一种悬钩子属植物总RNA的快速提取方法与流程

文档序号:16755417发布日期:2019-01-29 17:18阅读:180来源:国知局

本发明涉及植物分子生物学领域,具体涉及一种悬钩子属植物总rna的快速提取方法。



背景技术:

获得高质量总rna是进行分子生物学研究如基因表达水平研究、基因操作如rna干扰、转基因等下游研究的前提条件。悬钩子属植物的树莓、黑刺莓中富含有花青素苷、原花青素等多酚类次生代谢产物,这些物质给总rna提取带来了重重困难:酚类化合物极易被氧化成褐色物质,然后与rna不可逆地结合,导致rna活性丧失,或形成不溶复合物导致在用氯仿抽提时rna的大量丢失。

trizol试剂盒在应对该类植物总rna提取时显得无能为力,而传统的总rna提取方法如ctab、sds等需要较多的植物材料,且需要使用多步抽提来去除多糖、蛋白和基因组dna。目前使用最多的方法是在植物细胞破碎后,使用licl进行rna的选择性沉淀,达到去除基因组dna或多糖的目的。但该方法最大的缺点是耗时太长,一般都选择沉淀过夜。若改成醇沉淀,dna污染特别严重,需要进一步使用dnase处理,然后经过酚-氯仿抽提以灭活dnase,结果造成rna的大量损失。另外,licl沉淀后的洗脱过程要求严格,因为残留的li+,cl-会对后续的逆转录及pcr扩增产生负面的影响。



技术实现要素:

本发明的目的是提供一种悬钩子属植物总rna的快速提取方法,以有效克服上述现有技术的不足。

本发明创造了一种悬钩子属植物总rna的快速提取方法,它包括以下操作步骤:

1)取2ml离心管,向离心管中加入700~1000μl去糖缓冲液,并加入5~15μlβ-巯基乙醇,于-20℃预冷5~10min;

2)取新鲜植物材料或经液氮速冻后-80℃保存的植物材料0.1~0.15g,加入0.1g交联聚乙烯基吡咯烷酮,在液氮冷冻条件下研磨成粉状,迅速转移至步骤1)的离心管中,温柔上下颠倒混匀后于冰上静置10min;

3)在4℃下按照3200×g离心5~10min;

4)彻底去除步骤3)离心所得上清液,向沉淀中加入700~1000μl65℃预热的细胞裂解液,涡旋1min,于55~65℃保温20~30min;

5)待步骤4)中的混合液冷却至室温后,按顺序加入细胞裂解液等体积的水饱和酚,1/80-1/50裂解液体积的ph调节剂,1/5裂解缓冲液体积的氯仿,剧烈震荡2min;

6)在4℃下按照16000×g离心5~10min;

7)将步骤6)离心所得上清液转入另一离心管,向管中加入上适量核酸沉淀剂,于-20℃静置30min以上,在4℃下按照16000×g离心10min后弃上清液,保留沉淀;

8)将步骤7)离心所得沉淀用体积分数为70~75%乙醇洗涤后室温风干,用depc处理水溶解后-80℃保存。

所述去糖缓冲液为:0.05m氯化钠、50mmph8.0的乙二胺四乙酸二钠、200mmph8.0的三羟甲基氨基甲烷;

使用碱性细胞裂解液裂解细胞,所述细胞裂解液为:30g/l十六烷基三甲基溴化铵、1.4m氯化钠、50~100mmph8.0的乙二胺四乙酸二钠、100~200mmph8.0的三羟甲基氨基甲烷以及20g/l聚乙烯吡咯烷酮k30;

在细胞彻底裂解后,再使用ph调节剂调节混合液ph,使用的ph调节剂包括但不限于弱酸如冰醋酸、草酸;

使用的核酸沉淀剂包括但不限于无水乙醇、异丙醇;

核酸沉淀时,使用的无水乙醇体积为上清体积的2~2.5倍;使用异丙醇体积为上清体积的0.8~1倍;

其适用于悬钩子属下的树莓、黑莓以及其他种或变种;

其中植物材料包括但不限于果实、叶片及花。

本发明具有的优点是:与已有ctab法相比,本发明可以快速提取悬钩子属植物各器官组织总rna,用时短,在3小时之内可以轻松完成,而已有方法需要12小时以上。为达到去除蛋白质、多糖以及基因组dna的目的,传统方法需经过2~3轮抽提及2轮以上沉淀,操作步骤繁琐,本方法只进行1轮抽提及1轮沉淀,简化了操作流程。本方法在去蛋白之前增加一步可选的去糖步骤,可以根据rna提取材料中糖分含量高低进行选择,增加了方法的适用性,能适用于悬钩子属植物树莓、黑莓等植物。

具体实施方式

下面结合实施例对本发明作进一步的详细说明:

实施例:

一种悬钩子属植物总rna的快速提取方法,它包括以下操作步骤:

1)取2ml离心管,向离心管中加入1000μl去糖缓冲液,并加入15μlβ-巯基乙醇,于-20℃预冷5min;

2)取新鲜植物材料或经液氮速冻后-80℃保存的植物材料0.1g,加入0.1g交联聚乙烯基吡咯烷酮,在液氮冷冻条件下研磨成粉状,迅速转移至步骤1)的离心管中,温柔上下颠倒混匀后于冰上静置10min;

3)在4℃下按照3200×g离心10min;

4)彻底去除步骤3)离心所得上清液,向沉淀中加入1000μl65℃预热的细胞裂解液,涡旋1min,于60℃保温30min;

5)待步骤4)中的混合液冷却至室温后,按顺序加入细胞裂解液等体积的水饱和酚,1/80-1/50裂解液体积的ph调节剂,1/5裂解缓冲液体积的氯仿,剧烈震荡2min;

6)在4℃下按照16000×g离心10min;

7)将步骤6)离心所得上清液转入另一离心管,向管中加入上适量核酸沉淀剂,于-20℃静置30min以上,在4℃下按照16000×g离心10min后弃上清液,保留沉淀;

8)将步骤7)离心所得沉淀用体积分数为75%乙醇洗涤后室温风干,用depc处理水溶解后-80℃保存。

所述去糖缓冲液为:0.05m氯化钠、50mmph8.0的乙二胺四乙酸二钠、200mmph8.0的三羟甲基氨基甲烷;

使用碱性细胞裂解液裂解细胞,所述细胞裂解液为:30g/l十六烷基三甲基溴化铵、1.4m氯化钠、100mmph8.0的乙二胺四乙酸二钠、200mmph8.0的三羟甲基氨基甲烷以及20g/l聚乙烯吡咯烷酮k30;

在细胞彻底裂解后,再使用ph调节剂调节混合液ph,使用的ph调节剂包括但不限于弱酸如冰醋酸、草酸;

使用的核酸沉淀剂包括但不限于无水乙醇、异丙醇;

核酸沉淀时,使用的无水乙醇体积为上清体积的2.5倍;使用异丙醇体积为上清体积的1倍;

其适用于悬钩子属下的树莓、黑莓以及其他种或变种;

其中植物材料包括但不限于果实、叶片及花。

本方法在去蛋白之前增加一步可选的去糖步骤,可以根据rna提取材料中糖分含量高低进行选择,增加了方法的适用性,能适用于悬钩子属植物树莓、黑莓等植物。



技术特征:

技术总结
本发明公开了一种悬钩子属植物总RNA的快速提取方法,取少量悬钩子属植物材料,液氮冷冻下研磨成粉,经过可选的去糖、离心步骤,或直接加入碱性细胞裂解液,进行温浴裂解;完成后通过酚‑弱酸‑氯仿抽提,离心去除蛋白以及绝大部分基因组DNA;上清液中加入醇进行沉淀;离心收集RNA沉淀,经过乙醇洗涤、风干后用DEPC灭菌水溶解,‑80℃保存。与已有CTAB法相比,本发明可以快速提取悬钩子属植物各器官组织总RNA,用时短,在3小时之内可以轻松完成,而已有方法需要12小时以上。为达到去除蛋白质、多糖以及基因组DNA的目的,传统方法需经过2~3轮抽提及2轮以上沉淀,操作步骤繁琐,本方法只进行1轮抽提及1轮沉淀,简化了操作流程。

技术研发人员:周琪
受保护的技术使用者:周琪
技术研发日:2017.07.20
技术公布日:2019.01.29
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