NGS系统对照和涉及所述NGS系统对照的方法与流程

文档序号:12486568阅读:来源:国知局

技术特征:

1.核酸对照,其用于靶标核酸序列-特异性基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中所述核酸对照包含不同于靶标核酸序列的至少一种核酸对照序列。

2.根据权利要求1所述的核酸对照,其中所述核酸对照序列来源于不同于所述靶标序列所来源的生物、微生物或器官的生物、微生物或其器官。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的核酸对照,其中所述核酸对照序列选自非人、病毒、细菌、真菌和病原体来源的核酸,来源于动物、植物的核酸,或者来源于器官或身体部分的核酸,所述器官或身体部分不同于分析所述靶标核酸序列是否存在的器官或身体部分。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的核酸对照,其中所述核酸对照序列选自非人来源的核酸或选自病毒核酸。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的核酸对照,其中所述核酸对照序列选自从植物病毒所选的核酸。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的核酸对照,其中所述核酸对照序列选自来源于烟草花叶病毒的核酸。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的核酸对照,其中所述核酸对照序列选自来源于烟草花叶病毒的核酸,其中所述核酸进一步选自野生型序列或突变体序列。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的核酸对照,其中所述对照包含至少两个不同的核酸对照序列。

9.根据权利要求1-8中任一项所述的核酸对照,其中所述对照包含至少一种野生型核酸序列和所述野生型核酸序列的至少一种突变体。

10.根据权利要求1-9中任一项所述的核酸对照,其中已对所述突变体核酸序列进行人工突变。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的核酸对照,其中所述突变体核酸序列具有单个核苷酸突变、多于1个核苷酸的突变、核酸残基的倒位、缺失或添加。

12.核酸对照混合物,其用于靶标核酸序列-特异性基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其以预先确定的比例包含至少两种如根据权利要求1-11中任一项所定义的核酸对照。

13.根据权利要求1-12中任一项所述的核酸对照,其中所述核酸是质粒或质粒混合物。

14.试剂盒,其用于靶标核酸序列-特异性基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,包含如权利要求1-13中所定义的至少一种核酸对照,并且任选地包含用于基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的核酸检测方法的其它试剂。

15.基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,包括从样品和至少一种对照样品提取核酸材料,其中在提取之前制备所述对照样品,其还包括将所提取的核酸材料进行下一代测序方法。

16.根据权利要求15所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中所述对照样品包含添加有如权利要求1-13中所定义的核酸对照的样品材料。

17.根据权利要求15或16中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中所述方法适合于检测来源于感染剂或来自致癌基因的序列的存在与否。

18.根据权利要求15-17中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中来源于感染剂或来自致癌基因的靶标序列的存在或不存在以及测序反应之后至少一种核酸对照序列的存在指示了从所述样品完成了核酸提取。

19.根据权利要求15-18中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,还包含污染对照。

20.根据权利要求15-19中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中所述污染对照包含如权利要求1-13中所定义的至少一种核酸对照。

21.根据权利要求15-20中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中所述污染对照不包含样品材料。

22.根据权利要求15-21中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其包括对所述污染对照进行靶标核酸-特异性测序反应。

23.根据权利要求15-22中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其包括对所述污染对照进行靶标核酸特异性测序反应,其中所述污染对照中靶标核酸特异性序列检测的不存在和对照核酸特异性序列的存在的检测指示不存在污染。

24.根据权利要求15-23中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中在从所述样品提取核酸之后,所述对照核酸以0.1-10fg的量存在。

25.根据权利要求15-24中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中以1fg至5000fg,或10fg至1000fg,或10fg至500fg,或10fg至250fg的量将所述对照核酸加入到所述对照样品中。

26.根据权利要求15-25中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中选择加入到所述对照样品中的对照核酸的量以导致对所述靶标核酸的基于NGS的检测和测序基本无干扰。

27.根据权利要求15-26中任一项所述的基于下一代测序的诊断方法或基于下一代测序的靶标核酸检测方法,其中所述样品是来源于人受试者的临床样品,并且其中所述对照核酸是包含非人病毒的野生型和/或突变序列的质粒,所述病毒选自不感染人的动物病毒、植物病毒,如烟草花叶病毒,或者其中已人工设计对照核酸并且所述对照核酸在自然界没有等价物。

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