技术特征：
1.一组与小麦穗粒数显著关联的snp位点及碱基突变类型，其特征在于：所述的snp位点包括50个snp位点和碱基突变类型，编号分别为snp01～snp50，它们的信息如下：
表中物理位置以中国春基因组iwgsc reference genome v1.1(iwgsc,2018)为参考序列；表中所列序列见序列表seq id no.1～seq id no.100。2.根据权利要求1所述的一组与小麦穗粒数显著关联的snp位点及其碱基突变类型在控制小麦穗粒数qtl鉴定中的应用。
3.根据权利要求1所述的一组与小麦穗粒数显著关联的snp位点及其碱基突变类型在制备单个可检测的snp标记或基因芯片中的应用。4.根据权利要求1所述的一组与小麦穗粒数显著关联的snp位点及其碱基突变类型在制备与穗粒数基因位点qgn4b.1连锁的kasp标记s4b_28740074中的应用。5.根据权利要求1所述的一组与小麦穗粒数显著关联的snp位点在小麦穗粒数标记辅助选择和基因组选择育种中的应用。6.根据权利要求6所述的检测方法中的应用，其特征在于，所述检测方法包括以下步骤：根据snp位点设计kasp引物，根据包含snp位点上下游各50bp的dna短序列设计kasp引物；具体利用网站http://www.polymarker.info/进行引物设计，采用网站默认的参数设置；引物前加接头，fam序列为“gaaggtgaccaagttcatgct”，hex序列为“gaaggtcggagtcaacggatt”；引物设计合成后，可以利用分离群体或者自然群体进行有效性检测，验证通过gwas鉴定到的qtl是否存在，也可以用于基因作图、标记辅助选择等，其使用方法分别如下：(1)以小麦dna为pcr扩增模板，以设计合成的kasp引物，进行pcr扩增，反应体系为6μl；上述反应体系具体包括：20
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50ng/μl的dna 3μl，2
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kasp master mix 3μl,kasp assay mix上下游引物混合液0.0825μl；置于384孔pcr仪扩增；(2)pcr扩增程序为：94℃预变性15min；94℃变性20s，65
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57℃复性60s；每循环降低0.8℃；10个循环；94℃变性20s，57℃复性60s，30个循环；10℃保存；(3)pcr结束后，置于omega snp分型仪检测pcr分型结果；(4)分析鉴定，根据分型结果分析基因型。
技术总结
本发明公开了一组（50个）与小麦穗粒数显著关联的SNP位点及其在遗传和育种中的应用方法。这些SNP是通过对来自我国小麦主产区的768份小麦品种和优良品系进行简化基因组测序（GBS）并比对参考基因组序列发掘单核苷酸多态性位点（SNP），然后通过全基因组关联分析鉴定出来的。SNP位点准确性高，可用于转化成KASP标记和SNP芯片，广泛应用于小麦穗粒数相关基因的定位、精细作图和候选基因鉴定，以及小麦穗粒数的标记辅助选择育种及全基因组选择育种，选育穗粒数增加的小麦新种质和新品种，提高小麦产量。麦产量。麦产量。
技术研发人员：刘树兵 庞昀龙 朱华强 梁云龙 燕强
受保护的技术使用者：山东农业大学
技术研发日：2021.09.03
技术公布日：2021/11/23