一种环状RNA和疾病关联预测方法

文档序号:33933889发布日期:2023-04-22 13:54阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于,步骤s2所述融合标识符的形成方法为:若疾病或者circrna之间有语义相似度,对其最终的融合数据进行取平均值的运算;若没有,则取高斯交互核相似度来补充不同数据库之间的数据差异,最后将疾病和circrna的融合相似度降维后进行拼接形成最后的融合标识符。

3.根据权利要求1所述的环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于,所述疾病语义相似度的具体计算方式为:

4.根据权利要求1所述的环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于,所述circrna表达谱相似度的具体计算方式为:将带有表达谱数据的circrna表示为一个32维的特征向量,并使用降序的方法对不同circrna的表达谱数据进行重新排序,使用spearman相关系数得到circrna之间的表达谱相似性。

5.根据权利要求1所述的环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于,所述jaccard相似度的具体计算方式为:

6.根据权利要求3所述的环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于,所述融合方法的具体实现为:

7.根据权利要求2所述的环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于通过aane算法,得到与余弦相似度矩阵差值最小的图嵌入表达矩阵,所得到的图嵌入表达矩阵即为低维特征,所述aane提取低维特征的步骤包括:

8.根据权利要求2所述的环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于,所述对模型参数和网络结构进行优化的步骤为:

9.根据权利要求2所述的环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于,所述随机森林的生成方法为:

10.根据权利要求1-9任一所述的环状rna和疾病关联预测方法,其特征在于,基于pytorch和python及其辅助库编写。


技术总结
本发明公开了一种环状RNA和疾病关联预测方法,使用图嵌入和动态卷积自动编码器等深度学习技术,对疾病语义相似度、高斯轮廓交互核、表达谱相似度、Jaccard相似度等生物学信息进行数据融合,然后将描述符依次通过加速属性网络嵌入(AANE)算法和DCAEs算法对描述符进行低维和深层特征的提取,最后使用旋转森林分类器来预测潜在的circRNA和疾病的关联。本发明充分利用有限的生物信息并创新了性能更好的深度学习模型,可以更为有效地应用到circRNA和疾病关联进而提升预测精度。

技术研发人员:袁林,赵佳旺,赖锦灵
受保护的技术使用者:齐鲁工业大学
技术研发日:
技术公布日:2024/1/11
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