筛选水稻组织特异表达顺式作用元件及其侧翼序列的方法与流程

文档序号:18108182发布日期:2019-07-06 11:48阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种筛选水稻组织特异表达顺式作用元件及其侧翼序列的方法,其特征包括下列步骤:

(1)从水稻全生育期表达谱芯片数据库CREP中获得水稻不同组织特异表达基因信息;

(2)根据组织特异表达基因的表达模式将所述的组织特异表达基因分为3类:即在幼苗,叶片,叶鞘,颖壳,茎杆其中一个或多个组织特异表达的绿色组织特异表达基因、胚乳组织特异表达基因和剩余组织特异表达基因;

(3)将步骤(2)所述的基因的上游2000bp序列设定为所述基因的启动子,将所述的3类基因的启动子分别命名为绿色组织特异表达启动子(GSP)、胚乳特异表达启动子(ESP)和剩余组织特异表达启动子(RSP);根据植物顺式作用元件数据库PLACE中的信息对启动子区进行顺式作用元件扫描分析;

(4)淘汰在全部GSP中出现总数少于1000次的顺式作用元件;

(5)在余下的顺式作用元件中,在GSP中出现频率同时高于在ESP和RSP中出现频率的元件被定为与绿色组织特异表达相关的顺式作用元件;

(6)挑选未被报道的与绿色组织特异表达相关的顺式作用元件进行功能鉴定,选出序列为ATATT的元件ROOTMOTIFTAPOX1进行鉴定,将其命名为GEAT;根据GEAT在GSP和ESP扫描的结果确定GEAT的侧翼序列;所述的侧翼序列包括顺式作用元件的上下游各3个碱基,即,根据在GSP中出现的频率高于在ESP中同一位点出现的频率,同时在GSP中出现的频率高于25%的碱基挑选为侧翼序列;将所述的侧翼序列与GEAT进行组合得到如SEQ ID NO:2所示的序列GEATFLK;

(7)将步骤(6)得到的序列GEATFLK进行4次重复,并置于-46Minimal 35S的上游,同时以-46Minimal 35S为对照,导入启动子功能分析载体pDX2181,转化水稻受体中花11,鉴定序列GEATFLK的功能;

(8)在确定不产生已知能够促进表达的顺式作用元件的前提下,对GEAT的侧翼序列分别进行定点突变;

(9)将GEAT与突变侧翼序列的组合分别进行4次重复并置于-46Minimal 35S上游,导入载体pDX2181,转化水稻中花11验证侧翼序列不同碱基在维持GEAT功能中的作用,所述的GEAT与突变侧翼序列的组合的核苷酸序列如SEQ ID NO:3至SEQ ID NO:12所示。

2.一种顺式作用元件GEAT在绿色组织中特异表达所必需的侧翼序列与GEAT的组合,它的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:2所示。

3.如权利要求2所述的序列在水稻遗传改良中的应用。

当前第2页1 2 3 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1