预测肺癌患者中对ALK抑制剂疗法的响应的间变性淋巴瘤激酶中的新型突变的制作方法

本公开涉及用于癌症疗法的癌症诊断和伴随诊断。具体地，本发明涉及突变的检测，所述突变可用于诊断和预后以及预测癌症治疗的有效性。发明背景经由间变性淋巴瘤激酶(alk)的内含子中的融合物的基因活化是非小细胞肺癌(nsclc)的常见基因组驱动因子。在其中检测到alk融合物的肺癌患者中，可以开靶向的抗alk疗法的处方。例如，药物克里唑替尼(xalkori®)是尤其alk蛋白的抑制剂。已显示克里唑替尼显著改善具有alk融合物的患者的无进展存活。然而，至少部分由于抗性突变的出现，患者在被给予克里唑替尼后不可避免地进展。迄今已知的错义突变是l1152r、c1156y、f1174l、l1196m、g1269a和g1548e(综述于vanderwekken等人(2016)crit.rev.onc.hematol.100:107.)。存在第二线疗法，其在延长已在第一线疗法后进展的患者的无进展存活中是有效的。然而，患者在不同程度上对这些第二线疗法响应。了解患者对第二线疗法响应良好以及患者不能对第二线疗法响应良好的遗传基础会大大地帮助为在第一线疗法后进展的患者选择治疗。在alk中的一些突变是常见的，而其它突变以更低频率发生。理想地，alk突变的临床测试靶向尽可能多突变。这将确保具有罕见突变的患者不会接受“假阴性”测试结果。如果未检测到罕见突变，则具有这样的突变的患者将不会接受最佳治疗计划，并且可以被给予用于他或她的肿瘤的无效的药物。因此，当发现alk基因中的新突变时，检测该突变具有影响一些患者中的临床结果的潜力。附图简述图1显示在艾乐替尼治疗之前和之后检测患者样品中的r1209q突变和突变频率。在艾乐替尼治疗之后，在六名患者中的五名中检测到该突变。图2显示在艾乐替尼治疗之前和之后在第六名患者中发现的不同突变。图3显示具有和不具有alk抗性(alkr)突变的患者的无进展存活(pfs)。pfs的月数在x-轴上指示。没有alk抗性突变的那些具有显著更长的pfs。图4显示具有和不具有alk抗性突变的患者的总体存活(os)。os的月数在x-轴上指示。没有alk抗性突变的那些具有显著更长的os。图5显示具有或不具有alk抗性(alkr)突变且具有或不具有alk融合物(alk)的患者的pfs。既没有alkr也没有alk融合物的患者具有最长的pfs，随后是具有alk融合物且没有alkr的患者，随后是具有alk融合物和alkr突变的患者。图6显示具有或不具有alk抗性(alkr)突变且具有或不具有alk融合物(alk)的患者的os。既没有alkr也没有alk融合物的患者具有最长的os，随后是具有alk融合物且没有alkr的患者，随后是具有alk融合物和alkr突变的患者。图7显示更多alk和非alk突变对pfs的影响。具有4种或更少突变的患者具有比具有多于4种突变的患者更长的pfs。图8显示变体3alk融合物与其它alk融合物相比对无进展存活时间的影响。与具有非变体3alk融合物的患者的pfs相比，具有变体3alk融合物的患者的pfs显著更低。发明概述本文提供了治疗具有肿瘤的患者的方法，所述肿瘤可能携带在间变性淋巴瘤激酶(alk)基因中具有突变的细胞，所述方法包括：测试来自患者的样品的突变r1209q(g3636a)和i1268v(a3802g)中的至少一种的存在。如果存在突变r1209q，则所述方法包括不向所述患者施用alk抑制剂化合物，或者如果所述患者正在接受alk抑制剂化合物，则施用替代alk抑制剂化合物或不施用alk抑制剂化合物。如果存在突变i1268v或不存在突变，则所述方法包括向所述患者施用alk抑制剂化合物。在一些实施方案中，所述alk抑制剂化合物可以是艾乐替尼(alectinib)、克里唑替尼(crizotinib)、色瑞替尼(ceritinib)、布加替尼(brigatinib)、劳拉替尼(lorlatinib)或恩曲替尼(entrectinib)。在一些实施方案中，使用与突变序列互补的寡核苷酸进行测试，例如，可以通过等位基因特异性pcr或用等位基因特异性探针的pcr(例如，qpcr或实时pcr)进行测试。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试样品的一种或多种alk突变g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e的存在，并且如果存在任何所述突变，则不向所述患者施用alk抑制剂化合物，或者如果所述患者正在接受alk抑制剂化合物，则施用替代alk抑制剂化合物或不施用alk抑制剂化合物。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试样品的一种或多种alk突变i1268v、s1206f、s1206y、g1269a、l1196m、l1196q、c1156y、l1152r、f1174l、f1174c和f1174v的存在，并且如果存在任何所述突变，则施用alk抑制剂化合物或替代alk抑制剂化合物(如果正在进行治疗)。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试样品的一种或多种alk融合产物的存在。在一些实施方案中，所述alk融合产物是eml4-alk融合物。在一些实施方案中，所述alk融合产物是eml4-alk融合变体3。如果存在alk融合产物，则所述方法进一步包括施用alk抑制剂化合物。如果检测到alk融合产物以及至少一种选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e的alk突变，则所述方法进一步包括，如果患者正在接受或已接受alk抑制剂化合物则施用替代疗法(例如，替代alk抑制剂疗法)，或不施用alk抑制剂化合物。如果检测到alk融合产物以及至少一种选自i1268v、s1206f、s1206y、g1269a、l1196m、l1196q、c1156y、l1152r、f1174l、f1174c和f1174v的alk突变，则所述方法进一步包括施用alk抑制剂疗法。在一些实施方案中，所述alk抑制剂化合物或替代alk抑制剂化合物选自艾乐替尼、克里唑替尼、色瑞替尼、布加替尼、劳拉替尼或恩曲替尼。在一些实施方案中，来自患者的样品包括rna，并且使用逆转录pcr(rt-pcr)或荧光原位杂交(fish)检测一种或多种alk突变和/或一种或多种alk融合产物。在一些实施方案中，所述样品包括dna，并且使用pcr或另一种核酸扩增技术检测一种或多种alk突变和/或一种或多种alk融合产物。进一步提供了用于确定癌症患者对alk抑制剂疗法(例如，alk抑制剂化合物)的响应的可能性的方法，其包括：测试来自患者的样品的一种或两种alk突变r1209q和i1268v。如果存在突变r1209q，则所述方法包括报告所述患者可能将不对alk抑制剂化合物响应或者将不继续对已施用于所述患者的alk抑制剂化合物响应。如果存在突变i1268v或不存在突变，则报告所述患者将可能对alk抑制剂化合物响应。在一些实施方案中，所述alk抑制剂化合物选自克里唑替尼、色瑞替尼、艾乐替尼、布加替尼、劳拉替尼和恩曲替尼。在一些实施方案中，使用与突变序列互补的寡核苷酸进行测试，例如，可以通过等位基因特异性pcr或用等位基因特异性探针的pcr(例如，qpcr或实时pcr)进行测试。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试样品的一种或多种选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e的alk突变的存在。如果存在任何所述突变，则所述方法包括报告所述患者可能不对alk抑制剂化合物响应，或者如果所述患者已经接受用alk抑制剂化合物的治疗，则不可能继续对相同alk抑制剂化合物响应。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试样品的一种或多种alk融合产物的存在。在一些实施方案中，所述alk融合产物是eml4-alk融合物。在一些实施方案中，所述alk融合产物是eml4-alk融合变体3。如果存在alk融合产物，则所述方法包括报告所述患者可能对alk抑制剂化合物响应。如果检测到alk融合产物以及至少一种选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e的alk突变，则所述方法包括报告，如果患者正在接受或已经接受alk抑制剂化合物，则所述患者可以对替代疗法(例如，替代alk抑制剂疗法)响应，或者将不对alk抑制剂化合物响应。还提供了对于先前已经用艾乐替尼治疗的具有在基因中具有alk突变的肿瘤的患者选择间变性淋巴瘤激酶(alk)抑制剂疗法的方法，其包括测试来自患者的样品的一种或两种alk突变r1209q(g3636a)和i1268v(a3802g)的存在。如果存在r1209q突变，则所述方法包括不选择或不施用alk抑制剂化合物，或选择或施用替代alk抑制剂化合物。如果存在i1268v突变或不存在突变，则对于所述患者选择或施用艾乐替尼。在一些实施方案中，所述方法包括测试样品的一种或多种选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e的alk突变的存在，并且如果存在任何所述突变，则不选择alk抑制剂化合物或不向所述患者施用alk抑制剂化合物，或对于所述患者选择或施用替代alk抑制剂化合物。在一些实施方案中，所述替代alk抑制剂化合物选自克里唑替尼、色瑞替尼、布加替尼和恩曲替尼。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试样品的一种或多种alk融合产物的存在。在一些实施方案中，所述alk融合产物是eml4-alk融合物。在一些实施方案中，所述alk融合产物是eml4-alk融合变体3。如果存在alk融合产物，则所述方法包括对于所述患者选择或施用alk抑制剂化合物。如果检测到alk融合产物以及至少一种选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e的alk突变，则所述方法包括不选择或不施用alk抑制剂化合物，或选择或施用替代alk抑制剂化合物。本文还提供了用于检测alk基因中的突变的试剂盒，其包含用于特异性检测r1209qalk突变的寡核苷酸，例如，引物和至少一种探针(例如，标记的探针)。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含用于特异性检测至少一种选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e的alk抗性突变的寡核苷酸。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含用于特异性检测i1268valk突变的寡核苷酸。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含用于检测至少一种alk融合产物的寡核苷酸。在一些实施方案中，所述至少一种alk融合产物包括eml4-alk融合物，例如，eml4-alk融合变体3。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含用于使用包括的寡核苷酸实施扩增和检测的试剂，例如，核酸聚合酶、逆转录酶、辅因子、dntp、缓冲液等。本文还提供了用于检测alk基因中的突变的试剂盒，其包含用于特异性检测i1268valk突变的寡核苷酸，例如，引物和至少一种探针(例如，标记的探针)。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含用于特异性检测至少一种选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e的alk抗性突变的寡核苷酸。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含用于特异性检测r1209qalk突变的寡核苷酸。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含用于检测至少一种alk融合产物的寡核苷酸。在一些实施方案中，所述至少一种alk融合产物包括eml4-alk融合物，例如，和eml4-alk融合变体3。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含用于使用包括的寡核苷酸实施扩增和检测的试剂，例如，核酸聚合酶、逆转录酶、辅因子、dntp、缓冲液等。进一步提供了用于确定癌症患者是否将对alk抑制剂化合物响应的方法。在一些实施方案中，所述方法包括(a)测试来自患者的样品的一种或多种alk融合产物的存在；(b)如果存在一种或多种alk融合产物，则确定所述患者将对alk抑制剂化合物响应；(c)测试来自患者的样品(或不同样品)的一种或多种选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e的alk抗性突变的存在；(d)如果存在一种或多种alk抗性突变，则确定所述患者将不对alk抑制剂化合物响应，或者如果所述患者已接受alk抑制剂化合物疗法则将不对相同alk抑制剂化合物响应。如果同时存在一种或多种alk融合产物和一种或多种alk抗性突变，则确定所述患者将不对alk抑制剂化合物响应，或者如果所述患者已接受alk抑制剂化合物疗法则将不对相同alk抑制剂化合物响应。在一些实施方案中，所述方法进一步包括根据所述确定来治疗所述患者。也就是说，如果存在alk融合产物，则将alk抑制剂化合物施用于所述患者；如果存在alk抗性突变，则不施用alk抑制剂化合物，或者如果所述患者已接受alk抑制剂化合物疗法，则施用替代alk抑制剂化合物；或者如果存在alk融合产物和alk抗性突变两者，则不施用alk抑制剂化合物，或者如果所述患者已接受alk抑制剂化合物疗法，则施用替代alk抑制剂化合物。在一些实施方案中，所述alk抑制剂化合物或替代alk抑制剂化合物选自艾乐替尼、克里唑替尼、色瑞替尼、布加替尼、劳拉替尼和恩曲替尼。在一些实施方案中，至少一种alk融合产物包括eml4-alk融合物。进一步包括用于预测具有癌症(例如，nsclc)的患者中的预后的方法。在一些实施方案中，所述方法包括确定来自患者的样品中变体3eml4-alk融合产物的存在或不存在；如果检测到变体3eml4-alk融合产物的存在，则预测与具有不同(非变体3)alk融合产物的患者的预后相比所述患者的较差预后(例如，减少的无进展存活时间、减少的总体存活时间、更严重的疾病症状等)。在一些实施方案中，通过选自ngs、pcr、fish和ihc(免疫组织化学)的方法实施所述确定。在一些实施方案中，所述样品选自血液或血液制品以及来自患者的组织样品，包括肿瘤组织(例如，新鲜组织或ffpet样品)。进一步包括用于预测具有癌症(例如，nsclc)的患者中的预后的方法。在一些实施方案中，所述方法包括测定来自患者的样品中的突变数量。在一些实施方案中，所述方法包括测定患者样品中的突变数量；并且如果所述患者样品包括多于4种突变，则预测与具有4种或更少突变的患者的预后相比所述患者的较差预后(例如，减少的无进展存活时间、减少的总体存活时间、更严重的疾病症状等)。在一些实施方案中，通过选自ngs、pcr、fish和ihc(免疫组织化学)的方法实施所述确定。在一些实施方案中，所述样品选自血液或血液制品以及来自患者的组织样品，包括肿瘤组织(例如，新鲜组织或ffpet样品)。在一些实施方案中，检测的突变选自癌相关基因，例如alk和实施例5(表2、4和5)中显示的其它基因。在一些实施方案中，测试至少10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、250、500、1000或更多种基因的突变的突变状态。发明详述定义以下定义有助于理解本公开。术语“alk抗性的突变”、“alk抗性突变”、“alk抑制剂抗性突变”、“alk疗法抗性突变”和类似术语用于指alk基因中赋予对alk抑制(例如，艾乐替尼)的抗性的突变。alk抗性突变的实例包括r1209q、l1152r、c1156y、f1174l、l1196m、g1269a和g1548e。术语“alk融合物”、“alk融合产物”和类似术语是指涉及alk的基因融合产物。这些融合产物中的许多导致alk的异常高的表达和/或激酶活性。实例包括eml4、kif5b、hip1、klc1或tfg与alk的融合物。特定融合物显示于本文的表2和5中。如本文所用，术语“对治疗响应”、“对抑制剂化合物响应”和类似术语是指癌症患者对疗法或抑制剂化合物的阳性响应。响应性可以是延长的无进展存活(pfs)或总体存活、减小的肿瘤尺寸、降低的肿瘤生长或转移速率、改善的健康状况等。术语“等位基因特异性pcr”或“用等位基因特异性引物的pcr”是指用这样的引物的pcr：所述引物与靶序列的多于一种变体(例如，野生型和突变型变体)杂交，但是能够辨别靶序列的变体，因为仅对于所述变体(例如，突变型变体)之一，所述引物在合适条件下被核酸聚合酶有效地延伸。对于靶序列的其它变体(例如，野生型)，所述延伸是低效的、无效的或不可检测的。术语“样品”、“来自患者的样品”、“患者样品”和类似术语是指含有或假定含有靶核酸的任何组合物。这包括从个体分离的组织或流体的样品，例如，皮肤、血浆、血清、脊髓液、淋巴液、滑液、尿液、泪液、血细胞、器官和肿瘤，并且也表示从取自个体的细胞建立的体外培养物的样品，包括福尔马林固定的石蜡包埋的组织(ffpet)和从其分离的核酸。样品还可以包括无细胞材料，诸如含有无细胞dna(cfdna)或循环肿瘤dna(ctdna)的无细胞血液级分。样品还可以指处理的组织或生物流体，例如，纯化或部分纯化的核酸。术语“核酸”、“多核苷酸”和“寡核苷酸”可以互换使用以指单一核苷酸的多聚体或聚合物。“寡核苷酸”是有时用于描述较短多核苷酸的术语。寡核苷酸可以包含至少6个核苷酸，例如至少约10-12个核苷酸，或至少约15-30个核苷酸，例如，对应于指定的核苷酸序列的区域。术语“核苷酸”通常是指单体或单碱基。术语“引物”是指这样的寡核苷酸：其与靶核酸中的序列杂交，且能够充当沿着核酸的互补链合成(在适合于这样的合成的条件下)的起始点。当在适当条件下暴露于核酸聚合酶时，正向引物和反向引物设定扩增子的边界并产生扩增产物。如本文所用，术语“探针”是指与靶核酸中的序列杂交且经常可检测地标记的寡核苷酸。探针可以具有修饰(诸如3’-端修饰，其使探针不可被核酸聚合酶延伸)和一种或多种非天然存在的标记物(例如，荧光团、生色团，其任选地与猝灭剂组合)。具有相同序列的寡核苷酸可以在一种测定中充当引物且在不同的测定中充当探针。如本文所用，术语“靶序列”、“靶核酸”或“靶标”是指待检测或分析的样品中的核酸序列的部分。术语靶标包括靶序列的所有变体，例如，一种或多种突变型变体和野生型变体。术语“测序”是指确定靶核酸中核苷酸序列的任何方法。术语“患者”和“受试者”是指可以或不可以被诊断患有疾病或针对疾病治疗、但是是医学护理的受试者的个体。术语“施用(administer)”、“施用(administering)”和类似术语不限于身体施用，但包括推荐治疗方案(例如，药物或化疗治疗)或开其处方。用于检测alk突变和融合变体、预后和治疗的方法本文提供了alk的激酶结构域中的新型突变，其可用于癌症诊断和预后，以及设计疗法方案和预测疗法方案的成功。此外，本文描述了alk基因中的多种异常(例如，alk融合产物和alk抗性突变)对预后和治疗效力的影响。已知alk的异常活化驱动几种类型的癌症。约60％的间变性淋巴瘤和3-5％的非小细胞肺癌(nsclc)具有通过基因融合和突变活化的alk。也已发现alk在神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、食道癌和乳腺癌中具有异常活性。alk的异常活化通常涉及基因融合物，最常见的是eml4-alk(棘皮动物微管相关蛋白样4-间变性淋巴瘤激酶)。eml4-alk融合物与非小细胞肺癌(nsclc)相关。在大多数融合物的情况下，alk的n末端、细胞外部分被eml4(或kif5b、hip1、klc1或tfg)替代。所得融合基因的表达由强启动子(例如eml启动子)驱动，导致alk的细胞内酪氨酸激酶结构域的更高表达。此外，eml4形成卷曲-螺旋，其导致配体非依赖性二聚化，以及alk酪氨酸激酶结构域的组成型活化。目前市场上或临床试验中有几种alk激酶的小分子抑制剂。这些包括克里唑替尼(xalkori®)、色瑞替尼(zykadia®)、艾乐替尼(alecensa®)、布加替尼、劳拉替尼、恩曲替尼和其它目前在早期开发阶段中的化合物。临床结果以及体外细胞系研究的分析揭示，对alk抑制剂的抗性通常由于alk基因中的错义突变而发展(综述于vanderwekken等人(2016)crit.rev.onc.hematol.100:107.)。本文描述了在经历alk抑制剂疗法的癌症患者中发现的alk基因中的新型变体r1209q(g3626a)和i1268v(a3802g)。在参考人类基因组hg19中，r1209q对应于chr2:29443591:c>t且i1268v对应于chr2:29432686:t>c。在参考人类基因组hg38中，r1209q对应于chr2:29220725:c>t且i1268v对应于chr2:29209820:t>c。在大多数患者中，在施用alk抑制剂疗法之后检测到变体r1209q，提供了该突变可以赋予对疗法的抗性的证据。然而，在所研究的一名患者中，在施用alk抑制剂疗法之前和之后都存在该突变。另一种变体i1268v仅在施用该疗法之前在患者中被鉴定到，表明其可以赋予对疗法的敏感性。突变alk基因或基因产物(即突变mrna或突变蛋白)可以在肿瘤组织(例如，新鲜或ffpet组织)、其中肿瘤细胞或肿瘤核酸可以存在的支气管肺泡灌洗液或其它身体样品诸如尿液、痰液、血浆或血清中检测到。该突变还可以在其中可以存在无细胞肿瘤dna或rna的无细胞材料(例如尿液、痰液、血浆或血清)中检测到。用于从生物样品分离核酸的方法是已知的，例如，如sambrook等人,molecularcloning,alaboratorymanual,coldspringsharborpress(coldspringsharbor,n.y.1989)中所述，并且几种试剂盒是可商购的(例如，来自roche的高纯rna分离试剂盒、高纯病毒核酸试剂盒和magnapurelc总核酸分离试剂盒)。在一些实施方案中，制备dna，并将其用作本发明公开的扩增和检测方法的模板。在一些实施方案中，制备rna。当rna用作通过pcr扩增的模板时，需要逆转录步骤来制备cdna。然后可以使用dna聚合酶诸如taq、taq衍生物或其它热稳定聚合酶来实施扩增。本文提供了通过用突变特异性寡核苷酸引物(例如，等位基因特异性引物)的等位基因特异性pcr检测alk基因中的突变r1209q(g3626a)和i1268v(a3802g)的方法。等位基因特异性引物通常具有与靶序列(例如，突变型序列)匹配且与替代序列(例如野生型序列)错配的3'-末端。任选地，等位基因特异性引物可以含有与野生型和突变型靶序列的内部错配。已经显示等位基因特异性pcr引物中的另外错配增加引物的选择性。参见美国专利8,586,299。在一些实施方案中，所述方法进一步包括使用等位基因特异性pcr来以任何组合检测患者样品中的一种或多种alk突变g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151、g1548e、i1268v、s1206f、s1206y、g1269a、l1196m、l1196q、c1156y、l1152r、f1174l、f1174c和f1174v。在一些实施方案中，所述方法进一步包括确定来自患者的样品是否包括至少一种alk融合产物(参见例如表2)，例如在来自样品的rna中。可以使用融合点的任一侧上的扩增引物(例如，与alk序列互补的一个引物和与来自融合配偶体的序列(例如eml4)互补的另一个引物)或用与涵盖特定融合产物的融合点的序列互补的一个引物来检测融合产物。在一些实施方案中，使用与涵盖特定融合产物的融合点的序列互补(杂交)的标记探针检测融合物。在一些实施方案中，标记的探针与alk或其融合配偶体中的序列互补，并且基于与该探针杂交的扩增产物的尺寸或存在来检测融合物。进一步提供了用于用特异性探针检测alk基因中的突变r1209q(g3626a)和i1268v(a3802g)的方法。该探针可用于许多核酸检测技术，例如southern或northern杂交、实时pcr或ngs。一种典型的突变特异性的检测探针在实施检测的反应条件下与靶序列(例如，突变型序列)形成稳定的杂交物，并且不与替代序列(例如，在相同位点的野生型序列)形成稳定的杂交物。对于成功的探针杂交，所述探针需要与靶序列具有至少部分互补性。通常，靠近探针的中心部分的互补性比在探针末端处的互补性更关键。参见，例如，innis等人,academicpress,ny,1990chapter32,pp.262-267。在一些实施方案中，所述探针具有特定结构，包括蛋白-核酸(pna)、锁定核酸(lna)、分子信标探针(tyagi等人,(1996)nat.biotechnol.3:303-308)或可以包括于scorpions®自探测引物中(whitcombe等人,(1999)nat.biotechnol.8:804-807)。可以用放射性标记物、荧光标记物或生色团标记物(任选地与猝灭部分(例如bhq)组合)来标记探针。例如，可以通过实时等位基因特异性的聚合酶链式反应来检测突变，其中探针与扩增产物的杂交导致探针的酶促消化和消化产物的检测(taqman探针,holland等人,(1991)p.n.a.s.usa88:7276-7280)。通过检测由核酸双链体形成引起的荧光变化(2008年12月9日提交的美国申请系列号12/330,694)或通过检测探针和靶标之间的杂交物的特征性解链温度(美国专利号5,871,908)，也可以检测探针和靶标之间的杂交。在一些实施方案中，所述方法进一步包括使用杂交探针来以任何组合检测患者样品中的一种或多种alk突变g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151、g1548e、i1268v、s1206f、s1206y、g1269a、l1196m、l1196q、c1156y、l1152r、f1174l、f1174c和f1174v。在一些实施方案中，所述方法进一步包括确定来自患者的样品是否包括至少一种alk融合产物(参见例如表2)，例如在来自样品的rna中。本文提供了用alk抑制剂治疗具有肿瘤的患者的方法，所述肿瘤可能携带具有突变alk基因的细胞，所述方法包括测试患者样品的一种或两种alk突变r1209q(g3626a)和i1268v(a3802g)的存在。如果发现突变i1268v，则所述方法进一步包括施用alk抑制剂疗法(例如，alk抑制剂化合物，诸如克里唑替尼、色瑞替尼、艾乐替尼、布加替尼、劳拉替尼或恩曲替尼)，但如果发现突变r1209q，则所述方法进一步包括，如果alk抑制剂疗法已经正在进行则施用替代疗法(例如，替代alk抑制剂疗法)，或者不施用alk抑制剂疗法。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试患者样品的一种或多种选自以下的alk突变的存在：g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、t1151和g1548e(例如，以任何组合的alk抗性突变中的任何1、2、3、4、5、6、7种，或所有8种alk抗性突变)，并且如果发现那些突变中的至少一种，则所述方法进一步包括，如果alk抑制疗法正在进行则施用替代疗法(例如，替代alk抑制疗法)，或者不施用alk抑制剂疗法。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试患者样品的一种或多种选自以下的alk突变的存在：s1206f、s1206y、g1269a、l1196m、l1196q、c1156y、l1152r、f1174l、f1174c和f1174v(例如，以任何组合的alk敏感性突变中的任何1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种，或所有11种敏感性突变)，并且如果检测到至少一种敏感性突变，则施用alk抑制剂疗法(例如，如果正在进行治疗，则施用替代alk抑制剂)。在一些实施方案中，所述方法进一步包括确定来自患者的样品是否包括至少一种alk融合产物。在检测到alk融合产物的情况下，所述方法进一步包括施用alk抑制剂疗法。在检测到alk融合产物以及至少一种选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e(例如，以任何组合的alk抗性突变的任何1、2、3、4、5、6、7种，或所有8种alk抗性突变)的alk突变的情况下，所述方法进一步包括在alk抑制剂治疗正在进行的情况下施用替代疗法(例如，替代alk抑制剂疗法)，或不施用alk抑制剂疗法。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试患者样品的一种或多种选自以下的alk突变的存在：s1206f、s1206y、g1269a、l1196m、l1196q、c1156y、l1152r、f1174l、f1174c和f1174v(例如，以任何组合的alk敏感性突变中的任何1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种，或所有11种敏感性突变)，并且如果检测到至少一种敏感性突变，则施用alk抑制剂疗法(例如，如果正在进行治疗，则施用替代alk抑制剂)。在一些实施方案中，所述alk抑制剂疗法(例如，alk抑制剂化合物)或替代alk抑制剂疗法选自艾乐替尼、克里唑替尼、色瑞替尼、布加替尼、劳拉替尼或恩曲替尼。通过使用与多种探针的杂交，可以同时或分别检测多种突变，例如以斑点印迹或核酸阵列形式、多路pcr(例如多路等位基因特异性的pcr和多路pcr)，随后是探针解链测定，其中每种探针的特征在于突变特异性解链温度。也可以通过核酸测序检测多种突变。可以通过本领域已知的任何方法进行测序。特别有利的是高通量单分子测序(下一代测序或ngs)。此类技术的实例包括illuminahiseq平台(illumina,sandiego,cal.)、iontorrent平台(lifetechnologies,grandisland,ny)、利用smrt®试剂的pacificbiosciences平台(pacificbiosciences,menlopark,cal.)或由geniatechnologies开发的基于纳米孔的测序技术(rochegenia,santaclara,cal.)或oxfordnanoporetechnologies(cambridge,uk)或任何其它目前存在或未来的涉及或不涉及边合成边测序(sequencingbysynthesis)的单分子测序技术。可以通过设计对特定alk融合物特异性或者可以检测多于一种alk融合物的存在的引物或探针来检测融合物，例如，如us7700339和us20160304937中所述。测序技术可以包括数据分析步骤，其能够增加(例如，从以非常少量存在于患者的血清中的循环肿瘤dna(ctdna))检测非常少量的靶核酸的灵敏度和特异性。包括样品条形码化和纠错的此类方法的实例描述于美国专利申请us20140296081和us20160032396中。进一步提供了用于确定患者中的恶性肿瘤对alk抑制剂的响应的可能性的方法。在一些实施方案中，所述方法包括测试来自患者的样品的突变r1209q(g3626a)和i1268v(a3802g)中的一种或两种的存在。如果发现突变i1268v，则所述方法包括报告所述患者可能对alk抑制剂疗法(例如，alk抑制剂化合物)响应。如果发现突变r1209q，则所述方法包括报告所述患者可能不对alk抑制剂疗法响应，特别是如果所述患者正在用alk抑制剂治疗。在此类情况下，所述方法包括报告所述患者不可能对相同alk抑制剂疗法响应，但所述患者可以对替代疗法(包括替代alk抑制剂疗法)响应。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试来自患者的样品的一种或多种选自l1152r、c1156y、f1174l、l1196m、g1269a和g1548e的alk抗性突变的存在，并且如果发现alk抗性突变中的至少一种，则报告所述患者可能不对alk抑制剂疗法响应，特别是如果所述患者正在用alk抑制剂治疗。在此类情况下，所述方法包括报告所述患者不可能对相同alk抑制剂疗法响应，但所述患者可以对替代疗法(包括替代alk抑制剂疗法)响应。在一些实施方案中，所述alk抑制剂疗法选自艾乐替尼、克里唑替尼、色瑞替尼、布加替尼、劳拉替尼或恩曲替尼。在一些实施方案中，所述方法进一步包括确定来自患者的样品是否包括至少一种alk融合产物。在检测到alk融合产物的情况下，所述方法进一步包括施用alk抑制剂疗法。在检测到alk融合产物以及至少一种选自r1209、l1152r、c1156y、f1174l、l1196m、g1269a和g1548e的alk抗性突变的情况下，所述方法进一步包括在alk抑制剂疗法正在进行的情况下施用替代疗法(例如，替代alk抑制剂疗法)，或者不施用alk抑制剂疗法。进一步提供了用于为已经用艾乐替尼治疗的具有恶性肿瘤的患者选择alk抑制剂的方法。所述方法包括测试来自患者的样品的突变r1209q(g3626a)和i1268v(a3802g)中的一种或两种的存在。如果发现突变i1268v，则所述方法包括选择艾乐替尼作为alk抑制剂疗法。如果发现突变r1209q，则所述方法包括选择替代疗法(例如，替代alk抑制剂疗法)或不选择alk抑制剂疗法。在一些实施方案中，所述方法进一步包括测试来自患者的样品的一种或多种选自l1152r、c1156y、f1174l、l1196m、g1269a和g1548e的alk突变的存在，并且如果发现所述突变中的至少一种，则选择替代疗法(例如，替代alk抑制剂疗法)或不选择alk抑制剂疗法。在一些实施方案中，所述方法进一步包括确定来自患者的样品是否包括至少一种alk融合产物。在检测到alk融合产物的情况下，所述方法进一步包括施用alk抑制剂疗法，例如，包括艾乐替尼。在检测到alk融合产物以及至少一种选自r1209、l1152r、c1156y、f1174l、l1196m、g1269a和g1548e的alk抗性突变的情况下，所述方法进一步包括施用替代疗法(例如，替代alk抑制剂疗法)，或者不施用alk抑制剂疗法。在一些实施方案中，所述替代alk抑制剂疗法选自克里唑替尼、色瑞替尼、布加替尼、劳拉替尼或恩曲替尼。本文提供了试剂盒，其含有检测alk基因中的突变r1209q(g3626a)和i1268v(a3802g)中的一种或两种所必需的试剂。在一些实施方案中，所述试剂盒包含寡核苷酸，诸如对突变型序列特异性(即，能够区分野生型序列与突变型序列)的探针和扩增引物，或用于捕获突变r1209q和i1268v位于其中的alk基因的部分的捕获探针。在一些实施方案中，所述试剂盒含有检测dna或相应mrna序列中的突变r1209q(g3626a)和i1268v(a3802g)所必需的试剂。例如，所述试剂盒进一步包含进行扩增和检测测定所必需的试剂，诸如pcr、实时pcr、定量pcr、逆转录(例如，用于rt-pcr)和/或转录介导的扩增(tma)的组分。在一些实施方案中，可检测地标记所述突变特异性寡核苷酸。在一些实施方案中，所述试剂盒包含用于标记和检测标记物的试剂。例如，如果所述寡核苷酸用生物素标记，则所述试剂盒可以包含具有酶及其生色底物的链霉抗生物素蛋白试剂。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包括用于检测alk基因中的至少一种或多种突变的试剂，所述突变选自g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e(例如，以任何组合的alk抗性突变中的任何1、2、3、4、5、6、7种，或所有8种alk抗性突变)。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包括用于检测alk基因中至少一种或多种突变的试剂，所述突变选自i1268v、s1206f、s1206y、g1269a、l1196m、l1196q、c1156y、l1152r、f1174l、f1174c和f1174v(例如，以任何组合的alk敏感性突变中的任何1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种，或所有11种敏感性突变)。在一些实施方案中，所述试剂盒包含用于检测mrna中的突变r1209q(g3626a)和i1268v(a3802g)的试剂。该实施方案与用于检测dna中的突变的试剂盒共享元件，并且进一步包含用于基于rna的检测的试剂，包括以下中的一种或多种：具有逆转录酶活性的dna聚合酶，或逆转录酶，具有rna酶h活性的酶，和寡-dt捕获试剂。在一些实施方案中，所述试剂盒包含用于检测alk蛋白中的突变r1209q和i1268v的试剂。所述试剂盒可以包含对突变型alk蛋白、但不对野生型alk蛋白特异性的抗体。在一些实施方案中，所述试剂盒含有用于检测来自患者的血液(例如，血浆或血清)样品中的突变型蛋白的试剂。在一些实施方案中，所述试剂盒包括用于检测来自患者的组织样品中的突变体的试剂。在一些实施方案中，提供了用于检测至少一种alk突变或alk融合物的存在的试剂盒。在一些实施方案中，所述试剂盒包括用于特异性检测alk突变r1209q(即，能够区分该突变型序列与例如，编码氨基酸1209的核苷酸位置处的野生型序列)的寡核苷酸(例如，引物和探针，或其变体，诸如scorpion探针)。在一些实施方案中，所述试剂盒包括用于特异性检测alk突变i1268v的寡核苷酸。在一些实施方案中，所述试剂盒包括用于特异性检测至少一种选自以下的alk抗性突变的寡核苷酸：g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e(例如，以任何组合的alk抗性突变的任何1、2、3、4、5、6、7种，或所有8种alk抗性突变)。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包括用于检测alk基因中至少一种或多种突变的试剂，所述突变选自i1268v、s1206f、s1206y、g1269a、l1196m、l1196q、c1156y、l1152r、f1174l、f1174c和f1174v(例如，以任何组合的alk敏感性突变中的任何1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种，或所有11种敏感性突变)。在一些实施方案中，所述试剂盒包括用于检测至少一种alk融合产物的寡核苷酸。例如，所述试剂盒可以包括落在一种或多种alk融合产物的融合点的任一侧的引物，和特异性检测个别融合产物或检测多于一种融合产物的探针。在一些实施方案中，所述试剂盒包括用于特异性检测至少一种alk抗性突变和一种或多种alk融合产物的寡核苷酸，所述alk抗性突变选自：g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、t1151和g1548e(例如，以任何组合的alk抗性突变的任何1、2、3、4、5、6、7种，或所有8种alk抗性突变)。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包括用于检测alk基因中至少一种或多种突变的试剂，所述突变选自i1268v、s1206f、s1206y、g1269a、l1196m、l1196q、c1156y、l1152r、f1174l、f1174c和f1174v(例如，以任何组合的alk敏感性突变中的任何1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种，或所有11种敏感性突变)。在一些实施方案中，一种或多种alk融合产物可以选自eml4-alk(例如，表2中列出的那些)、kif5b-alk、hip1-alk、klc1-alk和tfg-alk中的一种或多种。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包括热稳定dna聚合酶、逆转录酶、具有两种活性的酶和/或酶的活性所必需的任何辅因子。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步提供了可用于核酸扩增中的额外试剂，例如，dntp和/或缓冲试剂。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包括一次性组件，诸如管、多孔板或毛细管芯片等。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含引物和至少一种探针，其用于检测来自患者的样品中的内部对照，例如，持家基因。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含至少一种阳性对照，例如，通过试剂盒组分可检测的每种alk突变和alk融合物的阳性对照。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含阴性对照，例如，野生型alk人dna或rna。实施例实施例1.检测肺癌患者中的alk突变在艾乐替尼治疗之前和艾乐替尼治疗之后分离来自患者的无细胞dna。使用如us20140296081中所述的标准illuminahiseq工作流程和分析对该cfdna进行下一代测序。使用测序数据鉴定患者的单核苷酸变异(snv)，并且进一步检查给定患者的两个时间点中仅一个存在的snv。在6名患者中鉴定出一种变体r1209q。在5/6名患者中，其仅在艾乐替尼疗法之后存在(图1)，提供其可以赋予对艾乐替尼的抗性的证据。在第六名患者中，检测到对艾乐替尼的已知抗性变体，所以单独的克隆可以已赋予艾乐替尼抗性(图2)。在一名患者中、但仅在艾乐替尼治疗之前鉴定出其它变体i1268v，表明其可以赋予对艾乐替尼的敏感性。图1显示在艾乐替尼治疗之前和之后检测患者样品中的突变和突变频率。在6名患者中鉴定出一种变体r1209q。在5/6名患者中，其仅在艾乐替尼疗法之后存在，提供其可以赋予对艾乐替尼的抗性的证据。在一名患者中、但仅在艾乐替尼治疗之前鉴定出其它变体i1268v，表明其可以赋予对艾乐替尼的敏感性。图2显示在艾乐替尼治疗之前和之后在第六名患者中发现的不同突变。在该患者中，检测到对艾乐替尼的已知抗性变体，所以单独的克隆可以已赋予艾乐替尼抗性。实施例2：影响alk融合物结果的因素表1显示具有alk融合变体3(与alk外显子20连接的eml4外显子6)的患者的危险比远高于没有alk融合变体3的患者的危险比。图8显示，与具有其它alk融合物的患者相比，具有变体3融合物的患者的无进展存活(pfs)显著更短。无论种族和治疗状态，都发现这是真实的(即，alk抑制剂治疗的具有alk融合变体3的个体比alk抑制剂治疗的具有不同alk融合物的个体具有更差的结果)。平均而言，具有变体3融合物的个体进展的可能性为约2.6倍(p值0.0012)。该2.6的危险比来自对在用艾乐替尼治疗之前所取的72名患者血浆样品进行的coxph多变量模型。该模型预测来自变体3融合物效果的无进展存活(pfs)，其调整混杂因素(种族、基线肿瘤测量等)。亚洲种族的危险比基于1的值。例如，具有alk融合物的白人个体的风险是具有alk融合物的亚洲个体的2.091倍。表1实施例3：单核苷酸变异(snv)和alk融合物分析从在克里唑替尼治疗之后(在第二线治疗(例如用艾乐替尼治疗)之前)已经进展的188名iiib-iv期nsclc(非小细胞肺癌)患者收集血浆样品。这些患者先前已经通过荧光原位杂交(fish)确定为alk-融合物阳性。使用循环肿瘤dna组(avenioctdna组)检测最常见alk融合物的存在或不存在。表2显示检测到的融合物的频率。表2融合变体编号eml4外显子13-alk外显子2026eml4外显子13-alk外显子241eml4外显子14-alk外显子201eml4外显子18-alk外显子203eml4外显子19-alk外显子201eml4外显子20-alk外显子204eml4外显子21-alk外显子203eml4外显子6-alk外显子2033无一检测到107其它融合变体9将样品中alk抗性突变和alk融合物的存在关联，如表3中所示。alk抗性突变包括g1202r、i1171t、v1180l、i1171n、i1171s、r1209q、l1152r、c1156y、f1174l、l1196m、g1269a和g1548e且alk融合物包括表2中公开的那些。结果显示在alk融合变体中出现抗性突变。表3。对于alk抗性(alkr)突变阳性(11)和阴性(177)患者跟踪无进展存活和总体存活率。如图3和4中所示，存活率在携带抗性突变的患者中显著更低。还对于(i)alk融合物阳性(alk)、alk抗性突变阳性(alkr)患者(11)；(ii)alk融合物阳性、alk抗性突变阴性患者(70)；和(iii)alk融合物阴性、alk抗性突变阴性患者(107)跟踪无进展存活和总体存活率。如图5和6中所示，既没有alk融合物也没有抗性突变的患者存活最长，随后是具有alk融合物、但没有alk抗性突变的患者。具有alk融合物和alk抗性突变两者的患者具有最低的存活率。实施例4：治疗持续时间和alk抗性突变的数量对存活的影响有或没有alk抗性突变的患者的无进展存活和总体存活与克里唑替尼第一线治疗、随后是艾乐替尼第二线治疗的天数相关。在克里唑替尼治疗的持续时间和无进展存活或总体存活之间未发现显著相关性。实施例5：alk和非alk突变的数量对存活的影响在具有4种或更少alk和非alk突变的患者中跟踪无进展存活，并与具有多于4种alk和非alk突变的患者的无进展存活进行比较。这些突变包括表2、表4和表5中所示的那些。对于非alk突变，将每种基因计数一次，即使患者在该基因中具有多种突变。具有较少突变的患者具有较长的无进展存活，如图7中所示。，具有>4种突变与4种或更少突变相比的危险比为2.12。检测到的单核苷酸变体(snv)alk突变包括表明对治疗的敏感性、对治疗的抗性和治疗的未知显著性的突变。这些显示于表4中。表5显示额外alk融合物以及非alk突变。cna表示拷贝数扩增。表4敏感的抗性的未知i1268vr1209qm301is1206f/yg1202rr1275qg1269ai1171t/n/sr1192pl1196m/qt1151mt1151rc1156yg1202rk507n/rl1152rv1180lc1259rf1174l/c/vi1268vw1295ci1322md1160ai1057tg940dr1120ws1281ri1522ma969da1200vf1245lr1212he1371kp1213si248ve1132k表5基因变体类型dcdc2dcdc2cnacnaalkeml4-alke9;a20alk-融合物slc17a8slc17a8cnacnainsl5insl5cnacnagrm8grm8cnacnapdgfrbpdgfrbcnacnaerbb3erbb3cnacnactnnb1ctnnb1c.94g>tp.d32ysnvzic4zic4c.525g>tp.w175csnvgrm8grm8c.1495g>cp.v499lsnvgrk7grk7c.1444g>ap.d482nsnverbb3erbb3c.974g>ap.g325esnvjak3jak3c.1993c>ap.p665tsnvkitkitc.1757g>tp.r586isnvkitkitc.1758a>tp.r586ssnvtp53tp53c.695t>ap.i232nsnvkitkitc.2709g>cp.m903isnvcpxcr1cpxcr1c.674g>tp.g225vsnvjak2jak2c.1849g>tp.v617fsnvkitkitc.2307g>tp.l769fsnvabl1abl1c.1249t>cp.s417psnvnrasnrasc.181c>ap.q61ksnvsmad4smad4c.1081c>tp.r361csnvjak2jak2c.1849g>tp.v617fsnvtrim58trim58c.1254a>tp.e418dsnverbb3erbb3c.836a>tp.k279msnvarafarafc.641g>tp.r214lsnvkitkitc.896c>gp.a299gsnvpik3capik3cac.3062a>gp.y1021csnvalkccdc142-alkalk-融合物其它eml4-ccdc142融合物spta1spta1c.2671c>tp.r891*snvidh1idh1c.401c>ap.a134dsnvrobo2robo2c.280c>tp.r94csnvephx4ephx4cnacnagrm8grm8cnacnainsl5insl5cnacna其它cd74-rabgap1l融合物metmetc.3803t>cp.m1268tsnvatmatmc.7202t>cp.i2401tsnvros1ros1c.5109a>tp.k1703nsnvtp53tp53c.736a>gp.m246vsnvmetmetc.3583c>gp.l1195vsnvddr2ddr2c.1754t>ap.m585ksnvpgm5pgm5c.1421c>gp.a474gsnvtp53tp53c.743g>ap.r248qsnvmetmet外显子14delindelalkstrn-alkalk-融合物kif5bkif5bcnacnaatmatmcnacnakitkitcnacnacnbd1cnbd1cnacnac6c6cnacnacwf19l2cwf19l2cnacnatnrtnrc.682g>tp.d228ysnvkraskrasc.37g>tp.g13csnvkif5bkif5bcnacnaeml4eml4c.1339c>tp.q447*snverbb3erbb3c.303c>ap.n101ksnvtp53tp53c.574c>tp.q192*snvsmad4smad4c.1028c>ap.s343*snvtp53tp53c.886g>ap.d296nsnvmsnmsnc.1109g>ap.r370hsnvros1ros1c.5735t>ap.l1912qsnvtp53tp53c.202g>tp.e68*snvtp53tp53c.623a>tp.d208vsnveml4eml4c.2668g>ap.e890ksnvfgfr2fgfr2c.1226c>tp.a409vsnvesr1esr1c.1688c>tp.t563msnvvhlvhlc.241c>tp.p81ssnvnrasnrasc.350a>tp.k117msnvtp53tp53c.702c>ap.y234*snvkitkitc.335g>cp.r112tsnv其它eml4-lbh融合物alkmyo7a-alkalk-融合物pom121l12pom121l12c.481g>ap.a161tsnvtp53tp53c.916c>tp.r306*snvmlh1mlh1c.1069g>tp.g357wsnvsyt4syt4c.113g>tp.c38fsnvkraskrasc.183a>tp.q61hsnvcsmd3csmd3c.2144c>ap.p715hsnvtp53tp53c.527g>tp.c176fsnvapcapcc.2129t>cp.l710psnvraf1raf1c.1193g>tp.r398lsnvcdh9cdh9c.2361c>ap.d787esnvtp53tp53c.991c>tp.q331*snvcsmd3csmd3c.9464g>ap.c3155ysnvgnasgnasc.601c>tp.r201csnvmetmetc.4087g>ap.a1363tsnvjak2jak2c.2617g>cp.d873hsnvgnasgnasc.601c>tp.r201csnvcdkn2acdkn2ac.149a>cp.q50psnvcsmd3csmd3c.6915c>ap.n2305ksnvkitkitc.2341g>tp.a781ssnvtp53tp53c.989t>gp.l330rsnvmap2k1map2k1c.102g>tp.q34hsnvcwf19l2cwf19l2cnacnafgfr1fgfr1cnacnaatp2b4atp2b4c.212c>tp.a71vsnvnrxn1nrxn1c.2594t>gp.f865csnvatmatmc.8512a>gp.k2838esnvkraskrasc.40g>ap.v14isnvretretc.2225c>tp.t742msnv其它eml4-rabgap1l融合物其它cd74-ros1融合物hcn1hcn1c.2503g>cp.v835lsnvpik3capik3cac.35g>ap.g12dsnvtp53tp53c.833c>gp.p278rsnvfbxw7fbxw7c.1448t>cp.l483psnvtp53tp53c.574c>gp.q192esnvalkrad51ap2-alkalk-融合物其它eml4-akap13融合物idh1idh1c.394c>tp.r132csnvmetmetc.3979c>tp.r1327csnvtp53tp53c.658t>cp.y220hsnvunc5cunc5cc.1495t>ap.s499tsnvctnnb1ctnnb1c.110c>tp.s37fsnvtp53tp53c.380c>tp.s127fsnvnpm1npm1cnacnaakt1akt1cnacnaslc5a10slc5a10cnacnaidh2idh2cnacnaslc17a8slc17a8cnacnafgfr1fgfr1cnacnapdgfrbpdgfrbcnacnakitkitcnacnaerbb3erbb3cnacnafgfr2fgfr2cnacnamap2k1map2k1cnacnaslpislpicnacnatp53tp53cnacnacwf19l2cwf19l2cnacnaerbb2erbb2cnacnaccnd1ccnd1cnacnatrim58trim58c.1433c>tp.a478vsnvzic4zic4c.531g>tp.e177dsnvcntnap2cntnap2c.1138g>tp.a380ssnvtp53tp53c.452c>ap.p151hsnvkraskrasc.183a>cp.q61hsnvjak3jak3c.2896g>tp.a966ssnvtp53tp53c.832c>gp.p278asnvst6gal2st6gal2c.1544a>tp.q515lsnvkraskrasc.35g>tp.g12vsnvgata3gata3c.1082g>cp.g361asnvidh2idh2c.514a>gp.r172gsnvcpxcr1cpxcr1c.755g>ap.g252dsnvgrm8grm8c.1820g>ap.r607hsnvvhlvhl缺失indelcpxcr1cpxcr1c.365a>tp.n122isnvtp53tp53c.817c>tp.r273csnvlrig3lrig3c.2779g>tp.g927csnvcsmd3csmd3c.2210a>gp.y737csnverbb2erbb2c.2720a>gp.k907rsnvtp53tp53c.524g>ap.r175hsnvpom121l12pom121l12c.141g>tp.q47hsnvctnnb1ctnnb1c.94g>cp.d32hsnvferd3lferd3lcnacnaidh2idh2cnacnaerbb3erbb3cnacnakif5bkif5bcnacnaccnd2ccnd2cnacnagna11gna11cnacnakraskrascnacnaalkdctn1-alkalk-融合物kitkitc.978c>gp.n326ksnvtrhdetrhdec.973c>ap.p325tsnvatmatmc.9023g>ap.r3008hsnvmlh1mlh1c.1232t>gp.i411ssnvrobo2robo2c.3254c>tp.t1085msnvfgfr2fgfr2c.1675g>ap.a559tsnvabl1abl1c.1165a>gp.t389asnvtp53tp53c.455c>gp.p152rsnvcdh9cdh9c.2318g>cp.r773psnvtp53tp53c.853g>ap.e285ksnvdcdc1dcdc1c.801g>tp.l267fsnvcdkn2acdkn2ac.35c>tp.s12lsnvtp53tp53c.517g>tp.v173lsnvsatb2satb2c.1429g>tp.e477*snvhcn1hcn1c.2549t>cp.i850tsnvslpislpic.309t>gp.n103ksnvvhlvhl缺失indel其它etv6-ros1融合物kcnb2kcnb2c.338a>tp.e113vsnvslc34a2slc34a2c.285c>gp.f95lsnvcwf19l2cwf19l2cnacna其它eml4-aff3融合物ptprdptprdc.3631t>cp.y1211hsnvslc34a2slc34a2c.1462g>ap.a488tsnvepha6epha6c.857g>cp.g286asnvatmatmc.8495g>ap.r2832hsnveml4eml4c.2668g>ap.e890ksnvgnasgnasc.2524c>tp.r842csnvfgfr1fgfr1c.1520g>ap.r507hsnvreg3areg3ac.455g>tp.s152isnvcsmd3csmd3c.10859c>gp.s3620*snvzic4zic4c.137t>ap.l46hsnvlrig3lrig3c.2768t>gp.l923wsnvddr2ddr2c.2063a>cp.k688tsnvpom121l12pom121l12c.418g>ap.g140rsnvpnpla1pnpla1c.175g>ap.v59isnvros1ros1c.5131g>tp.a1711ssnvccnd1ccnd1cnacnatp53tp53c.637c>tp.r213*snvtp53tp53c.745a>tp.r249wsnvsmad4smad4c.1049t>ap.v350dsnvalkeml4-alke6;a16alk-融合物alkeml4-alke6;a19alk-融合物tp53tp53c.653t>gp.v218gsnvcsmd3csmd3c.9029a>gp.k3010rsnvgrm8grm8c.1820g>ap.r607hsnvjak2jak2c.1849g>tp.v617fsnvadamts5adamts5c.1437g>tp.q479hsnvtp53tp53c.536a>gp.h179rsnvctnnb1ctnnb1c.101g>tp.g34vsnvtp53tp53c.589g>cp.v197lsnvesr1esr1c.775c>gp.r259gsnvmap2k1map2k1c.412g>ap.e138ksnvlrp1blrp1bc.1065c>ap.d355esnvkraskrasc.34g>tp.g12csnvlrriq3lrriq3c.1490c>ap.a497dsnvepha6epha6c.1099g>ap.e367ksnvtp53tp53c.526t>ap.c176ssnvalkeml4-alke17;a20alk-融合物hcn1hcn1c.2549t>cp.i850tsnverbb3erbb3c.2821t>ap.y941nsnvgrm8grm8cnacnatnrtnrcnacnaslc17a8slc17a8cnacnainsl5insl5cnacnadusp22dusp22c.138g>cp.w46csnvslc34a2slc34a2c.1717c>tp.r573*snvznf598znf598c.1491g>tp.e497dsnvtp53tp53c.659a>gp.y220csnvinsl5insl5cnacnagrm8grm8cnacnamyd88myd88cnacnaesr1esr1cnacnadio2dio2cnacnatnrtnrcnacnaexoc4exoc4cnacnafgfr1fgfr1cnacnaararcnacnapdgfrbpdgfrbcnacnaferd3lferd3lcnacnaslpislpicnacna其它eml4-cux1融合物ctnnb1ctnnb1c.110c>ap.s37ysnvatmatmc.7213a>gp.m2405vsnvdusp22dusp22c.247c>tp.r83wsnvalkeml4-alke13;a20alk-融合物tp53tp53c.911c>tp.t304isnvegfregfrc.2591c>tp.a864vsnv当前第1页12