烟草花叶病毒的新物种的制作方法

本发明涉及烟草花叶病毒属(tobamovirus)(帚状病毒科(Virgaviridae))的新物种，其感染茄科(Solanaceae)植物。本发明还涉及所述病毒物种用于鉴定和/或产生抗性茄科植物(例如番茄、烟草、辣椒和茄子)的用途。所述新的烟草花叶病毒物种能够在携带番茄花叶病毒(ToMV)抗性基因Tm1、Tm2和Tm22的番茄植物上繁殖和扩散，即这些抗性基因针对所述新病毒是无效的，并且植物被感染时产生多种症状，例如叶的(温和)花叶病、叶赤褐化、起疱和叶变形。提供了一种新的病毒物种——其在本文中称为番茄花叶重型病毒(ToMSV或TMSV)，用于诊断所述新烟草花叶病毒物种在茄科物种(特别是番茄、烟草、辣椒和茄子)的植物和/或植物部分中的存在的方法，以及使用所述新病毒的分离株(例如分离株VE484(2015年1月19日以登录号DSM29970保藏))来筛选具有针对所述病毒的抗性的植物和/或植物部分的方法。
背景技术：
：历史上，番茄中的烟草花叶病毒被共同归类为烟草花叶病毒(TMV)毒株。然而，现在根据序列的不同将这些烟草花叶病毒分类为不同的病毒物种。烟草花叶病毒物种包括辣椒温和斑点病毒(PMMV)、烟草花叶病毒(TMV)、番茄花叶病毒(ToMV)和许多其他的病毒(参见例如病毒的ICTVdB索引(ICTVdBIndexofViruses))。植物病毒可对水果和蔬菜的生产具有破坏性。尽管许多商业品种携带病毒抗性基因，这样的抗性基因可变得无效，因为物种的抗性破坏毒株可进化或新病毒物种可进化。在番茄中，三种显性ToMV抗性基因几十年来被用于防治ToMV，即Tm1(从多毛番茄(S.habrochaites)基因渗入；赋予针对ToMV毒株0和2的抗性)、Tm2和Tm22(都从秘鲁番茄(S.peruvianum)基因渗入，分别赋予针对ToMV毒株0和1以及0、1和2的抗性)。Tm1抗性基因编码的蛋白结合ToMV复制蛋白并抑制ToMV的RNA依赖性的RNA复制。ToMV的抗性破坏突变体的复制蛋白不结合Tm1，表明所述结合对于抑制而言是重要的(参见Ishibashi和Ishikawa,JVirol.2013年7月；87(14):7933-7939)。Tm22抗性基因编码识别ToMV移动蛋白(特别是所述移动蛋白的羧基末端)的蛋白，并且在所述移动蛋白的羧基末端具有氨基酸变化的Tm22抗性破坏毒株不再被识别，从而能够克服抗性(参见Weber和Pfitzner,1998,MPMI11卷,498-503页)。在抗性基因和病毒进化之间存在着持续的进化竞赛。因此，快速鉴定新病毒是重要的，以获得用于鉴定有效针对这类新病毒的抗性基因的工具。本发明的一个目的是鉴定烟草花叶病毒的新物种，其在本文中被称为番茄花叶重型病毒(ToMSV或TMSV)，其能够感染携带这三种抗性基因的任一种或其组合的番茄植物。本发明的另一个目的是提供用于诊断这种新病毒物种的方法，以及使用所述物种的毒力分离株来筛选种质中的新抗性源的方法。技术实现要素：本文使用的术语“包括”及其变化形式以其非限制性含义使用，意指包括该词之后的项，但是不排除未特别提及的项。然而，技术人员将理解，术语“包括”还涵盖了术语“由……组成”。此外，通过叙述“一”或“一个”来提及要素不排除多于一个该要素存在的可能性，除非上下文清楚地需要有且仅有一个该要素。因此，“一”或“一个”通常意指“至少一个”或“一个或多个”。术语“栽培种”(或“栽培的”植物)在本文中用于表示具有不同于“野生”状态的生物状态的植物，其中“野生”状态表示植物或种质(accession)的原始非栽培的、非驯化的或天然的状态，术语“栽培的”不包括这样的野生植物或杂草植物。术语“栽培种”包括具有良好的农艺学特征的材料，例如育种材料、研究材料、育种系、优良育种系、合成群体、杂种、创建原种/基础群体、近交系、栽培种(自由授粉的杂交栽培种)、分离群、突变/遗传原种和先进/改良的栽培种。在一个实施方案中，术语栽培种还包括当地品种(landrace)，即经多年人工选择和本地栽培并被改造为适于特定的地理环境且享有公用基因库的辣椒植物(或群体)。与野生种质相比，栽培种具有良好的农艺学特性，例如高产量、更大的果实尺寸、更高的能育性、植物和/或果实更高的均一性等。本文使用的术语“植物”包括完整的植物或其任何部分或衍生物，例如植物器官(例如采收的或未采收的果实、叶、种子、花等)、植物细胞、植物原生质体、从中可再生出完整植物的植物细胞或组织培养物、植物愈伤组织、植物细胞团和植物中完整的植物细胞，或植物部分，例如胚、花粉、胚珠、子房、果实(例如采收的组织或器官，如采收的辣椒果实或其部分)、花、叶、种子、无性繁殖的植物、根、根状茎(root-stock)、茎、根尖等。还包括任何发育阶段，例如未成熟和成熟的幼苗等。“植物品种”是在已知最低等级的相同植物分类群中的一组植物，所述植物品种可以是基于源自某一基因型或基因型组合的特征的表达来定义(无论是否满足《植物育种者权利》(plantbreeder'srights)中的识别条件)，可以通过那些特征中的至少一种的表达而将所述植物品种与任何其他组的植物区分开，也可将所述植物品种看作一个实体，因为其可被繁殖而无任何改变。因此，如果一组植物的特征都在于存在一个基因座或基因(或者由该单个基因座或基因产生的一系列表型特征)，但是它们又在其它基因座或基因上可以彼此显著不同，那么即使它们是同一类的，也不可以使用术语“植物品种”来表述该组植物。茄科是指包括属(尤其是茄属(Solanum)和辣椒属(Capsicum))的植物科，所述属包括人工栽培和育种的水果和植物物种，例如番茄(Solanumlycopersicum)(番茄)、辣椒(Capsicumannuum)(辣椒)、茄子(Solanummelongena)(茄子)和香瓜茄(Solanummuricatum)(香瓜茄)。“番茄植物”或“栽培的番茄植物”是这样的番茄植物：即人工栽培并且具有良好的农艺学特征的番茄物种的品种、育种系或栽培种；优选地，这类植物不是“野生植物”，所述野生植物即通常具有比栽培植物差得多的产率和差得多的农艺学特征并且例如天然生长在野生群中的植物。“野生植物”包括例如物种的野生种质或野生近缘种。在本发明的一方面，所谓的传统番茄品种(heirloomtomatovariety)或栽培种——即，通常在人类历史的较早时期被种植并通常被改造为适于特定地理区域的自由授粉品种或栽培种——在本文中被作为栽培番茄植物涵盖在本发明的一个方面中。在一个实施方案中，术语“栽培种”还包括当地品种，即经多年人工选择和本地栽培并被改造为适于特定的地理环境且享有公用基因库的植物(或群体)。术语“栽培种”(或“栽培的”植物)在本文中用于表示具有不同于“野生”状态的生物状态的植物，其中“野生”状态表示植物或种质的原始非栽培的或天然的状态，术语栽培的不包括这样的野生植物或杂草植物。术语栽培种包括具有良好农艺学特征的材料，例如育种材料、研究材料、育种系、优良育种系、合成群体、杂种、创建原种/基础群体、近交系、栽培种(自由授粉的杂交栽培种)、分离群、突变/遗传原种和先进/改良的栽培种。番茄的野生近缘种包括野生番茄(S.arcanum)、克梅留斯基番茄(S.chmielewskii)、小花番茄(S.neorickii(＝L.parviflorum))、契斯曼尼番茄(S.cheesmaniae)、多腺番茄(S.galapagense)、细叶番茄(S.pimpinellifolium)、智利番茄(S.chilense)、S.corneliomulleri、多毛番茄(S.habrochaites(＝L.hirsutum))、S.huaylasense、蒜芥茄(S.sisymbriifolium)、秘鲁番茄(S.peruvianum)、多毛番茄(S.hirsutum)、潘那利番茄(S.pennellii)、樱桃番茄(S.lycopersicoides)、里基茄(S.sitiens)或赭黄茄(S.ochranthum)。本文使用的“辣椒植物”或“辣椒”是辣椒属植物或其部分(例如果实)。辣椒包括所有种类的辣椒，例如辣椒和非辣椒(甜椒)。该术语包括野生种质和驯化的辣椒。“驯化的辣椒”是指物种辣椒(CapsicumannuumL.)、黄灯笼辣椒(CapsicumchinenseJacq.)、小米椒(CapsicumfrutescensL.)、风铃辣椒(CapsicumbaccatumL.)和CapsicumpubescensRuiz&Pav。术语“栽培的辣椒”是指驯化的辣椒的育种系和品种，其在田间或在受保护的环境(例如温室或隧道)中通过人工栽培以产生果实。与野生种质相比，栽培种具有良好的农艺学特性，例如高产量、更大的果实尺寸、更高的能育性、植物和/或果实更高的均一性等。栽培种的实例包括属于物种辣椒(Capsicumannuum)、黄灯笼辣椒(Capsicumchinense)、小米椒(Capsicumfrutescens)、风铃辣椒(Capsicumbaccatum)和Capsicumpubescens的栽培品种。“植物基因型”是指基因型上非常相近的植物，例如种子库的种质(例如，美国的GRIN保藏中心中的种质；http://www.ars-grin.gov/npgs/acc/acc_queries.html或荷兰瓦格宁根大学和研究中心的CGN(遗传资源中心)保藏中心中的种质)的植物及通过自交获得的其后代，或植物株系的植物，或品种的植物。“植物株系”或“育种系”是指植物及其后代。本文使用的术语“近交系”是指已被反复自交的植物株系。“F1、F2等”是指两个亲本植物或亲本株系之间杂交之后的连续相关世代。通过杂交两个植物或株系而产生的种子长出的植物被称为F1代。自交F1植物产生F2代等。“F1杂种”植物(或F1杂种种子)是杂交两个近交的亲本珠系而获得的世代。“杂种”或“杂种植物”是通过至少两种不同的植物或不同的亲本株系植物的互交(异花授粉)而产生的植物。应理解，本文涵盖这样的杂交的种子(杂种种子)，以及从那些种子生长出的杂种植物和从那些生长出的植物获得的植物部分。术语“性状”是指可遗传的特征(例如ToMSV抗性)，其例如通过杂交和选择可从一株植物转移到另一株植物。“ToMSV”、“ToMSV毒株”或“ToMSV分离株”或“ToMSV致病型”是指可通过显微术、通过序列比较和/或通过病害测定在血清学上(使用抗体)测定的番茄花叶重型病毒的毒株，其全部如本文所述。“VE484”是指ToMSV的毒力株，其代表性的样品以登录号DSM29970保藏在DSZM。“Tm1基因”或“Tm1抗性基因”是指本领域已知的显性抗性基因，其赋予对ToMV毒株0和2的抗性，例如可从商业番茄品种Mobaci获得。“Tm2基因”或“Tm2抗性基因”是指本领域已知的显性抗性基因，其赋予对ToMV毒株0和2的抗性，例如可从商业番茄品种Moperon获得。“Tm22基因”或“Tm22抗性基因”是指本领域已知的显性抗性基因，其赋予对ToMV毒株0、1和2的抗性，例如可从商业番茄品种Momor获得。具有或包含“ToMSV抗性”或为“ToMSV抗性的”植物(例如茄科，例如番茄或栽培番茄的野生近缘种，野生或栽培的辣椒属种、茄子或香瓜茄)是指这样的植物，其未发展出全身性症状，并且在其中在用一种或多种ToMSV的传染性毒株(例如毒株V484)接种或感染之后病毒发生或不发生全身性扩散(即扩散到植物的未接种和/或未感染部分，例如上部叶)。如果病毒并未发展出全身性症状，也无法全身扩散，则此抗性可称为“完全抗性”，而如果病毒并未发展出全身性症状，但是病毒可全身扩散，则此抗性在本文中也称为“耐受性”。可使用多种方法来测试抗性(包括完全抗性和耐受性)，一个实例是使用人工机械接种测定，从而，例如，用传染性毒株(例如Ve484)对植物的一片或两片幼叶或子叶进行机械接种，并且在接种后一天或更多天评估未接种的植物部分(例如上部叶)的全身性症状(例如花叶病、叶变形、起疱和/或赤褐化)和/或未接种的植物部分中病毒的存在(使用例如ELISA、电子显微术等)。“全身性症状”是在接种/感染的组织或植物部分(例如真叶或子叶或茎或下胚轴)以外的其他组织或植物部分(例如其他叶)上(例如在病毒已从接种/感染的叶或子叶或茎或下胚轴扩散至其上的上部叶上)可见的症状。“全身性扩散”是指病毒已从接种/感染的组织或植物部分(例如叶或子叶或茎或下胚轴)扩散至未接种/未感染的组织或植物部分(例如扩散至上部叶)。术语“等位基因”意指特定基因座上基因的一种或多种替代形式中的任一种，所有这些等位基因均与特定基因座处的一种性状或特征相关。在生物体的二倍体细胞中，给定基因的等位基因位于染色体上的特定位置或单个基因座(多个基因座)。一对同源染色体中的每条染色体上存在一个等位基因。二倍体植物物种(例如辣椒和番茄)可以在特定基因座上包含大量不同的等位基因。这些等位基因可以是所述基因的相同等位基因(纯合的)或两个不同的等位基因(杂合的)。术语“蛋白质”是指具有作用模式、大小、三维结构或来源的多肽。因此，蛋白质的“片段”或“部分”可仍然被称为“蛋白质”。“分离的蛋白质”用于指不再存在于其天然环境中的蛋白质。可通过使用全局或局部比对算法比对两个肽或两个核苷酸序列来确定“序列同一性”和“序列相似性”。然后，当通过例如程序GAP或BESTFIT或Emboss程序“Needle”(使用默认参数，参见下文)对序列进行最佳比对时，这些序列共有至少某一最小的序列同一性百分比(如下文进一步定义的)时，所述序列可以被称作“基本相同”或“基本相似”。这些程序使用Needleman和Wunsch全局比对算法来对两个序列的全长进行比对，该算法最大化匹配数并最小化空位数。通常，使用默认参数，其中空位生成(gapcreation)罚分＝10，空位延伸(gapextension)罚分＝0.5(对于核苷酸和蛋白质比对均如此)。对于核苷酸，使用的默认评分矩阵是nwsgapdna，而对于蛋白质，默认评分矩阵是Blosum62(Henikoff&Henikoff,1992,PNAS89,915-919)。例如可以使用计算机程序(例如GCGWisconsinPackage，版本10.3，可从美国加利福尼亚州92121-3752圣迭戈市Scranton路9685号AccelrysInc.获得，或EMBOSS(http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/emboss))来确定用于百分比序列同一性的序列比对和得分。或者，可以通过搜索数据库(例如FASTA、BLAST等)来确定百分比相似性或同一性，但是应检索命中并进行成对比对以比较序列同一性。“平均值”在本文中是指算术平均值。“严格杂交条件”可用于与给定核苷酸序列基本相同的鉴定核甘酸序列(在已知为核酸杂交法的方法中)。严格条件是序列依赖性的，并且在不同的情况下是不同的。通常，选择严格条件为比特定的序列在确定的离子强度和pH下的热熔解温度(Tm)低约5℃。所述Tm为(在确定的离子强度和pH下)50％的靶序列与完全匹配的探针杂交时的温度。通常选择其中在pH7下盐浓度为约0.02摩尔且温度为至少60℃的严格条件。降低盐浓度和/或增加温度均会提高严格性。RNA-DNA杂交(使用例如100nt探针的RNA印迹法)的严格条件为，例如包括在63℃下于0.2XSSC中进行至少一次持续20分钟的洗涤的那些，或等同的条件。DNA-DNA杂交(使用例如100nt探针的DNA印迹法)的严格条件为，例如包括在至少50℃(通常约55℃)的温度下于0.2XSSC中至少一次(通常2次)持续20分钟的洗涤的那些，或等同的条件。也可参见Sambrook等人(1989)MolecularCloning:ALaboratoryManual,第二版,ColdSpringHarborLaboratoryPress，和Sambrook和Russell(2001)MolecularCloning:ALaboratoryManual,第三版,ColdSpringHarborLaboratoryPress,NY；以及Ausubel等人(1994)CurrentProtocolsinMolecularBiology,CurrentProtocols,USA，卷1和2。具体实施方式本发明提供了新的烟草花叶病毒，其在本文中被称为番茄花叶重型病毒(ToMSV或TMSV)，所述病毒在来自番茄生产田间的叶样品中鉴定并且通过ELISA、电子显微术和生物测定被鉴定为烟草花叶病毒，通过病毒基因组测序发现其为番茄烟草花叶病毒的新物种。分离该病毒的毒株并称为毒株VE484，其被保藏在DSMZ。毒株VE484能够感染包含广泛使用的抗性基因Tm1、Tm2和Tm22的栽培番茄植物。该毒株还能够感染其他茄科，特别是辣椒属成员(例如栽培辣椒)，以及可能的茄属其他成员，除番茄之外，例如番茄的野生近缘种、茄子和香瓜茄。如同在其他烟草花叶病毒中，该正义单链RNA病毒的基因组序列(SEQIDNO:1和SEQIDNO:2)编码四种ORF(开放阅读框)。全部基因组长度为6402个碱基，并且与最相似的病毒——Genbank登录号FR878069.1(烟草花叶病毒毒株OhioV，完整基因组，基因组RNA)具有仅82％的序列同一性。根据这一基因组序列同一性的低百分比(低于90％)，因此提出烟草花叶病毒属内的新物种命名，这是根据在书籍“VirusTaxonomy:9threportoftheInternationalCommitteeonVirusTaxonomy”,ISBN978-0-12-384684-6,p1155中提出的物种划分标准。在本文中，提议将核苷酸基因组序列的序列同一性小于90％的病毒归类为新属。此外，由四种ORF编码的蛋白质在公共序列数据库中是独特的。使用Emboss-needle(成对比对，默认参数)，与最相似的Genbank登录号的序列同一性百分比如下所示：表1——ORF1(SEQIDNO:3)，蛋白质p126蛋白质p126(SEQIDNO:3)的长度为1116个氨基酸，分子量为126kDa，并且包含甲基转移酶和解旋酶结构域。表2——ORF2(SEQIDNO:4)，蛋白质p183ORF2(SEQIDNO:4)CCC33060.1ABN79257.1ORF2(SEQIDNO:4)100％CCC33060.193.0％100％ABN79257.192.9％98.8％100％蛋白质p183(SEQIDNO:4)的长度为1609个氨基酸，分子量为183kDa，并且包含甲基转移酶和解旋酶结构域(如同p126)和另外的聚合酶结构域(RdRP)。蛋白质p183由p126终止密码子的阻遏而产生。表3——ORF3(SEQIDNO:5)，移动蛋白质ORF3(SEQIDNO:5)AAY44881.1CCC33061.1ORF3(SEQIDNO:5)100％AAY44881.179.4％100％CCC33061.179.4％96.3％100％SEQIDNO:5(ORF3)的蛋白质长度为266个氨基酸，分子量为29.7kDa，并且是病毒移动蛋白质(MP)。表4——ORF4(SEQIDNO:6)，外壳蛋白质ORF4(SEQIDNO:6)AIW42686.1ABN13962.1ORF4(SEQIDNO:6)100％ABN13962.181.8100％AIW42686.180.796.9100％SEQIDNO:6(ORF4)的蛋白质长度为176个氨基酸，分子量为19.6kDa，并且是病毒外壳蛋白质(CP)。病毒不是昆虫媒介传播的，而是机械传播的。病毒也可能通过种子(即在被感染的植物上产生的种子)传播，因为发现病毒是种子产生的。被感染的叶的电子显微术表明病毒粒子为杆状，长度约300纳米(nm)，直径18nm。使用叶的机械接种，可使病毒在茄科(例如番茄和本氏烟草(Nicotianabenthamiana))上繁殖。在一方面，本发明提供了烟草花叶病毒的新物种，其基因组序列包含与SEQIDNO:1的基本序列同一性，即与SEQIDNO:1至少83％的序列同一性，优选至少84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或甚至99％或100％。在一方面，本发明提供了烟草花叶病毒的新物种，其核酸基因组序列包含与SEQIDNO:1(也示于图1)的基本序列同一性，其中基本序列同一性意指与SEQIDNO:1至少90％，优选至少91％、92％、93％或更高(例如至少94％、95％、96％、97％、98％或甚至99％或100％)的序列同一性。通过使用全基因组序列的成对比对，例如使用Emboss程序‘Needle’(使用默认参数)，来测定序列同一性。除毒株VE484(其代表性样品已保藏)以外，该新物种的其他毒株存在或将发展。技术人员根据本发明(例如选自序列同一性、生物测定、症状、基于抗体的测定等的一种或多种标准)可容易地分离和鉴定这类其他毒株。在一方面，提供了烟草花叶病毒，它不存在于活体植物中(即病毒从整株活体植物如存在于田间的植物中分离)，而是以以下形式提供：例如已切断的植物部分(例如新鲜的叶组织、冻干的植物组织)，或提取的植物体液或溶液(例如缓冲剂)。还可以以包含病毒的容器来提供病毒。所述病毒在茄科物种上，特别是在茄属和辣椒属物种上是传染性的。在一方面，所述病毒导致茄属物种上(例如至少在番茄上，特别是缺少Tm抗性基因或包含一种或多种Tm抗性基因的栽培番茄，所述Tm抗性基因选自Tm1、Tm2和Tm22)的全身性症状。所述病毒例如导致具有以下基因型的番茄栽培种的全身性症状：Tm1/Tm1(Tm1纯合型)；Tm1Tm2/Tm1Tm2(Tm1和Tm2纯合型)；Tm1/Tm22/Tm1/Tm22(Tm1和Tm22纯合型)；Tm2/Tm2(Tm2纯合型)；Tm22/Tm22(Tm22纯合型)。在其他方面，所述病毒导致辣椒属植物上(特别是辣椒物种的栽培辣椒上)的全身性症状。全身性症状是除病毒进入或接种的位置以外的植物的其他部位。这表明病毒能够从感染位置(例如叶)扩散到植物的其他部位，例如其他叶如上部叶(即病毒全身性扩散)。全身性症状是不同的，并且包括以下症状中的一种或多种：花叶病、叶变形、叶起疱和/或叶赤褐化。在一些实例中，植物还可以保持无症状，尽管病毒已全身性扩散。因此，在一方面，病毒导致全身性症状的能力表明，在被病毒感染(例如在田间或通过种子传播)或接种(例如机械接种)的相同基因型植物的至少40％、50％、60％中，优选至少70％、80％、85％、90％或更多中出现一种或多种全身性症状。这类植物基因型因此易受病毒感染，尽管并非所有植物都表现出全身性症状。在有症状和无症状的植物中，病毒的全身性扩散可通过多种方法来测定，所述方法检测(并任选地定量)未感染或未接种的植物部分(例如上部叶中)中病毒的存在。所述病毒可通过各种方法或其组合来检测，所述方法包括显微术(例如电子显微术)、基于抗体的测试(例如ELISA或横向流动装置测试)、RT-PCT(逆转录酶PCR)、测序、核酸杂交法(使用例如严格杂交条件)、生物测定法(例如指示植物如烟草克桑西变种(Nicotianatabacumvar.Xanthi)(包含纯合形式的N基因)和粘毛烟草(Nicotianaglutinosa)等的接种)。在其他方面，提供了包含烟草花叶病毒新物种的容器。优选地，所述容器包含一种病毒株，优选感染性毒株。容器可以是任何容器，例如管、小瓶、孔、瓶、袋等。病毒可以以各种形式存在于容器中，例如以切断的植物组织(例如新鲜、干燥或冻干的组织，如叶或叶部分、茎或茎部分、种子或种子部分等)存在。病毒也可存在于植物组织之外，例如以液体形式(例如提取的植物体液)，或以不包含植物细胞和不包含植物体液的溶液形式(例如水或缓冲液)。在一方面，提供了包含本发明的病毒的灭菌溶液。在一方面，所述病毒是单一传染性毒株，例如VE484或任何其他ToMSV毒株。在一方面，所述溶液是缓冲液。还提供了使用本发明的病毒来鉴定包含针对所述病毒的抗性(完全抗性或耐受性)的茄属和辣椒属植物的方法。所述新病毒可用于在茄属和/或辣椒属的不同植物基因型中筛选抗性(完全抗性或耐受性)植物基因型。在一方面，这表明所述病毒不导致全身性症状并且在植物基因型上不发生全身性扩散。所述病毒可任选地导致所述基因型的接种的植物部分(例如叶)上的局部损伤。在另一方面，所述病毒不导致全身性症状，但是在植物基因型上发生全身性扩散(耐受性)。所述方法可用于鉴定栽培植物(例如栽培番茄S.lycopersicum或栽培辣椒Capsicumannuum)，或优选包含ToMSV抗性的茄属或辣椒属的野生植物。因此，在一方面，所述方法用于鉴定ToMSV抗性植物(例如VE484抗性植物)，其中所述植物选自以下物种：番茄、野生番茄、克梅留斯基番茄、小花番茄、契斯曼尼番茄、多腺番茄、细叶番茄、智利番茄、S.corneliomulleri、多毛番茄、S.huaylasense、蒜芥茄、秘鲁番茄、多毛番茄、潘那利番茄、樱桃番茄、里基茄或赭黄茄。在另一方面，所述方法用于鉴定ToMSV抗性植物(例如VE484抗性植物)，其中所述植物选自以下物种：辣椒、黄灯笼辣椒、小米椒、风铃辣椒和Capsicumpubescens。在另一方面，所述方法用于鉴定ToMSV抗性植物(例如VE484抗性植物)，其中所述植物选自物种茄子和香瓜茄。所述方法包括以下步骤：a)提供一株或多株植物；b)提供包含本发明的病毒的接种物；c)使用b)的接种物来接种a)的植物的一个或多个植物部位；d)培养接种的植物。因此，如所提及的，步骤a)的一株或多株植物优选为茄属或辣椒属中的一株或多株植物，例如上文提及的物种中的一株或多株植物。当提及“一株或多株植物”时，应理解优选提及一种或多种植物基因型的若干株植物。因此，例如，如果测试一种或多种基因型(或种质)，例如番茄近缘种的一种或多种野生种质，优选提供各基因型的若干株植物，例如各基因型的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或更多株植物。类似地，如果要测试一种或多种育种系或栽培种，提供各育种系或栽培种的若干株植物。优选地，还包括具有已知症状学的ToMSV易感植物基因型，例如番茄品种Mobaci、Moperou、Momor、Mocimor、Philippos或其他。可使用已知方法制备病毒接种物。可收集例如出现症状的叶或其他被感染的植物组织并在缓冲液的存在下磨碎，或可使用传染性植物体液。也可使用保藏的病毒来制备传染性接种物。应注意，技术人员不需要使用保藏的病毒株(VE484，DSM29970)，但是可在田间鉴定新的烟草花叶病毒株，任选地通过测序所述病毒株来验证同一性，以及可使用所述毒株来制备传染性接种物。步骤c)优选通过机械接种进行，即使植物表面轻微地出现机械损伤以允许病毒进入。因此，例如，可以将例如碳化硅粉末撒在各植物的一片或多片叶或子叶上，然后将接种物添加到叶表面或子叶。或者，可接种其他植物部位，例如茎、下胚轴、叶柄或根的部位。清楚的是，有不同的方式来轻微损伤植物表面。因此，在一方面，c)的植物部位是叶、子叶、茎、下胚轴、根或叶柄。在步骤d)中，之后在允许植物进一步生长的温度、光和相对湿度下(取决于物种)培养植物。之后定期检查植物的全身性症状和/或局部损伤，例如在接种后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18和/或更多天之后。因此，在一方面，所述方法还包括步骤e)：评估植物或植物部位上的症状，特别是全身性症状和/或局部损伤(在接种的植物部位上)。“局部损伤”或“局部坏死性损伤”是这样的损伤，其作为植物的防御反应而形成并且阻止病毒扩散到未接种部位。因此，可评估全身性病毒症状，例如花叶病、叶变形、起疱和/或赤褐化的一种或多种，特别是在植物的未接种部位(例如上部叶)上。可在视觉上进行症状评估。任选地，所述方法还包括步骤f)测定(或评估)未接种的植物部位(例如上部真叶)中病毒粒子的存在。这可在一株或多株或全部接种植物上进行。在一方面，在未显示出全身性症状的一株或多株植物上进行。在一方面，缺少以上步骤e)，即不评估症状，但是在一株或多株接种植物上评估(一个或多个)未接种的植物部位中病毒粒子的存在。在步骤e)或f)之后，能够鉴定(选择)抗性或耐受性植物，或者抛弃全部易感植物。所述鉴定可以以多种方式进行：在一方面，所述方法还包括鉴定这样的植物(或多株植物)，其不具有全身性症状并且其中病毒粒子不存在于未接种的植物部位中。这类植物可被认为具有针对所述病毒的抗性。在另一方面，所述方法还包括鉴定这样的植物(或多株植物)，其在接种的植物部位上具有局部损伤和/或其中所述病毒粒子不存在于未接种的植物部位。这类植物可被认为具有针对所述病毒的抗性。在另一方面，所述方法还包括鉴定这样的植物，其不具有全身性症状并且其中病毒粒子存在于未接种的植物部位中。这类植物可被认为具有针对所述病毒的耐受性，即尽管所述病毒能够全身性扩散，但是并不导致全身性症状。在另一方面，所述方法还包括鉴定这样的植物，其与易感的对照植物相比具有显著减少的全身性症状并且其中病毒粒子存在于未接种的植物部位中。这类植物可被认为具有针对所述病毒的部分抗性。显著减少的全身性症状可例如为，显示出一种或多种全身性症状的基因型植物的百分比在统计学上显著低于显示出一种或多种全身性症状的易感对照植物的百分比。因此，例如，如果100％易感对照基因型的植物显示出一种或多种全身性症状，在部分抗性基因型中，显著更少的植物显示出一种或多种全身性症状，例如少于90％、80％、70％、60％、50％，或甚至少于40％的接种植物显示出一种或多种全身性症状。病毒粒子在未接种的植物部位中的存在可以各种方式测定，并且可任选地被定量。因此，例如，实施例中所述的ELISA试验可在未接种的部位(例如植物的上部叶)上进行以测定病毒是否存在以及是否因此已经全身性扩散。不同的方法可用于检测病毒，例如显微术(例如电子显微术)、基于抗体的测定(例如ELISA或横向流动装置测试)、或检测病毒RNA(或cDNA)的测试如基于聚合酶链式反应(PCR)的方法、核酸测序、核酸杂交法、或生物测定法(例如指示植物如烟草克桑西变种(包含纯合形式的N基因)和粘毛烟草等的接种)。任选地，可选择在未接种的植物部位不包含病毒的植物和/或抛弃在未接种的植物部位包含病毒的植物。因此，在一方面，所述方法包括测定未接种的植物部位中病毒粒子的存在。也可在上述方法中重新测试被鉴定的植物(或植物基因型)，即可将一株或多株被鉴定的植物再次用病毒接种并再次培养以在第二次测定或第三次测定中确认它们针对ToMSV毒株的抗性或部分抗性。还可测试不同的ToMSV毒株。由于在初次筛选中仅测试了一种基因型的若干株植物(例如1、2、3、4株植物)并且在初始筛选中可鉴定和选择一种基因型的仅1株或若干株植物，优选在第二次或第三次筛选中重新测试所鉴定的基因型的更大数量的植物，例如至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、34、25、26、27、28、29、30或更多株。当在任意上述方法中测试给定基因型的更大数量的植物时，优选至少80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、97％、98％、99％或最优选100％的相同基因型的植物被鉴定为具有完全抗性。同样，在一方面，优选至少80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、97％、98％、99％或最优选100％的相同基因型的植物被鉴定为具有耐受性。因此，上述方法可用于鉴定植物，特别是包含针对ToMSV的一种或多种毒株(例如针对VE484)的抗性的番茄的野生近缘种或辣椒属的野生种质或茄子或香瓜茄植物。本文包括通过上述方法获得的植物。存在于这类植物中的抗性基因之后可用于制备包含针对ToMSV的一种或多种毒株(例如至少针对毒株VE484)的抗性的栽培番茄植物或栽培辣椒植物或栽培茄子或香瓜茄。这类植物可通过传统育种技术来制备。在其他方面，本发明提供了评估植物或植物部位中本发明的病毒的存在，所述方法包括以下步骤：a)确定植物或植物部位中核酸分子的存在，所述核酸分子包含与SEQIDNO:1至少83％的序列同一性；和/或b)确定蛋白质或编码蛋白质的核酸分子的存在，所述蛋白质包含与SEQIDNO:3至少93％的序列同一性；和/或c)确定蛋白质或编码蛋白质的核酸分子的存在，所述蛋白质包含与SEQIDNO:4至少94％的序列同一性；和/或d)确定蛋白质或编码蛋白质的核酸分子的存在，所述蛋白质包含与SEQIDNO:5至少80％的序列同一性；和/或e)确定蛋白质或编码蛋白质的核酸分子的存在，所述蛋白质包含与SEQIDNO:6至少82％的序列同一性。由于病毒是RNA病毒，核酸分子是RNA分子。RNA分子通常通过以下方法来检测：首先使RNA逆转录为DNA(互补DNA或cDNA)，之后检测cDNA。RNA和cDNA具有相同的核苷酸碱基序列，除了RNA的尿嘧啶(U)被替换为胸腺嘧啶(T)。因此，cDNA的检测等同于RNA分子的检测。技术人员使用已知方法，可容易地确定步骤a)、b)、c)、d)或e)中任一步的核酸分子的存在。例如，技术人员能够设计用于RT-PCR的引物对并进行RT-PCR测定以扩增核酸分子或其部分。还可使用核酸杂交法(使用例如严格条件)。关于步骤a)，可设计引物以扩增SEQIDNO:1(VE484基因组的核酸序列)的任何部分，或包含与SEQIDNO:1至少83％的序列同一性，例如与SEQIDNO:1至少84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％或97％、98％或99％的序列同一性的核酸分子的任何部分。任选地，可使用引物对SEQIDNO:7和8或SEQIDNO:9和10的引物。为了检测包含与SEQIDNO:3至少93％(例如至少94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性；和/或包含与SEQIDNO:4至少94％(例如至少95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性；和/或包含与SEQIDNO:5至少80％(例如至少81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性；和/或包含与SEQIDNO:6至少82％(例如至少83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的核酸编码序列，可使用多种方法，例如设计引物对(或简并引物对)，所述引物对扩增这类核苷酸序列并检测样品中具有该序列的RNA分子的存在。同样，例如可使用RT-PCR。还可使用核酸杂交法(例如使用严格条件)。编码SEQIDNO:3、4、5和6的蛋白的核苷酸序列示于SEQIDNO:1和2。SEQIDNO:3的蛋白由SEQIDNO:1的核苷酸77至3424编码。SEQIDNO:4的蛋白由SEQIDNO:1的核苷酸77至3424和3446至4921编码。SEQIDNO:5的蛋白由SEQIDNO:1的核苷酸4911至5708编码，SEQIDNO:6的蛋白由SEQIDNO:1的核苷酸5671至6198编码。对于测定包含与SEQIDNO:3至少93％(例如至少94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性；和/或包含与SEQIDNO:4至少94％(例如至少95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性；和/或包含与SEQIDNO:5至少80％(例如至少81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性；和/或包含与SEQIDNO:6至少82％(例如至少83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的蛋白的存在，可使用多种方法。在一方面，优选使用基于抗体的方法，例如ELISA或LFD。能够使用任何能够结合上述蛋白中的一种(以形成抗体-抗原复合物)的捕获抗体。可将所述蛋白或蛋白部分用作抗原，即增加和产生与所述蛋白结合的抗体。实施例还表明，可使用Agdia公司销售的TMV抗体(目录号CAB57400、ECA57400、PSA57400和SRA57400)以检测毒株VE484。在另一方面，提供了包含与SEQIDNO:1至少83％(例如至少84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的分离的核酸分子或其部分。所述核酸分子可以是RNA或DNA分子。其部分可以是片段，例如包含所述核酸分子的至少15、20、30、40、50、100、200、500、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500、或6000个连续核苷酸的任何分子。在一个不同的方面，提供了包含与SEQIDNO:1的核苷酸77至3424至少80％(例如至少81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的分离的核酸分子。在一个不同的方面，提供了包含与SEQIDNO:1的核苷酸3446至4921至少80％(例如至少81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的分离的核酸分子。在一个不同的方面，提供了包含与SEQIDNO:1的核苷酸4911至5708至少80％(例如至少81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的分离的核酸分子。在一个不同的方面，提供了包含与SEQIDNO:1的核苷酸5671至6198至少80％(例如至少81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的分离的核酸分子。还提供了选自以下的蛋白质：包含与SEQIDNO:3至少93％(例如至少94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的蛋白质，包含与SEQIDNO:4至少94％(例如至少95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的蛋白质，包含与SEQIDNO:5至少80％(例如至少81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的蛋白质，和包含与SEQIDNO:6至少82％(例如至少83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的蛋白质。本发明的另一方面是针对选自以下的蛋白质或蛋白质部分产生的抗体：包含与SEQIDNO:3至少93％(例如至少94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的蛋白质，包含与SEQIDNO:4至少94％(例如至少95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的蛋白质，包含与SEQIDNO:5至少80％(例如至少81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的蛋白质，和包含与SEQIDNO:6至少82％(例如至少83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)的序列同一性的蛋白质。这类抗体可用于检测植物组织中或植物组织提取物中的ToMSV毒株。包含这类抗体的试剂盒是本发明的另一方面。这类试剂盒可以例如为ELISA试剂盒或LFD试剂盒。本文还提供了本发明的病毒用于鉴定茄属或辣椒属的抗性植物或部分抗性植物的用途。同样，提供了所述核酸分子(或序列)、蛋白分子(或序列)或这些中任一种的部分用于检测植物、植物部位或样品中本发明的病毒的用途。保藏信息ToMSV毒株Ve484的代表性样品由NunhemsB.V.于2015年1月19日保藏在DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,Inhoffenstrasse7B,38124Braunschweig,德国)，登录号为DSM29970。申请人要求，依据Rule32(1)EPC或具有类似条款和规章的国家或条约的相关法规，所述生物材料及其衍生的任何材料的样本只向指定的专业人员提供，直至专利授权公告或者提交之日起20年(如果所述申请被驳回、撤回或视为撤回)。在本申请未决期间，由美国专利局主任确定的有资格的人员可请求并获得所述保藏物。受37C.F.R.§1.808(b)的制约，在专利授权时，保藏者针对所保藏材料的公众可获得性而提出的所有限制都会被永久取消。所述保藏物将被维持30年，或在最近一次请求之后5年的时间，或被维持到专利的有效寿命期，以较长时间为准，在此期间如果所述保藏物一旦不能存活，都要将其替换。申请人不会放弃任何本专利申请或植物品种保护法(7USC2321etseq.)所授予的任何权利。以下非限制性实施例说明了本发明的辣椒植物、种子和果实的产生。本文提及的所有参考文献以引用的方式纳入。实施例实施例1——ToMSV的鉴定在来自番茄生产田间的叶样品中鉴定具有花叶病症状的番茄植物。所述番茄植物携带纯合形式的Tm22抗性基因。1.1横向流动装置测试收集具有症状的叶，并使用Agdia公司提供的用于检测TMV(烟草花叶病毒)的测试(ISK57400/0025)，根据制造商的使用说明来进行横向流动装置测试。简言之，将具有症状的叶组织放置在含有SEB1缓冲液的提取袋(在网孔衬里之间)中。通过摩擦网孔衬里之间的袋来提取病毒。然后将免疫条放置到袋的所谓“通道”部分中30分钟。如果测试充分进行，则对照线将变得可见。如果病毒存在，粉红/紫色测试线也将出现在条上。测试中的抗体检测烟草花叶病毒组的多种病毒(但是并非全部)。测试是阳性的，表明花叶病症状由烟草花叶病毒组成员引起。1.2番茄种子中的病毒检测从生产田间发现的被感染的植物收集种子。使用种子进行两个测定，ELISA测定(Agdia公司)和随后的在烟草植物上的局部损伤测定，如ISF方案“用于检测番茄种子上传染性烟草花叶病毒的方法(Methodforthedetectionofinfectioustobamovirusesontomatoseed)”(参见万维网worldseed.org/cms/medias/file/TradeIssues/PhytosanitaryMatters/SeedHealthTesting/ISHI-Veg/Tomato_Tobamo_Sept_2013.pdf)中所述。1.2.1样品制备通过在提取缓冲液中研磨种子样品，从250颗番茄种子制备12个接种物样品。还制备了来自阳性和阴性对照样品种子的样品。所述接种物样品首先用于ELISA，然后用于局部损伤测定。1.2.1ELISA使用Agdia公司的烟草花叶病毒ELISA完整试剂盒(PSA57400/0288)，根据制造商的使用说明来进行ELISA测定。简言之，该测试使用抗体包被的96孔微滴定板，所述抗体检测烟草花叶病毒组的多种病毒(但是并非全部)。在提取缓冲液中研磨组织样品(例如叶组织、种子等)并稀释。然后将样品加到微滴定孔中，同时加入所提供的对照(阳性对照、阴性对照和仅缓冲液)，并孵育。孵育之后洗涤板并将新鲜制备的碱性磷酸酶缀合物分配到孔中，之后再次孵育。再次洗涤板并将PNP底物加到各孔中，之后再次孵育。通过肉眼和/或在405nm下使用酶标仪来检查结果。通过肉眼检查时，有色孔为病毒阳性；和/或405nm下读数为背景(阴性对照)的2.5倍为病毒阳性。只有在阳性对照为有色，阴性对照几乎澄清并且仅有缓冲液的孔是无色时，测试结果才有效。1.2.2局部损伤测定局部损伤测定是这样的生物测定，其通过机械接种皆携带针对TMV的抗性的N基因的烟草克桑西变种和粘毛烟草的叶，用于检测传染性病毒粒子。在该测定中使用3000颗番茄种子。使烟草属(Nicotiana)植物生长至4-5真叶阶段，将每株植物上的两片叶上撒上碳化硅粉末并用12种接种物样品中的一种或用对照接种物样品来接种。通过在撒上碳化硅的叶上用接种物摩擦海绵并用海绵涂抹整个叶表面来进行接种。接种之后，在20-25℃下培养植物5-7天(至少12小时光照)，之后记录接种的叶上坏死性损伤的数量。这类局部坏死性损伤(超敏反应)表明，250个种子样品中的一个或多个种子包含传染性病毒粒子。结果在ELISA测定中和在局部损伤测定中，检测感染的番茄植物的种子中的番茄花叶重型病毒毒株。因此，所述毒株是种子携带的。1.3测序和序列分析将种子提取物接种的烟草叶用于制备接种物，所述接种物用于本氏烟草叶的机械接种。对叶进行机械接种(如上文所述使用碳化硅)并通过电子显微镜确定接种的叶中病毒粒子的存在。使用以下用于RT-PCR(逆转录酶PCR)的引物组合分离RNA并测序：Tob-Uni15'-ATTTAAgTggASggAAAAVCACT-3'(SEQIDNO:7)Tob-Uni25'-GTYGTTGATGAGTTCRTGGA-3'(SEQIDNO:8)或番茄F5'-GWCGCSGAKTCKGATTCGTWTTAAATATG-3'(SEQIDNO:9)番茄R5'-TGGGCCSCTACCSGSGG-3'(SEQIDNO:10)对若干不同的样品进行测序并比较序列。基因组病毒序列在SEQIDNO:1和SEQIDNO:2以及图1中提供。在SEQIDNO:1中示出了ORF1和ORF3，而在SEQIDNO:2中示出了ORF2(仅示出最后492个氨基酸)和ORF4。使用默认参数，在NCBI网站进行BLAST(基本局部比对检索工具)，以及使用程序Needle进行成对比对，其具有最佳BLAST命中(使用EMBOSS–needles，默认参数)。SEQIDNO:1基因组序列的BLAST结果和成对比对表明，数据库中最相似的病毒与本发明的病毒仅有82％的序列同一性，表明本发明的病毒是烟草花叶病毒的新物种。最相似病毒为Genbank登录号FR878069.1(烟草花叶病毒毒株OhioV，完整基因组，基因组RNA)。参见万维网ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FR878069.1。所述病毒也与在墨西哥、美国和中国发现的最近测序的ToMMV(番茄斑驳花叶病毒)(Genbank登录号KF477193)不同，与其仅有80.8％的序列同一性。四个ORF存在于基因组中。ORF1编码蛋白p126，其在SEQIDNO:3中提供。ORF2编码蛋白p183，其在SEQIDNO:4中提供。SEQIDNO:4的蛋白由ORF1末端的终止密码子的阻遏而产生。ORF3编码移动蛋白，其在SEQIDNO:5中提供。ORF4编码外壳蛋白，其在SEQIDNO:6中提供。所述烟草花叶病毒的新物种在本文中称为番茄花叶重型病毒(ToMSV或TMSV)，测序并保藏的传染性毒株称为VE484。实施例2——新的ToMSV病毒在番茄和辣椒上的生物测定(结果未示出)用保藏的病毒毒株VE484机械接种包含不同TMV/ToMV抗性基因的番茄品种的不同基因型。在生物测定中接种的基因型为：番茄品种基因型MobaciTm1/Tm1(Tm1纯合型)MoperouTm2/Tm2(Tm2纯合型)MomorTm22/Tm22(Tm22纯合型)MocimorTm22Tm1/Tm22Tm1(Tm1和Tm22纯合型)PhilipposTm22/Tm22(Tm22纯合型)在15天阶段接种所有植物，并在接种后15天记录全身性症状时进行目测评估。每种基因型接种12株植物。这些不同基因型表现出一系列全身性症状：叶花叶病、叶变形、起疱和赤褐化。使用LFD测试来确认出现症状的叶中病毒的存在。所有植物都表现出症状，并因此易于感染病毒。因此，在Tm1和/或Tm2或Tm22抗性基因纯合型植物上，病毒可导致全身性症状。在ELISA测试中进一步确认了结果，其中包括作为阴性对照的健康、未感染的番茄品种，以及包括作为阳性对照的易感品种Monalbo(缺少Tm抗性基因)(数据未示出)。ELISA结果还确认，新的ToMSV病毒毒株VE484能够战胜所有已知的烟草花叶病毒抗性基因Tm1(也称为Tm-1)、Tm2(也称为Tm-2)和Tm22(也称为Tm-22)。序列表<110>纽海姆有限公司<120>烟草花叶病毒的新物种<130>BCS15-8002<141>2018-03-15<160>10<170>SIPOSequenceListing1.0<210>1<211>6402<212>DNA<213>Tomatomosaicvirus<400>1gtatttttgttttacaacatataccaacaacaacaaacaacaaacaacaacattacaatt60actatttacaactacaatggcatacacacagacagctaccacatccgctttgctcgacac120tgtccgaggtaacaataccttggtcaatgatcttgcgaagcggcgtctttatgacacagc180ggtcgacgagttcaacgctcgtgatcgcaggcccaaagtaaatttttccaaagtaataag240tgaggaacagacgcttattgctactagggcatatccagaattccagataaccttctataa300tacgcagaacgccgtgcattcgcttgccggtggactacgatccttagaactggaatatct360aatgatgcagatcccgtacggatcactcacatatgatataggtgggaattttgcatctca420tctgttcaaaggacgggcatatgttcactgctgtatgcccaatcttgatgtccgcgacat480aatgcggcacgaaggccagaaagacagtatagaattatacctttccaggcttgagcgggg540caacaaagttgtcccaaatttccaaaaggaagctcttgacagatacgctgaaacgccaga600cgaagttgtctgtcacagtaccttccaaacgtgtacgcaccagcaggtggaaaacacagg660cagggtgtatgctattgcattgcacagtatatacgatatacctgctgatgaattcggagc720ggcacttttaaggaaaaatgtccatgtttgttacgccgccttccacttttccgagaattt780acttctcgaagattcacacgtcaaccttgacgaaatcaacgcgtgtttttcgcgtgatgg840agacaagctgactttttctttcgcatctgagagcactttaaattattgtcatagttattc900taatattttaaaatacgtgtgcaaaacttacttcccggcatctaatagagaggtctacat960gaaggagtttttggtcaccagggttaacacctggttttgtaagttttctaggatagatac1020ttttttattatacaagggggtagcccacaaaggtgtaaatagtgagcaattttacagcgc1080aatggaagatgcatggcactacaaaaagactcttgcaatgtgtaacagcgagaggattct1140tcttgaagattcctcatcggtcaattactggttcccaaaaatgagagatatggtcatagt1200tcctctattcgacatatctctcgacaccagtaaaaggacccgcaaagaagtcttagtgtc1260aaaggattttgtattcacagttttaaatcacattcgcacttatcaagccaaggcacttac1320atactccaatgttttatcctttgtcgaatcaattcgttcaagggtaattatcaacggagt1380gactgccaggtctgagtgggatgttgacaaatctcttttgcaatccttgtccatgacatt1440tttcttgcatactaagcttgccgttttaaaagacgaattgttaatcagcaagtttagttt1500ggggccaaaatcagtaagccagcatgtatgggatgagatttccctggcttttggaaacgc1560atttccatcgatcaaggagagactgctaaatcggaaactaattaaagtgtcgggagacgc1620attagaaatcagggtgcctgatttatatgtgacttttcacgatagattagtgactgagta1680caaaacatcggtggatatgccagtgcttgatatcagaaagagaatggaggagactgaggt1740tatgtacaatgcattgtctgagctatctgtgctcaaggagtcggacaagttcgacgctga1800tgttttttcccggatgtgccagactttggaggtagacccaatgactgcagcaaaggttat1860tgtggcagtgatgagcaacgagagcggactgactcttacattcgaacagccaactgaagc1920aaatgtcgcattggcacttaaagattcagaaaaagcctctgagggtgcactagtggttac1980ttctagagatgttgaagaaccatccatgaagggttcaatggcaagaggagagttacaatt2040ggccggtctgtctggagaccaaccagagtcttcctatactcggaacgaggaaatagagtc2100attagagcaattccacatggcaacggctagttcgttaattcggaaacagatgagttcgat2160tgtgtacacgggccccattaaagttcagcaaatgaaaaactttattgatagcctggtagc2220atcactctctgctgcggtgtcgaacctagtcaagatcctaaaggatacagctgctataga2280tctcgaaacccgtcagaagtttggagtcttagatgttgcgaccaaaagatggttaattaa2340acctttagccaagaatcacgcatggggcgttattgaaacacatgctaggaagtaccacgt2400tgcacttttggagtatgatgagcatggagtggtaacttgcgacagttggagaagggtggc2460cgtgagttctgagtcaatggtttattctgatatggcgaagctcagaacactgaggagatt2520attaagagatggtgagcctcatgtcagcagtgctaaagtcgtcctagttgacggtgtccc2580gggttgtggaaagacaaaagagattctctcgaaagtaaattttgaggaagatctaatctt2640agtaccgggtaagcaggctgctgaaatgataaagaggcgtgctaatgcgtcaggaataat2700tcaagccacaagagataatgttcgtactgttgattcatttataatgaattacggtaaagg2760aacacgctgtcagttcaaaaggttatttatcgacgaaggtctgatgttgcacactggttg2820tgtgaattttcttgtttctatgtctctgtgcgaaattgcatatgtttatggagacacaca2880acaaattccatacatcaacagagtatccggttttccgtaccctgcacattttgcaaaaat2940agaggttgatgaggtggaaactcgcagaactacgctgcgttgtccagccgacattaccca3000ctatcttaacagaaggtacgaaggatatgtcatgtgtacatcgtcggttaaaaagtcagt3060ttctcaggaaatggtgagcggggccgcaatgatcaatcctgtatctaagccattgaatgg3120gaaagttttgactttcactcagtctgataaagaggcgctgctttctcgaggatatacgga3180cgtccatacagtacatgaggtacaaggtgagacatatgcagatgtgtcgttggtcagatt3240gactccgacacctgtatctatcatcgcaggagatagtccgcacgttctcgtagctttgtc3300aaggcatacccaaacattgaagtattacaccgtagtgatggatcctcttgtaagtataat3360tagggatttagaaaaacttagttcttacttgttagatatgtataaagtagatgcagggac3420ccaatagcaattacaggtagactccgtgtttaaaggttctaatctttttgttgcagcacc3480aaagactggagatatctcagatatgcaattttactatgataagtgtctcccaggtaatag3540caccatgttaaataactatgatgctgttaccatgaggttgactgacatttctcttaatgt3600caaagattgcatattggatttctctaagtctgtggctgcaccgaaggatccgatcaaacc3660actgattccaatggtacgaacagcggcagaaatgccacgccagactggactattggaaaa3720tttggtggcgatgatcaaaagaaactttaattcaccggagttatcaggaataatcgacat3780tgagaatactgcatctttagtagtagataaattttttgatagttacttgcttaaagaaaa3840aagaaaaccaaataaaaatgtttctttattttgtagagagtctctcaatagatggttaga3900gaagcaggagcaagtgaccattggtcagcttgcagattttgattttgtggatcttcctgc3960cgttgatcagtacaggcatatgattaaagcgcaacctaagcagaagctggatacatcaat4020tcaaagcgaatatccggccttgcagacgattgtgtatcattcgaaaaagatcaacgcaat4080cttcggtcctttgttcagtgagctcacaaggcaaatgctcgaaagcatagactcaagtaa4140gtttttgttctttacaaggaagacgccagctcaaattgaggatttcttcggagatctcga4200tagccatgtccctatggatatcttggagttggatatttcgaagtatgacaaatctcagaa4260cgagttccactgtgcagtagagtatgaaatatggagaagacttggattagaagattttct4320gggagaagtttggaaacaaggccataggaaaactactcttaaagattacacagctggtat4380taaaacgtgtttatggta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