如那些描述于 Tschesche(MethodsinProteinBiochemistry,ISBNWalterdeGruyter, 2011,ISBN 3110252368,9783110252361)、Goluch等（Chip-baseddetectionofprotein cancermarkers,ProQuest, 2007,ISBN0549463453,9780549463450)、 Speicher(ProteomeAnalysis:InterpretingtheGenome,Elsevier,2004,ISBN 0080515304,9780080515304)、Albala等（ProteinArrays,BiochipsandProteomics，CRC Press, 2003,ISBN0203911121, 9780203911129) ^Walker(TheProteinProtocols Handbook,Springer, 2002,ISBN0896039404,9780896039407)nFung(Protein Arrays:MethodsandProtocols,Springer, 2004,ISBN1592597599,9781592597598) 和Bienvenut(AccelerationandImprovementofProteinIdentificationbyMass Spectrometry,Springer, 2005,ISBN1402033184, 9781402033186)，其每一篇通过提述以 其整体并入用于所有目的。在一些实施方案中，所述生物标志物的蛋白质表达水平通过免 疫组织化学（IHC)、免疫印迹、蛋白质免疫染色、蛋白质免疫沉淀、免疫电泳、免疫印迹、BCA 测定法、分光光度法、质谱法或酶测定法进行检测和测量。
[0052] 对于其他的与生物标志物水平的检测、量化和比较相关的方法，参见，例如， CurrentProtocolsinMolecularBiology,Ed.Ausubel,FrederickM. (2010)；Current ProtocolsinProteinScienceLast,Ed.Coligan,JohnE.,等(2010)；Current ProtocolsinNucleicAcidChemistry,Ed.Egli,Martin(2010)；CurrentProtocols inBioinformatics,Ed.Baxevanis,AndreasD. (2010)以及MolecularCloning:A LaboratoryManual,ThirdEdition,Sambrook,Joseph(2001)，其全部通过提述以其全文 并入本文。
[0053] 用于获得生物样品的方法为本领域熟知且可采用标准的用于获得生物样品的任 何方法。可使用本发明的方法的生物样品包括但不限于血清、血液、血浆、全血和其衍生 物、皮肤、毛发、毛囊、唾液、口腔粘液、阴道粘液、汗液、泪液、上皮组织、尿液、精子（semen)、 精液（seminalfluid)、精浆、前列腺液、前射精液（考珀液（Cowper'sfluid))、排泄物、 活检组织、腹水、脑脊液、淋巴以及组织提取物的样品或活检样品。（参见，例如，Clinical Proteomics:MethodsandProtocols,Vol. 428inMethodsinMolecularBiology,Ed. AntoniaVlahou(2008).)在一个实施方案中，本发明的生物样品包括食管的任何细胞或组 织样品，例如，食管癌的原位或循环的或迀移的细胞。在另一实施方案中，本发明的生物样 品包括食管的细胞或组织样品的任何提取物或部分或整体组分，例如，食管癌的原位或循 环的或迀移的细胞。
[0054] 在一些实施方案中，适合于通过本发明的方法治疗的患者是亚裔或非洲裔。在一 些实施方案中，所述患者为亚裔且展示了一种或多种EGFR生物标志物的存在。在一些实施 方案中，所述患者为东亚裔。
[0055] 在一些实施方案中，治疗的食管癌是食管鳞状细胞癌（SCC)。食管癌通常为产生于 食管表皮或表面里层（surfacelining)的癌。多数食管癌落入一种或两种类型：鳞状细胞 癌，其在其表现以及与烟草和酒精消耗的相关性上与头颈癌相似，以及腺癌，其经常与胃食 管返流疾病和巴雷特食管（Barrett'sesophagus)病史相关。
[0056] 可使用任何合适的检测来确定癌症的组织学。这些测试和检测包括但不限于，食 管癌的通常病征或症状，其包括但不限于食物通过食管和有可能口腔的反向运动（返流）、 与进食无关的胸痛、固体或液体吞咽困难、烧心、吐血、声音嘶哑、慢性咳嗽、呃逆、肺炎、骨 骼疼痛、进入食管内的出血和体重减轻、病史和身体检查、成像测试、胸部X射线、计算机断 层扫描（CT)扫描、磁共振成像（MRI)扫描、正电子发射断层扫描（PET)扫描、骨扫描、痰细 胞学、针吸活检、支气管镜检查、支气管内超声、内窥镜食管超声、纵隔镜检查及纵隔切开 术、胸腔穿刺、胸腔镜检查、免疫组织化学、分子学测试、验血、吞钡、超声内镜、食道胃十二 指肠镜检查（esophaogastroduodenoscopy)Φ⑶）和活检，或从其衍生的任何合适的方法。
[0057] 在一些实施方案中，抗EGFR作用剂疗法可与一种或多种化学疗法、放射疗法、化 学放射疗法或靶向疗法共同施用。
[0058]在一些实施方案中，所述化学疗法包括但不限于长春碱（vinblastine)、 长春新喊（vincristine)、更生霉素（dactinomycin)、柔红霉素（daunorubicin)、 阿霉素（doxorubicin)、依托泊苷（etoposide)、光神霉素（mithramycin)、紫杉醇 (paclitaxel)、多西他赛（docetaxel)、顺钼（cisplatin)、卡钼（carboplatin)、氣尿啼啶 (fluorouracil)、亚叶酸（folinicacid)和依立替康（irinotecan)。
[0059]在一些实施方案中，所述革巴向疗法包括但不限于贝伐单抗（bevacizumab)、曲 妥珠单抗（trastuzumab)、厄洛替尼（erlotinib)、帕尼单抗（panitumumab)、索拉非 尼（sorafenib)、英夫利昔单抗（infliximab)、阿达木单抗（adalimumab)、巴利昔单抗 (basiliximab)、达利珠单抗（daclizumab)和奥马珠单抗（omalizumab)。
[0060] 在一些实施方案中，所述放射疗法以约40Gy至约80Gy的剂量施用。在一些实施 方案中，剂量为约50Gy至约70Gy，在一些实施方案中，所述剂量为约50Gy至约65Gy。在一 些实施方案中，所述放射疗法以约50Gy、约55Gy、约60Gy或约65Gy的剂量施用。
[0061] 在一些实施方案中，本发明提供为预测、确定、评估或监测用抗EGFR作用剂疗法 治疗食管癌的治疗或效力提供有用信息的方法。这些方法包括在来自患者的生物样品中确 定一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在，并向实体提供关于一种或多种EGFR生物 标志物存在或不存在的信息，所述实体基于一种或多种EGFR生物标志物的存在或不存在 来提供对治疗或效力的确定或评估。如果一种或多种EGFR生物标志物存在，所述实体可提 供应该使用或应该持续抗EGFR作用剂疗法治疗的确定结果。如果一种或多种EGFR生物标 志物不存在，所述实体可提供不应该使用或应该终止抗EGFR作用剂疗法治疗的确定结果。 [0062] 本发明还提供试剂盒。本发明的试剂盒包括至少一种用于在生物样品中测量一种 或多种EGFR生物标志物的试剂以及任选的用于使用一种或多种EGFR生物标志物结果来确 定食管癌治疗的说明书。举例来说，一种或多种EGFR生物标志物的存在指示抗EGFR作用 剂疗法的应答者，且EGFR生物标志物的不存在指示抗EGFR作用剂疗法的非应答者。 实施例
[0063] 实施例1增确宙ESC对西妥昔单抗的应答
[0064] 概要
[0065] 背景：食管鳞状细胞癌（SCC)是致命的恶性肿瘤（malignance)且在中国的部分地 区特别流行，其不具有有效靶向疗法的选择。西妥昔单抗已被批准用于治疗表达EGFR的转 移性结肠直肠癌（mCRC)和头颈鳞状细胞癌，但未用于食管SCC的检测。
[0066] 方法：我们评估了西妥昔单抗在一系列源自未接受治疗的食管SCC患者的异体移 植（PDX)模型中的抗肿瘤活性，并通过分析（profile)这些模型的基因表达和致癌基因突 变鉴定了可确定应答者和非应答者的预测性生物标志物。
[0067] 发现：在测试的15例食管SCCPDX模型中，其全部在一定程度上对西妥昔单抗应 答，其应答率显著高于在其他癌症类型中所见。表达信息分析和拷贝数目的变化分析揭示 了应答与EGFR基因扩增和高表达直接相关。该观察结果提示EGFR对该疾病是关键的致癌 驱动者。西妥昔单抗可以是食管SCC患者的有效治疗选择且EGFR基因扩增/表达可以是 该ESC亚组的预测性生物标志物。有必要进行进一步临床研究来帮助在AC-SCC中扩大西 妥昔单抗的适应症。
[0068] 食管癌（ESC)是最致命的癌症这一，其具有低于10%的5年生存率（全国食管-胃 癌审查：一项在英格兰和威尔士对患有食管-胃癌的人士获得的护理的审查。第三次年度 报告伦敦，NHS信息中心；2010)。现有两种主要的ESC组织学类型：鳞状细胞癌（SCC)和腺 癌（ADC)。除手术外，标准的治疗选择为化学放射疗法（CRT)。所有这些都具有有限的效 果。食管SCC在中国的部分地区特别流行，且没有有效的靶向疗法。
[0069] 西妥昔单抗是一种单克隆抗体，其与EGFR结合并阻断EGFR配体诱导的下游信 号传导。食品药品监督管理局（FDA)已批准西妥昔单抗用于治疗在结肠12/13处无激 活的KRAS突变的表达EGFR的转移性CRC(mCRC)(CiardielloFandTortoraG·NEngl 了]^(1.20081&^13;358(11):1160-74)，以及头颈的鳞状细胞癌（30(：圆）出〇111^^弘，等 LancetOncol.Jan;11 (1):21-8)，一种与ESC-SCC相似的癌症类型。已有多项关于西妥 昔单抗/化疗剂的组合疗法用于晚期ESC的II期临床试验。已实施了少数一些试验用 于在ESC患者中测试西妥昔单抗的活性（OkinesA,等NatRevClin0ncol.2011Aug; 8 (8) : 492-503)。在一项试验中，与CRT联合治疗了 57例ESC癌症患者，其中48例ADC和12 例SCC。49/57(70% )在CRT后具有完全的临床应答（SafranH,等IntJRadiatOncol BiolPhys.2008Feb1;70(2):391-5)。在中国的一项包括 5 例胃癌（GC)和 5 例ESC-SCC 的小型研究中，对于ESC-SCC发现了更好的临床效益，但该样品数目由于太小而无法做出 结论（QiuH-j,等JournalofOncology. 2012 ; 16(4) : 294)。SC0PE1，一组用确诊的ESC进 行且确定使用或不使用西妥昔单抗的化学放射疗法的2组II/III期试验，目前正在UK进 行（HurtCN，等BMCCancer. 2011 ;11:466)。还需对西妥昔单抗对食管SCC进行测试。
[0070] 源自患者的异种移植模型（PDX)在无任何体外处理的情况下，可反映患者的组织 病理学和遗传学谱（DingL,等Nature. 2010Apr15 ;464 (7291) :999-1005;MarangoniE, 等ClinCancerRes. 2007Jul1 ;13(13):3989-98;NematiF,等ClinCancerRes. 2010Apr 15 ;16(8):2352-62;NematiF,等Anticancerdrugs. 2010Jan;21 (1):25-32;FichtnerI， 等ClinCancerRes. 20080ct15 ;14(20):6456-68;andHennesseyPT,等PLoSOne. 2011 ; 6 (5) :e20584)。其具有改进的临床前癌症模型预测能力且使得用于靶向疗法的预测性生物 标志物得以发现。由于癌症患者群体的广泛多样性，临床试验的成功很大程度上依赖于纳 入表达预期的靶且具有正确基因谱的很可能的应答者，以及排除非应答者。较大的PDX模 型集合可能潜在反映患者中肿瘤的多样性，且因此可通过模拟临床试验模式用于检测调查 研究的靶向药物。
[0071] 建立了被称为ESCHuPrime?模型的较大ESCPDX集合。在15例源自未接受过 治疗的食管SCC患者的异种移植（PDX)模型群体中评估西妥昔单抗的抗肿瘤活性，并通过 分析这些模型的基因表达和致癌基因突变鉴定了确定应答者和非应答者的预测性生物标 志物。因此这些数据提示西妥昔单抗可以是用于ESC-SCC患者（包括来自东亚的特定患 者）的新型有效治疗选择。
[0072] 材料和方法
[0073] 患者肿瘤样品和免疫损伤小鼠中的植入。手术取出的新鲜ESC-SCC肿瘤组织在术 后立刻用于植入免疫损伤的小鼠。其他人已广泛描述了皮下植入（MarangoniE,等Clin癌 Res. 2