技术特征：
1.一种建立鸡甲基化时钟的方法，所述方法包括：(a)确定特定鸡组织的与年龄相关的训练样本的基因组cpg位点的甲基化率和读数覆盖；(b)使用截止值在步骤(a)的所有训练样本中定义一组具有可靠的甲基化率的cpg位点；和(c)通过应用惩罚回归模型，使用步骤(b)的所述甲基化率作为输入以及使用与所述训练样本相关的所述年龄作为因变量，进行惩罚回归；从而获取一组cpg位点，其具有相应的加权因子和线性模型方程的截距作为定义鸡甲基化时钟的参数。2.根据权利要求1所述的方法，其中使用重亚硫酸盐测序在步骤(a)中确定所述基因组cpg位点的甲基化率和读数覆盖。3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(a)中使用的特定组织的与年龄相关的训练样本选自肠道组织、肌肉组织、器官组织或皮肤组织。4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)中定义的所述覆盖截止值是3。5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括(d)优化所述回归模型的拟合，使得所述cpg位点的数量减少到100以下。6.根据权利要求5所述的方法，其中为了优化步骤(d)中所述回归模型的拟合，算法应用与套索回归组合的岭回归。7.根据权利要求6所述的方法，其中使用0到1之间的α值来平衡岭回归和套索回归的方法。8.一种用于预测鸡的实足年龄的体外方法，所述方法包括以下步骤:a)从来源于鸡对象或待测鸡群体的生物样本材料中获取鸡基因组dna；b)确定鸡基因组dna中如表2所示的cpg位点的甲基化水平或者可选地如表3所示的cpg位点的甲基化水平；c)将来自待测样本的鸡基因组dna中这些cpg位点的甲基化水平和来自与年龄相关的参考样本的相同cpg位点的甲基化水平进行比较，并由此推断所述对象或所述待测群体的实足年龄。9.一种用于预测鸡组织样本的实足年龄的方法，所述方法包括:(a)从来自鸡对象或待测鸡群体的组织样本材料中获取基因组dna，(b)确定如表2所示的cpg位点的甲基化率或可选地如表3所示的cpg位点的甲基化率，并将其乘以它们各自的加权因子，以获取那些cpg位点的加权甲基化率，(c)计算步骤(b)中获取的加权甲基化率的总和，并添加各自的线性模型方程的截距，从而预测所述鸡组织样本的实足年龄。10.根据权利要求9所述的方法，其中步骤(a)中使用的来自鸡对象或待测鸡群体的组织样本材料选自肠道组织、肌肉组织、器官组织或皮肤组织。11.根据权利要求9和10中任一项所述的方法，其中步骤(a)中使用的来自鸡对象或待测鸡群体的组织样本材料是肠道组织，优选地从粪便样本材料中分离的肠道组织。12.根据权利要求9到11中任一项所述的方法，其中使用重亚硫酸盐测序确定步骤(b)
中所述cpg位点的甲基化率。13.一种用于检测鸡组织样本中加速老化的方法，所述方法包括:(a)从来自鸡对象或待测鸡群体的组织样本材料中获取基因组dna，(b)确定如表2所示的cpg位点的甲基化率或可选地如表3所示的cpg位点的甲基化率，并将其乘以它们各自的加权因子，以获取那些cpg位点的加权甲基化率，(c)计算步骤(b)中获取的加权甲基化率的总和，并添加各自的线性模型方程的截距，从而预测所述鸡组织样本的年龄(表观遗传年龄)以及(d)将步骤(c)的预测的年龄与所述组织样本的实际的实足年龄进行比较，其中预测的年龄大于实足年龄，表明鸡组织中的加速老化。
技术总结
本发明提供了一种建立鸡甲基化时钟的方法，包括:(a)确定特定鸡组织的与年龄相关的训练样本的基因组CpG位点的甲基化率和读数覆盖；(b)使用截止值在步骤(a)的所有训练样本中定义一组具有可靠的甲基化率的CpG位点；和(c)通过应用惩罚回归模型，以步骤(b)的所述甲基化率作为输入以及与所述训练样本相关的所述年龄作为因变量，进行惩罚回归；从而获取一组CpG位点，其具有相应的加权因子和线性模型方程的截距，作为定义鸡甲基化时钟的参数。作为定义鸡甲基化时钟的参数。
技术研发人员：F
受保护的技术使用者：赢创运营有限公司
技术研发日：2020.12.08
技术公布日：2022/8/5