盐和尿素中的至少一种。
215.根据权利要求212至214中任一项所述的方法，其中所述制剂包含控释材料，例如，缓释材料。
216.根据权利要求212至215中任一项所述的方法，其中所述氨氧化细菌的制剂进一步包含赋形剂，例如，药学上可接受的赋形剂或美容上可接受的赋形剂中的一种。
217.根据权利要求216所述的方法，其中所述赋形剂例如所述药学上可接受的赋形剂和所述美容上可接受的赋形剂中的一种适用于局部、鼻部、肺部和胃肠道施用中的一个。
218.根据权利要求216至217中任一项所述的方法，其中所述赋形剂例如所述药学上可接受的赋形剂和所述美容上可接受的赋形剂中的一种是表面活性剂。
219.根据权利要求218所述的方法，其中所述表面活性剂选自由以下所组成的组：椰油酰胺丙基甜菜碱(ColaTeric COAB)、聚山梨醇酯(例如，Tween 80)、乙氧基化月桂醇(RhodaSurf 6 NAT)、月桂基醚硫酸钠/月桂基葡糖苷/椰油酰胺丙基甜菜碱(Plantapon 611 L UP)、月桂基醚硫酸钠(例如，RhodaPex ESB 70 NAT)、烷基聚葡糖苷(例如，Plantaren 2000N UP)、月桂基醚硫酸钠(Plantaren 200)、布朗纳博士的卡斯蒂利亚肥皂、月桂胺氧化物(ColaLux Lo)、十二烷基硫酸钠(SDS)、聚磺酸酯烷基聚葡糖苷(PolySufanate 160 P)、月桂基硫酸钠(Stepanol-WAExtra K)及其任意组合。
220.根据权利要求212至219中任一项所述的方法，其中所述制剂大体上不含其它生物体。
221.根据权利要求212至220中任一项所述的方法，其中所述制剂被布置在粉末、化妆品、乳霜、棒状物、气雾剂、药膏、擦拭物或绷带中。
222.根据权利要求212至221中任一项所述的方法，其中所述制剂作为粉末、化妆品、乳霜、棒状物、气雾剂、药膏、擦拭物或绷带来提供。
223.根据权利要求212至222中任一项所述的方法，其中所述制剂包含保湿剂、脱臭剂、香味剂、着色剂、驱虫剂、清洁剂或防紫外线剂。
224.根据权利要求216至217中任一项所述的方法，其中所述赋形剂例如所述药学上可接受的赋形剂或所述美容上可接受的赋形剂包括抗粘附剂、粘合剂、涂层剂、崩解剂、填充剂、调味剂、着色剂、润滑剂、助流剂、吸附剂、防腐剂或甜味剂。
225.根据权利要求212至224中任一项所述的方法，其中所述含有氨氧化细菌的制剂包含约108至约1014CFU/L。
226.根据权利要求225所述的方法，其中所述制剂包含约1x109CFU/L至约10x109CFU/L。
227.根据权利要求212至226中任一项所述的方法，其中所述含有氨氧化细菌的制剂包含约50毫克(mg)至约1000mg氨氧化细菌。
228.根据权利要求216至227中任一项所述的方法，其中氨氧化细菌对所述赋形剂例如所述药学上可接受的赋形剂或所述美容上可接受的赋形剂的质量比在约0.1克/升至约1克/升的范围内。
229.根据权利要求212至228中任一项所述的方法，其中所述氨氧化细菌的制剂可用于治疗或预防皮肤病症、治疗或预防与低亚硝酸盐水平有关的疾病或病状、治疗或预防体臭、进行治疗以向受试者供应一氧化氮或进行治疗以抑制微生物生长例如致病性细菌的生长。
230.根据权利要求212至229中任一项所述的方法，其中所述氨氧化细菌选自由亚硝化单胞菌属、亚硝化球菌属、亚硝化螺菌属、亚硝化囊菌属、亚硝化叶菌属、亚硝化弧菌属和其组合所组成的组。,
231.根据权利要求212至230中任一项所述的方法，其中所述制剂包含选自由乳酸杆菌属、链球菌属、双歧杆菌属及其组合所组成的组的生物体。
232.根据权利要求212至230中任一项所述的方法，其中所述制剂大体上不含除氨氧化细菌以外的生物体。
233.根据权利要求212至232中任一项所述的方法，其中所述氨氧化细菌的制剂包含处于生长状态的氨氧化细菌。
234.根据权利要求212至232中任一项所述的方法，其中所述氨氧化细菌的制剂包含处于储存状态的氨氧化细菌。
235.根据权利要求212至234中任一项所述的方法，其用于递送美容产品。
236.根据权利要求212至234中任一项所述的方法，其用于递送治疗产品。
237.根据权利要求212至236中任一项所述的方法，其中所述制剂可用于治疗下列中的至少一个：HIV皮炎、糖尿病足溃疡中的感染、过敏性皮炎、痤疮例如寻常痤疮、湿疹、接触性皮炎、过敏反应、银屑病、荨麻疹、酒渣鼻、皮肤感染、血管疾病、阴道酵母菌感染、性传播疾病、心脏病、动脉粥样硬化、脱发、继发于糖尿病或卧床的下肢溃疡、心绞痛特别是慢性稳定型心绞痛、缺血性疾病、充血性心脏衰竭、心肌梗死、缺血再灌注损伤、蹄叶炎、高血压、肥厚性器官退化、雷诺氏现象、纤维化、纤维化器官退化、过敏、自身免疫性致敏、终末期肾病、肥胖、阳痿、肺炎、原发性免疫缺陷病、大疱性表皮松解症或癌症。
238.根据权利要求237所述的方法，其中所述制剂可用于治疗痤疮例如寻常痤疮、湿疹、银屑病、荨麻疹、酒渣鼻和皮肤感染中的至少一个。
239.根据权利要求212至238中任一项所述的方法，其中将所述制剂提供在容器中，所述制剂和所述容器具有小于约50、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500或2000克的重量。
240.根据权利要求212至239中任一项所述的方法，其中所述制剂具有小于约0.1％至约10％的表面活性剂。
241.根据权利要求212至240中任一项所述的方法，其中所述制剂大体上不含表面活性剂。
242.根据权利要求212至241中任一项所述的方法，其中所述制剂包含螯合剂。
243.根据权利要求212至242中任一项所述的方法，其中每天施用所述制剂约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24次。
244.根据权利要求212至243中任一项所述的方法，其中每天施用所述制剂一次。
245.根据权利要求212至243中任一项所述的方法，其中每天施用所述制剂两次。
246.根据权利要求212至245中任一项所述的方法，其中施用所述制剂约1-3天、3-5天、5-7天、7-9天、5-10天、10-14天、12-18天、12-21天、21-28天、28-35天、35-42天、42-49天、49-56天、46-63天、63-70天、70-77天、77-84天或84-91天。
247.根据权利要求212至246中任一项所述的方法，其中施用所述制剂约16天。
248.根据权利要求212至247中任一项所述的方法，其进一步包括从所述皮肤表面获取样品。
249.根据权利要求248所述的方法，其进一步包括分离所述样品中的细菌的DNA。
250.根据权利要求248至249中任一项所述的方法，其进一步包括对所述样品中的细菌的DNA进行测序。
251.根据权利要求212至250中任一项所述的方法，其中施用所述氨氧化细菌增加所述表面上的非致病性细菌的比例。
252.根据权利要求251所述的方法，其中所述非致病性细菌是共生非致病性细菌。
253.根据权利要求252所述的方法，其中所述非致病性细菌是葡萄球菌属的共生非致病性细菌。
254.根据权利要求253所述的方法，其中所述非致病性细菌是共生非致病性细菌表皮葡萄球菌。
255.根据权利要求252至254中任一项所述的方法，其中所述葡萄球菌属的非致病性细菌在约2周后增加或被确定为增加。
256.根据权利要求255所述的方法，其中所述非致病性细菌表皮葡萄球菌在约2周后增加或被确定为增加。
257.根据权利要求212至256中任一项所述的方法，其中潜在致病性的或疾病相关性的丙酸杆菌在约2周后减少或被确定为减少。
258.根据权利要求212至257中任一项所述的方法，其中潜在致病性的或疾病相关性的寡养单胞菌在约2周后减少或被确定为减少。
259.根据权利要求212至258中任一项所述的方法，其中所述皮肤表面包含伤口。
260.一种通过根据权利要求212至259中任一项所述的方法来治疗痤疮例如寻常痤疮的方法。
261.一种通过根据权利要求212至259中任一项所述的方法来治疗湿疹的方法。
262.一种通过根据权利要求212至259中任一项所述的方法来治疗银屑病的方法。
263.一种通过根据权利要求212至259中任一项所述的方法来治疗荨麻疹的方法。
264.一种通过根据权利要求212至259中任一项所述的方法来治疗酒渣鼻的方法。
265.一种通过根据权利要求212至259中任一项所述的方法来治疗皮肤感染的方法。
266.一种通过根据权利要求212至258中任一项所述的方法来减少受试者表面上的非所需细菌的量的方法。
267.一种核酸，其包含来自SEQ ID NO:66或其逆向补体内的15至100个连续核苷酸的序列，条件为所述核酸具有非天然存在的序列或另一种修饰如标签或二者。
268.根据权利要求267所述的核酸，其中所述15至100个连续核苷酸的序列是未在亚硝化单胞菌菌株C91中发现的序列中。
269.根据权利要求267或268所述的核酸，其进一步包含位于来自SEQ ID NO:66内的15-100个连续核苷酸的序列的5’端的异源序列。
270.根据权利要求267或268所述的核酸，其进一步包含位于来自SEQ ID NO:66内的15-100个连续核苷酸的序列的3’端的异源序列。
271.根据权利要求267或268所述的核酸，其进一步包含位于来自SEQ ID NO:66内的15-100个连续核苷酸的序列的5’端的第一异源序列和位于来自SEQ ID NO:66内的15-100个连续核苷酸的序列的3’端的第二异源序列。
272.根据权利要求267至271中任一项所述的核酸，其具有15-20个、20-25个、25-30个、30-24或25-40个核苷酸的长度。
273.根据权利要求267至272中任一项所述的核酸，其结合例如共价结合至可检测标记，例如荧光标记。
274.一种组合物，其包括：
包含来自SEQ ID NO:66内的15至100个连续核苷酸的第一核酸；以及
包含来自SEQ ID NO:66的逆向补体内的15至100个连续核苷酸的第二核酸，
条件为所述第一核酸或所述第二核酸或两者具有非天然存在的序列或修饰如标签或二者。
275.根据权利要求274所述的组合物，其中所述第一核酸、所述第二核酸或所述第一核酸和第二核酸中的每个不包含在亚硝化单胞菌菌株C91中发现的序列中。
276.根据权利要求274或275所述的组合物，其中所述第一核酸、所述第二核酸或所述第一核酸和第二核酸中的每个进一步包含位于来自SEQ ID NO:66内的15-100个连续核苷酸的序列的5’端的异源序列。
277.根据权利要求274至276中任一项所述的组合物，其中所述第一核酸、所述第二核酸或所述第一核酸和第二核酸中的每个进一步包含位于来自SEQ ID NO:66内的15-100个连续核苷酸的序列的3’端的异源序列。
278.根据权利要求274至277中任一项所述的组合物，其中所述第一核酸、所述第二核酸或所述第一核酸和第二核酸中的每个具有15-20个、20-25个、25-30个、30-24或25-40个核苷酸的长度。
279.根据权利要求274至278中任一项所述的组合物，其中所述第一核酸、所述第二核酸或所述第一核酸和第二核酸中的每个结合(例如，共价结合)至可检测标记，例如荧光标记。
280.一种核酸，其由序列AATCTGTCTCCACAGGCAGC(SEQ ID NO:64)组成。
281.一种核酸，其由序列TATACCCACCACCCACGCTA(SEQ ID NO:65)组成。
282.一种分子，其包含根据权利要求280或281所述的核酸以及可检测标记，例如荧光标记。
283.一种组合物，其包括由序列AATCTGTCTCCACAGGCAGC(SEQ ID NO:64)组成的第一核酸和由序列TATACCCACCACCCACGCTA(SEQ ID NO:65)组成的第二核酸。
284.一种组合物，其包括：
第一分子，所述第一分子包含(i)由序列AATCTGTCTCCACAGGCAGC(SEQ ID NO:64)组成的第一核酸，并且任选地包含(ii)可检测标记，例如荧光标记；以及
第二分子，所述第二分子包含(i)由序列TATACCCACCACCCACGCTA(SEQ ID NO:65)组成的第二核酸，并且任选地包含(ii)可检测标记，例如荧光标记。
285.一种检测样品中是否存在D23亚硝化单胞菌核酸的方法，其包括：
使用特异于亚硝化单胞菌D23的引物对所述样品进行聚合酶链反应(PCR)；以及
测定是否产生了PCR产物，其中PCR产物的存在表明所述样品中存在所述D23亚硝化单胞菌核酸。