一种基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法及装置与流程

文档序号:33022509发布日期:2023-01-20 18:53阅读:来源:国知局

技术特征:
1.一种基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法,其特征在于,包括:接收杂交鱼类基因样本,并对所述基因样本进行测序,得到对应的测序数据,并根据所述测序数据得到对应的第一统计数据及对应的第一统计图;根据所述测序数据的测序类型确定对应的比对软件及识别软件,并获取预设的鱼类基因组集合,通过所述比对软件,将所述测序数据比对到所述鱼类基因组集合,得到对应的比对结果,并统计所述比对结果得到对应的第二统计数据及对应的第二统计图;通过多种所述识别软件识别所述比对结果中的结构变异,得到对应的多种基因重组结果,并获取所述基因重组结果的交集,得到对应的重组基因集;根据所述重组基因集绘制对应的circos图,并绘制重组基因集中每个重组基因位点的示意图。2.根据权利要求1所述的基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法,其特征在于,所述方法还包括:当所述测序数据为dna数据时,所述通过所述识别软件识别所述比对结果中的结构变异,包括:通过所述识别软件识别所述比对结果在基因组的结构变异;当所述测序数据为rna数据时,所述通过所述识别软件识别所述比对结果中的结构变异,包括:通过所述识别软件识别所述比对结果在基因的融合基因。3.根据权利要求1所述的基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法,其特征在于,所述方法还包括:将所述第一统计图、第二统计图、circos图、示意图与所述杂交鱼类基因样本对应保存,并将保存的数据更新到基因样本数据库。4.根据权利要求1所述的基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法,其特征在于,所述方法还包括:对所述基因样本进行预处理,所述预处理包括:去除基因样本中的接头序列、两端低质量序列及包含连续多个n碱基或者长度低于预设阈值的序列。5.根据权利要求1所述的基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法,其特征在于,所述测序数据,包括:第二代测序数据、第三代测序数据。6.根据权利要求1所述的基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法,其特征在于,所述第一统计数据、第二统计数据,包括:基因序列数量、基因序列参数、基因数据总量。7.一种基于测序的杂交鱼类基因重组分析装置,其特征在于,所述装置包括:接收模块,用于接收杂交鱼类基因样本,并对所述基因样本进行测序,得到对应的测序数据,并根据所述测序数据得到对应的第一统计数据及对应的第一统计图;比对模块,用于根据所述测序数据的测序类型确定对应的比对软件及识别软件,并获取预设的鱼类基因组集合,通过所述比对软件,将所述测序数据比对到所述鱼类基因组集合,得到对应的比对结果,并统计所述比对结果得到对应的第二统计数据及对应的第二统计图;
识别模块,用于通过所述多种识别软件识别所述比对结果中的结构变异,得到对应的多种基因重组结果,并获取所述基因重组结果的交集,得到对应的重组基因集;绘制模块,用于根据所述重组基因集绘制对应的circos图,并绘制重组基因集中每个重组基因位点的示意图。8.根据权利要求7中所述的基于测序的杂交鱼类基因重组分析装置,其特征在于,所述装置还包括:第一识别模块,用于当所述测序数据为dna数据时,通过所述识别软件识别所述比对结果在基因组的结构变异;第二识别模块,用于当所述测序数据为rna数据时,通过所述识别软件识别所述比对结果在基因的融合基因。9.一种电子设备,包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序,其特征在于,所述处理器执行所述程序时实现如权利要求1至6任一项所述基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法的步骤。10.一种非暂态计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,其特征在于,该计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1至6任一项所述基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法的步骤。

技术总结
本发明实施例提供一种基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法及装置,所述方法包括:接收杂交鱼类基因样本,并对基因样本进行测序,得到对应的测序数据;根据测序数据的测序类型确定对应的比对软件及识别软件,并获取预设的鱼类基因组集合,通过比对软件,将测序数据比对到鱼类基因组集合,得到对应的比对结果;通过多种识别软件识别比对结果中的结构变异,得到对应的基因重组结果,并获取多种基因重组结果的交集,得到对应的重组基因集;并绘制对应的circos图,并绘制重组基因集中每个重组基因位点的示意图。采用本方法能够准确的对杂交鱼类的基因组重组进行分析,识别鱼类杂交过程中产生的基因组重组位点,并提高了测序分析的自动化程度和计算效率。动化程度和计算效率。动化程度和计算效率。


技术研发人员:刘少军 任力 覃钦博 陶敏 张纯 汤陈宸 陈禹保 陈超 闫鹏程
受保护的技术使用者:武汉旭唐生命科技有限公司
技术研发日:2022.11.18
技术公布日:2023/1/19
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