用于检测包括冠状病毒在内的呼吸道病毒的组合物和方法

背景技术：

1、由新型sars-cov-2病毒引起的正在进行的covid-19大流行是迄今为止最致命的小核糖核酸病毒之一，也是所有人类冠状病毒中最具传染性的病毒。据估计，这种病毒的传染性是流感病毒的15-20倍左右，并且造成的死亡比sars和mers的总和还要多。这种疾病显然对年龄大的个体影响更大，死亡率与年龄的增长成正比。这在那些同时患有以下其他健康并发症和共病现象的个体中非常明显，包括糖尿病、心肺疾病或与其他主要器官系统相关的疾病。同样重要的是要注意到，免疫系统受损的个体有更大的风险发展为更快速的covid-19疾病发作。这为保护患有广泛的恶性肿瘤的hiv阳性患者提供了强有力的理由，包括艾滋病限定和限定中的癌症。因此，患有癌症且hiv阳性的患者应被归类为快速covid-19疾病发作和死亡率增加的高风险人群。

2、现在需要如此组合物和方法，其不仅用于检测患者的sars-cov-2，而且用于鉴定基于其相关的同时感染而死亡率风险增加的那些个体。本发明解决了这一需求。

技术实现思路

1、如本文所述，本发明涉及用于检测包括冠状病毒在内的所有已知呼吸道原(病原体，剂)(agent)的组合物和方法，以及感染冠状病毒的患者的免疫特征。

2、在一个方面，本发明包括包含pathochip v5的组合物，其中pathochip v5包括超过60,000个特异于多种微生物的探针，以及多个特异于冠状病毒的探针。

3、在某些实施方式中，冠状病毒探针包括至少一个选自seq id no:1-37的核苷酸序列。在某些实施方式中，冠状病毒探针由seq id no:1-37中叙述的核苷酸序列组成。

4、在另一个方面，本发明包括组合物，该组合物包括pathochip，其包括多个特异于多种呼吸道病原体的探针，多个特异于冠状病毒的探针，以及多个特异于对感染、炎症、免疫紊乱、代谢和毒理学应答的先天和适应性应答的免疫标志物的探针。

5、在某些实施方式中，多个特异于先天和适应性应答的免疫标志物的探针包括至少一个选自seq id no:38-4,671的核苷酸序列。在某些实施方式中，多个特异于先天和适应性应答的免疫标志物的探针由seq id no:38-4,671中叙述的核苷酸序列组成。在某些实施方式中，冠状病毒探针包括至少一个选自seq id no:1-37的核苷酸序列。在某些实施方式中，冠状病毒探针由seq id no:1-37中叙述的核苷酸序列组成。

6、在另一个方面，本发明包括包含多个核酸的组合物，其中核酸包括至少一个选自seq id no:1-37的核苷酸序列。

7、在另一个方面，本发明包括包含多个核酸的组合物，其中核酸由seq id no:1-37中叙述的核苷酸序列组成。

8、在另一个方面，本发明包括包含多个核酸的组合物，其中核酸包括至少一个选自seq id no:38-4,671的核苷酸序列。

9、在另一个方面，本发明包括包含多个核酸的组合物，其中核酸由seq id no:38-4,671中叙述的核苷酸序列组成。

10、在某些实施方式中，组合物包括微阵列。在某些实施方式中，微阵列包括生物芯片、载玻片、珠或纸。

11、在另一个方面，本发明包括包含免疫组chip的组合物，其中免疫组chip包括多个特异于对感染、炎症、免疫紊乱、代谢和毒理学应答的先天和适应性应答的免疫标志物的探针。

12、在某些实施方式中，多个探针包括至少一个选自seq id no:38-4,671的核苷酸序列。在某些实施方式中，多个探针由seq id no:38-4,671中叙述的核苷酸序列组成。

13、在另一个方面，本发明包括检测来自受试者的样品中冠状病毒的方法。方法包括将来自样品的可检测地标记的核酸与pathochip v5阵列杂交，其中pathochip v5包括超过60,000个特异于多种微生物的探针，以及多个特异于冠状病毒的探针。当来自样品的核酸与pathochip v5上的至少三个冠状病毒探针杂交时，在样品中检测到冠状病毒。

14、在另一个方面，本发明包括鉴定高风险受试者的方法。方法包括将来自受试者的样品的可检测地标记的核酸与pathochip v5阵列杂交，其中pathochip v5包括超过60,000个特异于多种微生物的探针，和多个特异于冠状病毒的探针。当来自样品的核酸与pathochip v5上的至少三个冠状病毒探针和至少三个特异于微生物的探针杂交时，受试者被鉴定为高风险。

15、在另一个方面，本发明包括检测来自受试者的样品中冠状病毒的方法。方法包括将来自样品的可检测地标记的核酸与pathochip阵列杂交，其中pathochip包括多个特异于多种呼吸道病原体的探针，多个特异于冠状病毒的探针，以及多个特异于对感染、炎症、免疫紊乱、代谢和毒理学应答的先天和适应性应答的免疫标志物的探针。当来自样品的核酸与pathochip上的至少三个冠状病毒探针杂交时，在样品中检测到冠状病毒。

16、在另一个方面，本发明包括鉴定高风险受试者的方法。方法包括将来自受试者的样品的可检测地标记的核酸与pathochip阵列杂交，其中pathochip包括多个特异于多种呼吸道病原体的探针、多个特异于冠状病毒的探针，以及多个特异于对感染、炎症、免疫紊乱、代谢和毒理学应答的先天和适应性应答的免疫标志物的探针。当来自样品的核酸与pathochip上的至少三个冠状病毒探针和至少三个特异于先天和适应性应答的免疫标志物的探针杂交时，受试者被鉴定为高风险。

17、在某些实施方式中，冠状病毒探针包括至少一个选自seq id no:1-37的核苷酸序列。在某些实施方式中，冠状病毒探针由seq id no:1-37中叙述的核苷酸序列组成。

18、在某些实施方式中，当在来自受试者的样品中检测到冠状病毒或受试者被鉴定为高风险时，则对受试者施用冠状病毒的治疗。

19、在某些实施方式中，多个特异于先天和适应性应答的免疫标志物的探针包括至少一个选自seq id no:38-4,671的核苷酸序列。在某些实施方式中，多个特异于先天和适应性应答的免疫标志物的探针由seq id no:38-4,671中叙述的核苷酸序列组成。

20、在某些实施方式中，受试者是人类。

21、在某些实施方式中，可检测地标记的核酸用荧光团、放射性磷酸盐、生物素或酶标记。在某些实施方式中，荧光团是cy3或cy5。

技术特征：

1.一种包括pathochip v5的组合物，其中所述pathochip v5包括超过60,000个特异于多种微生物的探针，以及多个特异于冠状病毒的探针。

2.根据权利要求1所述的组合物，其中冠状病毒探针包括至少一个选自seq id no:1-37的核苷酸序列。

3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述冠状病毒探针由seq id no:1-37中叙述的核苷酸序列组成。

4.一种包含pathochip的组合物，所述pathochip包括多个特异于多种呼吸道病原体的探针、多个特异于冠状病毒的探针和多个特异于对感染、炎症、免疫紊乱、代谢和毒理学应答的先天和适应性应答的免疫标志物的探针。

5.根据权利要求4所述的组合物，其中所述多个特异于先天和适应性应答的免疫标志物探针包括至少一个选自seq id no:38-4,671的核苷酸序列。

6.根据权利要求4所述的组合物，其中所述多个特异于先天和适应性应答的免疫标志物的探针由seq id no:38-4,671中叙述的核苷酸序列组成。

7.根据权利要求4所述的组合物，其中所述冠状病毒探针包括至少一个选自seq idno:1-37的核苷酸序列。

8.根据权利要求4所述的组合物，其中所述冠状病毒探针由seq id no:1-37中叙述的核苷酸序列组成。

9.一种包含多个核酸的组合物，其中所述核酸包括至少一个选自seq id no:1-37的核苷酸序列。

10.一种包含多个核酸的组合物，其中所述核酸由seq id no:1-37中叙述的核苷酸序列组成。

11.一种包含多个核酸的组合物，其中所述核酸包括至少一个选自seq id no:38-4,671的核苷酸序列。

12.一种包含多个核酸的组合物，其中所述核酸由seq id no:38-4,671中叙述的核苷酸序列组成。

13.根据权利要求9-12中任一项所述的组合物，其中所述组合物包括微阵列。

14.根据权利要求13所述的组合物，其中所述微阵列包括生物芯片、载玻片、珠或纸。

15.一种包含免疫组chip的组合物，其中所述免疫组chip包括多个特异于对感染、炎症、免疫紊乱、代谢和毒理学应答的先天和适应性应答的免疫标志物的探针。

16.根据权利要求15所述的组合物，其中所述多个探针包括至少一个选自seq id no:38-4,671的核苷酸序列。

17.根据权利要求12所述的组合物，其中所述多个探针由seq id no:38-4,671中叙述的核苷酸序列组成。

18.一种在来自受试者的样品中检测冠状病毒的方法，所述方法包括：

19.一种鉴定高风险受试者的方法，所述方法包括：

20.一种检测来自受试者的样品中冠状病毒的方法，所述方法包括：

21.一种鉴定高风险受试者的方法，所述方法包括：

22.根据权利要求18-21中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒探针包括至少一个选自seq id no:1-37的核苷酸序列。

23.根据权利要求18-21中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒探针由seq id no:1-37中叙述的核苷酸序列组成。

24.根据权利要求18-21中任一项所述的方法，进一步包括其中当在来自所述受试者的样品中检测到冠状病毒或所述受试者被鉴定为高风险时，则对所述受试者施用冠状病毒的治疗。

25.根据权利要求18-21中任一项所述的方法，其中所述特异于先天和适应性应答的免疫标志物的多个探针包括选自seq id no:38-4,671的至少一个核苷酸序列。

26.根据权利要求18-21中任一项所述的方法，其中所述多个特异于先天和适应性应答的免疫标志物的探针由seq id no:38-4,671中叙述的核苷酸序列组成。

27.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者是人类。

28.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述可检测地标记的核酸用荧光团、放射性磷酸盐、生物素或酶标记。

29.根据权利要求25所述的方法，其中所述荧光团是cy3或cy5。

技术总结
本发明包括用于检测所有已知呼吸道病原体的组合物和方法，包括冠状病毒和最近发现的Sars‑CoV‑2，即CoVID大流行的病原体。本发明进一步包括检测感染冠状病毒以及其他感染性病原体的患者的免疫特征。

技术研发人员：E•S•罗伯森
受保护的技术使用者：宾夕法尼亚大学董事会
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13