用于治疗与SYNGAP1中功能失去突变相关的障碍的组合物和方法与流程

本披露总体上涉及适用于治疗与syngap1中功能失去突变相关的障碍的组合物和方法。更特别地，本披露涉及对syngap1具有特异性的反义寡核苷酸及其治疗与syngap1中杂合子功能失去突变相关的障碍的用途。

背景技术：

1、syngap1蛋白(也称为syngap、突触ras gtp酶活化蛋白1、ras/rap gtp酶活化蛋白syngap、神经元rasgap、或突触ras-gap 1)由位于6号染色体6p21.32上的syngap1(hgnc：11497；ncbi基因：8831；ncbi参考序列：ng_016137.2)编码。syngap1是突触后致密基质的主要组分蛋白质，并且参与n-甲基-d-天冬氨酸盐受体(nmdar)介导的信号转导(rumbaugh等人,2006,proc.natl.acad.sci.usa.[美国国家科学院院刊]103,4344-4351)。这种蛋白质主要在脑(主要是前脑结构，例如皮质、海马体和嗅球)中表达。

2、syngap1初级转录物在几个位点处被可变剪接以产生至少四种c-末端同种型：syngap-α1、syngap1-α2、syngap1-β和syngap1-γ。syngap1-α1和syngap1-α2同种型跳过外显子19并且通过外显子20的选择性剪接产生，使得syngap1-α1含有pdz配体(-qtrv)并且syngap1-α2缺少这一结构域。syngap1-β同种型包括外显子18的移码延伸，从而导致提前终止，然而syngap1-γ同种型包括外显子19，其含有短的编码序列，随后是终止密码子。这些同种型在发育过程中似乎具有不同的功能，并且可以具有不同的作用(araki等人2020.biorxiv[生物预印本]2020.01.28.922013)。还有至少三种n-末端同种型(a-c)，它们是使用转录起始位点的结果(查阅参见例如gamache等人,2020,j neurosc.[神经科学杂志]40(8):1596-1605)。

3、syngap1中的杂合子功能失去突变(例如无义突变，大缺失和移码突变)可能导致截短的转录物的形成，导致单倍剂量不足。由于其作为突触后膜中ampar插入的负调节物的作用，syngap1中的杂合子突变及其导致的单倍剂量不足导致神经发育缺陷，这些缺陷包括改变的树突棘以及神经元回路形成。syngap1中的杂合子功能失去突变导致的多个症状可以被分类为单一障碍：智力低下，常染色体显性5型(mrd5)。mrd5在出生第一年发作，并且临床特点可在不同的组合中发现。大多数(但不是所有)患者患有癫痫发作(例如肌阵挛发作、反射性发作和跌倒发作)。其他临床特征可以包括张力减退、步态不稳定、斜视、髋关节发育不良以及一些畸形特点(例如肌病面部外观、宽鼻梁、长鼻子和饱满朱红色的下嘴唇)。尽管所有患有syngap1功能失去突变的患者都表现出某些形式的智力残疾或发育迟缓(总体上是中度至重度，即使在一些病例中是轻度)，但大约一半的患者还被诊断为孤独症谱系障碍。syngap1中绝大部分的杂合子功能失去突变是新生突变。

4、目前对患有mrd5或与syngap1中的杂合子功能失去突变相关的任何其他障碍的患者的唯一可用的疗法是治疗障碍的症状的那些，例如治疗癫痫发作或干预(例如言语疗法、物理疗法、职业疗法等)的药剂以治疗asd的行为或发育症状、智力残疾或发育迟缓。因此，仍然需要用于治疗mrd5或与syngap1中的杂合子功能失去突变相关的任何其他障碍的药剂、组合物和方法。

技术实现思路

1、本披露至少部分地基于以下确定：在脑组织的成熟syngap1 mrna中保留许多内含子，这些内含子包括内含子5、8、9、12、13和14。特别地，内含子8和9具有相对地高保留率。

2、内含子保留是基因调控的形式，其用于将含有内含子的转录物引导为无义介导的衰变，从而减少基因表达(kurosaki和maquat,2016,j cell sci.[细胞科学杂志]129(3):461-467)。也已证明保留内含子的转录物用作rna的储存库，在需要其表达时进行剪接和翻译(jacob和smith,2017,hum genet.[人类遗传学]136(9):1043-1057)。以1-4kb/min的速度发生转录的过程是尤其对神经元刺激后神经元活化的速度限制(darzarcq等人,2007,nat strut.mol.biol.[自然结构和分子生物学]14,796-806)。相比之下，保留的内含子的剪接过程更快，只需要几秒到几分钟(bayer和osheim,1988,genes dev.[基因与发育]2,754-765；singh和padgett,2009,nat.strut.mol.biol.[自然结构和分子生物学]16,1128-1133)。因此，与新生转录和翻译相比，神经元可以使用内含子保留以及随后的剪接和翻译获得更快的基因调控模式。已证明内含子保留在聚腺苷酸化转录物库中发生，这些聚腺苷酸化转录物保留在细胞核中。神经元刺激之后，它们进行内含子切除并且转运至用于进一步加工的细胞质，从而帮助更快的基因调控。

3、如本文所证明的，反义寡核苷酸可以靶向syngap1 mrna或前rna(例如细胞核中的聚腺苷酸化syngap1 mrna或前mrna转录物)中保留的内含子以增强在保留的内含子的剪接位点处的剪接，导致完全剪接的syngap1 mrna的量的增加。因此，本文提供的反义寡核苷酸可用于增加细胞产生syngap1的量。因此，本文提供的反义寡核苷酸还可用作治疗与syngap1中的杂合子功能失去突变相关的疾病或障碍(例如常染色体智力低下5型(或syngap1相关的智力残疾))的治疗剂，其中提高syngap1蛋白的水平可以提供治疗效果。例如，用反义寡核苷酸靶向内含子8和/或内含子9可以增加完全剪接的syngap1 mrna的量(如本文所证明的)，与靶向其他内含子相比尤其如此，并且因此可以特定地用于治疗与synagp1中的杂合子功能失去突变相关的障碍。

4、因此，在一个方面，提供了一种用于提高细胞中的syngap1蛋白水平的方法，该方法包括将该细胞与反义寡核苷酸接触，该反义寡核苷酸增强在保留内含子的syngap1 mrna或前mrna中保留的内含子的剪接位点处的剪接，其中该保留的内含子选自内含子5、8、9、12、13和14，并且其中该反义寡核苷酸包含与syngap1 mrna或前mrna中的靶区域互补的核碱基序列。

5、在另一方面，提供了一种用于提高受试者中的syngap1蛋白水平的方法，该方法包括向该受试者施用反义寡核苷酸，该反义寡核苷酸增强在保留内含子的syngap1mrna或前mrna中保留的内含子的剪接位点处的剪接，其中该保留的内含子选自内含子5、8、9、12、13和14，并且其中该反义寡核苷酸包含与syngap1 mrna或前mrna中的靶区域互补的核碱基序列。在一些实施例中，受试者患有synagp1中的杂合子功能失去突变。

6、在一些实例中，受试者患有与synagp1中的杂合子功能失去突变相关的障碍，例如智力低下、常染色体显性5型(mrd5)、孤独症或智力残疾。

7、还提供了用于治疗与synagp1中的杂合子功能失去突变相关的障碍的方法，该方法包括向该受试者施用反义寡核苷酸，该反义寡核苷酸增强在保留内含子的syngap1 mrna或前mrna中保留的内含子的剪接位点处的剪接，其中该保留的内含子选自内含子5、8、9、12、13和14，并且其中该反义寡核苷酸包含与syngap1 mrna或前mrna中的靶区域互补的核碱基序列。在特定实例中，障碍是智力低下、常染色体显性5型(mrd5)、孤独症或智力残疾。

8、在本披露的方法的一些实施例中，反义寡核苷酸与内含子剪接沉默子(iss)结合或相邻；与g-四联体中的核苷酸结合；或与具有rna二级结构的核苷酸结合。iss可以由核内不均一核糖核蛋白(hnrnp)(例如hnrnpa1或hnrnp i)识别。

9、在一个实例中，保留的内含子是内含子8，并且iss在相对于内含子8的5’剪接位点的位置+17-22、+23-28、+17-28、或+57-62处。

10、在特定实施例中，保留的内含子是内含子8，并且靶区域跨越相对于内含子8的5’剪接位点的位置+4-35、+5-35、+6-35、+7-35、+8-35、+9-35、+10-35、+11-35、+12-35、+13-35、+4-34、+5-34、+6-34、+7-34、+8-34、+9-34、+10-34、+11-34、+12-34、+13-34、+4-33、+5-33、+6-33、+7-33、+8-33、+9-33、+10-33、+11-33、+12-33、+13-33、+4-32、+5-32、+6-32、+7-32、+8-32、+9-32、+10-32、+11-32、+12-32、+13-32、+4-31、+5-31、+6-31、+7-31、+8-31、+9-31、+10-31、+11-31、+12-31、+13-31、+4-30、+5-30、+6-30、+7-30、+8-30、+9-30、+10-30、+11-30、+12-30、+13-30,+4-29、+5-29、+6-29、+7-29、+8-29、+9-29、+10-29、+11-29、+12-29、+13-29、+4-28、+5-28、+6-28、+7-28、+8-28、+9-28、+10-28、+11-28、+12-28、+13-28、+4-27、+5-27、+6-27、+7-27、+8-27、+9-27、+10-27、+11-27、+12-27、+13-27、+4-26、+5-26、+6-26、+7-26、+8-26、+9-26、+10-26、+11-26、+12-26、+13-26、+4-25、+5-25、+6-25、+7-25、+8-25、+9-25、+10-25、+11-25、+12-25、+13-25、+4-24、+5-24、+6-24、+7-24、+8-24、+9-24、+10-24、+11-24、+12-24、+13-24、+4-23、+5-23、+6-23、+7-23、+8-23、+9-23、+10-23、+11-23、+12-23、+13-23、+4-22、+5-22、+6-22、+7-22、+8-22、+9-22、+10-22、+11-22、+12-22、+13-22、+4-21、+5-21、+6-21、+7-21、+8-21、+9-21、+10-21、+11-21、+12-21、+13-21、+4-20、+5-20、+6-20、+7-20、+8-20、+9-20、+10-20、+11-20、+12-20、+13-20、+4-19、+5-19、+6-19、+7-19、+8-19、+9-19、+10-19、+11-19、+12-19、+13-19、+4-18、+5-18、+6-18、+7-18、+8-18、+9-18、+10-18、或+11-18。在另外的实施例中，保留的内含子是内含子8，并且靶区域跨越相对于内含子8的5’剪接位点的位置+45-70、+46-70、+47-70、+48-70、+49-70、+50-70、+51-70、+52-70、+53-70、+45-69、+46-69、+47-69、+48-69、+49-69、+50-69、+51-69、+52-69、+53-69、+45-68、+46-68、+47-68、+48-68、+49-68、+50-68、+51-68、+52-68、+53-68、+45-67、+46-67、+47-67、+48-67、+49-67、+50-67、+51-67、+52-67、+53-67、+45-66、+46-66、+47-66、+48-66、+49-66、+50-66、+51-66、+52-66、+53-66、+45-65、+46-65、+47-65、+48-65、+49-65、+50-65、+51-65、+52-65、+53-65、+45-64、+46-64、+47-64、+48-64、+49-64、+50-64、+51-64、+52-64、+53-64、+45-63、+46-63、+47-63、+48-63、+49-63、+50-63、+51-63、+52-63、+53-63、+45-62、+46-62、+47-62、+48-62、+49-62、+50-62、+51-62、+52-62、或+53-62。

11、在一些实例中，反义寡核苷酸包含与seq id no:83-143中的任一个列出的序列具有至少或约70％、80％或90％序列同一性的序列，或具有来自seq id no:83-143中的任一个列出的序列的至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续核苷酸的序列。在一个实施例中，反义寡核苷酸包含seq id no:91-93中的任一个列出的序列，或含有来自seq id no:91-93中的任一个列出的序列的至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续核苷酸的序列。

12、在其他实例中，保留的内含子是内含子9，并且iss在相对于内含子8的5’剪接位点的位置+21-29、+104-108或+190-195处。

13、在特定实例中，保留的内含子是内含子9，并且靶区域跨越相对于内含子9的5’剪接位点的位置+10-40、+11-40、+12-40、+13-40、+14-40、+15-40、+16-40、+17-40、+18-40、+10-39、+11-39、+12-39、+13-39、+14-39、+15-39、+16-39、+17-39、+18-39、+10-38、+11-38、+12-38、+13-38、+14-38、+15-38、+16-38、+17-38、+18-38、+10-37、+11-37、+12-37、+13-37、+14-37、+15-37、+16-37、+17-37、+18-37、+10-36、+11-36、+12-36、+13-36、+14-36、+15-36、+16-36、+17-36、+18-36、+10-35、+11-35、+12-35、+13-35、+14-35、+15-35、+16-35、+17-35、+18-35、+10-34、+11-34、+12-34、+13-34、+14-34、+15-34、+16-34、+17-34、+18-34、+10-33、+11-33、+12-33、+13-33、+14-33、+15-33、+16-33、+17-33、+18-33、+10-32、+11-32、+12-32、+13-32、+14-32、+15-32、+16-32、+17-32、+18-32、+10-31、+11-31、+12-31、+13-31、+14-31、+15-31、+16-31、+17-31、+18-31、+10-30、+11-30、+12-30、+13-30、+14-30、+15-30、+16-30、+17-30、或+18-30。在一些实例中，反义寡核苷酸包含与seq id no:144-167中的任一个列出的序列具有至少或约70％、80％、或90％序列同一性的序列，或具有来自seq id no:144-167中的任一个列出的序列的至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续核苷酸的序列。

14、在另外的实例中，保留的内含子是内含子9，并且靶区域跨越相对于内含子9的5’剪接位点的位置+87-120、+88-120、+89-120、+90-120、+91-120、+92-120、+93-120、+94-120、+95-120、+96-120、+97-120、+98-120、+87-119、+88-119、+89-119、+90-119、+91-119、+92-119、+93-119、+94-119、+95-119、+96-119、+97-119、+98-119、+87-118、+88-118、+89-118、+90-118、+91-118、+92-118、+93-118、+94-118、+95-118、+96-118、+97-118、+98-118、+87-117、+88-117、+89-117、+90-117、+91-117、+92-117、+93-117、+94-117、+95-117、+96-117、+97-117、+98-117、+87-116、+88-116、+89-116、+90-116、+91-116、+92-116、+93-116、+94-116、+95-116、+96-116、+97-116、+98-116、+87-115、+88-115、+89-115、+90-115、+91-115、+92-115、+93-115、+94-115、+95-115、+96-115、+97-115、+98-115、+87-114、+88-114、+89-114、+90-114、+91-114、+92-114、+93-114、+94-114、+95-114、+96-114、+97-114、+98-114、+87-113、+88-113、+89-113、+90-113、+91-113、+92-113、+93-113、+94-113、+95-113、+96-113、+97-113、+98-113、+87-112、+88-112、+89-112、+90-112、+91-112、+92-112、+93-112、+94-112、+95-112、+96-112、+97-112、+98-112、+87-111、+88-111、+89-111、+90-111、+91-111、+92-111、+93-111、+94-111、+95-111、+96-111、+97-111、+98-111、+87-110、+88-110、+89-110、+90-110、+91-110、+92-110、+93-110、+94-110、+95-110、+96-110、+97-110、或+98-110。在一些实例中，反义寡核苷酸包含与seq id no:168-189中的任一个列出的序列具有至少或约70％、80％、或90％序列同一性的序列，或具有来自seq id no:168-189中的任一个列出的序列的至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续核苷酸的序列。

15、在其他实例中，保留的内含子是内含子9，并且靶区域跨越相对于内含子9的5’剪接位点的位置+175-205、+176-205、+177-205、+178-205、+179-205、+180-205、+181-205、+182-205、+183-205、+184-205、+185-205、+175-204、+176-204、+177-204、+178-204、+179-204、+180-204、+181-204、+182-204、+183-204、+184-204、+185-204、+175-203、+176-203、+177-203、+178-203、+179-203、+180-203、+181-203、+182-203、+183-203、+184-203、+185-203、+175-202、+176-202、+177-202、+178-202、+179-202、+180-202、+181-202、+182-202、+183-202、+184-202、+185-202、+175-201、+176-201、+177-201、+178-201、+179-201、+180-201、+181-201、+182-201、+183-201、+184-201、+185-201、+175-200、+176-200、+177-200、+178-200、+179-200、+180-200、+181-200、+182-200、+183-200、+184-200、+185-200、+175-199、+176-199、+177-199、+178-199、+179-199、+180-199、+181-199、+182-199、+183-199、+184-199、+185-199、+175-198、+176-198、+177-198、+178-198、+179-198、+180-198、+181-198、+182-198、+183-198、+184-198、+185-198、+175-197、+176-197、+177-197、+178-197、+179-197、+180-197、+181-197、+182-197、+183-197、+184-197、+185-197、+175-196、+176-196、+177-196、+178-196、+179-196、+180-196、+181-196、+182-196、+183-196、+184-196、+185-196、+175-195、+176-195、+177-195、+178-195、+179-195、+180-195、+181-195、+182-195、+183-195、+184-195、或+185-195。

16、在本披露的方法中，反义寡核苷酸可以由以下组成，例如，8至50、8至40、8至35、8至30、8至25、8至20、8至15、9至50、9至40、9至35、9至30、9至25、9至20、9至15、10至50、10至40、10至35、10至30、10至25、10至20、10至15、11至50、11至40、11至35、11至30、11至25、11至20、11至15、12至50、12至40、12至35、12至30、12至25、12至20、或12至15个核碱基。在一些实施例中，反义寡核苷酸与靶区域至少70％、80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％互补。在特定实施例中，反义寡核苷酸包含与靶区域100％互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基。

17、本披露的方法中利用的反义寡核苷酸可以包含至少一个修饰，例如核碱基修饰、寡核苷酸骨架的修饰或核糖的修饰。在一个实例中，反义寡核苷酸包含选自以下经修饰的糖：2′-o-甲基(2ome)、2′-o-甲氧基-乙基(moe)、锁核酸(lna)、2′-氟或s-约束的-乙基(cet)。在另外的实例中，反义寡核苷酸包含含有硫代磷酸酯的骨架。在另外的实例中，反义寡核苷酸活化rna酶h。

18、本披露的方法中包括向该受试者施用反义寡核苷酸，首先可以确定该受试者患有synagp1中的杂合子功能失去突变。在特定实例中，已经基因分型该受试者以鉴定synagp1中的杂合子功能失去突变。反义寡核苷酸可以通过以下方式施用于受试者：肠胃外施用(例如皮下施用、静脉内施用、肌内施用、动脉内施用、腹膜内施用、或颅内施用)或鼻内施用(例如鞘内或脑室内施用)。在一些实例中，约每隔1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12个月或更长时间将反义寡核苷酸或组合物施用于受试者。

19、在另外的方面，本文提供了反义寡核苷酸，其包含与保留内含子的syngap1mrna或前mrna中的靶区域互补的核碱基序列，其中该靶区域在保留的内含子中，并且其中该保留的内含子选自内含子5、8、9、12、13或14。

20、在一些实施例中，反义寡核苷酸与内含子剪接沉默子(iss)结合或相邻；与g-四联体中的核苷酸结合；或与具有rna二级结构的核苷酸结合。在特定实例中，iss由核内不均一核糖核蛋白(hnrnp)(例如hnrnpa1或hnrnp i)识别。

21、在一个实例中，存在靶区域中的保留的内含子是内含子8，并且iss在相对于内含子8的5’剪接位点的位置+17-22、+23-28、+17-28、或+57-62处。

22、在特定实施例中，保留的内含子是内含子8，并且靶区域跨越相对于内含子8的5’剪接位点的位置+4-35、+5-35、+6-35、+7-35、+8-35、+9-35、+10-35、+11-35、+12-35、+13-35、+4-34、+5-34、+6-34、+7-34、+8-34、+9-34、+10-34、+11-34、+12-34、+13-34、+4-33、+5-33、+6-33、+7-33、+8-33、+9-33、+10-33、+11-33、+12-33、+13-33、+4-32、+5-32、+6-32、+7-32、+8-32、+9-32、+10-32、+11-32、+12-32、+13-32、+4-31、+5-31、+6-31、+7-31、+8-31、+9-31、+10-31、+11-31、+12-31、+13-31、+4-30、+5-30、+6-30、+7-30、+8-30、+9-30、+10-30、+11-30、+12-30、+13-30,+4-29、+5-29、+6-29、+7-29、+8-29、+9-29、+10-29、+11-29、+12-29、+13-29、+4-28、+5-28、+6-28、+7-28、+8-28、+9-28、+10-28、+11-28、+12-28、+13-28、+4-27、+5-27、+6-27、+7-27、+8-27、+9-27、+10-27、+11-27、+12-27、+13-27、+4-26、+5-26、+6-26、+7-26、+8-26、+9-26、+10-26、+11-26、+12-26、+13-26、+4-25、+5-25、+6-25、+7-25、+8-25、+9-25、+10-25、+11-25、+12-25、+13-25、+4-24、+5-24、+6-24、+7-24、+8-24、+9-24、+10-24、+11-24、+12-24、+13-24、+4-23、+5-23、+6-23、+7-23、+8-23、+9-23、+10-23、+11-23、+12-23、+13-23、+4-22、+5-22、+6-22、+7-22、+8-22、+9-22、+10-22、+11-22、+12-22、+13-22、+4-21、+5-21、+6-21、+7-21、+8-21、+9-21、+10-21、+11-21、+12-21、+13-21、+4-20、+5-20、+6-20、+7-20、+8-20、+9-20、+10-20、+11-20、+12-20、+13-20、+4-19、+5-19、+6-19、+7-19、+8-19、+9-19、+10-19、+11-19、+12-19、+13-19、+4-18、+5-18、+6-18、+7-18、+8-18、+9-18、+10-18、或+11-18。在另外的实施例中，保留的内含子是内含子8，并且靶区域跨越相对于内含子8的5’剪接位点的位置+45-70、+46-70、+47-70、+48-70、+49-70、+50-70、+51-70、+52-70、+53-70、+45-69、+46-69、+47-69、+48-69、+49-69、+50-69、+51-69、+52-69、+53-69、+45-68、+46-68、+47-68、+48-68、+49-68、+50-68、+51-68、+52-68、+53-68、+45-67、+46-67、+47-67、+48-67、+49-67、+50-67、+51-67、+52-67、+53-67、+45-66、+46-66、+47-66、+48-66、+49-66、+50-66、+51-66、+52-66、+53-66、+45-65、+46-65、+47-65、+48-65、+49-65、+50-65、+51-65、+52-65、+53-65、+45-64、+46-64、+47-64、+48-64、+49-64、+50-64、+51-64、+52-64、+53-64、+45-63、+46-63、+47-63、+48-63、+49-63、+50-63、+51-63、+52-63、+53-63、+45-62、+46-62、+47-62、+48-62、+49-62、+50-62、+51-62、+52-62、或+53-62。

23、在一些实例中，反义寡核苷酸包含与seq id no:83-143中的任一个列出的序列具有至少或约70％、80％、或90％序列同一性的序列，或具有来自seq id no:83-143中的任一个列出的序列的至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续核苷酸的序列。在一个实施例中，反义寡核苷酸包含seq id no:91-93中的任一个列出的序列，或含有来自seq id no:91-93中的任一个列出的序列的至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续核苷酸的序列。

24、在另外的实施例中，保留的内含子是内含子8，并且靶区域跨越相对于内含子8的5’剪接位点的位置+45-70、+46-70、+47-70、+48-70、+49-70、+50-70、+51-70、+52-70、+53-70、+45-69、+46-69、+47-69、+48-69、+49-69、+50-69、+51-69、+52-69、+53-69、+45-68、+46-68、+47-68、+48-68、+49-68、+50-68、+51-68、+52-68、+53-68、+45-67、+46-67、+47-67、+48-67、+49-67、+50-67、+51-67、+52-67、+53-67、+45-66、+46-66、+47-66、+48-66、+49-66、+50-66、+51-66、+52-66、+53-66、+45-65、+46-65、+47-65、+48-65、+49-65、+50-65、+51-65、+52-65、+53-65、+45-64、+46-64、+47-64、+48-64、+49-64、+50-64、+51-64、+52-64、+53-64、+45-63、+46-63、+47-63、+48-63、+49-63、+50-63、+51-63、+52-63、+53-63、+45-62、+46-62、+47-62、+48-62、+49-62、+50-62、+51-62、+52-62、或+53-62。

25、在其他实例中，保留的内含子是内含子9，并且iss在相对于内含子8的5’剪接位点的位置+21-29、+104-108或+190-195处。

26、在特定实例中，保留的内含子是内含子9，并且靶区域跨越相对于内含子9的5’剪接位点的位置+10-40、+11-40、+12-40、+13-40、+14-40、+15-40、+16-40、+17-40、+18-40、+10-39、+11-39、+12-39、+13-39、+14-39、+15-39、+16-39、+17-39、+18-39、+10-38、+11-38、+12-38、+13-38、+14-38、+15-38、+16-38、+17-38、+18-38、+10-37、+11-37、+12-37、+13-37、+14-37、+15-37、+16-37、+17-37、+18-37、+10-36、+11-36、+12-36、+13-36、+14-36、+15-36、+16-36、+17-36、+18-36、+10-35、+11-35、+12-35、+13-35、+14-35、+15-35、+16-35、+17-35、+18-35、+10-34、+11-34、+12-34、+13-34、+14-34、+15-34、+16-34、+17-34、+18-34、+10-33、+11-33、+12-33、+13-33、+14-33、+15-33、+16-33、+17-33、+18-33、+10-32、+11-32、+12-32、+13-32、+14-32、+15-32、+16-32、+17-32、+18-32、+10-31、+11-31、+12-31、+13-31、+14-31、+15-31、+16-31、+17-31、+18-31、+10-30、+11-30、+12-30、+13-30、+14-30、+15-30、+16-30、+17-30、或+18-30。在一些实例中，反义寡核苷酸包含与seq id no:144-167中的任一个列出的序列具有至少或约70％、80％、或90％序列同一性的序列，或具有来自seq id no:144-167中的任一个列出的序列的至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续核苷酸的序列。

27、在另外的实例中，保留的内含子是内含子9，并且靶区域跨越相对于内含子9的5’剪接位点的位置+90-120、+91-120、+92-120、+93-120、+94-120、+95-120、+96-120、+97-120、+98-120、+90-119、+91-119、+92-119、+93-119、+94-119、+95-119、+96-119、+97-119、+98-119、+90-118、+91-118、+92-118、+93-118、+94-118、+95-118、+96-118、+97-118、+98-118、+90-117、+91-117、+92-117、+93-117、+94-117、+95-117、+96-117、+97-117、+98-117、+90-116、+91-116、+92-116、+93-116、+94-116、+95-116、+96-116、+97-116、+98-116、+90-115、+91-115、+92-115、+93-115、+94-115、+95-115、+96-115、+97-115、+98-115、+90-114、+91-114、+92-114、+93-114、+94-114、+95-114、+96-114、+97-114、+98-114、+90-113、+91-113、+92-113、+93-113、+94-113、+95-113、+96-113、+97-113、+98-113、+90-112、+91-112、+92-112、+93-112、+94-112、+95-112、+96-112、+97-112、+98-112、+90-111、+91-111、+92-111、+93-111、+94-111、+95-111、+96-111、+97-111、+98-111、+90-110、+91-110、+92-110、+93-110、+94-110、+95-110、+96-110、+97-110、或+98-110。在一些实例中，反义寡核苷酸包含与seq id no:168-189中的任一个列出的序列具有至少或约70％、80％、或90％序列同一性的序列，或具有来自seq id no:168-189中的任一个列出的序列的至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续核苷酸的序列。

28、在其他实例中，保留的内含子是内含子9，并且靶区域跨越相对于内含子9的5’剪接位点的位置+175-205、+176-205、+177-205、+178-205、+179-205、+180-205、+181-205、+182-205、+183-205、+184-205、+185-205、+175-204、+176-204、+177-204、+178-204、+179-204、+180-204、+181-204、+182-204、+183-204、+184-204、+185-204、+175-203、+176-203、+177-203、+178-203、+179-203、+180-203、+181-203、+182-203、+183-203、+184-203、+185-203、+175-202、+176-202、+177-202、+178-202、+179-202、+180-202、+181-202、+182-202、+183-202、+184-202、+185-202、+175-201、+176-201、+177-201、+178-201、+179-201、+180-201、+181-201、+182-201、+183-201、+184-201、+185-201、+175-200、+176-200、+177-200、+178-200、+179-200、+180-200、+181-200、+182-200、+183-200、+184-200、+185-200、+175-199、+176-199、+177-199、+178-199、+179-199、+180-199、+181-199、+182-199、+183-199、+184-199、+185-199、+175-198、+176-198、+177-198、+178-198、+179-198、+180-198、+181-198、+182-198、+183-198、+184-198、+185-198、+175-197、+176-197、+177-197、+178-197、+179-197、+180-197、+181-197、+182-197、+183-197、+184-197、+185-197、+175-196、+176-196、+177-196、+178-196、+179-196、+180-196、+181-196、+182-196、+183-196、+184-196、+185-196、+175-195、+176-195、+177-195、+178-195、+179-195、+180-195、+181-195、+182-195、+183-195、+184-195、或+185-195。

29、在一些实施例中，反义寡核苷酸可以由以下组成，例如，8至50、8至40、8至35、8至30、8至25、8至20、8至15、9至50、9至40、9至35、9至30、9至25、9至20、9至15、10至50、10至40、10至35、10至30、10至25、10至20、10至15、11至50、11至40、11至35、11至30、11至25、11至20、11至15、12至50、12至40、12至35、12至30、12至25、12至20、或12至15个核碱基。在一些实施例中，反义寡核苷酸与靶区域至少70％、80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％互补。在特定实施例中，反义寡核苷酸包含与靶区域100％互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基。

30、反义寡核苷酸可以包含至少一个修饰，例如核碱基修饰、寡核苷酸骨架的修饰或核糖的修饰。在一个实例中，反义寡核苷酸包含选自以下经修饰的糖：2′-o-甲基(2ome)、2′-o-甲氧基-乙基(moe)、锁核酸(lna)、2′-氟或s-约束的-乙基(cet)。在另外的实例中，反义寡核苷酸包含含有硫代磷酸酯的骨架。在另外的实例中，反义寡核苷酸活化rna酶h。

31、还提供了组合物，其包含本披露的反义寡核苷酸，例如药物组合物。

32、在另外的方面，提供了反义寡核苷酸用于治疗与synagp1中的杂合子功能失去突变相关的障碍的用途，其中该反义寡核苷酸增强在保留内含子的syngap1 mrna或前mrna中保留的内含子的剪接位点处的剪接，其中该保留的内含子选自内含子5、8、9、12、13和14，并且其中该反义寡核苷酸包含与syngap1 mrna或前mrna中的靶区域互补的核碱基序列。